江豚Sry基因和Dmrt家族六个基因的序列分析

Dmrt1基因cDNA序列的克隆及分析Dmrt1基因是参与生物发育基因家族——Dmrt(Double-sex and Mab-3related transcription factor)家族的重要成员，是第一个在人类中克隆得到的包含DM结构域的基因。

由于该基因参与脊椎动物性腺发育而引起人们的广泛关注(Raymond et al.,1998)，该基因的缺失可能引起雄性不育或性逆转(Raymond etal.,1999a;Raymond et al.,1999b;Calvari et al.,2000;Ottolenghi et al.,2000)。

家鼠，红耳龟，密西西比鳄，红鳟鱼，粗皮蛙等物种的Dmrt1基因表达研究显示，在生殖嵴分化时期，正在分化的精巢中表达量远高于卵巢中的表达量(Raymond et al.,1999a;Raymond et al.,1999b;Kettlewell et al.,2000;Torres etal.,2002;Smith et al.,1999;Marchand et al.,2000;Shibata et al.,2002)。

有趣的是，青锵鱼Dmrt1在成熟个体的精巢、卵巢和脾中都有表达(Ohmuro-Matsuyamaet al.,2003)。

两栖类在进化中是从水生到陆生的过渡类型，具有特化的形态特征和功能，以适应不同的生活环境(费梁,1999)。

两栖类的染色体组型呈现多样性，有的是XX/XY型，有的是ZZ/ZW型，有的是OW雌性/OO雄性，还有的是XX/XY和ZZ/ZW同种共存(Schmid et al.,2001)。

其性别决定和分化的机制很复杂，既不同于哺乳类和鸟类典型的基因型性别决定(GSD, genetic sex determination)，也不同于爬行类环境型性别决定(ESD, environmental sex determination)。

河豚鱼基因组序列片段和多药耐药基因序列分析姓名学号组号日期年月日1.研究背景和文献阅读1)阅读刘勇博士论文，简述该论文的研究目的、研究方法和主要研究结果。

2)阅读河豚鱼基因组测序计划相关论文，说明河豚鱼基因组特点。

3)阅读NCBI免费书架提供的ABC转运蛋白超家族（The Human ATP-Binding Cassette(ABC) Transporter Superfamily）网络书籍及其它相关论文，简述ABC转运蛋白超家族分类和功能，说明人ABCB1家族（即多药耐药基因家，Mutidrug Resistance）的基因结构、染色体定位、序列特征和主要功能。

4)阅读Molecule of the Month有关多药耐药蛋白的文章，说明哺乳动物和细菌多药耐药蛋白的异同。

2.数据库检索和序列分析1)检索UniProtKB序列数据库中ABCB1基因家族，列表说明已经过人工审阅的序列条目；对上述序列进行多序列比对，说明比对结果。

2)浏览人多药耐药基因蛋白质注释信息、文献报道和数据库交叉链接，说明其功能、亚细胞定位、组织特异性、互作蛋白、结构域特征、剪接变体、序列特征、基因结构、基因组定位、表达特异性等。

3)检索核酸序列数据库中人ABCB1 基因的mRNA序列，提取其编码区核苷酸序列，并将其翻译成蛋白质序列。

3.河豚鱼柯氏质粒基因组序列片段分析1)提取GenBank中刘勇等提交的柯氏质粒河豚鱼基因序列片段全长序列，用点阵图方法确定其中是否包含重复片段。

2)用多种方法预测上述河豚鱼基因组重复片段基因结构，比较它与人ABCB1基因结构的异同。

3)分析上述重复序列的全长基因DNA序列、编码区序列及其翻译得到的氨基酸序列的相似性，说明分析结果。

4)用WebLab中coderet程序提取上述柯氏质粒河豚鱼基因组序列条目中所有基因的编码区序列和所编码的氨基酸序列。

5)用点阵图方法分析上述提取的序列中第一个基因（即多药耐药基因MDR2）所编码的氨基酸序列，说明是否有重复结构域。

中华鲟野生群体及迁地群体的MHCⅠa基因遗传多样性变异研究作者：肖衎杜合军赵珣刘雪清刘娟娟来源：《湖北农业科学》2017年第02期摘要：利用特异性引物MHCⅠf和MHCⅠr，分别从30尾野生中华鲟（Acipenser sinensis）、30尾中华鲟子一代和30尾中华鲟子二代的基因组DNA中扩增MHCⅠa基因的多肽结合位点（PBR）片段，扩增产物长度为127 bp。

中华鲟野生群体30个样品265个有效克隆中共检测出50条特异序列（单倍型），中华鲟子一代群体30个样品的278个有效克隆中共检测出66条特异序列（单倍型），中华鲟子二代群体30个样品的257个克隆中检测出64条特异序列（单倍型）。

单倍型Acsi-UAB*0101在3个群体中所占的百分比最高，分别为58.1%、38.8%和60.7%。

单倍型分布及群体内遗传多样性参数分析表明，中华鲟子一代群体的MHC基因遗传多样性最丰富，野生中华鲟群体的MHCⅠa基因遗传多样性较低。

中华鲟野生群体非同义替代与同义替代比率为1.33，分析表明正向选择可能是中华鲟MHCⅠa多态性的主要因素。

该研究结果提供了中华鲟从野生群体到子二代群体MHCⅠa基因的部分遗传信息和遗传变异规律，为中华鲟全人工种群优化和繁殖管理提供理论依据。

关键词：中华鲟（Acipenser sinensis）；主要组织相容性复合体（MHC）；遗传多样性；遗传管理中图分类号：S965.215；Q75 文献标识码：A 文章编号：0439-8114（2017）02-0306-08中华鲟（Acipenser sinensis）是中国特有的古老大型海河洄游性鱼类，目前已处于极度濒危状态。

建立人工迁地种群是避免该物种在近期灭绝的一种方式，而人工群体往往面临家养化问题。

主要组织相容性复合体（Major Histocompatibility Complex，MHC）是脊椎动物中与病原识别及防御、亲缘识别和婚配等适应性遗传密切相关的基因。