使用Materials Studio中Polymorph模块预测物质晶型
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使用MaterialsStudio中Polymorph模块预测物质晶型
晶体晶型的预测很大程度上取决于力场的选择。当电荷已经由高精度的从头计算得到
时,Dreding力场能够很好的运用于晶型预测。3-oxabicyclo(3.2.0)hepta-1,4-diene曾被CCDC
用做盲测。以他为例来演示如何用MaterialsStudio中Polymorph模块预测物质晶型。
1.新建一个3DAtomisticDocument,画出3-oxabicyclo(3.2.0)hepta-1,4-diene的结构。
2.用DMol3模块优化分子结构。Task选择GeometryOptimization,Quality选择Fine,
Functional选择GGA/PBE。Properties勾选Electrostatics和Populationanalysis。Population
analysis中的ESPcharges勾选。然后运行。
3.分配电荷。DMol3模块Analysis中选择Populationanalysis。将ESP分配至该结构。Modify
|Charges|Edit|Settotalchargeto0.0。
4.打开Polymorph模块,点击Assignautomatically。出现如下图像:
Quality选择Fine。Task选择Prediction,More中勾选Clustering并将Maximumclusters设置
为2000。在Energy中选择Dreding力场。在SpaceGroup中勾选PBCA和P212121。然后开
始运行。
根据CSD数据库,90%的有机物和有机金属化合物都属于17种常见的空间群。因此一般选
择常见的几种空间群预测即可。
5.同样的参数再次进行运算。
6.打开PolymorphAnalysis。导入前后两个Predict文件夹中的xtd文件。此时生成一个数据
列表。如下图所示:
图中所示的即为所有可能的构型。
7.打开Model工具,选择Polymorphclustering,然后运算。
8.选择SortRows,选择TotalEnergy,然后点击OK,所有构型按照能量高低排序。将能量最低的构型和该物质实验构型相比较,发现两者非常相似。说明预测是可靠的。