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Imageproplus的主要用途是分析测量图象。
1.基本操作2.AOI技巧3.AOI技巧续4.编制宏操作5.计数6.校正标尺7.几何测量8.图象分析策略9.其他有趣的功能10。
讨厌的光密度11.免疫组化光密度图片的测量12.免疫组化光密度图片的自动测量13.荧光照片的测量14.双染料染色照片的合成方法打开ipp后的界面是这样的，该从何处下手呢?这张照片中的黄色部分是免疫组化染色的阳性表达成分。
处理目标是通过测量图片中黄色部分的"黄"度来反映相应蛋白表达的的"量"。
对该图片进行观察，可以看到图片中主要有三种主要颜色，一是染成蓝色的细胞核，二是呈现出黄色的胞浆，三是细胞间的空隙区域，呈现出浅蓝色，是为背景。
所以首先要把图片中呈现黄色的区域给挑选出来，然后才是测量这些挑出来的区域的各种测量参数，如面积、平均半径、周长、光密度等等。
这部分需要挑出来进行测量的区域是我们最感兴趣的地方，叫作AOI(area of interest)。
AOI是IPP中最有用最重要的概念。
然而在选择AOI之前必须转换图象intensity格式。
校正光密度单位的操作要在打开第一张图片后立即进行。
将光密度单位设定为system之后就不必再对后面的每一张照片都进行光密度校正了。
在默认的intensity格式中，是图片灰度，越黑数值越小，越白数值越大。
而实际上我们测量的染色强度是光密度，染色越深，光密度值越大。
如果不进行光密度单位的转换，测量的数值将完全是错误的。
转换光密度单位的方法如下:点击:measure--carliberation--intensity，调出intensity校正窗口。
然后在窗口中点new 按纽，再点一下下面的std optical density选项，这时可以看到窗口中的直线变成了反向的曲线。
然后还要点一下最上面的system按纽。
最后点close关闭窗口。
这样就把程序系统的灰度单位转换成了光密度单位。
Welcome to Forum论坛首页 | 站内搜索 | 我的论坛 | 我的帐户 | 个人属性 | 退出登录标记已读 | 帖子收藏 | 我的简历 | 我要招聘 | 我的消息 | 论坛帮助» Welcome to Forum »计算机与医学、生物学软件»生物医学软件应用打印话题寄给朋友12手把手教你使用Imagepro-Plus(2.AOI技巧) [精华]hbchendl发贴: 958积分: 79得票: 32状态:离线2005-06-10 08:20在阅读这篇帖子之前，希望你看一下(1.入门/bbs/post/view?bid=10&id=3554359&sty=1&tpg=1&age=0)，尽管入门篇里说得极其简单，实际上根本就作不了实际工作，但那却是使用IPP的基本过程，利用以后我叙述的各种技巧，我们就可以按照这个过程准确地作出各种实际的图像分析测量了。
在IPP中，最有特色，最有用处的工具有两个。
一个就是我们已经看过的segmentation工具，另一个是irregular工具。
我们先看irregular工具。
这是一个用来描绘不规则孤立对象边界的工具。
图中一个个棕黄色形状是免疫组化染色的贴壁培养细胞，为了计算每个细胞的面积及蛋白表达，首先就是要选取每个细胞的边界线。
这就可以用到irregular工具了。
在工具栏上点一下那个不规则园形的按纽，就调出了irregular工具条。
hbchendl edited on 2005-06-12 18:42举报• 【公告】向我们的儿外科冯东川医师致敬！！2005-06-10 08:38中的魔棒呀。
将鼠标移至图中一个细胞的中间，光标就变成魔棒值为零。
（缩略图，点击图片链接看原图）2005-06-10 10:19（缩略图，点击图片链接看原图）举报• 国际著名遗传学家谈家桢院士迎来百岁华诞hbchendl发贴: 958积分: 79得票: 32状态:离线2005-06-10 11:35这个irregular工具还有另一个操作方式，在问号旁边有个trace按纽，点一下它，工具条就变成另一个样子了。
自从写了imagepro plus教学系列帖子“手把手教你使用IPP”以来，得到了不少好评。
前两天这个帖子又被人翻了出来，发现它的点击已经升到了一万二。
可见这个帖子还是有许多人看的。
甚至把Media Cybnetics公司的工程师给招来了。
他们才是真正的IPP高手，给了我很多指导，也教了我许多妙招。
无论是经常使用IPP还是第一次使用，如果需要分析测量一大批图片的话，都免不了要花费大量时间。
为了省时省力，最好是制作一个宏操作来完成那些枯燥的一下下点鼠标动作。
可是自己制作宏也是挺麻烦的。
如果能找到一个现成的宏来处理图片就能省事了。
在IPP 公司的网站上就有大量这样的通用的宏程序，macro。
Media Cybnetics公司的软件工程师注意到了很多人都在使用IPP测量免疫组化图片的光密度，也注意到了论坛上大家讨论的分析免疫组化图片的方法，于是他们给大家编制了一个macro，专门用来方便地进行免疫组化图片的分析，这可是专业水平的macro，真管用呀。
我近水楼台得到了一个试用版本，使用这个macro分析上百张免疫组化图片，不到一个小时就能全部搞定。
好东西要大家分享，再写一篇“手把手教你使用IPP"。
先把这个试用版本传给大家，正式版本则需到Media Cybnetics网站上下载。
>(待续)Pathology.scr (27.26k)当然，如果你对IPP一点也不了解，是使用不了这个macro的。
希望你看过了以前的手把手教你使用IPP的系列帖子。
> 特别是看过了第十一个关于免疫组化图片光密度测量的帖子（包括后面的跟帖）。
这个macro基本上就是根据这个分析方法来分析测量免疫组化图片的。
下载了这个macro后，首先用记事本打开这个文件，在第三十几行上找到这句话：Shell("c:\program files\microsoft office\office10\excel.exe") 然后到你自己的电脑上按照这个路径看看。
i m a g e-p r o-p l u s教程-CAL-FENGHAI.-(YICAI)-Company One1Image pro plus 教程1. 打开图片：打开软件双击图标，弹出窗口点击OK就行了。
进入软件，会弹出：直接叉掉。
打开图片点击工具栏第一的图标“open document”选择图片：界面变成这样：↓2. 设置标尺设置标尺点击”Measure”→Calibration(标度)→Spatial，弹出设置标尺的对话框（如下图）Spatial Calibration。
给标尺命名点击对话框右下角“From resolution”，见上图，将标尺命名为所选图片的名称，也可以点击“Name”右边的下拉箭头（见上图），选择已有的标尺（加入你的SEM图是5W倍的，而你之前处理过5W倍的图片，建立过5W倍的标尺，那么你就可以在下拉菜单里直接找出那个标尺）设置标尺长度点击“Image”，出现一个白色的标尺，见下图，和“Scaling”对话框，在“Scaling”对话框内输入1（对应图片的标尺是1um，如果你的图片标尺是100nm的话，此处应输入100）鼠标右键点击，将标尺拖到图片标尺的位置，见下图。
并调整标尺大小，使之与图片标尺一样大小。
在“Scaling”对话框内点击“OK”。
回到“Spatial Calibration”对话框。
设置标尺单位下面要设置标尺的单位。
因为我们选择的图片标尺是1um，这里我们要选择um 为单位。
点击“Spatial Calibration”对话框里的“Unit”下拉箭头，出现很多单位，其中um和nm是我们常用的。
如果你的标尺单位是nm，这里就要选择nm。
如下图所示：将标尺应用到图片上以上，我们设置好了标尺的长度和标尺单位，下面我们将标尺应用到我们的图片上面：在“Spatial Calibration”对话框点击“Apply”，再点击“Mark”，出现“Spatial Calibration Marker”对话框。
Image pro plus 教程1. 打开图片：1.1 打开软件双击图标，弹出窗口点击OK就行了。
进入软件，会弹出：直接叉掉。
1.2 打开图片点击工具栏第一的图标“open document”选择图片：界面变成这样：↓2. 设置标尺2.1 设置标尺点击”Measure”→Calibration(标度)→Spatial，弹出设置标尺的对话框（如下图）Spatial Calibration。
2.2 给标尺命名点击对话框右下角“From resolution”，见上图，将标尺命名为所选图片的名称，也可以点击“Name”右边的下拉箭头（见上图），选择已有的标尺（加入你的SEM图是5W倍的，而你之前处理过5W倍的图片，建立过5W倍的标尺，那么你就可以在下拉菜单里直接找出那个标尺）2.3 设置标尺长度点击“Image”，出现一个白色的标尺，见下图，和“Scaling”对话框，在“Scaling”对话框内输入1（对应图片的标尺是1um，如果你的图片标尺是100nm的话，此处应输入100）鼠标右键点击，将标尺拖到图片标尺的位置，见下图。
并调整标尺大小，使之与图片标尺一样大小。
在“Scaling”对话框内点击“OK”。
回到“Spatial Calibration”对话框。
2.4 设置标尺单位下面要设置标尺的单位。
因为我们选择的图片标尺是1um，这里我们要选择um为单位。
点击“Spatial Calibration”对话框里的“Unit”下拉箭头，出现很多单位，其中um和nm是我们常用的。
如果你的标尺单位是nm，这里就要选择nm。
如下图所示：2.5 将标尺应用到图片上以上，我们设置好了标尺的长度和标尺单位，下面我们将标尺应用到我们的图片上面：在“Spatial Calibration”对话框点击“Apply”，再点击“Mark”，出现“Spatial Calibration Marker”对话框。
如下图：Style：表示标尺样式，我一般用第一个。
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在IPP中，最有特色，最有用处的工具有两个。
一个就是我们已经看过的segmentation工具，另一个是irregular工具。
我们先看irregular工具。
这是一个用来描绘不规则孤立对象边界的工具。
图中一个个棕黄色形状是免疫组化染色的贴壁培养细胞，为了计算每个细胞的面积及蛋白表达，首先就是要选取每个细胞的边界线。
这就可以用到irregular工具了。
在工具栏上点一下那个不规则园形的按纽，就调出了irregular工具条。
hbchendl edited on 2005-06-12 18:42举报• 【公告】向我们的儿外科冯东川医师致敬！！2005-06-10 08:38中的魔棒呀。
将鼠标移至图中一个细胞的中间，光标就变成魔棒值为零。
（缩略图，点击图片链接看原图）2005-06-10 10:19（缩略图，点击图片链接看原图）举报• 国际著名遗传学家谈家桢院士迎来百岁华诞hbchendl发贴: 958积分: 79得票: 32状态:离线2005-06-10 11:35这个irregular工具还有另一个操作方式，在问号旁边有个trace按纽，点一下它，工具条就变成另一个样子了。
Image pro plus 教程 1.打开图片:i.i 打开软件 双击图标，弹出窗口进入软件，会弹出:Macro PlayerMacros ：S ar o chr on e &出CiuiitSmillJZslls MeasureSt&in 三CountAndClassifyM«&siur»Ir cnPh 陌全 EThraughfocusS e queue eM ®管Au t or a. di * graphSpr a cJc» tC ountD em oD^zciri pti (D«monstrati.Qn (naciras'L QPP旨Jv* Stop for ii£电厂 rsspo0 Shew g St ur tuj^Shftw Ovsrvi 旦吨 "■*■ ■■■■! ■■■■ ■■■■ ■■ ■■ ■*■ ■ ■■■«■■■■ IKI■■■■：■■Er^wss... F 如直接叉掉。
1.2打开图片点击工具栏第一的图标" ope n docume nt点击0K 就行了。
L —a-」选择图片:i£-n F S S-2.设置标尺2.1设置标尺点击” Measure'。
Calibration（标度）f Spatial ,弹出设置标尺的对话框（如下图）Spatial Calibrati on 。
2.2给标尺命名点击对话框右下角"From resolution ”，见上图，将标尺命名为所选图片的名称，也可以点击“Name”右边的下拉箭头（见上图），选择已有的标尺（加入你的SEM图是5W倍的，而你之前处理过5W倍的图片，建立过5W倍的标尺，那么你就可以在下拉菜单里直接找出那个标尺）Sp刖id O卜疝阳,■汀if2.3设置标尺长度点击"Image”，出现一个白色的标尺，见下图，和" Scali ng”对话框，在"Scali ng"对话框内输入1 （对应图片的标尺是1um，如果你的图片标尺是100nm的话，此处应输入100）sJEr■■LG . DkV IiE*10/11/201511311:20LO.orv LBD鼠标右键点击，将标尺拖到图片标尺的位置， 见下图。
Image pro plus 教程1. 打开图片：打开软件双击图标，弹出窗口点击OK就行了。
进入软件，会弹出：直接叉掉。
打开图片点击工具栏第一的图标“open document”选择图片：界面变成这样：↓2. 设置标尺设置标尺点击”Measure”→Calibration(标度)→Spatial，弹出设置标尺的对话框（如下图）Spatial Calibration。
给标尺命名点击对话框右下角“From resolution”，见上图，将标尺命名为所选图片的名称，也可以点击“Name”右边的下拉箭头（见上图），选择已有的标尺（加入你的SEM图是5W倍的，而你之前处理过5W倍的图片，建立过5W倍的标尺，那么你就可以在下拉菜单里直接找出那个标尺）设置标尺长度点击“Image”，出现一个白色的标尺，见下图，和“Scaling”对话框，在“Scaling”对话框内输入1（对应图片的标尺是1um，如果你的图片标尺是100nm的话，此处应输入100）鼠标右键点击，将标尺拖到图片标尺的位置，见下图。
并调整标尺大小，使之与图片标尺一样大小。
在“Scaling”对话框内点击“OK”。
回到“Spatial Calibration”对话框。
设置标尺单位下面要设置标尺的单位。
因为我们选择的图片标尺是1um，这里我们要选择um为单位。
点击“Spatial Calibration”对话框里的“Unit”下拉箭头，出现很多单位，其中um和nm是我们常用的。
如果你的标尺单位是nm，这里就要选择nm。
如下图所示：将标尺应用到图片上以上，我们设置好了标尺的长度和标尺单位，下面我们将标尺应用到我们的图片上面：在“Spatial Calibration”对话框点击“Apply”，再点击“Mark”，出现“Spatial Calibration Marker”对话框。
如下图：Style：表示标尺样式，我一般用第一个。
Marker length：标尺长度，因为图片标尺是1um，刚才我们设置的标尺长度也是1um，所以这里标尺长度为1。
Imageproplus⽓孔率使⽤教程ImageProPlus（IPP）软件教学
1.教学解决⽅向关键词：
⾦相组织、⽓孔率分析
2.具体教学：
2.1软件打开：
软件图标：
双击后，选择compelete，点击OK。
然后出现下图这个界⾯，点击Done，（这个没什么⽤，不⽤在意）
点击file选择⾃⼰的⾦相图⽚，如下图所⽰：
选择⾃⼰想统计的范围：
要了解⼀个这个软件的术语就是AOI（Area of interesting），即你感兴趣的地⽅。
如下图所⽰，我通常使⽤圆形，或者正⽅形。
规划好⾃⼰想统计的范围以后，点击下图所⽰按钮，count，即计算。
出现count/size 表格。
点击select colors
点击钢笔，选择⽓孔位置。
（由于是粗糙选择，可以放⼤以后精细的选⼀下）
随后点击close，关闭当前页⾯，回到count页⾯，点击count 按钮进⾏计算。
进⾏组织图⽚被识别：
点击Measure、select measerements
选择per Area，点击Measure
点击count界⾯中的View、Statistics
观察数据即可。
