最新PDB数据库简介

Experimental technique used for the structure determination.
Literature citation that defines the coordinate set. REMARK records present experimental details, annotations, comments, and information not Included in other records.
• • • • • • • 1. Experimental Method 2. Classification 3. Source 4. Ligand 5. Amino acid sequence 6. secondary structure 7. Disulfide bond
Data Bank
/pdb/home/home.do
取材自 葉雅玲
PDB (Protein Data Bank)
•蛋白質資料銀行，收集了全世界利用核磁共振、 X-ray繞射實驗、理論模擬所解出來的蛋白質和 DNA的三度空間立體結構 •此資料庫所提供的資訊是全球最重要的蛋白質結 構資料來源。主要的資訊有，原子的空間座標、 引用文獻、形成α-helix和β-sheet的胺基酸序 列、雙硫鍵連結模式、與蛋白質結合的ligand、 參與生化功能的residue
wwwrcsborgpdbhomehomedo取材自pdbproteindatabank?蛋白質資料銀行收集了全世界利用核磁共振xray繞射實驗理論模擬所解出來的蛋白質和引用文獻形成helix和sheet的胺基酸序列雙硫鍵連結模式與蛋白質結合的ligand參與生化功能的residuefirstlineentrycontainspdbidcodeclassificationdepositiondescriptionmacromolecularcontentsentrylistkeywordsdescribingmacromoleculeexperimentaltechniqueusedstructuredetermination

（Research Collaboration for Structural Bioinformatics, RCSB）管理
/pdb/
wwPDB In 2003
✓RCSB PDB (USA) ✓PDBe (UK) ✓PDBj (Japan) ✓BMRB (USA) ：Biological Magnetic
作业1和2
• 1. 在pdb数据库中查找单克隆抗体的结构(PDB号:1igt )。找 出结晶条件、分辨率、Rfactor、Rfree、空间群。
• 2. 在PDB数据库中下载该结构，用PyMOL软件做一张该单 克隆抗体的图片。要求cartoon形式展示（show(S)-cartoon ），去除水分子(hide(H)-water)，分别用紫黄两色色表示抗 体的重链和轻链(做这个大家可以尝试，我会课堂演示)，在 图片上标记抗体各区域的名称。图片背景为白色（displaybackground-white），分辨率300 dpi。
• 实验（X射线晶体衍射、核磁共振NMR、电子显 微镜）测定的生物大分子的三维结构。
• 其中主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖 类、蛋白质与核酸复合物的三维结构 。
3. PDB数据格式
PDB的数据结构：对于每一个结构，包含名称、 参考文献、序列、一级结构、二级结构和原子坐 标等信息
分子类别— PDB文本文件， 用写字板打开 转运蛋白
结构生物学 第7章 生物大分子结构数据库
及结构比对 ZH 2019-05
蛋白质结构数据库
Protein Data Bank（PDB）
一、PDB(Protein Data Bank）
1.PDB概述 最重要的蛋白质分子结构数据库 1971年代建立于美国Brookhaven国家实验室 1988年由美国结构生物信息学研究合作组织

oracle12c的CDB与PDBoracle12c的CDB与PDBoracle12c的新特性Oracle 12C引⼊了CDB与PDB的新特性，在ORACLE 12C数据库引⼊的多租⽤户环境（Multitenant Environment）中，允许⼀个数据库容器（CDB）承载多个可插拔数据库（PDB）。

CDB全称为Container Database，中⽂翻译为数据库容器，PDB全称为Pluggable Database，即可插拔数据库。

在ORACLE 12C之前，实例与数据库是⼀对⼀或多对⼀关系（RAC）：即⼀个实例只能与⼀个数据库相关联，数据库可以被多个实例所加载。

⽽实例与数据库不可能是⼀对多的关系。

当进⼊ORACLE 12C后，实例与数据库可以是⼀对多的关系。

下⾯是官⽅⽂档关于CDB与PDB的关系图。

cdb相当于操作系统，调⽤并管理各个pdb。

pdb相当于真正提供业务需求的数据库实例。

oracle 12c安装后只创建了cdb，需要⾃⼰⽣成相应的pdb。

oracle 12c使⽤了CDB-PDB架构，类似于docker，在container-db内可以加载多个pluggable-db.安装成功后修改tnsnames.ora我的在D:\app\oracle\product\12.1.0\dbhome_1\NETWORK\ADMIN⽂件夹下############################tnsnames.ora#######################cdborcl =(DESCRIPTION =(ADDRESS_LIST =(ADDRESS = (PROTOCOL = TCP)(HOST = localhost)(PORT = 1521)) )(CONNECT_DATA =(SERVICE_NAME = orcl) #cdb的db_name))#pdbpdborcl =(DESCRIPTION =(ADDRESS_LIST =(ADDRESS = (PROTOCOL = TCP)(HOST = localhost)(PORT = 1521)))(CONNECT_DATA =(SERVICE_NAME = pdborcl) #pdb的db_name))##########################tnsnames.ora######################数据库下拉框会出现pdborcl选项遇到的坑使⽤system登录,PLSQL Developer选择ORCL,执⾏select name,open_mode from v$pdbs; ⽤来查看当前CDB容器中包含的PDB容器pdborcl的open_mide的状态是READ WRITE,使⽤pdborcl也能登录,但是你重启服务器这个状态会变为这时候PLSQL Developer选择pdborcl就不能登录了,出现错误因为服务器重启时，pdb默认不启动PLSQL Developer选择ORCL. system登录(或使⽤sqlplus)执⾏alter pluggable database PDBORCL open; 启动pdb创建⽤户创建新⽤户，注意CDB容器中创建⼀个通⽤⽤户，⽤户名必须以C##或者c##开头，因为CDB中默认创建的是common user如果想要创建本地⽤户，则要在PDB容器中创建，下⾯会说如何切换到PDB容器create user C##test identified by 123456; //其中C##test为⽤户名，123456为密码给新⽤户授权grant create session to C##test;grant create table to C##test;grant create tablespace to C##test;grant create view to C##test;切换⾄查到的某个PDB容器(上⾯查到的是PDBORCL)注意使⽤这个命令需要的sysdba级别的权限，否则⽆法执⾏,切换后才可使⽤当前pdb的私有⽤户进⾏操作,12c数据库创建完成后，默认情况下使⽤sqlplus / as sysdba 登录连接的是CDB。

oracle12c创建可插拔数据库（PDB）与⽤户详解前⾔由于oracle 12c使⽤了CDB-PDB架构，类似于docker，在container-db内可以加载多个pluggable-db，因此安装后需要额外配置才能使⽤。

⼀、修改listener.ora , tnsnames.ora###listener.ora###LISTENER =(DESCRIPTION =(ADDRESS = (PROTOCOL = TCP)(HOST = localhost)(PORT = 1521))(CONNECT_DATA = (SERVICE_NAME = orcl)))#sid list列举cdb和所有pdb的数据库名，所有sid与oracle环境变量保持⼀致#SID_LIST_LISTENER =(SID_LIST =(SID_DESC =(GLOBAL_DBNAME = orcl) #cdb db_name(SID_NAME = orcl))(SID_DESC =(GLOBAL_DBNAME = pdborcl) #pdb db_name(SID_NAME = orcl)))###listener.ora#####tnsnames.ora####cdborcl =(DESCRIPTION =(ADDRESS_LIST =(ADDRESS = (PROTOCOL = TCP)(HOST = localhost)(PORT = 1521)) )(CONNECT_DATA =(SERVICE_NAME = orcl) #cdb的db_name))#pdbpdborcl =(DESCRIPTION =(ADDRESS_LIST =(ADDRESS = (PROTOCOL = TCP)(HOST = localhost)(PORT = 1521)))(CONNECT_DATA =(SERVICE_NAME = pdborcl) #pdb的db_name))##tnsnames.ora###在客户端连接时使⽤“service_name+domain_name”连接。