生物学pdbPDB是指蛋白质数据银行，是一个全球性的计算生物学知识库，主要收集了生物大分子如蛋白质，核酸等的三维结构信息，是结构生物学研究的重要工具之一。
下面将为大家介绍生物学PDB。
一、 PDB的定义PDB，即Protein Data Bank，是由美国提供的国际性蛋白质结构数据库，也是生物分子结构的重要资源库之一。
所有收录的分子都是根据晶体学或核磁共振等技术测定的三维结构。
PDB目前由美国PDB，欧洲PDB以及日本PDB三个组织共同维护。
1. 结构生物学研究PDB中收集了全球范围内的各种生物分子的三维结构信息，为结构生物学研究提供了重要工具。
研究者可以通过PDB中的数据比对、建模、分析等手段，揭示生物分子的结构、功能、互作等重要信息，深入了解生命在分子水平上的规律性。
2. 新药研究PDB中收录了多个蛋白质的三维结构信息，这些蛋白质与常见疾病存在相关性。
通过研究蛋白质的结构，可以发现药物靶点蛋白的结构特征，确定有效的药物分子。
这为新药的设计及开发提供了可靠的基础。
PDB中收录的三维结构数据是生物信息学研究的重要资源。
利用PDB中的数据，可以对各种蛋白质的序列和结构进行比对和分析，挖掘出结构域、保守域、折叠域等重要的结构信息。
此外，还可以通过PDB中的数据进行生物网络分析，探索蛋白质相互作用及合成有机体的相关机制。
PDB record一般包含以下10个部分HEADER：记录的大标题，通常为分子名称。
OBSLTE：关于PDB ID的历史信息。
TITLE：分子的名称，可以包括其分类、来源、功能、序列等信息。
EXPDTA：记录分子的实验方法。
AUTHOR：分子的上传者、解析者的相关信息。
REMARK：记录实验、结构的相关信息详细信息。
DBREF: 记录当前分子在其他数据库中的编号、序列等信息。
SEQADV: 当分子序列中存在特异点时，该记录用于存储序列变异信息。
SEQRES：仅仅用于纪录实验所得分子的氨基酸残基顺序。
oracle12c的CDB与PDBoracle12c的CDB与PDBoracle12c的新特性Oracle 12C引⼊了CDB与PDB的新特性，在ORACLE 12C数据库引⼊的多租⽤户环境（Multitenant Environment）中，允许⼀个数据库容器（CDB）承载多个可插拔数据库（PDB）。
CDB全称为Container Database，中⽂翻译为数据库容器，PDB全称为Pluggable Database，即可插拔数据库。
在ORACLE 12C之前，实例与数据库是⼀对⼀或多对⼀关系（RAC）：即⼀个实例只能与⼀个数据库相关联，数据库可以被多个实例所加载。
⽽实例与数据库不可能是⼀对多的关系。
当进⼊ORACLE 12C后，实例与数据库可以是⼀对多的关系。
下⾯是官⽅⽂档关于CDB与PDB的关系图。
cdb相当于操作系统，调⽤并管理各个pdb。
pdb相当于真正提供业务需求的数据库实例。
oracle 12c安装后只创建了cdb，需要⾃⼰⽣成相应的pdb。
oracle 12c使⽤了CDB-PDB架构，类似于docker，在container-db内可以加载多个pluggable-db.安装成功后修改tnsnames.ora我的在D:\app\oracle\product\12.1.0\dbhome_1\NETWORK\ADMIN⽂件夹下############################tnsnames.ora#######################cdborcl =(DESCRIPTION =(ADDRESS_LIST =(ADDRESS = (PROTOCOL = TCP)(HOST = localhost)(PORT = 1521)) )(CONNECT_DATA =(SERVICE_NAME = orcl) #cdb的db_name))#pdbpdborcl =(DESCRIPTION =(ADDRESS_LIST =(ADDRESS = (PROTOCOL = TCP)(HOST = localhost)(PORT = 1521)))(CONNECT_DATA =(SERVICE_NAME = pdborcl) #pdb的db_name))##########################tnsnames.ora######################数据库下拉框会出现pdborcl选项遇到的坑使⽤system登录,PLSQL Developer选择ORCL,执⾏select name,open_mode from v$pdbs; ⽤来查看当前CDB容器中包含的PDB容器pdborcl的open_mide的状态是READ WRITE,使⽤pdborcl也能登录,但是你重启服务器这个状态会变为这时候PLSQL Developer选择pdborcl就不能登录了,出现错误因为服务器重启时，pdb默认不启动PLSQL Developer选择ORCL. system登录(或使⽤sqlplus)执⾏alter pluggable database PDBORCL open; 启动pdb创建⽤户创建新⽤户，注意CDB容器中创建⼀个通⽤⽤户，⽤户名必须以C##或者c##开头，因为CDB中默认创建的是common user如果想要创建本地⽤户，则要在PDB容器中创建，下⾯会说如何切换到PDB容器create user C##test identified by 123456; //其中C##test为⽤户名，123456为密码给新⽤户授权grant create session to C##test;grant create table to C##test;grant create tablespace to C##test;grant create view to C##test;切换⾄查到的某个PDB容器(上⾯查到的是PDBORCL)注意使⽤这个命令需要的sysdba级别的权限，否则⽆法执⾏,切换后才可使⽤当前pdb的私有⽤户进⾏操作,12c数据库创建完成后，默认情况下使⽤sqlplus / as sysdba 登录连接的是CDB。
pdb 用法
PDB（Protein Data Bank）是一个存储生物大分子（如蛋白质、核酸等）结构信息的数据库。
PDB 文件包含有关分子的三维坐标、结构信息、生物学相关的元数据等。
以下是一些常见的 PDB 文件的用法：
查看 PDB 文件：
PDB 文件通常是文本文件，你可以使用文本编辑器查看其内容。
例如，使用命令行下的 cat（Linux/macOS）或 type（Windows）：cat your_file.pdb
分析 PDB 文件：
你可以使用专业的生物信息学工具来分析PDB 文件，例如BioPython、PyMOL、或者 Rosetta。
这些工具提供了丰富的功能，用于解析、可视化、分析生物大分子的结构。
PDB 文件格式：
如果你想编写脚本来处理PDB 文件，了解PDB 文件的格式是很重要的。
PDB 文件的格式描述了原子的坐标、结构信息等。
详细了解 PDB 文件格式可以帮助你更好地处理和解析数据。
获取 PDB 文件：
你可以从PDB 数据库或其他相关数据库中下载PDB 文件。
在网站上搜索感兴趣的分子或结构，并下载相应的 PDB 文件。
可视化 PDB 文件：
使用专业的分子可视化工具如 PyMOL、VMD 或者 Chimera，可以加载 PDB 文件并以三维方式展示生物大分子的结构。
请根据你的具体需求选择适当的工具和方法。
生物信息学领域有很多工具和资源，适用于不同的任务和分析。
蛋白质数据库PDB在基础生物化学课程教学中的应用作者：张斌黄伟伟来源：《高教学刊》2018年第01期摘要：蛋白质的结构与功能是基础生物化学课程教学中的重点和难点，对生物化学课程知识体系的构建起至关重要的作用。
蛋白质分子结构抽象，功能复杂，文章将蛋白质结构数据库中丰富的立体结构资源引入课程教学，对于提升学生的学习兴趣和教学效果起积极作用。
关键词：生物化学；蛋白质；PDB中图分类号：G642 文献标志码：A 文章编号：2096-000X（2018）01-0071-03Abstract： The structure and function of protein are the key and difficult points in the teaching of Basal Biochemistry， which plays an important role in the construction of biochemical knowledge system. The structure of protein molecular is abstract and the function is complex. This paper introduces abundant three-dimensional structural resources in the protein structure database into teaching practice， which plays an active role in enhancing students' learning interest and teaching effect.Keywords： biochemistry； protein； PDB基础生物化学课程是农林院校农学类本科专业的一门必修课程，其课程的教学内容繁杂、抽象，对于教师的“教”和学生的“学”都是很大的挑战。
