草甘膦母液本质上属于高浓有机废水，可以通过传统的焚烧、催化氧化、催化氧化+生化的方法进行减量化、无害化的处理。
然而由于草甘膦母液复杂的水质特征，如可生化性差、盐分高和水质波动大等，在处理的同时往往会付出高昂的处置成本。
利用焚烧、催化氧化、生化处理等处理工艺虽然可以有效地处理草甘膦母液废水，但却很大程度地浪费草甘膦母液废水所含的大量可回收利用资源(废水中含无机盐15 ％—20 ％、草甘膦0.5 %—1.5 ％)，而且还会不可避免的生成一些二次污染物，更增加了草甘膦母液废水处理负担。
为了实现草甘膦母液废水中无机盐、草甘膦等有效成分的回收，不少研究学者及草甘膦生产企业开发了很多新型处理方法：压力驱动膜分离法、沉淀法、吸附法等方法，其中吸附和膜分离法以其高效的分离效果而成为目前草甘膦母液废水应用较广的处理方法：
1.膜浓缩法
膜浓缩分离利用渗透性将不同分子大小的物质进行分离，可以有效起到浓缩和提纯的目的。
其中对于甘氨酸法草甘膦母液，通过膜法可将无机氯化钠和大部分水从母液中分离出来，浓液中氯化钠含量降低至1 %,并有效提高浓缩倍率。
分离出的淡液需经过蒸发浓缩和除盐等处理；对于IDA法草甘膦母液，因原水副产物较少，可将淡液循环用于合成工艺，且膜处理后浓液盐含量较低，可增大用于配置30 %水剂的母液利用率。
DMP法：由于合成工艺过程加入的液碱导致DMP法草甘膦母液废水呈现强碱性，这是不利于膜及膜组件的长期稳定运行的，因此需要在母液废水进入膜组件之前加入一定量的浓HCl将其pH调节至中性。
在经纳滤膜组件分离后，母液废水中的无机盐和醇类等小分子物质与草甘膦、增甘膦、双甘膦等大分子物质分离，前者进入淡液1，后者进入浓液1。
母液废水中的所有无机盐几乎全部存在于淡液中，其浓度高达15 %-20 %，且主要为NaCI，因此在经蒸发结晶之后可以获得工业盐。
由于增甘膦、双甘膦等杂质的存在会严重影响30％草甘膦水剂的配置过程，因此需要利用纳滤膜组件分离增甘膦、双甘膦与草甘膦(双甘膦分子量：227．00，增甘膦分子量：263．09，草甘膦分子量：169．00)，使前者进入浓液2，后者进入淡液2后再经纳滤膜组件3浓缩得到浓液3，并用于配制有效成分30 ％的草甘膦水剂或用于草甘膦原粉的提取，所得淡液III主要为水及部分小分子有机物，经常规生化处理后可达到排放标准。
IDA法：IDA法母液废水在经预处理膜组件处理后进入纳滤膜组件，分离母液中的甲醛等小分子物质，使其进入淡液1，而草甘膦、双甘膦等较大分子则进入浓液l进行下一道浓缩工艺。
经纳滤膜组件处理后，得到浓液2通过冷却结晶的方法提取部分草甘膦原粉，滤液则用以配置30 ％草甘膦水剂或部分回流至纳滤膜组件进口继续浓缩，淡液2则回流至纳滤膜组件进口处继续回流处理10-20次，以充分回收其中可利用资源。
淡液1在经氨气反应后进入纳滤膜组件分离出含乌洛品托的浓液用以甘氨酸合成的催化剂，而氨水溶液则经H2SO4溶液反应后得到（NH4)2SO4溶液，（NH4)2SO4溶液经浓缩后就可作为助剂配制有效成分30 ％的草甘膦水剂。
2.树脂吸附法
对于甘氨酸法草甘膦母液，草甘膦与增甘膦含量相对较高，且性质相近，可采用树脂吸附方法同时回收。
吸附法是指利用吸附材料的特种吸附功能，对废水中的特定污染物进行吸
附回收，从而使废水中的污染物浓度降低。
吸附饱和后，利用脱附剂对吸附材料进行脱附处理，使吸附材料再生，可重复使用。
开发的特种吸附材料对母液中的草甘膦组分进行选择性吸附，当吸附饱和时，再利用特定的脱附剂对吸附材料进行脱附处理，使吸附材料得以再生。
其特种吸附剂具有选择性强、使用寿命长和再生性能好等优良特点，且针对不同技法制备草甘膦产生的母液均有出色的处理效果。
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