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绪论1、生物信息学的概念及其组成部分生物信息学（Bioinformatics）：是一门交叉学科，包含了生物信息的获取、处理、储存、分析、解释和应用在内的所有方面，它综合运用了生物学、计算机科学和数学等多方面的知识和方法，来阐述和理解大量生物学数据所包含的生物学意义，并应用于解决生命科学研究和生物技术相关产业中的各种问题。
生物信息学的三个组成部分:①建立可以存放和管理大量生物信息学数据的数据库②研究开发可用于有效分析与挖掘生物学数据的方法、算法和软件工具③使用这些工具去分析和解释不同类型的生物学数据2、生物信息学的主要研究领域①生物数据的建立与搜索②序列比较与相似性搜索③基因组结构注释④蛋白质结构与功能的预测⑤基因组数据分析⑥比较基因组合系统发生遗传学分析⑦功能基因组和蛋白质组学数据分析⑧信号传导、代谢和基因调节途径的构建与描述3、初级数据库二级数据库的概念说出几个数据并说明包含什么数据一级数据库（primary database）：数据直接来源于实验获得原始数据，只经过简单的归类、整理和注释。
例如GenBank、EMBL、DDBJ、SWISSPORT、PDB二级数据库（secondary database）：在一级数据库、实验数据和理解分析的基础上针对特定的目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步整理。
例如human genome databases GDB转录因子数据库等4、简述核酸序列的测序①DNA测序一般原理DNA测序一般采用全自动的荧光标记链终止反应完成，该法利用了DNA聚合酶能从脱氧核糖核苷酸（dNTP）延伸但不能从双脱氧核糖核苷酸（ddNTP）延伸的特性，通过加入限量的荧光标记过的双脱氧核苷酸来产生有特定终止碱基的嵌套DNA片段，然后通过聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）分离并通过扫描仪读取序列（300-800bp）②基因组测序策略—分而治之---shortgun因为测序反应每次只能测300-800bp故先将基因组分割成一定大小的片段，然后对这些片段分别测序，测完后再将这些片段拼接起来—鸟枪法（shortgun）③一次性测序例如：表达序列标签（EST）是其中的代表，它对随机挑选的cDNA克隆进行两端一次测序得到300-500bp的片段，代表cDNA的一部分。
生物信息学课堂操作练习一、生物信息学科的发展和研究内容通过下列internet上的自教课程，初步了解不同的数据库和分析工具/2can/Education二、生物数据库1. 熟悉各种数据库。
2. 重点了解GenBank和SWISS-PROT所包含的各种功能和适用范围。
三、关键词或词组为基础的数据库检索1. 熟练掌握Entrez检索体系。
2. 查找与水稻抗病基因Xa21有关的资料(1) 由多少碱基构成？编码多少个氨基酸？(2) exon和intron的位置？(3) 是否有3－D structure数据？1) 由多少碱基构成？编码多少个氨基酸?4623b.p., 1025A.a.;2) exon和intron的位置?Exon: 24~2700,3543~3943 intron: remaining;3) 是否有3－D structure数据?没有.3. 查找C. elegans基因组的资料。
(1) chromosome I的测序是否已完成？(2) 已知的chromosome I的序列有多少碱基？序列发表在哪份杂志上？期号和页码？1) chromosome I的测序是否已完成?完成.2) 已知的chromosome I的序列有多少碱基? 序列发表在哪份杂志上? 期号和页码? 15.0724Mb.p.(15072421b.p.), Science 1999 Jan 1;283(5398):35.4. 查看人类基因组第1染色体上基因的分布。
/mapview/maps.cgi?ORG=hum&MAPS=ideogr,est,loc&LINKS= ON&VERBOSE=ON&CHR=15. 查看Arabidopsis的系谱树，以及Arabidopsis第1染色体上的序列。
比较Arabidopsis基因组的资料提供形式与人类基因组有什么不同(/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=3701,/mapview/maps.cgi?taxid=3702&chr=1)貌似没什么区别……比较Arabidopsis基因组的资料提供形式与人类基因组有什么不同。
本卷的答案仅做参考，如有疑问欢迎提出。
后面的补充复习题要靠你们自己整理答案了。
生物信息学复习题一、填空题1、识别基因主要有两个途径即基因组DNA外显子识别和基于EST策略的基因鉴定。
2、表达序列标签是从mRNA 中生成的一些很短的序列（300-500bp），它们代表在特定组织或发育阶段表达的基因。
3、序列比对的基本思想，是找出检测基因和目标序列的相似性，就是通过在序列中插入空位的方法使所比较的序列长度达到一致。
比对的数学模型大体分为两类，分别是整体比对和局部比对。
4、2-DE的基本原理是根据蛋白质等电点和分子量不同，进行两次电泳将之分离。
第一向是等电聚焦分离,第二向是SDS-PAGE分离。
5、蛋白质组研究的三大关键核心技术是双向凝胶电泳技术、质谱鉴定技术、计算机图像数据处理与蛋白质数据库。
二、判断题1、生物体的结构和功能越复杂的种类就越多，所需要的基因也越多，C值越大，这是真核生物基因组的特点之一。
（对）2、CDS一定就是ORF。
（对）3、两者之间有没有共同的祖先，可以通过序列的同源性来确定，如果两个基因或蛋白质有着几乎一样的序列，那么它们高度同源,就具有共同的祖先。
（错）4、STS，是一段200-300bp的特定DNA序列，它的序列已知，并且在基因组中属于单拷贝。
（对）5、非编码DNA是“垃圾DNA”，不具有任何的分析价值，对于细胞没有多大的作用。
（错）6、基因树和物种树同属于系统树，它们之间可以等同。
（错）7、基因的编码序列在DNA分子上是被不编码的序列隔开而不连续排列的。
( 对）8、对任意一个DNA序列，在不知道哪一个碱基代表CDS的起始时，可用6框翻译法，获得6个潜在的蛋白质序列。
（对）9、一个机体只有一个确定的基因组，但基因组内各个基因表达的条件和表达的程度随时间、空间和环境条件而不同。
（对）10、外显子和内含子之间没有绝对的区分，一个基因的内含子可以是另一个基因的外显子，同一个基因在不同的生理状况或生长发育的不同阶段，外显子组成也可以不同。
生物信息学题库答案work Information Technology Company.2020YEARUTR的含义是（B ）。
A. 编码区B. 非编码区C. 低复杂度区域D. 开放阅读框motif的含义是（ D）。
A. 基序B. 跨叠克隆群C. 碱基对D. 结构域algorithm的含义是（B ）。
A. 登录号B. 算法C. 比对D. 类推RGP是（D ）。
A. 在线人类孟德尔遗传数据B. 国家核酸数据库C. 人类基因组计划D. 水稻基因组计划下列Fasta格式正确的是（B ）。
A. seq1: agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactcccttaB. >seq1 agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactcccttaC. seq1:agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactcccttaD. >seq1agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta 如果我们试图做蛋白质亚细胞定位分析，应使用（ D）。
A. NDB数据库B. PDB数据库C. GenBank数据库D. SWISS-PROT数据库Bioinformatics的含义是（A ）。
A. 生物信息学B. 基因组学C. 蛋白质组学D. 表观遗传学GenBank中分类码PLN表示是（ D）。
A. 哺乳类序列B. 细菌序列C. 噬菌体序列D. 植物、真菌和藻类序列ortholog的含义是（A ）。
A. 直系同源B. 旁系同源C. 直接进化D. 间接进化从cDNA文库中获得的短序列是（D ）。
A. STSB. UTRC. CDSD. ESTcontig的含义是（B ）。
《生物信息学》题集一、选择题（每题3分，共30分）1.生物信息学的主要研究对象是什么？A. 蛋白质结构B. 基因序列C. 生态系统D. 细胞代谢2.下列哪项技术不是生物信息学中常用的数据库技术？A. BLASTB. GenBankC. PubMedD. SWISS-PROT3.在生物信息学中，进行多序列比对时常用的软件是什么？A. MATLABB. ClustalWC. ExcelD. PowerPoint4.哪种算法常用于基因表达数据的聚类分析？A. K-meansB. DijkstraC. A*D. Floyd5.生物信息学中，下列哪项不是常用的序列分析技术？A. PCRB. 测序C. 质谱分析D. 芯片技术6.下列哪项不是生物信息学在医学领域的应用？A. 疾病诊断B. 药物设计C. 天气预报D. 个性化医疗7.下列哪项技术常用于生物大分子的结构预测？A. NMRB. X射线衍射C. 同源建模D. 质谱分析8.在生物信息学中，下列哪项不是基因注释的内容？A. 基因功能B. 基因表达水平C. 基因在染色体上的位置D. 基因的长度9.下列哪项技术不是高通量测序技术？A. Sanger测序B. Illumina测序C. 454测序D. SOLiD测序10.下列哪项不是生物信息学在农业领域的应用？A. 作物育种B. 病虫害防治C. 土壤成分分析D. 农产品品质改良二、填空题（每题2分，共20分）1.生物信息学是一门交叉学科，它主要涉及______、计算机科学和数学等领域。
2.在生物信息学中，______技术常用于基因序列的相似性搜索。
3.生物信息学在药物研发中的主要应用包括______和药物靶点的预测。
4.在基因表达数据分析中，______是一种常用的数据标准化方法。
5.生物信息学中，______技术常用于蛋白质结构的预测和分析。
6.在生物信息学数据库中，GenBank主要存储的是______数据。
第一章测试1【多选题】(10分)生物信息学涉及到以下哪些学科？A.计算机科学B.机械制图C.生物学D.生物统计学2【多选题】(10分)生物大分子序列里包含了哪些信息？A.结构信息B.进化信息C.序列信息D.功能信息3【判断题】(10分)中心法则论述的是遗传信息的流动法则，是指生物大分子的序列决定结构，结构决定功能。
A.错B.对4【判断题】(10分)数据是经过加工的信息，对我们做判断和决策有用。
A.对B.错5【单选题】(10分)以下哪些观点不是达尔文的《物种起源》提出来的？A.遗传变异是物种进化的基础B.物竞天择，适者生存C.地球上所有的物种有共同的祖先D.上帝创造万物6【单选题】(10分)人类基因组工作草图是什么时候发表的？A.1981B.2011C.1991D.20017【判断题】(10分)学好生物信息学最重要的途径是多练习多实践。
A.对B.错8【单选题】(10分)世界上最主要的测序公司之一华大基因，是在哪个国家成立的？A.中国B.德国C.美国D.日本9【单选题】(10分)以下哪位科学家提出了分子钟假说？A.尼德尔曼NeedlemanB.泡林PaulingC.华生WastonD.桑格Sanger。
⽣物信息学复习题及答案⽣物信息学复习题⼀、名词解释⽣物信息学, ⼆级数据库, FASTA序列格式, genbank序列格式, Entrez，BLAST，查询序列（query），打分矩阵（scoring matrix），空位（gap），空位罚分，E 值, 低复杂度区域，点矩阵（dot matrix），多序列⽐对，分⼦钟，系统发育（phylogeny），进化树的⼆歧分叉结构，直系同源，旁系同源，外类群，有根树，除权配对算法（UPGMA），邻接法构树，最⼤简约法构树，最⼤似然法构树，⼀致树（consensus tree），bootstrap，开放阅读框（ORF），密码⼦偏性（codon bias），基因预测的从头分析法，结构域（domain），超家族，模体（motif），序列表谱（profile），PAM矩阵，BLOSUM，PSI-BLAST，RefSeq，PDB数据库，GenPept，折叠⼦，TrEMBL，MMDB，SCOP，PROSITE，Gene Ontology Consortium，表谱（profile）。
⼆、问答题1）⽣物信息学与计算⽣物学有什么区别与联系2）试述⽣物信息学研究的基本⽅法。
3）试述⽣物学与⽣物信息学的相互关系。
4）美国国家⽣物技术信息中⼼（NCBI）的主要⼯作是什么请列举3个以上NCBI维护的数据库。
5）序列的相似性与同源性有什么区别与联系6）BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx⼦⼯具的⽤途什么7）简述BLAST搜索的算法。
8）什么是物种的标记序列9）什么是多序列⽐对过程的三个步骤10）简述构建进化树的步骤。
11）简述除权配对法（UPGMA）的算法思想。
12）简述邻接法（NJ）的算法思想。
13）简述最⼤简约法（MP）的算法思想。
14）简述最⼤似然法（ML）的算法思想。
15）UPGMA构树法不精确的原因是什么16）在MEGA2软件中，提供了多种碱基替换距离模型，试列举其中2种，解释其含义。
一、名词解释：1.生物信息学：研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学科交叉，以互联网为媒介，数据库为载体。
利用数学知识建立各种数学模型; 利用计算机为工具对实验所得大量生物学数据进行储存、检索、处理及分析，并以生物学知识对结果进行解释。
2.二级数据库：在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步的整理。
3.FASTA序列格式：是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨基酸字符串，大于号（>）表示一个新文件的开始，其他无特殊要求。
4.genbank序列格式：是GenBank 数据库的基本信息单位，是最为广泛的生物信息学序列格式之一。
该文件格式按域划分为4个部分：第一部分包含整个记录的信息（描述符）；第二部分包含注释；第三部分是引文区，提供了这个记录的科学依据；第四部分是核苷酸序列本身，以“//”结尾。
5.Entrez检索系统：是NCBI开发的核心检索系统，集成了NCBI的各种数据库，具有链接的数据库多，使用方便，能够进行交叉索引等特点。
6.BLAST：基本局部比对搜索工具，用于相似性搜索的工具，对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性比较。
P947.查询序列（query sequence）：也称被检索序列，用来在数据库中检索并进行相似性比较的序列。
P988.打分矩阵（scoring matrix）：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。
包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM）两类方法。
P29 9.空位（gap）：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。
P2910.空位罚分：空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中的空位的引入不代表真正的进化事件，所以要对其进行罚分，空位罚分的多少直接影响对比的结果。
2014级山东农业大学大二下学期期末生物信息学课后练习题及答案第一章绪论1、什么是生物信息学？答：广义的生物信息学：生命科学与数学、计算机科学和信息科学交汇融合形成的一门交叉学科应用先进的数据管理技术、数学分析模型和计算软件对各种生物信息进行提取、储存处理和分析，旨在掌握复杂生命现象的形成模式与演化规律。
狭义的生物信息学：应用信息技术储存和分析基因组测序所产生的分子序列及其相关数据，也被称为分子生物信息学。
2、列举5个在生物信息学发展史上有重要意义的事件（技术发明或软件创新）答：1953年，由沃森和克里克提出DNA双螺旋结构模型，并发表于NATURE杂志。
（Nature, 1953）。
1955年，桑格采用二硝基氟苯（FDNB）法，首次成功地完成了第一个蛋白质-牛胰岛素的序列分析。
1965年，祖卡坎德尔和鲍林提出的“分子钟”理论。
（Evolving genes and proteins, 1965）1977年，桑格等发表双脱氧链末端终止法，测定ϕX174序列。
（PNAS, 1977）1988年，人类基因组计划提出。
（Science, 1986）1995年，H. influenza genome第一个测序成功的基因组。
（Science, 1995）2001年，人类基因组草图公布。
（Nature, 2001; Science, 2001）2005年，新一代测序技术出现。
（Nature, 2005）3、生物信息学的研究内容都有哪些？答：1.获取人和各种生物的完整基因组2.发现新基因和新的单核苷酸多态性3.基因组中非编码区信息结构分析4.完整基因组的比较研究5.功能基因组研究6.生物大分子结构模拟与药物设计7.生物信息学的发展与应用研究第二章生物信息学资源1、什么是一级数据库，什么是二级数据库答：1.数据都直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释。
一级核酸数据库有Genbank数据库、EMBL核酸库和DDBJ库等；蛋白质序列数据库有SWISS-PROT、PIR等；蛋白质结构库有PDB等。
2. 在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步整理。
人类基因组图谱库GDB、转录因子和结合位点库TRANSFAC、蛋白质结构家族分类库SCOP等等。
2、世界上三大核酸数据库分别叫什么，由什么机构进行维护，两个重要的蛋白质数据库分别是什么，蛋白质三维结构数据库是什么，他们分别由什么机构进行维护。
答：1.美国核酸数据库GenBank从1979年开始建设，1982年正式运行（NCBI）；/欧洲分子生物学实验室的EMBL数据库也于1982年开始服务（EBI）；/日本于1984年开始建立国家级的核酸数据库DDBJ，并于1987年正式服务（NIG）。
http://www.ddbj.nig.ac.jp/2. SWISS-PROT是一种经校阅过的蛋白质序列数据库，首先于1978年在瑞士日内瓦大学医学生化系建立，随后与欧洲分子生物学实验室（EMBL）合作，目前同EMBL和新成立的瑞士生物信息学研究所（SIB）共同维护。
PIR-PSD是由NBRF蛋白质序列数据库、Munich蛋白质序列信息中心(MIPS)和日本国际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库。
这是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库。
3.蛋白质空间结构数据库是生物大分子结构数据库的主要组成部分，结构数据库用图像直观表示蛋白质的空间结构。
4.PDB（Protein Data Bank）是国际上唯一的生物大分子结构数据档案库，1971年由美国Brookhaven国家实验室建立。
PDB蛋白质数据库所收集的生物大分子三维结构数据主要通过X-射线衍射和核磁共振（NMR）实验测定，包括结构数据，文献，一级二级结构信息。
3、详细说明blast软件包含几种比对程序，每种程序针对什么样的待搜索序列和数据库。
第三章序列比对1、什么是序列比对，双序列比对，多序列比对答：1. 序列比对又叫序列联配，其意义在于从核酸、氨基酸的层次分析序列的相似性，推测其结构功能及进化上的联系，是基因识别、分子进化、生命起源研究的基础。
基本问题是比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性。
序列比对是生物信息学的基础，非常重要。
2. 双序列比对（pairwise alignment）：是指通过一定算法对两条核酸或蛋白质序列进行比较，找出两者之间最大相似性匹配。
双序列比对是序列分析常用的方法之一，是多序列比对和数据库搜索的基础。
3. 把多序列比对看做一张二维表，表中每一行代表一个序列，每一列代表一个残基位置。
将序列依照下列规则填入表中： 1、一个序列所有残基的相对位置保持不变；2、将不同序列间相同或相似的残基放入同一列，即尽可能将序列间相同或相似残基上下对齐。
2、什么是同源性（homology）、直系同源（ortholog）和旁系同源（paralog）？举例说明它们的关系？答：1.如果两条序列有一个共同的进化祖先，那么它们具有同源性（homology）。
2. 同源性中存在两个子类。
当同源是基因复制的结果，两份拷贝在一个物种的历史上是平行演化的（如α血红素和β血红素），这样的基因应被称做旁系同源基因paralogous。
当同源是物种形成的结果，基因的历史反映了物种的历史（人和鼠的α血红素），这样的基因应被称做直系同源基因orthologous。
3. 在物种I和物种II中，基因a通过基因复制产生基因a1和基因a2。
物种I和物种II中的a1或a2被称作直系同源，因为它们来自同一祖先，而物种I或物种II中的a1和a2被称作旁系同源，因为它们是由基因复制得到的。
3、什么是相似性（similarity）、同一性（identity）？他们的关系？答：4、什么是点阵图（dot matrix）？作用与优点。
答：1.点阵图分析（Dot matrix analysis）：是双序列比对的基本方法，通常用图示方法表示，非常直观。
两条相似的序列通过点阵图可以直观的显示其插入或缺失的残基，以及一些重复片段。
2. 一、直观性，整体性；二、点阵分析不依赖空位(gap)参数，可寻找两序列间所有可能的残基匹配；三、不依赖任何先决条件，是一种可用于初步分析的理想工具；四、点阵分析允许随时动态地改变最高和最低界限值，可以用来摸索区分信号和背景标准的严格程度；五、不能很好地兼容打分矩阵；六、不适合进行高通量的数据分析。
5、什么是全局比对、局部比对？如何通过动态规划算法，填写动态规划矩阵，分别对两条序列进行全局比对和局部比对。
答：1. 全局比对算法，也叫Needleman和Wunsch算法。
全局比对方法中，两条蛋白质序列具有最多匹配残基定义为最佳匹配，其中允许进行必要的插入或缺失。
为控制无限的空位插入，我们引进了罚分概念。
2. 1981年，Smith和Waterman提出了一种用来寻找并比较局部相似区域的方法，即Smith-Waterman算法，也叫局部比对算法。
3.6、blast用什么样的思想和方法提高了序列搜索的效率？答：Blast是通过比对(alignment)在数据库中寻找和你的查询序列(query)相似度很高的序列，通俗地说就是在已知的序列数据库中找和你的序列差不多的序列。
序列类似性检索就是将新测定的核酸或蛋白质序列对核酸或蛋白质序列数据库进行检索，找出与之相似的序列，从而评判新测定的序列是重复别人的工作，还是在前人的基础上有所创新，或是发现了新的序列。
7、什么是多序列比对，其生物学意义是什么？答：把多序列比对看做一张二维表，表中每一行代表一个序列，每一列代表一个残基位置。
将序列依照下列规则填入表中： 1、一个序列所有残基的相对位置保持不变；2、将不同序列间相同或相似的残基放入同一列，即尽可能将序列间相同或相似残基上下对齐。
1.首先用来区分一组序列之间的差异；2.描述一组序列之间的相似性关系，以便对一个基因家族的特征有一个基本了解。
1、寻找蛋白质家族，识别多个序列的保守区域，相似的蛋白质序列往往具有相似的结构与功能；2、用于进化分析，是用系统发育方法构建进化树的初使步骤；3、通过序列比对发现直系同源(Orthologs)与旁系同源(Paralogs)基因，寻找同源基因(相似的序列往往具有同源性)。
8、什么叫调和序列？答：调和序列：多序列比对的最终结果可以用一个调和序列表示，有时也称假想序列，通常加在比对后所有序列下面。
调和序列的残基是由对应的同一列残基归纳而得到。
9、多序列比对可以分为同步法和步进法，他们的基本思想是什么，区别是什么？答：1.同步法就是所有序列同时进行比对，而不是两两比对或分组进行比对。
基本思想是将一个二维的动态规划矩阵扩展到三维或多维。
因此这类方法对于计算机的系统资源要求较高，通常只能进行少量较短序列的比对。
2. 由于利用多维动态规划矩阵对于实际数据进行序列比对不太现实，因此大多数实用的多序列比对程序采用启发式算法，以降低运算复杂度。
10、blast程序用途，clustal程序用途。
答：第四章系统发育分析1、什么是系统发育分析答：系统发育分析是研究物种进化和系统分类的一种方法，研究对象为携带遗传信息的生物大分子序列，采用特定的数理统计算法来计算生物间的生物系统发生的关系。
并用系统进化树来概括生物间的这种亲缘关系。
2、生物进化理论包括达尔文进化论、孟德尔遗传、中性进化论答：1.达尔文进化论：进化：变异的遗传；自然选择：解释演变发生的机制。
2.孟德尔遗传：种群中个体变异的遗传学基础；孟德尔豌豆实验：杂交的表现特征是基因表达的结果，而不是基因杂交遗传。
3.中性进化论：并非所有种群中保留下来的突变都由自然选择所形成，大多数突变是中性或接近中性，不妨碍种群的生存与繁衍。
3、分子时钟假说及其重大意义答：分子时钟假说：认为对于每一个给定的基因（或者蛋白质），其分子进化速率大致是恒定的。
重大意义：如果蛋白质序列的进化保持一个恒定的速率，那么这个速率就能被用于推算不同物种序列发生分化的时间。
通过这一方式一些不同物种的系统发生关系就能被确定下来。
4、DNA突变模式：替代，插入，缺失，倒位，核苷酸替代：转换，颠换答：DNA突变模式：替代，插入，缺失，倒位。
核苷酸替代：转换（Transition）：嘌呤被嘌呤替代，或者嘧啶被嘧啶替代。
颠换（Transversion）：嘌呤被嘧啶替代，或者嘧啶被嘌呤替代5、系统发育树分为三种类型：分枝图、进化树、时间度量树6、系统发育树构建分为哪四步，结合所学软件，分别介绍每一步所用的程序或方法。
答：第一步：选择可供分析的序列（核酸或蛋白质）；第二步：多序列比对（自动比对，手工校正）；第三步：选择建树方法以及替代模型，建立进化树；第四步：进化树评估。
