ChembioOffice-软件的操作与使用
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C hemoffice2008使用教程ChembioOffice简介ChembioOffice是由CambridgeSoft开发的综合性科学应用软件包。
该软件包是为广大从事化学、生物研究领域的科研人员个人使用而设计开发的产品。
同时,这个产品又可以共享解决方案,给研究机构的所有科技工作者带来效益。
利用ChemBioOffice你可以方便的进行化学生物结构绘图、分子模型及仿真、可以将化合物名称直接转为结构图,省去绘图的麻烦;也可以对已知结构的化合物命名,给出正确的化合物名。
目前最新的版本为Chemoffice 2010。
Chemoffice2008包括以下几个部分:1.ChemDraw Ultra11.0:化学结构绘图。
2.Chem3D Ultra11.0:分子模型及仿真。
3.ChemFinder Ultra11.0:化学信息搜寻整合系统4.E-Notebook11.0:整理化学信息、文件和数据,并从中取得所要的结果。
Chemoffice安装方法:1.运行setup.exe2.输入证书时输入:Name:lZ0email:lz0@Serial:011-256104-71993.然后点击"Activate Later"4.复制crack.reg文件到C:\Program Files\CambridgeSoft\ChemOffice2008\Common\DLLs 双击确定即可ChemDraw的使用方法:1.绘制结构式以水杨酸(salicylic acid)为例步骤:1.打开ChemDraw2.单击垂直工具栏右下角的图标,鼠标变成苯环的样子,在绘图区单击鼠标出现一个苯环3.单击图标,将鼠标移至苯环的一个角上,出现深色的正方形连接点4.自连接点横向拉出一根实线单键,松开鼠标,自单键终点向右下方再次拉出一根单键,与前一根单键夹角约为109°,其余类推。
5.选中垂直工具栏中的文本工具,分别将鼠标移至应该出现羟基或氧原子的位置,待出现连接点后,点击键盘上的O键。
Chemoffice 2010ChembioOffice 是由CambridgeSoft开发的综合性科学应用软件包。
该软件包是为广大从事化学、生物研究领域的科研人员个人使用而设计开发的产品。
同时,这个产品又可以共享解决方案,给研究机构的所有科技工作者带来效益。
利用ChemBioOffice 你可以方便的进行化学生物结构绘图、分子模型及仿真、可以将化合物名称直接转为结构图,省去绘图的麻烦;也可以对已知结构的化合物命名,给出正确的化合物名ChemOffice Ultra 2010版包含以下功能模块:ChemDraw模块- 是世界上最受欢迎的化学结构绘图软件,是各论文期刊指定的格式。
Chem3D模块- 提供工作站级的3D分子轮廓图及分子轨道特性分析,并和数种量子化学软件结合在一起。
由于Chem3D提供完整的界面及功能,已成为分子仿真分析最佳的前端开发环境.ChemFinder模块- 化学信息搜寻整合系统,可以建立化学数据库、储存及搜索,或与ChemDraw、Chem3D联合使用,也可以使用现成的化学数据库。
ChemFinder是一个智能型的快速化学搜寻引擎,所提供的ChemInfo信息系统是目前世界上最丰富的数据库之一,包含ChemACX、ChemINDEX、ChemRXN、ChemMSDX,并不断有新的数据库加入。
ChemFinder可以从本机或网上搜寻Word,Excel,Powerpoint,ChemDraw 和ISIS格式的分子结构文件。
还可以与微软的Excel结合,可连结的关连式数据库包括Oracle及Access,输入的格式包括ChemDraw、MDL ISIS SD及RD文件。
ChemOffice WebServer - 化学网站服务器数据库管理系统您可将您的ChemDraw、Chem3D作品发表在网站上,使用者就可用ChemDraw Pro Plugin网页浏览工具,用www方式观看ChemDraw的图形,或用Chem3D Std插件中的网页浏览工具观看。
ChemBioOffice 2010在化学教学中的应用王灵,胡乔生(赣南师范学院化学与生命科学学院,江西赣州341000)摘要:中学化学教师在编排试题、试卷资料以及制作课件等过程中,有机分子的绘制和方程式、电子式的书写等常用软件的使用费时费力,且达不到较好的效果。
此外,在中学化学课堂教学中对有机分子立体结构的描述和展示存在困难,学生不易理解。
ChemBioOffice 2010软件能广泛应用于中学化学教学中绘制有机分子、显示有机物分子三维构型、绘制实验装置、输入方程式等方面。
充分利用ChemBioOffice 2010 的优势,能促进信息技术与中学化学教学整合,提高中学化学教学质量。
关键词:ChemBioOffice 2010;图形绘制;课程整合;化学教学中图分类号:G434 文献标识码:A 文章编号:1672-7800(2010)08-0087-021 ChemBioOffice 2010软件简介ChemBioOffice201 0 软件是Cambridge Soft 公司推出的ChemOffice 系列软件的最新款,是集强大应用功能于一身的桌面生物化学软件。
它主要包含以下常用软件:ChemBioDraw Ul-tra 12.0 (化学生物结构绘图)、ChemBio3D Ultra 12.0 (分子3D模型及仿真)、ChemBioFinder 系列(化学信息搜寻整合系统)。
该组合软件广泛应用于科学研究、化学教学等领域,具有化学计算、化学分析和化学建模等实用功能。
ChemBioOffice 2010 套件可便捷地绘制有机分子的2D 和3D 结构、常用有机实验装置图和展示有机分子三维空间运动的视频动画,可以预测分子的核磁共振图谱和相关的物理化学性质。
用ChemBioOffice2010 制作的文件能方便地插入Word、PowerPoint 等文档进行复制、粘贴、缩放等操作,也可直接在这些文档中双击进行修改。
必须掌握的ChemBio3D Ultra 14移动结构方法ChemBio3D Ultra 14是ChemOffice ®14中专门用于绘制立体结构的组件,除了绘制立体结构之外还可以演示动态效果、测量分子量等。
在绘制结构的过程中,常常需要调整结构整体或局部的位置,本节内容将介绍如何移动ChemBio3D Ultra 14绘制的结构。
使用ChemBio3D Ultra 14移动工具
如果使用移动工具移动整个结构需要事先使用选择工具选中结构,不然移动的就是局部结构。
如下图所示,菜单栏红框中的工具就是【移动】工具,黄色显示的就是局部移动的效果对比图。
【移动工具】局部移动对比图
使用ChemBio3D Ultra 14手型工具
相对而言,使用【手型】工具就比较简单,也不需要使用选择工具,直接拖拉需要移动的结构即可。
如下图所示,菜单栏红框中结构就是【手型】工具,右边的结构就是移动前后的效果图。
【手型工具】整体移动对比图
注意点:如果ChemBio3D窗口中的结构有多个,移动命令对全部结构都有效,不可以移动局部结构。
【移动】工具弥补了这一缺陷,只要选中需要移动的局部结构,点击移动工具后拖拉即可实现。
以上就是如何使用ChemBio3D Ultra 14移动结构的教程内容,【手型工具】和【移动工具】各有优缺,使用者可以根据实际情况灵活应用。
如何使用ChemBioOffice得到物质光谱图
众所周知,ChemBioOffice是化学生物专业重要的软件之一。
其用法简便易学,只要勤于探索,很快就能掌握其基本操作方法。
ChemBioOffice中常用最重要的两个软件是ChemBioDraw和ChemBio3D。
前者主要用于画结构式,书写反应方程式等,后者主要用于观测物质的空间构型。
除此之外,ChemBioOffice的强大计算功能让他们还可以画出物质的光谱图,如红外(IR),紫外(UV),核磁共振(NMR,1HNMR、13CNMR)。
以一下物质为例:
选中物质后单击Structure,然后选择predict 1HNMR,等待一会即可预算处1HNMR光谱。
光谱图如下,还配有详细解析过程。
如果想要得到UV和IR光谱,则需要进入ChemBio3D界面。
新打开一个ChemBio3D,将结构图画在空白处
进入后点击Calculation—MM2---Minimize Energy,计算最低能量的结构。
点击Run,后计算得到最小能量的结构。
(此步骤可以省略,即可以直接得到光谱图)
然后再点击Calculation---GAMESS Interface----Predict IR/Raman Specturm,预测红外光谱,同理可以预测紫外(UV)光谱,也可以预测核磁共振谱图。
红外光谱图
拉曼光谱图
紫外光谱图
(从ChemBioDraw中转化得到的ChemBio3D图可能不能正常计算出光谱图,所以建议直接把图形画在新建的ChemBio3D页面中)。
ChemBioO ce 13十大新功能全新发布的 ChemBioOf ce ® 13,增加了更多人性化的功能,进一步提高了科学家的工作效率。
新版本通过结合可视化分析,能将生物活性与化学结构关联,协助科学家更深入地了解研究结果。
1. 升级的生物聚合物绘制工具栏,包括 D-型及 L-型氨基酸、β-氨基酸、DNA 及 RNA 模板全新的生物聚合物工具栏可以绘制肽链、DNA 及 RNA 的序列,包括 β-氨基酸及 D-氨基酸、二硫键、内酰胺以及连接基团和保护基团。
用单字母或三字母方式代表多肽及核苷酸序列(DNA 、RNA ),包括 L-氨基酸、D-氨基酸及 β-氨基酸。
用户能方便地在单字母及三字母表示方法之间互换,并可以将缩写字母展开为结构。
可以将连接基团及保护基团预先自定义为字母,简化绘制过程。
使用“键工具”绘制二硫键及内酰胺,以及环肽结构。
2. 在一个氨基酸序列中绘制混合序列结构、连接基团及保护基团为含有氨基或羟基的氨基酸(如 Arg ,Aad )添加保护基团,例如 Trt 及 Fm oc 。
这些保护基团的结构也可以展开或者恢复成缩写形式。
可通过键合序列的末端将多个序列合并为一个序列。
3. 从外部文档中粘贴化学序列支持 FASTA 格式粘贴序列。
将代表聚合物的单字母或者三字母字符串进行粘贴,系统可通过有效的分隔符(space 、tab 、dash 键)自动识别。
4. 升级的 clean -up 功能,可用于分子、反应及生物聚合物的结构修正使用升级的 clean-up 功能修正高质量且结构正确的分子式、反应式及生物聚合物。
序列绘制中新添加的残基会自动调整。
当序列从结构式转变到以字母形式表示,Clean-Up Biopolym er 命令可以调整并重新排布序列,使残基在一条直线上并自动换行。
Richard J. Smith 博士,副主编,Verlag Helvetica Chimica ActaJeremiah J. Gassensmith 博士,美国西北大学ChemBioO ce 长期用户“新的生物聚合物工具栏在绘制多肽及DNA 序列上帮了一个大忙。