ABI_3730xl测序仪简介-01
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测序结果说明1.测序完成后,我们用对每个样品提供一份测序报告,其中包括:测出的序列彩色峰图(请用Chromas软件打开)序列文件拼接后结果(需要测通的样品)2.在进行DNA测序时,紧接引物的10~30碱基有时不一定能完全读清楚。
3.正常情况下,3730测序仪保证800bp的有效长度,但是有时由于DNA结构上的原因,有时会出现反应中断无法进行的情况。
如:G/C rich;G/C Cluster;Poly A/T/C/G的连续结构等。
此外,另一种情况为反应中途出现的套峰现象,此种情况一般为DNA结构中的重复序列,造成测序用引物和模板之间有两个以上结合位点。
以上情况是由于DNA结构原因造成了无法正常进行DNA测序,对这种情况,我们会根据具体测序结果进行相应收费。
出现以上情况后,我们提倡从另一端进行测序,或者用高级试剂盒进行测序。
4.备注说明一般正常的菌液和质粒自收样日至发送报告日周期为二--三天,PCR产物(纯化及未纯化)为三--四天。
对于三个工作日内无法得到满意测序结果的,我们会用E-mail或电话与客户或代理商联系。
并不是所有的样品都能得到满意的测序结果,对于测序结果不好的,我们会尽力找到可能的原因,以建议进一步如何操作。
测序常见问题解答Q1.为什么提供新鲜的菌液?如何提供新鲜的菌液?A1.首先,新鲜的菌液易于培养,可以获得更多的DNA,同时最大限度地保证菌种的纯度。
如果您提供新鲜菌液,用封口膜封口以免泄露;也可以将培养好的4~5ml菌液离心沉淀下来,倒去上清液以方便邮寄。
同时邮寄时最好用盒子以免邮寄过程中造成离心管挤压破裂。
Q2.DNA测序样品用什么溶液溶解比较好?A2.溶解DNA测序样品时,用灭菌蒸馏水溶解最好。
DNA的测序反应也是Taq酶的聚合反应,需要一个最佳的酶反应条件。
如果DNA用缓冲液溶解后,在进行测序反应时,DNA溶液中的缓冲液组份会影响测序反应的体系条件,造成Taq酶的聚合性能下降。
原理是:核酸模板在DNA聚合酶、引物、4 种单脱氧核苷三磷酸 ( d NTP,其中的一种用放射性P32标记 )存在条件下复制时,在四管反应系统中分别按比例引入4种双脱氧核苷三磷酸 ( dd NTP ),因为双脱氧核苷没有3’-O H,所以只要双脱氧核苷掺入链的末端,该链就停止延长,若链端掺入单脱氧核苷,链就可以继续延长。
如此每管反应体系中便合成以各自的双脱氧碱基为3’端的一系列长度不等的核酸片段。
反应终止后,分4个泳道进行凝胶电泳,分离长短不一的核酸片段,长度相邻的片段相差一个碱基。
经过放射自显影后,根据片段3’端的双脱氧核苷,便可依次阅读合成片段的碱基排列顺序。
Sanger法因操作简便,得到广泛的应用。
后来在此基础上发展出多种DNA 测序技术,其中最重要的是荧光自动测序技术。
荧光自动测序技术荧光自动测序技术基于Sanger 原理,用荧光标记代替同位素标记,并用成像系统自动检测,从而大大提高了D NA测序的速度和准确性。
20世纪80 年代初Jorgenson 和 Lukacs提出了毛细管电泳技术( c a p il l ar y el ect r ophor es i s )。
1992 年美国的Mathies实验室首先提出阵列毛细管电泳 ( c a p il l ar y ar r a y el ectr ophor es i s ) 新方法,并采用激光聚焦荧光扫描检测装置,25只毛细管并列电泳,每只毛细管在内可读出350 bp,DNA 序列,分析效率可达6 000 bp/h。
1995年Woolley研究组用该技术进行测序研究,使用四色荧光标记法,每个毛细管长,在9min内可读取150个碱基,准确率约 97 % 。
目前, 应用最广泛的应用生物系统公司 ( ABI ) 37 30 系列自动测序仪即是基于毛细管电泳和荧光标记技术的D NA测序仪。
如ABI3730XL 测序仪拥有 96 道毛细管, 4 种双脱氧核苷酸的碱基分别用不同的荧光标记, 在通过毛细管时不同长度的 DNA 片段上的 4 种荧光基团被激光激发, 发出不同颜色的荧光, 被 CCD 检测系统识别, 并直接翻译成 DNA 序列。
③测序反应板离心后,每个反应孔加入EDTA-Na2溶液2.5μl,85%乙醇40μl,充分震荡3min,离心3000g,4℃,30min(EDTA作为金属离子螯合剂, 能与测序PCR反应体系中的离子结合从而去除离子)。
④离心结束后将测序反应板倒置于吸水纸上,倒离心至离心力达到185g(或900rpm)时立即停止。
⑤每孔加入70%乙醇50μl,充分震荡1min,离心3000g,4℃,15min(DNA片段在70%的乙醇中溶解度低, 能通过离心沉淀下来)。
⑥重复4步骤。
⑦避光风干15~30min,每孔加入10μl HIDI(变性处理,生物安全柜中进行),离心后在PCR仪中96℃反应2min,降温至4℃后取出。
6、上机测序变性结束后,上测序仪(ABI 3730)进行测序。
1.创建样品板程序①选择GA Instruments > ga3730 > Plate Manager;②点击New按钮,弹出的New Plate Dialog窗口中填写相应的内容(在ID和Name空白栏中输入样品板的名字; 在Application中选择相应的测序程序; 在Plate Type中选择96或者384孔板; 在Scheduling中定义取样顺序; 在Plate Sealing中选择Septa; 在Owner Name、Operator Name中输入操作者。
③点击“OK”按钮; 在弹出的Sequencing Analysis Plate Editor窗口中, 填入相关的内容(在Sample Name中填入样品名, 96孔板在A01行填写“1”,384孔板依次在A01、B01、A02、B02行写1、2、3、4;在Results Group 1栏中选择数据上传路径; 在Instrument Protocol 1栏中选择测序程序; 在Analysis Protocol 1栏中选择数据分析程序)。
④然后全选A01行,点击Edit > Fill Down Special, 选中Fill Down Special (96 Cap), 将自动生成96行; 如果是384孔板, 依次全选A01、A02、B01、B02行,重复4次操作, 点击“OK”。
••••深圳市核子基因科技有限公司(简称核子基因)成立于2012年,是一家集基因技术研发、市场应用于一体的高新科技型企业,分司法鉴定、医学检验、健康管理,科研服务四个板块。
核子基因与协和医科大学、武汉大学、复旦大学、中国医科大学等高校共同建立了多个国内领先的基因研发平台,拥有多项国际水准的科研成果,为国内各大科研院校、医院、研究机构提供专业的基因检测和研究服务。
核子基因自成立至今,凭借着雄厚的资本、先进的设备、领先的技术、优质的服务、高效的管理不断发展壮大。
(核子基因深圳总部南山智园图)核子基因成立4年时间内,在深圳、广州、北京、哈尔滨、长春、沈阳、济南、西安、上海、杭州、武汉、长沙、重庆、成都、贵阳、昆明、南宁、海口等全国大中城市设有44家子公司和28个标准化实验室,检测服务已经覆盖全国。
••••核子基因已获得28个国家正式审批的医疗和司法牌照核子基因检测平台1.Illumina公司:NextSeq500、Hiseq4000二代测序仪。
2.ABI公司:3500XL、3730XL测序仪。
3.sequenom公司:MassARRAY飞行时间质谱(MALDI-TOF)仪。
••••••••4.Affymetrix :GeneChip 实验平台。
5.罗氏公司:480Q-PCR 仪。
深圳市核子基因科技有限公司主营三大项目:1.医疗:无创产前基因检测、胚胎植入前遗传学筛查、17/3500种常见遗传病基因、染色体异常基因检测、新生儿48种常见遗传病基因检测、心血管病精准用药基因检测、耳聋基因检测、地中海贫血基因检测、肿瘤个体化用药基因检测、TCT 、HBV 、HPV 基因分型检测等基因筛查。
2.健康:防癌基因检测:肺癌、肝癌、胃癌、肾癌、喉癌、鼻咽癌、食管癌、淋巴瘤、子宫内膜癌、前列腺癌、结直肠癌、黑色素瘤、慢性淋巴细胞白血病 、甲状腺癌、膀胱癌、宫颈癌、基底细胞癌、睾丸癌、胰腺癌、乳腺癌天赋基因:艺术特长、性格特征、情商、智商、身体素质儿童常见病基因:多动症、肥胖、孤独症、高度近视、哮喘、慢性鼻窦炎成人心血管疾病:冠心病、脑卒中、先天性心脏病、原发性高血压成人慢性病基因:阿尔兹海默症、帕金森、心肌梗死、心绞痛、痛风、2型糖尿病儿童常见疾病安全用药:解热镇痛类、平喘类、消化系统类、抗菌类、抗寄生虫类、抗过敏类、神经系统类、糖尿病类其他:儿童认知宝、数学能力检测、防拐基因身份证、叶酸基因、酒精基因、耳聋基因、肌肤抗衰老基因3.司法:隐私亲子鉴定、司法亲子鉴定、无创亲子鉴定、亲缘鉴定。
3730XL 测序仪器操作指南开机:(1)打开显示器和电脑的电源开关,按键Ctrl+Alt+Delete ,输入密码125;(2)打开仪器电源开关,仪器初始化过程中电源旁指示灯由黄色闪烁20秒变为绿色;(3)双击打开桌面上Data Collection 软件,等待Service Console 窗口中的指示灯全部变成绿色后,DC 软件打开弹出。
关机:(1)与开机顺序相反,先点击Service Console 窗口上Stop ALL 按钮,等4个绿色小方框都变为红色圆圈时即可点击“X ”,关闭Run 3730 Data Collection 软件;(2)关闭仪器电源;(3)关闭电脑主机。
测序模板导入:(1) 当Data Collection 软件打开后,点击GA Instruments 3730, 点开“+”号;(2) 然后点击plate manager ,点击import 导入已经编辑好的模板(E:/plate manager ),最后点击open 就ok 了。
E: Plate manger (如何编辑模板)A. Copy 上一个编辑好的模板,按当天日期修改文件名(如20150630)B. 双击点击“是”(激活窗口点“关闭”)C. 将打开的EXCEL 表格中Container Name 和ID Plate 改为文件名(20150630)D. 将Sample Name 先修改为blankE.按列的顺序依次输入A1H1……A2H2,以此类推,空白孔不改,仍为blankF.点击左上角保存,点击是,跳出窗口G.点击右上角“X”关闭,跳出的窗口点击“不保存”运行程序:(1)打开Data Collection软件中的run schedule search advanced plate ID start with(例如20150630找到相应的测序表)点击add Done;(2)当软件左上方三角星由灰色变为绿色时,点击ok就开始运行程序,大约测序反应需要2.5小时,微卫星分析需要1小时。
一代至四代测序技术详细讲解一、我们将如何应对海量的基因信息新一代测序技术带给人们大量遗传信息的同时,却成为限制其广泛应用的一个障碍。
1980年,英国生物化学家Frederick Sanger与美国生物化学家Walter Gilbert建立了DNA测序技术并获得诺贝尔化学奖,至今已有近三十年了。
在这三十年,DNA测序技术取得了令人瞩目的进展。
目前已进入市场的循环阵列测序平台采用的是与Sanger生物化学测序方法完全不同的原理。
在过去几年,应用极为广泛的毛细管电泳测序法采用的则是多线并行阵列格式,它运用尖端的荧光成像技术进行碱基识别。
上述各类新技术为生物学研究领域开辟了新的视角,也使实验研究达到一个新的水平。
学界对开发这类新技术的兴趣持续高涨,与此同时,人们却发现这些技术存在一定的不足――大量信息数据的产生限制了技术更加广泛的应用,并降低了其市场价值。
过去,研究人员使用Applied Biosystems(ABI)公司的3730XL毛细管电泳测序仪进行基因分析,每年至多能完成六千万碱基的测序量。
随着测序技术日新月异的发展,这种情况已经成为历史。
在2021年刚刚开始进行新一代测序技术开发时,Roche公司和454公司联合开发的焦磷酸测序仪的分析速度就已经达到了上述提及的 ABI仪器速度的50倍之上。
也就是从那时起,因基因数据过多而产生的问题凸显了出来,而且这个问题随着其他制造商开发出更多更快的测序仪而愈加严重。
举个例子,ABI的新一代测序平台SOLiD (supported oligonucleotide ligation and detection)单次运行,便可以分析6Gb的碱基序列;而Roche/454测序仪单次运行可以将上述结果转换成12-15个千兆字节(gigabytes)的数据信息;Illumina Genome Analyzer(GAII)测序系统仅在两个小时的运行时间里,就得到10兆兆字节(terabytes)的信息。