牛基因组中新的microRNA预测及分析
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体高且可能改善绒山羊的生长发育及胴体性状,不过,这需在更多群体中检验G→C突变位点能否用于山羊相关性状等的分子标记辅助选择。
本文仅初步分析了不同H2FAB P基因型与陕北白绒山羊相关性状的关系,H2FAB P基因是否确实影响绒山羊的生长发育及胴体性状,是否与山羊肉IMF含量、嫩度、风味等肉质性状相关,还有待进一步研究。
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用同源搜索的计算分析法预测新的miRNA s是当前发现和鉴定mi RNA的有效方法之一,本研究根据NCB I数据库中的牛EST、GSS信息以及猪、家犬、人、大猩猩和小家鼠5种哺乳动物的已经注册mi RNA分子信息,预测牛新的候选mi RNA,通过碱基错配、二级结构、A+U含量、自由能大小等分析候选序列特征,得到了17条牛新的候选mi RNA。
这对进一步寻找牛的mi RNA和遗传育种研究提供了新的思路,具有一定的理论和实际意义。
关键词:牛;mi RNA;预测;分析Predict ion an d A nal ysis of N ovel m iR N A in C a tt leMu Song,Zho ng Jin2cheng,Chen Zhi2hua,et al(K ey La boratory of Animal G e netic s and Breeding,State Et hnic Affair s Co mmission2Ministr yof Education,So uthwe st U nive rsity for Nationalities,Chengdu610041) 收稿日期:2009210229作者简介:穆松(19832),男,硕士。
通讯作者:钟金城(19632),男,教授,博士,研究方向为动物遗传学。
文章编号:100729726(2010)0120008204(中图分类号:S82312)Abstract:MicroRNAs(mi RNA s)i s a kind of non2codi ng small RNA which regulates t he expression of gene i n eukaryot ic or ganism.MiRNA confi rmed have played a n i mport ant rol e in t he organi sm growt h,develop ment and di sea se processed.Predicti ng new mi RNA s by com2ichieri ow P J gata et al.hermo d namics o at t acid bi nding to engi neered mut ant s o t he adipoc te and int esti nal at t acid bindi ng prot ei ns J.he Jo urnal o iolo gical Chemi st r netic variatio n and chromosomal assi gnment t o sheep chromosome 2o t he ovi ne heart at t aci d bi ndi ng prot ei n gene A P J.C t ogeneti c and eno me esearch200298:27027.put er2based homology search analysi s i s an effecti ve way to di scover and i dentif y mi RNA.In t hi s st udy,a new candi date bovi ne mi RNA was predict ed accordi ng to bovi ne ES T,G SS i nformation i n NCB I dat aba se,as well as pi gs,dogs,huma n,gorilla and M us muscul us mi RNA i nformation which was al ready regi st ered.By anal yzi ng t he ca ndidat e sequence acco rdi ng ba se mi smat ch,seco ndary st r uct ure,A+U conte nt,t he size of f ree energy and ot her met hod,17bovi ne new candidat e mi RNA were gott en.Thi s provide a new way for finding catt le mi RNA a nd cat tl e breedi ng and ge netic research i n t heoretical and pract ical significance.K eyw or ds:cat tl e;mi RNA;prediction;anal ysi s 自20世纪90年代以来,作为小分子RNA家族中的一员,MicroRNA(mi RNA)已受到广泛的关注,2006年的诺贝尔生理学或医学奖就颁发给了小分子RNA 的研究者。
许多研究表明,无论是线虫还是哺乳动物,其体内的mi RNA通过分裂或转录抑制目标mRN A达到调控基因表达以及生长发育、细胞增殖和凋亡等作用[1]。
mi RNA是长度为20～24个碱基(nt)的非编码单链RNA,广泛存在于真核生物中,其本身不具备开放阅读框(ORF:Open Read Fra me)。
成熟的mi RNA5’端为一磷酸基团,3’端为羟基,可同上游或下游的序列部分地配对形成茎环结构,mi RNA是由具有茎环二级结构的mi RNA前体(per2mi RNA)加工而成。
许多试验表明,mi RNA前体在物种间具有高度的进化保守性,其中以茎环部保守性最强。
mi RNA的表达还具有特异性和时序性特点,在生物体的不同组织中有不同类型的mi RNA,生长发育的不同阶段也存在不同种类的mi RNA。
这些性质都表明mi RNA参与了复杂的基因表达调控过程,并决定了生物的生长发育及其行为等变化[2]。
生物信息学技术是预测和发现新miRNA的有效办法[325]。
大部分的mi RNA序列在动物中高度保守,通过计算机软件和其他计算工具可以预测、鉴定出生物的mi RNA,并可以利用ES T、GSS数据库对miRNA进行大规模的生物信息学预测和分析[628]。
本研究根据N C B I数据库中的牛ES T、GSS信息以及猪、家犬、人、大猩猩和小家鼠5种哺乳动物的已经注册mi RNA分子信息,预测牛基因组中新的候选miR NA,以期为进一步寻找牛的mi RN A和遗传育种研究提供一条新的思路和方法。
