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二代测序方法列入首部《中国非小细胞肺癌RET基因融合临床检测专家共识》强烈推荐范围近日，中国首部《中国非小细胞肺癌RET基因融合临床检测专家共识》（以下简称“共识”）正式发布。
“共识”的发布顺应精准诊疗发展大背景，为中国受体酪氨酸激酶RET（Rearranged during Transfection）基因融合临床检测的规范化奠定了基础。
作为驱动癌症产生的“始因”之一，携带某些融合基因/剪切变异的患者相关靶向药预后较好，使得相关变异事件的有效检出深受临床重视。
在推荐的检测方法中，二代基因测序方法（next generation sequencing，NGS）被“共识”列入强烈推荐范围——DNA二代测序方法纳入RET检测「強烈推荐」等级，RNA二代测序方法也备受认可获「推荐」。
中国非小细胞肺癌精准治疗新篇章：迎来首个获批的RET抑制剂2021年3月24日，因优越和持久的临床抗肿瘤活性且耐受性和安全性良好，国家药品监督管理局（NMPA）通过优先审评审批程序附条件批准RET抑制剂普拉替尼胶囊（pralsetinib，商品名：普吉华）上市，用于既往接受过含铂化疗的RET基因融合阳性的局部晚期或转移性非小细胞肺癌（NSCLC）成人患者的治疗。
该药品上市意味着中国迎来了首个RET抑制剂，为局部晚期或转移性NSCLC成人患者提供了新的治疗选择，也打开了中国NSCLC精准治疗的“RET抑制剂新篇章”。
2020年6月，燃石医学与基石药业达成伴随诊断（CDx）战略合作，双方携手开发和商业化普拉替尼在中国地区的CDx伴随诊断, 用于检测肿瘤患者的RET基因变异。
RET基因融合变异和激活突变是NSCLC和甲状腺髓样癌（MTC）等多个癌种中重要的肿瘤驱动基因变异。
此外，肉瘤、结直肠癌、胆管癌和卵巢癌等癌种中也检出了较低频率的RET融合。
二代测序方法获「強烈推荐」“共识”指出，准确检测RET基因融合是实施RET抑制剂治疗的前提。
《二代测寤技术在肿瘤精准医学诊断中的应用专家共识》要点二代测序（NGS ）又称大规模平行测序，能同时对上百万甚至数十亿个DNA 分子进行测序，实现大规模、高通量测序的目标，时继Sanger测序之后的革命性进步。
目前在临床肿瘤实践中,NGS主要用于驱动基因测序, 是肿瘤精准诊疗的重要环节。
NGS有明显的通量优势及发现未知基因变异的优势,但是在使用中也存在包括检测技术、数据管理、分析与报告、解读与临床咨询等方面的各种挑战。
在我国现阶段，肿瘤患者数目庞大,驱动基因诊断和检测应用需求巨大。
但在实际应用中会出现因为检测技术的准入门槛低、缺乏临床公认的NGS 指导规范，肿瘤诊疗中可能存在检测质量低下、结果准确性差，检测结果解读不专业，甚至盲目追求基因检测结果的现象。
本共识文中的"声明"是专家组讨论的各个要点，也即专家组形成的共识或推荐。
—、NGS在临床肿瘤诊断中的质量需求声明1 :临床肿瘤诊断应用的NGS项目应符合相应的诊断技术标准.声明2 : NGS检测项目的目的和临床益处应明确二NGS在临床肿瘤应用的检测内容声明3 :如果NGS用于临床分子诊断，应明确至少哪些基因需纳入检测名单中声明4:可靶向作用基因的变异可能会影响临床决策,医师需要根据基因分型的检测结果来指导临床诊疗方案声明5 :应根据实际情况需对检测内容进行更新声明6 :应对每个基因变异点进行明确定义注释声明7 :NGS项目的检测流程和生物信息学分析需针对特定平台和分析项目进行充分优化和标准化三、NGS应用中的样本处理声明8:为提高NGS检测肿瘤驱动基因的准确性，应提供高质量的临床生物材料样本声明9 :样本登记过程中每个标本应在NGS分析中有唯一性标识声明10 :应有充分的样本评估和起始核酸用量声明11:应对抽提后^文库构建后的核酸样本进行质控声明12:应预留生物材料用于后续验证四、NGS测序技术及流程声明13 :NGS检测需符合严格的检测坏境要求声明14 :应对NGS试剂进行严格的管理和质控声明15 :每个特定NGS测试项目均需经过严格技术验证后才可用于临床肿瘤检测声明16 :应制定有明确的检测流程声明17 : NGS技术检测项目应达到标准化声明18 :人员配备和熟练程度应满足实践需求声明19 :需使用核心基因清单与相应的检测标准品用于各个实验室间的质控比较五、NGS数据的产生、管理、信息学分析声明20 :应对所采用的数据分析工具（软件）进行能力验证声明21 :检测实验室应规范数据产生和管理储存流程声明22 :数据储存应米用通用的FASTQ、BAM、VCF格式，便于数据交换及实验室间评价声明23 :NGS原始数据的质量检杳,应有严格的操作规程指导声明24 :不同肿瘤的NGS数据分析应遵循相同的基本流程声明25 :体细胞与胚系来源的变异应加以区分声明26 :应对应对各个瘤种中具有明确或重要临床意义的基因变异进行关注分析和说明声明27 :中国肿瘤驱动基因分析联盟（CAGC）建议，临床肿瘤组织本的NGS检测数据中测序有效深度应达到500倍以上，测序深度是指测序得到的碱基总量与基因组大小的比值，是评价测序量的指标之一；血浆游离DNA标本的NGS有效测序深度应达到1000倍以上声明28 : CAGC项目数据的管理应在标准流程和各类数据管理方面实现同一化六、NGS结果报告与咨询声明29 :报告格式和内容需标准化,应能适应短期未来的发展趋势（靶点知识和检测内容的变更）声明30 :报告范围应根据测试目的及测序能够达到质量要求的覆盖范围来决定声明31 :NGS报告应简明扼要、明确易懂声明32 :结果解释需客观中肯，平实地描述肿瘤突变结果声明33 :遗传咨询需多学科支持七、知情同意声明34 :NGS检测项目开展刖应向患者提供知情冋意或相关遗传咨询八、NGS用于硏究与诊断的区别声明35 :研究项目获得有临床意义的分子变异结果需进一步在诊断条件下确证后才可纳入患者的医疗记录声明36 :硏究和诊断的检测结果都应建立数据库管理九、精准月中瘤学研究项目(CAGC-POI) NGS的监督管理。
下呼吸道感染宏基因组二代测序报告临床解读路径专家共识摘要近年来，宏基因组二代测序（mNGS）技术在下呼吸道感染（1RTI）病原诊断领域得到了广泛应用，国内临床医师在mNGS的临床应用方面已积累了一定的经验和证据。
但mNGS在1RT1病原诊断中的适用场景仍缺乏规范，mNGS报告的临床意义解读也缺乏专业的指导意见。
本共识基于mNGS在我国1RT1病原诊断方面的应用实践，梳理mNGS在1RT1应用领域的瓶颈问题，汇总本领域专家意见，明确了mNGS在1RT1病原诊断中的适用场景，为mNGS报告临床意义提供了一条合理可行的解读路径，以期规范mNGS在1RT1中科学合理应用。
宏基因组二代测序是近年来兴起的基于核酸检测的微生物鉴定技术，由于其非预设性、高通量等优点而得到广泛应用。
下呼吸道感染主要包括社区获得性肺炎、医院获得性肺炎、免疫抑制宿主肺炎、慢性阻塞性肺疾病急性加重、支气管扩张症合并感染等类型，临床表现多样，感染微生物种类复杂，感染和定植鉴别困难，加之mNGS技术本身存在的局限性，mNGS诊断效力的发挥有赖于选择恰当患者、采用适宜标本以及进行合理的解读。
尽管国内就mNGS的技术要点和临床应用已有数部专家共识，但尚缺乏针对1RTI临床实践中具体问题的指导意见。
为此，中华医学会呼吸病学分会发起并组织呼吸与危重症、临床微生物检验、感染等多学科的专家撰写本共识，以期规范mNGS在1RT1中的临床应用，为更好地规范解读mNGS报告提供指引。
1RTI诊断要点、主要病原谱及特定致病微生物的危险因素本共识不再赘述，可参考相关指南或共识。
本共识采用问答的形式，首先提出需要阐明的问题，经共识写作组讨论后确定入选问题，在梳理临床证据的基础上给出每个问题的推荐意见及理由，并附上典型应用案例及其解析，方便读者掌握共识要点。
本共识适用于青少年和成人1RTI o一、1RTI病原学诊断方法学问题1：mNGS和传统微生物检测方法相比的优势与不足是什么？传统微生物检测方法技术成熟，可靠性较高，临床应用实践多；mNGS技术理论上能非预设性、一次性检测未知病原，检测范围更广，但存在技术复杂、报告解读困难等不足。
二代测序技术在血液肿瘤中的应用中国专家共识（完整版）血液肿瘤是一类具有高度异质性的疾病，其诊疗需要结合形态学、免疫学、遗传学和分子生物学进行综合分析。
二代测序（Next-generation sequencing, NGS）作为新的分子生物学技术，具有通量高、灵敏度高、成本低等优势，是探索血液肿瘤的分子发病机制并指导临床诊疗的重要手段。
为推动NGS在血液肿瘤诊疗中的应用，提高诊疗水平，中国抗癌协会血液肿瘤专业委员会、中华医学会血液学分会、中华医学会病理学分会组织国内相关的血液、病理和检验专家，结合国外权威资料和已积累的大样本数据，制订了NGS在血液肿瘤中应用的中国专家共识。
血液肿瘤中常见的分子生物学异常主要包括基因突变、融合基因及基因异常表达。
目前NGS在基因突变的检测方面应用最为广泛和成熟，本共识仅涉及基因突变的检测。
一、NGS在血液肿瘤诊疗中的应用价值1．诊断分型：基因突变的检测在急性髓系白血病（AML）伴重现性遗传学异常、遗传易感性髓系肿瘤、骨髓增殖性肿瘤（MPN）、骨髓增生异常综合征伴环形铁粒幼红细胞（MDS-RS）、毛细胞白血病（HCL）和淋巴浆细胞淋巴瘤/华氏巨球蛋白血症（LPL/WM）的诊断中具有关键性的作用，对于其他血液肿瘤则起到辅助诊断的作用[1,2,3,4,5,6,7,8]。
2．预后判定：基因突变是各类血液肿瘤预后判断的重要依据，目前NCCN指南已提出了基于基因突变的AML预后分层体系[1]。
此外，MDS、MPN、MDS/MPN、急性淋巴细胞白血病（ALL）、慢性淋巴细胞白血病/小淋巴细胞淋巴瘤（CLL/SLL）、LPL/WM、大颗粒淋巴细胞白血病（LGLL）中，已经证实了一些具有明确预后意义的突变基因[2,3,4,5,6,7,8]。
其他血液肿瘤中突变基因的预后意义尚有待于进一步研究。
3．指导治疗：一方面，基因突变检测可提供分子治疗靶点，对应靶向药物进行治疗，目前已有基于突变基因的靶向药物应用于临床或处于临床试验阶段，其中FLT3、IDH1/2、BRAF及JAK-STAT信号通路相关的突变基因已有靶向药物上市[1,4,5]；另一方面，基因突变可以导致对某些药物的敏感或者耐受，及时检测有助于治疗方案的调整。
临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识背景和意义随着研究和技术的不断进步，二代基因测序技术已成为临床疾病分子诊断领域的重要工具。
它可以对肿瘤、遗传病、细菌感染等进行高通量全基因组、全外显子、全转录组等研究，并为个体化医学提供支持。
然而，在临床应用中，大规模数据的产生和分析带来了诸多挑战，如样本处理、数据分析和解读标准化等。
因此，为推动二代基因测序技术在临床中的应用，制定共识标准十分必要。
共识的制定过程该共识标准由临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共同制定。
共识包括样本采集、DNA提取、测序、数据分析、质控及结果解读。
样本采集和处理对于疑似肿瘤患者的血液和组织样本，需要按照病理学标准进行采集，并做相关记录。
对于血液样本，要使用抗凝剂保护，避免细胞破裂和DNA降解。
对于组织样本，要迅速固定并保护样本完整性。
所有样本要在规定时间内运送到实验室，并放置于正确的温度下保存。
DNA提取和准备DNA提取要根据实验室标准程序进行，严格遵循消毒规程，防止交叉污染和误操作。
提取的DNA需要满足质量和纯度标准，否则会影响测序结果。
测序和数据分析在测序前，需要对DNA进行文库制备和样本标记。
测序的数据要通过正确的软件进行基础数据质控、数据过滤、监测和清理。
对于数据质量问题，要评估是否合格，是否需要重复测试和检查。
分析要根据普通（germline）和肿瘤（somatic）样本的碱基类型、突变类型、外显子和基因进行。
质量控制二代基因测序的结果要进行质量控制，包括是否完整、准确和可重复等。
要定期同步并评估先前记录和标准操作，以及样本质量和实验室管理情况的自行监测和审核。
结果解读在解读结果之前，要对结果进行合并和检验。
分析结果应该与患者的临床信息、病史、病理学等进行整合。
对于整合后得出的，要根据医生的经验和可信度的科学证据进行确认或排除。
本共识标准制定了临床分子病理实验室二代基因测序的标准，并指出了样本采集、DNA提取、测序、数据分析、质控及结果解读中需要遵守的严格规定。
遗传病二代测序临床检测全流程规范化共识下载温馨提示:该文档是我店铺精心编制而成，希望大家下载以后，能够帮助大家解决实际的问题。
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2020ACOG《胎膜早破临床实践指南》解读胎膜破裂发生在临产前称胎膜早破（PROM），其中，妊娠37周之前发生的PROM被称为未足月胎膜早破（PPROM）。
胎膜早破是妊娠期最常见的并发症之一，是围产儿病率及死亡的主要原因。
足月PROM的发生率约为8%，未足月胎膜早破（PPROM）的发生率约为3%，未足月胎膜早破（PPROM）的处理策略，一直是产科临床工作的棘手问题。
近期，美国妇产科医师学会（ACOG）发布了“胎膜早破临床实践指南（2020）”，在2018年版本基础上进行了补充完善，主要更新了PROM的诊断、足月PROM的期待疗法、妊娠34周至36+6周PPROM孕妇分娩时机等方面。
为了诸位同道能对ACOG《胎膜早破临床实践指南（2020）》更加全面的了解和学习，中国妇产科网特邀请重庆医科大学附属第一医院漆洪波教授对共识进行了权威解读。
Simple Style明确诊断病例至关重要，推荐羊膜腔注射染料辅助诊断2020年最新版本指南在诊断方面并未作出更多的更新，只是特别强调了在可疑胎膜早破时，可以应用一些生化标记物进行辅助诊断，这些标志物包括胎盘ɑ-微球蛋白、引导生长因子结核球蛋白-1（IGFBPY）。
ACOG指南一直主张可疑胎膜早破可以通过羊膜腔注射染料来辅助诊断，推荐应用于需要明确诊断的病例。
目前，全球范围内相关指南对于足月胎膜早破均不推荐期待疗法，而是强调尽快终止妊娠。
有自发性宫缩更好，如果没有，则需要诱发子宫收缩。
考虑到安全性，首先推荐应用缩宫素，如果宫颈成熟度不佳，可考虑应用前列腺素制剂进行引产。
Simple Style科学分类处理PROM，贴合实际情况进行治疗对于足月胎膜早破，包括有自发性宫缩，应该尽快终止妊娠，进行产程观察，促进阴道分娩，无自发性宫缩者，可应用缩宫素或前列腺素诱发宫缩。
对于近足月的胎膜早破，即孕34周至36+6周的胎膜早破，这一孕周的胎膜早破处理在国际上尚存争议。
众所周知，未足月胎膜早破≥34周应该终止妊娠；但对于孕34周至36+6周的胎膜早破、无自发性宫缩是采用期待治疗还是终止妊娠仍然存在争议。
2020年8月第20卷第4期循证医学The Journal of Evidence-Based MedicineAug.2020Vol.20No.4二代测序临床报告解读指引二代测序临床报告解读专家组［摘要］二代测序（next generation sequencing，NGS）已成为中国临床肿瘤医生常用检测工具，而中国超90%临床医生需要NGS报告解读支持。
因此，为提升临床医生NGS报告解读能力，特编写了NGS临床报告解读指引，以帮助临床医生梳理NGS报告解读逻辑，快速抓取关键信息，同时尽可能规避过度解读基因组信息导致的潜在危害。
本文从临床靶点或驱动基因相关体细胞变异注释及解读、NGS报告解读及临床决策、可报告范围及质量控制等方面详细介绍了NGS报告解读应遵循的恰当的结构化循证原则，正确理解NGS报告的逻辑结构、抓取关键信息并综合分析，为肿瘤患者带来切实的临床获益。
帮助医生在综合浏览完一份样本检出的所有分子变异后，结合患者的基本临床信息以及既往或同期其他配对样本检测结果，综合判断患者疾病的全面分子特征谱及其演化过程，了解这些信息所提示的生物学意义和临床意义，最终做出正确的临床决策。
［关键词］二代测序；报告解读；指引［中图分类号］R446.7［文献标识码］A DOI：10.12019/j.issn.1671⁃5144.2020.04.001 Standards and Guidelines for the Interpretation of Next GenerationSequencing Clinical ReportsNext Generation Sequencing Clinical Report Interpretation Expert GroupAbstract：In China，next generation sequencing（NGS）has became a common molecular testing tool used by clinical oncologists，however，NGS clinical reports could be overwhelming for some clinicians who are unfamiliar with NGS.Approximately90%of clinicians are dependent on external support for the interpretation of NGS reports.In order to improve the clinicians ability to interpret and derive more information from NGS reports，a working group comprised of clinical oncologists and NGS professionals from all over China have compiled relevant standards and guidelines to equip the clinicians with the knowledge to identify the key information and avoid the over⁃interpretation of genomic information from NGS clinical reports.This article provides a detailed introduction on the logically structured evidenced⁃based principles of NGS reports including the interpretation of somatic mutations related to clinical targets or driver genes，the proper interpretation of genomic results to inform clinical decision⁃making，reportable scope，sample quality control，and other relevant information included in NGS clinical reports.With a better grasp on the information from NGS reports，the clinicians should be able to integrate the basic clinical information，other past or present test results，and the molecular profile of the patient to comprehensively assess the patient s disease and tailor a treatment strategy that will benefit the patient.Key words：next generation sequencing；report interpretation；guideline背景目前二代测序（next generation sequencing，NGS）已成为中国临床肿瘤医生常用检测工具，中国临床肿瘤学会（Chinese Society of Clinical Oncology，CSCO）肿瘤生物标志物专家委员会发布的第1个NGS临床应用调研显示，大于30%的肿瘤科医生每月NGS检测量超5个，而中国超过90%临床医生需要NGS报告解读支持。
临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识近年二代基因测序（next-generation sequencing，NGS）技术快速发展，其应用已进展至临床检测，如遗传疾病、实体肿瘤、血液肿瘤、感染性疾病、人类白细胞抗原分析及非侵袭性产前筛查等。
国内外有关学会已出台相关共识与指南以推动其在临床中的应用。
中华医学会病理学分会和中国抗癌协会肿瘤病理专委会前期组织病理、临床、生物信息等专家进行了充分讨论，拟在NGS的操作流程、数据处理、结果解读等方面作规范和建议，以规范NGS在分子病理领域的应用。
临床分子病理实验室NGS样本可采用甲醛固定石蜡包埋组织（formalin-fixedparaffin-embedded，FFPE）、新鲜组织、各种体液上清液、体液离心细胞块、石蜡包埋标本和血浆/血液标本等。
本共识特色是基于病理评估的组织样本（FFPE、新鲜）的规范。
测序分析范围基于目前临床需求，本共识着重在于目标区域测序（panel）分析的实践。
随着技术的更新和应用的成熟，本共识将持续更新以满足临床需求。
一、实验室总体要求NGS检测实验室的总体设计与要求应参考《分子病理诊断实验室建设指南（试行）》、《医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》、《个体化医学检测质量保证指南》、《肿瘤个体化治疗检测技术指南》、《个体化医学检测实验室管理办法》、《测序技术的个体化医学检测应用技术指南（试行）》进行。
1.NGS检测人员的资质要求：NGS检测技术人员应具备临床病理学、分子生物学的相关专业大专以上学历，并经过NGS技术的理论与技能培训合格。
数据分析人员应具有临床医学或分子生物学或遗传学知识背景并经生物信息学培训。
最终报告应由中级或硕士以上具有病理学背景、经培训合格的本单位执业医师或者授权签字人（医学博士学位或高级职称）审核。
2.NGS检测实验室的区域设置要求：原则上NGS实验室应当有以下分区：样本前处理区、试剂储存和准备区、样本制备区、文库制备区、杂交捕获区/多重PCR区域（第一扩增区）、文库扩增区（第二扩增区）、文库检测与质控区、测序区、数据存贮区。
临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识化治疗检测技术指南》、《个体化医学检测实验室管理办法》、《测序技术的个体化医学检测应用技术指南（试行）》进行。
1.NGS检测人员的资质要求：NGS检测技术人员应具备临床病理学、分子生物学的相关专业大专以上学历，并经过NGS 技术的理论与技能培训合格。
数据分析人员应具有临床医学或分子生物学或遗传学知识背景并经生物信息学培训。
最终报告应由中级或硕士以上具有病理学背景、经培训合格的本单位执业医师或者授权签字人（医学博士学位或高级职称）审核。
2.NGS检测实验室的区域设置要求：原则上NGS实验室应当有以下分区：样本前处理区、试剂储存和准备区、样本制备区、文库制备区、杂交捕获区/多重PCR区域（第一扩增区）、文库扩增区（第二扩增区）、文库检测与质控区、测序区、数据存贮区。
各工作区空气及人员流向需要严格按照《医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》。
分区可根据实际情况合并，但是在前处理和建库时，血液样本应与组织样本分开。
3.NGS检测试剂及项目要求：试剂和测序平台均应选择中国食品药品监督管理总局（CFDA）认可产品。
涉及到实验室自配试剂，应该有严格的试剂制备标准操作规程（SOP），需经过临床实验室自建项目（LDT）验证合格才可使用。
每个NGS检测项目在验证时需要根据建库方法、测序平台和分析工具以及不同的突变类型包括，单碱基突变single nucleotidevariant，SNVs、小片段插入或者缺失（Indels）、基因拷贝数变异Copynumber variations（CNVs）、染色体结构变异，structuralvariation（SVs）以及不同的样本类型（如FFPE组织、新鲜组织、全血、胸水等）对特定panel 的准确性、精确性、敏感性、特异性等性能参数进行LDT验证。
应该有经过标准品测试的在不同的mutant allele frequencies（MAF）下，不同测序深度的灵敏度及特异性数据，确定不同样本的可信的测序深度。
经验证后，SOP发生的任何改动，包括试剂、仪器、基因项目等都需要重新做验证。
验证实验结果签名留底备案。
4.NGS检测实验室的质量管理要求：NGS检测主要包括实验操作和生物信息学分析两部分。
实验操作部分包括样本准备、文库制备、编码（barcoding）、目标区域富集、测序等；生物信息学分析部分包括定位（mapping）、比对、变异识别、变异注释、变异解读及报告等。
上述流程均需要建立实验室质量管理体系文件和SOP及机器运行和维护SOP，具有严格的室内质控措施；定期参加室间质评以有及持续的质量保证和改进计划。
二、NGS分析样本、基因panel和转运要求NGS分析样本类型可采用FFPE样本、新鲜组织、各种体液上清液、体液离心细胞块石蜡包埋标本和血浆/血液标本等。
对于肿瘤体细胞变异初次NGS检测应首选经病理评估的组织样本，在此数据基础上的再次检测可选取液体样本动态监测。
NGS检测前需通过病理诊断明确其肿瘤的性质及含量，根据不同肿瘤类型选择合适的基因panel测序。
不同疾病的基因panel列表，必须由临床与检测机构的专家共同决定，已达到不同实验室之间的可比性和完善性。
未经病理评估的基因检测结果不可单独用于分子病理临床诊断目的。
样本质量对检测结果和分析至关重要，病理医师需要对可评估的样本进一步明确病理诊断，并评价标本有无出血、坏死和不利于核酸检测的前处理（例如含HCl脱钙液处理），病变细胞（如肿瘤细胞）的总量和比例，避免假阴性。
组织标本中肿瘤细胞含量建议达到20%以上，低于此标准可富集后检测。
NGS检测实验室应对不同类型的样本有采集及处理SOP指导。
对于不同的样本（FFPE、体液、血液等）实验室应有不同的样本运送SOP，物流环节（含冷链运输）应有相关运送记录，确保样本运送安全、无污染、无降解。
三、NGS检测流程中的质量标准1.核酸提取及其质量分析：提取的核酸质量是NGS检测成功的关键因素，在制备文库前应采用多种方法对核酸质量评估，包括纯度、浓度和完整性分析。
需要根据不同的样本类型制定相应的SOP用以鉴定核酸的纯度、浓度、完整性或降解程度等。
并对应明确接受和拒绝的标准。
2.文库制备及其质量分析：文库制备方法主要有杂交捕获和扩增子建库，无论采用何种方法制备文库和平台检测，都应对检测基因、区域或突变热点进行描述，并建立实验室检测SOP。
建立好文库后上机测序前需对文库进行质量分析。
每个检测项目应设定其文库质量的要求，明确接受或拒绝的标准。
3.NGS测序仪上机分析及其质量分析：NGS建库主要有扩增法和捕获法两大策略，测序时根据检测样本量和质量要求确定适当的芯片，以保证测序质量和靶区覆盖深度。
录入样本编号、检测内容、设定参数等信息，按仪器操作流程进行测序。
产生的测序数据质量参数要求详见后文。
4.NGS检测中的样本追踪及对照设置：（1）样本追踪：为确保检测过程中样本没有混淆或污染，可选用多个SNV位点或其他标签作为样本身份标识（sample ID），在检测前对每个样本进行SNV位点信息的测定，在NGS检测后对上述位点进行追踪，证明没有交叉污染。
（2）阳性对照：应用组合型质控材料，可采用已知突变信息的混合样本，以模拟样本的复杂性。
实验时同时检测，以确保其检出能力。
（3）阴性对照：用无核酸或明确无突变的样本作为模板同时进行检测，以确保检测过程中没有污染或非特异性。
（4）应对方案和替代方法：各个质量控制步骤中如出现异常或失败，实验室应有应对措施或备选方案；对于测序结果质量差或有问题的区域应建立替代方法（如Sanger测序）。
四、生物信息分析NGS数据的生物信息分析可分为两个主要步骤：一是对测序数据进行质控分析及过滤。
二是对通过质控的序列进行变异位点鉴定分析并注释。
所用各种生物信息分析软件，都要通过适量标准品测序数据进行验证，证明所用软件及参数可达到临床报告的要求。
1.NGS生物信息分析流程标准：（1）质控分析：为保证分析结果的可靠性，需要对原始的测序数据进行质量控制与过滤。
测序数据的质量控制主要包含4个方面：质量评估、去接头序列、去低质量序列、去重复序列。
（2）序列比对（mapping）：将通过质控后每一条read与参考基因组进行比对，回贴到基因组上最佳位置。
（3）变异鉴定：对每个位点进行变异鉴定。
在肿瘤panel测序中，主要检测SNV和Indel两种突变类型，参数调整后可分析CNV。
部分panel 的设计还可以鉴定染色体易位。
对于肿瘤panel基因测序数据，鉴定后的变异位点都需要进行该位点可视化查看和确认，如The IntegrativeGenomics Viewer （IGV）。
（4）变异注释：基于通用数据库，对突变基因位点进行功能注释，详见下文。
2.NGS生物信息分析流程质量管理：实验室应建立生物信息学程序/Pipeline的书面质量管理（QM）计划文件。
必须包含每次运行时监测和评估运行性能的指标和质控参数，以及定期（例如每月、每季度）监测的指标和质控参数。
指标和质控参数可包括但不限于标准品的突变类型及百分比。
生物信息分析流程建立后，需要采用已知变异类型和变异频率的标准品进行验证，验证其特异性和灵敏度是否达到实验室要求。
验证结果签名留底备案。
（1）NGS数据存储：实验室需要在生物信息分析过程中对原始数据及最后的结果数据进行标准化存储，并要保存相应的年限以备查。
（2）版本可追溯性：每份病例数据分析报告中，生物信息数据分析流程所涉及软件、算法、参数及数据库的版本必须可溯源。
（3）异常记录。
实验室需要建立一个异常记录文档，用来记录偏离NGS生物信息分析标准分析流程的检测。
3.NGS生物信息分析质量指标：原始文件及比对结果文件的质量指标见表1。
表14.NGS数据存储格式标准：为了规范和管理各类数据，各个实验室需按照编号进行数据管理，所有数据按照国际标准格式进行存储。
必须建立本地变异数据库（用于检验变异真实性）。
5.NGS数据存储传输及共享安全标准：实验室需要制定规章制度以确认测序数据在内部及外部存储及传输过程中的安全性和机密性。
正常人群的变异数据应该共享。
五、NGS结果解释及报告1.NGS临床报告包含内容：基于高通量测序技术，临床实验室比较容易的获取更高通量的临床样本检测数据，不可避免会检测到意义未知的变异位点，在实际工作中会有一定的不确定性。
但NGS的检测报告建议体现以下内容：（1）检测名称，如XXX基因变异检测报告。
（2）患者基本信息，姓名，年龄，性别，住院号，送样医院科室及医师等。
（3）样本信息，病理号，取材部位，样本类型（FFPE、新鲜、血液等）、送检日期、报告日期等。
（4）病理信息，肿瘤组织类型、位置、TNM分期、细胞含量、肿瘤细胞比例、特殊说明（出血、坏死、酸脱钙处理等）。
（5）检测技术，包含所用基因panel、检测平台名称，分析软件版本号等。
（6）结果列表应包含，基因名称、变异在染色体位置、变异频率、cDNA的Genbank号（NM开头）及符合人类基因组变异协会（Human Genome Variation Society,HGVS）书写规范的突变类型、编码蛋白Genbank号（NP开头）及突变类型、杂合/纯合状态等。
（7）临床意义解读和批注：体细胞突变，报告各个肿瘤检测到的变异位点及临床意义。
胚系突变，对于检测到的变异位点的致病性予以相应的临床解释。
临床意义解读要客观平实的描述，在疾病相关性只描述既往研究中的疗效或预测，不能出现使用何种治疗手段或策略的语言。
（8）若检测失败，应阐述失败原因。
（9）最终报告应由检测者、报告医师或指定审核人联合签发。
2.基因变异的命名：在描述所检测出的基因变异时要遵循一定的原则和规范，推荐使用人类基因组变异协会命名指南（）。
对于遗传病相关基因变异命名，推荐美国医学遗传学学院（American College ofMedical Genetics and Genomics；https://）的遗传疾病变异分类指导的命名、遗传背景说明以及权威文献说明。
3.临床意义的解读和批注：对于肿瘤体细胞突变，根据突变的类型和已有的报道及指南，基因变异提倡分级的处理方式：A级：美国食品药品管理局（FDA）或中国食品药品管理局（CFDA）批准的用药治疗靶点；写入中外诊疗指南有明确诊断/治疗/预后意义的变异。
在报告注释该变异位点的临床诊断/治疗/预后意义的权威指南来源。
B级：尚未进入诊疗指南，但已经写入该领域的专家共识的变异位点。
注释时要批注研究报道及专家共识的来源，明确其药物及其临床意义、正在开展的状态等信息。
C级：FDA或CFDA批准用于其他肿瘤可预测疗效的基因变异，或者正在进行中的临床试验变异位点。
