猪瘟和猪蓝耳病病毒多重RT_PCR检测方法的建立及初步应用
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常见猪病PCR检测操作步骤及试剂配制一、RNA病毒(蓝耳病、猪瘟、乙脑、猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒、轮状病毒等包括病料的处理、RNA的提取、反转录、和PCR扩增、凝胶电泳四个步骤。
1、病料的处理取组织病料约2克,加入4-5毫升灭菌的PBS或者生理盐水,置研磨器(灭菌中研磨或者用剪刀细心剪碎,置-20℃中反复冻融三次,即可用于检测。
2、RNA的提取1取上述冻融三次的病料约200微升置1.5毫升的离心管中,加入500-600微升TRIzol剧烈振摇30秒后,静置5分钟后,再次剧烈振摇30秒后,静置5分钟。
2在加入200微升的氯仿,上下颠倒混匀30s,静置5分钟,4℃ 12000g 离心15 min。
离心完毕后,取上清约400-500微升(注意不要吸到中间层白色物质置新的灭菌好的离心管中,加入等体积的异丙醇,颠倒数次后(不可剧烈震动静置10分钟,4℃12000g离心10 min.可见管底部有少量白色沉淀,倒掉异丙醇,加入1毫升75%的乙醇(DEPC水配制,振摇,将白色沉淀悬浮,4℃7500g离心5 min。
弃去上清,干燥沉淀物(将离心管倒置于卫生纸或者其它吸水纸上,室温约5 min即可加入20μLDEPC 水溶解用于RT-PCR,或于-20℃保存备用。
两步法:1、反转录在10μL的反转录体系中加入:上述步骤中提取的RNA7μL、5×Buffer 2μL、0.5μL或者下游引物0.5μL;65℃10分钟, 10 mM dNTP 0.25μL、Oligo (dT18迅速放置-20摄氏度冰箱中2分钟,加入M-MLV 100U/μL 0.25μL(反转录酶37℃水浴1h,即可做为PCR扩增的模板,立即用于PCR扩增或置于- 20 ℃保存备用。
2、PCR扩增设立阳性和阴性对照,阳性对照一般为病毒液,阴性对照用灭菌的双蒸水做为PCR反应模板。
反应总体系为25μLcDNA 2μL,(模板25mmol/L Mg2+ 1.5μL,2.5mmol/L dNTPs 2.0μL,10× Mg2+ free PCR Buffer 2.5μL,20mmol/ L上下游引物各1μL,Taq DNA聚合酶(5U/μL0.2μL无菌双蒸水补至25.0μL。
猪瘟病毒TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用岳锋;朱艳平;银梅;王选年【摘要】根据GenBank中猪瘟病毒(classical swine fever virus,CSFV)5' NTR的保守序列,设计1对特异性引物和TaqMan探针,以CSFV全长基因重组质粒pGEM-CSFV为标准品,建立TaqMan实时荧光定量PCR标准曲线,进行特异性、敏感性和重复性试验,并检测人工感染CSFV后不同时期猪血浆中CSFV的载量.结果表明,标准曲线循环阈值与模板浓度具有良好的线性关系,R2=0.999;敏感性高,最低检测限为1×101拷贝/μL;特异性强,与猪圆环病毒2型、猪细小病毒、猪伪狂犬病病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒无交叉反应性;重复性好,组内和组间变异系数均小于2%.人工感染CSFV后第7天猪血浆中CSFV载量达到峰值,之后逐渐降低.结果表明,建立的TaqMan实时荧光定量PCR方法具有特异、敏感、重复性好等优点,为CSFV的定量分析及临床诊断奠定基础.【期刊名称】《中国畜牧兽医》【年(卷),期】2014(041)006【总页数】5页(P18-22)【关键词】猪瘟病毒;实时荧光定量PCR;TaqMan探针【作者】岳锋;朱艳平;银梅;王选年【作者单位】新乡学院生命科学与技术系,河南新乡453003;新乡学院生物技术研究所,河南新乡 453003;新乡学院生命科学与技术系,河南新乡453003;新乡学院生物技术研究所,河南新乡 453003;河南科技学院动物科学学院,河南新乡 453003;新乡学院生命科学与技术系,河南新乡453003;新乡学院生物技术研究所,河南新乡453003【正文语种】中文【中图分类】S858.28猪瘟(classical swine fever,CSF)是由猪瘟病毒(classical swine fever virus,CSFV)引起猪的一种热性、出血性传染病,是严重威胁养猪业的重要传染病之一,被世界动物卫生组织(office international des epizooties,OJE)列入OJE疫病名目,也是中国农业部规定的一类传染病(殷震等,1997)。
吉林农业大学硕士学位论文BVDV荧光RT-PCR检测方法的建立和初步应用姓名:李天松申请学位级别:硕士专业:预防兽医学指导教师:胡桂学20050601吉林农业大学碗士学位论文BVDV时实定量荧光RT--PCR检测方法的建立和初步应用2结果2.1病毒培养正常MDBK细胞呈梭形、均匀铺在细胞培养瓶的底部,中心部较亮,边缘明显,有的地方呈现细胞集落。
接毒后72h开始出现细胞病变(CPE),细胞开始变圆、细胞核圆缩边缘、胞浆内出现大量空泡,细胞逐渐脱落,细胞单层呈网状,最后大部分或全部从瓶壁脱落下来,如图l、2。
图1正常MDBK细胞Fig.1TheMDBKconlrolcell2.2TCID50测定结果图2接毒MDBK细胞Fig.2TheinfectedMDBKcell细胞病变观察结果见表3。
表3OregonC24VTGID50测定结果!垫里苎堡!!婪!!竺缎丝!∑婴12熊稀释度细胞孔观察结果累计细胞孔数细胞CPE出现CPE孔不出现CPE孔出现CPE孔不出现CPE孔孔数孔的%10"1803103110010一712312495.810—711621888.91044496156010~355111631.310417218201010‘717t2526410‘808033330根据Re酣.Muench法计算提供的方法:.19.高于50%的百分数.50一”。
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经查反对数约得19952.6即将O.1mL病毒进行19952.6倍稀释后的O.1mL病毒液为1个TCIDs0。
2.3MgCl2用量优化结果用预先设定的PCR反应体系和条件扩增RNA,计算机绘制样品曲线如图3:图3MgCl2优化结果Fig.3The代sultofMgCholrdmization由上至下3条线分别是5耻L、4pL、3uLMgCh用量的结果曲线,由图3可见,当MgCl2用量为5uL时,曲线里典型的“S”形。
猪非典型性瘟病毒RT-PCR检测方法的建立及初步应用作者:郭佳琪杨晓宇冯宇杨钒徐志文朱玲来源:《江苏农业学报》2019年第02期摘要:为建立一种快速、准确检测猪非典型性瘟病毒(APV)的方法,根据Genbank发布的APPVNS2基因序列,设计合成1对扩增后目的基因片段大小为500bp的特异性引物。
建立的R’T-PCR方法对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、伪狂犬病毒(PRV)和猪瘟病毒(CSFV)的检测结果均为阴性,该方法对APPV的最低检岀量为1μl4.95×10拷贝,重复性试验中组间、组内试验结果均与预期相符。
应用该方法对68份疑似患病的仔猪样品进行检测,阳性病料检出率为7.35%。
利用Mega7.0绘制APⅤ系统进化树,对APPⅤ进行遗传进化分析,结果显示本试验检出的APPⅤ(SC株)与中国报道的APPV的亲缘关系较近。
建立的APPV RT-PCR检测方法可用于APPV的临床诊断及流行病学检测。
关键词:猪非典型性瘟病毒;RT-PCR;检测中图分类号:S858281.34+7文献标识码:A文章编号:1000-4440(2019)02-0357-06仔猪先天性震颤(Congenital tremors,CT)会导致仔猪出生后数小时内出现骨骼肌双侧痉挛性收缩,妨碍仔猪站立、步行和寻找乳头3,致使仔猪饥饿和初乳摄入不足,严重的可导致仔猪死亡。
一般根据神经系统是否发生病变,将CT分为A型和B型,A型有明显的大脑和脊柱的组织学损伤,B型无损伤45。
A型又可分为A~A-V5种亚型,其中只有A-I型与AⅡ型具有传染性。
A-型一般认为是由猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)引起,以小脑发育不全为特征67。
AⅡ型的病因存在一定争议,直到2015年,Hause等通过宏基因组测序发现了猪非典型性瘟病毒(Atypical porcine pestivirus virus,APPV)2016年,Arruda9确定APPV是A的病因。