棉花在幼苗期几乎不会出现、整个生育期都可能发作的真菌病害。一般在3~5片真叶期开始显症，生长中后期棉花现蕾后田间大量发病，容易导致整个植株枯死或萎蔫。为害的病原为大丽花轮枝孢和黑白轮枝菌，属于半知菌亚门。该病害可以通过种植管理或药剂喷洒以及细菌撒放来防治。整个生育期均可发病。自然条件下幼苗发病少或很少出现症状。一般在3~5片真叶期开始显症，生长中后期棉花现蕾后田间大量发病，初在植株下部叶片上的叶缘和叶脉间出现浅黄色斑块，后逐渐扩展，叶色失绿变浅，主脉及其四周仍保持绿色，病叶出现掌状斑驳，叶肉变厚，叶缘向下卷曲，叶片由下而上逐渐脱落，仅剩顶部少数小叶，蕾铃稀少，棉铃提前开裂，后期病株基部生出细小新枝。纵剖病茎，木质部上产生浅褐色变色条纹。夏季暴雨后出现急性型萎蔫症状，棉株突然萎垂，叶片大量脱落，发病严重地块惨不忍睹，造成严重减产。由于病菌致病力强弱不同，症状表现亦不同。
根据病症的不同，可以划分为:
落叶型:该菌系致病力强。病株叶片叶脉间或叶缘处突然出现褪绿萎蔫状，病叶由浅黄色迅速变为黄褐色，病株主茎顶梢侧枝顶端变褐枯死，病铃、苞叶变褐干枯，蕾、花、铃大量脱落，仅经10天左右病株成为光秆，纵剖病茎维管束变成黄褐色，严重的延续到植株顶部。
枯斑型:叶片症状为局部枯斑或掌状枯斑，枯死后脱落，为中等致病力菌系所致。
黄斑型:病菌致病力较弱，叶片出现黄色斑块，后扩展为掌状黄条斑，叶片不脱落。在久旱高温之后，遇暴雨或大水漫灌，叶部尚未出现症状，植株就突然萎蔫，叶片迅速脱落，棉株成为光秆，剖开病茎可见维管束变成淡褐色，这是黄萎病的急性型症状。
根据发病时期的不同，可以划分为:
1.幼苗期。一是病叶边缘退绿发软，呈失水状，叶脉间出现不规则淡黄色病斑，病斑逐渐扩大，变褐色干枯，维管束明显变色。二是有些病株在苗期不明显，外观看上去正常，但切开棉花横截面，部分木质部和维管束已变成暗褐色。
2.成株期。黄萎病在现蕾期后才逐渐发病，一般在6月下旬，黄萎病病株出现逐渐增多，到七八月份开花结铃期发病达到最高峰。近年来，其症状呈多样化的趋势，常见症状有:
①病株由下部叶片开始逐步向上发展，叶脉间产生不规则的淡黄色斑块，叶脉附近仍保持绿色，病叶边缘向上卷曲;
②有时叶片叶脉间出现紫红色失水萎蔫不规则的病斑，病斑逐渐扩大，变成褐色枯斑甚至整个叶片枯焦，脱落成光秆;
③有时生长在主干上的或侧枝上的叶片大量脱落枯焦后，在病株的茎部或落叶的叶腋里，可长出许多赘芽和枝叶;
④在七八月份，棉花铃期，在盛夏久旱遇暴雨或大水漫灌时，田间有些病株常发生一些急性型黄萎病症状，先是棉叶呈水烫样，继而突然萎垂，逐渐脱落成光秆;
⑤有些黄萎病黄化但植株不矮缩、结铃少;有些黄萎病株变得矮小，几乎不结铃，甚至死亡。折叠
防治方法
恶霉灵又称土菌消，产品为浅黄色晶体，化学名称为3-羟基-5-甲基异恶唑。1970年由日本三井公司提出作为农药使用，是一种新型内吸性土壤真菌杀菌剂和植物生长调节剂。该产品在世界之所以被公认属无公害农药，是因为它的各项理化性能指标完全符合环保要求，用它生产出来的粮食、蔬菜、水果等农副产品
完全可以达到绿色食品的相关标准。
噁霉灵是农业植保专家最新研制出的噁霉灵更新换代产品，属于内吸性高效农药杀菌剂、土壤消毒剂、同时也是一种植物的生长调节剂。它药效作用独特，具有高效、低毒、无公害等特点。
噁霉灵（恶霉灵）属于绿色环保高科技精品农药，能有效抑制病原真菌菌丝体的正常生长或直接杀死病菌，又能促进植物生长;并具有促进作物根系生长发育、生根壮苗，提高农作物的成活率。在使用过程中噁霉灵的渗透率极高，两个小时就能移动到植株茎部，20个小时就能移动至植物全身。