PAG软件操作说明

libpag原理引言在软件开发中，为了提高性能和效率，常常使用各种库（lib）来简化特定任务的实现。

其中，libpag（Page Allocator Library）是一种用于页面分配的库，其原理基于操作系统的内存管理机制。

本文将深入探讨libpag的原理，解释它是如何工作的以及在实际开发中的应用。

libpag的基本原理1. 内存分配与释放libpag的核心原理之一是通过封装操作系统提供的内存分配和释放接口，简化开发者对内存的管理。

在大多数操作系统中，内存被分为页面（Page），通常大小为4KB。

libpag通过操作系统的系统调用（syscalls）来请求一定数量的页面，然后将这些页面划分为更小的块以供程序使用。

2. 块管理libpag采用块管理的方式来有效地利用分配的页面。

块是由一个或多个页面组成的内存单元，libpag负责追踪每个块的使用情况。

当应用程序请求内存时，libpag会分配一个或多个块，并记录它们的状态（已分配或空闲）。

当内存不再需要时，libpag将这些块标记为空闲状态以便后续的分配。

3. 缓存机制为了提高性能，libpag通常会实现一种缓存机制。

即便一个块被释放，libpag可能会将其保留在缓存中，以便在将来的分配请求中更快地满足。

这种缓存机制有助于减少频繁的系统调用，提高内存分配的效率。

libpag的应用场景1. 高性能计算在需要大量内存分配和释放的高性能计算环境中，libpag的优化内存管理机制可以显著提升程序的执行效率。

它能够更灵活地应对不同规模和频率的内存操作，减少内存碎片并降低系统开销。

2. 嵌入式系统在嵌入式系统中，资源有限，内存管理对系统性能至关重要。

libpag通过优化页面分配和释放，有助于嵌入式系统更有效地利用有限的内存资源，提供更高的性能和稳定性。

3. 大规模数据处理在需要处理大规模数据的场景中，libpag的内存管理机制能够更好地适应数据的动态变化。

它有效地处理了大量的内存分配请求，并通过缓存机制降低了系统开销，从而提高了数据处理的效率。

格柏使用教程一、AccuMark基础知识AccuMark软件操作流程二、读图（1）、建利新的储存区打开软件——点击软件窗口的第四个按钮——双击ACCUMARK资源管理器——在弹出来的软件窗口的左侧选择存储路径（如C盘、D盘、E盘、F盘）——在右侧的空白处点击右键新建储存区——输入客户的名称（或者业务员的名称）——完成（2）、如何将资料放在别的盘符（例D盘）如果是新的软件是没有设置过的，一般系统会自动默认为将文件存放在C盘即软件盘，一般情况下我们需要将资料存放在其他的硬盘里，为防止C盘因为软件文件过多导致系统运行卡顿或者死机的现象，所以可以通过下面的方法将文件存放到别的硬盘中，以下以D盘为例：1、D盘——在D盘里右键新建名字为USERROOT的文件夹——双击打开USERROOT——在USERROOT文件夹里新建名为STORAGE的文件夹——回到我的电脑C盘——将C盘里的USERROOT,STORAGE里的DA TA70复制到D盘里的USERROOT,STORAGE 里即可2、打开ACCUMARK资源管理器——检视——刷新储存区——F5刷新即可（2）、建利放缩表（打板、放码时所用）1、在新建的储存区的右侧栏的空白处右击新建放缩表，点击进入——点击尺码名称选择尺码类别——在最小码处填写码数——在下一组尺码组别中填完所有尺码——填写基准码——填写跳马值——点击上面的保存图标——关闭窗口——点击F5刷新，即可在右侧看见新建立的放缩表2、如果尺码是英数字，则在跳马值这一选项中是不能输入数据的（原因是没有规律性）3、新建剪口参数表（英文单词是P-NOTCH）4、硬件设置（即读图板的连接设置）如果读图板没有连接时，进入系统的界面点击第四个图标，双击硬件设置，点击应用即可三、认识读图板1、读图前准备工作2、 读好版后将样版复制到自己的文件夹中，选中样片右击重命名可以修改自己的样片名称（特别注意：后面的“-*”切勿去掉） 3、 读图步骤 （1）、修改存储路径在资源管理器的“检视”里有“参数设置”——点击读图选项——点击后面的三个小点点——选取自己的文件夹——双击后确定完成即可完成存储路径 （2）、开始读图（在读图板上进行）A 点击：样片名称 * *样片类别 * *样片描述（样片片数） * *A 点击放缩表名称 * *布纹线 * A A *读样片周边线（顺时针方向读图）4、建利放缩表5、建利剪口参数表6、认识读图板7、读图注意事项8、读图基本操作及读图内部资料设置读图基本操作读图内部资料设置普通点————A I——————不对称内部虚线剪口————AC1 N——————对称内部虚线>90度角————AD9 D——————对称钻孔E——————不对称钻孔四、PDS样片设计五、样片设计与修改六、打板前的准备工作1）在资源管理器内有存放样板的储存区2）在“储存区”内建利“放缩表”3）在GERBER LaunchPad第一个按钮打开“样片设计”：a)将“检视”——“参数选项”——“路径”——“储存区”更改为存放新样板的储存区b)将放缩表更改为储存区内的新放缩表，点击“应用”、“保存”七、打板实例（以女士V领衬衫前片打板方法为例）步骤：1）创造一个长方形样片：样片——创建样片——长方形——在工作区中左击向右下角拉一个长方形，左击确定2）画胸围线、腰节线、胸宽线线段——创建线段——平行复制——选中线同时点击左右键——输入数据即可3）直开领、横开领线段——创建线段——输入线段——选择点按住不动——左右键双击右侧栏输入数据（此为领深）——右击选择垂直线选取领宽线——左右键双击——右击选取“水平”（此为领口的尺寸）——点击领基线即可——点击确定完成4）肩斜线段——创建线段——输入线段——选取点按住不动并且拖动至边缘的点，直到有框弹出即可——左右键同时按住并松开——填写数据——点击右菜单栏的确定（特别注意：此处右侧栏应该显示为光标而不是数值，否则不能进行下一步）——右击确定——再右击确定即可5）画领围线、袖笼弧线、下摆线线段——创建线段——输入线段——选取点按住不动——右击选取“两点拉弧”——选中另一个线的端点——即可在此两个点的中间拉弧——点击确定完成6）画侧缝曲线线段——创建线段——输入线段——选取点按住不动（袖穴处的点）——在中间选择一个点——右击弧线——再选中一个点——左右键双击松开以输入数据7）套取样片样片——创建样片——套取样片（顺时针套取）8）内部线段修改线段——修改线段——修建线段或分割线段或点——修改点——沿线移动点9）保存点击左上角的保存图标——右键全选——右键确定（注意路径选择）10）样片做对称片右击“编辑线段资料”——将样片的内部线选中——在右侧的栏里写上种类/标记：N——点击应用确定——样片——产生对称片——选中中心点——点击确定再确定即可11）在打板界面改样片名称右击选中“编辑样片资料”——选取样片——将名称以及样片统一命名——描述是“X”几片——点击确定完成八、放缩与缝份1、放缩工具1）放码：放缩——创建修改放缩——修改放缩X/Y放缩值（将右侧栏的“保持其他放缩选项”勾选上）2）复制放码（首先将放码的网状图清除掉，cral+H即可）编辑放缩——复制放缩资料——一个一个点进行放缩即可3）查看放缩尺码检视——放缩：显示全部尺码CRAL+G,清除网状显示CRAL+H,叠合裁片CRAL+K4)提取一个尺码样片——创造样片——放缩尺码5）剪口放码：a)剪口——沿线放缩剪口b)剪口——参考剪口——增加参考剪口6）将放缩点变为非放缩点屏幕上右键选择——编辑点的资料（框选样片所有的点）——放缩规则写上-1——完成7）测量放缩后的测量都在放缩工具栏里的量度里进行选择测量工具2、缝份工具1）增加缝份样片——缝份——设定/增加缝份量——选中样片——确定——输入缝份量即可2）样片缝份量的显示如果该样片已经放过缝份，点击“检视”——“样片”——“缝份量”——双击样片即可显示缝份量——再双击则取消缝份量3）缝份角a)反映角：样片——缝份——反映角——选取一个点再点击该线——再选取另一点再点击该线即可b）切直角：样片——缝份——切直角——选取一个点并点击该线即可（一般用于袖片）c）等边所以切角：样片——缝份——等边所以切角——点击一个点并左右键双击——输入数据（注：该数据为要保留的数据）九、排版1、排版前准备排版的所有知识将在具体操作中进行讲解，请知悉，非常感谢！。

iCAP 7000 Qtegra 软件操作规程1.确认实验条件准备1.1室内湿度达到22~25度，湿度为40~65%,且保持恒定。

1.2打开排风设备, 确认稳压器供电稳定，零地电压<５v1.3确认氩气供应充足，分压调至0.6Ｍpa. 钢瓶内总压不小于1.5Ｍpa。

开大量流吹扫仪器半小时（若仪器长是间未开，建议大流量吹扫2小时以上）1.4确认冷却循环水水量充足，打开冷却循环水（确保仪器大量吹扫后开水机），查看水压，未点火之前为85psi.点火后约为75psi。

水温是否设定在20度1.5 安装好蠕动泵管，开泵，设定雾化器流量0.5l/min. 检查进样排废情况。

2.点燃等离子体2.1 打开仪器主机左侧电源开关,双击仪器控制软件 , 打开软件控制界面板. 如下图所示.2.2 确认所有联锁正常,如下图所示, 全部亮绿灯后, 方可以点燃等离子体.2.3 点击控制面板上的, 弹出如下对话框,按实际需要设定点火后的参数. Warm up仪器预热时间, 通常设定为15~20 minutes. Spectrometer Optimization光谱仪优化,建议勾选, Run performance Check 及perform Detection Limit Check为仪器性能检查, 日常测试可不勾选.若使用手动进样, 则将Use Manual Sampling 勾选上. 并设定wash time通常都设定为30s, 若测定样品比较容易残留管路, 可将值设大些, Uptake time 表示样品提升时间,根据进样管路长度设定,通常设定为30s.设置完成后,点击OK, 仪器开始自动预热,按软件提示,将样品管放出纯水中.约20min分钟后,仪器预热及光谱仪优化成功.软件提示success.如下图所示.检查log view （下图红框）中的光谱仪优化后的x,y 值, 要求分别控制在±3以内.2.4 若安装了新的炬管或炬管拆下清洗后重新安装，则需在分析样品前做炬管准直.点击控制面板中的torch alignment。

PAUP 4.0的中文快速使用手册（Quick Start Tutorial）下面的指南手册对PAUP4.O 的基本用法提供了一个非常简洁的概述。

这个指南将通过分析例子数据文件中的一个例子来一步一步教会你. 这个例子可以在你提供给你的盘里,也可以在/data/primate-mtDNA-interleaved.nex上下载.这个指南为那些以前没有用过PAUP 经历的人设计,如果你已经很熟悉PAUP,那么你可以跳过这个指南,我们假定用户已对系统发育术语和特别的计算机操作系统很熟悉.如对DOS 和Unix用户而言,我们已在你的路径上设定了PAUP二进位,只要键入命令”paup”便会运行PAUP 程序.只要你用PAUP4.0 越来越多,你就会发现对下面操作的描述又很多替代方案.显而易见的原因是:我们不可能在这个指南中描述所有的可能操作.但是,只要你的时间允许,我们还是鼓励你去开发其他的菜单和命令行选项.目前有PAUP4.0 的好几个版本,这些版本分别适合Macintosh,Windows 和Portable的这三个界面,Macintosh 界面允许你执行菜单命令和命令行,而在Windows 和Portable界面(DOS 和Unix)界面几乎完全由命令行驱动,很多菜单功能在WINDOWS 界面有,而这些大部分包括归档和编辑操作,这个指南将用菜单选项和命令行语法来展示在不同环境下PAUP 可能的运行情况.为了排版和印刷上的方便,这个指南全篇采用了以下几点.第一,菜单,菜单选项和对话框或屏幕任何位置上的选项均用黑体San serif 字体,如,文本File > Open 意思是选择主菜单”File”再选择”File”菜单下的”Open”选项.第二,用户想在命令提示行或在对话框中键入的文本用无格式的固定了宽度的字体表示,如,指令”输入: weights 2:1stpos "表示只要出现” 输入:",都应当确切的键入它出现的.最后,界面特别的说明已分开列出并表述,但是所有其他的文本适合所有PAUP 界面.开始PAUP1 检查数据文件Mac 和Windows. 双击PAUP 应用图标.当第一次启动时,PAUP 将自动登陆到打开对话框. 选择”Sample NEXUS dat”文件夹中的”primate-mtDNA-interleaved.nex”的文件.. 通过单击Edit 来改变原来的Execute 起始模式为Edit(编辑)模式,这样来打开PAUP*的编辑器.Portable.改变路径到Sample-NEXUS-files ,它包含在PAUP 文档中选择你最喜欢的文档编辑器(如vi 或emacs)来打开文件名为primate-mtDNA-interleaved.nex 的例子文件..在这个编辑器里,通过例子文件来滚动.要注意这个文件被单词”begin”和”end”划分为多个文本区, "begin"后面的单词定义区型.在这个例子里,有以下几个区型:分类,元素,假设,和paup.但是,有很多其他的NEXUS 区型.实际上,一个NEXUS 格式的优点是应用程序对那些他们不能识别的区能够简单的跳过去.可以看Maddison 等(1997)的文章来了解关于NEXUS 格式更详细的讨论.2 执行数据文件关闭例子文件并按以下操作:Mac 和Windows. 选择File > Execute "primate-mtDNA-interleaved.nex"Portable. 在系统提示行输入paup. PAUP*将显示该程序的一般信息并在paup提示行显示光标.. 输入: execute primate-mtDNA-interleaved.nex;在执行这个例子文件后,PAUP 将显示关于这个数据的评论和一般信息.如,显示关于这个数据矩阵的维数和数据类型等等的部分,接着是显示这个数据设置的来源. 到这里,还没有进行数据分析;PAUP 只是简单的处理了这个数据,并等待执行下一步的命令.记录日志结果通常,你想要在硬盘上记录PAUP 分析的结果,这样使得你有你分析的结果的记录.1 开始日志记录Mac 和Windows .选择File > Log Output to Disk...Mac .在Log subsequent output to: 下输入practice.log ,单击Start SavingWindows . 在Filename: 下输入practice.log 单击StartPortable . 输入:log start file=practice.log;2 停止记录在PAUP 决议的任何时候都可以开始和停止日志记录. 如果要停止日志记录,按以下操作: Mac . 选择File > Log Output to Disk... 并单击Stop SavingWindows . 选择File > Log Output to Disk...Portable . 输入: log stop;总结数据现在这个数据矩阵正被分析,你可以获得这个数据设置的基本总结数据.一开始,你可以显示关于这个例子数据设置元素的信息.Mac . 选择Data > Show Character Status.... 不要改变默认设置并单击OK.Portable 和Windows . 输入: cstatus;PAUP* 将显示关于当前元素状态的总结(如类型,权重,等等). 注意,如果打开记录,显示在屏幕上的总结信息也会被保存在日志文件中.你也可以选择去显示分类(tstatus)、全部数据矩阵( showmatrix )和更多的总结,所有的这些命令都在DATA(数据）菜单下面.管理数据PAUP提供了几个方法对包括在数据矩阵中的分类和元素的子集进行限制分析,如这个例子数据设置包括主要的线粒体DNA编码和非编码蛋白区域.假设我们只想分析这个数据中的编码区域.用charsets命令可以识别该例子文件中这些区域的元素. 你可以通过一个单个的名称来参考一组元素,这样使得元素设置程序变得简单.除了编码区域,你可以通过排除数据集中所有的元素来开始.1 排除元素Mac • 选择Data > Include-Exclude Characters...• 在Included characters:下面点击All并点击>> Exclude >>• 在Excluded characters: 下面选择CharSets : coding并点击<<Include <<• 点击OKPortable 和windows • 输入: include coding/only;2 删除分类你也可以限制你所有的分析为五个人科动物种和三个其他用于外围集团分类的灵长类种.这五个人科动物(Homo sapiens, Pan, Gorilla, Pongo, 和Hylobates)可以用例子文件中的taxset命令来确定,用相同的方法,charset命令使得你可以通过单个名称来参考一组元素,taxset使得你通过单个名称来参考一组分类.Mac • 选择Data > Delete-Restore Taxa...•在Undeleted taxa:下点击All并点击Delete•在Deleted taxa:下面选择Taxsets并然后选择hominoids•拉下应用命令键()选择Lemur catta, Macaca fuscata和Saimiri sciureus• 点击Restore 和OKPortable和Windows •输入: undelete hominoids lemur_catta macaca_fuscatasaimiri_sciureus/only;要注意在命令行中分类名中的空格一定要用”_”(字符下划线)或包含在单引号中,也有PUAP 不注意分类标签中的元素语法格.最后,要意识到当各自用exclude和delete命令(或菜单相等的命令)来排除或删除分类时,你实际上没有修改数据文件.也就是,下一次执行这个例子数据时,所有的元素和分类设置仍将在内.定义假设在你开始分析之前,这里有一个很好的机会了解你的数据矩阵中元素的有关信息,这些信息可能提示这些元素可能有不同的加权值.如,通常发生在密码子第一位的取代频率要低于第三位. 这个简单的解释是密码子第一位的取代通常导致一个氨基酸的取代,但是,第三位的改变却不会改变氨基酸的转录.你要把这些信息包含在下面的分析中,可以通过采用在密码子第一位的高权重的取代来解决.用charset命令已经确定例子文件中的密码子位点.1 增加元素权重Mac • 选择Data > Set Character Weights.... • 在CharSets菜单下选择1stpos. • 在Assign weight 框中输入2 并单击Apply 然后单击DonePortable 和Windows • 输入: weights 2:1stpos;2设置元素类型PAUP默认所有转换耗费都相同,在这部分,你将调用一个元素类型,它被分配了比转录较高的权重的颠换.更详细的说,我们将假定颠换(从嘌呤(A或G)到嘧啶的改变(C或T))的耗费是转录的两倍,一个在这个分析包含这个假设的方法是:建立转录/颠换“步骤矩阵”.这样的步骤矩阵已在例子文件中定义.为了应用转换耗费到当前考虑的所有元素中去,可以按以下操作:Mac • 选择Data > Set Character Types...• 在Characters:下面点击All按钮•在菜单User-Defined 下 2 1 并点击DonePortable 和Windows • 输入: saveassum file=tutorial.dat;4 重新打开假设重启PAUP并执行开始操作的文件primate-mtDNA-interleaved.nex,按以下步骤重新打开先前的假设设定Mac 和Windows • 选择File : Open... 并选择tutorial.dat• 改变Initial mode(起始模式):由Edit到Execute 并点击ExecutePortable • 输入: execute tutorial.dat;你现在将返回到你所开始的地方.为了保证假设是有效的,从Data菜单或在命令行用cstatus 选择Show Character Status....你将得到下面的输出查找树1 定义最佳标准PAUP* 4.0 具有用不同的最佳标准来分析数据的优点;这些标准有简约性法,可能性法和距离依靠法.在这个手册的好几章节和大量已发表的文献中专注于比较这些最佳标准的性能.在这里我们只是仅仅说每个标准都有各自的长处和限制,而不花费时间讨论目前标准各自相关的优点. 一开始,我们默认采用最大简约性法标准来查找最优树.在这个指南的后面,你可以用其他标准查找树.Mac • 选择Analysis > Parsimony (注: 简约性法是默认设置并可能已被选定.)Portable 和Windows • 输入: set criterion=parsimony;2 定义查找策略PAUP* 提供了两个基本类方法来查找最优树;它们是精确的和启发式的.精确的方法保证找到最优树,但是却可能需要大量的计算时间来分析大批量的数据设置.启发式方法不一定找到最优树,但是一般需要较少的计算时间.即使当前的数据相对少,你开始将采用启发式查找. Mac • 选择Analysis > Heuristic Search...• 在项目菜单下选择Stepwise-Addition Options• 把Addition sequence 由Simple 更改为Random 并点击SearchPortable 和Windows • 输入: hsearch addseq=random;一旦查找开始PAUP将显示查找过程中关于选项和假设的全面信息.如果你已记录日志结果,这些信息将保存到日志文件中,当查找结束时,PUAP将显示查找结果的全面信息.Mac 和Windows • 点击Close 来关闭查找状态对话框.打印树1 显示树根据你的屏幕上的输出结果,将有一个单树正在内存中,按以下操作来显示树.Mac • 选择Trees > Show Trees...•点击OK ,这个单个最大简约性树将显示出来.Portable 和Windows • 输入: showtrees;2 描述树showtrees 命令画出分类次序的一个简单分支图.举例说,你想知道树的分支长度的有关信息. 要得到树的详细图,按以下操作.Mac • 选择Trees > Describe Trees...• 在Plot type下面不选定cladogram ,选择phylogram. • 点击DescribePortable 和Windows •输入: describetrees 1/plot=phylogram brlens=yes;3 打印低决议树Mac 和Windows • 一个快速得到显示在屏幕上的树的方法是打印显示缓冲的内容,但是,打印显示缓冲会打印出树和在树显示以前的其他所有屏幕显示内容.因此,我们建议你首先清除显示缓冲的内容然后重新显示树,这个操作可以用showtrees或describetrees命令来完成. •选择File > Print Display Buffer...Portable • 要用portable版本来打印,你可以在showtrees命令发布后打印控制台窗口,也可以选择部分日志文件来打印,在你的屏幕上显示的任何树都保存在日志文件中4 打印高决议树只有Macintosh 界面才能够打印高决议树Mac .选择Trees > Print Trees...Portable 和Windows• 选择Plot type > CircleTree .... •点击Show branch lengths检查框并点击Preview• 如果你要打印你选定的树,选择Done 然后点击Print如果你使用Windows或Portable版本的PAUP,并要打印高决议的树,你必须使用一个第三方的树打印软件包,Rod Page编写的Tree View程序可以打印和保存NEXUS格式的高决议树.TreeView可以运行在Macintosh或PC机上,并可以从/rod/ treeview.html. 免费下载.保存结果PAUP*能够用几种不同的格式保存树,这些格式有PICT (只适合Mac),NEXUS, Freqpars, Phylip 和Hennig86. 要把树保存为NEXUS 格式,按以下操作:Mac • 选择Trees > Save Trees to File...•在Save Trees as:对话框里选择mp.tre 文件类型,并点击Save Portable 和Windows • 输入: savetrees file=mp.tre;设置最优标准为距离依靠法PAUP* 提供一个较大范围配对距离的方法,包括简单绝对差异到修正距离基础上的较为复杂的模式.配对距离能够用表格来总结,或者是用于除权配对法（UPGMAM）和邻位相连法构建树.另外,PAUP能用最小进化和最小平方功能在距离依靠法中评价树.下面的部分将介绍这些方法.1 设置最优标准Mac • 选择Analysis > DistancePortable 和Windows • 输入: set criterion=distance;2显示距离首先你必须选择PAUP能够计算范围内的距离尺寸.在这个指南中,你将选择Hasegawa, Kishino和Yano (1985)距离.他们估测转换/颠换比和碱基频率.Mac • 选择Analysis > Distance Settings...• 在距离设置对话框,把DNA/RNA distances由Uncorrected ("p") 更改为HKY85 并点击OK • 选择Data > Show Pairwise Distances Portable 和Windows • 输入: dset distance=hky85; • 输入: showdist;3 构建邻位相连树接下来,你将用HKY85 距离构建邻位相连树Mac • 选择Analysis > Neighbor Joining/UPGMA...•点击OKPortable 和Windows • 输入: nj;4 建立最小平方树Mac • 选择Analysis > Distance Settings...• 更改Other options: 为Objective function• 选择Weighted least squares• Inverse-squared weighting (power=2) 是Weighted least squares下的默认设置.如果不是,现在选择它并单击OK.• 选择Analysis > Heuristic Search... 来开始最小平方查找• 在启发式查找对话框中点击SearchPortable 和Windows • 输入: dset objective=lsfit power=2;• 输入: hsearch;设置最优标准为可能性法为结束这个指南,你将用最大可能性法标准来查找.在最大可能性法下面,一个对核酸取代较清楚的模式用来评价树.在可能性法分析中,选择一个合适的核酸取代模式是非常重要的步骤,但是这个超出了本指南的范围.为了节省时间,我们已经选择了合适模式,但是我们鼓励你去看Swofford et al. (1996)关于在最大可能性法标准下选择模式的讨论.你将使用在这个指南中早些时候保存的简约性树来获得给定数据最佳模式参数设置.以后你将用相同的模式和参数设置评估来查找最大可能性树.1 设置最优标准Mac • 选择Analysis > LikelihoodPortable 和Window s • 输入: set criterion=likelihood;2 评价简约性树我们已采用了Hasegawa, Kishino和Yano (1985)的用微克分布比率进化序列. 假定我们采用PAUP的简约性拓扑和数据来评价转换/颠换比率,碱基频率和内部位点比率异质性.Mac •选择Trees > Get Trees from File...•点击Yes 来清除警告你没有保存树的对话框.• 选择文件mp.tre 并点击Get Trees• 选择Trees > Tree Scores > Likelihood...• 在树评价对话框中点击Likelihoods settings...• 在Maximum likelihood options:下面选择Substitution model • 把Ti/tv ratio:由Set to: t更改为Estimate• 在Maximum likelihood options:下面选择Among-site rate • 在Variable sites 下面选择Gamma distribution• 在Shape parameter下面,把比率由Set to:改为Estimate• 点击OK• 返回Maximum likelihood option: 菜单并选择Miscellaneous选择Ignore character weights (如果相关)并点击OK• 在树评价对话框中重新选择OK Portable 和Windows • 输入: gettrees file=mp.tre;• 按Enter来消除没有保存树的警告•输入: lscores 1 / wts=ignore nst=2tratio=estimate rates=gamma shape=estimate;根据你所有的计算机不同,可能要花费几秒到几分钟使得PAUP来处理当前内存中树的分支长度和取代模式参数的优化.当PAUP结束优化处理,将输出关于用简约性法查找的树的拓朴结构的负对数可能性并给出评估的模式参数值.3 设置可能性模式参数在启发式查找开始之前,你必须安装模式参数到那些先前评估的步骤.如果这些项目留待评估,PAUP将估测启发式查找过程中的每种拓扑重排参数.因为PAUP在启发式查找中可以产生成千上万的拓扑重排,使得评价项目设置需要明显的增加时间来完成查找.通常,一个非常有效的在最大可能性方法下评价模式参数和树拓扑的方法是成功的评价树查找中产生的新的树的模式参数(Swofford et al. 1996).更详细的说,如果在可能性标准下找到的拓扑结构不同于评价参数上的拓扑结构,你就要在新的拓扑结构下重新评价参数并用新的设置参数重新查找.在这个指南中,你将完成一个在一个拓扑上的参数评价并随后应用这个参数来查找的反复.原则上,你一直继续直到得到相同的拓扑.Mac •选择Analysis > Likelihood Settings...• 在Maximum likelihood options: 下面选择Substitution model•通过点击Previous按钮来选择先前步骤的评价值来设置Ti/tv ratio:•在Maximum likelihood option: 下面选择Among -site rate variation•通过点击Previous按钮来选择先前步骤的评价值来设置Shape parameter•点击OKPortable 和Windows • 输入: lset tratio=previous shape=previous;4 开始查找树Mac • 选择Analysis > Heuristic Search...•在Heuristic Search下面,下拉菜单,选择Step-wise addition options•在Addition sequence 下面,改变random 为asis 并点击SearchPortable 和Windows • 输入: hsearch addseq=asis;同样,查找所需时间依赖你所使用的计算机.在批文件中提交命令分析者也可以用非交互式批方法来操作.当你知道你的分析需要大量时间完成时,这种方法特别有效.在下面的例子中,所有需要完成上述描述的例子分析的命令都包含在一个”paup”模块中,在开始的paup模块中加入了一套命令,它们用来消除在启发式查找完成后的提示对话框及几个其他的警告(仅仅在Mac 和Windows中).要想以批模式运行模块,首先拷贝下面给定的文本到一个文件中,并把这个文件保存在和文件primate-mtDNA-interleaved.nex file相同的目录下.现在就像执行primate-mtDNA-interleaved.nex文件一样执行这个文件.Begin paup;set autoclose=yes warntree=no warnreset=no;log start file=practice.log replace;execute primate-mtDNA-interleaved.nex;cstatus;include coding/only;undelete hominoids lemur_catta macaca_fuscatasaimiri_sciureus/only;weight 2:1stpos;ctype 2_1:all;Set criterion=parsimony;hsearch addseq=random;Showtree;describetrees 1/ plot=phylogram brlens=yes;savetrees file=mp.tre replace;set criterion=distance;dset distance=hky85;showdist;nj;dset objective=lsfit power=2;hsearch;gettrees file=mp.tre;lscore 1/wts=ignore nst=2 tratio=est rates=gammashape=estimate;set criterion=likelihood;lset tratio=previous shape=previous;hsearch addseq=asis;end;展望这个指南包括PAUP* 4.0的简单概括的基本用法.PAUP中所有命令和选项的简要描述和列表都有命令参考文档.在这里,我们鼓励你去开发你自己的数据设置或其他PAUP包括的例子数据设置.你也可以在我们的网上在线找到关于怎样使用PAUP的信息.我们的网址是: /.#NEXUS[!Data from:Hayasaka, K., T. Gojobori, and S. Horai. 1988. Molecular phylogenyand evolution of primate mitochondrial DNA. Mol. Biol. Evol.5:626-644.]begin taxa;dimensions ntax=12;taxlabelsLemur_cattaHomo_sapiensPanGorillaPongoHylobatesMacaca_fuscataM._mulattaM._fascicularisM._sylvanusSaimiri_sciureusTarsius_syrichta;end;begin characters;dimensions nchar=898;format missing=? gap=- matchchar=. interleave datatype=dna;options gapmode=missing;matrixLemur_catta AAGCTTCATAGGAGCAACCATTCTAATAATCGCACATGGCCTTACATCATCCATATTATT Homo_sapiens AAGCTTCACCGGCGCAGTCATTCTCATAATCGCCCACGGGCTTACATCCTCATTACTATTPan AAGCTTCACCGGCGCAATTATCCTCATAATCGCCCACGGACTTACATCCTCATTATTATTGorilla AAGCTTCACCGGCGCAGTTGTTCTTATAATTGCCCACGGACTTACATCATCATTATTATT Pongo AAGCTTCACCGGCGCAACCACCCTCATGATTGCCCATGGACTCACATCCTCCCTACTGTTHylobates AAGCTTTACAGGTGCAACCGTCCTCATAATCGCCCACGGACTAACCTCTTCCCTGCTATTMacaca_fuscata AAGCTTTTCCGGCGCAACCATCCTTATGATCGCTCACGGACTCACCTCTTCCATATATTTM._mulatta AAGCTTTTCTGGCGCAACCATCCTCATGATTGCTCACGGACTCACCTCTTCCATATATTTM._fascicularis AAGCTTCTCCGGCGCAACCACCCTTATAATCGCCCACGGGCTCACCTCTTCCATGTATTT M._sylvanus AAGCTTCTCCGGTGCAACTATCCTTATAGTTGCCCATGGACTCACCTCTTCCATATACTT Saimiri_sciureus AAGCTTCACCGGCGCAATGATCCTAATAATCGCTCACGGGTTTACTTCGTCTATGCTATT Tarsius_syrichta AAGTTTCATTGGAGCCACCACTCTTATAATTGCCCATGGCCTCACCTCCTCCCTATTATT Lemur_catta CTGTCTAGCCAACTCTAACTACGAACGAATCCATAGCCGTACAATACTACTAGCACGAGGHomo_sapiens CTGCCTAGCAAACTCAAACTACGAACGCACTCACAGTCGCATCATAATCCTCTCTCAAGGPan CTGCCTAGCAAACTCAAATTATGAACGCACCCACAGTCGCATCATAATTCTCTCCCAAGGGorilla CTGCCTAGCAAACTCAAACTACGAACGAACCCACAGCCGCATCATAATTCTCTCTCAAGGPongo CTGCCTAGCAAACTCAAACTACGAACGAACCCACAGCCGCATCATAATCCTCTCTCAAGGHylobates CTGCCTTGCAAACTCAAACTACGAACGAACTCACAGCCGCATCATAATCCTATCTCGAGGMacaca_fuscata CTGCCTAGCCAATTCAAACTATGAACGCACTCACAACCGTACCATACTACTGTCCCGAGGM._mulatta CTGCCTAGCCAATTCAAACTATGAACGCACTCACAACCGTACCATACTACTGTCCCGGGGM._fascicularis CTGCTTGGCCAATTCAAACTATGAGCGCACTCATAACCGTACCATACTACTATCCCGAGG M._sylvanus CTGCTTGGCCAACTCAAACTACGAACGCACCCACAGCCGCATCATACTACTATCCCGAGGSaimiri_sciureus CTGCCTAGCAAACTCAAATTACGAACGAATTCACAGCCGAACAATAACATTTACTCGAGG Tarsius_syrichta TTGCCTAGCAAATACAAACTACGAACGAGTCCACAGTCGAACAATAGCACTAGCCCGTGG Lemur_catta GATCCAAACCATTCTCCCTCTTATAGCCACCTGATGACTACTCGCCAGCCTAACTAACCTHomo_sapiens ACTTCAAACTCTACTCCCACTAATAGCTTTTTGATGACTTCTAGCAAGCCTCGCTAACCTPan ACTTCAAACTCTACTCCCACTAATAGCCTTTTGATGACTCCTAGCAAGCCTCGCTAACCTGorilla ACTCCAAACCCTACTCCCACTAATAGCCCTTTGATGACTTCTGGCAAGCCTCGCCAACCTPongo CCTTCAAACTCTACTCCCCCTAATAGCCCTCTGATGACTTCTAGCAAGCCTCACTAACCTHylobates GCTCCAAGCCTTACTCCCACTGATAGCCTTCTGATGACTCGCAGCAAGCCTCGCTAACCTMacaca_fuscata ACTTCAAATCCTACTTCCACTAACAGCCTTTTGATGATTAACAGCAAGCCTTACTAACCTM._mulattaACTTCAAATCCTACTTCCACTAACAGCTTTCTGATGATTAACAGCAAGCCTTACTAACCTM._fascicularis ACTTCAAATTCTACTTCCATTGACAGCCTTCTGATGACTCACAGCAAGCCTTACTAACCT M._sylvanus ACTCCAAATCCTACTCCCACTAACAGCCTTCTGATGATTCACAGCAAGCCTTACTAATCTSaimiri_sciureus GCTCCAAACACTATTCCCGCTTATAGGCCTCTGATGACTCCTAGCAAATCTCGCTAACCT Tarsius_syrichta CCTTCAAACCCTATTACCTCTTGCAGCAACATGATGACTCCTCGCCAGCTTAACCAACCT Lemur_catta AGCCCTACCCACCTCTATCAATTTAATTGGCGAACTATTCGTCACTATAGCATCCTTCTC Homo_sapiens CGCCTTACCCCCCACTATTAACCTACTGGGAGAACTCTCTGTGCTAGTAACCACGTTCTCPan CGCCCTACCCCCTACCATTAATCTCCTAGGGGAACTCTCCGTGCTAGTAACCTCATTCTCGorilla CGCCTTACCCCCCACCATTAACCTACTAGGAGAGCTCTCCGTACTAGTAACCACATTCTCPongo TGCCCTACCACCCACCATCAACCTTCTAGGAGAACTCTCCGTACTAATAGCCATATTCTCHylobates CGCCCTACCCCCCACTATTAACCTCCTAGGTGAACTCTTCGTACTAATGGCCTCCTTCTCMacaca_fuscata TGCCCTACCCCCCACTATCAATCTACTAGGTGAACTCTTTGTAATCGCAACCTCATTCTC M._mulatta TGCCCTACCCCCCACTATCAACCTACTAGGTGAACTCTTTGTAATCGCGACCTCATTCTCM._fascicularis TGCCCTACCCCCCACTATTAATCTACTAGGCGAACTCTTTGTAATCACAACTTCATTTTC M._sylvanus TGCTCTACCCTCCACTATTAATCTACTGGGCGAACTCTTCGTAATCGCAACCTCATTTTC Saimiri_sciureus CGCCCTACCCACAGCTATTAATCTAGTAGGAGAATTACTCACAATCGTATCTTCCTTCTC Tarsius_syrichta GGCCCTTCCCCCAACAATTAATTTAATCGGTGAACTGTCCGTAATAATAGCAGCATTTTC Lemur_catta ATGATCAAACATTACAATTATCTTAATAGGCTTAAATATGCTCATCACCGCTCTCTATTC Homo_sapiens CTGATCAAATATCACTCTCCTACTTACAGGACTCAACATACTAGTCACAGCCCTATACTCPan CTGATCAAATACCACTCTCCTACTCACAGGATTCAACATACTAATCACAGCCCTGTACTCGorilla CTGATCAAACACCACCCTTTTACTTACAGGATCTAACATACTAATTACAGCCCTGTACTC Pongo TTGATCTAACATCACCATCCTACTAACAGGACTCAACATACTAATCACAACCCTATACTCHylobates CTGGGCAAACACTACTATTACACTCACCGGGCTCAACGTACTAATCACGGCCCTATACTCMacaca_fuscata CTGATCCCATATCACCATTATGCTAACAGGACTTAACATATTAATTACGGCCCTCTACTC M._mulatta CTGGTCCCATATCACCATTATATTAACAGGATTTAACATACTAATTACGGCCCTCTACTC M._fascicularis CTGATCCCATATCACCATTGTGTTAACGGGCCTTAATATACTAATCACAGCCCTCTACTC M._sylvanus CTGATCCCACATCACCATCATACTAACAGGACTGAACATACTAATTACAGCCCTCTACTCSaimiri_sciureus TTGATCCAACTTTACTATTATATTCACAGGACTTAATATACTAATTACAGCACTCTACTC Tarsius_syrichta ATGGTCACACCTAACTATTATCTTAGTAGGCCTTAACACCCTTATCACCGCCCTATATTCLemur_catta CCTCTATATATTAACTACTACACAACGAGGAAAACTCACATATCATTCGCACAACCTAAAHomo_sapiens CCTCTACATATTTACCACAACACAATGGGGCTCACTCACCCACCACATTAACAACATAAAPan 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ACCTTCTTTCACACGCGAAAATACCCTCATGCTCATACACCTATCCCCCATCCTCCTCTTHylobates ACCCTCACTCACACGAGAAAACATATTAATACTTATGCACCTCTTCCCCCTCCTCCTCCT Macaca_fuscata GCCCCCCTTCACACGAGAAAACACATTAATATTCATACACCTCGCTCCAATTATCCTTCTM._mulatta ACCCCCCTTCACACGAGAAAACATATTAATATTCATACACCTCGCTCCAATCATCCTCCTM._fascicularis ACCCCCCTTCACACGAGAAAACATATTAATATTCATACACCTCGCTCCAATTATCCTTCT M._sylvanus ACCACCTTTCACACGAGAAAACATATTAATACTCATACACCTCGCTCCAATTATTCTTCT Saimiri_sciureus ACCAATATTTACACGAGAAAATACGCTAATATTTATACATATAACACCAATCCTCCTCCT Tarsius_syrichta GCCCCCTTTCACCCGAGAAAATACATTAATAATCATACACCTATTTCCCTTAATCCTACT Lemur_catta TACCTTAAACCCCAAAATTATTCTAGGACCCACGTACTGTAAATATAGTTTAAA-AAAACHomo_sapiens ATCCCTCAACCCCGACATCATTACCGGGTTTTCCTCTTGTAAATATAGTTTAACCAAAACPanATCCCTCAATCCTGATATCATCACTGGATTCACCTCCTGTAAATATAGTTTAACCAAAACGorilla ATCCCTCAACCCCGATATTATCACCGGGTTCACCTCCTGTAAATATAGTTTAACCAAAAC Pongo ATCCCTCAACCCCAGCATCATCGCTGGGTTCGCCTACTGTAAATATAGTTTAACCAAAACHylobates 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CAGCCATGTTTACCACCATAACTGCCCTCACCTTAACTTCCCTAATCCCCCCCATTACCGHylobatesTAGCAATGTACACCACCATAGCCATTCTAACGCTAACCTCCCTAATTCCCCCCATTACAGMacaca_fuscata TAATCATGCACACCCCCATCATTATAACAACCCTTATCTCCCTAACTCTCCCAATTTTTG M._mulatta TAATCATGCACACCCCTATCATAATAACAACCCTTATCTCCCTAACTCTCCCAATTTTTG M._fascicularis TAATCATGCACACCCCCATCATAATAACAACCCTCATCTCCCTGACCCTTCCAATTTTTG M._sylvanus TAATCATGTATACCCCCATCATAATAACAACTCTCATCTCCCTAACTCTTCCAATTTTCG Saimiri_sciureus TA---ATACACTTCTCCATCACTCTAATAACACTAATTAGCCTACTAGCGCCAATCCTAG Tarsius_syrichta TAAATTTATTTTCATCCTCCATTTTACTATCACTTACACTCTTAATTACCCCATTTATTA Lemur_catta TAAACGTTACAAACATATACAAAAACTACCCCTATGCACCATACGTAAAATCTTCTATTGHomo_sapiens CCACCCTCGTTAACCCTAACAAAAAAAACTCATACCCCCATTATGTAAAATCCATTGTCGPan CCACCCTCATTAACCCTAACAAAAAAAACTCATATCCCCATTATGTGAAATCCATTATCGGorilla CCACCTTCATCAATCCTAACAAAAAAAGCTCATACCCCCATTACGTAAAATCTATCGTCG Pongo CTACCCTCATTAACCCCAACAAAAAAAACCCATACCCCCACTATGTAAAAACGGCCATCGHylobates CCACCCTTATTAACCCCAATAAAAAGAACTTATACCCGCACTACGTAAAAATGACCATTGMacaca_fuscata CCACCCTCATCAACCCTTACAAAAAACGTCCATACCCAGATTACGTAAAAACAACCGTAAM._mulatta CCACCCTCATCAACCCTTACAAAAAACGTCCATACCCAGATTACGTAAAAACAACCGTAAM._fascicularis CCACCCTCACCAACCCCTATAAAAAACGTTCATACCCAGACTACGTAAAAACAACCGTAA M._sylvanus CTACCCTTATCAACCCCAACAAAAAACACCTATATCCAAACTACGTAAAAACAGCCGTAASaimiri_sciureus CTACCCTCATTAACCCTAACAAAAGCACACTATACCCGTACTACGTAAAACTAGCCATCA Tarsius_syrichta TTACAACAACTAAAAAATATGAAACACATGCATACCCTTACTACGTAAAAAACTCTATCG Lemur_catta CATGTGCCTTCATCACTAGCCTCATCCCAACTATATTATTTATCTCCTCAGGACAAGAAAHomo_sapiens CATCCACCTTTATTATCAGTCTCTTCCCCACAACAATATTCATGTGCCTAGACCAAGAAGPan CGTCCACCTTTATCATTAGCCTTTTCCCCACAACAATATTCATATGCCTAGACCAAGAAGGorilla CATCCACCTTTATCATCAGCCTCTTCCCCACAACAATATTTCTATGCCTAGACCAAGAAG Pongo CATCCGCCTTTACTATCAGCCTTATCCCAACAACAATATTTATCTGCCTAGGACAAGAAAHylobates CCTCTACCTTTATAATCAGCCTATTTCCCACAATAATATTCATGTGCACAGACCAAGAAAMacaca_fuscata TATATGCTTTCATCATCAGCCTCCCCTCAACAACTTTATTCATCTTCTCAAACCAAGAAA M._mulatta TATATGCTTTCATCATCAGCCTCCCCTCAACAACTTTATTCATCTTCTCAAACCAAGAAAM._fascicularis TATATGCTTTTATTACCAGTCTCCCCTCAACAACCCTATTCATCCTCTCAAACCAAGAAAM._sylvanus TATATGCTTTCATTACCAGCCTCTCTTCAACAACTTTATATATATTCTTAAACCAAGAAA Saimiri_sciureus TCTACGCCCTCATTACCAGTACCTTATCTATAATATTCTTTATCCTTACAGGCCAAGAAT Tarsius_syrichta CCTGCGCATTTATAACAAGCCTAGTCCCAATGCTCATATTTCTATACACAAATCAAGAAA Lemur_catta CAATCATTTCCAACTGACATTGAATAACAATCCAAACCCTAAAACTATCTATTAGCTT Homo_sapiens TTATTATCTCGAACTGACACTGAGCCACAACCCAAACAACCCAGCTCTCCCTAAGCTTPan CTATTATCTCAAACTGGCACTGAGCAACAACCCAAACAACCCAGCTCTCCCTAAGCTTGorilla CTATTATCTCAAGCTGACACTGAGCAACAACCCAAACAATTCAACTCTCCCTAAGCTT Pongo CCATCGTCACAAACTGATGCTGAACAACCACCCAGACACTACAACTCTCACTAAGCTTHylobates CCATTATTTCAAACTGACACTGAACTGCAACCCAAACGCTAGAACTCTCCCTAAGCTT Macaca_fuscata CAACCATTTGGAGCTGACATTGAATAATGACCCAAACACTAGACCTAACGCTAAGCTT M._mulatta CAACCATTTGAAGCTGACATTGAATAATAACCCAAACACTAGACCTAACACTAAGCTT M._fascicularis CAACCATTTGGAGTTGACATTGAATAACAACCCAAACATTAGACCTAACACTAAGCTT M._sylvanus CAATCATCTGAAGCTGGCACTGAATAATAACCCAAACACTAAGCCTAACATTAAGCTT Saimiri_sciureus CAATAATTTCAAACTGACACTGAATAACTATCCAAACCATCAAACTATCCCTAAGCTT Tarsius_syrichta TAATCATTTCCAACTGACATTGAATAACGATTCATACTATCAAATTATGCCTAAGCTT ;end;begin assumptions;charset coding = 2-457 660-896;charset noncoding = 1 458-659 897-898;charset 1stpos = 2-457\3 660-896\3;charset 2ndpos = 3-457\3 661-896\3;charset 3rdpos = 4-457\3 662-.\3;exset coding = noncoding;exset noncoding = coding;usertype 2_1 = 4 [weights transversions 2 times transitions]a c g t[a] . 2 1 2[c] 2 . 2 1[g] 1 2 . 2[t] 2 1 2 .;usertype 3_1 = 4 [weights transversions 3 times transitions]a c g t[a] . 3 1 3[c] 3 . 3 1[g] 1 3 . 3[t] 3 1 3 .;taxset hominoids = Homo_sapiens Pan Gorilla Pongo Hylobates; end;begin paup;constraints ch = ((Homo_sapiens,Pan));constraints chg = ((Homo_sapiens,Pan,Gorilla));end;。

安伯格操作说明一、安伯格使用范围及配套软件：1、适用范围（1）无砟轨道长轨精调；（2）双块式无砟轨道施工;（3)有砟轨道指导捣固机作业;2、配套软件包括：(1）GRPwin 数据采集系统（2)GRP SlabRep无砟轨道专用数据处理软件（3)DTS 平顺性分析与调整量模拟试算软件(4）GRP Fidelity 系统校准软件二、轨道静态几何参数测量方法1、无砟轨道几何参数(1）绝对几何参数：轨道实测中线坐标、轨面高程及其与设计坐标和高程的偏差；偏差越小，精度越高。

(2)相对几何参数：轨距、水平（超高）及其偏差和变化率，轨向和高低偏差及长短波不平顺等;数值越小轨道越平顺。

2、精密测量三要素：（1)高精度控制网(2）精密测量仪器：徕卡全站仪+GRP轨检小车(3）熟练的测量人员：测量技能+轨道知识+软件操作3、GRP操作说明：（1）GRP1000数据采集（2) GRPwin软件：项目资料①Cp3和cp4/GRP点三维坐标及编号规则；②左右线独立设计中线；③平曲线设计参数：起点里程，交点坐标和偏角，圆曲线半径，缓和曲线长和长短链等，平换算ZH、HY、YH、HZ点坐标;④坡度表：里程、变坡点高程和竖曲线半径；⑤曲线设计超高值；⑥轨枕编码方法;（3）GRPwin软件：平曲线①首先输入起点里程，然后选择曲线要素类型，并输入每一曲线要素的起点坐标、缓和曲线长度或圆曲线半径（右转曲线半径为正值）；长短链处需分为两段设计中线。

②路径：项目属性→测量文件→设计中线→平曲线(4）GRPwin软件：竖曲线①竖曲线通过切线交点定义,输入交点里程、高程和竖曲线半径。

下凹曲线半径未负；上凸半径为正;②如果变坡点处设置了竖曲线，则圆类型选择“圆"；如果没有设置竖曲线（坡度代数差不大)则选择“顶点”；竖曲线起点和终点必须选择“顶点”。

③路径：项目属性→测量文件→设计中线→竖曲线④工作区间前后各两个变坡点（5）GRPwin软件:超高①输入ZH、HY、YH、HZ点的超高值，与平曲线一致；②左转曲线超高为负，右转曲线超高为正，单位为米；③路径:项目属性→测量文件→设计中线→平曲线(6）GRPwin软件：控制点①可导入文件类型：txt格式文本GSI格式文本②数据格式：点号、东坐标、北坐标、高程；字段之间用空格隔开；③路径:项目属性→测量文件→服务文件→控制点（7）GRPwin软件：项目属性①项目属性→平面和高程基准②项目属性→轨向高低基准（8）GRPwin软件：软件选项①软件选项→常规②GRPwin软件：软件选项→通讯③GRPwin软件：软件选项→限差④GRPwin软件:软件选项→数据测量⑤GRPwin软件：软件选项→全站仪（9）GRPwin软件：测量文件设置①新建测量文件后需读取小车校准参数，选择名称中含1。

爲总i如软件Prof icy Machine Edition软件的使用说明3.1 浏览（Navigator）工具窗口.3.2属性检查工具窗口Inspector （属性窗口）列出已选择的对象或组件的属性和当前位置.3.3在线帮助窗口Companion （在线帮助）为你的工作提供有用的提示和信息。

3.4反馈信息工具窗口Feedback Zone Window （反馈信息窗口）是一个用于显示Machine Edition产品生成的几种类型输出信息的停放窗口。

3.5数据监视工具窗口Data Watch Tool （据监视工具）是一个调试工具，让你监视变量的数值。

当在线操作一个对象时他是一个很有用的工具。

据监视工具至少有两个标签:1、Static Tab （静态标签）包含你自己添加到据监视工具中的全部变量。

2、Auto Tab （自动标签）包含当前在变量表中选择的或与当前选择的梯形逻辑图中的指令相关变量，最多可以有50行。

3、Watch List Tab （监视表标签）包含当前选择的监视表中的全部变量。

监视表让你创建和保存要监视的变量淸单。

你可以定义一个或多个监视表，但是，数据监视工具在一个时刻只能监视一个监视表。

4、数据监视工具中变量的基准地址（也简称为地址）显示在Address栏中，一个地址最多具有8个字符（例如%AQ99999）。

5、数据监视工具中变量的数值显示在Value栏中。

如果要在数据监视工具中添加变量之前改变数值的显示格式，可以使用数据监视属性对话框或右键点击变量。

6、数据监视属性对话框7、若要配置数据监视工具的外部特性，右键点击它并选择DataWatch Properties・3.6工具箱窗口Toolchest （工具箱）是功能强大的设计蓝图仓库，你可以把它添加到项目中去。

例如梯形逻辑指令、CFBS （用户功能块）、SFC （程序功能图）指令、和查看脚本关键字。

6.4.1 了解PACsystem RX3i系统的硬件模块表模块类型说明・运行・,f ・・.UBT .•沁幼杠・・K ・e’.F y k〜■ «i u^f ru> •«> —■ iu i i JASTJ —••- ••♦w ・《bM».- tb>Mv nu a lu aU>« v 2w •9*4? tiu •約tKt llxJ< JVU1>T IKnJaiiX (>v* • MI J JJ图4.4完整的PME 编辑窗4・3项目的硬件配置新建立的项目的硬件配置一般已包含一部分内容，如一个底 板、一个交流电源及一个CPU 等，对于PACSystems RX3i 系 统来说，其底板与模块的连接关系一般如图所示，由于各模块 安装的槽位有一定要求，因此在进行硬件配置时需按实际情况 对应配置。

用于加工中心及RXI的光传输触控系统操作说明书マシニングセンタ用オプチカルトランスミッション型タッチシステム取扱説明書本产品根据下列规范达到了EMC要求：89/336/EEC（1989年5月3日）92/31/EEC（1992年4月28日）93/68/EEC（1993年7月22日）本产品用于工业应用；只能与中高压变电器供电的电网相连，不能连接公共电网。

本製品は、EMC要件について、次の規格に適合しています。

1989年5月3日付け89/336/ECC1992年4月28日付け92/31/ECC1993年7月22日付け93/68/ECC本製品は、工業地域で使用し、商用電源網ではなく、高電圧または中程度の電圧を発生するトランスから供給される電源網に接続することを想定しています。

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© 版权所有 Marposs 2002目录规范及一般注意事项 (2)1.1规范及一般注意事项 (2)系统部件 (4)2.1系统部件 (4)配系置与功能 (7)3.1配置与功能 (7)系统运行 (9)4.1系统运行 (9)测量探头 (11)5.1测量探头 (11)6.E83发送器 (13)6.1说明 (13)6.2电池寿命 (17)6.3发送器设置 (19)7.E83接收器 (23)7.1说明 (23)7.2机器上安装接收器 (25)7.3连接接收器 (26)7.4连接CNC (27)7.5接收器技术规范 (28)7.6连接接收器 (32)7.7接收器设置 (35)光传输 (37)8.1信号传输 (37)8.2启动传输 (41)8.2.1光启动 (41)8.2.2机械启动 (45)8.3传输停止 (47)发送器上探头的安装与拆卸 (51)9.1发送器上探头的安装与拆卸 (51)10.I插入探头延长器(任选) (55)10.1插入探头延长器(任选) (55)锥柄上安装发送器 (59)11.1在带标准夹持器的锥柄上安装发送器 (59)11.2在带可调夹持器的锥柄上安装发送器 (63)安装探头针笔 (69)12.1安装探头针笔 (69)诊断 (71)13.1故障探测指南 (71)13.2系统自测 (73)维护 (74)14.1序言 (74)14.2日常维护 (74)14.2.1清洁与检查 (74)14.2.2安装/更换电池 (75)14.3更换接收器 (77)14.4特别维护 (79)14.4.1更换接收器玻璃罩 (79)14.4.2更换接收器保险丝...............................................Fehler! Textmarke nicht definiert.14.4.3更换安全销及针笔 (81)14.4.4更换外层密封 (83)14.4.5从发送器上更换探头 (84)尺寸 (85)15.1带探头的发送器尺寸 (85)15.2接收器及可调式支座尺寸 (86)备件列表 (87)16.1备件列表 (87)目　次仕様と一般的注意事項 (3)1.1仕様と一般的注意事項 (3)システム構成部品 (6)2.1システム構成部品 (6)システム構成と機能 (8)3.1システム構成と機能 (8)システムの動作 (10)4.1システムの動作 (10)測定プローブ (12)5.1測定プローブ (12)6.E83トランスミッタ (14)6.1説明 (14)6.2バッテリ寿命 (18)6.3トランスミッタのプログラミング (20)7.E83レシーバ (24)7.1説明 (24)7.2機械とレシーバの取り付け (25)7.3レシーバの接続 (26)7.4CNC装置への接続 (27)7.5レシーバの技術的仕様 (31)7.6レシーバの接続 (32)7.7レシーバのプログラミング (36)オプチカルトランスミッション (38)8.1信号伝送 (38)8.2伝送の開始 (42)8.2.1オプチカル起動 (42)8.2.2メカニカル起動 (45)8.3伝送の停止 (48)プローブとトランスミッタの組み立てと分解 (52)9.1プローブとトランスミッタの組み立てと分解 (52)プローブ延長スリーブの取り付け（オプション） (56)10.1プローブ延長スリーブの取り付け（オプション） (56)トランスミッタのテーパへの固定 (60)11.1標準ホルダによるトランスミッタのテーパへの固定 (60)11.2調整可能ホルダによるトランスミッタのテーパへの固定 (64)プローブスタイラスの取り付け (70)12.1プローブスタイラスの取り付け (70)13.DIAGNOSTICS (72)13.1異常検出ガイド (72)13.2システムのセルフテスト (73)メンテナンス (74)14.1はじめに (74)14.2通常メンテナンス (74)14.2.1清掃と点検 (74)14.2.2バッテリの取り付け/交換 (76)14.3レシーバの交換 (78)14.4特殊メンテナンス (80)14.4.1レシーバガラスカバーの交換 (80)14.4.2レシーバのヒューズの交換..................................Fehler! Textmarke nicht definiert.14.4.3破損したピンとスタイラスの交換 (82)14.4.4外部シールの交換 (83)14.4.5トランスミッタのプローブの交換 (84)寸法 (85)15.1プローブとトランスミッタの寸法 (85)15.2レシーバと可変式サポートの寸法 (86)スペアパーツリスト (88)16.1 スペアパーツリスト (88)1.规范及一般注意事项1.1规格及一般注意事项前言本手册包括了了解及正确使用MARPOSS 设备的所有必需信息。

第一章PSS/E 概述1.1用户手册简介欢迎使用“工程用电力系统仿真器”（PSS/E）用户手册。

整个PSS/E软件包由一套综合程序组组成，这些程序组用来研究电力系统在稳态和动态条件下的输电网络和发电性能。

目前，PSS/E 包含两个主要的仿真器，一个用来做稳态分析，一个用来做动态仿真。

这两个仿真器为各种各样的分析提供了便捷的计算，主要包括：●潮流和相关网络函数●最优潮流●开放输电●平衡故障和不平衡故障●创建等值网络●动态仿真静态分析程序（传统意义上的潮流功能选择器）有一个完全改进了的图形用户界面(GUI)，这个界面看起来更直观而且与其他程序的标准用户界面有良好的兼容性。

这个新界面可以完成所有类型的静态分析，包括潮流计算、故障分析、最优潮流、等值、开断试验和开关研究等功能。

功能强大并且经历过时间考验的PSS/E引擎并没有改变，我们改变的仅仅是引擎驱动下的用户界面，使其使用起来更有效率。

PSS/E的动态仿真程序包括暂态、动态和长期稳定性分析的所有功能。

虽然它现在仍然沿用传统的图形用户界面，但在不久的将来，我们会看到一个有着较大变化的、崭新的动态仿真用户界面。

除了做静态和动态分析以外，PSS/E软件包还提供了一系列用于安装、数据输入、数据输出，操作和准备等功能的辅助程序。

本手册主要涵盖了新版PSS/E用户界面下，潮流分析功能的操作与应用。

如果您想了解有关动态仿真器的使用介绍，请参见PSS/E程序应用手册(POM)卷一和卷二。

下面将为用户介绍以下几个方面：●怎样使用PSS/E界面；●如何导入和处理PSS/E的模型数据和数据文件。

●如何进行基本的电力系统规划和操作方面的研究PSS/E用户不一定要求精通windows操作系统，但对windows系统基本了解并且会管理文件，这些技能对更好地掌握PSS/E是非常必要的。

如果你会使用标准的文本编辑器，会使用word,会使用电子表格类软件，那么这些知识对你进行PSS/E的学习，无疑是有帮助的。

第三章参数设置
3.1 参数P
1）点击“数据”子任务栏中的“数据类型选择”，出现如图3-1-1界面。

点击其上的“参数P”命令。

图3-1-1
2）点击“数据”子任务栏中的“修改数据”。

如图3-1-2。

图3-1-2
3）在输入对话框中输入P值。

3.2 长度补偿H
1）点击“数据”子任务栏中的“数据类型选择”点击其上的“长度补偿H”命令。

2）点击“数据”子任务栏中的“修改数据”。

如图3-2-1。

图3-2-1
3）在输入对话框中输入长度补偿H值。

3.3 路径补偿D
1）点击“数据”子任务栏中的“数据类型选择”点击其上的“路径补偿D”命令。

2）点击“数据”子任务栏中的“修改数据”。

如图3-3-1。

图3-3-1
3）在输入对话框中输入路径补偿D值。

3.4 工件坐标系G
1）点击“数据”子任务栏中的“数据类型选择”点击其上的“工件坐标系G”命令。

2）点击“数据”子任务栏中的“修改数据”。

如图3-4-1。

图3-4-1 3）在输入对话框中输入工件坐标系G54-G59的值。

PA系统使用手册第三章参数设置。

PAUP软件使用简要说明
1.数据输入格式
将需要分析的一组DNA数据经Clustal软件比对分析后，将其比对结果的*.aln文件用Mega 软件打开并转换为Mega格式（File-〉Convert To Mega Format），转换结果会以*.meg文件存在与*.aln同一目录下，再用DNAsp软件将*.meg文件转换为PAUP格式（File-〉Save/Export Date As，以NEXUS File Format保存）即可。

2.MP法分析
先启动PAUP软件，选择相应数据文件，然后在命令行内依次键入
outgroup_外群名回车
Bootstrap_nreps=1000_keepall 回车
Describetree 回车
Savetrees_from=1 to=1000 回车
3.NJ法分析
先启动PAUP软件，选择相应数据文件，然后在命令行内依次键入
outgroup_外群名回车
Set_criterion=distance 回车
Bootstrap_search=nj_nreps=1000_keepall 回车
contree 回车
Savetrees_from=1_to=1000 回车
4.ML法分析
先启动PAUP软件，选择相应数据文件，然后在命令行内依次键入
Set_criterion=likelihood 回车
Bootstrap_nreps=100_keepall 回车
contree 回车
Savetrees_from=1_to=100 回车
注：外群名指的是分析数据中外群的代号；
下划线“_”表示键入一个空格；
结果以*.tre格式存在分析数据的同一文件夹内，用Treeview软件打开。