大肠杆菌基因型及遗传符号说明系列一DXY

大肠杆菌的genotype说明，看懂大肠杆菌菌株的genotype 总结了一些关于大肠杆菌基因型的资料，和大家分享一下。

大肠杆菌基因型说明hsdR 有利于非甲基化DNA（如PCR扩增产物）的有效转化。

mcrA 有利于甲基化DNA（如基因组）的有效转化。

acZΔM15 用于蓝白斑筛选。

endA1 无Endonuclease I 酶活性，有利于质粒的纯化。

recA1 减少克隆DNA的非特异性重组。

DE3 编码T7 RNA聚合酶，用于诱导T7-启动的表达系统的表达。

DeoR 可以高效吸收大片段DNA，有利于文库的构建。

Tn10 含有四环素抗性的转座子。

OmpT 表明大肠杆菌缺乏外膜蛋白酶。

缺乏外膜蛋白酶的菌株可以降低表达的外源蛋白在细菌中被降解的程度，有利于获得完整的重组蛋白。

PLys 含编码T7溶菌酶的质粒；通过抑制T7 RNA聚合酶基础表达水平来降低T7启动的表达体系的基础表达水平。

ArgF 由于突变细菌不能利用arginine。

F’一个低拷贝可移动的质粒，当被M13噬菌体侵染时，可产生单链DNA。

LacI 编码lac抑制子，用于蓝白斑筛选时需加入IPTG，才可启动表达β-gal。

dam/dcm 消除了内源腺苷和鸟苷的甲基化。

在此种细菌中繁殖的DNA不被甲基化F-，F 因子缺失φ80dlacZΔM15，lacZDM15（Lactose）Map position：8 min 功能：lacZM15是表达β-半乳糖苷酶α片断的一段基因，当M15缺失（△M15）时，lacZ基因虽然能表达ω片断，但不能表达α片断，β- 半乳糖苷酶没有活性。

当带有lacZ（α片断）基因的lac操纵子通过载体DNA（如pUC19 DNA）转化到lacZ△M15基因型的细胞(如E.coli JM109）时，在有IPTG (异丙基-β-D-1-硫代半乳糖苷) 存在的情况下, β-半乳糖苷酶表现出活性,它能分解X-gal (半乳糖类似物)，使其呈现蓝色。

大肠杆菌基因型及遗传符号说明前言：实验室的一般大肠杆菌拥有4288条基因，每条基因的长度约为950bp，基因间的平均间隔为118bp（基因Ⅷ）。

E.coli基因组中还包含有许多插入序列，如λ-噬菌体片段和一些其他特殊组份的片段，这些插入的片段都是由基因的水平转移和基因重组而形成的，由此表明了基因组具有它的可塑造性。

利用大肠杆菌基因组的这种特性对其进行改造，使其中的某些基因发生突变或缺失，从而给大肠杆菌带来可以观察到的变化，这种能观察到的特征叫做大肠杆菌的表现型(Phenotype)，把引起这种变化的基因构成叫做大肠杆菌的基因型（Genotype）。

具有不同基因型的菌株表现出不同的特性。

分子克隆中常用的大肠杆菌及其遗传标记按Demerec等1966年提出的命名原则，采用的菌株所有的基因都假定处于野生型状态，除非在基因型上另外注明。

大肠杆菌基因型的表示方法（Demerec, et, al. 1966）：一、一般规则：1、根据基因产物或其作用产物的英文名称的第一个字母缩写成3个小写斜体字母来表示。

例如：DNA Adenine Methylase→dam。

2、不同的基因座，其中任何一个突变所产生的表型变化可能相同，其表示方法是在3个小写斜体字母后加上一个斜体大写字母来表示区别。

例如：Recombination→recA、recB、recC。

3、突变位点应通过在突变基因符号后加不同数字表示。

如supE44（sup基因座E的44位突变）。

如果不知道几个等位基因中哪一/几个发生了功能性突变，则用连字符“-”代替大写字母，如trp-31。

4、细菌的基因型中应该包含关于其携带的质粒或附加体的的信息。

这些符号包括菌株携带的质粒或附加体、质粒或附加体上的突变基因座和突变位点。

其基因符号应与基因座的表示符号明显区别，符号的第一个字母大写、不斜体并位于括号内；质粒或附加体上的突变基因座和突变位点的基因符号的表示方法与染色体上突变基因座、突变位点的符号相同。

大肠杆菌1、大肠杆菌是细菌，属于原核生物；具有由肽聚糖组成的细胞壁，只含有核糖体简单的细胞器，没有细胞核有拟核；细胞质中的质粒常用作基因工程中的运载体。

4致病性质1、定居因子（Colonizationfactor,CF）：也称粘附素(Adhesin)，即大肠杆菌的菌毛。

致病大肠杆菌须先粘附于宿主肠壁，以免被肠蠕动和肠分泌液清除。

使人类致泻的定居因子为CFAⅠ、CTAⅡ(ColonizationfactorantigenⅠ、Ⅱ)，定居因子具有较强的免疫原性，能刺2、黏附素能使细菌紧密黏着在泌尿道和肠道的细胞上，避免因排尿时尿液的冲刷和肠道的蠕动作用而被排除。

大肠杆菌黏附素的特点是具有高特异性。

包括：定植因子抗原〡，大肠杆菌〢，〣；集聚黏附菌毛〡和〣；束形成菌毛；紧密黏附素；P菌毛；侵袭质粒抗原蛋白和Dr菌毛等。

肠产毒性大肠杆菌的有些菌株只产生一种肠毒素，即LT或ST；有些则两种均可可产生。

有些致病大肠杆菌还可产生vero毒素。

5、其他：胞壁脂多糖的类脂A具有毒性，O特异多糖有抵抗宿主防御屏障的作用。

大肠杆菌的K抗原有吞噬作用。

病原体大肠杆菌O157:H7是大肠杆菌的其中一个类型，该种病菌常见于牛只等温血动物的肠内。

这一型的大肠杆菌会释放一种强烈的毒素，并可能导致肠管出现严重症状，如带血腹泻。

大肠杆菌血清学分型基础（即其抗原）大肠埃希菌主要有三种抗原：O抗原，为细胞壁脂多糖最外层的特异性多糖，由重复的多糖单位所组成。

该抗原刺激机体主要产生IgM 类抗体（出现早，消失快）。

K抗原，位于O抗原外层，为多糖，与细菌的侵袭力有关。

K 抗原分为A，B，L三型。

H抗原，位于鞭毛上，加热和用酒精处理，可使H抗原变性或丧失。

H抗原主要刺激机体产生IgG类抗体，与其他肠道菌基本无交叉反应。

表示大肠杆菌血清型的方式是按O：K：H排列，例如：O111：K58（B4）：H25危害程度认知：大肠杆菌是原核生物，构造相对简单，遗传背景清晰，培养操作容易，因此也常常被作为基因工程的对象加以利用：研究者常常将外源基因导入质粒，将质粒整合入大肠杆菌基因，这样，大肠杆菌就能够表达基因重组后的蛋白（例如胰岛素，某些疫苗等）了。

大肠杆菌分子遗传学及其在微生物代谢中的应用大肠杆菌，缩写为E.coli，是一种广泛存在于自然界中的细菌，它生长繁殖速度快，并且易于培养和操作。

因此，E.coli 已经成为了微生物学和分子遗传学中最常用的研究对象之一。

一、大肠杆菌分子遗传学1. 大肠杆菌基因组大肠杆菌具有一个长度为460万个碱基对的双链DNA基因组，其中包含有4200多个基因，基因密度为每10KB含有1个基因。

这个基因组分为一个圆形的染色体和许多不同的质粒，其中一些质粒可以用于克隆表达和其他的实验室用途。

2. 大肠杆菌基因调控大肠杆菌中的基因表达是高度调控的。

许多转录因子，包括RNA聚合酶和其他的激活因子，可以通过多种不同的方式影响基因表达。

例如，一个重要的调控机制是Rho因子的终止作用，这会影响RNA的合成和核糖体的结合。

另外，许多转录因子也会结合到DNA的特定区域上，影响基因表达。

3. E.coli基因编辑技术近年来，人工合成DNA技术的迅速发展，使得科学家们可以人工合成全新的基因组，并且利用基因编辑技术实现对大肠杆菌基因组的定点操作。

基因编辑可以通过CRISPR-Cas9系统、ZFNs或者TALENs等方法来实现对特定的基因进行剪接、替换等操作，这为微生物学和生物技术领域的其他应用提供了巨大潜力。

二、大肠杆菌在微生物代谢中的应用1. 生产重要化合物大肠杆菌能够产生许多重要的化合物，包括植酸和乳酸等。

此外，大肠杆菌也可以被用于生产天然合成的内源物质，如虾青素和其他有机物质。

2. 乳糖代谢和呼吸酸代谢大肠杆菌可以通过乳糖代谢来维持它的生命活动。

这是通过产生乳糖酶来实现的，它使得E.coli能够将乳糖转化为葡萄糖。

此外，在氧化剂存在时，大肠杆菌也可以利用呼吸酸代谢来产生ATP能量，而在氧气不足时则利用发酵反应来产生能量。

3. 蛋白质表达大肠杆菌可以被用于大量生产重组蛋白质。

这是通过利用基因编辑和其他的操作来改变E.coli的基因组，使其可以表达人类或其他生物的特定蛋白质。

大肠杆菌的基因型-概述说明以及解释1.引言1.1 概述大肠杆菌是一种常见的革兰氏阴性杆菌，属于肠道菌群中的重要成员。

它在自然界和人体内广泛存在，并且具有广泛的基因型多样性。

这使得大肠杆菌成为了微生物遗传学和进化生物学领域的研究模型。

在大肠杆菌中，基因型是指该菌株拥有的基因组合和基因的分布情况。

大肠杆菌的基因型可以通过不同的方法进行分类和鉴定。

目前主要的分类方法包括单核苷酸多态性分析、基因片段分析和全基因组测序等。

通过这些方法，我们可以更全面地了解大肠杆菌的基因型组成和种群结构。

大肠杆菌的基因型在其功能和特点方面具有重要意义。

大肠杆菌是一种典型的益生菌，它在人体内具有多种有益作用，包括帮助消化吸收、维持肠道稳定性和参与免疫调节等。

不同基因型的大肠杆菌可能具有不同的功能特点，比如某些基因型可能携带耐药基因或致病因子，导致感染和疾病的发生。

因此，对大肠杆菌基因型的研究有助于我们深入了解其功能机制和生态适应能力。

总之，大肠杆菌作为一种常见的菌株，其基因型具有多样性和重要性。

通过研究大肠杆菌的基因型，我们可以深入探索其功能特点和生态适应能力，进一步促进微生物遗传学和进化生物学的研究。

未来，我们可以通过结合多样的研究方法和技术，进一步挖掘和解析大肠杆菌基因型的奥秘，并探索其在人体健康和疾病中的作用。

文章结构是指文章部分之间的逻辑关系和组织，它有助于读者理解文章的内容和思路。

本文的结构如下：1. 引言1.1 概述1.2 文章结构1.3 目的2. 正文2.1 大肠杆菌的基因型分类2.2 大肠杆菌基因型的功能和特点3. 结论3.1 大肠杆菌基因型的重要性3.2 未来研究的方向文章结构部分是为了描述本文的组织结构，它有助于读者了解文章的内容安排和逻辑关系。

在本文中，我们首先介绍引言部分，包括概述、文章结构和目的。

在概述中，我们简要介绍了大肠杆菌的基因型。

在文章结构中，我们明确了本文的结构和章节安排，帮助读者理解文章的整体框架。

大肠杆菌的基因组名词解释大肠杆菌是一种常见的细菌，属于革兰氏阴性杆菌。

它是一种非常重要的微生物，常存在于人体和其他生物的肠道中。

大肠杆菌的基因组，也被称为基因组学，是研究大肠杆菌背后的遗传信息和遗传特征的科学。

基因组是指一个生物体的全部遗传信息的集合，它包含了所有的基因，这些基因决定了生物体的性状、功能和特征。

基因是遗传信息的基本单位，它们携带着生物体的遗传信息，编码着构建和维持生物体的各种蛋白质和其他分子。

大肠杆菌的基因组非常庞大，一般包含大约4.6至4.9百万个碱基对，组成了大约4000至5000个基因。

大肠杆菌的基因是由DNA分子编码的，DNA分子由四种碱基（腺嘌呤、胸腺嘧啶、鸟嘌呤和胞嘧啶）组成，通过不同的排列组合形成了遗传信息的代码。

大肠杆菌的基因组有助于了解和研究细菌的遗传特性和代谢途径。

通过对基因组的解读和分析，科学家们能够揭示大肠杆菌的生长和繁殖方式，及其对环境的适应能力。

同时，基因组研究也有助于寻找和发展新的抗生素、疫苗和其他药物，以应对大肠杆菌引发的感染和疾病。

基因组学在大肠杆菌研究中扮演着至关重要的角色。

通过使用先进的生物信息学技术，研究人员可以对大肠杆菌的基因组进行测序和分析。

这项技术可以揭示基因组的组成、结构和功能，并帮助研究人员理解大肠杆菌基因的表达方式和调控机制。

在大肠杆菌基因组的研究中，常用的技术包括PCR、测序、DNA微阵列和高通量测序等。

这些技术的应用使得研究人员能够更全面、准确地了解大肠杆菌的遗传信息和基因表达的变化。

此外，基因组学的发展还催生了许多相关的研究领域，如转录组学、蛋白质组学和代谢组学等，这些领域的研究可以进一步加深对大肠杆菌及其基因组的理解。

大肠杆菌的基因组研究也有助于人体健康领域的发展。

尽管大肠杆菌在正常情况下对人体有益，但某些菌株可能引发感染和疾病，如泌尿道感染、食物中毒和胃肠道炎症等。

对大肠杆菌基因组的深入研究能够揭示其致病机制和耐药性，并为开发相应的治疗方法提供重要线索。

大肠杆菌基因型及遗传符号说明前言：实验室的一般大肠杆菌拥有4288条基因，每条基因的长度约为950bp，基因间的平均间隔为118bp（基因Ⅷ）。

E.coli基因组中还包含有许多插入序列，如λ-噬菌体片段和一些其他特殊组份的片段，这些插入的片段都是由基因的水平转移和基因重组而形成的，由此表明了基因组具有它的可塑造性。

利用大肠杆菌基因组的这种特性对其进行改造，使其中的某些基因发生突变或缺失，从而给大肠杆菌带来可以观察到的变化，这种能观察到的特征叫做大肠杆菌的表现型(Phenotype)，把引起这种变化的基因构成叫做大肠杆菌的基因型（Genotype）。

具有不同基因型的菌株表现出不同的特性。

分子克隆中常用的大肠杆菌及其遗传标记按Demerec等1966年提出的命名原则，采用的菌株所有的基因都假定处于野生型状态，除非在基因型上另外注明。

大肠杆菌基因型的表示方法（Demerec, et, al. 1966）：一、一般规则：1、根据基因产物或其作用产物的英文名称的第一个字母缩写成3个小写斜体字母来表示。

例如：DNA Adenine Methylase→dam。

2、不同的基因座，其中任何一个突变所产生的表型变化可能相同，其表示方法是在3个小写斜体字母后加上一个斜体大写字母来表示区别。

例如：Recombination→recA、recB、recC。

3、突变位点应通过在突变基因符号后加不同数字表示。

如supE44（sup基因座E的44位突变）。

如果不知道几个等位基因中哪一/几个发生了功能性突变，则用连字符“-”代替大写字母，如trp-31。

4、细菌的基因型中应该包含关于其携带的质粒或附加体的的信息。

这些符号包括菌株携带的质粒或附加体、质粒或附加体上的突变基因座和突变位点。

其基因符号应与基因座的表示符号明显区别，符号的第一个字母大写、不斜体并位于括号内；质粒或附加体上的突变基因座和突变位点的基因符号的表示方法与染色体上突变基因座、突变位点的符号相同。

大肠杆菌基因型及遗传符号说明前言：实验室的一般大肠杆菌拥有4288条基因，每条基因的长度约为950bp，基因间的平均间隔为118bp（基因Ⅷ）。

E.coli基因组中还包含有许多插入序列，如λ-噬菌体片段和一些其他特殊组份的片段，这些插入的片段都是由基因的水平转移和基因重组而形成的，由此表明了基因组具有它的可塑造性。

利用大肠杆菌基因组的这种特性对其进行改造，使其中的某些基因发生突变或缺失，从而给大肠杆菌带来可以观察到的变化，这种能观察到的特征叫做大肠杆菌的表现型(Phenotype)，把引起这种变化的基因构成叫做大肠杆菌的基因型（Genotype）。

具有不同基因型的菌株表现出不同的特性。

分子克隆中常用的大肠杆菌及其遗传标记按Demerec等1966年提出的命名原则，采用的菌株所有的基因都假定处于野生型状态，除非在基因型上另外注明。

大肠杆菌基因型的表示方法（Demerec, et, al. 1966）：一、一般规则：1、根据基因产物或其作用产物的英文名称的第一个字母缩写成3个小写斜体字母来表示。

例如：DNA Adenine Methylase→dam。

2、不同的基因座，其中任何一个突变所产生的表型变化可能相同，其表示方法是在3个小写斜体字母后加上一个斜体大写字母来表示区别。

例如：Recombination→recA、recB、recC。

3、突变位点应通过在突变基因符号后加不同数字表示。

如supE44（sup基因座E的44位突变）。

如果不知道几个等位基因中哪一/几个发生了功能性突变，则用连字符“-”代替大写字母，如trp-31。

4、细菌的基因型中应该包含关于其携带的质粒或附加体的的信息。

这些符号包括菌株携带的质粒或附加体、质粒或附加体上的突变基因座和突变位点。

其基因符号应与基因座的表示符号明显区别，符号的第一个字母大写、不斜体并位于括号内；质粒或附加体上的突变基因座和突变位点的基因符号的表示方法与染色体上突变基因座、突变位点的符号相同。

大肠杆菌基因型及遗传符号说明前言：实验室的一般大肠杆菌拥有4288条基因，每条基因的长度约为950bp，基因间的平均间隔为118bp（基因Ⅷ）。

E.coli基因组中还包含有许多插入序列，如λ-噬菌体片段和一些其他特殊组份的片段，这些插入的片段都是由基因的水平转移和基因重组而形成的，由此表明了基因组具有它的可塑造性。

利用大肠杆菌基因组的这种特性对其进行改造，使其中的某些基因发生突变或缺失，从而给大肠杆菌带来可以观察到的变化，这种能观察到的特征叫做大肠杆菌的表现型(Phenotype)，把引起这种变化的基因构成叫做大肠杆菌的基因型（Genotype）。

具有不同基因型的菌株表现出不同的特性。

分子克隆中常用的大肠杆菌及其遗传标记按Demerec等1966年提出的命名原则，采用的菌株所有的基因都假定处于野生型状态，除非在基因型上另外注明。

大肠杆菌基因型的表示方法（Demerec, et, al. 1966）：一、一般规则：1、根据基因产物或其作用产物的英文名称的第一个字母缩写成3个小写斜体字母来表示。

例如：DNA Adenine Methylase→dam。

2、不同的基因座，其中任何一个突变所产生的表型变化可能相同，其表示方法是在3个小写斜体字母后加上一个斜体大写字母来表示区别。

例如：Recombination→recA、recB、recC。

3、突变位点应通过在突变基因符号后加不同数字表示。

如supE44（sup基因座E的44位突变）。

如果不知道几个等位基因中哪一/几个发生了功能性突变，则用连字符“-”代替大写字母，如trp-31。

4、细菌的基因型中应该包含关于其携带的质粒或附加体的的信息。

这些符号包括菌株携带的质粒或附加体、质粒或附加体上的突变基因座和突变位点。

其基因符号应与基因座的表示符号明显区别，符号的第一个字母大写、不斜体并位于括号内；质粒或附加体上的突变基因座和突变位点的基因符号的表示方法与染色体上突变基因座、突变位点的符号相同。

⼤肠杆菌基因型解读E. coli genotypesContents[hide]1 Nomenclature & Abbreviations2 Methylation Issues in E. coli3 Commonly used strains3.1 AG13.2 AB11573.3 BL213.4 BL21(AI)3.5 BL21(DE3)3.6 BL21 (DE3) pLysS3.7 BNN933.8 BNN973.9 BW26434, CGSC Strain # 76583.10 C6003.11 C600 hflA150 (Y1073, BNN102)3.12 CSH503.13 D12103.14 DB3.13.15 DH13.16 DH5α3.17 DH10B (Invitrogen)3.18 DH12S (Invitrogen)3.19 DM1 (Invitrogen)3.20 E. cloni(r) 5alpha (Lucigen)3.21 E. cloni(r) 10G (Lucigen)3.22 E. cloni(r) 10GF' (Lucigen)3.23 E. coli K12 ER2738 (NEB)3.24 ER2566 (NEB)3.25 ER2267 (NEB)3.26 HB1013.27 HMS174(DE3)3.28 High-Control(tm) BL21(DE3) (Lucigen) 3.29 High-Control(tm) 10G (Lucigen)3.30 IJ11263.31 IJ11273.32 JM833.33 JM1013.34 JM1033.35 JM1053.36 JM1063.37 JM1073.38 JM1083.39 JM1093.40 JM109(DE3)3.41 JM1103.42 JM2.3003.43 LE3923.44 Mach13.45 MC10613.46 MC41003.47 MG16553.48 OmniMAX23.49 OverExpress(tm)C41(DE3) (Lucigen)3.50 OverExpress(tm)C41(DE3)pLysS (Lucigen) 3.51 OverExpress(tm)C43(DE3) (Lucigen)3.52 OverExpress(tm)C43(DE3)pLysS (Lucigen) 3.53 Rosetta(DE3)pLysS3.54 Rosetta-gami(DE3)pLysS3.55 RR13.56 RV3083.57 SOLR (Stratagene)3.58 SS320 (Lucigen)3.59 STBL2 (Invitrogen)3.60 STBL3 (Invitrogen)3.61 STBL43.62 SURE (Stratagene)3.63 SURE2 (Stratagene)3.64 TG1 (Lucigen)3.65 TOP10 (Invitrogen)3.66 Top10F' (Invitrogen)3.67 W31103.68 XL1-Blue (Stratagene)3.69 XL1-Blue MRF' (Stratagene)3.70 XL2-Blue (Stratagene)3.71 XL2-Blue MRF' (Stratagene)3.72 XL1-Red (Stratagene)3.73 XL10-Gold (Stratagene)3.74 XL10-Gold KanR (Stratagene)4 Other genotype information sources5 ReferencesNomenclature & AbbreviationsA listed gene name means that gene carries a loss of function mutation, a Δ preceding a gene name means the gene is deleted. If a gene is not listed, it is not known to be mutated. Prophages present in wt K-12 strains (F, λ, e14, rac) are listed only if absent. E. coliB strains are naturally lon- and dcm-.F- = Does not carry the F plasmidF+ = Carries the F plasmid. The cell is able to mate with F- through conjugation.F'[ ] = Carries an F plasmid that has host chromosomal genes on it from a previous recombination event. This cell can also mate with F- through conjugation. Chromosomal genes carried in the F plasmid are listed in brackets.r B/K+/- = The (B/K) defines the strain lineage. The +/- indicates whether the strain has or hasn't got the restriction system. m B/K+/- = The (B/K) defines the strain lineage. The +/- indicates whether the strain has or hasn't got the modification (methylation) system.hsdS = Both restriction and methylation of certain sequences is deleted from the strain. If you transform DNA from such a strain into a wild type strain, it will be degraded.hsdR = For efficient transformation of cloned unmethylated DNA from PCR amplificationsINV( ) = chromosomal inversion between locations indicatedahpC = mutation to alkyl hydroperoxide reductase conferring disulfide reductase activityara-14 = cannot metabolize arabinosearaD = mutation in L-ribulose-phosphate 4-epimerase blocks arabinose metabolismcycA = mutation in alanine transporter; cannot use alanine as a carbon sourcedapD = mutation in succinyl diaminopimelate aminotransferase leads to succinate or (lysine + methionine) requirementΔ( ) = chromosomal deletion of genes between the listed genes (may include unlisted genes!)dam = adenine methylation at GATC sequences exist; high recombination efficiency; DNA repair turned ondcm = cytosine methylation at second C of CCWGG sites exist. dam & dcm are the default properties and always elided, while dam- or dcm- should be declare explicitlydeoR = regulatory gene that allows constitutive expression of deoxyribose synthesis genes; permits uptake of largeplasmids. See Hanahan D, US Patent 4,851,348. ***This has been called intoquestion, as the DH10B genome sequence revealed that it is deoR+. See Durfee08, PMID 18245285.dnaJ = one of the chaparonins inactivated; stabilizes some mutant proteinsdut1 = dUTPase activity abolished, leading to increased dUTP concentrations, allowing uracil instead of thymine incorporation in DNA. Stable U incorporation requires ung gene mutation as well. endA1 = For cleaner preparations of DNA and better results in downstream applications due to the elimination of non-specific digestion by Endonuclease I(e14) = excisable prophage like element containing mcrA gene; present in K-12 but missing in many other strainsgalE = mutations are associated with high competence, increased resistance to phage P1 infection, and 2-deoxygalactose resistance. galE mutations block the production of UDP-galactose, resulting in truncation of LPS glycans to the minimal, "inner core". The exceptional competence ofDH10B/TOP10 is thought to be a result of a reduced interference from LPS in the binding and/or uptake of transforming DNA. galE15 is a point mutation resulting in a Ser123 -> Phe conversion near the enzyme's active site. See van Die, et al. PMID 6373734, Hanahan, et al. PMID 1943786, and EcoSal ISBN 1555811647. --Dcekiert 16:56, 23 January 2008 (CST)galk = mutants cannot metabolize galactose and are resistant to 2-deoxygalactose. galK16 is anIS2 insertion ~170bp downstream of the galK start codon. See EcoSal ISBN 1555811647. --Dcekiert 16:56, 23 January 2008 (CST)galU = mutants cannot metabolize galactosegor = mutation in glutathione reductase; enhances disulphide bond formationglnV = suppression of amber (UAG) stop codons by insertion of glutamine; required for some phage growthgyrA96 = mutation in DNA gyrase; conveys nalidixic acid resistancegyrA462 = mutation in DNA gyrase; conveys resistance to ccdB colicin gene producthflA150 = protease mutation stabilizing phage cII protein; high frequency of lysogenization by λΔ(lac)X74 = Deletion of the entire lac operon as well as some flanking DNA (complete deletion is Δcod-mhpF; seeMol.Micro., 6:1335, and J.Bact., 179:2573)lacI q or lacI Q = overproduction of the lac repressor protein; -35 site in promoter upstream of lacI is mutated from GCGCAA to GTGCAAlacI Q1 = overproduction of the lac repressor protein; contains a 15 bp deletion to create optimal -35site in promoter upstream of lacIlacY = deficient in lactose transport; deletion of lactose permease (M protein)lacZΔM15 = partial deletion of the lacZ gene that allows α complementation of the β-galactosidase gene; required forblue/white selection on XGal plates. Deletes the amino portion of lacZ (aa 11-41). leuB = requires leucineΔlon = deletion of the lon proteasemalA = cannot metabolize maltosemcrA = Mutation eliminating restriction of DNA methylated at the sequence C m CGG (possiblym CG). Carried on the e14 prophage (q.v.)mcrB = Mutation eliminating restriction of DNA methylated at the sequence R m CmetB = requires methioninemetC = requires methioninemrr = Mutation eliminating restriction of DNA methylated at the sequence C m AG or G m ACmtlA = cannot metabilize mannitol(Mu) = Mu prophage present. Muδ means the phage is defective.mutS - mutation inhibits DNA repair of mismatches in unmethylated newly synthesized strands nupG = same as deoR ompT = mutation in outer membrane protein protease VII, reducing proteolysis of expressed proteins(P1) = Cell carries a P1 prophage. Cells express the P1 restriction system.(P2) = Cell carries a P2 prophage. Allows selection against Red+ Gam+ λ(φ80) = Cell carries the lambdoid prophage φ80. A defective version of this phage carryinglacZM15 deletion (as well as wild-type lacI, lacYA, and flanking sequences) is present in some strains. The φ80 attachment site is just adjacent to tonB.pLysS = contains pLysS plasmid carrying chloramphenicol resistance and phage T7 lysozyme, effective at attenuating activity of T7 RNA polymerase, for better inhibition of expression under non-induced conditions. The sequence can be found here.proA/B = requires prolinerecA1 = For reduced occurrence of unwanted recombination in cloned DNA; cells UV sensitive, deficient in DNA repair recA13 = as for recA1, but inserts less stable.recBCD = Exonuclease V; mutation in RecB or RecC reduces general recombination by a factor of 100; impaired DNA repair; UV sensitive, easier propagation of inverted repeatsrecJ Exonuclease involved in alternate recombinationrelA = relaxed phenotype; permits RNA synthesis in absence of protein synthesisrha = blocked rhamose metabolismrnc = encodes RnaseIII (rnc-14 is a common null mutant)rne = encodes RnaseE (rne-3071 is a common temperature sensitive mutant)rpsL = mutation in ribosomal protein S12 conveying streptomycin resistance; also called strA sbcBC = ExoI activity abolished; usually present in recBC strains; recombination proficient, stable inverted repeatssr1 = cannot metabolize sorbitolsupE = glnVsupF = tyrTthi = requires thiaminethyA = requires thymidineTn10 = transposon normally carrying Tetracycline resistanceTn5 = transposon normally carrying Kanamycin resistancetonA = Mutation in outer membrane protein conveying resistance to phage T1 and phage T5 traD = Mutation eliminating transfer factor; prevents transfer of F plasmidtrxB = mutation in thioredoxin reductase; enhances disulphide bond formation in the cytoplasm tsx = outer membrane protein mutation conveying resistance to phage T6 and colicin KtyrT = suppression of amber (UAG) stop codons by insertion of tyrosine; needed for some phage infection such as λgt11. ung1 = allows uracil to exist in plasmid DNAxyl-5 = blocked xylose metabolismSm R = Streptomycin resistanceMethylation Issues in E. coliType I methylation systems:E. coli K-12 restricts DNA which is not protected by adenine methylation at sitesAA*C[N6]GTGC or GCA*C[N6]GTT, encoded by the hsdRMS genes(EcoKI). Deletions in these genes removes either the restriction or methylation or both of these functions.E. coli B derivative strains contain an hsdRMS system (EcoBI) restricting and protectiing thesequence TGA*[N8]TGCT or AGCA*[N8]TCA.The mcrA gene (carried on the e14 prophage) restricts DNA which is methylated in C m CWGG or m CG sequences (methylation by the dcm gene product).The mcrBC genes restrict R m C sequences.The mrr gene product restricts adenine methylated sequences at CAG or GAC sites.E. coli methylates the adenine in GATC (and the corresponding A on the opposite strand) with thedam gene product.M.EcoKII methylates the first A at the palindromic site ATGCAT (as well as the corresponding A on the opposite strand), see (Kossykh VG (2004) J. Bact 186: 2061-2067 PMID 15028690) Note that this article has been retracted; the retraction appears to center on textual plagarism, notexperimental results. The homology to AvaIII is real. I think I believe it. tk 20:28, 9 December 2005 (EST). Rich Roberts reports: "We have tried ourselves to detect activity with this gene product and cannot detect any methyltransferase activity. In our case we used antibodies able to detect N6-methyladenine or N4 methylcytosine in DNA. The ones we have are very sensitive and should have been able to detect 5 methyl groups in the whole E. coli chromosome. Nothing was detected in an over expressing strain."For additional information see E. coli restriction-modification system and the NEB technicalinformation on methylation.Commonly used strainsAG1endA1 recA1 gyrA96 thi-1 relA1 glnV44 hsdR17(r K- m K+)AB1157thr-1, araC14, leuB6(Am), Δ(gpt-proA)62, lacY1, tsx-33, qsr'-0, glnV44(AS), galK2(Oc), LAM-, Rac-0, hisG4(Oc), rfbC1, mgl-51, rpoS396(Am), rpsL31(strR), kdgK51, xylA5, mtl-1, argE3(Oc), thi-1Bachmann BJ: Derivation and genotypes of some mutant derivatives of Escherichia coli K-12.Escherichia coli and Salmonella typhimurium. Cellular and Molecular Biology (Edited by: F C Neidhardt J L Ingraham KB Low B Magasanik M Schaechter H E Umbarger). Washington, D.C., American Society for Microbiology 1987, 2:1190-1219. See CGSC#1157BL21E. coli B F- dcm ompT hsdS(r B- m B-) gal [malB+]K-12(λS)The "malB region" was transduced in from the K-12 strain W3110 to make the strain Mal+λS. See Studier et al. (2009) J. Mol. Biol. 394(4), 653 for a discussion of the extent of the transfer.Stratagene E. coli Genotype StrainsBL21(AI)F– ompT gal dcm lon hsdS B(r B- m B-) araB::T7RNAP-tetAan E. coli B strain carrying the T7 RNA polymerase gene in the araB locus of the araBAD operon q.Transformed plasmids containing T7 promoter driven expression are repressed until L-arabinose induction of T7 RNA polymerase.Derived from BL21.See the product page for more information.Brian Caliendo (Voigt lab) reported trouble getting the Datsenko and Wanner (2000) plasmid pCP20 to transform into this strain, when other strains transformed fine. Cause is unknown.BL21(DE3)F– ompT gal dcm lon hsdS B(r B- m B-) λ(DE3 [lacI lacUV5-T7 gene 1 ind1 sam7 nin5])an E. coli B strain with DE3, a λ prophage carrying the T7 RNA polymerase gene and lacI qTransformed plasmids containing T7 promoter driven expression are repressed until IPTG induction of T7 RNA polymerase from a lac promoter.Derived from B834 (Wood, 1966) by transducing to Met+.See the original Studier paper or the summary in Methods in Enzymology for more details.Whole genome sequence available [1]BL21 (DE3) pLysSF- ompT gal dcm lon hsdS B(r B- m B-) λ(DE3) pLysS(cm R)pLysS plasmid chloramphenicol resistant; grow with chloramphenicol to retain plasmidChloramphenicol resistantThe pLysS plasmid encodes T7 phage lysozyme, an inhibitor for T7 polymerase which reduces and almost eliminates expression from transformed T7 promoter containing plasmids when not induced.see Moffatt87 for details of pLysS and pLysE plasmidsBNN93F- tonA21 thi-1 thr-1 leuB6 lacY1 glnV44 rfbC1 fhuA1 mcrB e14-(mcrA-) hsdR(r K-m K+) λ-Some C600 strains are really BNN93BNN97BNN93 (λgt11)A λgt11 lysogen producing phage at 42CBW26434, CGSC Strain # 7658Δ(araD-araB)567, Δ(lacA-lacZ)514(::kan), lacIp-4000(lacI q), λ-, rpoS396(Am)?, rph-1, Δ(rhaD-rhaB)568, hsdR514This information is from a printout sent by the E. coli Genetic Stock Center with the strain.B.L. Wanner strainrph-1 is a 1bp deletion that results in a frameshift over last 15 codons and has a polar effect on pyrE leading to suboptimal pyrimidine levels on minimal medium. (Jensen 1993 J Bact. 175:3401)Δ(araD-araB)567 was formerly called ΔaraBAD AH33 by Datsenko and WannerAm = amber(UAG) mutationReference: Datsenko and Wanner, 2000, PNAS, 97:6640NOTE:This promoter driving the expression of lacI was sequenced in this strain using a primer in mhpR (upstream of lacI) and a primer in the opposite orientation in lacI. The lac promoter was found to be identical to wildtype. Thus, the -35 sequence was GCGCAA not GTGCAA as expected with lacI q.Therefore this strain (or at least the version obtained from the E. coli Genetic Stock Center) does NOT appear to be lacI q. According to Barry Wanner, this is an unexpected result. -Reshma 13:19, 5 May 2005 (EDT)"We have now confirmed that BW25113, BW25141, and BW26434 are all lacI+, and not lacI q. We thank you for alerting us to the error with respect to BW26434. Apparently, the lacI region was restored to wild-type in a predecessor of BW25113." (from Barry Wanner November 18, 2005) The genotype has been corrected at the CGSCC600F- tonA21 thi-1 thr-1 leuB6 lacY1 glnV44 rfbC1 fhuA1 λ-There are strains circulating with both e14+(mcrA+) and e14-(mcrA-)General purpose hostSee CGSC#3004References: Appleyard, R.K. (1954) Genetics 39, 440; Hanahan, D. (1983) J. Mol. Biol. 166, 577.C600 hflA150 (Y1073, BNN102)F- thi-1 thr-1 leuB6 lacY1 tonA21 glnV44 λ- hflA150(chr::Tn10)host for repressing plaques of λgt10 when establishing cDNA librariesReference Young R.A. and Davis, R. (1983) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80, 1194.Tetracycline resistance from the Tn10 insertionCSH50F- λ- ara Δ(lac-pro) rpsL thi fimE::IS1See CGSC#8085References: Miller, J.H. 1972. Expts.in Molec.Genetics, CSH 0:14-0; Blomfeld et al., J.Bact. 173: 5298-5307, 1991.D1210HB101 lacI q lacY+DB3.1F- gyrA462 endA1 glnV44 Δ(sr1-recA) mcrB mrr hsdS20(r B-, m B-) ara14 galK2 lacY1 proA2rpsL20(Sm r) xyl5 Δleu mtl1useful for propagating plasmids containing the ccdB operon.gyrA462 enables ccdB containing plasmid propagationstreptomycin resistantappears to NOT contain lacI (based on a colony PCR) --Austin Che 16:16, 18 June 2007 (EDT)1. Bernard-JMolBiol-1992 pmid=13243242. Miki-JMolBiol-1992 pmid=1316444。

大肠杆菌遗传物质的化学元素大肠杆菌是一种常见的肠道菌群中的细菌，也是生物技术研究和应用中最常用的微生物之一、它的遗传物质主要是DNA，包括染色体DNA和质粒DNA。

染色体DNA是大肠杆菌遗传物质的主要组成部分，而质粒DNA则是一种可通过水平基因转移传递的环形DNA分子。

大肠杆菌遗传物质中含有多种化学元素，包括碳、氢、氧、氮、磷和硫等。

以下将详细介绍大肠杆菌遗传物质的化学元素。

1. 碳（Carbon）：大肠杆菌DNA的主要成分是由碳元素构成的核苷酸。

DNA的碱基由脱氧核糖（deoxyribose）和碱基组成，其中脱氧核糖是由葡萄糖分子演化而来，而碱基则包括腺嘌呤（adenine）、鸟嘌呤（guanine）、胞嘧啶（cytosine）和胸腺嘧啶（thymine）四种，它们都含有碳元素。

2. 氢（Hydrogen）：大肠杆菌DNA中的所有核苷酸都含有氢元素。

水分子（H2O）也是细胞生命活动的必需物质，而水分子由氢和氧元素组成。

3. 氧（Oxygen）：大肠杆菌DNA中的脱氧核糖和碱基中都包含氧元素。

此外，氧气在细胞呼吸作用中起着重要的作用，通过氧化过程产生能量。

4. 氮（Nitrogen）：大肠杆菌DNA中的碱基都含有氮元素。

氮是构成蛋白质和核酸等生物大分子的重要元素，而DNA的主要功能是存储和传递遗传信息。

5. 磷（Phosphorus）：大肠杆菌DNA的脱氧核糖与碱基之间通过磷酸二酯键连接。

磷元素也存在于细胞质膜的磷脂中，构成了细胞膜的主要成分。

6. 硫（Sulfur）：大肠杆菌DNA中的胸腺嘧啶碱基（thymine）和一些氨基酸中都含有硫元素。

此外，一些蛋白质中的半胱氨酸（cysteine）残基也含有硫元素，且硫键对于蛋白质的结构和功能至关重要。

以上是大肠杆菌遗传物质DNA的主要化学元素，它们共同构成了大肠杆菌的遗传物质基础。

大肠杆菌作为一种常见的微生物模型生物，在生物技术研究和应用中发挥着重要的作用，比如在基因工程中用于插入外源基因并表达目的蛋白质，或用于产生重组蛋白质等。

大肠杆菌pyre基因
大肠杆菌(pyre)基因是一种存在于大肠杆菌(Escherichia coli)中的基因。

它编码了一种名为Pyre的蛋白质。

Pyre蛋白质在细菌的生长和代谢过程中起着重要的作用。

大肠杆菌是一种常见的肠道菌，广泛存在于人和动物的肠道中。

它是一种革兰氏阴性菌，具有很强的适应性和生存能力。

大肠杆菌在人体内起着重要的生理功能，例如帮助消化食物、合成维生素和抵抗病原微生物。

Pyre基因编码的蛋白质在大肠杆菌的代谢过程中起着重要的调控作用。

它可能参与能量代谢、基因表达调控、细胞分裂和细胞间通信等生物学过程。

对Pyre基因的研究有助于进一步理解大肠杆菌的生物学特性和生理功能。

Pyre基因在基因工程和生物技术领域也具有重要意义。

通过对Pyre 基因的研究和利用，科学家可以开发出新的基因编辑和基因表达系统，从而实现对细菌的精确调控和改造。

大肠杆菌Pyre基因是一种在大肠杆菌中广泛存在的基因，编码了一种重要的调控蛋白质。

对它的研究有助于深入了解大肠杆菌的生物学特性和生理功能，同时也有助于开发新的生物技术和基因工程应用。