分子模型的制作PPT课件

二氯甲烷结构式
二氯甲烷不存在同分异构体
二氯甲烷球棍模型
新课讲解
3.分子中含有4个碳原子的烃可能有多少种结构？尝试用
球棍模型进行探究
粗盐
4个碳原子的烷不烃溶有性：丁烷、异杂丁质 烷，结构简式 泥沙
分别为：CH3-CH2-CH2-CH3; CH3-CH(CH3)-CH3。
丁烷
异丁烷
新课讲解
4个碳原子的单烯烃有：1-丁烯、2-丁烯、2-甲基丙 烯、1,3-丁二烯。结构简式CH2=CH-CH2-CH3; CH3-CH=CH-CH3;CH3-C(CH3)=CH2， CH2=CH-CH=CH2 4个碳原子的炔烃有：1-丁炔、2-丁炔、 1,3-丁二炔,其结构简式分别为 CH≡C-CH2-CH3;CH3-C≡C-CH3; CH≡C-C≡CH
新课讲解
5、某烃的一氯代物只有两种，二氯代物有四
种，则该烃是（ D）
A .甲烷
B. 异戊烷
C. 2－甲基丙烷 D. 丙烷
新课讲解
6、把2-丁烯（CH3-CH=CH-CH3）跟溴水作用，其
产物主要是 ( C ) A 、1，2-二溴丁烷
B 、2-溴丁烷
C、2，3-二溴丁烷 D、1，1-二溴丁烷
课堂小结 有机物化合物结构的特点
新课讲解
乙炔
分子式 C2H2
乙炔
结构式 H一C≡C一H
结构特点 直线结构。分子里有碳-碳叁键(其中含两个不牢固的共价键) , 键与键之间的夹角是180° , 是直线型分子。两个不牢固的共 价键易断裂。
新课讲解
乙炔分子的球棍模型搭建 注意：是直线型分子，分子里每个C 和H形成一个C-H键，碳和碳之间通 过叁键链接(其中含两个不牢固的共价 键) , 键与键之间的夹角是180° 。

这样在本project 中，默认显示方式被设4
（3）绘制CH3F分子 点击工具栏中的 ，选择C原子 ，并绘制单个C原子，然后点击 ，自 动添加H原子，然后点击 ，并选中任 意一个H原子，选择Modify / Modify Element / Periodic Table，选择F元素。这 样就把选中的H原子换成了F原子， CH3F 分子绘制成功。点击 ，得到合理的初 始配置。
5
（4）文件重命名 选中Project Explorer 中的3D Atomistic.xsd ，2、在模其型上几单何击优鼠化标计右算键，选择Rename ， 将点名击称工改具为栏m中e的thylfluo，rid选e，择其Ca文lcu件la名tio变n，为 m在esthetyulfplu选or项id中e.x，sd。将Task由Energy设置为 Geometry Optimization ，Quality由 Medium设置为Coarse，Function保留系统 默认值： LDA 和PWC，然后点击Run。
10
（2）参数设置 将Number of frames 设置为25，勾选
Supe关闭窗口。
11
选择菜单栏的Build / Bonds ，打开对 （话3框），生在成键动和画形式中勾选Monitor bonding 。点然击后关闭按对钮话，框选。择Bounce，然后点击 按钮，播放动画，点击 ，动画停止播 放。
8
4、动画演示反应过程 在菜单栏选择Window/Tile Horizontally
，把两个分子模型放在同一窗口，旋转两 个分子，使没有键结构的两个F原子一个 在左边，一个在右边。
9
（1）反应物、生成物原子匹配 在菜单栏选择Tools / Reaction Preview，

分子很小，若把分子看 成一个球体，则分子直径 的数量级为10-10m.
例如，水分子的直径约为4×10-10m；氢气分子的直径约 为2.3×10-10m.
28g金可以拉伸为65km长的极细金丝，而金丝的直径仍 比金分子的直径大得多.
2500万个水分子一个挨一个地排成一行，长约1cm.
1、分子的概念
一、分子模型
大量的事实和研究表明，分子间不仅存在吸引力，而且还存在 排斥力。
找一个注射器，桶内加入一些 水（或用空气），用手指封住 口，另一支手用力压缩活塞时， 体验所用力的大小。
现象：会发现用力压缩时，活塞内的水会产生“抵抗”。 说明：当分子间距离变小时，分子间相互排斥，存在斥力。
3、分子间的吸引力与排斥力
水是由水分子组成的
氧气是由氧分子组成的
1、分子的概念
一、分子模型
随着科学技术的进步，人们发明了探测微观世界的工 具，如各种显微镜，并用它们收集更多的证据，检验科学 家提出的模型.
光学显微镜看到 的微小的细胞
通过放大率为1500万倍的电子显 微镜获得的碳化硅分子的结构图
1、分子的概念
一、分子模型
②常见的物质是由大量的分子组成的，分子间有空隙
三、分子间的相互作用
①用类比的方法理解分子间的引力与斥力
分子间的引力和斥力都跟分子间距离有关系，就好比用 弹簧连接起小球的情景。
当拉伸弹簧时，小球 间的距离变大，小球间的 作用力表现为引力。
当压缩弹簧时，小球间 的距离减小，小球间的作用 力表现为斥力。
3、分子间的吸引力与排斥力
三、分子间的相互作用
二、分子的运动 水和硫酸铜溶液的扩散实验
界面清晰
界面模糊
溶为一体
说明液体可以发生扩散.

48
(91) 吡嗪pyrazine
(92)喹啉quinoline
最新版整理ppt
49
(93)异喹啉isoquinoline
(94)苯并吡喃benzopyran
最新版整理ppt
50
(95)苯并-4-吡喃酮 benzo-4-pyrone
(96) 嘌呤 purine
最新版整理ppt
51
(97) D-(+)-甘油醛 D(+)-glyceraldehyde
最新版整理ppt
62
(119) 赖氨酸 lysine
(120) 色氨酸 tryptophan
最新版整理ppt
63
(121) 柠檬醛 b citral b
最新版整理ppt
64
(122) 维生素A vitamin A
最新版整理ppt
65
(123) 雌酮激素 estrogenic hormone
最新版整理ppt
最新版整理ppt
30
(55) 苯磺酸 benzenesulfonic acid
(56) 苯磺酰氯 benzenesulfonyl chloride
最新版整理ppt
31
(57)苯甲酸benzoic acid
(58) 阿斯匹林 aspirin
最新版整理ppt
32
(59) 甲酸 formic acid
(60) 乙酸 acetic acid
最新版整理ppt
33
(61)邻苯二甲酸 o-phthalic acid
(62) 邻苯二甲酸酐 o-phthalic anhydride
最新版整理ppt
34
(63) 乙酸酐acetic anhydride

人工智能与机器学习应用
人工智能和机器学习技术将在分子模拟中发挥越 来越重要的作用，例如用于优化模拟参数、预测 性质等。
多尺度模拟
目前分子模拟主要集中在原子或分子级别，未来 将进一步发展多尺度模拟方法，将微观尺度和宏 观尺度相结合，以更全面地理解物质性质和行为 。
跨学科融合
分子模拟将与生物学、医学、材料科学等更多学 科领域进行交叉融合，为解决实际问题提供更多 可能性。
环境科学
在环境科学领域，分子模拟可用于研究污 染物在环境中的迁移转化机制，为环境保 护提供理论依据。
THANKS.
分子动力学模拟的常见算法
Verlet算法
一种基于离散时间步长的算法，用于计算分子位置和速度。
leapfrog算法
一种常用的分子动力学模拟算法，具有数值稳定性和计算效率高的特 点。
Parrinello-Rahman算法
一种基于分子力场的算法，可以用于模拟大尺度分子体系的运动。
Langevin动力学算法
材料科学
通过模拟材料中分子的运动和相互作 用，可以研究材料的力学、热学和电 学等性质，为材料设计和优化提供依 据。
03
Monte Carlo模拟
Monte Carlo模拟的基本概念
随机抽样
Monte Carlo模拟基于随 机抽样的方法，通过大量 随机样本的统计结果来逼 近真实结果。
概率模型
Monte Carlo模拟建立概 率模型，模拟系统的状态 变化和行为。
通过模拟药物分子与靶点分子的相互作用，预测 药物活性并优化药物设计。
材料科学
研究材料中分子的结构和性质，预测材料的物理 和化学性质。
生物大分子模拟
模拟生物大分子的结构和动力学行为，如蛋白质 、核酸等，有助于理解其功能和性质。

.
39
具有对称轴的分子不一定没有旋光性
Cl C
H
H C
Cl
具有二重对称轴，有 对称面，没有旋光性
H Cl
H
HH
Cl
Cl
H
Cl Cl HH
.
具有二重对 H 称轴，有旋 Cl 光性
40
更替对称轴（Sn）
如果一个分子沿一根轴旋转了360°/n的角度以后， 再用一面垂直于该轴的镜象将分子反射，所得的镜 象如能与原物重合，此轴即为该分子的n重更替对称 轴（用Sn表示）。
常用比旋光度
t
来表示物质的旋光属性。
如：肌肉乳酸的比旋光度为
20
D
=+0.38°，发酵乳
酸的比旋光度为：
20
D
=-0.38°
t
B l
α: 旋光仪的旋光度
ρB: 质量浓度(g/ml) l: 盛液管的长度(分米) t: 测定时的温度
λ.: 光源的波长（一般采用3钠2 光
波长为589.3nm,用符号D表示）
HO
C H 3C
H
COOH
HOOC
OH
C CH3
H
O
HC
CH2
H 3C
O
H 2C
CH
CH3
.
38
对称轴（Cn）
如果穿过分子画一直线，分子以它为轴，旋转一 定角度后，可以获得与原来分子相同的形象，此直线 即为对称轴（Cn表示）。
当分子沿轴旋转360°/n，得到的构型与原来的分 子相重合，这个轴即为该分子的n重对称轴。
180o
CH3
OH
H
CH3
COOH
.
6
改变构型的操作： 1.在纸平面上旋转90º或270º， 2.离开纸面旋转，

ko
(57)苯甲酸benzoic acid
(58) 阿斯匹林 aspirin
ko
(59) 甲酸 formic acid
(60) 乙酸 acetic acid
ko
(61)邻苯二甲酸 o-phthalic acid
(62) 邻苯二甲酸酐 o-phthalic anhydride
ko
(63) 乙酸酐acetic anhydride
(64) 顺丁烯二酸酐 maleic anhydride
ko
(65) 乙酰氯 acetyl chloride
(66) 苯甲酰氯 benzoyl chloride
ko
(67) 乙酸乙酯 ethyl acetate
(68) 苯甲酸苄酯 benzyl benzoate
ko
(69) 乙酰胺 acetamide
ko
(51)苯酚 phenol
(52) 2-萘酚 2-naphthol
ko
(53) 硝基苯 nitrobenzene
(54) 2,4,6-三硝基苯酚 2,4,6- trinitrophenol
ko
(55) 苯磺酸 benzenesulfonic acid
(56) 苯磺酰氯 benzenesulfonyl chloride
（5）反-十氢合萘 (transdecahydronaphthalene)
（6）顺-十氢合萘 (cisdecahydronaphthalene)
ko
（7）乙烯 (ethene)
（8） 1,3-丁二烯 (1,3-butadiene)
ko
（9）异戊二烯 (methyl-1,3-butadiene)
（41）溴化乙基镁 （42）三甲基氯硅烷 （43）甲苯