㊃循证研究㊃基金项目:省部共建国家重点实验室中亚高发病成因与防治国家重点实验室开放课题T i m -1通过P I 3K -A k t -m T O R 信号通路调节肺结核病患者T 淋巴细胞免疫应答的作用机制研究(S K L -H I D C A -2022-18)通信作者:拜合提尼沙㊃吐尔地,E m a i l :1627971002@q q.c o m 宏基因组二代测序技术在肺结核诊断中应用价值的m e t a 分析沃拉孜汗㊃玛德尼亚提,迪力夏提㊃图尔迪麦麦提,李梦晨,拜合提尼沙㊃吐尔地(新疆医科大学第一附属医院呼吸重症监护室,新疆乌鲁木齐830000) 摘 要:目的 评价宏基因组二代测序(m e t a g e n o m i cn e x t -g e n e r a t i o ns e q u e n c i n g ,m N G S )应用于不同的临床标本对于肺结核(p u l m o n a r y tu b e r c u l o s i s ,P T B )的诊断价值㊂方法 计算机检索P u b M e d ㊁E m b a s e ㊁T h eC o c h r a n e L i b r a r y ㊁知网(C N K I )㊁万方和维普等数据库中于建库至2022年11月公开发表的宏基因组二代测序技术诊断P T B 的相关研究,获得的文献经过严格筛选和质量评估,由2名研究人员独立筛选文献,提取数据,并评估纳入研究偏倚风险之后,采用S t a t a S E 16软件和R e v m a n 5.3软件进行m e t a 分析㊂结果 纳入符合标准的文献11篇,共计1995例,m e t a 分析结果显示,m N G S 检测肺标本诊断P T B 的敏感度为70%(95%C I :58%~79%),特异度为99%(95%C I :98%~100%)㊁阳性似然比(P L R )为106.9(95%C I :31.1~366.6)㊁阴性似然比(N L R )为0.31(95%C I :0.21~0.43)㊁诊断比值比(D O R )为350(95%C I :81~1512)㊁曲线下面积(A U C )为0.97;m N G S 检测支气管肺泡灌洗液(b r o n c h o a l v e o l a r l a v a ge f l u i d ,B A L F )诊断P T B 敏感度为71%(95%C I :55%~83%),特异度为99%(95%C I :97%~100%),P L R 为76.4(95%C I :26.6~218.9),N L R 为0.30(95%C I :0.18~0.48),D O R 为258(95%C I :75~895)㊁A U C 为0.99;m N G S 检测肺组织诊断P T B 敏感度为81%(95%C I :69%~89%),特异度为97%(95%C I :88%~99%),P L R 为26.0(95%C I :6.6~102.4),N L R 为0.19(95%C I :0.11~0.33),D O R 为135(95%C I :29~639)㊁A U C 为0.97㊂结论 m N G S 诊断P T B 具有较高的应用价值,尤其在痰菌阴性P T B 的诊断价值更突出,可作为一种快速诊断P T B 的辅助工具㊂关键词:结核,肺;宏基因组二代测序;诊断价值;m e t a 分析中图分类号:R 521 文献标志码:A 文章编号:1004-583X (2023)05-0389-10d o i :10.3969/j.i s s n .1004-583X.2023.05.001M e t a -a n a l y s i s o f t h e a p p l i c a t i o nv a l u e o fm e t a g e n o m i c n e x t -ge n e r a t i o n s e q u e n c i n g t e c h n o l o g y i n t h e d i a g n o s i s of p u l m o n a r yt u b e r c u l o s i s W o l a z i h a n M a d e n i y a t i ,D i l i x i a t iT u e r d i m a i m a i t i ,L iM e n gc h e n ,B a i h e t i n i s h aT u e rd i Re s p i r a t o r y I n t e n s i v eC a r eU n i t ,t h eF i r s tAf f i l i a t e d H o s p i t a l o f X i n j i a ng M e d i c a lU n i v e r s i t y ,U r u m qi 830000,C h i n a C o r r e s p o n d i n g a u t h o r s :B a i h e t i n i s h aT u e r d i ,E m a i l :1627971002@q q .c o m A B S T R A C T :O b j e c t i v e T oe v a l u a t et h ed i a g n o s t i cv a l u eo fme t a g e n o m i cn e x t -g e n e r a t i o ns e q u e n c i n g (m N G S )t e c h n o l o g y i nd i f f e r e n t c l i n i c a l s p e c i m e n sf o r p u l m o n a r y tu b e r c u l o s i s (P T B ).M e t h o d s R e l e v a n tr e s e a r c h e so nt h e d i a g n o s i s o fP T Bb y u s i n g m N G S i n c l u d e d i nP u b M e d ,E m b a s e ,T h eC o c h r a n eL i b r a r y ,C N K I ,W a n f a n g a n dV i p a n d o t h e r d a t a b a s e sf o r p u b l i s h e df r o m t h ee s t a b l i s h m e n tt o N o v e m b e r2022w e r es e a r c h e d .A f t e rs t r i c ts c r e e n i n g an d q u a l i t y e v a l u a t i o n ,t h e l i t e r a t u r e sw e r e s c r e e n e db y t w o r e s e a r c h e r s i n d e p e n d e n t l y ,f o l l o w e db y da t a e x t r a c t i o n a n d r i s k a s s e s s m e n t o f i n c l u s i o n s t u d yb i a s .S t a t a S E 16s o f t w a r e a n dR e v m a n 5.3s o f t w a r ew e r eu s e d f o rm e t a -a n a l y s i s .R e s u l t s At o t a l o f 11e l i g ib l e l i t e r a t u r ea n d1995p a t i e n t sw e r e i nc l ude d i nt h em e t a -a n a l y s i s .T h er e s u l t ss h o w e dt h a t t h e s e n s i t i v i t y a n d s p e c if i c i t y o fm N G Sf o rP T Bd i ag n o s i s i nl u n g s p e c i m e n sw a s70%(95%C I :58%-79%)a n d99%(95%C I :98%-100%),p o s i t i v e l i k e l ih o o d r a ti o (P L R )w a s 106.9(95%C I :31.1-366.6),n e ga t i v e l i k e l i h o o d r a t i o (N L R )w a s 0.31(95%C I :0.21-0.43),d i a gn o s t i co d d sr a t i o (D O R )w a s350(95%C I :81-1512)a n dt h ea r e a u n d e r c u r v e (A U C )w a s 0.97.T h e s e n s i t i v i t y ,s p e c i f i c i t y ,P L R ,N L R ,D O R ,a n dA U Co fm N G S f o rP T Bd i a gn o s i s i nb r o n c h o a l v e o l a r l a v a g e f l u i d (B A L F )w e r e 71%(95%C I :55%-83%),99%(95%C I :97%-100%),76.4(95%C I :26.6-218.9),0.30(95%C I :0.18-0.48),258(95%C I :75-895),a n d 0.99,r e s p e c t i v e l y .T h e s e n s i t i v i t y a n d s p e c i f i c i t y o fm N G S f o rP T Bd i a g n o s i s i n l u n g ti s s u e sw e r e81%(95%C I :69%-89%)a n d97%(95%C I :88%-99%),P L R w a s 26.0(95%C I :6.6-102.4),N L R w a s 0.19(95%C I :0.11-0.33),D O R w a s 135(95%C I :29-639),a n d A U C w a s0.97.C o n c l u s i o n A p p l i c a t i o no f m N G St e c h n o l o g y e x e r t sh i g h d i a gn o s t i cv a l u ef o rP T B ,㊃983㊃‘临床荟萃“ 2023年5月20日第38卷第5期 C l i n i c a l F o c u s ,M a y 20,2023,V o l 38,N o .5Copyright ©博看网. All Rights Reserved.e s p e c i a l l yf o r s p u t u m-n eg a t i v eP T B,whi c hc a nb eu s e da s a na u x i l i a r y t o o l f o r r a p i dd i a g n o s i s o fP T B.K E Y W O R D S:t u b e r c u l o s i s,p u l m o n a r y;m e t a g e n o m i c n e x t-g e n e r a t i o n s e q u e n c i n g;d i a g n o s t i c v a l u e;m e t a-a n a l y s i s肺结核(p u l m o n a r y t u b e r c u l o s i s,P T B)是由结核分枝杆菌(m y c o b a c t e r i u mt u b e r c u l o s i s,MT b)感染并破坏肺组织而起病的一种慢性呼吸道疾病[1]㊂根据WHO最新报告显示[2],2020年约990万例新发结核病患者和约150万死亡患者,新报告P T B患者为476万例,提示全球在防治结核病方面进展缓慢,且相当大比例的P T B病例仍然是临床诊断,而不是细菌学证实[3]㊂因此早期准确检测MT b对于P T B诊断㊁及时治疗和预防传播具有重要意义㊂传统的抗酸杆菌染色法(a c i d f a s tb a c t e r i a,A F B)虽操作简单且快速,但敏感度较低而受限制㊂分枝杆菌培养方法耗时,一般需要2~8周,且标本容易受到污染[4]㊂T-S P O T T B试验敏感度和特异度优于传统方法,但其检测结果可能会受到年龄㊁B M I㊁免疫状态和其他因素的影响[5]㊂X p e r tMT b/R I F具有较高敏感度和特异度,然而X p e r tMT b/R I F检测技术的可用性依赖于复杂仪器并且成本高,且2020年全球数据显示[6],仅59%的P T B病例经细菌学确诊,提示MT b检测仍有较大差距,有必要开发快速检测MT b以进行P T B诊断的方法㊂宏基因组二代测序(m e t a g e n o m i c n e x t-g e n e r a t i o n s e q u e n c i n g,m N G S)是一种快速检测包括MT b在内的各种病原体的新技术[7],m N G S不需要对病原体进分离培养和纯化,直接从临床样本中提取所有遗传物质片段(D N A或R N A)并同时独立测序,构建生物参考数据库和严格的序列读取映射来识别可能的病原体[8]㊂迄今为止,已有多项研究探讨了m N G S在发现致病病原体和指导靶向抗菌治疗方面的价值[9],多数研究结果显示m N G S诊断P T B 敏感度优于培养和A F B,同时与X p e r t相似[10]㊂然而鉴于研究样本量㊁标本类型以及研究方法的限制,我们检索目前国内外应用m N G S技术诊断P T B的相关研究,采用m e t a分析方法评价m N G S应用于不同肺标本检测对P T B诊断的价值㊂1资料与方法1.1检索策略1.1.1计算机检索 P u b M e d㊁E m b a s e㊁C o c h r a n e L i b r a r y㊁C N K I数据库㊁万方㊁维普等数据库,收集采用m N G S技术诊断P T B的诊断性试验,检索时间为建库至2022年11月㊂1.1.2检索词选择在C N K I数据库㊁万方㊁维普中文检索词:结核㊁肺结核等,宏基因组二代测序㊁宏基因二代测序㊁m N G S等㊂在P u b M e d㊁E m b a s e㊁C o c h r a n e L i b r a r y数据库中英文检索词: t u b e r c u l o s i s㊁T u b e r c u l o s e s㊁K o c h s D i s e a s e㊁M y c o b a c t e r i u m t u b e r c u l o s i s I n f e c t i o n等, T u b e r c u l o s i s,P u l m o n a r y㊁T u b e r c u l o s e s, P u l m o n a r y㊁P u l m o n a r y T u b e r c u l o s e s㊁P u l m o n a r y T u b e r c u l o s i s㊁P u l m o n a r y C o n s u m p t i o n㊁C o n s u m p t i o n,P u l m o n a r y㊁P u l m o n a r y C o n s u m p t i o n s㊁P u l m o n a r y P h t h i s i s㊁P h t h i s e s, P u l m o n a r y㊁P u l m o n a r y P h t h i s e s等,M e t a g e n o m i c N e x t-G e n e r a t i o nS e q u e n c i n g㊁m N G S等㊂中文检索策略(以知网为例):(主题=肺结核+结核)A N D (主题=二代测序+m N G S+宏基因二代测序+宏基因组二代测序);英文检索策略(以P u b M e d为例): ((t u b e r c u l o s i s[T i t l e/A b s t r a c t])O R ((T u b e r c u l o s e s,P u l m o n a r y[T i t l e/A b s t r a c t])O R (P u l m o n a r y T u b e r c u l o s e s[T i t l e/A b s t r a c t])O R (P u l m o n a r y T u b e r c u l o s i s[T i t l e/A b s t r a c t])O R (P u l m o n a r y C o n s u m p t i o n[T i t l e/A b s t r a c t])O R (C o n s u m p t i o n,P u l m o n a r y[T i t l e/A b s t r a c t]))O R (C o n s u m p t i o n s,P u l m o n a r y[T i t l e/A b s t r a c t])O R (C o n s u m p t i o n s,P u l m o n a r y[T i t l e/A b s t r a c t])O R (P u l m o n a r y P h t h i s i s[T i t l e/A b s t r a c t])O R (P h t h i s e s,P u l m o n a r y[T i t l e/A b s t r a c t])O R (P h t h i s i s,P u l m o n a r y[T i t l e/A b s t r a c t]))O R (P u l m o n a r y P h t h i s e s[T i t l e/A b s t r a c t])A N D (M e t a g e n o m i c N e x t-G e n e r a t i o nS e q u e n c i n g[T i t l e/A b s t r a c t])O R(m N G S[T i t l e/A b s t r a c t])㊂1.1.3检索方法在上述数据库中检索相关的原始论文,并对文献所用的关键词及主题词进行分析,进一步确定文献检索关键词,并采用主题词结合自由词的方法进行文献搜索,对所得文献㊁文体㊁摘要按照纳入排除标准进行筛选,符合标准的文章经全文阅读进一步确定纳入文献,并对相关文献的参考文献进行筛选保证文献查全㊂1.2文献纳入和排除标准1.2.1纳入标准 ①采用m N G S技术诊断P T B的研究,能直接或间接获取四格表数据㊂②研究对象为临床上疑似P T B或肺部感染的成人患者,且有明确的诊断标准㊂肺结核诊断标准参照‘肺结核诊断“㊃093㊃‘临床荟萃“2023年5月20日第38卷第5期 C l i n i c a l F o c u s,M a y20,2023,V o l38,N o.5Copyright©博看网. All Rights Reserved.(W S288-2017),临床诊断标准为结合影像特征和结核免疫学检测阳性,排除其他疾病,且抗结核药物治疗经评估有效㊂确诊标准为具有病原学或者病理诊断依据,或采用现代分子生物学检测手段(P C R 法㊁基因检测等)结合临床资料等进行综合分析的确诊患者㊂③详细提供m N G S 技术操作流程的研究,标本类型不限㊂1.2.2 排除标准 ①相关数据不完整,无法获取四格表数据的研究文献㊂②研究病例数不足10例的文献㊂③病例报告㊁综述㊁会议论文等㊂④排除诊断标准不一致的文献㊂1.3 文献的筛选与资料提取 由2名研究者先分别独立对初检文献和摘要独立阅读,再根据纳入与排除标准对检索出的文献独立进行筛选,对可能纳入分析的文章阅读全文,并进行质量评价和相关资料提取㊂提取内容包括研究的一般信息(作者㊁年份㊁样本量㊁研究方法)㊁标本类型㊁诊断标准㊁m N G S 测序方法和测序条件㊁四格表数据即真阳性值(T P )㊁假阳性值(F P )㊁假阴性值(F N )㊁真阴性值(T N )㊂1.4 文献质量评价 本次研究严格进行质量评价,由2名研究员在R e v M a n 5.3软件上按照C o c h r a n e -2偏倚风险评估工具进行评分,意见若不同,则与第三方进行商讨后决定,并用 高风险 不确定风险低风险 对文章质量进行评估㊂1.5 统计学方法 采用R e v m a n 5.3软件对纳入研究进行质量评价㊂使用S t a t a S E 16软件进行分析,提取各独立研究的诊断性实验四格表数据,绘制敏感度与特异度的森林图,根据P 值和I 2值评估异质性㊂I 2ɤ50%,异质性较小,采用固定效应模型进行分析;I 2>50%为异质性较大,采用随机效应模型㊂分析计算纳入研究的敏感度㊁特异度㊁阳性似然比(po s i t i v e l i k e l i h o o d r a t i o ,P L R )㊁阴性似然比(n e ga t i v e l i k e l i h o o d r a t i o ,N L R )㊁诊断比值比(d i a gn o s t i c o d d s r a t i o ,D O R )及其95%可信区间(c o n f i d e n c ei n t e r v a l ,C I )㊂绘制汇总受试者工作特征(S u mm a r yr e c e i v e r o p e r a t i n g c h a r a c t e r i s t i c c u r v e ,S R O C )曲线,并计算曲线下面积(a r e au n d e rt h ec u r v e ,A U C )㊂针对明显的异质性寻找产生异质性的可能来源,分组并采用随机效应模型进行亚组分析㊂敏感度分析使用C o o k 距离用于识别强烈影响的研究,以及标准化残差的散点图用于检测异常值㊂D e e k s 漏斗图不对称性检验用于评估发表偏倚,双尾P 值<0.05差异有统计学意义㊂2 结 果2.1 文献检索结果 检索到文献共447篇,剔除重复文献后得到初始文献314篇,浏览文题及摘要后排除不相关研究㊁综述和病例报告等文献302篇,纳入12篇文献;通过阅读全文,排除无法提取四格表数据的文献1篇,最终纳入11篇[11-21]符合标准的文献进行m e t a 分析,见图1㊂图1 文献检索流程图F i g.1 F l o wc h a r t o f d o c u m e n t r e t r i e v a l ㊃193㊃‘临床荟萃“ 2023年5月20日第38卷第5期 C l i n i c a l F o c u s ,M a y 20,2023,V o l 38,N o .5Copyright ©博看网. All Rights Reserved.2.2纳入研究的基本特征纳入11篇研究文献,发表年份在2019-2022年,研究地区均为中国, P T B组734例,非P T B组1261例,研究中包含了易混淆的疾病并给出了明确的P T B诊断标准㊂2篇文献明确研究m N G S在痰菌阴性P T B中的诊断价值,其余9篇文献研究疾病为疑似P T B或肺部感染患者㊂为阐明m N G S技术应用于不同标本类型中诊断P T B的价值,本研究未对标本类型进行限制,在纳入研究的7篇文献中可获得m N G S应用于肺标本[包括痰㊁肺组织㊁支气管肺泡灌洗液(B r o n c h oa l v e o l a r L a v a g eF l u i d,B A L F)㊁血液㊁胸腔积液等]检测P T B 的诊断价值,8篇文献中可获得m N G S应用于B A L F检测诊断P T B的应用价值,3篇文献中可获得m N G S在肺组织中的诊断价值,因此我们对不同的标本类型均进行了m e t a分析㊂另外,m N G S的操作方法和测序条件不规范,我们严格纳入使用宏基因组二代测序方法检测MT b的研究,并对m N G S 测序方法及测序平台进行了总结,11篇研究文献测序方法均选择了D N A序列,只有1篇文献中未提及测序方法及测序平台,7篇文献测序条件均在B G I S E Q平台上进行测序,3篇文献在其他平台(主要是I l l u m i n aN e x t S e q平台)上进行测序㊂纳入研究的特征表见表1,m N G S检测3种标本诊断P T B 的四格表数据见表2㊂表1纳入研究文献特征T a b.1 C h a r a c t e r i s t i c s o f i n c l u d e d s t u d i e s第一作者年份P T B组(例)非P T B组(例)诊断标准研究方法m N G S测序平台标本类型Z h o u等[11]20191314临床/病原前瞻性研究B G I S E Q肺标本S h i等[12]20204862临床/病原前瞻性研究其他B A L FC h e n等[13]20201720临床/病原回顾性研究B G I S E Q B A L F/肺标本J i n等[14]202053424临床/病原回顾性研究B G I S E Q B A L F/肺组织/肺标本L i u等[15]2021142111临床/病原回顾性研究B G I S E Q B A L FZ h u等[16]20214661临床/病原回顾性研究B G I S E Q B A L F/肺组织/肺标本王春等[17]202110324临床/病原回顾性研究B G I S E Q B A L F/肺组织/肺标本孙雯雯等[18]2021100105临床/病原回顾性研究B G I S E Q肺标本赵素娥等[19]20229560临床/病原回顾性研究未知B A L FX u等[20]20227123临床/病原回顾性研究其他B A L FF u等[21]202246357临床/病原回顾性研究其他肺标本表2 m N G S检测不同临床标本诊断P T B的四格表数据T a b.2D a t ai nf o u rt a b l e sf o rt h ed i a g n o s i so fP T Bi n d i f f e r e n t c l i n i c a l s p e c i m e n s d e t e c t e db y m N G S标本类型作者T P F P F N T N肺标本Z h o u等[11]80514C h e n等[13]140320J i n等[14]31722417Z h u等[16]411560王春等[17]5714623孙雯雯等[18]59041105F u等[21]36010357B A L F S h i等[12]2312561C h e n等[13]110314J i n等[14]11210108L i u等[15]85057111Z h u等[16]291345王春等[17]240178赵素娥等[19]5504060X u等[20]670423肺组织J i n等[14]81144Z h u等[16]121214王春等[17]280842.3质量评价11篇文献中3篇为中文文献,8篇为英文文献;S h i等[12]的研究中金标准包含了m N G S结果,故评价为 高风险 ,其余所有研究未说明金标准诊断是否在不知晓m N G S的结果下进行的,故评为 不确定风险 ;除了Z h o u等[11]的研究外,其余研究未说明纳入研究的病例是否为连续或随机,故评为 不确定风险 ;所有研究临床适用性评为 低风险 ㊂见图2~3㊂2.4 m N G S技术诊断P T B的应用价值2.4.1异质性检验 S R O C曲线形状不呈现典型的 肩臂状 ,且在发表偏倚中P>0.05,表明不存在阈值效应㊂在m N G S检测肺标本的异质性结果显示,敏感度I2=80.36,特异度I2=53.33;在B A L F 中,敏感度I2=86.04,均采用随机模型进行合并㊂在肺组织中I2均为0,表明不存在显著异质性㊂㊃293㊃‘临床荟萃“2023年5月20日第38卷第5期 C l i n i c a l F o c u s,M a y20,2023,V o l38,N o.5Copyright©博看网. All Rights Reserved.图2 质量评估详细结果F i g.2 D e t a i l e d r e s u l t s o f q u a l i t y a s s e s s m e nt 图3 风险偏倚评估图F i g.3 R i s kd e v i a t i o na s s e s s m e n t c h a r t 2.4.2 诊断价值参数汇总分析 M e t a 分析结果示,m N G S 检测肺标本诊断P T B 敏感度为70%(95%C I :58%~79%),特异度为99%(95%C I :98%~100%),P L R 为106.9(95%C I :31.1~366.6),N L R 为0.31(95%C I :0.21~0.43),D O R为350(95%C I :81~1512);m N G S 检测B A L F 诊断P T B 敏感度为71%(95%C I :55%~83%),特异度为99%(95%C I :97%~100%),P L R 为76.4(95%C I :26.6~218.9),N L R 为0.30(95%C I :0.18~0.48),D O R 为258(95%C I :75~895);m N G S 检测肺组织诊断P T B 敏感度为81%(95%C I :69%~89%),特异度为97%(95%C I :88%~99%),P L R 为26.0(95%C I :6.6~102.4),N L R 为0.19(95%C I :0.11~0.33),D O R 为135(95%C I :29~639)㊂见表3,图4~6㊂表3 m N G S 在不同标本类型中诊断P T B 的参数汇总T a b .3 S u mm a r y o f p a r a m e t e r s f o rm N G Sd i a g n o s t i c o f P T B i nd i f f e r e n t s p e c i m e n t y pe s 标本类型敏感度(95%C I )特异度(95%C I )P L R (95%C I )N L R (95%C I )D O R (95%C I )A U C (95%C I )肺标本70%(58%~79%)99%(98%~100%)106.9(31.1~366.6)0.31(0.21~0.43)350(81~1512)0.97(0.95~0.98)B A L F 71%(55%~83%)99%(97%~100%)76.4(26.6~218.9)0.30(0.18~0.48)258(75~895)0.99(0.98~1.00)肺组织81%(69%~89%)97%(88%~99%)26.0(6.6~102.4)0.19(0.11~0.33)135(29~639)0.97(0.95~0.98)㊃393㊃‘临床荟萃“ 2023年5月20日第38卷第5期 C l i n i c a l F o c u s ,M a y 20,2023,V o l 38,N o .5Copyright ©博看网. All Rights Reserved.图4 m N G S 检测肺标本诊断P T B 的灵敏度和特异度森林图F i g.4 F o r e s t p l o t o f s e n s i t i v i t y a n d s p e c i f i c i t y o fm N G Sd e t e c t i o no f l u n g s p e c i m e n s f o r t h e d i a g n o s i s o f P TB 图5 m N G S 检测B A L F 诊断P T B 的灵敏度和特异度森林图F i g.5 F o r e s t p l o t o f s e n s i t i v i t y a n d s p e c i f i c i t y o fm N G Sd e t e c t i o no f B A L F f o r t h e d i a g n o s i s o f P TB 图6 m N G S 检测肺组织诊断P T B 的灵敏度和特异度森林图F i g.6 F o r e s t p l o t o f s e n s i t i v i t y a n d s p e c i f i c i t y o fm N G Sd e t e c t i o no f l u n g t i s s u e f o r t h e d i a g n o s i s o f P T B ㊃493㊃‘临床荟萃“ 2023年5月20日第38卷第5期 C l i n i c a l F o c u s ,M a y 20,2023,V o l 38,N o .5Copyright ©博看网. All Rights Reserved.2.4.3S R O C分析绘制m N G S检测不同标本诊断P T B的S R O C曲线,结果显示:m N G S检测肺标本的A U C为0.97(0.95~0.98),m N G S检测B A L F 的A U C为0.99(0.98~1.00),m N G S检测肺组织标本的的A U C为0.97(0.95~0.98)㊂见图7㊂图7不同标本诊断P T B的S R O C曲线a.m N G S检测肺标本诊断P T B的S R O C曲线(图中对应研究编号依次为:①C h e n等[13],②F u等[21],③J i n等[14],④Z h o u等[11],⑤Z h u等[16],⑥孙雯雯等[18],⑦王春等[17]);b.m N G S检测B A L F诊断P T B的S R O C曲线(图中对应研究编号依次为:①C h e n等[13],②j i n等[14],③L i u等[15],④S h i等[12],⑤X u等[20],⑥Z h u等[16],⑦王春等[17],⑧赵素娥等[19]);c.m N G S检测肺组织诊断P T B的S R O C曲线(图中对应研究标号依次为:①J i n等[14],②Z h u等[16],③王春等[17])F i g.7S R O C p l o t o f d i f f e r e n t s p e c i m e n s f o r d i a g n o s i n g P T B a.S R O C p l o t f o r d i a g n o s i n g P T Bb y d e t e c t i n g l u n g s a m p l e sw i t hm NG S.b.S R O C p l o t f o r d i a g n o s i n g P T Bb y d e t e c t i n g B A L Fw i t hm N G S.c.S R O C p l o t f o r d i a g n o s i n g P T Bb y d e t e c t i n g l u n g t i s s u ew i t hm N G S2.4.4亚组分析和敏感度分析为探讨异质性来源,我们对m N G S检测B A L F标本检测的研究按照研究类型㊁m N G S测序平台㊁痰涂片状况进行亚组分析,结果显示研究类型和m N G S测序平台亚组间敏感度值一致(P>0.05);然而,痰菌阴性P T B研究的敏感度[89%(81%~97%)]显著高于痰菌阳性P T B研究的敏感度[64%(54%~73%)](P< 0.05)㊂敏感度分析表明,整体研究结果稳定,没有明确的异常值,但可看出Z h u等[16]和X u等[20]的研究在目前的工作中影响较大,这与我们亚组分析结果一致㊂亚组分析及敏感度分析结果见表4和图8㊂表4 m N G S检测B A L F的亚组分析T a b.4S u b g r o u p a n a l y s i s o fm N G Sd e t e c t i o no fB A L F分组研究数量敏感度(95%C I)P值研究类型回顾性分析前瞻性研究7171%(58%~83%)67%(54%~79%)0.674测序平台B G I S E Q其他5370%(52%~88%)72%(47%~97%)0.882痰涂片情况阴性阳性2689%(81%~97%)64%(54%~73%)<0.05图8 m N G S检测B A L F的敏感性分析a.拟合优度分析;b.双变量正态性分析;c.影响分析;d.异常值检测,图中对应研究编号依次为:①C h e n等[13],②j i n等[14],③L i u等[15],④S h i等[12],⑤X u等[20],⑥Z h u等[16],⑦王春等[17],⑧赵素娥等[19]F i g.8S e n s i t i v i t y a n a l y s i s o fm NG Sd e t e c t i o no f B A L F a.G o o d n e s s-o f-f i t;b.B i v a r i a t en o r m a l i t y;c.I n f l u e n c eA n a l y s i s;d.O u t l i e rD e t e c t i o n㊃593㊃‘临床荟萃“2023年5月20日第38卷第5期 C l i n i c a l F o c u s,M a y20,2023,V o l38,N o.5Copyright©博看网. All Rights Reserved.2.4.5 发表偏倚 我们绘制了m N G S 检测3种标本的D e e k s 漏斗图,未发现发表偏倚(P >0.05),见图9㊂图9 m N G S 检测3种标本的D e e k s '漏斗图 a .m N G S 检测肺标本诊断P T B 的D e e k s '漏斗图;b .m N G S 检测B A L F 诊断P T B 的D e e k s '漏斗图;c .m N G S 检测肺组织诊断P T B 的D e e k s '漏斗图F i g.9 m N G Sd e t e c t sD e e k s 'f u n n e l p l o t s o f 3s p e c i m e n s a .D e e k s 'f u n n e l d i a g r a mo fm N G S d e t e c t i o n o f l u n g s p e c i m e n f o r d i a g n o s i s o f P T B ;b .D e e k s 'f u n n e l d i a g r a mo fm N G S d e t e c t i o n o f B A L F f o r d i a g n o s i s o f P T B ;c .D e e k s 'f u n n e l d i a g r a mo fm N G S d e t e c t i o n o f l u n g t i s s u e f o r d i a gn o s i s o f P T B3 讨 论MT b 作为细胞内病原体,生长缓慢㊁较难培养[22],如何快速㊁准确检测MT b 已成为近几年的研究热点㊂m N G S 通过非靶向D N A /R N A 测序对细菌㊁真菌㊁病毒和寄生虫序列的检测,促进了病原体的快速鉴别[23-24],既往研究显示m N G S 诊断感染性疾病的敏感度和特异度分别为50.7%和85.7%[9],并且受先前抗生素使用的影响较小,被认为是检测感染性疾病有前途的技术㊂我们的m e t a 分析结果显示,m N G S 检测B A L F 诊断P T B 的敏感度(71%95%C I :55%~83%)低于已报道的X pe r t MT b /R I F 的敏感度(87%95%C I :84%~90%)[25],但特异度(99%95%C I :97%~100%)高于X pe r tMT b /R I F (92%95%C I :91%~93%),且在不同的标本中m N G S 检测的A U C 值均接近于1,且S R O C 曲线均靠近左上角,说明m N G S 具有很高的诊断价值,D O R 值均大于1,提示m N G S 的判别效果较好,然而,P L R (>10)和N L R (>0.1)说明m N G S 的诊断优势在于确诊疾病而非排除疾病,因此对于m N G S 检测MT b 阴性的结果不能完全排除MT b 感染,应慎重解读㊂在我们的研究中m N G S 应用于肺标本和B A L F 检测对于P T B 的诊断效应相当,但值得一提的是,m N G S 检测肺组织标本中的敏感度[81%(95%C I :69%~89%)]高于B A L F 标本[71%(95%C I :55%~83%)],可能原因为活检会导致组织和细胞的破坏,细胞内的MT b 被完全暴露,因此检测MT b 的敏感度将会提高,这与F u 等[21]结果一致,m N G S 检测肺组织诊断MT b 的效应比B A L F 标本更敏感,但由于肺活检对人体侵入伤害性更大,因此在临床工作中更应该权衡利弊㊂在我们的m e t a 分析中,既没有观察到阈值效应也没有观察到发表偏倚㊂然而,研究之间的敏感度存在很大的异质性㊂由于肺标本组包括了B A L F ㊁肺组织㊁痰㊁血液等各种临床标本,并且各研究纳入所包含的标本类型不尽相同,异质性来源因素本就较多,因此我们对B A L F 组进行了亚组分析,发现m N G S 测序平台和研究类型并不是异质性的主要来源㊂然而,痰菌阴性P T B 的2篇研究敏感度值很高(P <0.05),在剔除这两篇文献后汇总敏感度,发现异质性降为0,因此我们有理由怀疑这2篇研究为导致异质性的主要来源,但这也提示m N G S 应用于B A L F 检测对于痰菌阴性P T B 的诊断价值更高,这一结果证实了J i n 等[14]研究结果,m N G S 对痰液检测没有优势,而在痰菌阴性P T B 中的表现优于痰菌阳性P T B ,而与已发表的数据对比可知,诊断痰菌阴性P T B 的敏感度(89%95%C I :81%~97%)高于X pe r tMT b /R I F 检测痰菌阴性P T B 的敏感度(86%95%C I :80%~92%)[25],证实了m N G S 检测B A L F 对菌阴性P T B 具有很高的诊断价值㊂m N G S 作为一种无偏倚测序方法,理论上可以检测临床样本中所有的病原菌,因此,除了具有很高的敏感度和特异度的优势外,在鉴别混合感染方面具有更大的潜能㊂既往研究表明[26],m N G S 诊断混合性肺部感染的敏感度为97.2%,远高于常规检测(13.9%,P <0.05),并且m N G S 的病原体检测范围比传统检测更广㊂X u 等[27]的研究结果也表明m N G S 是检测混合感染的强大工具,最常见的组合是细菌-细菌共感染,他们发现m N G S 除了能够检测常见病原体外,也能够检测诺卡氏菌㊁肺孢子菌等罕㊃693㊃‘临床荟萃“ 2023年5月20日第38卷第5期 C l i n i c a l F o c u s ,M a y 20,2023,V o l 38,N o .5Copyright ©博看网. All Rights Reserved.见且难以培养的病原体,为进一步了解肺部感染患者的微生物分布特征和病原体溯源提供帮助,为此类患者的抗生素治疗提供了更深入的了解㊂m N G S 还可以通过对抗生素耐药基因进行测序,在耐药性预测方面也具有巨大潜力,对指导治疗方案和改善抗生素管理提供了新的诊断证据[28]㊂总而言之, m N G S在病原体检测方面具有很大的优势,能为诊疗混合感染的P T B提供更多的临床价值㊂然而, m N G S检测费用较高,导致在临床上广泛使用受限制,并且由于m N G S读数丰度低,在耐药性检测方面也存在一定的缺陷[29],需要不断地探索和完善m N G S检测功能㊂本研究存在以下不足:(1)多数研究为回顾性研究,前瞻性研究很少,研究方法学质量不高;(2)纳入的研究样本量较小,m N G S诊断痰菌阴性P T B的研究文献较少,评估诊断准确性的能力不足;(3)有些研究文献对标本类型未进行明确规定,有些研究未明确说明纳入研究的患者曾经是否用过抗结核药物,导致评估m N G S诊断效应存在误差㊂我们的m e t a分析研究显示,m N G S检测肺标本㊁B A L F㊁肺组织对于P T B具有很高的诊断性能,可作为一种快速诊断的辅助工具,尤其在痰菌阴性P T B的诊断价值更突出,对于难以诊断以及合并感染的P T B可选择m N G S进行诊疗㊂针对本研究存在的局限性,今后仍需更多的前瞻性㊁大样本及多中心的研究进一步证实m N G S的诊断价值㊂参考文献:[1] P e z z e l l aA T.H i s t o r y o f p u l m o n a r y t u b e r c u l o s i s[J].T h o r a cS u r g C l i n,2019,29(1):1-17.[2]高静韬,刘宇红.2021年世界卫生组织全球结核病报告要点解读[J].河北医科大学学报,2022,43(7):745-749. 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