基于光纤光栅传感技术的基因扩增实验数据分析方法研究
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第38卷第1期2015年3月 辽宁师范大学学报(自然科学版)JournalofLiaoningNormalUniversity(NaturalScienceEdition) Vol.38 No.1Mar. 2015 收稿日期:2014‐10‐07基金项目:国家自然科学基金项目(31271077)作者简介:王金鹤(1963‐),男,河南清丰人,青岛理工大学教授,博士. 文章编号:1000‐1735(2015)01‐0017‐05 doi:10.11679/lsxblk2015010017基于光纤光栅传感技术的基因扩增实验数据分析方法研究王金鹤, 尹 柯, 张 楠, 迟春梅(青岛理工大学计算机工程学院,山东青岛 266033)摘 要:在基因扩增反应室中构建一种适宜高效的温控模型是一个研究热点和难点,国内外学者对此类问题的研究比较活跃.基因扩增反应过程由自动控制程序完成,在这个扩增过程中,外部环境因素通常能影响扩增的最终分析结果,为了能正确分析扩增结果,合理推算扩增进程,文中对反应室热平衡状态下的光纤实验数据采集方法进行了深入研究,用数学方法给出了模块转换函数和反应转换函数等若干定义和相关定理,并依据这些基础理论给出了数据分析结果并对数据采集方法进行了总结,建立了实验数据分析模型,这为形成基因检测控制技术后续控制将能打下坚实基础.实验结果表明了所提出的实验数据分析方法效果良好.关键词:数学模型;过程控制;光纤光栅传感器;基因;聚合酶链反应中图分类号:O242.1 文献标志码:A将DNA聚合酶引入PCR,并使基因扩增过程由自动控制程序完成,已经引起了众多研究者所关注[1‐5].一方面,由于许多PCR的失败并不是发生在样本的扩增阶段,归因于标本的制备不当,PCR扩增的目的是对扩增片段的检测和分析,在这个研究领域,大量文献集中在PCR及其在各种试剂的作用方面[6‐7];另一方面,PCR扩增阶段是基因检测控制系统的一个重要阶段,没有DNA的扩增,就谈不上后续的检测和分析.对影响聚合酶链反应结果的分析和研究早已受到国外研究专家的高度重视,他们已经研究积累了大量科研成果,近年来国内亦有一些学者[8‐12]对影响PCR结果的因素进行了研究.笔者对检测系统的实验数据用数学方法建立了分析模型,这种模型把采集数据分为n路,每路数据限定在一维空间内,这样数据采集模型利用n维空间T表达,数据采集模型能为后续的基因检测控制技术的控制方法打下基础.1 数学模型建模实验数据采集系统能够利用测温单元直接把数据采集出来,模块采用96孔的常规模块单元,数据控制单元分n路布置光纤传感器组,每路共设置m个模块传感器,用于进行试验控制数据采集单元,在模块上部的反应孔布置的光纤传感器探头简称反应室传感器,与模块的对应位置下部布置的传感器简称模块传感器,假设模块传感器为Aij(i=1,2,3,…,n,j=1,2,3,…,m),反应室传感器为Wij(i=1,2,3,…,n,j=1,2,3,…,m),其中,Aij(i=1,2,3,…,n,j=1,2,3,…,m)和Wij(i=1,2,3,…,n,j=1,2,3,…,m)均为模拟量.为了建立模型,给出如下定义和定理:18 辽宁师范大学学报(自然科学版)第38卷定义1 (模块转换函数)通过模块传感器A采集的数据值经过一个转换函数G后形成另外一种十进制数据量a,则这个函数G就称为模块转换函数,这个数据量a就称为模块温度.定义2 (反应转换函数)通过反应室传感器W采集的数据值经过一个解调转换函数H后,形成另外一种十进制数据量f,则这个函数F就称为反应转换函数,这个数据量f就称为反应温度.定义3 (分支模式函数)把分支测试模块温度a和反应温度f通过耦合函数计算并经过实验校正后,得到的温度量Q称为分支测试温度,这个校正后的耦合函数B称为分支模式函数.用向量A表示每路(或分支)模块温度ai(i=1,2,3,…,n)的数据,依据定义1可知,A可看做n维空间T的一个点,则有:A(A1,A2,…,An)=G(a1,a2,a3,…,an),即,A=G(a|a∈T).用向量F表示每路反应温度fi(i=1,2,3,…,n)的数据,依据定义2可知,F可看做n维空间T的一个点,则有:F(F1,F2,…,Fn)=H(f1,f2,f3,…,fn)即,F=H(f|f∈T).n维空间T的点p在任意t时刻的反应模数|p|定义为p(t)=∑nj=1p2j(t)/n.于是,就得到了如下定理:定理1 (分支模式函数的存在定理)通过反应温度和模块温度的耦合和计算以及校正,则有在任意时刻t,分支模式函数B为:B(t)=F(t)[1+η(t)],其中,η(t)=1+(F(t)-A(t))1+(F(t)+A(t)).标准模式函数表示的是自动控制系统加载得到的分支测试温度,是某路测试实际温度均值.依据取得的数据B(t),可计算单个测试点的数据,进而确定DNA反应阶段和吸放热状态.定义4[3] (关联系数和分支系数)对于n维空间T的任意一点p,在任意t时刻p的关联系数向量θpj(t)定义为θpj(t)=(θj1,θj2,…,θjn),其中,θji≤1,∑ni=1θji=1,j=1,2,3,…,m,m为分支个数.对于n维空间T的任意一点p的分量pj,在任意t时刻pj(t)的分支系数βpj(t)定义为βpj(t)=∑mi=1βjipj(t)/m,其中,βji≤1,∑mi=1βji=1,j=1,2,3,…,n,m为分支个数,n为空间维数.利用分支模式函数B把模块温度a和反应温度f通过计算后,得到的分量度量称为实际测试温度,实际测试温度用M表示.而在任意t时刻实际测试温度M可以由模块温度、分支模式函数B和反应温度联合计算获得,于是,有下面的结论:结论1 在任意时刻t,实际测试温度用M数据可由下式计算得出,Mij(t)=ξ(Kpj(t),θpj(t)),其中,i=1,2,3,…,m,j=1,2,3,…,n,对于n维空间T的任意一点p的分量pj,其与t时刻的关联系数向量θpj(t)(j=1,2,3,…,m)乘积Kpj定义为第1期王金鹤等: 基于光纤光栅传感技术的基因扩增实验数据分析方法研究19 Kpj(t)=∑ni=1pj(t)θji(t)/n,其中,θji≤1,∑ni=1θji=1,j=1,2,3,…,n,ξ为的分量pj关联系数向量θpj(t)和分支系数βpj(t)的函数.通常随着问题的变化,函数ξ可取不同的形式,一般取线性函数,特殊情况也可取非线性函数,或通过数据模拟出适当的函数.结论2 (数学模型的建立)通过耦合计算并经过实验校正后可得:在任一时刻t,获得的温度数据Tij(t)可用下式表示为:Tij(t)=Wij(t)1+∑3i=1(∑2j=1(1+1+(W2ij(t)-A2ij(t))2)/1+(W2ij(t)+A2ij(t))Wij(t))/4,其中,i=1,2,3,j=1,2,W和A表示自动控制系统加载的某个测试点的实际测试温度.依据取得的数据Tij(t),通过与ΔT的对比即可确定DNA反应阶段和吸放热状态.基于上述数学模型,对所形成的数据进行处理统计后,可对不同的控制对象进行分析,并在两种模式(模块和试管)下进行采集和分析数据,并可以依据上述公式精确模拟出DNA生物反应特性,进而建立DNA反应的数据模型.2 数值实验与数据分析结果在每个热平衡状态阶段,如94,72和44℃阶段,本文利用数学方法研究了反应室内试管控温和模块控温的数学模型,这里选取公式内的n为6,m为11,其中,热盖数据单独作为测试数据罗列,利用此模型可计算出如表1所示结果,表中,h1表示环境温度量,v1~v3表示系统横拟电压输入变化量,q表示关联系数值,T1~T6表示综合温度数据值.表1 实验数据采集表Table1 Experimentaldatatableh1v1v2v3qT1T2T3T4T5T660.0313.5322393.6475683.4983190.00283896.40594.71894.53992.55197.05729.37960.8053.4512493.5950473.4285840.00282896.00994.48394.25692.46896.58329.43261.6353.3855233.54663.3694660.00281495.51494.19293.90692.39495.99329.4962.4223.3284863.5006423.316460.00279794.89993.80293.47692.15495.35429.53963.2663.2730793.4533633.2640930.00277794.21493.34193.03291.83494.66329.61164.0943.2244453.4096743.2171550.00275593.56292.88592.54591.439429.66864.8693.1780253.3671423.4507750.00273492.88792.40192.03791.07993.3329.71665.6086.7769053.3245988.6513210.00271292.28691.87591.54390.60192.70329.76666.3119.9762385.60331711.678680.00269191.61491.34991.00690.18492.21229.83767.00312.96028.45816214.39040.00267690.93690.81190.48889.78491.99129.88467.70114.4857410.8162815.58610.00267490.77790.52490.22689.66192.0629.9368.40115.6695713.0716914.662250.00268290.79190.41790.14389.60192.37629.95469.05714.4025914.102313.621980.00269391.04190.48890.28189.69492.79930.00469.7212.5365614.105711.330540.00271191.51490.7890.64390.00193.32430.02570.48510.2687412.444078.3134830.00273492.24691.27391.23990.38393.81930.05771.2273.93029610.246883.7332610.00274692.58991.72291.74890.66494.05730.09471.8313.5599157.8797223.4394210.00275292.86792.192.15590.92594.01630.12672.4423.3664046.1650953.3117350.00274992.81992.31292.35791.09293.77430.1473.0733.2467033.5197177.0291810.00273992.62492.29792.3591.10693.33930.17473.7257.5861023.4058429.0795860.00272692.25392.15292.10791.02592.91330.20674.20410.034625.81546211.203670.00271591.87391.80791.75890.80292.60430.24620 辽宁师范大学学报(自然科学版)第38卷 利用此结果能够研究放在模块各孔中试管反应液的温度变化规律,测试的各路部分数据曲线见图1.图1 利用本方法测得的数据曲线图Fig.1 Measureddataprofilewithpresentmethod由图1的曲线可以看到它更真实地反映了基因扩增的规律,较之实验验证结果更为准确.本文利用数学方法对检测系统的实验数据建立了分析模型,这种模型把采集数据分为n路,每路数据限定在一个n维空间内计算和分析,数据采集模型利用n维空间来表达,数据采集模型的建立能为后续研究提供支持.参考文献:[1] MULLISKB.TheUnusualOriginofthePolymeraseChainReaction[J].ScientificAmerican,1990,262:56‐65.[2] NIUZQ,CHENWY,SHAOSY,etal.DNAamplificationonaPDMSglasshybridmicrochip[J].JMicromechMicroeng,2006,6:425‐433.[3] HANSENJ,NUSSBAUMM.ApplicationofbismuthtelluridethermoelectricsindrivingDNAamplificationandsequencingreac‐tions[C]∥CA,USA:Pasadena,Proceedingsofthe15thInternationalConferenceonThermoelectrics,1996:256‐258.[4] HUHMERAFR,LANDERSJP.Noncontactinfrared‐mediatedthermocyclingforeffectivepolymerasechainreactionamplifica‐tionofDNAinnanolitervolumes[J].AnalChem,2000,72(21):5507‐5512.[5] 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CHIChunmei(SchoolofComputerEngineering,QingdaoTechnologicalUniversity,Qingdao266033,China)Abstract:Itisdifficulttobuildasuitableandefficientmathematicalmodelforthethermaltransferprocessinthereactionchamberofgeneamplificationintheareaofgenetictestingintheworld,sothisproblemshasreceivedactiveattentions.Geneamplificationreactionisaccomplishedbyautomaticcontrolprogram.Intheprocessofgeneexpansion,thefinalanalysisresultswillbeinterruptedbytheexternalenvironmentfactors.Inordertogetexpectedresultandtocalculatereasonableamplifi‐cationprocessinthethermaltransferprocess,themethodfordataacquisitionwerestudiedinthispaper.Somedefinitionsweredefined,andmathematicalmodelaredescribedbyfiberbragggratings.Basedonthisbasictheoryandthedataanalysismethod,someresultsaregiveninthispaper.Wehavedescribedthedynamicdataprofilesofheattransfer.Theprofileswilllaidthefoundationofformingbasiccontroltheory,andthemethodinthegenetictestingareawillpromotethedevelop‐mentofbio‐economy.Theexperimentalresultsshowstheefficiencyofthismethod.Keywords:mathematicalmodel;processcontrol;fiberbragggrating;gene;polymerasechain学术论文中的数字及其用法(1)凡是可以使用阿拉伯数字且得体的地方,均应使用阿拉伯数字.(2)日期和时刻的表示方法:a.公历世纪、年代、年、月、日和时刻用阿拉伯数字.年份不能简写,如1993年不能写成93年.b.日期可采用全数字式写法,如1993‐02‐18或19930218.c.日的时刻表示可用GB2809的规定写法,如15时9分38.5秒写作15:09:38.5或150938.5.(3)阿拉伯数字的使用规则:a.多位的阿拉伯数字不能拆开转行.b.计量和计数单位的数字必须用阿拉伯数字.c.小数点前或后若超过4位数(含4位),应从小数点起向左或向右每3位空出1/4个字长,不用千分撇“′”.d.尾数“0”多的5位以上数字,可以改写以万和亿为单位的数.一般情况下不得以十、百、千、十万、百万、千万、十亿、百亿、千亿等作单位(百、千、兆等词头除外),如1800000可写成180万.基于光纤光栅传感技术的基因扩增实验数据分析方法研究作者:王金鹤, 尹柯, 张楠, 迟春梅, WANG Jinhe, YIN Ke, ZHANG Nan, CHIChunmei作者单位:青岛理工大学计算机工程学院,山东青岛,266033刊名:辽宁师范大学学报(自然科学版)英文刊名:Journal of Liaoning Normal University (Natural Science Edition)年,卷(期):2015(1)引用本文格式:王金鹤.尹柯.张楠.迟春梅.WANG Jinhe.YIN Ke.ZHANG Nan.CHI Chunmei基于光纤光栅传感技术的基因扩增实验数据分析方法研究[期刊论文]-辽宁师范大学学报(自然科学版) 2015(1)。