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下呼吸道感染细菌学检验操作规范—、相关临床知识临床通常将正常人喉以上部位称之为上呼吸道，上呼吸道定植有大量的正常菌群，而气管以下包括气管、支气管和肺泡称下呼吸道，通常无菌。
下呼吸道感染包括急性气管-支气管炎、慢性支气管炎急性发作、支气管扩张继发感染及肺实质感染（肺炎、肺脓肿）等。
病原体有细菌、病毒、衣原体、支原体、真菌、立克次体和原虫等。
下呼吸道感染患者可有发热、咳嗽和咳痰，痰呈脓性、粘稠或血性，可伴有胸痛、气急，肺部闻及湿罗音、白细胞总数及嗜中性粒细胞比例明显增高，x线检查提示肺部有炎症性浸润或胸腔积液等体症，严重时可导致感染性休克和呼吸衰竭，因此临床诊断一般不难；细菌学检验能明确感染病原，并提供有关抗菌药物对分离菌的抗菌活性等信息，有助于疾病治疗、流行病学调查研究和医院感染的监测。
临床呼吸道标本中常见分离细菌见表1表1呼吸道标本中的常见分离细菌二、标本米集本室必须注意生物安全防护。
（一）采集方法1 •自然咳痰法以晨痰为佳，采集标本前应用清水、冷开水漱口或牙刷清洁口腔和牙齿，有假牙者应取下假牙。
尽可能在用抗菌药物之前采集标本。
用力咳出呼吸道深部的痰，痰液直接吐入无菌、清洁、干燥、不渗漏、不吸水的广口带盖的容器中，标本量应》lml。
标本应尽快送检，不能及时送检的标本，室温保存w 2h o2•支气管镜采集法、防污染毛刷采集法、环甲膜穿刺经气管吸引法、经胸壁针穿刺吸引法和支气管肺泡灌洗法均由临床医生按相应操作规程采集，但必须注意采集标本时尽可能避免咽喉部正常菌群的污染。
3 •小儿取痰法用弯压舌板向后压舌，将拭子伸入咽部，小儿经压舌刺激咳嗽时，可喷出肺部或气管分泌物粘在拭子上送检。
幼儿还可用手指轻叩胸骨柄上方，以诱发咳痰。
（二）标本验收遇有不合格标本，应及时与临床联系，报告不合格标本拒收的具体理由。
下呼吸道标本验收与拒收见表2o三、实验室检查（一）肉眼观察 观察痰液的颜色、粘度、有无血丝和是否呈脓性，如见有颗粒存在，则应注意可能 与放线菌属及奴卡菌属感染有关。
Standard for Bacterial Culture Procedures 标本European Manual Microbiology.1罗斯菌属（Rothia spp.) `脑膜炎奈瑟菌草绿色链球菌草绿色链球菌、奈瑟菌属嗜血杆菌属、莫拉菌属常见引起细菌性社区感染典型肺炎病原菌：•肺炎链球菌•流感嗜血杆菌上呼吸道正常菌群•金黄色葡萄球•卡他莫拉菌细胞内病原引起非典型肺炎：•肺炎支原体•肺炎/鹦鹉热衣原体•嗜肺军团菌•柯克斯体（Q 热）痰的来源？是否被上呼吸道污染？hospitalization.Clin.Infec.Dis.31:869-874.9Gleckman,R.,J.DeVita,D.Hibert,C.Pelletier,and R.Martin.1988.Sputum gram stain assessment in community-acquired bacteremic pneumonia.J.Clin.Microbiol.26:846-849.内容特异性82%～91%，诊断价值远高于痰标本；附录B:“适合诊断的病原及检验项目”5.下呼吸道感染细菌培养的局限性培养结果假阴性、假阳性的原因球菌、流感嗜血杆菌（具侵袭性）定植数量会增加；`基础条件变化：使用免疫抑制剂、慢性肺病、广谱抗菌药物治疗或住院患者等人群中，革兰阴性杆菌的优势明显增加。
1）肺部感染的最常见机制：肺泡内吸入了口咽部定植菌；¾吸入性肺炎患者咽部菌群种类：多侵袭性细菌或耐药细菌，如肺炎链球菌或革兰阴性杆菌。
¾清除机制：健康宿主吸入口腔定植菌后常无临床症状，细菌通常被粘液柱状纤维清除。
¾吸入能否引起肺部感染取决于：吸入菌的致病性及数量；患者免疫系统；呼吸道功能等诸方面的因素。
2）吸入气溶胶肺部感染占第二位：主因：使用了不清洁的呼吸机。
3）血液播散性肺炎占第三位：感染通常造成双肺下叶肺炎。
2014/5/933.2 标本运送注1：若送检标本超过2h ，将导致有临床意义的致病菌数量减少，非苛养的口咽部定植 菌过度生长。
为防止口咽部正常菌群的过度生长，可将标本放置2℃～8℃环境，但 培养分离到肺炎链球菌等苛养菌的机会和数量会减少。
注2：若标本延迟送检超过2h 后未冷藏（超过2h ～24h ，2℃～8℃），应在报告中说明因 延误送检标本，可能对培养结果造成的影响。
3.3 筛选并拒收下呼吸道细菌培养标本❝拒收24h 内重复采集的痰细菌培养标本 ❝唾液❝鼻冲洗液和分泌物、鼻孔拭子 ❝咽部标本❝未经保护套管收集的支气管刷培养标本 ❝痰的厌氧菌培养标本注：除支气管穿刺吸出物、PSB 、活检标本、胸水或其他未经污染以外的标本做厌氧菌培养均不合格。
❝诱导痰注：诱导痰标本只适用于检测卡氏肺孢子菌和结核分枝杆菌，对其他病原菌检出效果差。
4.1 痰及气管吸出物标本处理 4.1.1标本处理要求❝接种标本及涂片操作必须在Ⅱ级生物安全柜中进行；❝应尽快处理所有标本，特别是来自急诊、新入院患者和有创方法采集的标本（如：BAL 和肺活检标本），以保证致病菌的活性，避免造成重复采集标本；❝使用全自动接种前处理系统的实验室按厂家说明书处理标本，洗痰、液化后自动接种和涂片革兰染色。
4.1.2 接种标本 4.1.3 培养4.1.4 标本涂片及革兰染色注1：革兰染色脱色时间因选用不同的脱色剂而异。
1）95%乙醇脱色时间为30s ；2）丙酮- 乙醇（体积比为3:7,棕色瓶室温保存，有效期1年）脱色时间1s ～5s ，脱色效果一致性 好；3）丙酮（试剂纯）脱色时间最短，当标本中含大量宿主细胞时脱色效果好。
注2：使用革兰染色仪染色的实验室按照厂家操作说明书进行，注意条件优化，使涂片染色结果达到满意效果。
4.1.5显微镜观察革兰染色结果注：低倍镜下细胞计数、油镜下细菌计数半定量指标；❝4.2 气管镜标本处理4.2.1 支气管肺泡灌洗液定量培养 4.2.2 保护毛刷定量培养4.2.3 接种其他培养基并培养 4.2.4 革兰染色标本处理4.2.5 剩余BAL 标本可用于其他病原检测（标本珍贵）对剩余BAL 标本离心后，可根据需要进行病毒、分枝杆菌、军团菌和真菌培养；或做病毒、卡氏肺孢子菌、抗酸染色和真菌涂片染色（见参考文献4的第六篇相关章节）（修改解释）。
下呼吸道感染细菌学检验操作规范一、相关临床知识临床通常将正常人喉以上部位称之为上呼吸道，上呼吸道定植有大量的正常菌群，而气管以下包括气管、支气管和肺泡称下呼吸道，通常无菌。
下呼吸道感染包括急性气管-支气管炎、慢性支气管炎急性发作、支气管扩张继发感染及肺实质感染(肺炎、肺脓肿)等。
病原体有细菌、病毒、衣原体、支原体、真菌、立克次体和原虫等。
下呼吸道感染患者可有发热、咳嗽和咳痰，痰呈脓性、粘稠或血性，可伴有胸痛、气急，肺部闻及湿罗音、白细胞总数及嗜中性粒细胞比例明显增高，x线检查提示肺部有炎症性浸润或胸腔积液等体症，严重时可导致感染性休克和呼吸衰竭，因此临床诊断一般不难；细菌学检验能明确感染病原，并提供有关抗菌药物对分离菌的抗菌活性等信息，有助于疾病治疗、流行病学调查研究和医院感染的监测。
临床呼吸道标本中常见分离细菌见表1二、标本采集本室必须注意生物安全防护。
(一)采集方法1．自然咳痰法以晨痰为佳，采集标本前应用清水、冷开水漱口或牙刷清洁口腔和牙齿，有假牙者应取下假牙。
尽可能在用抗菌药物之前采集标本。
用力咳出呼吸道深部的痰，痰液直接吐入无菌、清洁、干燥、不渗漏、不吸水的广口带盖的容器中，标本量应≥lml。
标本应尽快送检，不能及时送检的标本，室温保存≤2h。
2．支气管镜采集法、防污染毛刷采集法、环甲膜穿刺经气管吸引法、经胸壁针穿刺吸引法和支气管肺泡灌洗法均由临床医生按相应操作规程采集，但必须注意采集标本时尽可能避免咽喉部正常菌群的污染。
3．小儿取痰法用弯压舌板向后压舌，将拭子伸入咽部，小儿经压舌刺激咳嗽时，可喷出肺部或气管分泌物粘在拭子上送检。
幼儿还可用手指轻叩胸骨柄上方，以诱发咳痰。
(二)标本验收遇有不合格标本，应及时与临床联系，报告不合格标本拒收的具体理由。
下呼吸道标本验收与拒收见表2。
三、实验室检查(一)肉眼观察观察痰液的颜色、粘度、有无血丝和是否呈脓性，如见有颗粒存在，则应注意可能与放线菌属及奴卡菌属感染有关。
下呼吸道感染宏基因组二代测序报告临床解读路径专家共识摘要近年来，宏基因组二代测序（mNGS）技术在下呼吸道感染（LRTI）病原诊断领域得到了广泛应用，国内临床医师在mNGS的临床应用方面已积累了一定的经验和证据。
但mNGS在LRTI病原诊断中的适用场景仍缺乏规范，mNGS报告的临床意义解读也缺乏专业的指导意见。
本共识基于mNGS在我国LRTI病原诊断方面的应用实践，梳理mNGS在LRTI应用领域的瓶颈问题，汇总本领域专家意见，明确了mNGS在LRTI病原诊断中的适用场景，为mNGS报告临床意义提供了一条合理可行的解读路径，以期规范mNGS在LRTI中科学合理应用。
宏基因组二代测序是近年来兴起的基于核酸检测的微生物鉴定技术，由于其非预设性、高通量等优点而得到广泛应用。
下呼吸道感染主要包括社区获得性肺炎、医院获得性肺炎、免疫抑制宿主肺炎、慢性阻塞性肺疾病急性加重、支气管扩张症合并感染等类型，临床表现多样，感染微生物种类复杂，感染和定植鉴别困难，加之mNGS技术本身存在的局限性，mNGS诊断效力的发挥有赖于选择恰当患者、采用适宜标本以及进行合理的解读。
尽管国内就mNGS的技术要点和临床应用已有数部专家共识，但尚缺乏针对LRTI临床实践中具体问题的指导意见。
为此，中华医学会呼吸病学分会发起并组织呼吸与危重症、临床微生物检验、感染等多学科的专家撰写本共识，以期规范mNGS在LRTI中的临床应用，为更好地规范解读mNGS报告提供指引。
LRTI诊断要点、主要病原谱及特定致病微生物的危险因素本共识不再赘述，可参考相关指南或共识。
本共识采用问答的形式，首先提出需要阐明的问题，经共识写作组讨论后确定入选问题，在梳理临床证据的基础上给出每个问题的推荐意见及理由，并附上典型应用案例及其解析，方便读者掌握共识要点。
本共识适用于青少年和成人LRTI。
一、LRTI病原学诊断方法学问题1：mNGS 和传统微生物检测方法相比的优势与不足是什么？传统微生物检测方法技术成熟，可靠性较高，临床应用实践多；mNGS技术理论上能非预设性、一次性检测未知病原，检测范围更广，但存在技术复杂、报告解读困难等不足。
