vasp并行总结 安装

在万全R630上用ifort9.1/pgf90-libgoto-mpich2编译并行版vasp纪要一、准备文件1、PGI-6.0（有正版lisence的）/ 非商业版的intel fortran 9.1.0432、GotoBLAS-1.26.tar.gz3、mpich2-1.0.8.tar.gz4、vasp代码：vasp.4.6.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz二、安装PGI/intel fortran安装完注意在用户目录下.bashrc中设置环境变量（类似以下内容）#pgi fortran compiler#export PGI=/usr/pgi/#export PATH=$PGI/linux86-64/6.0/bin:$PATH#export MANPATH=$MANPATH:$PGI/linux86-64/6.0/man/man1#export LM_LICENSE_FILE=$PGI/license.dat#mpich2-ifortexport PA TH=/usr/local/mpich2-ifort/bin:$PATH#mpich2#export PATH=/usr/local/mpich2/bin:$PA TH#mpich#export PATH=/usr/local/mpich/bin:$PATH#rshrsh=/usr/bin/rsh#intel fortran compilerexport PA TH=/opt/intel/fce/9.1.043/bin:$PATHLD_LIBRARY_PA TH="/opt/intel/fce/9.1.043/lib:$LD_LIBRARY_PA TH"export LD_LIBRARY_PA THexport FC=ifort三、安装GotoBLAS修改Makefile.rule、和detect./quickinstall.64bit四、安装mpich2export FC=pgf90./configure –prefix=/usr/local/mpich2make && make install五、编译vasp1、编译库$cd vasp4.lib$cp makefile.linux_pg makefile$make2、生成vasp$cd vasp.4.6$cp makefile.linux_pg makefile 修改makefile（见附件）FC=BLAS=LAPACK=等。

intel fortran9.1.036 安装过程Intel Fortran Compiler这个编译器性能极佳，它在x86 和Itanium 级Linux 主机上会有光明的未来，因为Intel 的编译器组整合了曾在DEC、Compaq 和HP 确立声誉的工程团队。

它的发行版有Windows和Linux两种，这2种都分别提供Non-Commercial版免费下载，但不提供技术支持。

而性能则与商业版相同。

其中Windows版需要Visual Studio的支持才可以使用。

以下是整个的安装过程。

1、登陆intel网站下载Non-commercial版。

登陆/software/products/global/eval.htm ，选择Intel? Fortran Compiler for Linux* 下的第二项Non-Commercial Unsupported Version 点击进入。

或者直接登陆/software/products/compilers/flin/noncom.htm，简单的看一下说明，整个下载过程需要好几步，可以慢慢来进行，首先点击“Continue”按钮进入下一页；第二页有个调查表，填好之后进入下一页；第二页有个调查表，填好之后进入下一页；第三页是软件协议页面，可以粗略看一下，选择“Accept”进入下一页；第四页是注册页面，其中Email栏一定要填好，填写之后选择“Submit”进入下一页；这是最后一页，说明已经注册成功，intel会给你发一封电子邮件，并且其中包含一个协议附件。

剩下的工作是收取邮件，然后根据邮件中提供的地址下载软件即可。

我这里下载的软件是l_fc_p_9.1.036.tar.gz，大约130M，另外把邮件中的附件另存在刚才下载的软件的同一目录下，我这里的文件名是l_for_******.lic，每个人的文件名可能不同，它是一个协议文件。

下来以root用户进行以下的安装工作，假设前面的2个文件存放在/usr/src/intel目录下，这也是我们的工作目录：2、解压安装文件tar xzvf l_fc_p_9.1.036.tar.gz3、安装并指定协议，我们这里编译器的是安装在/opt/intel_fc_91目录下，协议则在该目录下的*s 文件夹中。

采用IFC编译器，MKL数据库对V ASP编译的过程1．准备系统为Open suse linux-10.3 x86-64或Open suse linux-11.0 x86-64V ASP源代码（vasp.4.6.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz）,mkl数据库（l_mkl_p_9.1.023.tar),ifc 编译器（l_fc__pl_9.1.036.tar.gz）。

我们将以上安装所需文件都放在/root/vasp目录下并解压2．Ifc编译器安装先解压tar –zxvf l_fc_c_9.1.036.tar.gz 得到l_fc_c_9.1.036.文件夹进入l_fc__pl_9.1.036文件夹找到install.sh文件执行./install.sh开始安装ifc，安装过程都选用默认的路径(/opt/intel/fc/9.1.036)安装安装完毕，进入/opt/intel/fce/9.1.036/bin目录执行cp ifort /binifc安装完成3．mkl的安装进入l_mkl_p_9.1.023.tar所在目录tar –zxvf l_mkl_p_9.1.023.tar进入解压得到的目录l_mkl_p_9.1.023进入install文件夹，可以看到一个可执行的文件install./install.sh默认安装即可，默认目录为/opt/intel/mkl/9.1.023二、安装MPICH2(在节点root目录下)1、解压缩#tar -zxvf mpich2-1.0.1.tar.gz或者#gunzip -c mpich2-1.0.1.tar.gz|tar xf mpich2-1.0.1.tar2、创建安装目录#mkdir /usr/MPICH-instsll3、进入mpich2解压目录#cd mpich2-1.0.14、默认安装目录#./configure5、编译#make6、安装#make install7、退出到root目录#cd ..8、通过编辑.bashrc文件修改环境变量#vi .bashrc修改后的.bashrc文件如下：8．设置环境变量编辑root下的.bashrc# .bashrc# User specific aliases and functionsalias rm='rm -i'alias cp='cp -i'alias mv='mv -i'PATH="$PATH:/usr/local/bin" （安装mpich2要添加的路径）# Source global definitionsif [ -f /etc/bashrc ]; then. /etc/bashrcfiexport LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/mkl/9.1.023/lib/em64t:/opt/intel/fce/9.1.036/lib. /opt/intel/fce/9.1.036/bin/ifortvars.sh （新添加路径）export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/mkl/9.1.023/lib/em64t （新添加路径）9、测试环境变量设置#which mpd#which mpicc#which mpiexec#which mpirun#which mpif9010、修改/etc/mpd.conf文件，添加内容为secretword=myword#vi /etc/mpd.conf添加secretword=myword设置文件读取权限和修改时间#touch /etc/mpd.conf#chmod 600 /etc/mpd.conf1、本地测试#mpd & 启动#mpdtrace 观看启动机器#mpdallexit 退出三。

VASP安装说明（简单易懂）1．安装linux由于不熟悉linux的操作，所以很多问题无法解决，所以直接在windows下面安装了虚拟机然后安装linux操作系统。

(1) 虚拟机的安装我所使用的是VMware，安装过程同普通的windows下软件的安装。

下载地址：www．或者www．(2) VMware配置linux，过程如下：a)选择File菜单下的“New Virtual Machine”出现新虚拟机向导后单击“下一步”选择“Typical”典型安装。

b)再单击“下一步”，在选择操作系统界面的“Guest Operation System”中选择“Linux”，然后单击Version对应的下拉菜单选择具体的Linux 版本，此处我选择的是“RedHat Linux”。

c)单击“下一步”进入安装目录选择界面。

该界面上面的文本框是系统的名字，保持默认值即可，下面的文本框需要选择虚拟机操作系统的安装位置。

d)根据需要选择好后，单击“下一步”按钮，出现设置虚拟机内存大小的界面。

Linux9．O对内存的要求是：文本模式至少需要64MB；图形化模式至少需要128MB，推荐使用192MB。

我选择的是192MB。

e)单击“下一步”按钮进入网络连接方式选择界面。

VMware有四种网络设置方式，一般来说，Bridged方式使虚拟机就像网络内一台独立的计算机一样，最为方便好用(四种连网方式的区别可参考VMware的有关资料)。

此处我选择Brided方式。

f)单击“下一步”按钮进入虚拟磁盘的设置界面。

这里有三种方式(Create a newvirtual disk、Use an existing virtual disk、Use a physical disk)可供选择、建议初学者选择“Create a new Virtual disk”，其含义是新建一个虚拟磁盘，该虚拟磁盘只是主机下的一个独立文件。

g)在“下一步”中设置磁盘大小。

debianlinux并行编译vasp4.6花了一天时间搞定debian并行编译vasp4.6，记下心得，供盟友指正也留以后备用。

单机4核，系统：debian linux 6.0 内核 2.6.32-5-686；编译器：l_cprof_p_11.1.073；数学库：intel mkl；并行软件：mpich2-1.4.1p1；傅里叶变换：libfftw3-dev libfftw3-doc;1. Install the ' build-essential' 'gfortran' software package# apt-install build-essential !autoinstall the build-essental, which have the command 'make,make clean, gfortran, f95' and so on.2. Install the intell Compiler (ifort)down load the correspnding pakage 'l_cprof_p_11.1.073.tgz' # tar xzvf l_cprof_p_11.1.073.tgzbut because the debian 5.0 own the gbilc library 'slibstdc++6' so the installation will display 'libstdc++.so.5: didn't find ' and break down,so# apt-get install libstdc++53. seting the envionment variables# vi ~/.bashrc and input the contents:GDK_NATIVE_WINDOWS=1source /opt/intel/Compiler/11.1/073/bin/ia32/ifortvars_ia32. shget out and save it;# vi /etc/profile and add:source /opt/intel/Compiler/11.1/073/bin/ifortvars.sh ia32get out and save it.! this source can run vasp in every usr.4. Install the MPI parallel environmentDownload the mpich2 source package from :/doc/f513657145.html,/research/proj ects/mpich2/downloads/index.php?s=downloads obtain the package 'mpich2-1.4.1p1.tar.gz'# tar xzvf mpich2-1.4.1p1.tar.gz# cd mpi*# env CC="gcc" C++="g++" F90="ifort" FC="ifort"# ./configure --prefix=/usr/local/mpich2-1.4.1p1/# make# make install# vi ~/.bashrc and add:PATH=/usr/local/mpich2-1.4.1p1./bin:$PATHexport PATHsave .bashrc and#source ~/.bashrcand check the mpi:# which mpif90# which mpirun# which mpiexec5. Install the fftw library# aptitude install libfftw3-dev libfftw3-doc! this can obtain a file 'libfftw3.a' in /usr/lib6. install vaspprepeare the vasp.4.6.tar.gz and vasp.4.lib.tar.gz and decompress it with tar xzvf # tar xzvf vasp.4.6.tar.gz# tar xzvf vasp.4.lib.tar.gz6.1 Go intothe vasp.4.lib/ and choose the makefile.linux_ifc_P4# cp makefile.linux_ifc_P4 makefile# vi makefile and moifiy the line:line 19: change the 'FC=ifc' to 'FC=ifort'get out and save.# makethis will obtain a file 'libdmy.a'# cd ..6.2 Go into the vasp.4.6# cp makefile.linux_ifc_P4 makefilevi makefile and changelist of change:line 50, 52 :add ＃ before $FC and FCLline 80-82: add # before frontline 88: change "FFLAGS = -FR -lowercase -assume byterecl' to "FFLAGS = -FR -lowercase -assume byterecl -I/opt/mpich2-1.4.1p1/include"line 102: change "OFLAG=-O3 -xW -tpp7" to "OFLAG=-O1"line 133: add BLAS=-L/opt/intel/Compiler/11.1/073/mkl/lib/32 -lmkl_intel -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lguide -lpthreadline 136: add # before 'BLAS'line 139: add # before "LAPACK''line 140: add LAPACK=-L/opt/intel/Compiler/11.1/073/mkl/lib/32 -lmkl_lapack line 201 : old #FC=mpif77new FC=mpif90line 202 : old #FCL=$(FC)new FCL=$(FC)line 211-214: remove the # before the CPPline 241: remove the # before FFT3D and chane the last words old '/opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a'new ' /usr/lib/libfftw3.aline 343 : remove the option '-e95' ; get out and save it# makewill generate commond 'vasp'# cp vasp /usr/bin# source /etc/profilecan use vasp in every user. congratulation!。

VASP计算的理论及实践总结一、赝势的选取二、收敛测试1、VASP测试截断能和K 点2、MS测试三、结构弛豫四、VASP的使用流程（计算性质)1、VASP的四个输入文件的设置2、输出文件的查看及指令3、计算单电能（1）测试截断能（2) 测试K点4、进行结构优化5、计算弹性常数6、一些常用指令一、赝势的选取VASP赝势库中分为：PP和PAW两种势，PP又分为SP（标准）和USPP（超软）。

交换关联函数分为：LDA(局域密度近似)和GGA（广义梯度近似）。

GGA又分为PW91和PBE.在VASP中，其中pot ,pot—gga是属于超软势（使用较少）。

Paw，paw—pbe ,和paw-gga 是属于PAW.采用较多的是PAW-pbe 和PAW—gga。

此外vasp 中的赝势分为几种，包扩标准赝势（没有下标的）、还有硬(harder）赝势（_h）、软（softer）赝势(_s), 所谓的硬（难以赝化),就是指该元素原子的截断动能比较大，假想的势能与实际比较接近，计算得到的结果准确，但比较耗时，难以收敛。

软（容易赝化）,表示该元素原子的截断动能比较小，赝势模型比较粗糙，但相对简单，可以使计算很快收敛（比如VASP 开发的超软赝势)。

即硬的赝势精度高,但计算耗时。

软的精度低，容易收敛，但节省计算时间。

另一种情况：如Gd_3,这是把f电子放入核内处理，对于Gd来说，f电子恰好半满。

所以把f电子作为价电子处理的赝势还是蛮好的（类似还有Lu,全满）。

（相对其他的4f元素来说，至于把f电子作为芯内处理,是以前对4f元素的通用做法。

计算结果挺好)常用的做法是：用两种赝势测试一下对自己所关心的问题的影响情况。

在影响不大的情况下,选用不含4f电子的赝势（即后缀是3)，一来减少计算量，二来避免DFT对4f电子的处理。

【1.赝势的选择：vasp的赝势文件放在目录～/vasp/potentials 下，可以看到该目录又包含五个子目录pot pot_GGA potpaw potpaw_GGA potpaw_PBE ，其中每一个子目录对应一种赝势形式。

如何在64位Red Hat 5.2 Enterprise linux下安装V ASP一安装linux系统采用的系统是64位Red Hat 5.2 Enterprise linux，两个CPU 8核，内存12 G 。

利用光盘安装，进入安装界面直接回车安装系统这里跳过光盘检测“Next” 开始安装选择语言“English”选择美国英语式键盘这项可以选择输入序列号，也可以选跳过（不输入序列号），然后单击Next。

因为我们想装双系统，原来已经有window 7系统，所以选择自定义安装，Create custom layout，接下来单击“Next”。

根据需要创建分区：基本分三个区/boot区（ext3），/区（ext3），swap 区。

这里直接下一步修改主机名（例如linux也可以不修改），这里我们是单机运行，所以没有配置网关和DNS。

选择时区输入“root”密码这里我们选择Software Development ，如果前面没有注册的话，这里可能没有Virtualization这一项。

如果你想选择你需要的软件的包，那就选择Customize now，我们选择Customize later这一项，一般按默认安装就已经能满足我们的需要。

选择“Next”开始安装程序安装完成后，光盘弹出，重启系统。

系统安装完成后，安装vasp 需要以下的安装软件：编译器和数学库，我们选择intel 的，编译器和数学库是在一起的；fftw （傅里叶变换）；vasp 库和vasp 源代码；vasp 所需的赝势库；mpi 并行包。

这些软件放在指定的目录里：/home/film/yanghua/。

在这个目录下，分别建立四个文件夹ifort ，fftw ，mpich2，vasp ，将这些软件对应放入各自的文件夹。

二 安装intel 编译器和数学库首先进入压缩包所放的目录/home/film/yanghua/ifort （目录可以更改）下，在此目录下打开一个终端，输入命令：解压 tar –zxvf l_fcompxe_intel64_2011.4.191.tgz 进入安装包 cd l_fcompxe_intel64_2011.4.191 安装 ./install.sh 回车选择 1 view the license agreement 一直敲空格读完输入： accept 回车选择 3 alternative activation*****necessary 选择 2use a licensefile输入ifc.lic 文件所在的全路径，到文件。

1. 采用Centos 6.4光盘安装系统。

安装系统时，将有如下几个配置可供先择：(1) Desktop, (2) Minimal Desktop, (3)Minimal, (4) Basic Server, (5) Database Server, (6) Web Sever, (7) Virtual Host, (8) Software Development Workstation。

任选一个选项即可。

选择一个选项后，对系统进行配置。

语言配置只选英语。

除语言配置外，其余所有配置全部选上。

选上所有其它配置之原因，是使系统文件更全面，以减少后续安装软件时由于软件依赖所带来的麻烦。

所有安装软件都在/home 目录下。

安装目录可以任意，但在/home目录下容易管理。

为使安装软件时拥有最大的系统操作权限，用root 身份安装。

2. 安装Python。

版本为Python-2.5.2。

在/home 下建Python文件夹，则安装命令如下：# tar –jxvf Python-2.5.2.tar.bz2 ’解压# cd Python-2.5.2 ’进入解压后的文件目录# ./configure ’配置文件，不要指定路径，直接覆盖# make ’编译# make install ’安装检测是否安装成功：在任意目录下的命令行输入python，如果出现python的解析器，则表示已正确安装，如未出现，则未正确安装，需重新安装。

安装Python是为了系统能够识别后续将要安装的mpich 编译器。

3. GCC编译器采用Centos 6.4系统自带的即可，不用安装。

对于Centos 6.4 系统，安装系统时，除语言配置外，如果选择了其余全部系统配置软件，并且第2步已正确安装Python 的话，安装完Python时，在命令行输入python以检验是否安装成功时，如果Python已安装成功，则可同时显示Python和与之本匹配的GCC版本信息。

简单组建linux 集群及并行编译vasp 过程我们现在主要是用做高性能计算，下面就是我的集群的组建过程。

集群的硬件环境：做一个集群，节点机器的硬件最好相同，这样计算的效率就会高很多，同时组建集群也相对容易。

以下是我的机器的配置情况（全新，组装）另外要说的是，我们的节点机没有配置显示器，全部工作由服务器完成。

连接就是通过交换机连接，和一般局域网连接相同。

服务器：P4 3.2 ,内存2 G，硬盘:160G，显示器，网卡：2个千兆网卡（money 8 千多）节点（10台）：P4 3.2 ，内存： 2 G，硬盘：80G ，网卡：千兆网卡（5 千多每台）华为24 口千兆交换机（ 4 千多）集群软件环境：建一个简单的集群，其实并不难，主要配置nis ，nfs ，rsh ，mpi 就好了。

推荐大家看一本书《微机集群组建、优化和管理》车静光著，机械工业出版社。

我的集群，采用suse9.3 ，操作系统其实也很重要，这次试了很多操作系统，redhat9 ，rhas4 无法识别网卡，rocks 无法安装，如果硬件没有什么问题，建议大家可以试下rocks cluster 这个集群系统，rocks 集操作系统和集群于一体，安装完成并行环境就已经建立，而且还配备了pbs 管理软件，非常简单，容易上手，只是我的硬件不太兼容，本来是想装rocks 的，无奈，只有自己动手了。

Suse配置nis , nfs非常简单，因为suse强大的yast，就像window 一样方便，只要鼠标轻点几下就ok。

1．Linux 系统的安装，suse 安装也非常简单，在此不想详细讲太多，主要是在分区的时候要注意，最要自己手动分区，对于服务器来说，最好能分一个独立的分区/home，因为节点机器要通过nfs共享服务器的/home。

注意的是一下几个软件包一定要安装nfs （nfs －utils ），nis （ypbind ），rsh （rsh －server ）。

VASP5.2安装心得2014-05-07 来源：小木虫作者： yysskk花了五天时间终于学会怎么装VASP了，在此写下心得体会，供后人参考。

个人觉得最难的一步就是makefile文件，网上流传着各种各样的版本，每个人都说自己编译成功了，却又各不相同，也说不清为什么，给新手极大的困扰。

在此会详细介绍makefile的文件结构。

其余大部分内容都是参考前人的，就不一一注明出处了。

一、系统、编译程序及准备工作我用的是centos6.5+icc2011+ifort2011+openmpi1.6.51.1编译器安装系统安装不说了，网上教程多得是。

Icc和ifort可以申请免费非商业版本，icc和ifort都各自带了一个MKL，使用的时候别搞混了。

装2011的时候会缺组件，用yum都可以免费下载。

装编译器的时候会要求关闭selinux，按照给出的步骤关闭即可。

之后会说系统不兼容，但是可以继续装，默认安装路径是在/opt下面。

装完之后会有提示，把安装目录/bin/ifortvars.sh 写到环境变量中，注意32/64位系统的参数不一样。

C语言编译器建议用icc，毕竟是intel出品，针对自家cpu肯定有大量优化，效率上高于gcc是肯定的。

这是装完之后的提示：For csh/tcsh:$ source install-dir/bin/compilervars.csh intel64For bash:$ source install-dir/bin/compilervars.sh intel64To invoke the installed compilers:For C++: icpcFor C: iccFor Fortran: ifort之后重启或者重新登录，输入# which icc/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.10.319/bin/intel64/icc# which ifort/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/intel64/ifort能找到路径说明安装对了，然后再开始下一步，安装openmpi1.2 openmpi安装我在这里吃过很大的亏，所以单独拿出来讲。

王晶晶第一步准备VASP相关安装包●intel fortran xe 2013 for linux(parallel_studio_xe_2013_update2.tgz及授权文件) ●openmpi-1.8.5.tar.gz●fftw-3.3.4.tar.gz●GotoBlas2-1.13.tar.gz●Vasp5.3.5.tar.gz第二步系统环境包安装以ubuntu为例，下述软件自行安装●sudo apt-get install build-essential●sudo apt-get install gcc-multilib●sudo apt-get install libstdc++5●sudo apt-get install openjdk-6-jre-headless第三步安装inter fortran compiler 20131.默认解压所有安装包到用户目录cd ～/software2.解压：tar –zxvf parallel_studio_xe_2013_update2.tgz3.cd parallel_studio_xe_2013_update2/4.执行./install.sh，出现安装信息，根据以下几步操作5.6.7.8.9.10.11.12.13.14.1、vi ~/.bashrc 在最后插入source /opt/intel/bin/ifortvars.sh intel64source /opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/bin/mklvars.sh intel64 (如果是32位机，intel64替换为ia32)2、source ～/.bashrc[验证：输入which ifort显示路径则为成功]第四步安装fftw（奔腾4以上机子可以提速，具体请自行测试；这里提供安装方法，也可不用，vasp 中已包含fft)1.下载/2.解压：tar –zxvf fftw-3.3.4.tar.gz3.cd fftw-3.3.4/4../configure --prefix=~/software/fftw (fftw目录需要提前建立)5.make6.make install参考：http://wangzongguo122.blog.163.c ... 122012111393011404//Linux/2007-04/3529p2.htm第五步安装openmpi1.下载/software/ompi/v1.8/2.解压tar –zxvf openmpi-1.8.5.tar.gz3.cd openmpi-1.8.5/4../configure --prefix=/home/wjj/software/openmpi CC=icc CXX=icpc F77=ifortFC=ifort（若不加 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort ，则用gcc编译）（openmpi目录需要提前创建）5.make all install设置环境变量1.vi ~/.bashrc2.在最后加入以下内容export PATH=$PATH:/home/wjj/software/openmpi/binexport LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/wjj/sofware/openmpi/lib export MANPAH=$MANPATH:/home/wjj/software/openmpi/share/man3.source ~/.bashrc检验：1.$echo $PATH$echo $LD_LIBRARY_PATH结果中显示有刚才的bin和lib路径则为配置成功2.which mpirun 显示路径则成功3.切换到普通账户，以免提示root账户会修改系统文件的问题cd /home/wjj/software/ openmpi-1.8.5/examplesmakempirun -np 2 hello_c （2为双核）应出现：Hello, world, I am 0 of 2Hello, world, I am 1 of 2参考：/s/blog_8f86de6b0101ayav.html第六步安装GotoBLAS21.解压：tar -zxvf GotoBLAS2-1.13.tar.gz2.进入目录执行：./quickbuild.64bit3.若出现如下：../kernel/x86_64/gemm_ncopy_4.S:192: Error: undefined symbol`RPREFETCHSIZE' in operation../kernel/x86_64/gemm_ncopy_4.S:193: Error: undefined symbol`RPREFETCHSIZE' in operation../kernel/x86_64/gemm_ncopy_4.S:194: Error: undefined symbol`RPREFETCHSIZE' in operation../kernel/x86_64/gemm_ncopy_4.S:195: Error: undefined symbol`RPREFETCHSIZE' in operation则执行：gmake cleanmake BINARY=64 TARGET=NEHALEM出现以上错误的原因为，cpu太新，配置文件不识别，需要重新指定一下CPU类型第七步安装vasp5.3.51.解压tar –zxvf vasp5.3.5.tar.gz得到vasp5.3.5和vasp5.lib文件夹2.cd vasp5.lib/3.修改makefile.linux_ifc_P4FC=ifc 改为 FC=ifortFFLAGS = -O0 -FI 改为 FFLAGS = -O2 –FI4.cp makefile.linux_ifc_P4 makefile5.make（成功应生成libdmy.a)6.cd vasp5.3.5/7.修改makefile.linux_ifc_P4FC=ifortOFLAG=-O2 –xHostBLAS= -L/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.11.339/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_sequential –lpthreadLAPACK= $(MKL_PATH)/libmkl_intel_lp64.aFC=mpif90去掉以下代码的#CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \-DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc \-DMPI_BLOCK=8000 -Duse_collective -DscaLAPACK -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMVBLAS= /opt/GotoBLAS2/libgoto2.aLAPACK= -L/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_sequential -lpthreadSCA= /opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/intel64/libmkl_scalapack_lp64.a /opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/intel64/libmkl_blacs_openmpi_lp64.a8.若用vasp自带的fft: FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dfurth.o fft3dlib.o若用fftw:FF3D=fftmpi.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o/home/wjj/software/fftw/lib/libfftw3.a9.把fftw-3.3.4/api/fftw3.f拷贝到VASP.5.3.5文件夹下10.在vasp5.3.5目录中， cp makefile.linux_ifc_P4 makefile11.make（成功应生成名为 vasp 的可执行程序)安装完成…。

vasp5.3.5安装教程制作者：甄江苏（湘潭大学材料科学与工程学院）1.安装Intel编译器：。

然后添加环境变量，在/etc/profile文件中最下面插入：source /opt/intel/composer_xe_2015.2.164/bin/ifortvars.sh intel64source /opt/intel/composer_xe_2015.2.164/mkl/bin/mklvars.sh intel64然后在终端执行：[root]# source /etc/profile这里提供的安装包会把其他的Intel的组件包括并行编译器也安装上，但是后面不用它的mpirun这个命令，而是用mpich的mpirun命令，所以进入/opt/intel/composer_xe_2015.2.164/文件夹，把文件夹mpirt改名，让它的路径失效，比如改成mpirt11111。

此外，安装完后后，最好把licence文件放到安装目录里，Intel编译器指定的license 存放目录之一是/opt/intel/composer_xe_2015.2.164/license/这个文件夹，这个文件夹要自己新建，然后把license文件拷贝进去即可，不然的话，对于共享此软件的其他节点来说，会找不到license。

然后进入/opt/intel/composer_xe_2015.2.164/mkl/interfaces/fftw3xf/文件夹，执行：[root]# make libintel64将会生成一个名为libfftw3xf_intel.a的静态库文件，用于后面vasp的链接。

2.安装openmpi：(openmpi总是出问题，无法多节点并行，原因不明，所以建议用后面的mpich)进入openmpi解压目录，执行：[root]# ./configure --prefix=/opt/openmpi CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort[root]# make all install然后添加环境变量，在/etc/profile中添加：export PATH=$PATH:/opt/openmpi/binexport LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi/libexport MANPATH=$MANPATH:/opt/openmpi/share/man然后在终端执行：[root]# source /etc/profile3.安装mpich3:将mpich3压缩包解压，然后进入，执行：[root]# ./configure --prefix=/opt/mpich3 --enable-fortran=all --enable-cxxF77=ifort FC=ifort FCFLAGS="-O2 -xHost"FFLAGS="-O2 -xHost"\CC=icc CXX=icpc CFLAGS="-O2 –xHost" CXXFLAGS="-O2 -xHost"\ --enable-threads=multiple --enable-fast=all --enable-mpit-pvars=all [root]# make -j 8[root]# make install然后添加环境变量：export PATH=$PATH:/opt/mpich3/binexport LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/ mpich3/lib然后在终端执行：[root]# source /etc/profile注意，安装完并行库(不论是openmpi还是mpich)后，都要设置一下：在/etc/目录中新建一个名为mpd.conf的文本文件，在里面填写上：MPD_SECRETWORD=mr45-j9z然后保存退出，给这个文件加上权限：[root]# chmod 600 /etc/mpd.conf4.安装vasp（包含NEB）将vasp的两个压缩包放到一个文件夹中(比如命名为V ASP_Install)，并将这两个压缩包解压，会得到名为vasp.5.3和vasp.5.lib两个目录，然后进入vasp.5.lib文件夹中，找到名为makefile.linux_ifc_P4的文件，打开修改：将“FC=ifc”改为“FC=ifort”，然后保存退出，并在终端执行：[root]# make -f makefile.linux_ifc_P4这将会生成一个名为libdmy.a的文件然后编译vasp主文件首先进入网站：/vtsttools/download.html下载两个VTST相关的压缩包(下图显示的两个)然后解压或者直接在终端执行：svn co /svn/vtsttools这将会直接将这两个文件的解压版本和另外一个doc文件夹下载到linux本地的vtsttools文件夹下然后将vtstcode目录中的所有文件拷贝到vasp.5.3目录中，如果有覆盖情况，则选择覆盖修改vasp.5.3目录中的main.F文件，定位到文件中“CHAIN_FORCE”这行，在“LATT_CUR%A”前面加上“TSIF, ”如图所示：然后保存退出。

VASP 计算过程中遇到的问题总结01、第一原理计算的一些心得（1）第一性原理其实是包括基于密度泛函的从头算和基于Hartree-Fock自洽计算的从头算，前者以电子密度作为基本变量（霍亨伯格-科洪定理），通过求解Kohn-Sham方程，迭代自洽得到体系的基态电子密度，然后求体系的基态性质；后者则通过自洽求解Hartree-Fock 方程，获得体系的波函数，求基态性质；评述：K-S方程的计算水平达到了H-F水平，同时还考虑了电子间的交换关联作用。

（2）关于DFT中密度泛函的Functional，其实是交换关联泛函包括LDA，GGA，杂化泛函等等一般LDA为局域密度近似，在空间某点用均匀电子气密度作为交换关联泛函的唯一变量，多数为参数化的CA-PZ方案；GGA为广义梯度近似，不仅将电子密度作为交换关联泛函的变量，也考虑了密度的梯度为变量，包括PBE,PW,RPBE等方案，BLYP泛函也属于GGA；此外还有一些杂化泛函，B3LYP等。

（3）关于赝势在处理计算体系中原子的电子态时，有两种方法，一种是考虑所有电子，叫做全电子法，比如WIEN2K中的FLAPW方法(线性缀加平面波)；此外还有一种方法是只考虑价电子，而把芯电子和原子核构成离子实放在一起考虑，即赝势法，一般赝势法是选取一个截断半径，截断半径以内，波函数变化较平滑，和真实的不同，截断半径以外则和真实情况相同，而且赝势法得到的能量本征值和全电子法应该相同。

赝势包括模守恒和超软，模守恒较硬，一般需要较大的截断能，超软势则可以用较小的截断能即可。

另外，模守恒势的散射特性和全电子相同，因此一般红外，拉曼等光谱的计算需要用模守恒势。

赝势的测试标准应是赝势与全电子法计算结果的匹配度，而不是赝势与实验结果的匹配度，因为和实验结果的匹配可能是偶然的。

（4）关于收敛测试（a）Ecut，也就是截断能，一般情况下，总能相对于不同Ecut做计算，当Ecut增大时总能变化不明显了即可；然而，在需要考虑体系应力时，还需对应力进行收敛测试，而且应力相对于Ecut的收敛要比总能更为苛刻，也就是某个截断能下总能已经收敛了，但应力未必收敛。

并行64位vasp 5.2安装过程+ ifort +intel MKL+ openmpi前前后后折腾了半个月，总算把vasp安装到了自己的电脑里。

很多内容是从网上百度到的，所以我认为有必要写个总结和大家分享。

当然这一个月自己并没有全心投入到安装vasp上边，有空的时候就安装一下试试，没时间就把它扔一边去了。

我在这里只讲一种安装方法，自己网上百度了很多安装教程，感觉方法越多对初学者看了越迷茫，不清楚该先干什么，好多安装教程写的顺利也很混乱。

新手的话，首先要补充些linux的基础知识，如果你打算用vasp做研究，估计都多少学了一点linux 了，什么是linux就不介绍了。

下面我以CentOS-6.5- x86-64在Intel（R）Core（TM）i3-2100 CPU@3.10GHz电脑上的安装为例（ThinkPadx200 900元在二手电脑市场淘的）。

CentOS的安装过程和windows差不多，一路下一步（或Next）基本就ok了，在您要进行哪种类型的安装？你如果是第一次安装，是新硬盘的话可以选使用所有空间，并勾选下边的查看并修改分区布局，然后下一步，你可以看下大概的分区情况，在CentOS 的默认安装是基本服务器安装。

如果对Linux不太熟的话，最好选择软件开发工作站(或Software Development Workstation），这样基本上把要用的软件都安装上了，然后再选上下边的现在自定义(或Customize now)，再下一步，然后把所有能选上的软件都选上，再一路下一步。

安装完以后，创建一个非root用户，比如创建一个phy用户，root和phy用户密码设的简单一些比较好，别一会儿你自己都忘了，当然将来你自己真正组建集群用于计算的时候再设置复杂一些，这样可以提高系统的安全性。

Linux下解压文件经常用的是：tar zxvf xxxx.tar.gz；（xxxx表示文件或文件夹名）创建一个文件夹用命令：mkdir xxxx；如果创建的是文件，比如创建openmpi.sh文件，就用命令：touch openmpi.sh；编辑文件用vi或vim命令；暗转rpm包一类的软件用如下的各式：rpm -ivh libstdc++-4.4.7-4.el6.i686.rpm更改文件或文件夹的读取权限，一般是root的权限最大，可以先切换到root下，用命令chmod 777 xxxx 更改；复制命令用cp；移动文件用mv；删除文件用rm –rf xxxx；这些命令都是网上百度的，如果不清楚怎么用或用什么命令可以百度一下你用做的事情，一般都会给出比较满意的答案。

简单组建linux集群及并行编译vasp过程我们现在主要是用做高性能计算，下面就是我的集群的组建过程。

集群的硬件环境：做一个集群，节点机器的硬件最好相同，这样计算的效率就会高很多，同时组建集群也相对容易。

以下是我的机器的配置情况（全新，组装）另外要说的是，我们的节点机没有配置显示器，全部工作由服务器完成。

连接就是通过交换机连接，和一般局域网连接相同。

服务器：P4 3.2，内存2 G ，硬盘：160G ，显示器，网卡：2个千兆网卡（money：8千多）节点（10台）： P4 3.2，内存：2 G，硬盘：80G ，网卡：千兆网卡（5千多每台）华为24口千兆交换机（4千多）集群软件环境：建一个简单的集群，其实并不难，主要配置nis，nfs，rsh，mpi 就好了。

推荐大家看一本书《微机集群组建、优化和管理》车静光著，机械工业出版社。

我的集群，采用suse9.3，操作系统其实也很重要，这次试了很多操作系统，redhat9，rhas4无法识别网卡，rocks无法安装，如果硬件没有什么问题，建议大家可以试下rocks cluster这个集群系统，rocks集操作系统和集群于一体，安装完成并行环境就已经建立，而且还配备了pbs管理软件，非常简单，容易上手，只是我的硬件不太兼容，本来是想装rocks的，无奈，只有自己动手了。

Suse配置nis，nfs非常简单，因为suse强大的yast，就像window一样方便，只要鼠标轻点几下就ok。

1．Linux系统的安装，suse安装也非常简单，在此不想详细讲太多，主要是在分区的时候要注意，最要自己手动分区，对于服务器来说，最好能分一个独立的分区/home，因为节点机器要通过nfs共享服务器的/home。

注意的是一下几个软件包一定要安装nfs（nfs－utils），nis（ypbind），rsh（rsh－server）。

2．基本的网络配置（通过yast的网卡配置）服务器的：192.168.1.253 hostname：node0 域名：node0.cluster节点机器：192.168.1－192.168.1.10 hostname：node1－node10 域名：node*.cluser掩码：255.255.255.03.服务器的配置3.1．Nfs设置NFS（NetWork File System）是一种使用比较多的网络文件系统，它以它的安装容易，使用方便得到很多Linux爱好者的使用。