50个肿瘤核心基因

50个肿瘤核心基因∙ABL1∙全名：Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1。

ABL1基因位于第9号染色体上临床作用：当BRA基因与ABL1基因型成BRA-ABL1融合基因的时候，新的BRA-ABL1融合蛋白就会使细胞的增生脱离细胞因子的控制，细胞癌化BRA-ABL1融合基因是慢性粒细胞性白血病的一个重要病因治疗药物：依马替尼（Imatinib mesylate）是针对BRA-ABL1融合基因的抑制剂，也是治疗此种癌症的靶向治疗药物AKT1全名：RAC-alpha serine/threonine-protein kinase。

位于第14号染色体上。

AKT1是细胞分裂、生长的正调控元件。

AKT1可以抑制细胞的凋亡，促进细胞生长在横纹肌实体瘤中有发现AKT1过表达抑制剂：Selleck公司出品的“MK-2206 2HCl”是一种高度选择性的Akt1/2/3抑制剂。

ALK全名：Anaplastic lymphoma kinase，位于2号染色体上功能：ALK在神经发育过程中起重要作用，是正调控元件与肿瘤的关系：EML4-ALK融合基因占非小细胞肺癌中的3~5%，EML4有一个强启动子，与ALK融合之后，EML4-ALK基因的表达水平大幅升高，ALK酶活性也大幅升高。

抑制剂，克唑替尼（crizotinib）是针对ALK的抑制剂，对ALK融合基因导致的肺癌有良好疗效APC全名：Adenomatous polyposis coli，位于5号染色体长臂APC基因是一个肿瘤抑制基因，主要通过调节其下游的β-catenin发挥作用APC的失活突变（缺失、截断、无义点突变）会导致细胞分裂的失控，带有APC突变的人，在40岁左右发生结直肠癌的可能性大幅升高ATM全名：Ataxia telangiectasia mutated，位于11号染色体ATM基因是一个肿瘤抑制基因，主要在DNA双链受到损伤的时候，阻止细胞进入分裂周期而起作用ATM失活与多种白血病、淋巴瘤相关BRAFBRAF基因编码B-raf蛋白，是一个激酶，位于7号染色体上BRAF蛋白激活后导致MEK/ERK的激活，使细胞不进入凋亡程序BRAF蛋白的完全活化需要T598和S601两个位点的磷酸化。

肿瘤分子细胞生物学肿瘤分子细胞生物学起源与演进、细胞分化与肿瘤、肿瘤生长的细胞生物学、肿瘤的侵袭与转移、血管生成与肿瘤、肿瘤的超微结构、肿瘤标记物、端粒和端粒酶与肿瘤、细胞凋亡与肿瘤、化学致癌因素及其致癌机制、物理性致癌因素及其致癌机制、病毒致癌因素及其致癌机制、免疫与肿瘤、激素与肿瘤、遗传与肿瘤、微卫星DNA与肿瘤、肿瘤基因及其调控机制、细胞周期与肿瘤、细胞信号转导与肿瘤和转基因动物技术一、肿瘤细胞的物质代谢肿瘤细胞的最基本的生物学特征就是恶性增殖、分化不良、浸润和转移等。

这些恶性行为与肿瘤的特殊生化代谢过程密切相关。

细胞癌变是从致癌因素引起靶细胞的基因突变开始的，基因突变引起基因表达异常，导致细胞中蛋白质和酶谱及其功能的改变，酶是物质代谢的催化剂，当酶功能和活性发生重大变化时，必然引起物质代谢的改变。

（一）糖代谢的改变肿瘤细胞糖代谢的改变主要表现为酵解明显增强。

正常肝组织在有氧条件下由氧化供能约占99%，而酵解供能仅占1%，但肝癌组织中糖酵解供能可高达50%。

（二）核酸代谢的改变肿瘤组织中RNA及DNA合成速率皆比正常组织高，而分解速率则下降。

（三）蛋白质代谢的改变肿瘤相关的标志酶或蛋白，如胚胎性蛋白质合成速率增快。

相反，与细胞分化相关的酶或蛋白合成则会减少或几乎消失。

总之，与肿瘤细胞恶性增殖相关的生物化学代谢特点是：合成细胞结构成分的代谢途径明显增加；细胞成分及合成原料的分解代谢途径明显降低，酵解增加。

二、肿瘤细胞酶学的改变肿瘤组织中某些酶活性增高，可能与生长旺盛有关；有些酶活性降低，可能与分化不良有关。

例如肝癌病人在血中γ-谷氨酰转肽酶、碱性磷酸酶、乳酸脱氢酶和碱性磷酸酶的同功异构酶均可升高；骨肉瘤的碱性磷酸酶活性增强而酸性磷酸酶活性弱；前列腺癌的酸性磷酸酶可升高；肺鳞状细胞癌的脂酶活性随分化程度降低而减弱。

由于癌细胞的新陈代谢与化学组成都和正常细胞不同，可以出现新的抗原物质。

有些恶性肿瘤组织细胞的抗原组成与胎儿时期相似，如原发性肝癌病人血清中出现的甲种胎儿球蛋白(AFP)，AFP的特异性免疫检查测定方法是肝癌最有诊断价值的指标。

1 JAK-STAT信号通路1) JAK与STAT蛋白JAK-STAT信号通路是近年来发现的一条由细胞因子刺激的信号转导通路，参与细胞的增殖、分化、凋亡以及免疫调节等许多重要的生物学过程。

与其它信号通路相比，这条信号通路的传递过程相对简单，它主要由三个成分组成，即酪氨酸激酶相关受体、酪氨酸激酶JAK和转录因子STAT。

(1) 酪氨酸激酶相关受体（tyrosine kinase associated receptor）许多细胞因子和生长因子通过JAK-STAT信号通路来传导信号，这包括白介素2?7（IL-2?7）、GM-CSF（粒细胞/巨噬细胞集落刺激因子）、GH（生长激素）、EGF（表皮生长因子）、PDGF （血小板衍生因子）以及IFN（干扰素）等等。

这些细胞因子和生长因子在细胞膜上有相应的受体。

这些受体的共同特点是受体本身不具有激酶活性，但胞内段具有酪氨酸激酶JAK的结合位点。

受体与配体结合后，通过与之相结合的JAK的活化，来磷酸化各种靶蛋白的酪氨酸残基以实现信号从胞外到胞内的转递。

(2) 酪氨酸激酶JAK（Janus kinase）很多酪氨酸激酶都是细胞膜受体，它们统称为酪氨酸激酶受体（receptortyrosine kinase, RTK），而JAK却是一类非跨膜型的酪氨酸激酶。

JAK是英文Janus kinase的缩写，Janus在罗马神话中是掌管开始和终结的两面神。

之所以称为两面神激酶，是因为JAK既能磷酸化与其相结合的细胞因子受体，又能磷酸化多个含特定SH2结构域的信号分子。

JAK蛋白家族共包括4个成员：JAK1、JAK2、JAK3以及Tyk2，它们在结构上有7个JAK同源结构域（JAK homology domain, JH），其中JH1结构域为激酶区、JH2结构域是“假”激酶区、JH6和JH7是受体结合区域。

(3) 转录因子STAT（signal transducer and activator of transcription） STAT 被称为“信号转导子和转录激活子”。

Vol.41No.5May 2021上海交通大学学报（医学版）JOURNAL OF SHANGHAI JIAO TONG UNIVERSITY (MEDICAL SCIENCE)生物信息学方法筛选胰腺癌进展相关的核心基因杨鹿笛1，王高明1，胡仁豪2，蒋小华2，崔然21.上海交通大学医学院附属瑞金临床医学院，上海200025；2.同济大学附属东方医院普外科，上海200120［摘要］目的·筛选胰腺癌进展相关的核心基因和关键通路。

方法·通过GEO （Gene Expression Omnibus ）数据库检索筛选得到包含45例胰腺癌组织和45例癌旁正常组织的基因芯片数据集GSE28735。

采用GEO2R 在线分析工具提取癌组织及癌旁正常组织的基因，联合RStudio 软件筛选差异表达基因（differentially expressed genes ，DEGs ）并对其进行可视化处理。

通过基因功能注释在线工具DAVID 对差异表达显著的基因进行基因本体（gene ontology ，GO ）功能富集和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes ，KEGG ）通路富集分析。

利用交互基因检索工具STRING 及Cytoscape 软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction ，PPI ）网络，结合节点度值进一步筛选核心基因。

通过基因表达谱分析数据库GEPIA 对179例胰腺癌中核心基因的表达水平与患者总生存期（overall survival ，OS ）、无病生存期（disease free survival ，DFS ）及肿瘤分期的关系进行分析。

结果·从GSE28735芯片中筛选得到131个DEGs ，其中表达上调的基因115个，表达下调的基因16个。

GO 功能富集分析显示DEGs 主要在细胞黏附、质膜、蛋白质结合方面富集。

癌症和肿瘤基因图谱（TCGA）计划简介据统计，全球每年新增癌症患者达700万人，死于癌症的病人达500万人，60％的患者确诊后只能存活5年。

目前已知的癌症有200多种，但是，无论什么癌症，在肿瘤的特殊类别（分型）或发展的不同分期方面都发现有基因组的特异变化，而正是基因组的改变（突变）导致了细胞分化、发育和生长通路的不正常，从而引发细胞不正常地失控增殖、生长。

美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱（Cancer Genome Atlas，TCGA）计划，试图通过应用基因组分析技术，特别是采用大规模的基因组测序，将人类全部癌症（近期目标为50种包括亚型在内的肿瘤）的基因组变异图谱绘制出来，并进行系统分析，旨在找到所有致癌和抑癌基因的微小变异，了解癌细胞发生、发展的机制，在此基础上取得新的诊断和治疗方法，最后可以勾画出整个新型“预防癌症的策略”。

2005年12月13日，这一项目由美国国家癌症和肿瘤研究所（NCI）和国家人类基因组研究所（NHGRI）联合进行，预计耗资1亿美元。

和人类基因组计划（HGP）相似，TCGA是另一项以基因组为基础的大科学研究计划，它以人类基因组计划的成果为基础，研究癌症中基因组的变化。

与HGP专注于疾病的遗传因素（与生俱来）不同，TCGA更关心人类出生后细胞中的基因变化（后天变异）。

大部分癌症在威胁到健康之前都会产生几种体细胞突变（somatic mutations），而这些所谓的体细胞或获得性突变是不可遗传的。

TCGA 是迄今为止世界上所进行的最大一项基因工程，差不多能抵上100多个HGP，在3年探索初期就要绘制出比HGP更多的基因图谱。

绘制癌症基因图谱有助于把研究人员从目前逐个追踪基因的大量劳动中解放出来，便于迅速设计和找到针对性抗癌药物。

美国国家癌症研究所副所长安娜•巴克认为，这项计划“是生物医学研究中的一大转折点，也是药物治疗的一大转折点”。

国立卫生院主管John E. Niederhube医学博士说道“今天我们得到一种新的观点去审视遗传改变在一生当中的蓄积与恶性肿瘤的联系。

鱼堕壁堡銎查！！！！至筮！！鲞箜！塑！坐』垦！！旦！！！』！璺：！！！！！∑！！：！！：婪！：！高迁移率蛋白Ａ１——肿瘤新标志物黄薇杨勤【摘要】高迁移率蛋白Ａ１属于高迁移率蛋白家族成员，是一种广泛存在于真核生物细胞中，含量丰富的染色质结构转录因子，它具有３个ＡＴ一钩结构域，可通过修饰、弯曲或改变染色质／ＤＮＡ的结构来调节基因转录。

高迁移率蛋白Ａ１与胚胎细胞的生长、凋亡过程和肿瘤进展密切相关，高迁移率蛋白Ａ１基因被视为癌基因，是一种潜在的肿瘤标记物。

该文主要介绍了高迁移率蛋白Ａ１的结构、功能、主要特征及其在肺癌发病机制中可能的作用。

【关键词】高迁移率蛋白Ａ１；ＡＴ一钩结构域；肺肿瘤；转录调节ＨｉｇｈｍｏｂｉＪｉｔｙｇｒｏｕｐｐｍｔｅｉｎＡｌ—ｎｅｗｍａｒｋｅｒｏｆｔｕｍｏ体Ｈ【，ＡＮＧＷ矗，ｙＡＮＧＱｉ行．ＤＰｐｎ付ｍ已挖ｆｏ，Ｐ口ｆ＾ｏ户＾ｙｓｉｏＺｏｇｙ，Ｇｈｉｙ口，ｚｇＭＰｄｉｆ口ＺＣｏＺＺｅｇ已，Ｇ比ｉ３尥７ｌｇ５５０００４，（硫ｉ行口【Ａｂｓｔｒａｃｔ】Ｈｉ曲ｍｏｂｉｌｉｔｙｇｒｏｕｐｐｍｔｅｉｎＡ１（ＨＭＧＡｌ）ｐｒｏｔｅｉｎｂｅｌｏｎｇｓｔｏｔｈｅｈｉｇｈｍｏｂｉｌｉｔｙｇｒｏｕｐｆａｍｉｌｙｍｅｍｂｅｒ，ｗｈｉｃｈｉｓａｎｃｈｒｏｍａｔｉｎａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒａｌｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒ．ＨＭＧＡｌｈａｓｔｈｒｅｅＡＴ—ｈｏｏｋｄｏｍａｉｎｓａｎｄｒｅｇｕｌａｔｅｓｇｅｎｅｓｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｂｙｍｏｄｉｆｙｉｎｇ，ｂｅｎｄｉｎｇｏｒｄｉｓｔｏｒｔｉｎｇｔｈｅｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆｃｈｒｏｍａｔｉｎ．Ｉｔｃｏｒｒｅｌａｔｅｓｗｉｔｈｔｈｅｇｒｏｗｔｈｏｆｅｍｂｒｙｏｃｅｌｌ，ａｐｏｐｔｏｔｉｃｐｒｏｃｅｓｓａｎｄｎｅｏｐｌａｓｔｉｃｐｒｏｇｅｓｓｉｏｎ．ＨＭＧＡｌｇｅｎｅｉｓｒｅｇａｒｄｅｄａｓｏｎｃｏｇｅｎｅａｎｄｉｓａｐｏｔｅｎｔｉａｌｔｕｍｏｒｍａｒｋｅｒ．Ｔｈｅａｒｔｉｃｌｅｉｎｔｒｏｄｕｃｅｓｔｈｅｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，ｆｕｎｃｔｉｏｎ，ｐｒｉｍａｒｙｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃａｎｄｒｏｌｅｏｆＨＭＧＡｌｉｎｔｈｅｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓｏｆｌｕｎｇｃａｎｃｅｒ．【Ｋｅｙｗｏｒｄｓ】ＨｊｇｈｍｏｂｉｌｉｔｙｇｒｏｕｐｐｒｏｔｅｉｎＡｌ；ＡＴ—ｈｏｏｋｂｉｎｄｉｎｇｄｏｍａｉｎ；Ｌｕｎｇｎｅｏｐｌａｓｍｓ；Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉ。

肿瘤里的基因突变数据库，你知多少？在肿瘤研究中，经常涉及到一些基因的突变研究，如下图文章里KRAS基因突变与未突变的细胞系选择。

总之，在课题方向上的突变基因的选择以及合适细胞系的采取都是一个令人纠结的问题，数据库的选择和利用将显得尤为重要。

以下就上述两方面（临床样本数据和基础科研中的细胞系数据）介绍几个数据库。

首先是临床样本数据库，其中一个比较好用的数据库是InternationalCancer Genome Consortium (ICGC)（网址：/），在里面可以查询自己想要查询的基因在临床样本里的突变情况。

如图演示，打开主页，可进行快速搜索，也可以高级搜索，在快速搜索里输入想要查询的基因名称，以KRAS为例。

可以看到KRAS的摘要，一些基本信息和注释，注释包括参与的反应通路和GO注释，同时也可以看到KRAS在临床样本中突变起了很大作用，但还没有靶向药物。

我们重点关注突变，点击Mutations，可以看到在很多临床项目和不同肿瘤类型中的KRAS突变情况，如果突变的多且还没有研究过，或许还有研究意义。

页面往下拉，还可以查看哪些位点突变的多，这个是很多其他数据库难以做到的，可以看到，在KRAS G12D这个位点突变的情况最多。

当然，这个数据库还有其他功能，如上KRAS在胰腺癌中突变最多，我们可以在高级搜索中选择胰腺癌，查看基因，可以看到KRAS 排名第一，继续点击最右红框里的光标，可看到突变与未突变生存曲线的比较，ICGC这个数据库还有其他功能，大家可以自行探索一下。

第二个问题，在基础科研做突变基因研究，肯定离不开细胞，就如第一张截图文献里的细胞系选取，他们是怎么做到的，难道一个个测序？那肯定不是，有几个数据库可以了解一下。

第一个，CCLE（CancerCell Line Encyclopedia），翻译过来就是癌细胞百科全书，够牛逼了。

网址：/ccle，里面包含了很多癌细胞系的基因表达和突变的信息。