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基于SSR标记分析31份甘薯品种(系)的遗传多样性
罗密;尹旺;吴巧玉;付梅;邓仁菊;陈运良
【期刊名称】《种子》
【年(卷),期】2024(43)3
【摘要】为了解不同甘薯资源材料之间的亲缘关系,以收集保存的31份甘薯品种(系)为研究对象,采用SSR标记分析不同材料之间的遗传多样性。
结果表明,基于筛选获得的多态性较好的21对SSR标记,共检测到405个多态性等位位点,平均每对引物等位位点数为19.3个。
31份甘薯材料遗传相似性系数在0.2829~0.9758之间,平均值为0.430419,说明遗传多样性丰富。
聚类分析表明,在遗传距离为0.638时,可将31份甘薯品种(系)分为四个类群。
【总页数】7页(P34-40)
【作者】罗密;尹旺;吴巧玉;付梅;邓仁菊;陈运良
【作者单位】贵州省农业科学院生物技术研究所;贵州省农业生物技术重点实验室;农业农村部喀斯特山区作物基因资源与种质创新重点实验室;贵州省农作物技术推广总站;紫云县农业农村局
【正文语种】中文
【中图分类】S531
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样性分析与指纹图谱构建4.中国甘薯登记品种SSR标记遗传多样性分析5.16个茶树品种（系）遗传多样性及遗传结构的SSR标记分析
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一种提高甘蔗杂交育种效率的选育方法提高甘蔗杂交育种效率的选育方法有很多，其中最重要的一种方法是利用分子标记辅助选择技术。
分子标记是指DNA序列的特定片段，可以在杂交组合中进行追踪。
通过利用分子标记，可以对甘蔗的遗传多样性进行分析，从而确定具有优良性状的亲本并加快选育进程。
以下是一种提高甘蔗杂交育种效率的具体步骤：1.甘蔗资源收集和品种鉴定：收集不同地区甘蔗资源，并通过形态学和遗传学鉴定确定其遗传背景和相关性状。
2.筛选亲本：根据目标性状，通过对亲本进行分析和筛选，选择具有丰富的遗传多样性和潜在高产的亲本。
3.分子标记分析：使用特定的分子标记技术，如RAPD、SSR和SNP等，对目标性状进行分析。
这些分子标记可以用来追踪目标性状的基因或基因组区域，并确定与其相关的标记。
4.构建分子图谱：根据分子标记分析的结果，利用计算机软件和统计学方法，构建甘蔗的分子图谱。
这可以帮助研究人员了解甘蔗的遗传结构，确定与目标性状相关的分子标记。
5.辅助选择：利用构建的分子图谱，选择具有目标性状的候选亲本进行杂交。
通过分析杂交后代的分子标记，可以确定其遗传背景和目标性状。
6.交叉配制：根据辅助选择的结果，选择具有潜在优良性状的亲本进行交叉配制。
通过交叉配制，可以将所需的目标性状的基因组合或基因组区域组合在一起。
7.后代选育：对交叉后的后代进行田间观察和性状评估。
利用分子标记分析和遗传学的知识，筛选出具有目标性状的优良后代。
8.重复迭代：根据选育目标，重复进行后代选育和分子标记分析，逐步提高杂交育种的效率。
通过利用分子标记辅助选择技术，可以在遗传水平上更准确地进行甘蔗杂交育种。
这种方法不仅能够加快选育进程，缩短育种周期，还可以提高育种的精确性和成功率。
此外，分子标记辅助选择技术也为甘蔗杂交育种提供了一种可持续发展的选育方法。
SSR分析遗传多样性1 SSR简介简单重复序列，也称微卫星（SSR），其串联重复的核心序列为1-6bp，其中最常见的是双核苷酸重复，即（CA）n和（TG）n，在植物基因组中（AT）n最多，长度一般在100bp以内。
尽管微卫星DNA分布于整个基因组的不同位置，但其两端序列多是保守单拷贝序列，因此可以根据这两端的序列设计以对特异引物，通过PCR技术将其间的核心微卫星DNA序列扩增出来，利用电泳分析技术就可以获得其长度多态性。
SSR标记的高度多态性主要来源与串联数目的不同。
根据分离片段的大小决定基因型，并计算等位基因发生频率。
2 SSR的分类根据SSR核心序列排列方式的不同，可分为3种类型：1）完全型，指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成的DNA。
如：ATATATATATATATATATATATATATATATATAT；2）不完全型，指在SSR的核心序列之间有3个以下的非重复碱基，但两端的连续重复核心序列重复数大于 3 。
如：ATATATATGGATATATATATCGATATATATATATATATGGATATATATAT；3）复合型，指2个或2个以上的串联核心序列由3个或3个以上的连续的非重复碱基分隔开，但这种连续性的核心序列重复数不少于5 。
如：ATATATATATATATGGGATATATATATATA 。
3种类型中完全型是SSR标记中应用较多的一种类型。
3 SSR在植物基因组中的分布在植物中，平均23.3kb就有一个SSR；双子叶植物中的SSR数量大于单子叶植物，前者两个SSR之间的平均间距为21.2kb，后者为64.6kb；绝大多数单碱基重复型及2碱基重复型SSR存在于非编码区，3碱基重复型多位于编码区。
4 SSR标记的应用目前SSR分子标记已成为系谱分析、分类鉴定、亲缘关系分析、体细胞杂种鉴定、遗传图谱构建、基因定位、育种材料早期选择首选的分子标记之一。
SSR技术已在苹果、梨、桃、杏、葡萄、柑橘、称猴桃、板栗、核桃、樱桃、山植、椰子等果树上有了很多的应用。
基因组学与应用生物学，2010年，第29卷，第1期，第137－143页Genomics and Applied Biology,2010,Vol.29,No.1,137－143评述与展望Review and ProgressSSR 分子标记在作物遗传育种中的应用罗冉吴委林张旸李玉花*黑龙江哈尔滨东北林业大学生命科学学院,哈尔滨,150040*通讯作者,lyhshen@摘要SSR (simple sequence repeat)是建立在PCR 技术上的一种广泛应用的分子标记，具有含量丰富、多态性高、共显性等优点。
本文简要介绍了SSR 分子标记技术的原理和特点，重点介绍了SSR 分子标记技术在作物遗传育种中的应用，主要在作物遗传多样性、基因定位、分子辅助标记、遗传图谱构建、品种鉴定和纯度鉴定等方面进行阐述。
关键词SSR,分子标记,作物,遗传育种SSR Marker and its Application to Crop Genetics and BreedingLuo Ran Wu WeilinZhang Yang Li Yuhua *Heilongjiang Harbin College of Life Sciences of Northeast Forestry University,Harbin,150040*Corresponding author,lyhshen@ DOI:/10.3969/gab.029.000137Abstract SSR (simple sequence repeat)is a classic technique for molecular marker based on PCR technique,which had many advantages,such as abundance,high polymorphism,co-dominance etc.This paper has clarified the concept and characteristics of SSR marker,then presents emphatically its application to plant genetics and breeding,and focus on genetic diversity,gene mapping,marker assistant selection,construction of genetic map,varietal identification,purity identification and so on.Keywords SSR (simple sequence repeat),Molecular markers,Crop,Genetics and breeding /doi/10.3969/gab.029.000137基金项目：本研究由国家科技部863项目(2008AA10Z156)和国家自然基金重点项目(30730078)共同资助遗传标记(genetic marker)是指在遗传分析上用作标记的基因，也称为标记基因。
甘蔗种质遗传多态性的 ISSR 分析黄河星;杨俊贤;吴文龙;杨善;莫俊杰;周鸿凯【摘要】本研究以30个甘蔗栽培种或原种为材料，用 ISSR 标记方法进行了遗传多态性分析。
结果表明：供试30份甘蔗种质材料的遗传相似性系数在0.375～1.000之间，其中，甘蔗栽培种与热带种的遗传相似性系数在0.850～0.950之间，说明这些甘蔗栽培种与热带种的血缘关系近；甘蔗栽培种与割手密之间遗传相似性系数在0.525～0.675之间，说明这些甘蔗栽培种与割手密有一定的血缘关系；甘蔗栽培种与斑茅的遗传相似性系数为在0.375～0.525之间，表明这些甘蔗栽培品种与斑茅的血缘关系较远(实质上参试的甘蔗品种都不是斑茅的后代)；参试的23份栽培种之间的遗传相似性系数关系在0.725～1.000之间，说明这些甘蔗栽培种之间的血缘关系较近，种质血缘窄，应加强含有多个野生种质的杂交后代的选育。
同时，聚类分析结果表明，在遗传相似性系数为0.720水平上可将30份供试甘蔗种质材料分为3个类群，其中3个热带种和23个栽培种聚为一类，3个割手密聚为一类，斑茅单独聚为一类。
%ISSR molecular markers were applied to analyze the genetic polymorphism of 30 sugarcane clones. The results showed that the genetic similarity coefficient among the selected sugarcane germplasm materials were between 0.375~1.000. Those between sugarcane cultivars and Saccharum officinarum were 0.850~0.950, indicating close consanguinity. Those between sugarcane cultivars and Saccharum spontaneum L. were 0.525~0.675, indicating some consanguinity. Those between sugarcane cultivars and Saccharum arundinaceum were 0.375~0.525, indicating remote consanguinity (as a matter of fact, all the cultivars used in the experiment is not thedescendants of Saccharum arundinaceum). The genetic similarity coefficient among the 23 cultivars were 0.725~1.000, indicating close kinship and narrow genetic diversity, and therefore multiple wild germplasm should be introduced into cane hybrids in the future breeding. The cluster analysis on the level of genetic similarity coefficient of 0.720 classified the 30 sugarcane germplasm materials into 3 groups: Saccharum officinarum and cultivars, Saccharum spontaneum L., and Saccharum arundinaceum.【期刊名称】《甘蔗糖业》【年(卷),期】2014(000)006【总页数】6页(P12-17)【关键词】ISSR 标记;甘蔗;遗传多样性【作者】黄河星;杨俊贤;吴文龙;杨善;莫俊杰;周鸿凯【作者单位】广东海洋大学农学院，广东湛江 524088;广州甘蔗糖业研究所广东省甘蔗改良与生物炼制重点实验室，广东广州 510316;广州甘蔗糖业研究所广东省甘蔗改良与生物炼制重点实验室，广东广州 510316;广东海洋大学农学院，广东湛江 524088;广东海洋大学农学院，广东湛江 524088;广东海洋大学农学院，广东湛江 524088【正文语种】中文【中图分类】S566.10 引言甘蔗品种的遗传背景极为复杂，其基因组构成除热带种血缘外，还含有多种野生种的血缘，如印度种、割手密种、大茎野生种、中国种以及斑茅等。
文章编号:1000-1573(2002)01-0090-05SSR 和ISSR 分子标记及其在植物遗传育种研究中的应用张立荣,徐大庆,刘大群(河北农业大学植保学院,河北保定071001)摘要:SSR(Si mple Seq uence Repeat)和ISSR (Inter-Si mple Seq uence Repeat)技术是在PCR 基础上发展起来的两种DNA 多态性检测技术,已开始应用于基因组研究的各个领域。
概述了SSR 、ISSR 反应的原理、特点,总结了其在植物亲缘关系和遗传多态性研究、DNA 指纹库的建立、遗传图谱的构建和基因定位及分子标记辅助育种等方面的应用,并肯定了SSR 、ISSR 在植物遗传育种领域的广阔应用前景。
关键词:SSR;ISSR;分子标记;遗传育种中图分类号:S 435 文献标识码:ASSR marker,ISSR marker and their applicationto plant genetics and breedingZHAN G L -i rong,XU Da -qing,LIU Da -qun(College of Plant Protection,Agricultural University of Hebei,Baoding 071001,China)Abstract:Simple sequence repeats (SSR)and Inter-simple sequence repeats (ISSR)are two kinds of DNA markers based on the polymerase chain reaction (PCR).They have been applied in many aspects of genome re -search.This paper has clarified the theories and characteristics of SSR as well as ISSR.The authers also sum -marized their applications in genetic polymorphisim and genetic relationship,establishment of DNA fingerprinting pool,construction of genetic map,gene localization and marker-aided selection.The two methods of DNA ec -ular marker open up broad prospec ts for the studies of plant genetics and breeding.Key words:SSR;ISSR;molecular marker;genetics breeding近年来,分子标记的研究与利用得到了迅速的发展。
