主线剧情：“喂，小孩，小心草丛！”这个声音的主人是大木博士。
正当少年R要独自出村，博士把他叫住了，并告知草丛里栖息着着野生的精灵，除非上边带着自己的精灵，不然会很危险……然后将少年带到了他的研究所。
故事就这么拉开了序幕，玩家所扮演的角色就是名叫R的少年(当然你也可以自己取名字),住在真新镇（マサラ）。
随着博士到达研究所，同时遇上了博士的孙子，名字叫小茂的少年(当然也可以自己取名字，就起你的仇人的名字吧)。
博士让你在他所拥有的三只精灵中任选一只相赠（三只精灵分别为：小火龙、杰尼龟、和妙蛙种子，均能有两次进化），选个你喜欢的吧。
挑好后，小茂也选了一只（在属性上克你的），并向我提出挑战。
作为开盘战，不是很难，就当先试试战斗系统吧。
而后他离开，但这只是开场白，以后他有的烦你了。
辞别了博士，可以离镇了。
果然如博士所言，草丛里确实藏有不少精灵，好好练一下级吧。
很快便来到了常磐市（トキヮ），在商店里，从店主手里得到邮件。
连忙赶回研究所将它交给博士，博士就会给你图鉴，于是菜单中多出一项图鉴，这意味着可以开始着手收集精灵的工作了。
顺便再去一趟邻居小茂的家，拿到小镇地图（注意：此时不拿的话，以后就再不能拿了），可以正式出发了。
一路向北行进，一间大屋挡住了去路，只有通过常青森林才能找到出路。
在森林里会首次遇上精灵训练师这种身份的人，而与之交战是可以得到经验值和金钱，而且精灵通过获取经验值才能升级和进化，所以千万不要错过。
另外，这个森林有皮卡丘，喜欢的朋友就更不能错过哦^_^走出了森林，发现已来到了日比市（ニビ）。
这里建有一座博物馆，只要花50元就可以进去大开眼界一番。
另外还有一间屋子标有GYM的记号，这就是道馆（道馆地图如图）。
这里是训练家小刚，进去打败他，得到徽章的同时还得到34号技能机以示鼓励。
之后和这个人（如图）说话，会给你跑鞋（按B可快跑）。
此时市右的道路可以通行了，来到观月山下。
洞门口有一间PC内会遇上一个卖鲤鱼王的，虽然以后可以通过其他方法得到，但人养的要比野生的长得快，但要多花500元，这是传说中的鲤鱼王，当前素质极差，攻击力不过10，但至20级后进化为暴鲤龙，攻击力非常强。
