分数坐标
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根据固体物理基本理论,任何晶系的单胞的三个基矢都是可以用笛卡尔坐标系中起始于原点的三个矢量表示,处于单胞中的不可约原子(不对称原子)的位置矢量的分量值就是绝对直角坐标。
计算出三个单胞基矢的模并找到最大的那个模,所有的不可约原子的坐标分量除以这个最大的模即是各不可约原子的分数坐标。
引用-- 运行vasp2008-08-24 16:36:32| 分类:默认分类| 标签:|字号大中小订阅要用vasp来算东西,首先得准备四个输入文件:POTCAR , KPOINTS , POSCAR , INCAR。
这四个输入文件将告诉vasp该算什么系统,怎么算。
假设你通过某种途径已经有了这些文件,你需要做的就是建一个工作目录,如mkdir GaAs ,将这四个文件一起放在里边。
这里假设安装vasp的时候已经将vasp加入系统路径中。
1. 单机情况,在工作目录里敲入vasp > out &这里的“>” 表示把程序运行时屏幕上输出的东西转到out 这个文件里,程序运行完后可以用vim out 或more out 查看这个文件。
"&" 表示让程序后台运行,这样你还可以继续用当前打开的窗口继续操作。
2. 并行情况,在工作目录下敲入mpirun -np 4 vasp-mpi > out &这个例子里并行计算用的是mpirun,有四个节点,vasp并行计算的可执行文件名是vasp-mpi。
其它与前面单机情况类似。
接下来需要用top命令检查一下vasp有没有成功运行,敲入top这个命令是用来看系统进程的。
你就可以知道任务有没有挂上,并行有没有成功。
退出进程查看模式的方法是直接敲一个q然后按回车。
程序结束后,可以查看out 文件,看看里边是否有错误信息出现。
vim out或者更方便的是grep -in “error”out这里vim是编辑器命令,grep 是查找命令,查找out文件里含有字符"error"的行。
坐标参数的概念坐标参数是指用来表示和定位一个点、线、面或者其他几何体在一个坐标系中位置的参数。
坐标参数通常可以用数值或者符号来表示,并且会根据所使用的坐标系的类型和规则来进行解释和使用。
在二维平面坐标系中,通常使用两个数值来表示一个点的位置,这两个数值分别是横轴坐标和纵轴坐标。
以直角坐标系为例,坐标参数为(x, y),其中x表示点在横轴上的位置,y表示点在纵轴上的位置。
x和y的数值可以为整数、小数或者分数,也可以是正数、负数或者零。
在三维空间中,通常使用三个数值来表示一个点的位置,这三个数值分别是x轴坐标、y轴坐标和z轴坐标。
以直角坐标系为例,坐标参数为(x, y, z),其中x 表示点在x轴上的位置,y表示点在y轴上的位置,z表示点在z轴上的位置。
与二维平面坐标系类似,x、y、z的数值可以为整数、小数或者分数,也可以是正数、负数或者零。
不同类型的坐标系和应用领域可能会有不同的坐标参数的约定和使用方式。
例如,在极坐标系中,坐标参数包括极径和极角,而不再是直角坐标系中的x和y。
在地理信息系统中,坐标参数通常使用经度和纬度来表示一个地理位置的坐标。
坐标参数在数学、物理、工程、计算机图形学等多个领域中被广泛应用。
通过坐标参数,我们可以准确地表示和计算出一个点、线、面或者其他几何体在空间中的位置和形状,从而进行进一步的分析和处理。
在计算机图形学和计算机视觉中,坐标参数也是表示和操作图像、视频和三维模型的重要工具。
例如,在计算机图形学中,我们可以使用坐标参数来描述和定位一个物体的顶点。
通过给定每个顶点在三维空间中的坐标参数,我们可以将这些顶点连接起来形成三角面片、多边形等几何形状,并通过渲染算法将其显示在屏幕上。
同样地,在计算机视觉中,我们可以使用坐标参数来表示和识别图像中的特征点、轮廓线等。
此外,坐标参数还可以用于表示一个物体在运动过程中的位置和姿态。
在物理学中,我们可以使用坐标参数来描述一个物体在空间中的运动轨迹,通过不同时刻的坐标参数来计算物体的速度、加速度等运动信息。
nias结构的原子坐标
NiAs型结构的特点为非金属原子作六方最密堆积,原子分数坐标为(1/3,2/3,1/4)和(2/3,1/3,3/4);金属原子填在As原子组成的八面体空隙里,原子分数坐标为(0,0,0)和(0,0,1/2);As原子周围的Ni原子组成正三棱柱。
NiAs型结构的原子坐标可以这样理解:
1.非金属原子作六方最密堆积。
在NiAs型结构中,非金属
原子占据特定的位置,形成六方最密堆积。
这意味着这些
原子以特定的方式排列,使得每个原子都尽可能地接近其
他原子,从而达到最高的堆积密度。
2.金属原子填在As原子组成的八面体空隙里。
八面体是由
六个原子构成的几何形状,其中每个原子都与另外四个原
子相连接。
在NiAs型结构中,金属原子填充在由As原子
组成的八面体空隙中。
这种排列方式使得金属原子被限制
在特定的位置,并且与周围的非金属原子相互作用。
3.As原子周围的Ni原子组成正三棱柱。
正三棱柱是一个由
六个原子构成的几何形状,其中三个原子位于顶点,另外
三个原子位于底面中心。
在NiAs型结构中,As原子周围
由三个Ni原子构成正三棱柱。
这种排列方式使得As原子
被固定在特定的位置,并且与周围的金属原子相互作用。
通过以上解释,我们可以得出结论:NiAs型结构的原子坐标是基于非金属原子和金属原子的相互作用以及它们在空间中的排
列方式。
这些特定的排列方式和相互作用决定了整个结构的性质和稳定性。
数轴与坐标系数轴和坐标系是数学中常用的图形工具,它们可以帮助我们直观地表示和理解数值以及数值之间的关系。
本文将介绍数轴和坐标系的基本概念以及它们的应用。
一、数轴数轴是一条直线,用于表示实数的大小和相对位置。
数轴上的任意一点与一个实数对应,这个实数就是这个点的坐标。
数轴上的原点通常表示0,而数轴的负半轴表示负数,正半轴表示正数。
数轴上的两个点之间的距离对应于这两个点的坐标的差的绝对值。
数轴可以用来表示整数、分数、小数等各种实数。
例如,在数轴上,我们可以标示出2,-4/3,以及0.5这些数,并直观地看出它们之间的大小关系。
数轴不仅可以表示数值的大小,还可以表示数值之间的运算关系。
例如,我们可以用数轴上的点表示两个数相加、相减、相乘、相除后的结果等,这为我们理解数学运算提供了便利。
二、坐标系坐标系是由两条数轴(通常是水平轴和垂直轴)交叉而成的图形工具。
坐标系上的每一个点都可以用有序数对 (x, y) 来表示,其中 x 是横轴上的坐标,y 是纵轴上的坐标。
坐标系主要用于表示平面上的点和平面上的图形。
我们可以在平面上绘制点、线、曲线等,并通过坐标系准确地描述它们的位置和形状。
坐标系的原点通常表示为 (0, 0),x 轴表示横向,y 轴表示纵向。
坐标系上的点可以根据其坐标的正负关系确定其所在的象限。
坐标系不仅可以用来表示点的位置,还可以表示向量、函数、图形等数学概念。
例如,我们可以利用坐标系来表示平面上的向量,并根据向量的坐标进行运算和变换。
坐标系是解析几何和二维数学的重要工具,它在几何图形的研究、方程的求解等方面起着重要的作用。
三、数轴与坐标系的应用数轴和坐标系广泛应用于数学、物理、经济、工程等各个领域。
它们不仅可以帮助我们直观地表示数值和数值之间的关系,还可以进行各种运算和分析。
在数学中,数轴和坐标系常用于解方程、绘制图形、研究函数等。
通过数轴和坐标系,我们可以方便地理解函数的性质,例如函数的增减性、极值点、零点等。
根据固体物理基本理论,任何晶系的单胞的三个基矢都是可以用笛卡尔坐标系中起始于原点的三个矢量表示,处于单胞中的不可约原子(不对称原子)的位置矢量的分量值就是绝对直角坐标。
计算出三个单胞基矢的模并找到最大的那个模,所有的不可约原子的坐标分量除以这个最大的模即是各不可约原子的分数坐标。
引用-- 运行vasp
2008-08-24 16:36:32| 分类:默认分类| 标签:|字号大中小订阅
要用vasp来算东西,首先得准备四个输入文件:POTCAR , KPOINTS , POSCAR , INCAR。
这四个输入文件将告诉vasp该算什么系统,怎么算。
假设你通过某种途径已经有了这些文件,你需要做的就是建一个工作目录,如mkdir GaAs ,将这四个文件一起放在里边。
这里假设安装vasp的时候已经将vasp加入系统路径中。
1. 单机情况,在工作目录里敲入vasp > out &
这里的“>” 表示把程序运行时屏幕上输出的东西转到out 这个文件里,程序运行完后可以用vim out 或more out 查看这个文件。
"&" 表示让程序后台运行,这样你还可以继续用当前打开的窗口继续操作。
2. 并行情况,在工作目录下敲入mpirun -np 4 vasp-mpi > out &
这个例子里并行计算用的是mpirun,有四个节点,vasp并行计算的可执行文件名是vasp-mpi。
其它与前面单机情况类似。
接下来需要用top命令检查一下vasp有没有成功运行,敲入
top
这个命令是用来看系统进程的。
你就可以知道任务有没有挂上,并行有没有成功。
退出进程查看模式的方法是直接敲一个q然后按回车。
程序结束后,可以查看out 文件,看看里边是否有错误信息出现。
vim out
或者更方便的是
grep -in “error”out
这里vim是编辑器命令,grep 是查找命令,查找out文件里含有字符"error"的行。
标签-in 表示不区分大小写,并列出匹配内容所在行号。
如果你想中途中止vasp,我的办法是先用top查看相关进程号,如12321,然后按q退出,然后在命令模式下用kill命令,敲入kill 12321 。
然后再yongtop复查看看是不是相应进程都被杀了,就完事了。
引用如何使用VASP计算掺杂原子的影响
2008-08-24 15:42:08| 分类:默认分类| 标签:|字号大中小订阅
引用
Hookah的如何使用VASP计算掺杂原子的影响
以下信息来源于()
手册上有,给你个例子吧
ZnO 的N 参杂POSCAR:(2*2*1的超胞(掺杂当然一般要用超胞才行))
Hcp-ZnO -------------------------注释行
6.50
0.5 -0.866 0.0 --------------------原胞基矢和未掺杂时一样
0.5 0.866 0.0
0.0 0.0 0.801
7 8 1 -------------原子类型和个数:7--O,8--Zn,1--N(替换O)(顺序要和POTCAR中一致)
D
0.0 0.0 0.0
0.33333 0.16667 0.5
0.5 0.0 0.0
0.0 0.5 0.0
0.33333 0.66667 0.5
0.5 0.5 0.0
0.83333 0.66667 0.5 ------------前七行是O的位置
0.0 0.0 0.61766
0.33333 0.16667 0.11766
0.5 0.0 0.61766
0.83333 0.16667 0.11766
0.0 0.5 0.61766
0.33333 0.66667 0.11766
0.5 0.5 0.61766
0.83333 0.66667 0.11766 -----------这八行是Zn的位置
0.83333 0.16667 0.5 -------------最后是掺杂元素N的位置(在POTCAR中已设置为O-Zn-N 的顺序)
////////////////////////////////////////////////////+
过一段时间我作掺杂计算的时候会有很大用途!
引用--vasp 学习笔记POTCAR 的建立
2008-08-24 16:35:16| 分类:默认分类| 标签:|字号大中小订阅
vasp 学习笔记POTCAR 的建立
POTCAR将要告诉vasp计算的系统中所包含的各种元素的赝势pesudopotential,vasp本身就带有比较完善的赝势包,我们需要做的就是选择我们需要具体哪种赝势,然后把相应的文件拷贝形成我们具体的POTCAR文件。
我们以GaAs为例。
1.赝势的选择:
vasp的赝势文件放在目录~/vasp/potentials 下,可以看到该目录又包含五个子目录
pot pot_GGA potpaw potpaw_GGA potpaw_PBE ,其中每一个子目录对应一种赝势形式。
赝势按产生方法可以分为PP (standard pesudopotential,其中大部分是USPP, ultrasoft pesudopotential) 和PAW (projector augmented wave method)。
按交换关联函数的不同又可以有LDA (local density approximation) 和GGA (generalized gradient approximation),其中GGA之下又可以再分为PW91和PBE。
以上各个目录对应起来分别是pot ==> PP, LDA ; pot_GGA ==> PP, GGA ; potpaw ==> PAW, LDA ; potpaw_GGA ==> PAW, GGA, PW91 ; potpaw_PBE ==> PAW , GGA, PBE。
选择某个目录进去,我们还会发现对应每种元素往往还会有多种赝势存在。
这是因为根据对截断能量的选取不同还可以分为
Ga,Ga_s,Ga_h,或者根据半芯态的不同还可以分为Ga,Ga_sv,Ga_pv的不同。
一般推荐选取PAW_PBE。
其中各个元素具体推荐哪种形式的赝势可以参考vasp workshop中有关赝势部分的ppt。
当然自己能测试之后在选择是最好不过的了,以后再聊。
2.POTCAR的建立:
选好哪一种赝势之后,进入对应的目录,你会看到里边有这么几个文件,
POTCAR.Z PSCTR.Z V_RHFIN.Z WS_FTP.LOG 。
我们需要的是第一个。
把它解压,如zcat POTCAR.Z > Ga 。
对As元素我们也可以类似得到一个As文件。
用cp 命令或者mv 命令把这两个文件都移到我们的工作目录里。
然后再用cat 命令把这两个文件合并在一起,如cat Ga As > POTCAR ,这样就得到了我们需要的POTCAR。
同理,有多个元素的POTCAR也可以这样产生。
这里需要注意的是,记住元素的排列顺序,以后在POSCAR里各个元素的排列就是按着这里来的。
3.POTCAR里的信息:
如果你想看POTCAR长什么样,可以用vim POTCAR 命令,进去后可以用上下键移动光标。
想出来的时候,可以敲入:q!就可以。
具体的vim的命令可以在网上查到。
一般我会看POTCAR里的截断能量为多大,用grep -in "enmax" POTCAR 。
好运。