Modfit 安装及分析教程
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一、样品制备1、取样(大约1×106 cells),离心弃上清,以PBS洗两遍,逐滴加入1ml 70%的冷乙醇固定细胞,﹣20℃冻存过夜。
分析时,离心弃上清,以PBS洗两遍,加入100μl 的Rnase(GenScript试剂A),37℃水浴30min,然后再加入400μl的PI染液(GenScript试剂B),在4℃避光条件下孵育30min后即可上FCM检测。
每个样品至少获取2×104cells,二、上流式测细胞1.1、打开液流抽屉,确认气压阀处于减压状态;打开金属挡板;取出鞘液桶,倒掉废液,将鞘液桶加至2/3满(一般可用三蒸水,做分选必须用PBS或FACSFLow),拧紧鞘液桶盖,安上金属挡板,保证管路畅通无扭曲。
检查废液桶,将废液桶的气路和液路的快速连接阀打开,倒掉废液(加鞘液一定要倒废液)向废液桶中倒入400ml浓度为10%的次氯酸钠溶液,合上压力阀。
确实盖紧桶盖,检查所有管路是否妥善安置。
1.2、依此接通电源、打开稳压器电源(指示灯由bypass变Ac putput)、变压器电源,稳定5分钟。
将FACSCalibur开关打开,此时仪器功能控制钮的显示应是STANDBY。
如果需要打印,打开打印机电源。
打开电脑(密码:BDIS),等待屏幕显示出标准的苹果标志(先开仪器,后开电脑主机)。
1.3、将压力阀置于加压位置,轻拍过滤器,使气泡位于滤器的上方,打开管路开关,将过滤器中的气泡排除,关闭管路开关。
若滤器管路中有气泡,打开连接头,挤出鞘液,以排除气泡。
关闭液流抽屉。
执行仪器PRIME功能一次,以排除Flowcell中的气泡(反向压力使鞘液从进样针中流出)。
结束后自动STANDBY,5分钟后即可进行试验。
2.1、从苹果画面中选取CELLQuest,最大化,选散点图标,打开,Plot type选择Acq-analysis,X参数和Y参数分别取FSC-H、SSC-H(选择散点图主要是确定所需细胞的细胞群)。
三.wubi 安装前面我们对比了wubi 跟wubi-hd 的区别,这里我们直接切入正题,运行wubi,来到如下界面:(图23 wubi 安装方式)目标驱动器:选择将安装好的OS 虚拟磁盘存放在哪个分区,这个分区自然是越大越好。
最小也要有10G以上。
安装大小:选择OS 虚拟磁盘的最大容量,推荐选择不小于10G。
桌面环境:Ylmf_OS语言:根据自己的需要选择,可以选择简体中文Chinese(CN),繁体中文Chinese(TW)和英文English(US)。
用户名:进入OS 时登录的用户名,这个必须设置而且必须记住。
密码:进入OS 时登录的密码,这个必须设置而且必须记住。
注意,wubi 不同于其它安装方式,在此设置的信息会直接作用于作用于虚拟磁盘中的操作系统。
而稍后点击“安装”,经过少许的时间处理之后程序会提示重启,重启以后的安装是全自动的,因为安装信息这里已经全部设置好了。
安装Ylmf_OS(I),这样也可以进入OS 的安装程序。
如下图所示,此为安装程序出现的第一个人机交互界面:在此我们可以选择需要安装的操作系统的语言,如果用户在计算机引导界面选择用中文简体引导计算机,这里也会默认选中中文(简体),我们点击“前进”,进入下一个安装步骤此页面为时区选择页面,选择相应的时区,OS 会连到网络进行校时,在中国大陆,不管是选择重庆,还是选择上海,系统时间是一样的,因为中国只有一个表示时间——北京时间。
我们点击“前进”进行下一个安装步骤:键盘布局选择页面,系统会自动根据前面几个页面的设置选择合适的键盘布局作为推荐项,当然用户可以自己选择键盘布局。
选择好键盘布局,点击“前进”进入下一步骤(图9 OS 安装界面4)此页面的设置是系统安装的重中之重,在此页面稍有不慎,就会使硬盘数据遭受灭顶之灾,所以请慎重操作。
1)分别安装他们,在启动时从中选择选择此项可能会弹出如下图所示的提示:(图10 OS 安装界面5)这个选项的意思是说OS 将自动在硬盘上找一块合适的空间安装,当然没有合适的空间时OS 会找一个比较大的分区,然后将其缩减空间以留出一部分空间给OS 作为Linux 分区。
安装:下载安装包,网址:/en/get-phet/full-install下载,然后安装即可,注意安装路径。
安装到最后会出现下列图片,这时要点“是”,再装一个Java。
安装Java时也要注意更改安装路径最后回到PhET的安装界面,还要再等一会,然后点“Finish”。
使用:不要直接使用安装软件后在桌面上生成的那个PhET快捷方式(我电脑上用这个时灵时不灵)。
可以先在/en/simulations/category/physics中找到想用的软件(从网站上找,有个图片也比较直观),例如下面这个Geometric Optics (凸透镜成像的软件)这时也不要点“Download”或“Run Now”了(点了Run Now之后有时会在网页上运行这个软件,而有时又会下载一个运行这个软件的文件,反正我电脑上不是太有规律)。
要运行这个软件,可以先记住这个软件名,然后在刚刚安装PhET的目录中找到sims文件夹这个文件夹中是所有的软件文件(好像是都有,没有的话可以点Run Now,然后会下载一个JNLP格式的文件;不过也有可能多个软件是放在一个文件夹中了,因为它们整体软件架构是一样的,像Density和Buoyancy的,最后文件名是“density-and-buoyancy”,找的时候要仔细一点),找到geometric-optics文件夹,打开这个文件夹,之后是各国语言的软件文件Geometric-optics中的geometric-optics.swf是一个Flash动画,双击打开后可以运行这个软件,如下图所示。
另外下面的是一些HTML格式的文件,这样的文件双击后是用浏览器打开,运行都是一样(不过会提示一个安全问题,点击允许就行)。
在HTML类型的文件中,基本各个国家的语言的都有,最后结尾是“_en”的是英文的,最后结尾是”_zh_CN”的是中文的,不过不是所有软件都有中文版本的,没有中文的用英文的也可以,反正软件中单词一般都很少。
一、ModeFrontier安装与运行(v3.2.0)用虚拟光驱加载镜像文件,双击install安装,除设置安装路径外,其余均默认即可。
之后,将crack文件夹下的crack程序复制到frontier程序安装目录并运行crack程序。
运行modeFrontier之前,先打开FLEXlm Utilities,在里面点Start Server,如上图所示。
然后就可以进入modeFrontier了。
二、ModeFrontier界面上图中区域1包括一些常见的windows菜单,如打开、保存文件,剪切、复制、粘贴,do、undo等。
区域2的几个按钮依次是开始计算,中断计算,刷新计算过程中的显示,后面的时间是自动刷新的时间间隔,上图的模型还没有建立,所以这几个按钮都是暗的,不能使用。
区域3包括3个主要窗口,当前显示是Work Flow,计算模型就建立在这里;Run Logs 将会在运行程序的时候实时显示当前计算状态、变量、结果等;Design Space用于分析结果。
上图是Work Flow窗口。
区域1是一些辅助命令,比如将模块按顺序排列,放大缩小视窗等。
区域2是模块库,包括Frontier中编程所需的所有模块,有些模块右下角有个黑色的小三角,表示该类型下还有其他模块,用鼠标点击黑三角可将其他模块弹出。
区域3是编程的主界面,用鼠标左键单击左侧的模块,再到主界面中单击左键,即可将该模块放入主界面。
区域4包括若干个界面:Logic Log显示当前程序有无错误,如前一幅图,由于是一个空白的程序,图中显示错误为EMPTY WORK FLOW;Input Variables显示程序中用到的所有输入变量,如上图主界面中的两个输入变量SPKTIME和FARATIO均出现在下图中,这些参数可在主界面中修改,也可以在这一栏中修改;后面的几个窗口有输出变量、转换变量、目标、约束等,其作用和输入变量窗口类似。
完成模型后,点击右上角的计算开始按钮,Run Logs窗口将实时显示当前计算的进程。
运用ModFit LT进行手动分析如ModFit LT在自动分析过程中无法正确确定峰值的位置或样本的倍型,或者你希望自己选择分析的模式,那么你可以用手动分析来实现。
Φ在工具栏中点击File,选定所要分析的数据文件,单击OpenΦ选择用于DNA分析的参数:FL2-AΦ设门。
软件最多允许同时设两个门,点击Gate 1或2前的小方框,然后单击Define the Gate,选择合适的X轴和Y轴,将门移动到所要分析的细胞群上,单击OKΦ单击工具栏中的Mod键或选择Analysis菜单中的Choose Model在这个对话窗口中需要你来描述你所得到的样本的信息,比如说,样本的类型,有无异倍体等。
每一个有关的资料都会影响到最终分析模式的选择。
═>选择碎片拟合的模式:新鲜/冻存,石蜡切片,没有碎片(不进行碎片分析);═>选择倍型:异倍体,二倍体,四倍体;═>若有异倍体,则须确定是一个还是两个异倍体;═>选择细胞聚集体分析模式:有聚集体,没有聚集体,或自动检测(软件自行判断有无需要拟合聚集体);═>选择是否拟合二倍体的S期:如异倍体的G0/G1期峰与二倍体G0/G1期峰明显分开,我们对每一个细胞周期的S期都能够进行拟合,则选择Fit Diploid S;如异倍体的G0/G1期峰与二倍体G0/G1期峰靠得非常近,则选择No Diploid S;═>选择能否看得见明显的G2/M期峰:Visible G2/M,Indistinct G2/M(软件将自动把G2/M期峰的位置固定在两倍于G0/G1期峰的位置;═>选择是否拟合凋亡:Fit Apoptosis,No Apoptosis;═>选择有无标准参照物:No Standards,One Standard,Two Standards;═>根据这些资料,软件选择分析的模式并将其显示在对话窗的下部;═>单击OK确认并关掉对话窗。
一、补丁1-1、BGT-WeiDU_1.07Update(升级补丁)1-2、BGT-WeiDU-GBK(v1.07)(升级补丁的汉化包)1-3、BiG_World_Fixpack_v8.0.1(MOD兼容修订包)·修正之后安装的MOD的BUG,包括出现的各种兼容性问题导致的BUG。
·把所有要安装的MOD文件解压后,放进BGT安装文件夹下,执行一次FIX批处理后再依次安装自己需要的MOD二、大型综合剧情MOD2-1、The Darkest Day v1.12 (最黑暗的一天)·因为BG中的职业列表最多只能显示10个,如果安装了最黑暗的一日职业这个MOD,之后又安装了其他宗派MOD,则创建人物时职业宗派会超过10个,造成在宗派列表无法看到最黑暗的一日或者其他MOD 所增加的宗派。
所以,如果你打算玩最黑暗的一日的宗派,那么不要安装其他宗派MOD。
·安装最黑暗的一天,并且安装了游荡者平衡中的Chosen of Cyric Encounter(席瑞克选民战),将会导致在ToB中读取进度就系统崩溃退回桌面。
2-2、Shadows Over Soubar v1.12 (笼罩梭巴的阴影)·不安装其中的“Remorhaz walking speed adjustment”组件。
·SOS会加入一个fence职业。
不要使用它,否则会导致跳出游戏。
三、BG1大型综合剧情MOD3-1、CTB1.11(检查身体)·需要在TDT和SOS之后安装·和浪荡者平衡中的影贼改进不兼容。
3-2、DSotSC_v215(黑暗剑湾)·屠龙任务中,需要在那西凯旅店见市长,但是进旅店却无法遇见副市长杰瑞米。
解决方法:游戏安装路径下Baldur.ini文件里[Program Options]这一段下面加上Debug Mode=1进入游戏后,按下CTRY +空格键,输入CLUAConsole:CreateCreature("DSJEREMY")。
4. 应用ModFitLT 软体分析DNA 直方图4.1 概述ModFitLT 是由美国VeritySoftwareHouse 公司设计,专门用於流式细胞术中进行细胞周期分析的软体。
它通过对DNA 含量直方图进行曲线拟合,能快速计算出分析细胞周期各时相细胞的含量、G1/S/G2M 细胞的百分比,并测量肿瘤细胞的DNA 指数DNAIndex、及析凋亡细胞亚二倍体所占的比例。
此外,2.0 版本还增加了“同步化分析”和“增殖分析”的功能,可分别进行同步化细胞和增殖细胞的研究SynchronizedorDrug‐PerturbedCells,对於研究凋亡细胞生物学与药理的同仁,实为一大利器。
本软体有苹果电脑与PCWin98/NT 两种版本,皆内建有65 种数学模型,可弹性运用以因应不同的DNA 直方图分析。
从事直方图分析时ModiFitLT 软体允许使用者应用四种基本方式操作:1AutomaticAnalysis2ManualAnalysis3Synchronization 精灵4Proliferation 精灵。
以下之范例练习可让您熟悉ModiFitLT 软体的四种基本分析功能,我们将以四个已储存之数据档案来练习DNA 直方图之分析。
这四个数据档案之档名及样品资料如下:档案名样品SampleLM.FCS4.2 自动分析1. 从苹果功能表下进入ModFitLT 以启动该软体,并在随后出现的对话方框上按OK 。
ModFitLT 软体有一套S 期评估功能,可以依照您所制定的范围,评估该样品中SPhase 比例是属於少量、中度或多量的,并在报告中显示出可信度。
软体若还没有被实验室其他人设置过,那麽当你进行分析时,将会出现一个关於S 期评估的询问方框,提供了3 个选项:马上设置S 期的临界值;以后再提醒我设置S 期的临界值;不需要启动S 期评估这项功能。
若你需要这项评估,你必须输入你们实验室获得的具有统计意义的各种组织的二倍体或者异倍体的S 期的临界值,如没有,则不必启动这项功能。