Genetic Differentiation Analyses Based on mtDNA COIl Gene Sequences Among Different Geogra
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基于COI基因的光倒刺鲃群体遗传多样性与遗传分化研究作者:李文俊李强韩崇李陇旭易祖盛桂林钟良明来源:《安徽农业科学》2021年第22期摘要 [目的]全面了解光倒刺鲃的遗传多样性和遗传结构,为其种质资源保护和利用提供科学依据。
[方法]采用自行设计的引物对9条水系共209尾光倒刺鲃样本的线粒体COI基因序列进行测定与分析,并探讨其遗传结构和遗传多样性水平。
[结果]在209条COI基因序列中,共检测到12个单倍型,单倍型多样性为0.80 核苷酸多样性为0.008 2。
单倍型系统树显示,所有群体聚成2支,东江群体的全部样本及北江、赣江和九龙江水系的部分样本组成Ⅰ支,其余样本组成Ⅱ支。
单倍型网络分析显示,东江群体单倍型与北江、赣江和九龙江部分个体关系较近,但与其他个體关系相对较远;珠江水系大部分群体与长江、钱塘江、九龙江大部分群体分布于不同的分支。
AMOVA分析表明,光倒刺鲃COI基因序列变异主要来自地理区内群体间,占82.33%。
错配分析及中性检验显示,大多数群体相对稳定,未发生过群体扩张。
[结论]光倒刺鲃群体的遗传多样性总体偏低,应加强对其种质资源的保护;东江水系与珠江水系其他群体既存在一定隔离,又存在着基因交流;珠江水系群体与长江水系群体间分化明显。
关键词光倒刺鲃;COI基因;遗传多样性;遗传分化中图分类号 S-917.4 文献标识码 A 文章编号 0517-6611(2021)22-0125-04doi:10.3969/j.issn.0517-6611.2021.22.030开放科学(资源服务)标识码(OSID):Genetic Diversity and Genetic Differentiation of Spinibarbus hollandi Based on COI geneLI Wen-jun, LI Qiang, HAN Chong et al(School of Life Science, Guangzhou University, Guangzhou,Guangdong 510006)Abstract [Objective] To understand the genetic diversity and genetic structure of Spinibarbus hollandi more comprehensively, and provide scientific basis for the conservation and utilization of its wild germplasm resources.[Method] The mitochondrial COI gene sequences of 209 S. hollandi samples from 9 rivers were determined and analyzed with designed primers, and its genetic diversity and genetic differentiation level were discussed. [Result] Among 209 COI gene sequences, 12 haplotypes were detected, with haplotype diversity of 0.801 0 and nucleotide diversity of 0.008 2. Phylogenetic tree of haplotypes showed that all haplotypes gathered into two branches (branches 1:all the samples Dongjiang population and some individuals of Beijiang, Ganjiang and Jiulong River). Network analysis of haplotypes showed that haplotype of Dongjiang population was closely related to some individuals in Beijiang, Ganjiang and Jiulong River, but far related to other individuals. The majority of the population of the Pearl River distributed in different branches compared with the majority of the population of the Yangtze River, Qiantang River, and Jiulong River. AMOVA analysis showed that the variation of COI gene sequences of S. hollandi was mainly from within groups, accounting for 82.33%. Mismatch analysis and neutral test showed that mostpopulations were relatively stable without population expansion. [Conclusion] The genetic diversity of S. hollandi population is generally low, so the protection of its germplasm resources should be strengthened. There is not only certain isolation but also gene exchange between Dongjiang population and other populations in the Pearl River. There is obvious differentiation of populations between the Pearl River and the Yangtze River.Key words Spinibarbus hollandi;Cytochrome oxidase subunit I sequence;Geneticdiversity;Genetic differentiation鱼类线粒体DNA已成为研究鱼类进化遗传与系统演化关系的重要分子标记,广泛应用于群体遗传学研究[1]。
第45卷㊀第6期2021年11月南京林业大学学报(自然科学版)JournalofNanjingForestryUniversity(NaturalScienceEdition)Vol.45,No.6Nov.,2021‘南京林业大学学报(自然科学版)“2021年论文题录(作者)索引AUTHORANDSUBJECTINDEXES2021著录格式:作者.文题(外文文题).刊名,出版年,卷(期):起止页码.(作者以姓氏汉语拼音为序)白文玉,冯茂松,铁烈华,汪亚琳,高嘉翔,赖㊀娟,戴晓康.不同无性系四川桤木嫁接苗生物量及其分配特征(Biomassanditsallocationcharacteristicsofone⁃year⁃oldgraftedseedlingsofdifferentclonesofAlnusledgeriana).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(2):87-95.蔡龙涛,邢㊀涛,邢艳秋,丁建华,黄佳鹏,崔㊀阳,秦㊀磊.基于ICESat⁃GLAS数据和模糊模式识别算法识别森林类型(IdentificationofforesttypesbasedonICESat⁃GLASdataandfuzzypatternrecognitionalgorithm).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(4):33-41.曹桥荣,董京京,钟文峰,彭智奇,董㊀鹏,陈㊀洁,伊贤贵.樱花新品种 胭脂绯 (Cerasusdielsiana Yanzhifei :anewcultivaroforientalcher⁃ry).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(1):242-244.陈㊀佳,缑晶毅,赵㊀祺,韩庆庆,李慧萍,姚㊀丹,张金林.梭梭根际根瘤菌对紫花苜蓿生长及耐盐性的影响(InducedgrowthandsalttoleranceofalfalfabyrhizobiumstrainsfromtherhizosphereofHaloxylonammodendron).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(6):99-110.陈㊀黎,刘成功,钱莹莹,唐晓蝶,王生树,李志东,李㊀燕,崔㊀珺.南方红豆杉人工林针叶C㊁N㊁P化学计量特征(StoichiometriccharacteristicsofC,N,PofTaxuschinensisvar.maireiplantationneedles).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(5):53-61.陈㊀林,潘婷婷,吕笑冬,汪章沛,程㊀林.江西省种子植物分布新资料(NewrecordsofseedplantsfromJiangxiProvince).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(5):232-234.陈宏健,郝德君,田㊀敏,周㊀杨,夏小洪,赵欣怡,乔㊀恒,谈家金.室内饲养松墨天牛幼虫不同肠段细菌的群落结构及功能分析(Thecom⁃munitystructureandfunctionalanalysisofintestinalbacteriainMonochamusalternatuslarvaerearedindoors).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(3):143-151.陈隆升,梅㊀莉,陈永忠,赵泽尧,许彦明,张㊀震,胡亚军,刘彩霞,苏以荣.油茶林生草栽培对地表径流及氮磷流失特征的影响(EffectsofinterplantingherbageonsurfacerunoffassociatedwithnitrogenandphosphoruslossesinCamelliaoleiferaplantations).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(6):127-134.陈兴彬,徐海宁,肖复明,孙世武,娄永峰,邹元熹,徐小强.陈山红心杉1.5代种子园遗传多样性和子代父本分析(Geneticdiversityandpaternityanalysesina1.5thgenerationseedorchardofChenshanred⁃heartChinesefir).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(3):87-92.陈秀波,段文标,陈立新,朱德全,赵晨晨,刘东旭.小兴安岭3种原始红松混交林土壤nirK型反硝化微生物群落特征(CommunitystructureanddiversityofsoilnirK⁃typedenitrifyingmicroorganismsinthreeforesttypesofprimitivePinuskoraiensismixedforestinLiangshuiNationalNatureReserve,LesserKhinganMountains).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(2):77-86.陈玉华,姚㊀丹,吴海楠,陶申童,吴吉妍,杨文国,童春发.美洲黑杨与小叶杨杂交F1代扦插无性系苗生长性状动态分析(AnalysesofdynamicgrowthtraitsofthestecklingsfromtheF1hybridprogenyofPopulusdeltoidesˑP.simonii).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(1):45-52.程㊀娟,丁访军,谭正洪,廖立国,周㊀汀,崔迎春.贵州茂兰喀斯特森林两树种叶片气孔形态特征及其对蒸腾的影响(Leafstomatalmorpho⁃logicalcharacteristicsandtheireffectsontranspirationfortwotreespeciesinMaolanKarstarea,GuizhouProvince).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(5):125-132.崔㊀阳,狄海廷,邢艳秋,常晓晴,单㊀炜.基于MODIS数据的2001 2018年黑龙江省林火时空分布(SpatialandtemporaldistributionsofforestfiresinHeilongjiangProvincefrom2001to2018basedonMODISdata).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(1):205-211.崔令军,刘瑜霞,林㊀健,石开明.丛枝菌根真菌对盐胁迫下桢楠光合生理的影响(EffectsofAMFonphotosyntheticcharacteristicsofPhoebezhennanundersaltstress).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(1):101-106.邓㊀平,赵㊀英,王㊀霞,陈秋佑,吴㊀敏.水杨酸对NaHCO3胁迫下桂西北喀斯特地区青冈栎种子萌发的影响(Effectsofsalicylicacidonger⁃minationofCyclobalanopsisglaucaseedsunderNaHCO3stressinKarstareaofnorthwestGuangxi).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45. 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All Rights Reserved.南京林业大学学报(自然科学版)第45卷王润松,孙㊀源,徐涵湄,曹国华,沈彩芹,阮宏华.施用沼液对杨树人工林细根生物量的影响(Effectsofbiogasslurryapplicationonfinerootbiomassofpoplarplantations).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(4):123-129.王润松,徐涵湄,曹国华,沈彩芹,阮宏华.施用沼液对杨树人工林细根形态特征的影响(Effectsofapplyingbiogasslurryonthemorphologicalcharacteristicsoffinerootsofpoplarplantations).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(5):119-124.王树梅,王㊀波,范少辉,肖㊀箫,夏㊀雯,官凤英.带状采伐对毛竹林土壤细菌群落结构及多样性的影响(Influenceofstripcuttingmanage⁃mentonsoilbacterialcommunitystructureanddiversityinPhyllostachysedulisstands).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(2):60-68.王树梅,范少辉,肖㊀箫,郑亚雄,周㊀阳,官凤英.带状采伐对毛竹地上生物量分配及异速生长的影响(Effectsofstripcuttingonabovegroundbiomassaccumulationandallocation,andallometricgrowthofPhyllostachysedulis).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(5):19-24.王卫卫,张应良.退耕还林农户技术禀赋对经果林换种的影响(Theimpactoffarmers technicalendowmentontheadoptingnewvarietiesoffruitforest).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(5):215-222.王羽尘,马健霄,刘宇航,白莹佳.基于烟气扩散特征的林区隧道火灾人群疏散模型(Theevacuationmodelofforesttunnelfirebasedonthecharacteristicsofsmokediffusion).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(6):177-184.王志鹏,王㊀薇,邢思懿.城市公园绿地特征和使用方式与人群健康关系研究(Astudyontherelationshipbetweenthecharacteristicsandusageofurbanparkgreenspaceandpopulationhealth).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(5):223-231.王竹雯,国艳娇,李㊀爽,周晨光,姜立泉,李㊀伟.基于CRISPR/Cas9的毛果杨PtrHBI1基因功能解析(FunctionalanalysesofPtrHBI1geneinPopulustrichocarpabasedonCRISPR/Cas9).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(6):31-39.王子芝,李㊀玥,华世明,周俊宏,刘文斗,廖声熙.基于生态保护加权的普达措国家公园功能分区研究(FunctionalzoningofPotatsoNationalParkbyecologicalprotectionweighting).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(6):225-231.韦庆钰,黄海龙,吴纯泽,苏嘉熙,卫㊀星.3种倍性青杨扦插苗对覆膜滴肥的生长响应(ResponseofPopuluscathayanacuttingseedlingsofthreeploidytypestofertilizerunderfilmmulchinganddripirrigation).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(5):93-101.魏㊀宁,李国雷,蔡梦雪,史文辉,刘㊀文,薛㊀柳,李进宇.缓释肥施氮量对4种国外栎苗木质量及移栽成活率的影响(Effectsofslow⁃releasefertilizationratesonseedlingqualityandfieldsurvivalratesoffourexoticoaks).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(3):53-60.魏龙鑫,章异平,李艺杰,张玉茹.栓皮栎叶片和枝条非结构性碳水化合物调配关系研究(Allocationofnon⁃structuralcarbohydrates(NSC)con⁃tentsinleavesandbranchesofQuercusvariabilisduringitsgrowthprocess).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(2):96-102.吴㊀红,燕丽萍,李成忠,夏㊀群,周㊀霞,赵宝元.槭树属常见树种翅果性状多样性与风传播特征分析(MorphologicalcharacteristicsandwinddispersalcharacteristicsofsamaraofcommonAcerspecies).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(2):103-110.吴丽君,游云飞,陈㊀达,陈文荣,李文芳. 黄樽 薄叶金花茶组培苗生根与移栽技术研究(Optimizationoftherootingandtransplantationte⁃chinquesoftissue⁃culturedshootsofCamelliachrysanthoides Huangzun ).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(3):117-122.吴其超,马㊀燕,李呈呈,许建军,么燕君,臧德奎.桂花新品种 冬荣 (Osmanthusfragrans Dongrong :anewcultivarofosmanthus).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(3):245-246.吴文清,许克福.合肥环城公园开放空间与游憩行为关系研究(RecreationalpreferencesamongdifferentopenspacesinaringcityparkofHefei).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(6):217-224.夏雯雯,李㊀想,王钰祺,徐㊀驰,刘茂松.互花米草与盐地碱蓬群落交错带土壤因子的梯度变化特征(DistributionofsoilfactorsacrossthehabitatgradientofSpartinaalternifloraandSuaedasalsacommunities).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(3):37-44.辛士冬,何㊀培,姜立春.不同矫正位置对落叶松分位数削度方程预测精度的影响(EffectsofdifferentcalibrationpositionsonpredictionprecisionofquantiletaperfunctionforLarixgmelinii).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(1):182-188.熊㊀瑶,严㊀妍.基于人体热舒适度的江南历史街区空间格局研究 以南京高淳老街为例(EffectsofspatialdesignandmicroclimateonhumanthermalcomfortintheregionsouthoftheYangtzeRiver:acasestudyofoldstreetinGaochun,Nanjing).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(1):219-226.熊光康,厉月桥,熊有强,段爱国,曹德春,孙建军,聂林芽,盛炜彤.低密度造林对杉木生长㊁形质和材种结构的影响(Effectsoflowstanddensityafforestationonthegrowth,stem⁃formandtimberassortmentstructureofCunninghamialanceolataplantations).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(3):165-173.徐晶园,圣倩倩,王伟希,刘聪哲,祝遵凌.南京典型城市道路植物多样性与土壤因子的耦合关系(Modelingthedegreeofcouplingandinterac⁃tionbetweenplantcommunitydiversityandsoilpropertiesontypicalurbanroadsinNanjing).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(6):119-126.徐圆圆,周思维,陈㊀仲,赵国春,刘济铭,王立宪,王㊀昕,贾黎明,张端光.无患子不同器官中的总皂苷和总黄酮含量(ContentsofthetotalsaponinsandtotalflavonoidsindifferentorgansofSapindusmukorossi).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(4):83-89.许嘉麟,谈家金,郝德君.蜡样芽孢杆菌NJSZ-13菌株对松材线虫产卵和繁殖的影响(EffectofBacilluscereusNJSZ⁃13strainonovipositionandreproductionofBursaphelenchusxylophilus).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(5):209-214.许中秋,隋德宗,谢寅峰,王俊毅.两个乌桕新品种苗木光合特性比较(ComparisonofphotosyntheticcharacteristicsoftwonewTriadicasebiferavarieties).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(1):93-100.薛蓓蓓,田国双.基于碳汇木材复合经营目标的综合效益及影响因素分析(Analysisofcomprehensivebenefitsandinfluencingfactorsbasedonthecombinedeconomicvalueofcarbonsequestrationandtimberbenefits).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(2):205-212.642. All Rights Reserved.㊀第6期‘南京林业大学学报(自然科学版)“2021年论文题录(作者)索引闫想想,王秋华,缪秀丽,韩永涛,龙腾腾.昆明西山林场5种可燃物的火行为研究(FirebehavioroffivekindsoffuelsinXishanForestFarm,KunmingCity).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(1):197-204.杨㊀南,崔允姬,王㊀茜,王曙光.木竹的花器官形态与解剖结构研究(AstudyonthemorphologyandanatomicalstructureofBambusarutilaspiklets).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(4):90-96.杨㊀意,刘㊀波,叶建仁,苏禄晖.水杉赤枯病综合营林生态控制技术研究(AstudyontheecologicalcontrolofredblightofMetasequoiaglyp⁃tostroboidesbyintegratedforestmanagement).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(6):90-98.杨红强,余智涵.全球木质林产品碳科学研究动态及未来的重点问题(Researchtrendsandfuturekeyissuesofglobalharvestedwoodproductscarbonscience).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(4):219-228.杨清平,陈双林,郭子武,郑㊀进.摘花和打顶措施对毛竹林下多花黄精块茎生物量积累特征的影响(ResponsesoftuberbiomassaccumulationanditsallometrytotoppingandflowerpluckingmeasuresofPolygonatumcyrtonemagrownunderPhyllostachysedulisforests).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(2):165-170.杨瑞珍,张焕朝,胡立煌,范之馨.接种AMF及施氮对滨海盐土氮矿化的影响(EffectsofAMFinoculationandnitrogenapplicationonnitrogenmineralizationofcoastalsalinesoil).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(2):145-152.姚晶晶,冯象千,肖㊀贺,郑㊀豫,张成梁.不同固废及其处理产物对黄骅港盐碱土的改良效果(Improvementeffectsofdifferentsolidwasteandtheirdisposalbyproductsonsaline⁃alkalisoilinHuanghuaPort).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(3):45-52.姚正明,田旭琴,蒙慧理,邓云飞.爵床科凹苞马蓝在贵州的分布新记录及其补充描述(ThenewdistributionofStrobilanthesretusa(Acanthaceae)inGuizhouwithsupplementarydescription).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(4):177-182.伊贤贵,董㊀鹏,谢春平,彭智奇,杨国栋,董京京,钟育谦,翟飞飞,王贤荣.江苏宜兴龙池山自然保护区固定样地物种组成分析(AnanalysisonspeciescompositionofapermanentplotontheLongchiMountain,YixingCity,JiangsuProvince).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(6):159-168.尹艳楠,谈家金,李梦伟,许嘉麟,郝德君.蜡样芽孢杆菌NJSZ-13菌株防治松材线虫病研究(AstudyonthebiocontrolofpinewiltdiseasebyBacilluscereusNJSZ⁃13).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(3):152-158.于松平,刘泽彬,郭建斌,王彦辉,于澎涛,王㊀蕾.六盘山华北落叶松林分蒸腾特征及其影响因素(StandtranspirationcharacteristicsofLarixprincipis⁃rupprechtiiplantationandtheirinfluencingfactorsinLiupanMountain).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(1):131-140.原雅楠,李正才,王㊀斌,张雨洁,黄盛怡.不同林龄榧树根㊁枝㊁叶的C㊁N㊁P化学计量及内稳性特征(Ecologicalstoichiometryinleaves,branchesandrootsofTorreyagrandiswithdifferentforestagesanditsstoichiometrichomoeostasis).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(6):135-142.袁金玲,马婧瑕,钟远标,岳晋军.基于SSR标记的丛生竹杂种鉴定㊁遗传分析和指纹图谱构建(SSR⁃basedhybrididentification,geneticanalysesandfingerprintdevelopmentofhybridizationprogeniesfromsympodialbamboo(Bambusoideae,Poaceae)).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(5):10-18.袁婷婷,路远峰,谢寅峰,马迎莉,吴㊀桐,倪㊀震.硼钼铜微肥配施对太子参光合特性的影响(Effectsofcombinedapplicationofboron⁃molybdenum⁃coppermicrofertilizersonphotosyntheticcharacteristicsofPseudostellariaheterophylla).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(4):130-136.苑兆和,陈立德,张心慧,赵玉洁.果树分子育种研究进展(Advancesinmolecularbreedingoffruittrees).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(4):1-12.岳晋军,朱燕琳,袁金玲.绿竹笋用林长周期母竹留养模式研究(StudyonmanagementmodeloflongperiodstockingbambooconservationinDendrocalamopsisoldhami).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(5):31-37.臧明月,李㊀璇,方炎明.基于SSR标记的白栎天然居群遗传多样性分析(GeneticdiversityanalysisamongnaturalpopulationsofQuercusfabribasedonSSRmarkers).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(1):63-69.张㊀恒,崔孟然,单延龙,王㊀飞.中蒙边境典型草原草本可燃物燃烧性研究(StudyonflammabilityofherbaceousfuelintypicalgrasslandofChina⁃Mongoliaborder).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(5):171-177.张㊀磊,童㊀龙,谢锦忠,李俞佳,张㊀玮.不同灌水时间下毛竹伐桩根系化学计量及生理特性变化(Changesinchemicalmetrologyandphysio⁃logicalcharacteristicsofPhyllostachysedulisstumprootsunderdifferentirrigationtimes).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(5):25-30.张㊀琳,程亚男,张㊀欣,杨伟婷,孔庆涛,谢东锋.两种植物生长调节剂对木槿插穗生根的影响(EffectsoftwoplantgrowthregulatorsonrootingofHibiscussyriacuscuttings).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(3):123-129.张㊀濛,续高山,滕志远,刘关君,张秀丽.模拟酸雨对小黑杨幼苗生长和光合特性的影响(Effectsofsimulatedacidrainongrowthandphotosyn⁃theticphysiologicalcharacteristicsofPopulussimoniiˑP.nigra).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(6):57-64.张㊀琪,钱㊀滕,王㊀欢,朱铭玮,李淑娴.加拿大紫荆种子硬实性解除及其吸水特性研究(HardnessbreakingandmechanismsofwaterabsorptioninCerciscanadensisseeds).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(3):137-142.张㊀群,及晓宇,贺子航,王智博,田增智,王㊀超.白桦BpGRAS1基因的克隆及耐盐功能分析(CloningandsalttoleranceanalysisofBpGRAS1geneinBetulaplatyphylla).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(5):38-46.张㊀馨,马苗苗,吕婉秋,LEEJoobin,杨静莉.大青杨PuZFP103基因的序列特征及逆境胁迫的表达分析(Sequencecharacteristicsandexpres⁃sionpatternanalysesofPuZFP103geneunderabioticstressinPopulusussuriensis).南京林业大学学报(自然科学版),2021,45(1):36-44.742. All Rights Reserved.。
中国瓜菜2024,37(4):36-45DOI:10.16861/ki.zggc.202423.0760基于SCoT分子标记的61份加工型黄瓜种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建王宏利1,赵久成1,赖淼1,卢家仕2,凌启昌1,肖锦华3,张华4,付鑫锋1(1.广西农业科学院钦州分院·钦州市农业科学研究所广西钦州535000;2.广西农业科学院花卉研究所南宁530007;3.钦州市钦南区那彭镇农业农村服务中心广西钦州535015;4.钦州市浦北县北通镇农业农村服务中心广西浦北535321)摘要:为探明加工型黄瓜种质资源的亲缘关系及遗传多样性,为新品种选育提供理论依据,采用目标起始密码子多态性标记(SCoT)技术,以61份加工型黄瓜种质资源为试验材料,进行遗传多样性分析并构建DNA指纹图谱。
结果表明,从100条SCoT引物中筛选出8条扩增条带清晰、多态性高且重复性好的引物;利用筛选出的引物对61份黄瓜种质基因组DNA进行PCR扩增,共扩增出238个位点信息,其中多态性位点227个,平均多态性位点百分比为95.38%;采用NTSYS-pc2.1软件计算得出供试的61份材料间的遗传相似系数分布在0.588~0.920之间,遗传相似系数最小的材料分别是34号与55号,二者在瓜色、叶片形状及果实形状方面存在较大差异,说明两者亲缘关系最远。
基于遗传相似系数对其进行UPGMA聚类分析和树状图绘制,在相似系数0.735处,可将其划分为7个类群,说明61份黄瓜种质材料背景存在差异,但多数地域来源相近、生境相似地区的种质被聚在同一类群。
利用2对特异性较大的引物SCoT12和SCoT83构建的DNA指纹图谱可单独鉴别出61份黄瓜种质资源,该图谱可为黄瓜分类与鉴定提供科学依据。
关键词:黄瓜;SCoT分子标记;亲缘关系;遗传多样性;DNA指纹图谱中图分类号:S642.2文献标志码:A文章编号:1673-2871(2024)04-036-10Genetic diversity analysis and DNA fingerprinting construction of61pro-cessed cucumber germplasm resources based on SCoT markersWANG Hongli1,ZHAO Jiucheng1,LAI Miao1,LU Jiashi2,LING Qichang1,XIAO Jinhua3,ZHANG Hua4,FU Xinfeng1(1.Qinzhou Branch of Guangxi Academy of Agricultural Sciences/Qinzhou Institute of Agricultural Sciences,Qinzhou535000,Guangxi, China;2.Institute of Flowers,Guangxi Academy of Agricultural Sciences,Nanning530007,Guangxi,China;3.Agricultural and Rural Service Center of Napeng Town,Qinnan District,Qinzhou535015,Guangxi,China;4.Agriculture and Rural Service Center of Beitong Town,Pubei County,Pubei535321,Guangxi,China)Abstract:In order to find out the genetic diversity of germplasm resources of processed cucumber and provide theoretical basis for the breeding of new varieties.the genetic diversity of61processed cucumber germplasm resources was analyzed and DNA fingerprinting was constructed using SCoT technique.The results showed that8primers with clear amplifica-tion bands,high polymorphism and good repeatability were selected from100SCoT primers.A total of238loci of61cu-cumber germplasm genomic DNA were amplified by PCR using the selected primers,of which227were polymorphic lo-ci,and the average percentage of polymorphic loci was95.38%.NTSYS-pc2.1software was used to calculate the distri-bution of genetic similarity coefficients among the61tested materials between0.588and0.920,and the material with the smallest genetic similarity coefficients was34and55,respectively.There were great differences in melon color,leaf shape and fruit shape,indicating that the two were most loosely related.Based on the genetic similarity coefficient,UPG-MA cluster analysis and tree diagram were performed.At the similarity coefficient0.735,they could be divided into7 groups.The results indicated that61cucumber germplasm material backgrounds were different,but most of the germ-收稿日期:2023-12-07;修回日期:2023-12-22基金项目:广西壮族自治区科技先锋队“强农富民”“六个一”专项行动项目(桂农科盟20230505)作者简介:王宏利,男,农艺师,研究方向为黄瓜、百香果栽培及育种。