目录
摘要 ..................................................................................................................................... I ABSTRACT .........................................................................................................................V 第一章文献综述. (1)
引言 (1)
1.1 口腔微生物组成的研究进展 (2)
1.1.1 口腔微生物的整体组成 (2)
1.1.2 不同口腔部位的微生物组成 (4)
1.2 口腔微生物的组成的研究方法 (6)
1.2.1 传统的纯培养方法 (6)
1.2.2 分子生物学方法 (6)
1.2.3 全微生物组关联分析方法 (9)
1.3 口腔微生物之间的相互关系 (11)
1.3.1 口腔微生物的共聚集与生物膜的形成 (12)
1.3.2 口腔菌群中的微生物复合体 (14)
1.4 口腔微生物与宿主之间的相互关系 (15)
1.4.1 宿主对口腔微生物的影响 (15)
1.4.2 口腔微生物对宿主的影响 (19)
1.5 口腔微生物与口腔问题和口腔疾病 (19)
1.5.1 牙周炎 (20)
1.5.2 龋齿 (22)
1.5.3 根尖周炎 (23)
1.5.4 口臭 (24)
1.6 舌苔微生物和中医舌诊 (26)
1.6.1 中医舌诊 (26)
I
1.6.2 舌苔微生物与胃肠道疾病的关系 (28)
1.6.3 慢性胃炎相关的舌苔菌群的研究 (29)
第二章牙周炎患者和健康对照口腔多个部位微生物组成分析 (30)
摘要 (30)
ABSTRACT (31)
引言 (32)
2.1 材料与方法 (33)
2.1.1 采样人群 (33)
2.1.2 口腔样本采集 (34)
2.1.3 口腔细菌DNA提取 (35)
2.1.4 细菌16S rRNA基因V3区扩增和焦磷酸测序 (35)
2.1.5 生物信息学和统计分析 (36)
2.1.6 核酸序列登记号 (38)
2.2 结果 (39)
2.2.1 牙周炎患者和健康对照口腔微生物的整体组成比较 (39)
2.2.2 不同口腔部位共有和差异的微生物类群 (43)
2.2.3 与牙周炎以及两个临床指标相关的关键口腔细菌类群 (46)
2.2.4 牙周炎相关细菌类群在口腔菌群中的共变化规律 (50)
2.2.5 F. alocis-centered co-occurrence group对牙周炎的临床诊断价值 (52)
2.3 讨论 (55)
2.4 本章小结 (60)
本章附表 (61)
第三章根尖周炎患者感染根管微生物组成分析 (73)
摘要 (73)
ABSTRACT (74)
引言 (75)
3.1 材料与方法 (76)
II
3.1.1 采样人群 (76)
3.1.2 感染根管内细菌学样本的采集 (76)
3.1.3 根管内细菌DNA提取 (77)
3.1.4 细菌16S rRNA基因V3区扩增和焦磷酸测序 (77)
3.1.5 生物信息学和统计分析 (77)
3.2 结果 (78)
3.2.1 焦磷酸测序的基本情况 (78)
3.2.2 根尖周炎患者感染根管内微生物组成的Taxon-based分析 (80)
3.2.3 根尖周炎患者根管菌群中核心的微生物类群 (82)
3.2.4 根尖周炎患者根管内细菌相互关系的网络分析 (85)
3.2.5 原发性根尖周炎和继发性根尖周炎患者根管内菌群组成比较 (85)
3.2.6 与不同症状相关的根管微生物类群 (87)
3.3 讨论 (89)
3.4 本章小结 (92)
本章附表 (94)
第四章慢性胃炎患者舌苔微生物组成分析 (97)
摘要 (97)
ABSTRACT (98)
引言 (99)
4.1 材料与方法 (100)
4.1.1 采样人群 (100)
4.1.2 舌象的辨别 (100)
4.1.3 舌苔样本采集 (101)
4.1.4 舌苔细菌基因组DNA的提取 (101)
4.1.5 细菌16S rRNA基因V3区扩增和焦磷酸测序 (101)
4.1.6 焦磷酸测序数据的生物信息学和统计分析 (102)
III
4.1.7 细菌16S rRNA基因V3区扩增和变性梯度凝胶电泳（DGGE）分析
(103)
4.1.6 关键DGGE条带的割胶回收和测序 (105)
4.2 结果 (106)
4.2.1 舌苔微生物的整体组成分析 (106)
4.2.2 慢性胃炎患者和健康对照舌苔微生物组成比较 (108)
4.2.3 慢性胃炎患者和健康对照舌苔微生物中存在显著差异的关键微生物
类群 (110)
4.2.4 慢性胃炎相关舌苔微生物之间的网络分析 (114)
4.2.5 慢性胃炎患者和健康对照舌苔菌群的DGGE分析 (115)
4.2.6 慢性胃炎患者不同舌象/证型的舌苔微生物组成比较 (118)
4.2.7 慢性胃炎患者中腻苔组与非腻苔组的舌苔微生物组成比较 (119)
4.2.8 与慢性胃炎病程可能相关的舌苔微生物 (120)
4.3 讨论 (122)
4.4 本章小结 (126)
本章附表 (127)
第五章口腔微生物的整体比较 (135)
论文创新点 (141)
参考文献 (142)
附录1 缩写及全称 (163)
附录2 溶液及培养基配方 (166)
附录3 仪器设备 (167)
致谢 (168)
已（待）发表的学术文章及参加的科研课题 (170)
已（待）发表的论文、专利 (170)
学术会议（论文） (170)
参加的科研课题 (171)
IV