1_诺禾致源数字PCR 仪

肉苁蓉及其有效成分调节抗生素所致小鼠肠道菌群失调韩天雨，杨　栋，周树青，乔亚梅，尹　静，金　敏，李君文△（军事科学院军事医学研究院环境医学与作业医学研究所，天津３０００５０）【摘要】　目的：研究肉苁蓉及其有效成分肉苁蓉多糖和松果菊苷对抗生素相关性腹泻（ＡＡＤ）小鼠肠道菌群的影响。

方法：４８只Ｂａｌｂ／ｃ小鼠随机分为对照（ＣＯＮ）组、ＡＡＤ组、菊粉（ＩＮＵ）组、肉苁蓉（ＲＣＲ）组、肉苁蓉多糖（ＲＣＲＤＴ）组和松果菊苷（ＥＣＨ）组，每组８只，连续７ｄ灌胃盐酸林可霉（３ｇ／ｋｇ）造小鼠腹泻模型，随后灌胃ＩＮＵ（５ｇ／ｋｇ）、ＲＣＲ（５ｇ／ｋｇ）、ＲＣＲＤＴ（２００ｍｇ／ｋｇ）和ＥＣＨ（６０ｍｇ／ｋｇ）各０．２ｍｌ，１次／日，治疗７ｄ，ＣＯＮ组和ＡＡＤ组小鼠灌胃同体积的生理盐水。

通过观察小鼠一般体征、结肠ＨＥ染色、６ＳｒＤＮＡ高通量测序分析，综合评价肉苁蓉及其有效成分肉苁蓉多糖和松果菊苷对抗生素所致小鼠肠道菌群失调的作用。

结果：与ＣＯＮ组相比，ＡＡＤ组小鼠体重减轻，出现明显腹泻症状，结肠组织出现炎性改变，肠道菌群多样性降低（Ｐ＜０．０５），说明造模成功。

与ＡＡＤ组相比，ＩＮＵ组、ＲＣＲ组、ＲＣＲＤＴ组和ＥＣＨ组小鼠体重恢复，腹泻症状明显改善；ＥＣＨ组小鼠结肠病理恢复至正常水平；与ＡＡＤ组相比，ＲＣＲ组、ＲＣＲＤＴ组和ＥＣＨ组小鼠肠道厚壁菌门含量明显减少，Ｂｌａｕｔｉａ和Ｌａｃｈｎｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ含量增加，Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｓｅｎｓｕ＿ｓｔｒｉｃｔｏ＿１含量减少（Ｐ＜０．０５），此外，ＥＣＨ组小鼠肠道菌群丰度和多样性恢复至正常水平，肠道菌群结构得到良性调整，拟杆菌属、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ、Ｌａｃｈｎｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ９等含量增加（Ｐ＜０．０１）。

结论：肉苁蓉及其有效成分肉苁蓉多糖和松果菊苷均可以调节抗生素所致肠道菌群失调，改善ＡＡＤ症状，其中松果菊苷的作用更明显。

四种常见PCR仪的区别及运用PCR扩增仪（俗称PCR仪）PCR：PCR（聚合酶链式反应）是利用DNA在体外摄氏95°高温时变性会变成单链，低温（经常是60°C左右）时引物与单链按碱基互补配对的原则结合，再调温度至DNA聚合酶最适反应温度（72°C左右），DNA聚合酶沿着磷酸到五碳糖(5'-3')的方向合成互补链。

PCR仪实际就是一个温控设备，能在95℃，55℃，72℃之间很好地进行温度控制。

PCR扩增仪又称为PCR基因扩增仪、PCR核酸扩增仪、聚合酶链反应核酸扩增仪，是利用PCR(Polymerase chain reaction，聚合酶链反应)技术对特定DNA扩增的一种仪器设备，被广泛运用于医学、生物学实验室中，例如用于判断检体中是否会表现某遗传疾病的图谱、传染病的诊断、基因复制以及亲子鉴定等。

根据DNA扩增的目的和检测的标准，可以将PCR仪分为普通PCR仪，梯度PCR 仪，原位PCR仪，实时荧光定量PCR仪四类。

1). 普通PCR仪（2万以下，赛默飞、伯乐、大龙，艾本德）一次PCR扩增只能运行一个特定退火温度的PCR仪称作传统PCR仪，也叫普通PCR仪。

如果要做不同的退火温度需要多次运行。

主要是用于简单的、对目的基因退火温度的扩增。

该仪器主要应用于科学研究、教学、医学临床、检验检疫等机构。

如:启步BSW-2P,BSW-3P,BSW-6P-I/II ,ABI 2720型2). 梯度PCR仪（2万-8万，赛默飞、伯乐、大龙，艾本德）一次性PCR扩增可以设置一系列不同的退火温度条件（温度梯度，通常有12种温度梯度）的PCR仪称作梯度PCR仪。

因为被扩增的不同DNA片段，其最适退火温度是不同的，通过设置一系列的梯度退火温度进行扩增，从而一次性PCR 扩增，就可以筛选出表达量高的最适退火温度，进行有效的扩增。

用于研究未知DNA退火温度的扩增，这样节约成本的同时也节约了时间。

Illumina MiSeq高通量测序分析核桃内生细菌多样性陈泽斌;李冰;王定康;余磊;徐胜光;任禛;靳松;张永福;彭声静【摘要】In this study, the species abundance and alpha diversity of walnut endophytic bacteria were analyzed by Illumina MiSeq high-throughput sequencing of the 16S rDNA-V4 region. Softwares such as Uparse, Flash, and Qiime were employed to sort and calculate the number of sequences and operational taxonomic units ( OTUs) . The numbers of effective sequences and OTUs for each sample were 63183 and 103, respectively. The rarefaction curves showed that adequate sampling was achieved, and the number of OTUs was close to saturation. Majority of the endophytic bacteria belonged to Sphingomonas ( 27. 27%) , Halomonas ( 27. 27%) and Agrobacterium ( 45. 45%) which were therefore the dominant bacterial families in walnut. Illumi-na MiSeq high-throughput sequencing technology provided more accurate and scientific data resources for the study of endophytic bacteria.%应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定核桃内生细菌的16S rDNA-V4变异区序列,使用Uparse等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元( OTUs)数量,分析内生细菌的丰度和a-多样性。

9 家国内外数字PCR技术领军企业自从1985年美国科学家Kary Mullis发明PCR方法以来，该方法已经成为生命科学研究领域中最常规的实验方法之一。

PCR是一种用于放大扩增特定的DNA 片段的分子生物学技术，它可看作是生物体外的特殊DNA复制，PCR的最大特点，是能将微量的DNA 大幅增加。

利用这一特性，可以将样本中微量DNA进行大量扩增(如血液，唾液，病原体等) ，用于下游多种应用，如克隆表达、芯片杂交、突变检测、测序等等。

最传统的PCR采用琼脂糖电泳的方式对PCR产物进行分析，但存在着操作繁琐、只适用于定性研究、交叉污染风险大等不足。

为了避免上述传统PCR的缺陷，并对基因的表达水平进行定量分析，1992 年诞生了荧光定量实时PCR。

定量PCR (Quantification PCR)在PCR扩增的同时对反应体系中的荧光信号进行实时收集，通过三个参数间(荧光信号-Cq 值-靶基因的起始浓度)的关系，最终确定靶基因的拷贝数或基因的表达水平。

由于定量PCR的分析最终结果依赖于Cq值，2009年The MIQE Guides(Clinical Chemistry 55 :4 611-622)的发表明确了定量实验整个流程标准化的重要性，否则就会出现实验结果无法重复，甚至结果互相矛盾的状况。

更重要的该文献还给出了如何规范定量PCR流程的checklist，其核心目的就是在规范的实验流程、统一的设计思路下，得到的结果才具有可重复性，也具有可比性。

但依赖于Cq 值仍然是目前定量PCR最大的技术瓶颈，在这个意义上所谓的“定量”也只是相对的。

而且在低拷贝靶分子、模板浓度差异细微的条件下，其检测的灵敏度、精确度都受到了限制。

1999年霍普金斯大学的Bert Vogelstein教授以Digital PCR为题发表的文章被视为最早的采用数字PCR概念进行研究的文献。

数字PCR原理实例由于液体活检技术已在肿瘤、产前诊断、器官移植等疾病领域广泛被应用，产业的发展和应用需求激增，使得数字PCR应用市场钱景广阔，更多的国内基因科技公司，把目标投向了数字PCR仪。

常见荧光定量PCR仪汇总常见的荧光定量PCR仪（Fluorescence Quantitative PCR Instrument）主要有以下几种：1. Applied Biosystems 7500 Fast System：该系统是ABI公司旗下产品之一，具有优秀的性能和稳定性。

其特点包括快速准确的PCR结果、高通量PCR样品处理能力以及灵活的试剂和探针选择。

该系统可应用于基因表达分析、SNP检测、病毒定量等多个领域。

2. Bio-Rad CFX96 Touch System：这个PCR仪是Bio-Rad公司的产品之一，具有高精度的温控技术和可靠的荧光检测系统。

它支持多种共轭染料和探针，可以同时检测多个靶序列，适用于基因表达分析、蛋白质分析和病毒检测等多个应用领域。

3. Roche LightCycler 480 System：这是一款高通量的PCR仪，可同时处理多达384个孔的样品，适用于高通量基因表达分析和蛋白质研究。

该系统具有高分辨率荧光检测和精确的温度控制能力，可提供更准确和一致的PCR结果。

4. Thermo Fisher QuantStudio 6 Flex Real-Time PCR System：该PCR仪具有灵活多样的探针和染料选择，可以满足不同的研究需求。

它具有宽广的检测动态范围和高灵敏度，适用于基因表达分析、SNP分型和病毒定量等多个应用领域。

5. Qiagen Rotor-Gene Q：这是一款高通量PCR仪，可同时处理多达72个样品。

它具有快速高效的PCR扩增速度和精确的荧光检测能力，适用于基因表达分析、基因突变检测和染色体融合分析等多个研究领域。

6. Stratagene Mx3000P/QPCR System：这是Agilent Technologies旗下的产品，具有高精度和稳定性的特点。

它支持多种探针和染料，可以同时检测多个靶序列，适用于基因表达分析、非编码RNA研究和表观遗传学研究等多个领域。

医院数字PCR检测系统需求说明一、项目概况中心医院数字PCR检测系统的供货、安装、调试、技术服务、相关文件的提交、与技术规格一致的产品图表及资料、维修服务等。

二、货物一览表三、适用范围病原体绝对定量，低丰度定量检测研究、结核检测、检测待测样本拷贝数变异、稀有突变检测、基因相对表达研究、转基因检测、二代测序结果验证、测序前样本建库、肿瘤液体活检、无创产前诊断、靶向测序等。

四、技术和性能参数1.环境要求：工作电源AC 220V±10%，50Hz，温度15-30℃，相对湿度≤85%。

2.液滴生成及检测方式2.1液滴生成方式：仪器采用压力动力产生油包水液滴，非纳米孔固态分区，非振动注射或界面振动微滴阵列技术，有效避免气溶胶污染。

2.2液滴检测方式：采用拍照成像技术（CMOS检测器），非流式液滴分析技术，无需参入额外本底荧光即可识别阴性液滴。

且具有后台实时液滴质控机制，自动记录并剔除质量不合格的液滴，保证检测结果的可靠性，并且有可追溯功能。

3.为了更好的满足实验室分区要求，液滴生成仪和PCR扩增仪为两台设备分别独立使用，符合临床核酸扩增样本处理，PCR扩增要求独立空间布局的规定。

4.反应体系（样本量）：≤15μL（为了节约标本使用量，样本量不能大于15μL）。

5.光源：≥7个独立LED光源。

6.检测器参数：CMOS检测器，成像器呈现真实的二维，相机的分辨率4096*3000，像素单元的分辨率为3.5μm左右。

7.灵敏度：≤0.1%，能检测到单拷贝基因。

8.液滴制备量：单个样本生成总液滴数30000个。

9.液滴体积：≤1nL。

10.最低检测限：0.1 copies/μL。

11.样本处理数：样本制备仪可同时1-32个芯片生成液滴。

12.样品处理：支持探针法和染料法。

13.浓度动态范围：5 个数量级。

14.精确度：≤±10%。

15.生物安全风险控制：样本液滴生成、PCR扩增、读取等检测过程全密封，无需额外转移液滴，避免操作误差。