重测序ppt20120406

基因组重测序背景介绍 全基因组重测序，是对基因组序列已知的个体进行基因组测序，并在个体或群体水平上进行差异性分析的方法。

与已知序列比对，寻找单核苷酸多态性位点（SNP ）、插入缺失位点（InDel ，Insertion/Deletion ）、结构变异位点（SV ，Structure Variation ）位点及拷贝数变化(CNV) 。

可以寻找到大量基因差异，实现遗传进化分析及重要性状候选基因的预测。

涉及临床医药研究、群体遗传学研究、关联分析、进化分析等众多应用领域。

随着测序成本的大幅度降低以及测序效率的数量级提升，全基因组重测序已经成为研究人类疾病及动植物分子育种最为快速有效的方法之一。

利用illumina Hiseq 2000平台，将不同插入片段文库和双末端测序相结合，可以高效地挖掘基因序列差异和结构变异等信息，为客户进行疾病研究、分子育种等提供准确依据。

重测序的两个条件：（1）该物种基因组序列已知；（2）所测序群体之间遗传性差异不大（ >99% 相似度 ）在已经完成的全基因组测序及其基因功能注释的基础上，采用全基因组鸟枪法（WGS ）对DNA 插入片段进行双末端测序。

技术路线生物信息学分析送样要求1.样品总量：每次样品制备需要大于5ug 的样品。

为保证实验质量及延续性，请一次性提供至少20ug的样品。

如需多次制备样品，按照制备次数计算样品总量。

2.样品纯度：OD值260/280应在1.8～2.0 之间；无蛋白质、RNA或肉眼可见杂质污染。

3.样品浓度：不低于50 ng/μL。

4.样品质量：基因组完整、无降解，电泳结果基因组DNA主带应在λ‐Hind III digest 最大条带23 Kb以上且主带清晰，无弥散。

5.样品保存：限选择干粉、酒精、TE buffer或超纯水一种，请在样品信息单中注明。

6.样品运输：样品请置于1.5 ml管中，做好标记，使用封口膜封好；基因组DNA如果用乙醇沉淀，可以常温运输；否则建议使用干冰或冰袋运输，并选择较快的运输方式。

基因组组装和重测序
基因组组装和重测序是基因组学研究中的两个重要技术。

基因组组装是指将测序得到的 DNA 片段拼接成完整的基因组序列的过程。

这个过程通常需要使用计算机算法和生物信息学工具来处理大量的测序数据，并通过比对和拼接来重建基因组的完整性。

基因组组装可以帮助我们了解基因组的结构、功能和进化等方面的信息。

重测序则是对已经测序过的基因组进行再次测序的过程。

重测序可以用于检测基因组中的变异、突变和单核苷酸多态性等信息，从而深入了解基因组的遗传多样性和进化历史。

重测序还可以用于研究基因组中的基因表达、转录组和表观遗传等方面的信息。

基因组组装和重测序技术的发展为基因组学研究提供了重要的工具和手段。

它们可以帮助我们深入了解基因组的结构和功能，探索物种的进化历史和遗传多样性，以及研究基因组与环境和生物学过程之间的相互作用。

在实际应用中，基因组组装和重测序技术已经被广泛应用于生物医学、农业、环境保护等领域。

例如，在医学领域，基因组组装和重测序可以用于研究疾病的遗传机制、诊断和治疗；在农业领域，它们可以用于研究作物的基因组和遗传改良；在环境保护领域，它们可以用于研究生物多样性和生态系统功能等。

总之，基因组组装和重测序是基因组学研究中的重要技术，它们的发展和应用为我们深入了解生命的奥秘提供了有力的支持。

重测序参考手册目录目录 (1)1. 重测序简介 (3)2. 重测序实验方法 (3)基因组DNA抽提 (3)基因组DNA样品建库 (3)上机前定量 (4)3. 重测序分析内容 (4)重测序分析流程 (5)重测序分析内容 (5)4. 重测序重要技术参数 (6)5. 重测序分析内容解释 (6)6. 重测序分析内容示例 (6)SNP、INDEL的样本差异分析 (12)7. 成功分析案例/或已发表论文 (14)8. 概念及常用工具链接 (14)1. 重测序简介全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。

全基因组重测序的个体，通过序列比对，可以找到大量的单核苷酸多态性位点（SNP），插入缺失位点（InDel，Insertion/Deletion）、结构变异位点（SV，Structure Variation）位点。

众信可以协助客户，通过生物信息手段，分析不同个体基因组间的结构差异，同时完成注释。

2. 重测序实验方法提取基因组DNA，利用Covaris进行随机打断，电泳回收所需长度的DNA片段（0.2~5Kb），加上接头, 进行cluster制备（Solexa）或E-PCR （SOLiD），最后利用Paired-End或者Mate-Pair的方法对插入片段进行重测序。

实验步骤主要包括以下几点：基因组DNA抽提不同生物（植物、动物、微生物）的基因组DNA的提取方法有所不同; 不同种类或同一种类的不同组织因其细胞结构及所含的成分不同，分离方法也有差异。

在提取某种特殊组织的DNA时必须参照文献和经验建立相应的提取方法, 以获得可用的DNA大分子。

尤其是组织中的多糖和酶类物质对随后的酶切、PCR反应等有较强的抑制作用,因此用富含这类物质的材料提取基因组DNA时, 应考虑除去多糖和酚类物质。

基因组DNA样品建库这是样品准备过程中最主要的环节，也就是真正意义上的建库（通常我们所说的建库包括整个样品准备的过程）。

全基因组重测序项目简介全基因组重测序是对已有参考序列（Reference Sequence）的物种的不同个体进行基因组测序，并以此为基础进行个体或群体水平的差异性分析。

通过这种方法，可以寻找出大量的单核苷酸多态性位点（SNP），插入缺失位点（InDel，Insertion Deletion），结构变异位点（SV，Structure Variation），拷贝数变异（Copy Number Variation，CNV）等变异信息，从而获得生物群体的遗传特征。

这对在群体水平上研究物种的进化历史、环境适应性、自然选择等方面具有重大意义。

利用全基因组重测序有助于快速发现与动植物重要性状相关的遗传变异，缩短分子育种的实验周期；有助于发现人类疾病相关的重要变异基因，加快生物医药研发的速度等，这对人类疾病及动植物育种研究等方面具有重大的指导意义。

技术流程提取基因组DNA后，采用物理方法随机打断，选择性回收所需长度的DNA片段（0.2~5Kb），并在两端连接接头以构建测序文库，进行桥式PCR（Bridge Amplification）制备Cluster，最后利用Paired-End的方法对插入片段进行重测序。

生物信息分析1．数据量产出总碱基数量、Totally mapped reads、Uniquely mapped reads统计，测序深度分析。

2．一致性序列组装与参考基因组序列（Reference genome sequence）的比对分析，利用贝叶斯统计模型检测出每个碱基位点的最大可能性基因型，并组装出该个体基因组的一致序列。

3．SNP检测及在基因组中的分布提取全基因组中所有多态性位点，结合质量值、测序深度、重复性等因素作进一步的过滤筛选，最终得到可信度高的SNP数据集。

并根据参考基因组序列对检测到的变异进行注释。

4．InDel检测及在基因组的分布在进行mapping的过程中，进行容Gap的比对并检测可信的Short InDel。

全基因组重测序项目简介全基因组重测序是对已有参考序列（Reference Sequence）的物种的不同个体进行基因组测序，并以此为基础进行个体或群体水平的差异性分析。

通过这种方法，可以寻找出大量的单核苷酸多态性位点（SNP），插入缺失位点（InDel，Insertion Deletion），结构变异位点（SV，Structure Variation），拷贝数变异（Copy Number Variation，CNV）等变异信息，从而获得生物群体的遗传特征。

这对在群体水平上研究物种的进化历史、环境适应性、自然选择等方面具有重大意义。

利用全基因组重测序有助于快速发现与动植物重要性状相关的遗传变异，缩短分子育种的实验周期；有助于发现人类疾病相关的重要变异基因，加快生物医药研发的速度等，这对人类疾病及动植物育种研究等方面具有重大的指导意义。

技术流程提取基因组DNA后，采用物理方法随机打断，选择性回收所需长度的DNA片段（0.2~5Kb），并在两端连接接头以构建测序文库，进行桥式PCR（Bridge Amplification）制备Cluster，最后利用Paired-End的方法对插入片段进行重测序。

生物信息分析1．数据量产出总碱基数量、Totally mapped reads、Uniquely mapped reads统计，测序深度分析。

2．一致性序列组装与参考基因组序列（Reference genome sequence）的比对分析，利用贝叶斯统计模型检测出每个碱基位点的最大可能性基因型，并组装出该个体基因组的一致序列。

3．SNP检测及在基因组中的分布提取全基因组中所有多态性位点，结合质量值、测序深度、重复性等因素作进一步的过滤筛选，最终得到可信度高的SNP数据集。

并根据参考基因组序列对检测到的变异进行注释。

4．InDel检测及在基因组的分布在进行mapping的过程中，进行容Gap的比对并检测可信的Short InDel。

基因重测序技术嘿，咱今儿个就来说说这基因重测序技术！你知道吗，这玩意儿就像是给基因做了一次超级详细的“普查”。

想象一下，基因就像是我们身体这个大王国里的神秘密码本，它决定了我们的各种特征和潜在的健康问题。

而基因重测序技术呢，就是那个厉害的解密高手，能把这些密码一个一个地解读清楚。

以前啊，我们对基因的了解就像是在大雾中摸索，模模糊糊的。

但有了基因重测序技术，那可就不一样啦！它就像一束强光，一下子把迷雾驱散，让我们能清楚地看到基因的真面目。

它能帮助医生更准确地诊断疾病呢！比如说，有些疾病的原因很复杂，常规的检查可能找不到头绪。

但通过基因重测序，说不定就能发现隐藏在基因里的秘密，找到疾病的根源，这多厉害呀！就好像是在茫茫人海中一下子找到了那个关键人物。

而且哦，它对治疗也有很大的帮助呢！医生可以根据基因的情况，制定更个性化的治疗方案。

这就好比是量体裁衣，每个人的基因不一样，治疗方法也得不一样，这样才能达到最好的效果呀！这基因重测序技术还能在预防疾病方面发挥大作用呢！通过检测基因，我们可以提前知道自己有没有患某些疾病的风险。

这就像是提前知道了天气预报，我们可以提前做好准备，采取一些预防措施，降低患病的可能性。

这多牛啊！当然啦，这项技术也不是完美无缺的。

它也有它的挑战和难题呢！比如说，成本还是比较高的，不是每个人都能轻易承受得起。

而且解读基因数据也不是一件容易的事儿，需要专业的人才和先进的设备。

但咱不能因为这些就否定它的厉害呀！随着科技的不断进步，基因重测序技术肯定会越来越成熟，成本也会慢慢降低。

到时候，说不定每个人都能做一次基因检测，更好地了解自己的身体呢！总之呢，基因重测序技术就像是一把神奇的钥匙，打开了我们了解基因的大门。

它让我们对生命的奥秘有了更深的认识，也为医疗领域带来了新的希望和可能。

咱可得好好期待着它未来的发展呀，说不定它能给我们带来更多的惊喜呢！你说是不是？。

基因组重测序技术
嘿，朋友们！今天咱来唠唠这个基因组重测序技术呀！你说这玩意儿可神奇了，就好像是给生命的密码本来了个大揭秘。

想象一下，我们的基因组就像是一本超级厚的大书，里面记载着我们身体的各种秘密和信息。

而基因组重测序技术呢，就是那个能让我们一页一页仔细去读这本书的厉害工具。

它能帮我们发现好多以前不知道的事儿呢！比如说，有些疾病为啥会发生在某些人身上呀，也许通过这个技术就能找到答案。

就好像你家里的电器坏了，你得找到那个出问题的零件一样，基因组重测序技术能帮我们找到生命这本书里出问题的地方。

而且啊，这技术还能让我们更了解自己的家族病史呢！你想想，要是能知道自己的祖辈们可能有哪些健康问题，那我们不就能提前做好准备，更好地照顾自己了嘛。

这就好比你知道前方路上有个坑，你就能提前绕过去，免得掉进去啦！
这技术对于医学研究那也是相当重要啊！医生们可以通过它来研究各种疾病的根源，然后想办法去治疗。

这不就像是给医生们配备了一个超级放大镜，让他们能更清楚地看到疾病的本质嘛。

再说了，它对农业也有很大的帮助呢！可以让农作物长得更好，更健康。

就好像给农作物也来了一次全面的体检和优化，让它们结出更多更好的果实。

哎呀，这基因组重测序技术可真是个宝啊！它让我们对生命有了更深的理解和认识。

我们可以利用它来让我们的生活变得更美好，更健康。

难道不是吗？它就像是一把钥匙，打开了我们了解生命奥秘的大门。

所以啊，朋友们，可别小看了这个技术哦！它可是在默默地为我们的生活带来很多改变呢。

让我们一起期待它能给我们带来更多的惊喜和发现吧！。

基因组重测序基因组重测序背景介绍全基因组重测序，是对基因组序列已知的个体进行基因组测序，并在个体或群体水平上进行差异性分析的方法。

与已知序列比对，寻找单核苷酸多态性位点（SNP ）、插入缺失位点（InDel ，Insertion/Deletion ）、结构变异位点（SV ，Structure Variation ）位点及拷贝数变化(CNV) 。

可以寻找到大量基因差异，实现遗传进化分析及重要性状候选基因的预测。

涉及临床医药研究、群体遗传学研究、关联分析、进化分析等众多应用领域。

随着测序成本的大幅度降低以及测序效率的数量级提升，全基因组重测序已经成为研究人类疾病及动植物分子育种最为快速有效的方法之一。

利用illumina Hiseq 2000平台，将不同插入片段文库和双末端测序相结合，可以高效地挖掘基因序列差异和结构变异等信息，为客户进行疾病研究、分子育种等提供准确依据。

重测序的两个条件：（1）该物种基因组序列已知；（2）所测序群体之间遗传性差异不大（ >99% 相似度）在已经完成的全基因组测序及其基因功能注释的基础上，采用全基因组鸟枪法（WGS ）对DNA 插入片段进行双末端测序。

技术路线生物信息学分析送样要求1.样品总量：每次样品制备需要大于5ug 的样品。

为保证实验质量及延续性，请一次性提供至少20ug的样品。

如需多次制备样品，按照制备次数计算样品总量。

2.样品纯度：OD值260/280应在1.8～2.0 之间；无蛋白质、RNA或肉眼可见杂质污染。

3.样品浓度：不低于50 ng/μL。

4.样品质量：基因组完整、无降解，电泳结果基因组DNA主带应在λ‐Hind III digest 最大条带23 Kb以上且主带清晰，无弥散。

5.样品保存：限选择干粉、酒精、TE buffer或超纯水一种，请在样品信息单中注明。

6.样品运输：样品请置于1.5 ml管中，做好标记，使用封口膜封好；基因组DNA如果用乙醇沉淀，可以常温运输；否则建议使用干冰或冰袋运输，并选择较快的运输方式。

基因组重测序
基因组重测序（Genome Resequencing）是一种研究族群遗传学和物种进化过程的常用分析方法，它包括对个体或物种基因组的重新测序，以及对基因组的遗传变异的进一步探讨。

基因组重测序可以用来研究物种进化，筛选便利性基因以及鉴定和分析基因组变异。

一、优势
1、基因组重测序的比较优势：重测序比利用芯片进行平面分析方法更加灵活。

能够快速鉴定多种类型的遗传变异，包括插入、缺失、临时变异，以及双倍体变异等。

2、复杂性大：由于重测序可以精细分析基因组中的染色体，因此可以更好地捕捉基因组变异的复杂性。

3、高效性：仪器分析周期短，该技术可以高效地获得基因组芯片和组装基因组变异的信息。

二、应用
1、种群遗传研究：基因组重测序能够针对个体或物种基因组的群体变异和单倍型进行分析，以发现先前未被准确定位的遗传标记和位点，有助于预测物种进入新环境时适应性和抗病性方面的变异。

2、育种研究：基因组重测序可以鉴定出品质和适应性相关的基因和位点，有助于精准育种。

3、公共健康：基因组重测序可以确定某种疾病的发病形态，有助于进
一步深入认识疾病的发生机理以及发病的根源，从而促进公共健康的发展。

三、前景
在未来，基因组重测序技术将会被广泛应用于基因组学中，例如用于进化生物学和疾病基因组学研究，它也可用于转基因技术和育种。

同时也会继续发展新的基因组重测序技术，更新、完善重测序技术，为科学家和科技工作者提供更多先进的应用技术。