肿瘤化疗药物基因检测报告解读2012-11-6

肿瘤基因检测报告如何看懂肿瘤基因检测报告现在，随着科技的不断发展，肿瘤基因检测已经成为了癌症治疗的一项重要手段。

不过，对于一般人来说，肿瘤基因检测报告的语言和数据可能会有些难以理解，那么，接下来我们就来看看如何看懂肿瘤基因检测报告。

首先，我们需要了解一些基本概念。

肿瘤基因检测报告中最常见的一个概念就是“突变”。

简单来说，突变是指基因发生了异常改变，从而影响了基因所编码的蛋白质的功能，这种异常改变可能是遗传而来，也可能是后天因素所致。

肿瘤基因检测报告中还会出现“等位基因”、“基因型”等术语，它们是指个体的基因构成。

等位基因指的是位于同一基因位点上的两个基因，而基因型则是指一个个体在某一基因位点上，由该个体所拥有的两种等位基因所决定的遗传状态。

接下来，我们需要了解一些分析方法。

肿瘤基因检测报告中常见的分析方法有测序分析、芯片分析、FISH分析等。

测序分析是指对DNA序列进行测定，从而了解其中是否存在某种突变或基因序列异常；芯片分析则是通过对小片段DNA序列进行探针检测，从而判断其中是否存在某些变异情况；FISH分析则是检测染色体水平上的异常改变，例如染色体错位、缺失等。

在肿瘤基因检测报告中，可能会同时采用多种分析方法，以全面了解患者体内的肿瘤情况。

接下来，我们需要了解如何解读肿瘤基因检测报告。

对于每个患者而言，其肿瘤基因检测报告都是独一无二的。

正常情况下，基因突变一般被分为两种类型：良性突变和致病突变。

其中，良性突变指的是基因发生了异常改变，但并不一定会导致肿瘤的发生；而致病突变则是指基因突变恶化导致肿瘤细胞的增殖和扩散。

通过对肿瘤基因检测报告中出现的突变信息进行分析，医生可以制定针对性的治疗方案，从而提高治疗的效果。

此外，肿瘤基因检测报告中还可能出现一些阴性结果。

阴性结果指的是在检测样本中未出现致病突变的情况。

但是，阴性结果并不代表肿瘤不存在，因为肿瘤可能是由多个基因和信号通路的错乱所引起的，而这些基因和通路并未被检测到。

怎样看懂一份基因检测报告：报告解读常见问题答疑# 怎样看懂一份基因检测报告 #随着靶向治疗和免疫治疗的发展，基因检测已经成为众多肿瘤治疗必不可少的检测项目。

尤其对于希望进行靶向药物或者免疫药物治疗的患者，绝大多数需要事先进行基因检测，从而了解自己是否能从靶向药物或者免疫药物中获益。

而当患者拿到检测报告后，由于对疾病和检测的专业知识了解不足，常常会遇到很多问题，亟需专业人士给出权威的解答。

今天在我们“六周年企划”的最后一期，由仁东医学遗传咨询部为大家进行基因检测报告中的常见问题答疑，帮助您更加了解自己的基因数据。

1某个基因上哪些突变是临床意义未明的，哪些是有意义的、指导用药的，怎么能看出来？为了方便客户能够快速掌握报告信息，报告在呈现时对于有临床意义和意义未明的突变，会予以明确标识，对于有获批药物的突变，会给出相应药物，并注明敏感性证据等级(见表1)。

有临床意义和意义未明的划分，主要依据2017年AMP/ASCO/ CAP联合制定的体细胞突变变异位点解读指南(见图1)。

在实际解读过程中，会综合相关指南，Clinvar、OncoKB、COSMIC等数据库以及相关文献报道中关于变异位点的描述，按照证据级别进行划分，以判定其临床意义。

2遗传方式为隐性遗传，合子类型为杂合的单核苷酸突变位点，致病性分类为什么是致病/疑似致病？对于遗传性变异，在解读时是严格按照ACMG遗传性变异分类指南进行分类(具体可回看“怎样看懂一份基因检测报告：给胚系突变分个类”)，所分类的对象是“变异”，对应疾病的遗传模式是决定该疾病的表型是否会表现出来。

检测到常染色体隐性遗传的杂合致病/疑似致病变异，说明被检测者是变异的携带者，一般不会表现出相关疾病的症状，但是并不表示变异是不致病的，一般纯合或复合杂合变异时患者才可表现出相应疾病的症状。

3根据某个基因突变患者后续该如何用药？对于有用药提示的突变，报告中会给出相应的药物敏感证据等级，等级划分具体参考表1。

从临床进入基因检测流程是入口，检测结果结合临床信息进行合理解读是出口，这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个环节。

其中的第四部分临床解读部分即是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断，临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通，最终出具临床解读报告。

在做成临床解读报告之前，首先需要将解读的各个环节进行明确，包括解读的步骤流程，解读的技术细节。

这样才有可能真正的做到解读的规范化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好的临床解读报告，基因检测才能更好的服务患者和临床医生。

从大的框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。

1、读懂原始数据将测序的原始序列数据（FASTQ）去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至GRCh37/38（NCBI版本）或hg19/hg38（UCSC版本）人类基因组参考序列上，Picard 去除重复序列，使用GATK检测SNV与Indel变异，使用ANNOVAR进行变异注释。

最后获得一份.vcf文件（图1）。

Func.refGene：变异所处参考基因的功能区（exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic）（此处的exonic特指外显子编码氨基酸区，不包括外显子的UTR区）Gene.refGene：变异所处参考基因名称（如果是基因间，则是两侧的基因）GeneDetail.refGene：非外显子区处于特定转录本中的具体位置（如果是基因间，则是距离两侧的基因的距离）ExonicFunc.refGene：外显子区的变异类型（frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV），如果这一栏是一个“.”的话，就说明该变异不在外显子区AAChange.refGene：氨基酸水平的改变（同一个基因可能具有多个转录本，氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样）经注释后的vcf文件还会包含如下信息：CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中的临床意义（Benign，Likely benign，Uncertain significance，Likelypathogenic，Pathogenic，Drug-response）CLINDBN：该变异所引起的疾病名称CLINACC：该变异的登记号和版本号（VariantAccession and Versions）CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库名称CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库中的IDPopFreqMax：该变异人群中的最大等位基因频率1000_All：该变异在千人基因组计划数据库中的人群等位基因频率1000_AFR：该变异在千人基因组计划数据库中非洲人群的等位基因频率1000_AMR：该变异在千人基因组计划数据库中美国人群的等位基因频率1000_EAS：该变异在千人基因组计划数据库中东亚人群的等位基因频率1000_EUR：该变异在千人基因组计划数据库中欧洲人群的等位基因频率1000_SAS：该变异在千人基因组计划数据库中南亚人群的等位基因频率Snp138：该变异在dbSNP数据库中的IDCosmic70：该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC中的IDESP6500siv2_ALL：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的人群等位基因频率ESP6500siv2_AA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的非洲裔人群等位基因频率ESP6500siv2_EA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的欧洲裔人群等位基因频率ExAC_All：该变异在ExAC数据库中的人群等位基因频率ExAC_AFR：该变异在ExAC数据库中非洲人群的等位基因频率ExAC_AMR：该变异在ExAC数据库中美国人群的等位基因频率ExAC_EAS：该变异在ExAC数据库中东亚人群的等位基因频率ExAC_FIN：该变异在ExAC数据库中芬兰人群的等位基因频率ExAC_NFE：该变异在ExAC数据库中非芬兰欧洲人群的等位基因频率ExAC_OTH：该变异在ExAC数据库中除已指定人群之外的人群等位基因频率ExAC_SAS：该变异在ExAC数据库中南亚人群的等位基因频率CG46：该变异在CG46数据库中的人群等位基因频率。

肿瘤靶向药物基因检测结果解读EGFR基因突变检测（EGFR第18、19、20、21外显子突变）非小细胞肺癌患者对酪氨酸激酶抑制剂（TKIs）如易瑞沙（吉非替尼）、特罗凯（厄洛替尼）的治疗敏感性，与EGFR第18、19、20、21外显子的突变相关，发生特定突变的患者临床使用这些抑制剂可以提高生存率[1, 2]。

参考文献：[1]2011年NCCN非小细胞肺癌临床实践指南（中国版）.[2] Jackman DM, et al. Clin Cancer Res. 2009; 15:5267-5273.EGFR第20外显子T790M耐药位点突变检测EGFR第20外显子（T790M）突变可引起易瑞沙、特罗凯等TKIs的耐药[1, 2]。

如果对于一个病人的EGFR检测中，既发现耐药突变，又发现敏感型突变，例如：T790M/exon 19 deletions；T790M/L858R 、G719X、L861Q、S7681等，则提示其对于酪氨酸激酶抑制剂（TKIs），如：易瑞沙(吉非替尼）、特罗凯（厄罗替尼）的敏感性有限制[3, 4]。

参考文献：[1] Jänne PA, et al. Clin Cancer Res. 2006; 12(14Suppl):4416s-4420s.[2] 2011年NCCN非小细胞肺癌临床实践指南（中国版）.[3] Yun CH, et al. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008; 105(6):2070-2075.[4]Arcila ME, et al.Clin Cancer Res. 2011; 17(5):1169-1180.KRAS基因检测（KRAS基因第12、13、61、146位密码子突变）该检测用于决定患者是否适用EGFR单抗药物如爱必妥（西妥昔单抗）、帕尼单抗（维克替比）以及小分子TIKs如易瑞沙（吉非替尼）、特罗凯（厄洛替尼）的治疗。

看不懂基因检测报告？实⽤科普⼀⽂带你全搞定！⾃从肺癌遇到靶向药物，就给肺癌的治疗打开⼀扇新的⼤门。

要选择合适的或者正确的靶向药物，⾮常重要的⼀点就是做基因检测，基因检测是指导靶向药的选择和进⾏个性化治疗必不可缺的步骤。

但是，很多觅友都会有这样⼀个问题，拿着基因检测报告单却看不懂！上⾯密密⿇⿇的英⽂字母都是什么意思？我应该选择哪⼀种靶向药？科普君综合了⼏份基因检测报告来给⼤家解读⼀下，如何从基因检测报告中看到有效信息。

肿瘤基因检测报告从结构上⼤部分可以分为三部分：1、患者基本信息及标本信息；2、患者的基因检测结果；3、靶点筛药：适⽤的药物和局限性由于每个医院或基因检测机构的报告单样式不⼀样，会有⼀些的项⽬增加或删减，但我们要从这⾥获取主要的信息是：●我的基因检测结果是阴性还是阳性？●是哪⼀个基因产⽣了突变？●这个基因⽬前有可⽤的靶向药物吗？基因检测结果是阴性还是阳性？N C C N⾮⼩细胞肺癌临床实践指南（2018.V1）中对于“分⼦诊断与靶向治疗原则”（N S C L-G）明确指出基因检测时⼀定要包含这8种基因靶点：E G F R、A LK、R E T、R O S1、M E T、E R B B2、K R A S、B R A F根据检测结果或变异结果，就可以很直观的看出是否发⽣了基因突变。

变异结果如果出现“+”、或显⽰具体基因则说明存在该种突变类型；如果是出现“野⽣型”、"-"、“未检出”则说明未发现该基因突变。

从上⾯的表格中，我们就可以看到基因检测的结果的是“未检测到”，且⼋个基因靶点都是“未检测到”，就说明患者的基因突变是阴性的。

有的基因检测报告会有⽂字直接说明，“本次检测未检出相关的基因变异”这类字样。

阳性的基因突变会在检测结果中直接显⽰是哪⼀种基因产⽣了突变，下图就显⽰的是E GF R突变，且突变频率为0.44%。

基因的变异类型是什么意思？我的突变类型有药可⽤吗？1.厄洛替尼（特罗凯）（E r lot inib）--第⼀代药物⼝服150m g，每⽇⼀次。

如何正确看待肿瘤基因检测报告？教你如何解读！摘要：I.肿瘤基因检测报告的重要性A.肿瘤基因检测的背景和意义B.肿瘤基因检测报告对治疗的影响II.解读肿瘤基因检测报告的技巧A.如何理解肿瘤基因检测报告中的专业术语B.如何分析肿瘤基因检测报告中的数据C.如何根据肿瘤基因检测报告制定治疗方案III.肿瘤基因检测报告的局限性及应对策略A.肿瘤基因检测报告的准确性B.肿瘤基因检测报告未能涵盖的信息C.如何应对肿瘤基因检测报告的局限性IV.总结A.正确看待肿瘤基因检测报告的重要性B.肿瘤基因检测报告在治疗过程中的作用C.未来肿瘤基因检测的发展趋势正文：肿瘤基因检测报告是医生诊断和治疗肿瘤的重要依据。

肿瘤基因检测的背景和意义在于，通过检测肿瘤细胞的基因突变，可以帮助医生了解肿瘤的性质和特点，从而为患者制定更有效的治疗方案。

肿瘤基因检测报告对治疗的影响主要体现在，它可以帮助医生确定肿瘤的分型和分期，进而选择合适的治疗方法和药物。

然而，解读肿瘤基因检测报告并非易事。

要想正确理解肿瘤基因检测报告，首先需要了解其中的专业术语，如EGFR、ALK 等。

其次，要掌握分析肿瘤基因检测报告中的数据的方法，如检测结果的阳性或阴性、突变丰度等。

最后，要根据肿瘤基因检测报告制定治疗方案，需要结合患者的具体病情和身体状况，综合考虑多种因素。

肿瘤基因检测报告虽然对治疗有重要意义，但也存在局限性。

肿瘤基因检测报告的准确性受到多种因素的影响，如检测方法、样本质量等。

此外，肿瘤基因检测报告未能涵盖的信息，如患者的免疫状态、肿瘤微环境等，也可能影响治疗效果。

因此，在面对肿瘤基因检测报告的局限性时，需要采取多种手段，如结合其他检测方法、定期进行复查等，以获得更全面的信息。

总之，正确看待肿瘤基因检测报告的重要性在于，它能为医生提供关于肿瘤的重要信息，帮助医生制定治疗方案。

在实际治疗过程中，肿瘤基因检测报告的作用不容忽视。

从临床进入基因检测流程是入口，检测结果结合临床信息进展合理解读是出口，这一入一出之间需经历检测前临床咨询局部、实验室局部、信息分析局部、临床解读局部共四个环节。

其中的第四局部临床解读局部即是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断，临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通，最终出具临床解读报告。

在做成临床解读报告之前，首先需要将解读的各个环节进展明确，包括解读的步骤流程，解读的技术细节。

这样才有可能真正的做到解读的规化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好的临床解读报告，基因检测才能更好的效劳患者和临床医生。

从大的框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。

1、读懂原始数据将测序的原始序列数据〔FASTQ〕去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至GRCh37/38〔NCBI版本〕或hg19/hg38〔UCSC版本〕人类基因组参考序列上，Picard去除重复序列，使用GATK检测SNV与Indel变异，使用ANNOVAR进展变异注释。

最后获得一份.vcf文件〔图1〕。

图1 从测序的原始序列数据到vcf文件的流程一份vcf文件包含如下根本信息。

Chr：变异所在的染色体Start：变异在染色体上的起始位置End：变异在染色体上的完毕位置Ref：参考基因组的序列Alt：检测样本基因组的序列Func.refGene：变异所处参考基因的功能区〔exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic〕〔此处的exonic特指外显子编码氨基酸区，不包括外显子的UTR区〕Gene.refGene：变异所处参考基因名称〔如果是基因间，那么是两侧的基因〕GeneDetail.refGene：非外显子区处于特定转录本中的具体位置〔如果是基因间，那么是距离两侧的基因的距离〕ExonicFunc.refGene：外显子区的变异类型〔frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV〕，如果这一栏是一个“.〞的话，就说明该变异不在外显子区AAChange.refGene：氨基酸水平的改变〔同一个基因可能具有多个转录本，氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样〕经注释后的vcf文件还会包含如下信息：CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中的临床意义〔Benign，Likely benign，Uncertain significance，Likelypathogenic，Pathogenic，Drug-response〕CLINDBN：该变异所引起的疾病名称CLINACC：该变异的登记号和版本号〔VariantAccession and Versions〕CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库名称CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库中的IDPopFreqMax：该变异人群中的最大等位基因频率1000_All：该变异在千人基因组方案数据库中的人群等位基因频率1000_AFR：该变异在千人基因组方案数据库中非洲人群的等位基因频率1000_AMR：该变异在千人基因组方案数据库中美国人群的等位基因频率1000_EAS：该变异在千人基因组方案数据库中东亚人群的等位基因频率1000_EUR：该变异在千人基因组方案数据库中欧洲人群的等位基因频率1000_SAS：该变异在千人基因组方案数据库中南亚人群的等位基因频率Snp138：该变异在dbSNP数据库中的IDCosmic70：该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC中的IDESP6500siv2_ALL：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的人群等位基因频率ESP6500siv2_AA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的非洲裔人群等位基因频率ESP6500siv2_EA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的欧洲裔人群等位基因频率ExAC_All：该变异在ExAC数据库中的人群等位基因频率ExAC_AFR：该变异在ExAC数据库中非洲人群的等位基因频率ExAC_AMR：该变异在ExAC数据库中美国人群的等位基因频率ExAC_EAS：该变异在ExAC数据库中东亚人群的等位基因频率ExAC_FIN：该变异在ExAC数据库中芬兰人群的等位基因频率ExAC_NFE：该变异在ExAC数据库中非芬兰欧洲人群的等位基因频率ExAC_OTH：该变异在ExAC数据库中除已指定人群之外的人群等位基因频率ExAC_SAS：该变异在ExAC数据库中南亚人群的等位基因频率CG46：该变异在CG46数据库中的人群等位基因频率。

体细胞变异在不同癌种中对应的药物敏感性证据分为四个等级：A 级，美国食品药品监督管理局（Food and Drug Administration，FDA）批准或专业临床指南推荐；业届指南中定义的特定肿瘤的诊断/预后因子；B 级，经具有足够统计学效能的临床研究证实、获得该领域专家共识；经具有足够统计学效能的临床研究证实其诊断/预后价值；C 级，其他癌种中的A 级证据（跨适应证用药，即其他癌种用药）、或已作为临床试验的入组标准；多项小型研究支持其诊断/预后价值；5、肿瘤负荷突变肿瘤突变负荷 （tumor mutation burden，TMB）即肿瘤基因组编码区包含的非同义突变的数量或密度（突变数/Mb），是肿瘤新抗原负荷的替代指标，简单理解为 患者肿瘤组织中具有多少个基因变异，突变的基因越多，越有可能产生更多异常的蛋白，越有可能被免疫系统识破。

目前基于 NGS 大panel检测的TMB 已可达到与WES （全外显子组测序）的高度相关并在大量免疫治疗临床研究中证实其对疗效的预测价值。

目前，对组织 TMB检测有几点共识：①编码区覆盖大于 1 Mb（大概相当于 300 个以上基因的全外显子区域）；②基于经过验证的可靠生物信息分析算法。

对 TMB的准确评估（无论基于组织或血浆cfDNA样本）建立在样本满足一定肿瘤占比的基础上，肿瘤占比过低将导致 TMB的严重低估。

当我们看到 TMB 数值时，如果所选择的 panel太小，是无法准确测算TMB的，除此之外还需要通过TMB绝对值以及该数值在已检测的肿瘤样本中的相对排序等，综合评估 TMB水平及其可信度。

理论上TMB水平低，可能预示靶向效果相对较好，TMB水平高，可能预示免疫治疗获03案例分析案例一男性，肺腺癌，EGFR 21 L858R,一线凯美纳半年，肺部病灶稳定，少量胸水，cea从20涨到30，基于担心耐药，做了血液单一t790m的基因检测，为t790m阳性，是否需要立即更换三代EGFR靶向药物呢？分析：有理由直接更换，但基于主病灶稳定、少量胸水可控的情况下，众所周知治疗根据基因检测提示，EGFR t790m消失，EGFR 19DEL还在，MET扩增消失，提示克唑替尼/卡马替尼（inc280）等一型MET抑制剂已经耐药，需要更换二型MET抑制剂如卡博替尼/梅沙替尼。