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重大疾病相关数据库

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国内外药学网站大全

国内外药学网站大全

药品标准目录：/standard/index.htm中国药典、部颁标准、地方标准目录，既可浏览也可按汉字或拼音搜索。

中文医网-药品检索：/doctor/pharma/index.ht m提供5000余种药物的药物参数，药代动力学检索，不良反应，药物相互作用等检索。

中国金药网：/ 可提供科研信息检索等服务。

药联盟：/，药学交流最好的平台。

中国传统医药信息网：/包括政策法规、中医药专业杂志等，可进行药材市场、药品制剂等的数据库查询。

由国家药品监督管理局信息中心、全国中药信息工作委员会主办。

中国医药信息网：/包括医药数据库查询、医药信息服务等。

由国家药品监督管理局信息中心主办。

药品快速查询：/nhi/Medicine.htm可依台湾药品编号，名称，剂型和制造商查询。

国外相关网站Pharminfo：http://www.santel.lu/SANTEL/diseases/diabet.html是反映药学领域最新信息的网站，信息量大，更新快，内容包括药物信息、出版物、重要会议及讨论组等。

两个数据库分别是：Drug database 和 Disease database。

Dr ug database用于检索具体药物信息的资料库，可以按照通用名和商品名两种方式检索。

Pharmacy：/ 内有众多的药学数据库。

美国药典数据库USP：/chi/resource/pharmacy开设网上药刊，发表研究成果，促进药学科研。

国内药学信息网站中国药讯：/ 提供药品市场动态及分析、供求信息。

中国药学网：/内容包括新药研究、开发、咨询、资料检索、药理研究。

医院药学网：/介绍药事管理、临床药学、药物研究、药品信息等。

药苑信息网：/ 专业药学信息站点，中国药科大学主办。

药学在线：/有关药学信息、资料的专业站点，提供大量医药类站点链接。

药品临床试验管理规范GCP：/~liuboyu/gcp.htm 包括国家药品监督管理局确认的药品临床研究基地。

关于发展重大疾病专病数据库的提案

关于发展重大疾病专病数据库的提案

关于发展重大疾病专病数据库的提案提案：发展重大疾病专病数据库摘要：本文提出了发展重大疾病专病数据库的提案。

随着人口老龄化趋势的加剧，重大疾病的发病率不断增加，对于疾病的研究和治疗需求也日益迫切。

专病数据库的建立将有助于更好地管理、分析和利用相关数据，为疾病的防控和治疗提供有效的支持。

一、背景随着社会经济的快速发展和医疗技术的进步，人们的生活水平得到了显著提高。

然而，与此同时，重大疾病的发病率也随之增加。

例如，心血管疾病、肿瘤等疾病已成为全球范围内的主要死因。

为了更好地了解这些疾病的特点、病因和治疗方法，建立一个全面、准确的重大疾病专病数据库势在必行。

二、目标建立重大疾病专病数据库的目标是为研究和临床实践提供全面、准确、实时的数据支持。

具体目标包括：1. 收集和整理全球范围内与重大疾病相关的病例数据、病历资料、治疗方案等信息；2. 提供数据可视化和分析工具，帮助研究人员和临床医生更好地理解和应用数据；3. 促进疾病研究和治疗的交流与合作，加速科学研究成果的转化和应用。

三、建设内容重大疾病专病数据库的建设内容包括以下几个方面：1. 数据收集与整理：建立一套完善的数据收集机制，包括与医疗机构和研究机构的合作，通过科学、规范的方式收集和整理相关数据；2. 数据存储与管理：建立安全、可靠的数据库系统，保障数据的完整性和机密性，并制定相应的数据管理政策和安全措施；3. 数据分析与挖掘：开发数据分析和挖掘工具，通过统计学和机器学习等方法，挖掘数据中的潜在规律和关联，为疾病的研究和治疗提供科学依据；4. 数据可视化与应用：设计直观、易用的数据可视化工具，将复杂的数据呈现为可理解的图表和图像，帮助用户更好地理解和应用数据。

四、意义与影响建立重大疾病专病数据库具有重要的意义和深远的影响：1. 促进疾病防控与治疗：通过对大量的病例数据和治疗方案的分析，可以更准确地了解疾病的特点和发展趋势，为疾病的防控和治疗提供科学依据；2. 促进医学研究与科学创新：通过数据库中的数据，研究人员可以发现新的治疗方法和药物，并加速科学研究成果的转化和应用；3. 促进国际合作与交流：通过数据库的建立，可以促进国际间在疾病研究和治疗方面的合作与交流，共同应对全球性的重大疾病挑战。

23年修订的个人事项报告重大疾病[001]

23年修订的个人事项报告重大疾病[001]

23年修订的个人事项报告重大疾病近年来，个人事项报告已经成为了我们生活中的一部分。

其中最重要的一项内容就是重大疾病的报告。

这些疾病不仅是我们个人的重要事项，也是社会关注的焦点。

在23年的修订中，我们对这一部分进行了全面的更新，以提供更加生动、全面和有指导意义的信息。

首先，对于重大疾病的定义进行了明确和细化。

修订后的报告中明确规定了哪些疾病被认定为重大疾病，并提供了详细的病因、症状和治疗方法等信息。

这样，人们能够更加清楚地了解到自己是否患有重大疾病，并采取相应的预防和治疗措施。

其次，修订后的报告增加了更多的生动案例和实用建议。

我们收集了大量的真实案例来说明不同的重大疾病对个人生活的影响。

这些案例中有些是成功的治疗经验，有些是遗憾的失败教训。

通过这些案例，人们可以更加深刻地认识到重大疾病的严重性和危害性，以及及时采取措施的重要性。

同时，报告中还提供了一些实用的建议，如保持健康的生活方式、定期体检、早期筛查等，以预防和控制重大疾病的发生。

此外，修订后的报告还加强了对重大疾病的监测和管理。

我们将建立一个全国性的重大疾病数据库，及时收集、整理和分析相关数据，以便随时掌握全国范围内重大疾病的发病情况和趋势。

通过这个数据库，我们可以更好地制定预防和控制的策略，及时响应疫情变化，保护大众的健康。

最后，修订后的报告还提出了加强宣传和教育的重要性。

我们会针对不同的重大疾病制定相应的宣传计划和教育材料，通过各种渠道向公众传递重大疾病的相关知识和预防措施。

同时，我们还将加强对医务人员和相关从业者的培训和指导，提高他们对重大疾病的认识和应对能力。

总的来说，修订后的个人事项报告在重大疾病方面更加生动、全面且有指导意义。

我们相信通过这份报告的发布和实施，能够让更多的人关注自己的健康，采取积极的预防措施，提高生活质量，共同建设一个更加健康和美好的社会。

医学信息学论文：徐 枫 中国重大疾病临床诊疗知识库应用服务简介

医学信息学论文：徐 枫 中国重大疾病临床诊疗知识库应用服务简介
中国重大疾病临床诊疗知识库 应用服务简介
中国卫生信息学会医院统计专业委员会 中国人民解放军总医院 国家信息中心
LOGO
主要内容
一、中国重大疾病诊疗知识库简介 二、知识库应用服务设计与研发
三、知识服务系统功能介绍 四、知识服务系统原型演示
主要内容
一、中国重大疾病诊疗知识库简介 二、知识库应用服务设计与研发
严格控制采集范围 三、脑血管疾病
1． 脑卒中（ICD 10 I60-I64）
四、代谢性疾病
1．Ⅱ型糖尿病（ICD 10 E11）
五、其他重大疾病
1．慢性肾功能衰竭（ICD 10 N18） 2．急性或亚急性重症肝炎（ICD 10 B15-B17）
二、心血管疾病
1．急性心肌梗塞（ICD 10 I21）
3．再生障碍性贫血（ICD 10 D61） 2．冠状动脉硬化性心脏病（ICD 10 I25.101,I20） 4 ．髋/膝关节置换术（ICD10 81.51-81.53/81.543．急性心衰（ICD 10 I50） 81.55） 4．原发性高血压（ICD 10 I10）
其中急需标准化的包括：药品、高值耗材、检查、检验、
二、知识库应用服务设计与研发
3. 专家评审系统：
邀请各病种的权威专家，对采集获得的重大疾病数据进行 质量评价
二、知识库应用服务设计与研发
3. 专家评审系统：
为了更好的应用，更好的服务于用户， 医学专家需要依据病例的数据完整性和参考价值对病例进行 质量评价分级
一级 甲级
保证数据质量
质量评审 二级 乙级
……
医学专家
疾病数据
N级 丙级
二、知识库应用服务设计与研发
4. 重大疾病诊疗数据库：

国家脑科学研究计划

国家脑科学研究计划

一、实施背景
国际背景
美国：推进创新神经技术脑研究计划 (BRAIN Initiative)
拟通过绘制大脑工作状态下的神经细胞及神经网络的活动图谱， 揭示脑的工作原理和脑疾病发生机制（2013年）
日本：脑科学与教育计划（2003年）
将脑科学研究作为国家教育发展的一项战略，进行面向教育理论 和实际的应用研究
9
五、实施路径
实施基础与应用研究并重的路径，吸取以往我国 参与国际重大研究计划的经验教训，避免成为“原料 厂”、“加工地”和“检测室”，从“认识脑”、 “保护脑”、“发展脑”三个方面来共同推进我国脑 科学与教育、医疗卫生以及信息技术等相关领域的发 展，形成具有中国特色的“三脑”研究计划。
10
实施路径
12
Байду номын сангаас
六、组织实施和保障措施
2. 政府主导，产业参与 首期按照四年给予支持，从
2014年-2018年，每年政府投入8亿元（四个优先领域各2亿 元）。逐步吸引地方、研究机构、企业参与，吸引多元投入。 整合、汇聚各方资源，在现有国家科研计划中给予脑科学优先 支持。
3. 整合力量，协同创新 构建多方协作的机制和大平
欧洲：人类脑计划 (HBP)
构建模拟人类大脑活动模型，开发新的计算和机器人技术（2014年）
实施背景
国内基础
《国家中长期科学和技术发展规划纲要》（2006-2020） 中将“脑科学与认知”列入基础研究八个科学前沿问题 之一。 我国脑科学研究团队体量较小、整体水平还有相当差距， 国际影响力和带动力不强，缺乏组织“大科学研究计划” 的经验和整体、长远性的谋划。 面对西方国家在脑研究方面的强势出击，有专家建议国 家从创新型国家建设和中华民族伟大复兴的长远目标出 发，主动筹划，抓住机遇，尽快启动中国脑科学研究计 划，实现跨越式发展。

国家自然科学基金委员会文件 - NSFC

国家自然科学基金委员会文件 - NSFC

附件8医学科学部重大项目指南2019年医学科学部拟资助5个重大项目。

项目申请人申请的直接费用预算不得超过1800万元/项。

- 1 -“影响疫苗效应的关键因素及其调控”重大项目指南我国健康与公共卫生面临的巨大挑战是“老传染病时有起伏、新传染病不断出现、肿瘤等慢病飙升”。

尽管疫苗是传染病最经济和最有效防治措施, 也是肿瘤、自身免疫病等慢病最具潜力的治疗手段，但传统疫苗学研究面临重大挑战，正在发生基于免疫学前沿理论和技术的第三次疫苗革命。

目前国际范围内对疫苗注射前的预存免疫尚不清楚；疫苗主要是针对暴露前设计，而暴露后疫苗有很大不同，亟待突破。

本项目旨在通过多学科交叉，系统研究影响疫苗效应的关键因素，为疫苗理论和技术的进步提供科学依据。

一、科学目标针对疫苗防治疾病的重大需求，以促进疫苗精准设计和使用为目标，围绕“保护性免疫的诱导和维持”这一疫苗的共性关键科学问题，以影响疫苗效应的关键因素为切入点进行深入研究，为研制新型疫苗和更有效的疫苗、应对第三次疫苗革命提供理论基础和技术支撑。

二、主要研究内容以重大疾病的预防或治疗用疫苗为模型，重点在人群队列或动物模型开展以下研究：（一）影响疫苗效应的免疫原因素及机理。

研究免疫原特性、结构信息与保护性免疫诱导和维持的关- 2 -系，阐明调控机理，探索免疫原新技术。

（二）影响疫苗效应的递送因素及机理。

研究疫苗递送系统诱导保护性免疫的机理，探索新型递送系统或新递送技术。

（三）影响疫苗效应的佐剂因素及机理。

研究疫苗佐剂在诱导保护性免疫中的作用和机理，探索新型佐剂。

（四）影响疫苗效应的机体关键因素及机理。

研究遗传、预存免疫状态等机体因素与疫苗效果的关系，探索关键因素及机理。

（五）保护性免疫记忆形成和维持的影响因素和机理。

研究免疫原、递送系统、佐剂与机体因素互作，对免疫记忆形成和维持的影响及机理。

三、申请要求（一）本重大项目要求针对上述五部分研究内容，分别设置5个课题，每个课题需围绕“影响疫苗效应的关键因素及其调控”这一项目主题开展创新性的系统研究，课题间应有紧密的有机联系。

药典,药品标准网址大全

药典，药品标准网址大荟萃中国药典：95版：在线版/medical/database/database14.asp2000版：电子版/bbs/post/view?bid=86&id=744284&sty=3&keywords=%D2% A9%B5%E4部颁标准/medical/database/database15.asphttp://www.windrug. com/index45.php/yiyao/biaozhun.asp （西药）欧洲药典 4. /bbs/post/view?bid=86&id=346645&sty=3&age=30&tpg=1&pp g=1#346645bp2000,Pdf版（注册免费,可下载）/美国药典26版/bbs/post/view?bid=86&id=494794&sty=3&age=30&tpg=1&pp g=1#494794日本药典14版http://jpdb.nihs.go.jp/jp14e/index.html特氏袖珍药典：下载：/bbs/post/view?bid=47&id=701539&sty=3&keywords=%2%A9 %B5%E4免安装版/bbs/post/view?bid=87&id=366270&sty=3&keywords=%D2% A9%B5%E4台湾网路药典.tw/medicine/eng.html?str=C中国药典中药彩色图集(1995年版) /bbs/post/view?bid=86&id=248431&sty=3&keywords=%D2% A9%B5%E4全文药典网络数据/bbs/post/view?bid=22&id=172601&sty=3&keywords=%D2% A9%B5%E41 医药法规1.1 医药法规/library/law01.htm 有关医药管理、卫生方面的法规。

四川高校图书馆自建特色数据库调查分析_冉小波

四川高校图书馆自建特色数据库调查分析冉小波索;但也有8个数据库只能进行浏览查询,根本不提供检索途径。

2.7数据库文种比较单一建成的数据库中,以国内中文文献资源为主,外文或者中外文文献资源数据库较少。

在总共136个特色数据库中,除部分学科导航库外,仅有四川农业大学、中国民航飞行学院等4家图书馆共建设有5个包含有外文文献或中外文文献的特色数据库。

2.8学位论文数据库建设受到重视除已经普遍开始建设博、硕士学位论文库外,部分高校图书馆已经开始了学士学位论文数据库建设,如中国民航飞行学院图书馆的学士学位论文数据库,成都体育学院图书馆的优秀学士论文库。

3四川高校图书馆特色数据库建设的综合分析3.1特色数据库覆盖专业面较广,题材丰富四川省大多数高校图书馆除自建了硕博士论文数据库和重点学科导航库、随书光盘资料库等传统数据库外,还结合本校重点学科特点、地域特色自建了各种数据库。

这些数据库覆盖专业面较广,题材丰富。

理、工、农、医、文、史、哲等各个专业均有涉及。

如西南石油大学图书馆的“石油天然气特色数据库”、四川大学图书馆的“皮革特色导航数据库”、四川农业大学图书馆的“玉米遣传育种专题数据库”、成都中医药大学图书馆的“重大疾病库”、宜宾学院图书馆的“酒文化数据库”、四川大学图书馆的“中国藏学研究及藏文化数据库”、成都体育学院图书馆的“中外体育社会科学研究数据库”等。

此外,部分图书馆还将本院校师生所有著作集合起来,形成了特色数据库,如电子科技大学图书馆的“成电人著作收录库”,西南交大图书馆的“交大文库”,四川音乐学院图书馆的“本院师生作品音乐书目库”。

3.2建库目标明确,数据库特色主题鲜明四川省大多数院校图书馆建设的特色数据库,除随书光盘库外,大都选择了本校的重点学科、具有较高学术价值和利用价值、具有鲜明的学科特色、馆藏特色、地方特色、文化特色的文献进行数字化作为特色数据库的目标,因而所建数据库主题鲜明。

(1)所建设的特色数据库反映了地域历史、传统文化,或与地方政治、经济和文化发展有密切相关。

国家卫生健康委关于印发“十四五”卫生健康标准化工作规划的通知

国家卫生健康委关于印发“十四五”卫生健康标准化工作规划的通知文章属性•【制定机关】国家卫生健康委员会•【公布日期】2022.01.11•【文号】•【施行日期】2022.01.11•【效力等级】部门规范性文件•【时效性】现行有效•【主题分类】健康促进,标准化正文国家卫生健康委关于印发“十四五”卫生健康标准化工作规划的通知各省、自治区、直辖市及新疆生产建设兵团卫生健康委，委机关各司局，中国疾控中心、统计信息中心、医管中心，国家卫生健康标准委员会各标准专业委员会，有关社会组织：现将《“十四五”卫生健康标准化工作规划》印发给你们，请认真贯彻执行。

国家卫生健康委2022年1月11日“十四五”卫生健康标准化工作规划标准是经济活动和社会发展的技术支撑，是国家治理体系和治理能力现代化的基础性制度。

卫生健康标准是实施卫生健康法律法规、落实卫生健康政策规划、维护人民群众身体健康和生命安全的技术保障。

为了以标准化助力实施健康中国战略、积极应对人口老龄化国家战略，根据《标准化法》《国民经济和社会发展第十四个五年规划和2035年远景目标纲要》《“健康中国2030”规划纲要》和《国家标准化发展纲要》，制定本规划。

一、规划背景“十三五”时期，我国卫生健康标准化工作快速发展，标准体系初步形成，标准管理体制逐步完善，标准质量持续提升，标准化领域不断扩展。

2019年，国家卫生健康委成立第八届国家卫生健康标准委员会，下设卫生健康信息、医疗卫生建设装备、传染病、寄生虫病、地方病、营养、环境健康、学校卫生、卫生有害生物防制、医疗机构管理、医疗服务、医院感染控制、护理、临床检验、血液、基层卫生健康、消毒、老年健康、妇幼健康、职业健康、放射卫生等21个标准专业委员会。

先后印发《国家卫生健康标准委员会章程》《卫生健康标准管理办法》等标准管理制度。

“十三五”时期，国家卫生健康委共发布卫生健康标准597项，广泛应用于监督执法、业务指导、技术服务、安全保障各方面，同时启动了强制性标准及重要推荐性标准的实施评估工作。

大病保险国内外研究进展及发展趋势

41大病保险国内外研究进展及发展趋势林　源　宋曙光( 怀化学院，湖南　怀化　418000 )【摘　要】本文以大病保险为研究对象，对相关文献进行了系统的归纳和梳理。

国外学者主要是针对灾难性医疗支出和商业重大疾病保险进行研究，国内学者主要围绕我国城乡居民大病保险的基本属性、大病保险筹资与补偿机制、大病保险实施效果及影响因素、大病保险的发展模式与对策等方面进行研究。

本文的综述和评介有助于从理论上深化对大病保险制度的认识，也有助于在实践中完善我国城乡居民大病保险制度。

【关键词】灾难性医疗；大病保险；筹资机制；补偿机制一、引言我国已经实现了基本医保制度，但保障水平还比较低，实际补偿比例仅为50%左右，灾难性医疗支出仍使不少家庭陷入贫困。

据世界卫生组织（WHO）公报（2012），我国灾难性医疗支出发生率为13.0%，致贫率为7.5%。

为降低大病风险导致的灾难性医疗支出，2012年8月30日国家发改委、卫生部等六部门联合下发了《关于开展城乡居民大病保险工作的指导意见》，明确提出要建立大病医保制度，减轻城乡居民的大病负担。

2015年7月22日，国务院总理李克强主持召开国务院常务会议，确定2015年底前全面实施城乡居民大病保险。

近年来，习近平总书记、李克强总理在党的十九大报告、十九届四中全会公报及政府工作报告中多次提出，要完善城乡居民大病保险制度。

2020年3月5日，中共中央、国务院《关于深化医疗保障制度改革的意见》中再次提到，要完善和规范居民大病保险。

为此，学术界对这一问题也给予了高度关注。

二、国外关于大病保险的研究现状国外学者主要是针对灾难性医疗和某个商业重大疾病保险产品进行研究，主要集中在以下方面：（一）灾难性医疗费用支出及对贫困的影响国外学者对于家庭灾难性医疗支出问题的研究始于20世纪80年代(Berki,1986)。

2002年世界卫生组织提出，当家庭支付的医疗费用占扣除正常生活支出后的剩余家庭收入的比例超出40%，称之为“灾难性医疗支出”（Xu等,2003）。

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基因芯片数据提取
S1, S2 , , S N1
Gene1 Gene2
S1, S2 , , S N 2

GeneM
a11 a12 a1N1 b11 b12 b1N 2 a21 a22 a2 N1 b21 b22 b2 N 2 aM 1 aM 2 aMN1 bM 1 bM 2 bMN2

截尾值
◦ 有的观察对象终止随访不是由于失效事件发生，而是由于 中途失访、死于其它原因、随访截止。 ◦ 这些对象的观察值称为截尾值，常用符号“+”表示。如 140+天。

生存时间
◦ 即随访观察持续的时间，按失效事件发生或失访前最后一 次的随访时间记录，常用符号t表示。 ◦ 某病人1990年2月1日进入随访，1992年4月间发生失效事 件，他的生存时间为t=26月。 ◦ 某白血病患者化疗3月后失去联系，他的随访结果为一截 尾值，生存时间记为t=3+月。 ◦ 安放心脏起搏器患者术后2年因意外事故死亡，他的随访 结果也为一截尾值，生存时间记为t=2+年。
姜伟 生物信息科学与技术学院 哈尔滨医科大学
Harbin 2013.8

复杂疾病（complex disease），又称多基因病 （polygenic disorder），常见疾病（common diseases），是指由多个基因位点共同参与，且和环 境因素相互作用决定表型的遗传疾病。 众所周知，像高血压、哮喘、 癌症的发病通常不仅由单个 基因突变导致，而是众多基 因通过蛋白质复合物、调控 网络以及互作通路来控制的。
Neurod6 神经源性分化因子

盒子里一共有N个球，其中红球n个，随机抽取m个 球，其中有k个红球的概率？
N n k m

随访资料
Gene 1
Gene 2
…
Gene n
Time
Dead
Sample 1 Sample 2
. . . Sample m
a11 a21
. . . am1
a12 a22
2

k近邻分类法 k-nearest neighbour classification
Outlook Humidity Windy Play Sunny

75 79 60 55 75 80 80 85 50 45 40 50 55 55
False True False False False True True False False False True True False True





复杂疾病与多基因、染色体区段及基因-环境的相互 作用有关 基因的多态性位点 基因表达的改变 基因表达调控的异常 生物学通路的失活 表观遗传修饰 非编码RNA 基因-环境互作

Genes
◦ ◦ ◦ ◦ OMIM GAD CGAP GeneCards

miRNAs
◦ miR2Disease ◦ HMDD

常见的基因芯片平台
◦ ◦ ◦ ◦ cDNA微阵列芯片 寡核苷酸芯片 原位合成芯片 光纤微珠芯片

常用的基因芯片数据库
◦ 基因表达仓库：Gene Expression Omnibus, GEO /geo/ ◦ 斯坦福微阵列数据库：The Stanford Microarray Database, SMD / ◦ ArrayExpress：/arrayexpress/

Gene Ontology (GO)
◦ ◦ ◦ ◦ ◦ ◦ ◦ 目前应用最广泛的基因注释体系之一 基因及其产物知识的标准词汇体系 涵盖主要的动、植物和微生物基因组 生物学过程（biological process） 分子功能（molecular function） 细胞组分（cellular component） /
Cum Survival
.2
观察时间（月）

生存过程的影响因素分析
◦ 了解哪些因素会影响目标人群的生存过程 ◦ 例如分析影响乳腺癌病人手术后预后的因素，可以是病人 的年龄、病程、术前健康状况、有无淋巴结转移、术后有 无感染、辅助治疗措施、营养等。 ◦ Cox比例风险回归模型
当变量数目较多或质量较差时，在建立多因素模型之前，必须 对变量作初步的筛选。 剔去缺失数据较多，或变异程度几乎为0的变量 单变量模型方法

聚类算法
◦ 层次聚类 ◦ Hierarchical Clustering
2000年Alizadeh等运用基因 芯片数据，基于层次聚类算 法证实了DLBCL肿瘤病人在 mRNA层面确实存在两种亚 型

聚类算法
◦ k-均值聚类 ◦ k-means Clustering
1 k w(C ) d E ( xi , x j ) 2 c 1 C (i ) C ( j ) c
真实 阳性
真实 阴性

分类效能评价
◦ 评价指标
预测 阳性
预测 阴性
0
10
0
90

ArrayTools DChip（DNA-Chip Analyzer） SAM Cluster和TreeView R语言和BioConductor: affy、marray、limma Matlab: Bioinformatics Toolbox

对样本进行聚类
质量控制 检查样本是否按已知类别分组 发现亚型
基因表达谱

距离尺度函数
◦ ◦ ◦ ◦ 欧式距离 Pearson相关系数 Spearman秩相关系数 互信息

聚类算法
◦ 层次聚类 ◦ Hierarchical Clustering
层次聚类算法将研究对象按照它 们的相似性关系用树形图进行呈 现，进行层次聚类时不需要预先 设定类别个数，树状的聚类结构 可以展示嵌套式的类别关系。
Survival Function Censored
随访时间（月）

比较生存过程
◦ 两组或多组生存曲线比较。 ◦ 对数秩检验（log-rank test）
Survival Functions
1.2
1.0
.8
.6
组别
.4 2 2-censored 1 0.0 0 10 20 30 40 50 1-censored

对数转换

数据过滤 补缺失值 数据标准化

倍数法（Fold change） t检验法（t test） SAM (significance analysis of microarrays)

聚类的目的
基于物体的相似性将物体分成不同的组
样本

对基因进行聚类
识别功能相关的基因 识别基因共表达模式 基因
Gini( N ) 1 p 2j
j 1

支持向量机 Support Vector Machines (SVM)

分类效能评价
◦ 构建训练集和检验集
n倍交叉验证（n-fold cross validation） Bootstrapping 无放回随机抽样 留一法交叉验证（leave-one-out cross validation，LOOCV）

决策树
◦ 分割准则
信息增益—— Information Gain
k n1 n2 Gain H ( N ) ( H ( N1 ) H ( N 2 )) H ( N ) pi log2 pi n n i 1
基尼指数—— Gini index
n1 n2 Gini Gini( N ) ( Gini( N1 ) Gini( N 2 )) n n k



GeneCards is a searchable, integrated, database of human genes that provides concise genomic related information, on all known and predicted human genes. GeneCards extracts and integrates a carefully selected subset of gene related transcriptomic, genetic, proteomic, functional and disease information, from dozens of relevant sources. /


CGAP (Cancer Genome Anatomy Project) The CGAP sought to determine the gene expression profiles of normal, precancer, and cancer cells, leading eventually to improved detection, diagnosis, and treatment for the patient. /

生存率
◦ 指某个观察对象活过t时刻的概率，常用P(X>t)表示。

描述生存过程
◦ 研究人群生存状态的规律，如生存时间的分布特点，计算 某个时点的生存率、生存率曲线的变动趋势等。 ◦ Kaplan-Meier法。
Survival Function
1.2 1.0 .8 .6
Cum Survival
.4 .2 0.0 0 5 10 15 20 25 30 35 40
No No Yes Yes Yes No Yes No Yes Yes Yes Yes Yes No
决策树 Decision Tree
Sunny Overcast Rainy Rainy Rainy Overcast Sunny Sunny Rainy Sunny Overcast Overcast Rainy