下载文档原格式
oligo使用说明一、介绍oligo是一款功能强大的软件，用于处理DNA或RNA序列的设计和分析。
本文档提供了oligo的使用说明，包括软件安装、功能介绍和操作指南等内容。
二、安装1、软件包在oligo官方网站（）上oligo软件的安装包。
2、安装软件双击安装包，按照安装向导的指示完成软件的安装过程。
三、功能介绍oligo拥有以下主要功能：1、序列设计- DNA或RNA序列的快速设计和合成。
- 引物和探针的设计。
- 引物二聚体和杂交结构的模拟。
2、序列分析- 序列的一致性和变异性分析。
- 序列的限制酶切位点分析。
- 序列的物理性质和二级结构预测。
四、操作指南1、序列设计a：创建新项目：在菜单栏中选择“文件”，然后选择“新建项目”。
b：输入序列：在新建项目中，输入待设计的序列。
c：设计引物：选择“设计引物”功能，根据需要设置引物的参数，“开始设计”按钮。
d：查看设计结果：设计完成后，查看引物设计的结果，根据结果选择合适的引物。
2、序列分析a：导入序列：在菜单栏中选择“文件”，然后选择“导入序列”。
b：分析序列：选择“分析序列”功能，根据需要选择相应的分析方法，“开始分析”按钮。
c：查看分析结果：分析完成后，查看分析结果，进行相关的数据分析和解释。
五、附件本文档涉及的附件包括：oligo软件安装包、示例项目文件等。
六、法律名词及注释1、DNA（脱氧核糖核酸）：一种存在于细胞中的生物大分子，携带遗传信息。
2、RNA（核糖核酸）：一种通过转录过程从DNA中合成的分子，参与蛋白质的合成。
3、引物（primer）：DNA或RNA序列，在PCR等实验中用于引导扩增或反向转录。
4、探针（probe）：DNA或RNA序列，通过与目标序列特异性结合，进行检测或识别。
七、结束。
在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法:1，直接用键盘输入：a，点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence 命令，进入序列展示窗口；b，此时即可键入DNA序列；c，如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。
点击Edit菜单中的“Readback on”即可。
2，利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open 的文件格式，如word文件.html格式，这个功能就显得很有用了。
在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。
当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。
3，如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo就可以直接打开序列文件。
点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。
进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退火温度窗口,以及序列内部碱基稳定性窗口.其中的退火温度窗是我们引物设计的主窗，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5’端稳定性是否稍高于3’端等。
一，普通引物对的搜索：以Mouse 4E（cDNA序列）为例。
我们的目的是以Mouse 4E（2361 bp）为模板，设计一对引物来扩增出600－800bp长的PCR产物。
1，点击“Search“菜单中的”For Primers and Probes“命令，进入引物搜索对话框；2，由于我们要设计的是一对PCR引物，因此正、负链的复选框都要选上，同时选上Compatible pairs.在Oligo默认的状态下，对此引物对的要求有：a，无二聚体；b，3’端高度特异，GC 含量有限定，d，去除错误引发引物等。
Oligo 6 Tour 主要功能介绍Oligo是一种多功能的程序，通过从一个序列中搜索、选择寡核苷酸而广泛运用于PCR、DNA 测序、定向诱变及各种杂交中。
它采用nearest neighbor thermodynamic values的方法计算出杂交的温度及寡核苷酸的二级结构。
Oligo软件已经被认可作为一种选择及分析寡核苷酸的工业软件，运用于各种分子生物学中。
最早的商业化的软件在1989年被开发出来。
本文描述了Oligo软件的最重要的特征及性能。
1、主窗口当你运行Oligo、并输入序列之后,Oligo出现了两个窗口：上面的一个为Tm窗口（The Melting Temperature window），下面的一个为内部稳定性窗口（五聚体的DG），还有第三个窗口，即寡核苷酸频率窗口，隐藏在内部稳定性窗口之后。
--图1，2Tm窗口显示了一部分的DNA/RNA的活性片段，Tm的散点图显示了在这个片段中的每20个碱基的Tm值。
分析的片段的长度是可变的，取决于monitor resolution。
圈出来的序列部分及黄色的bar即代表当前分析的20个碱基的Tm值【注：Olig6.71的版本为20个碱基，与原文的21个碱基不同】.可通过点击窗口的左下角的Upper、Lower按钮选择上游引物、下游引物。
划分Tm图二等分的水平线代表了这个序列的所有的21个碱基的寡核苷酸的平均Tm值(or free energy or degeneracy or %GC)。
在Tm图的分别为双链的核苷酸序列及相应的氨基酸【彩色的代表使用的密码子】--图3内部稳定性窗口显示了寡核苷酸的内部稳定性(五具体的自有能)。
可被用于预测用于PCR 或测序反应特异性的把握度2. Analyze - Key Info显示寡核苷酸的基本信息。
--图4，53. Analyze - Duplex Formation显示了上游引物、下游引物的潜在的二级结构的形成。
Oligo使用方法介绍作为目前最好、最专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，在这里我们介绍它的一些主要功能：如：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等等。
在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法：1，直接用键盘输入：a，点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence命令，进入序列展示窗口；b，此时即可键入DNA序列；c，如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。
点击Edit菜单中的“Readback on”即可。
2，利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open的文件格式，如word 文件.html格式，这个功能就显得很有用了。
在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。
当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。
3，如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo就可以直接打开序列文件。
点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。
进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退火温度窗口以及序列内部碱基稳定性窗口，其中的退火温度窗口是我们引物设计的主窗口，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5’端稳定性是否稍高于3’端等。
一， 普通引物对的搜索：以Mouse 4E（cDNA序列）为例。
我们的目的是以Mouse 4E（2361 bp）为模板，设计一对引物来扩增出600－800bp长的PCR产物。
Oligo使用方法介绍作为目前最好、最专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，在这里我们介绍它的一些主要功能：如：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等等。
在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法：1，直接用键盘输入：a，点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence命令，进入序列展示窗口；b，此时即可键入DNA序列；c，如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。
点击Edit菜单中的“Readback on”即可。
2，利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open的文件格式，如word 文件.html格式，这个功能就显得很有用了。
在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。
当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。
3，如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo就可以直接打开序列文件。
点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。
进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退火温度窗口以及序列内部碱基稳定性窗口，其中的退火温度窗口是我们引物设计的主窗口，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5’端稳定性是否稍高于3’端等。
一，普通引物对的搜索：以Mouse 4E（cDNA序列）为例。
我们的目的是以Mouse 4E（2361 bp）为模板，设计一对引物来扩增出600－800bp长的PCR产物。
Nanodrop 2000/2000C 分光光度计V1.0 用户手册基因有限公司仪器应用技术支持亲爱的用户，您好！非常感谢您选购我公司代理的仪器。
我们将竭诚为您提供优质的售后服务及免费的专业应用培训。
为了更好地进行仪器的应用培训，我们根据您所选购的仪器特点，将需要您配合准备的工作敬告如下：1. 应用培训内容：仪器操作培训和软件应用培训。
仪器操作培训包括：仪器的操作、维护和仪器使用注意事项。
软件应用培训包括：用户本次所购买的同仪器配套的所有软件的软件应用培训。
2. 培训时间：仪器正式安装调试后，由安装工程师现场培训仪器操作。
3. 应用培训中所需准备的试剂、耗材和仪器均需由用户提供，并在系统培训开始前准备好。
4. 用户签收售后服务工作报告后，基因公司正式的系统培训内容即完成。
您以后在使用的过程中有任何疑问都可以向我们咨询，我们非常乐意为您们解决应用上遇到的问题。
5. 在仪器的使用过程中，无论遇到您认为多么微小或繁琐的问题，请您及时和我们联系，一个及时的通知能节约您的时间，也能帮助我们更好的了解仪器和软件。
6. 联系我们时请您提供：仪器型号、软件名称，版本、错误代码、实验目的、操作系统（98/2k/xp/NT）、维修历史等相关资料。
本守则提的信息仅供参考，本守则包含的所有信息应该是正确和完整的。
如果对本守则中的描述有疑问，请参考厂家的英文操作说明。
如果由于您的不正当使用而对仪器造成损坏或者导致仪器的性能损伤，本公司将不会对此负责。
1．仪器介绍仪器描述Thermo Scientific NanoDrop 2000/2000C分光光度计可以检测0.5-2ul的样本，而且检测是非常高的准确性和重复性。
ND2000C分光光度计不仅提供了NanoDrop样品保留专利技术的便利性，也可以使用传统的比色皿来进行样本检测。
样本保留系统应用了表面张力来把样本保留在两根检测光纤中间，这使得仪器可以检测较高浓度的样本而不用稀释。
Oligo使用方法介绍作为目前最好、最专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，在这里我们介绍它的一些主要功能：如：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等等。
在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法：1，直接用键盘输入：a，点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence命令，进入序列展示窗口；b，此时即可键入DNA序列；c，如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。
点击Edit菜单中的“Readback on”即可。
2，利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo 不能直接open的文件格式，如word文件.html格式，这个功能就显得很有用了。
在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo 会自动去除非碱基字符。
当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。
3，如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo 就可以直接打开序列文件。
点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。
进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退火温度窗口以及序列内部碱基稳定性窗口，其中的退火温度窗口是我们引物设计的主窗口，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5’端稳定性是否稍高于3’端等。
一，普通引物对的搜索：以Mouse 4E（cDNA序列）为例。
我们的目的是以Mouse 4E（2361 bp）为模板，设计一对引物来扩增出600－800bp长的PCR产物。
Nanodrop 2000/2000C 分光光度计V1.0 用户手册基因有限公司仪器应用技术支持亲爱的用户，您好！非常感谢您选购我公司代理的仪器。
我们将竭诚为您提供优质的售后服务及免费的专业应用培训。
为了更好地进行仪器的应用培训，我们根据您所选购的仪器特点，将需要您配合准备的工作敬告如下：1. 应用培训内容：仪器操作培训和软件应用培训。
仪器操作培训包括：仪器的操作、维护和仪器使用注意事项。
软件应用培训包括：用户本次所购买的同仪器配套的所有软件的软件应用培训。
2. 培训时间：仪器正式安装调试后，由安装工程师现场培训仪器操作。
3. 应用培训中所需准备的试剂、耗材和仪器均需由用户提供，并在系统培训开始前准备好。
4. 用户签收售后服务工作报告后，基因公司正式的系统培训内容即完成。
您以后在使用的过程中有任何疑问都可以向我们咨询，我们非常乐意为您们解决应用上遇到的问题。
5. 在仪器的使用过程中，无论遇到您认为多么微小或繁琐的问题，请您及时和我们联系，一个及时的通知能节约您的时间，也能帮助我们更好的了解仪器和软件。
6. 联系我们时请您提供：仪器型号、软件名称，版本、错误代码、实验目的、操作系统（98/2k/xp/NT）、维修历史等相关资料。
本守则提的信息仅供参考，本守则包含的所有信息应该是正确和完整的。
如果对本守则中的描述有疑问，请参考厂家的英文操作说明。
如果由于您的不正当使用而对仪器造成损坏或者导致仪器的性能损伤，本公司将不会对此负责。
1．仪器介绍仪器描述Thermo Scientific NanoDrop 2000/2000C分光光度计可以检测0.5-2ul的样本，而且检测是非常高的准确性和重复性。
ND2000C分光光度计不仅提供了NanoDrop 样品保留专利技术的便利性，也可以使用传统的比色皿来进行样本检测。
样本保留系统应用了表面张力来把样本保留在两根检测光纤中间，这使得仪器可以检测较高浓度的样本而不用稀释。
Nanodrop 2000/2000C 分光光度计V1.0 用户手册基因有限公司仪器应用技术支持亲爱的用户，您好！非常感谢您选购我公司代理的仪器。
我们将竭诚为您提供优质的售后服务及免费的专业应用培训。
为了更好地进行仪器的应用培训，我们根据您所选购的仪器特点，将需要您配合准备的工作敬告如下：1. 应用培训内容：仪器操作培训和软件应用培训。
仪器操作培训包括：仪器的操作、维护和仪器使用注意事项。
软件应用培训包括：用户本次所购买的同仪器配套的所有软件的软件应用培训。
2. 培训时间：仪器正式安装调试后，由安装工程师现场培训仪器操作。
3. 应用培训中所需准备的试剂、耗材和仪器均需由用户提供，并在系统培训开始前准备好。
4. 用户签收售后服务工作报告后，基因公司正式的系统培训内容即完成。
您以后在使用的过程中有任何疑问都可以向我们咨询，我们非常乐意为您们解决应用上遇到的问题。
5. 在仪器的使用过程中，无论遇到您认为多么微小或繁琐的问题，请您及时和我们联系，一个及时的通知能节约您的时间，也能帮助我们更好的了解仪器和软件。
6. 联系我们时请您提供：仪器型号、软件名称，版本、错误代码、实验目的、操作系统（98/2k/xp/NT）、维修历史等相关资料。
本守则提的信息仅供参考，本守则包含的所有信息应该是正确和完整的。
如果对本守则中的描述有疑问，请参考厂家的英文操作说明。
如果由于您的不正当使用而对仪器造成损坏或者导致仪器的性能损伤，本公司将不会对此负责。
1．仪器介绍仪器描述Thermo Scientific NanoDrop 2000/2000C分光光度计可以检测0.5-2ul的样本，而且检测是非常高的准确性和重复性。
ND2000C分光光度计不仅提供了NanoDrop样品保留专利技术的便利性，也可以使用传统的比色皿来进行样本检测。
样本保留系统应用了表面张力来把样本保留在两根检测光纤中间，这使得仪器可以检测较高浓度的样本而不用稀释。
oligo软件使用方法介绍在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法:1，直接用键盘输入：a，点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence命令，进入序列展示窗口；b，此时即可键入DNA序列；c，如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。
点击Edit菜单中的“Readback on”即可。
2，利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open的文件格式，如word文件格式，这个功能就显得很有用了。
在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。
当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。
3，如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo就可以直接打开序列文件。
点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。
进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退火温度窗口,以及序列内部碱基稳定性窗口.其中的退火温度窗是我们引物设计的主窗，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5’端稳定性是否稍高于3’端等。
一，普通引物对的搜索：以Mouse 4E（cDNA序列）为例。
我们的目的是以Mouse 4E（2361 bp）为模板，设计一对引物来扩增出600－800bp长的PCR产物。
1，点击“Search“菜单中的”For Primers and Probes“命令，进入引物搜索对话框；2，由于我们要设计的是一对PCR引物，因此正、负链的复选框都要选上，同时选上Compatible pairs.在Oligo默认的状态下，对此引物对的要求有：a，无二聚体；b，3’端高度特异，GC含量有限定，d，去除错误引发引物等。
Nanodrop 2000/2000C 分光光度计V1.0 用户手册基因有限公司仪器应用技术支持亲爱的用户，您好！非常感谢您选购我公司代理的仪器。
我们将竭诚为您提供优质的售后服务及免费的专业应用培训。
为了更好地进行仪器的应用培训，我们根据您所选购的仪器特点，将需要您配合准备的工作敬告如下：1. 应用培训内容：仪器操作培训和软件应用培训。
仪器操作培训包括：仪器的操作、维护和仪器使用注意事项。
软件应用培训包括：用户本次所购买的同仪器配套的所有软件的软件应用培训。
2. 培训时间：仪器正式安装调试后，由安装工程师现场培训仪器操作。
3. 应用培训中所需准备的试剂、耗材和仪器均需由用户提供，并在系统培训开始前准备好。
4. 用户签收售后服务工作报告后，基因公司正式的系统培训内容即完成。
您以后在使用的过程中有任何疑问都可以向我们咨询，我们非常乐意为您们解决应用上遇到的问题。
5. 在仪器的使用过程中，无论遇到您认为多么微小或繁琐的问题，请您及时和我们联系，一个及时的通知能节约您的时间，也能帮助我们更好的了解仪器和软件。
6. 联系我们时请您提供：仪器型号、软件名称，版本、错误代码、实验目的、操作系统（98/2k/xp/NT）、维修历史等相关资料。
本守则提的信息仅供参考，本守则包含的所有信息应该是正确和完整的。
如果对本守则中的描述有疑问，请参考厂家的英文操作说明。
如果由于您的不正当使用而对仪器造成损坏或者导致仪器的性能损伤，本公司将不会对此负责。
1．仪器介绍仪器描述Thermo Scientific NanoDrop 2000/2000C分光光度计可以检测0.5-2ul的样本，而且检测是非常高的准确性和重复性。
ND2000C分光光度计不仅提供了NanoDrop样品保留专利技术的便利性，也可以使用传统的比色皿来进行样本检测。
样本保留系统应用了表面张力来把样本保留在两根检测光纤中间，这使得仪器可以检测较高浓度的样本而不用稀释。
Invitrogen 合成生物学服务产品手册•高品质引物和探针合成生物学服务合成生物学是什么？合成生物学是分子生物学与系统生物学的组合，使用工程学的原则来设计生物系统和生物工厂，其目的是创造出改进的生物功能以应对当前与未来的挑战。
我们相信合成生物学将会改变我们获取能源、生产食物以及优化工业过程的方式，并能检测、预防与治愈疾病。
我们致力于为科研人员提供卓越的技术和解决方案。
通过科学与工程，这一独特的领域能让科研人员研究、修改、创造和再创造高度复杂的生化途径、DNA 序列、基因以及自然生物系统，以便能够理解并解答一些关于生命最有挑战性的问题。
其中Pleasanton, California 工厂拥有：• ISO 9001认证• ISO 13485认证• GMP 认证我们在全球有9个生产基地：• Pleasanton, California • Regensburg, Germany • Aukland, New Zealand • Haneda, Japan • Inchinnan, UK • San Paulo, Brazil • Suzhou, China • Beijing, China • Guangzhou, China立足中国在中国，我们有苏州、北京、广州三地工厂进行合成生物学服务，服务内容包括引物合成和探针合成。
苏州、北京和广州工厂均获得ISO 9001认证，其中苏州工厂另有ISO 14000认证。
我们有多样化的仪器：• 25+台Jurassics 合成仪• 3台Applied Biosystems 3900合成仪• 3台Mermade12高通量合成仪• 1台AKTA 大规格合成仪• 5台LCMS 质检仪器• 1台 Agilent 96CE PRO II • 15+台 HPLC 纯化仪满足不同类型的应用需求：• PCR • qPCR • STR • SSR • NGSInvitrogen 引物合成服务已经超过了20年，我们在20余年的专业DNA 合成中积累了丰富的经验和良好的业内声誉。
O l i g o中文使用手册
Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估）Oligo使用方法介绍作为目前最好、最专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，在这里我们介绍它的一些主要功能：如：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等等。
在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法：
1.直接用键盘输入：
a.点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence命令，进入序列展示窗口；
b.此时即可键入DNA序列；
c.如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。
点击Edit菜单中的“Readback on”即可。
2.利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open的文件格式，如word文件.html格式，这个功能就显得很有用了。
在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。
当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。
3，如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo就可以直接打开序列文件。
点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。
进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退火温度窗口以及序列内部碱基稳定性窗口，其中的退火温度窗口是我们引物设计的主窗口，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5’端稳定性是否稍高于3’端等。
一，普通引物对的搜索：
以Mouse 4E（cDNA序列）为例。
我们的目的是以Mouse 4E（2361 bp）为模板，设计一对引物来扩增出600－800bp长的PCR产物。
1.点击“Search“菜单中的”For Primers and Probes“命令.进入引物搜索对话框；
2.由于我们要设计的是一对PCR引物.因此正、负链的复选框都要选上.同时选上Compatible pairs。
在Oligo默认的状态下.对此引物对的要求有：a.无二聚体；b.3’端高度特异.GC含量有限定.d.去除错误引发引物等。
3.剩下的工作是确定上、下游引物的位置及PCR产物的长度以及引物设计参数。
①单击：“search Ranges”按钮.弹出“Search Ranges”对话框。
输入上游引物的范围：1－2000.下游引物的位置：100－2300；PCR产物的长度600－800bp。
②单击“Paramaters”按钮进入“Search Parameters”对话框.对话框种分三个活页.分别是：不同设定.参数以及更多参数。
③在“普通设定”窗口.为我们提供了对引物非常直观的设定方法.从高到低分六个等级.最后还有一个用户定制选项。
④当我们对引物的各种参数的含义及应该设定多大值并不是特别清楚时.就可以直接设定Very high/High等来完成对引物设计参数的设定。
⑤当我们选中“Automatically Change String”后.Oligo会在引物搜索过程中：如果在高等级设定中无法找到引物对时自动降低一个定级来进行搜索.知道找到引物对。
在设计反向PCR引物对时.就选中“Inverse PCR”复选框。
⑥我们还可以让引物的长度可以改变.以适应设定的Tm值或PE？（Prime Effitions.引发效率）。
也可以限定所选引物对的最大数目。
⑦在“Parameters”窗口中.实际上需要我们改动的只有引物的长度.根据试验的要求作相应的改变.如23nt。
其他参数就使用Oligo的默认值.一般无需改变。
在“More Parameters“窗口中.一般也无需作任何改变.直接用Oligo的默认值。
4.点击“确认”－“Ok”进入搜索窗口.再次单击“OK”后.Oligo自动完成引物对的搜索.并出现一个搜索结果窗口。
显示出得到的引物对数目。
5.点击“Ok”.出现“PrimerPairs”窗口.在窗口中列出了7对引物的简单信息.引物位置.产物长度.最佳退火温度及GC含量。
单击“Sort”按钮.可以按产物长度.最佳退火温度及GC含量从小到大或从大到小的顺序排列。
6.点击任意一对引物.在旁边马上弹出一个叫“PCR”的窗口.在窗口中我们可以看到这对引物在模板中的大概位置.最佳退火温度（该温度可以直接应用于我们实际PCR中的第二步退火）。
另外还有引物的Tm值.GC含量.引发效率.同时还计算出了产物的Tm值于引物Tm值的差异以及引物间Tm值的差异。
一般我们尽量保持前者在20度以内.后者在5－6度以内。
点击不同的引物对时.PCR窗口内容同时作相应的改变。
7.要想了解引物的详细信息.如二聚体.发卡结构形成情况、组成、Tm值和错误引发位点等.这时只需点击“Analyze”菜单中的相应命令.就可以分别得到相关信息。
例如点击“Duplex Formation”.我们就可以得到上游引物间.下游引物间及上下游引物间形成二聚体的情况。
同理.“Hairpin Formation”.“Composition and Tm”.“False Priming Sites”等命令就可以显示出相关信息。
所有这些分析的结果都有助于我们从Oligo搜索得到的多对引物中选择最佳的引物对。
需要说明的是.1.如果一次搜索得到的引物对太多时.我们可以适当提高选定的条件和规定更合适的搜索范围来减少引物对数；2.引物一般尽量不要在3’端或是离3’端太近的位置形成二聚体.同时二聚体的自有能绝对值尽量小于10；3.对于错误引发.在普通PCR中.如果引发效率在160 points以上时.就可能出现杂带.在测序反应中.错误引发效率则应该严格控制在120 points以下。
8.Oligo中每对引物的详细信息可以直接导出为一个文本文件：
首先点击“File”菜单中的“Print/Save Options”.在出现的对话框中的普通设定选中“Selected”；在“Analyze I”中选择需要保存的信息.在“Analyze II”
中选中PCR。
单击确定按钮退出.这时再次点击“File”菜单.Save浮动命令中的“Data Save as”.选择路径及文件名即可。
二.测序引物的设计：
在oligo中.测序引物设计过程与普通引物设计大部分都很相似。
还是以Mouse 4E为例.假如我们要在600－800bp的位置设计一条测序引物。
Open－Search
在“Search”窗口中.选中“Sequece Primer”.同时去除负链Search的选中
在“Search Range”窗口.输入正链的600－800bp
在“Parameters”中选定 very high .引物长度改为18bp
结果得到11条测序引物.与普通引物同理.根据其详细信息就可以挑选到一条最佳的测序引物。
三.针的设计：
探针的设计与测序引物设计基本相同.只需使“Search”窗口的探针设计选中.改变探针的长度就可以。
四.评估引物对：
我们在各种文献中查到的引物.如果直接进行PCR.往往很难重复别人的实验结果。
这时就想到.是不是引物的质量有问题？能不能用软件来对这些问题引物进行一
些分析呢？答案时肯定的。
1.点击File菜单中的New命令；
2.在“Edit New Sequence”的窗口中用键盘输入上游引物；
3.如果该引物的首位置不是1的话.可以在“Edit”窗口中输入新的5’端位置数字.如20；
4.点击Accept/Discard菜单的Accept命令；
5.如果引物序列长度不同于当前的引物的话.可以从“Change”菜单中改变当前的引物长度；
6.选取当前序列为上游引物（点击“upper”按钮）；
7.从Edit菜单中选取“Lower Primer”命令.在Edit Lower窗口中输入下游引物的序列；
8.在Edit窗口的上角处.输入相应的5’位置；
9.选取“Accept and Quit”命令；
如果想让程序给出最佳退火温度.在此时的对话框中输入PCR产物的长度以及GC 含量所占百分比.一般哺乳动物的cDNA序列中GC大约占44％。
10.点击OK就可以在“Analyze”菜单中完成各种分析了。
