在使用BRB arraytools分析数据中遇到的问题
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DNA测序常见问题分析及解决办法总结PCR类型测序模板注意事项PCR类型测序模板注意事项•总反应体积建议为50uL或100uL,扩增结束后取3ul用1%左右的琼脂糖电泳检测,应为单一的条带。
3ul样品总量不低于50ng(非常小的PCR产物可以酌情减小),PCR产物产量过低说明PCR扩增结果不是很理想,应改进条件重新扩增。
•对于有杂带和扩增弥散的PCR产物,需经琼脂糖电泳将目的片段切下来并回收,建议将PCR 产物作克隆后进行测序。
有杂带的和扩增弥散的PCR产物即使通过琼脂糖电泳纯化,测序仍有可能出现双峰等异常结果。
•经上述检测合格的PCR产物,需经过琼脂糖电泳纯化去除未反应的引物,dNTP,引物二聚体等影响测序反应的组分。
有多种纯化方法可供选择,Promega,Qiagen和生工等公司都有相应的产品可供选择。
纯化后的PCR产物经电泳检测估计总量应不低于200ng/Kb(非常小的PCR产物可以酌情减小)。
•与质粒模板相比,PCR产物彼此间差异很大,因此,每个PCR模板应尽可能提供相应的PCR 退火温度和PCR产物的长度,以供测序时参考。
•PCR模板一般不应短于200bp,过短的PCR产物应经克隆后进行测序。
•纯化好的PCR产物应溶于双蒸水中,TE缓冲液会严重影响测序反应。
•若让公司对PCR产物进行纯化,PCR产物需满足∶总量不低于1ug/kb,片段长度不低于200bp •各种PCR测序模板均应提供相应的测序引物,并尽可能提供引物的全序列,并将引物浓度准确稀释到5pmole/ul 。
引物浓度的换算关系∶总ng数 = pmole x 分子量/1000由于PCR产物测序相对较难,为使您能拿到一个好的结果,请尽量满足上述要求。
DNA测序常见问题分析及解决办法总结测序常见问题分析序列中出现N值的常见原因:通常有以下几种情况将造成测序结果中N值较多:•PCR产物直接进行测序,在PCR产物长度以后将无反应信号,机器将产生许多N值。
宫颈癌相关基因的筛选及生物信息学分析陈数珍1 马文丽1 郑文岭12(1. 南方医科大学基因工程研究所,广州,5105152. 华南基因组研究中心,广州, 510800 )摘要:目的从分子水平揭示宫颈癌的发病机制,为临床诊疗提供新工具。
方法在公共基因芯片数据库GEO中找到宫颈癌的相关基因芯片数据,使用BRB-ArrayTools软件包对其进行统计学分析,找到宫颈癌相关基因;利用Panther在线分析软件对这些基因进行生物学分析。
结果在宫颈癌组织共找到37条差异表达基因,上调23条,下调14条。
这些基因的功能大致分为细胞骨架结构、转运载体、细胞信号转导、转录调控、细胞粘附、细胞凋亡等。
结论利用生物信息学的方法能有效分析基因芯片数据并获取生物内在信息;宫颈癌的发生是由于多种基因表达改变所致,为确定宫颈癌的早期诊断标志与新治疗靶位开辟了新的思路。
关键词:宫颈癌差异表达基因芯片 GEO 生物信息学中图分类号:R113Screening for cervical cancer related genes and theirbioinformatics analysisShuzhen Chen1, Wenli Ma1, Wenling ZHENG1,21.Institute of Genetic Engineering, South Medical University, Guangzhou, 510515, China.2.Southern Genomics Research Center, Guangzhou, 510800,ChinaAbstract:objective To reveal the molecular pathogenesy of cervical cancer, and provide new tools for clinical diagnosis and treat. Methods Obtain the gene chip data of cervical cancer from GEO, then statistically analyze the data using BRB-ArrayTools. Find cervical cancer related genes, and analyze them by bioinformatics using Panther. Results Thirty-seven differential genes in cervical cancer sample were identified, with twenty-three up-regulated and fourteen down-regulated genes. These genes participate in cell structure, transporter, cell signal transduction, transcriptional control, cell adhesion, cell apoptosis and so on. Conclusion using bioinformatics can effectively analyze gene chip data and gain the internal information; multiple abnormal gene expression play a role in cervical carcinogenesis, develop new view for ascertaining the new early diagnosis and treat target.Keywords: cervical cancer differential expression gene chip GEO bioinformatics 宫颈癌是女性最常见恶性肿瘤之一,目前宫颈癌的疗效欠佳,预后不理想,其死亡率在女性恶性肿瘤中排第二;它的确切发病机制尚不清楚。
第18卷第6期微阵列技术[1-3]的到来对生物学和医学来说是一场革命,通过它可以同时观测成千上万个基因的表达水平,从而能够在基因组水平上以系统的、全局的观念去研究生命现象及其本质。
还可以根据基因在不同条件下表达的差异性来进行复杂疾病诊断、药物筛选、个性化治疗、基因功能发现、农作物优育和优选、环境检测和防治、食品卫生监督及司法鉴定等,因此对基因表达谱的研究具有重要的理论价值和应用意义。
微阵列基因表达数据具有维数高、样本小、非线性的特点,这对一些传统的机器学习方法提出了新的挑战,对其数据的分析已成为生物信息学研究的焦点。
1基因表达数据采集基因表达数据采集可分为三个步骤:微阵列设计、图像分析和数据获取、过滤、标准化。
基因芯片(gene chip ),简称为微阵列,就是指固着在载体上的高密度DNA 微点阵,具体地说就是将靶基因或寡核苷酸片段有序地、高密度排列在玻璃、硅等载体上。
mRNA (信使核糖核酸)的表达水平的获得是通过选取来自不同状态的样本(如正常组织与肿瘤组织、不同发育阶段组织,或用药之前与用药之后组织等,一种称为实验样本,另外一种称为参考样本),在逆转录过程中,实验样本和参考样本RNA (核糖核酸)分别用不同的红、绿荧光染料去标记,并将它们混合,与微阵列上的探针序列进行杂交,经适当的洗脱步骤与激光扫描仪对芯片进行扫描,获得对应于每种荧光的荧光强度图像,通过专用的图像分析软件,可获得微阵列上每个点的红、绿荧光强度(Cy5和Cy3),其比值(Cy5/Cy3)表示该基因在实验样本中的表达水平。
在通常情况下,考虑Cy5和Cy3的数值时,还应考虑相应的背景数值,如果微阵列上某个基因的Cy5或Cy3数值比相应的背景数值低,则该基因的表达水平无法确定。
为了方便数据处理,常孟令梅等:一种基于DCT 变换的图像认证算法文章编号:1005-1228(2010)06-0017-03基因表达谱数据分析技术刘玲(江苏财经职业技术学院,江苏淮安223001)摘要:人类基因组计划的研究已进入后基因组时代,后基因组时代研究的焦点已经从测序转向功能研究,主要采用无监督和有监督技术来分析基因表达谱和识别基因功能,通过基因转录调控网络分析细胞内基因之间的相互作用关系的整体表示,说明生命功能在基因表达层面的展现,对目前基因表达谱数据分析技术及它们的发展,进行了综述性的研究,分析了它们的优缺点,提出了解决问题的思路和方法,为基因表达谱的进一步研究提供了新的途径。
α-烯醇化酶在肝癌组织中的表达及临床意义朱威威;崔光莹;张敏敏;余祖江;陈晓龙;陈建安;何玉婷;余炎;胡秋月;孙冉冉;任志刚;李娟【摘要】目的:探究α-烯醇化酶(ENO1)在肝细胞癌(HCC)组织中的表达及临床意义.方法:利用TCGA和GEO公共数据库肝癌表达谱数据,分析HCC组织中ENO1 mRNA的表达;依据ENO1 mRNA的表达水平将TCGA数据库中的肝癌样本分为ENO1 mRNA低表达组和高表达组,然后下载目标分析基因集进行富集分析;K-M 法绘制生存曲线,比较两组总体生存期(OS)和无进展生存时间(PFS).采用免疫组化染色方法检测93例HCC及87例癌旁正常组织中ENO1蛋白的表达;将肝癌样本分为ENO1蛋白低表达组和高表达组,对两组进行生存分析.结果:HCC组织中ENO1 mRNA和蛋白表达水平均高于癌旁正常组织(P<0.05);TNMⅢ、Ⅳ期HCC组织中ENO1 mRNA和蛋白表达水平高于TNMⅠ、Ⅱ期组织(P<0.05),病理分级3、4级的HCC组织中ENO1 mRNA表达水平高于1、2级组织(P<0.05).ENO1 mRNA 低表达组中位OS和PFS均大于高表达组(P<0.05);ENO1蛋白低表达组中位OS 大于高表达组(P<0.05).与HCC预后不良相关的基因富集在ENO1 mRNA高表达组,与预后良好相关的基因富集在ENO1 mRNA低表达组.结论:ENO1与HCC的发生发展有关,有望成为HCC诊断及治疗的新靶点.【期刊名称】《郑州大学学报(医学版)》【年(卷),期】2018(053)004【总页数】5页(P412-416)【关键词】α-烯醇化酶;肝细胞癌【作者】朱威威;崔光莹;张敏敏;余祖江;陈晓龙;陈建安;何玉婷;余炎;胡秋月;孙冉冉;任志刚;李娟【作者单位】郑州大学第一附属医院感染科郑州450052;郑州大学第一附属医院感染科郑州450052;郑州大学第一附属医院感染科郑州450052;郑州大学第一附属医院感染科郑州450052;郑州大学第一附属医院感染科郑州450052;郑州大学第一附属医院感染科郑州450052;郑州大学第一附属医院感染科郑州450052;郑州大学第一附属医院感染科郑州450052;郑州大学第一附属医院感染科郑州450052;郑州大学第一附属医院感染科郑州450052;郑州大学第一附属医院感染科郑州450052;郑州大学第一附属医院感染科郑州450052【正文语种】中文【中图分类】R735.7原发性肝癌居目前我国常见恶性肿瘤的第四位及肿瘤致死病因的第三位[1-2],在全世界恶性肿瘤发病率中占第六位[3]。
Matlab中常见数据处理中的错误与解决方法在科学研究和工程领域中,数据处理是一个非常重要的环节。
Matlab作为一种常用的数学软件工具,被广泛应用于数据处理和分析。
然而,由于操作失误或者对Matlab不够熟悉,常常出现一些常见的错误。
本文将介绍一些常见的错误,并提供相应的解决方法,以帮助读者更加高效地使用Matlab进行数据处理。
错误一:维度不匹配在进行矩阵运算或者数据处理时,经常会遇到维度不匹配的错误。
这可能是因为输入数据的维度不一致,或者在操作过程中没有按照预期进行维度变换。
解决这个问题的方法是使用Matlab的函数reshape(),可以根据需要将数据进行维度变换,使其匹配。
错误二:数组越界在处理数组或矩阵时,经常会出现数组越界的错误。
这通常是由于索引值超过了数据的有效范围所致。
解决这个问题的方法是在进行索引操作前,先检查索引值是否超过了数组的范围,可以使用函数size()和length()获取数组的大小,然后进行合理的判断和处理。
错误三:代码逻辑错误在编写Matlab程序时,常常会遇到代码逻辑错误。
这可能是由于错误的条件判断、错误的循环控制或者错误的变量使用所致。
解决这个问题的方法是仔细检查代码的逻辑,确保条件判断和循环控制的正确性,同时进行适当的变量命名和使用,使程序的逻辑结构清晰可读。
错误四:数据格式转换问题在进行数据处理时,可能需要进行不同格式的数据之间的转换,比如将字符串转换为数值型数据。
错误的数据格式转换会导致程序出错或者得到错误的结果。
解决这个问题的方法是使用Matlab提供的函数str2num()、num2str()等,根据需要进行正确的格式转换,避免数据类型不匹配导致的错误。
错误五:数值精度问题在进行数值计算时,由于浮点数的精度限制,可能会出现数值计算结果不准确的问题。
例如,两个浮点数相等时会出现不相等的情况。
解决这个问题的方法是使用Matlab提供的函数eps()进行浮点数的比较,或者采用更加精确的数值计算方法,如符号计算工具箱。
怎样利用BlueScreenView查看电脑最近蓝屏原因电脑蓝屏的原因有很多,我们除了可以通过代码来发现问题,还有其他方法么?这里小编再给大家推荐一个软件么,这款软件可以直接读取电脑的蓝屏记录,同时可以显示跟蓝屏故障出现相关的文件!利用BlueScreenView查看电脑最近蓝屏原因的方法首先百度搜索“Nirsoft”,进入其官网然后在页面内搜索“BlueScreenView”(一般在页面软件目录的最后一个),然后点击进入,进入专属BlueScreenView的软件主页后,点击Download links are on the bottom of this page 进入真正的下载页面请对应自己的系统来按照图中指示下载对应的软件页面的下端还有语言包可以下载,请下载图中所示的,为中文简体将语言包和软件放在同一目录下就好,这时候打开软件就是中文界面了然后即可以点击蓝屏记录,看到蓝屏原因了。
相关阅读:电脑蓝屏错误代码0X0000000 操作完成0X0000001 不正确的函数0X0000002 系统找不到指定的文件0X0000003 系统找不到指定的路径0X0000004 系统无法打开文件0X0000005 拒绝存取0X0000006 无效的代码0X0000007 内存控制模块已损坏0X0000008 内存空间不足,无法处理这个指令0X0000009 内存控制模块位址无效0X000000A 环境不正确0X000000B 尝试载入一个格式错误的程序0X000000C 存取码错误0X000000D 资料错误0X000000E 内存空间不够,无法完成这项操作0X000000F 系统找不到指定的硬盘0X0000010 无法移除目录0X0000011 系统无法将文件移到其他的硬盘0X0000012 没有任何文件0X0000019 找不到指定扇区或磁道0X000001A 指定的磁盘或磁片无法存取0X000001B 磁盘找不到要求的装置0X000001C 打印机没有纸0X000001D 系统无法将资料写入指定的磁盘0X000001E 系统无法读取指定的装置0X000001F 连接到系统的某个装置没有作用0X0000021文件的一部分被锁定,现在无法存取0X0000024 开启的分享文件数量太多0X0000026 到达文件结尾0X0000027 磁盘已满0X0000036 网络繁忙0X000003B 网络发生意外的错误0X0000043 网络名称找不到0X0000050 文件已经存在0X0000052 无法建立目录或文件0X0000053 INT24失败(什麼意思?还请高手指点站长一二) 0X000006B 因为代用的磁盘尚未插入,所以程序已经停止0X000006C 磁盘正在使用中或被锁定0X000006F 文件名太长0X0000070 硬盘空间不足0X000007F 找不到指定的程序0X000045B 系统正在关机0X000045C 无法中止系统关机,因为没有关机的动作在进行中0X000046A 可用服务器储存空间不足0X0000475 系统BIOS无法变更系统电源状态0X000047E 指定的程序需要新的windows版本0X000047F 指定的程序不是windwos或ms-dos程序0X0000480 指定的程序已经启动,无法再启动一次0X0000481 指定的程序是为旧版的 windows所写的0X0000482 执行此应用程序所需的程序库文件之一被损0X0000483 没有应用程序与此项操作的指定文件建立关联0X0000484 传送指令到应用程序无效0X00005A2 指定的装置名称无效0X00005AA 系统资源不足,无法完成所要求的服务0X00005AB系统资源不足,无法完成所要求的服务0X00005AC系统资源不足,无法完成所要求的服务110 0x006E 系统无法开启指定的装置或档案。
小蓝熊错误代码大全 0X 操作完成0X 不正确的函数0X 系统打听没选定的文件0X 系统找不到指定的路径0X 系统无法关上文件0X 拒绝存取0X 违宪的代码0X 内存控制模块已损坏0X 内存空间严重不足,无法处置这个指令0X 内存控制模块位址无效0XA 环境不恰当0XB 尝试载入一个格式错误的程序0XC 读取码错误0XD 资料错误0XE 内存空间比较,无法顺利完成这项操作方式0XF 系统找不到指定的硬盘0X 无法去除目录0X 系统无法将文件移到其他的硬盘0X 没任何文件0X 找不到指定扇区或磁道0XA 选定的磁盘或磁片无法读取0XB 磁盘找不到要求的装置0XC 打印机没纸0XD 系统无法将资料写入指定的磁盘0XE 系统无法加载选定的装置0XF 连接到系统的某个装置没有作用0X文件的一部分被瞄准,现在无法读取0X 开启的分享文件数量太多0X 抵达文件结尾0X 磁盘已满0X 网络拥挤0XB 网络发生意外的错误0X 网络名称打听没0X 文件已经存在0X 无法创建目录或文件0X INT24失败(什麼意思?还请高手指点站长一二)0XB 因为代用的磁盘尚未填入,所以程序已经暂停 0XC 磁盘正在使用中或被锁定0XF 文件名太短0X 硬盘空间不足0XF 打听没选定的程序0XB 系统正在关机0XC 无法终止系统关机,因为没关机的动作在展开中 0XA 可用服务器储存空间不足0X 系统BIOS无法更改系统电源状态0XE 指定的程序需要新的windows版本0XF 选定的程序不是windwos或ms-dos程序0X 指定的程序已经启动,无法再启动一次0X 选定的程序就是为旧版的 windows写给的0X 执行此应用程序所需的程序库文件之一被损0X 没应用程序与此项操作方式的选定文件创建关联0X 传送指令到应用程序无效0XA2 选定的装置名称违宪0XAA 系统资源不足,无法完成所要求的服务0XAB系统资源严重不足,无法顺利完成所建议的服务0XAC系统资源不足,无法完成所要求的服务110 0x006E 系统无法打开选定的装置或档案。
VBA中数据处理和分析中的常见错误和解决方法VBA是一种强大的编程语言,用于自动化处理和分析数据,特别适用于使用Microsoft Excel进行数据处理和分析的用户。
然而,由于其复杂性和灵活性,VBA在处理和分析数据时可能会出现一些常见的错误。
在本文中,我们将讨论一些常见的VBA数据处理和分析错误,并提供解决方法。
1. 类型不匹配错误(Type Mismatch Errors)类型不匹配错误经常发生在对不同类型的数据进行操作时。
例如,当将一个字符串变量与一个数字变量相加时,就会出现类型不匹配错误。
解决方法:- 确保操作的数据类型是兼容的。
可以使用函数如`CStr`、`CInt`、`CDbl`、`CDate`等来转化数据类型。
- 使用条件语句(如If语句)或类型转换函数(如`IsNumeric`、`IsDate`等)来验证数据类型。
- 使用`Option Strict On`语句来强制要求变量声明和类型匹配,从而避免类型不匹配错误。
2. 访问未赋值的对象错误(Accessing Uninitialized Object Errors)当尝试访问未初始化(即未赋值)的对象时,将会出现访问未赋值的对象错误。
解决方法:- 确保在使用之前对对象进行初始化或赋值。
可以使用`Set`语句来分配一个对象引用。
- 使用条件语句或错误处理语句(如`On Error GoTo`)来避免访问未赋值的对象。
3. 数组越界错误(Array Out of Bounds Errors)数组越界错误通常发生在尝试访问数组元素时使用了错误的索引值。
例如,当使用负数或超出数组长度的索引值时,就会出现数组越界错误。
解决方法:- 确保在访问数组元素之前,索引值是有效的。
- 使用条件语句或错误处理语句来检查索引值是否超出了数组的长度范围。
4. 对象不存在错误(Object Doesn't Exist Errors)对象不存在错误通常发生在尝试访问一个不存在的对象时。