第2章生物信息学的计算机基础3(2)PPT课件
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生物信息学课件
Query = human beta globin Subject = myoglobin Information about this alignment: score, expect value, identities, positives, gaps…
Middle row displays identities; + sign for similar matches
15
Choose align two or more sequences…
16
Enter the two sequences (as accession numbers or in the fasta format) and click BLAST.
17
Pairwise alignment result of human beta globin and myoglobin
1
Overview and examples
2
DNA vs. Protein Alignment
• The reliability of protein alignment is higher than that of DNA
– 20 vs 4 characters – Codons : changes in the third position often do not alter the amino acid that is specified – Many amino acids share related biochemical and physical properties
• Ungapped DNA alignment:
AUGGAATTAGTTATTAGTGCTTTAATTGTTGAATAA ||||| | || || || | || || || | |
Middle row displays identities; + sign for similar matches
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Choose align two or more sequences…
16
Enter the two sequences (as accession numbers or in the fasta format) and click BLAST.
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Pairwise alignment result of human beta globin and myoglobin
1
Overview and examples
2
DNA vs. Protein Alignment
• The reliability of protein alignment is higher than that of DNA
– 20 vs 4 characters – Codons : changes in the third position often do not alter the amino acid that is specified – Many amino acids share related biochemical and physical properties
• Ungapped DNA alignment:
AUGGAATTAGTTATTAGTGCTTTAATTGTTGAATAA ||||| | || || || | || || || | |
生物信息学概述(共59张PPT)精选全文完整版
蛋白质 结构
蛋白质 功能
最基本的 生物信息
2024/11/11
生命体系千姿百 态的变化
维持生命活 动的机器
9
第一部遗传密码已被破译，但对密码的转录过程还不清楚，对大多
数DNA非编码区域的功能还知之甚少
对于第二部密码，目前则只能用统计学的方法进行分析。破译“第
二遗传密码”：即折叠密码（folding code），从蛋白质的一级结构
Rickettsia prowazekii
Helicobacter pylori
Buchnerasp. APS
Escherichia coli大南芥
Thermotoga maritima
Thermoplasma acidophilum
mouse
Caenorhabitis elegans
以基因组计划的实施为标志的基因组时代（1990年至2001年）是生
物信息学成为一个较完整的新兴学科并得到高速发展的时期。这一 时期生物信息学确立了自身的研究领域和学科特征，成为生命科学 的热点学科和重要前沿领域之一。
这一阶段的主要成就包括大分子序列以及表达序列标签 （ expressed sequence tag，EST）数据库的高速发展、BLAST（ basic local alignment search tool）和FASTA（fast alignment）等工具软件的研制和相应新算法的提出、基因的寻 找与识别、电子克隆（in silico cloning）技术等，大大提高
细胞质（线粒体、叶绿体） 基因组DNA
人类基因组：3.2×109 bp 18
人类自然科学史上的 3 大计划
曼哈顿原子 弹计划
阿波罗登月 计划
人类基因组计划
生物信息学课堂ppt课件
它是一门理论概念与实践应用并重的学科 ❖ bioinformatics这一名词在1991年左右才在文献中出现，还
只是出现在电子出版物的文本中。
5
产生 生物信息学的
❖ ２０世纪后期，生物科学技术迅猛发展，无论从数量上还是从质量上都 极大地丰富了生物科学的数据资源。数据资源的急剧膨胀迫使人们寻求 一种强有力的工具去组织这些数据，以利于储存、加工和进一步利用。 而海量的生物学数据中必然蕴含着重要的生物学规律，这些规律将是解 释生命之谜的关键，人们同样需要一种强有力的工具来协助人脑完成对 这些数据的分析工作。
❖ 基因组时代--基因寻找和识别、网络数据库系统的 建立、交互界面的开发；
❖ 后基因组时代--大规模基因组分析、蛋白质组分析。
8
重要性 生物信息学的
❖ 生物信息学不仅是一门学科，更是一种重要的研究开发工具。 ❖ 从科学的角度来讲，生物信息学是一门研究生物和生物相关
系统中信息内容与信息流向的综合系统科学。只有通过生物 信息学的计算处理，人们才能从众多分散的生物学观测数据 中获得对生命运行机制的系统理解。 ❖ 从工具的角度来讲，生物信息学几乎是今后所有生物（医药） 研究开发所必需的工具。只有根据生物信息学对大量数据资 料进行分析后，人们才能选择该领域正确的研发方向。 ❖ 生物信息学不仅具有重大的科学意义，而且具有巨大的经济 效益。它的许多研究成果可以较快地产业化，成为价值很高 的产品。
分析(主要研究内容) 应用(多个领域)
主要由数据库、计算机网络和应用软件三大部分构成
2
定义
❖ 收集、维护、传播、分析以及利用在分子生物学研究中获得的大量数据。
生物信息学（bioinformatics）是生物学与计算机科学以及应用数学等学
只是出现在电子出版物的文本中。
5
产生 生物信息学的
❖ ２０世纪后期，生物科学技术迅猛发展，无论从数量上还是从质量上都 极大地丰富了生物科学的数据资源。数据资源的急剧膨胀迫使人们寻求 一种强有力的工具去组织这些数据，以利于储存、加工和进一步利用。 而海量的生物学数据中必然蕴含着重要的生物学规律，这些规律将是解 释生命之谜的关键，人们同样需要一种强有力的工具来协助人脑完成对 这些数据的分析工作。
❖ 基因组时代--基因寻找和识别、网络数据库系统的 建立、交互界面的开发；
❖ 后基因组时代--大规模基因组分析、蛋白质组分析。
8
重要性 生物信息学的
❖ 生物信息学不仅是一门学科，更是一种重要的研究开发工具。 ❖ 从科学的角度来讲，生物信息学是一门研究生物和生物相关
系统中信息内容与信息流向的综合系统科学。只有通过生物 信息学的计算处理，人们才能从众多分散的生物学观测数据 中获得对生命运行机制的系统理解。 ❖ 从工具的角度来讲，生物信息学几乎是今后所有生物（医药） 研究开发所必需的工具。只有根据生物信息学对大量数据资 料进行分析后，人们才能选择该领域正确的研发方向。 ❖ 生物信息学不仅具有重大的科学意义，而且具有巨大的经济 效益。它的许多研究成果可以较快地产业化，成为价值很高 的产品。
分析(主要研究内容) 应用(多个领域)
主要由数据库、计算机网络和应用软件三大部分构成
2
定义
❖ 收集、维护、传播、分析以及利用在分子生物学研究中获得的大量数据。
生物信息学（bioinformatics）是生物学与计算机科学以及应用数学等学
生物信息学介绍(PPT20页)
– 蛋白质的结构和功能预测
• 蛋白质怎样实现细胞和有机体的动力学：
– 生命为什么是蛋白质的运动方式
• 个体发育和系统发育的法则和机理：
– 肌体如何长成、运作、衰老和进化
• 征服疾病：
– 主要循环系统疾病、癌症、病毒源性疾病、遗传病和衰老
• 保护和利用生物资源，开发和发展生物产业：
– 生物学怎样造福人类
•
1、
功的路 。2020/10/262020/10/26Monda y, October 26, 2020
成功源于不懈的努力，人生最大的敌人是自己怯懦
•
2、
。2 020/10/ 262020 /10/26 2020/10 /2610/ 26/202 0 12:03:09 AM
每天只看目标，别老想障碍
–蛋白质的三维结构
– 蛋白质的物理性质预测
– 其他特殊局部信息：其它特殊局部结构包括 膜蛋白的跨膜螺旋、信号肽、卷曲螺旋 (Coiled Coils)等，具有明显的序列特征和结 构特征，也可以用计算方法加以预测
• cDNA 芯片相关的数据管理和分析
实验室信息管理系统 基因表达公共数据库
• 分子进化
基因芯片流程（二）
6. 图象处理（采用专门软件，对图象进行分析， 提取每个点上的数字信号），得到原始数据表。
7. 数据校正和筛选（对cy5或cy3信号进行校正， 消除实验或扫描等各环节因素对数据的影响， 同时利用筛选规则对数据中的“坏点”，“小 点”，“低信号点”进行筛选，并作标记。）
8. 差异表达基因的确定（采用ratio值对差异基因 进行判断，或采用统计方法如线性回归、主成 分分析、调整P值算法等对差异基因进行统计 推断）
远期任务
• 读懂人类基因组，发现人类遗传语言的 根本规律，从而阐明若干生 物学中的重 大自然哲学问题，像生命的起源与进化 等。这一研究的关键和核心是了解非编 码区
• 蛋白质怎样实现细胞和有机体的动力学：
– 生命为什么是蛋白质的运动方式
• 个体发育和系统发育的法则和机理：
– 肌体如何长成、运作、衰老和进化
• 征服疾病：
– 主要循环系统疾病、癌症、病毒源性疾病、遗传病和衰老
• 保护和利用生物资源，开发和发展生物产业：
– 生物学怎样造福人类
•
1、
功的路 。2020/10/262020/10/26Monda y, October 26, 2020
成功源于不懈的努力，人生最大的敌人是自己怯懦
•
2、
。2 020/10/ 262020 /10/26 2020/10 /2610/ 26/202 0 12:03:09 AM
每天只看目标，别老想障碍
–蛋白质的三维结构
– 蛋白质的物理性质预测
– 其他特殊局部信息：其它特殊局部结构包括 膜蛋白的跨膜螺旋、信号肽、卷曲螺旋 (Coiled Coils)等，具有明显的序列特征和结 构特征，也可以用计算方法加以预测
• cDNA 芯片相关的数据管理和分析
实验室信息管理系统 基因表达公共数据库
• 分子进化
基因芯片流程（二）
6. 图象处理（采用专门软件，对图象进行分析， 提取每个点上的数字信号），得到原始数据表。
7. 数据校正和筛选（对cy5或cy3信号进行校正， 消除实验或扫描等各环节因素对数据的影响， 同时利用筛选规则对数据中的“坏点”，“小 点”，“低信号点”进行筛选，并作标记。）
8. 差异表达基因的确定（采用ratio值对差异基因 进行判断，或采用统计方法如线性回归、主成 分分析、调整P值算法等对差异基因进行统计 推断）
远期任务
• 读懂人类基因组，发现人类遗传语言的 根本规律，从而阐明若干生 物学中的重 大自然哲学问题，像生命的起源与进化 等。这一研究的关键和核心是了解非编 码区
生物信息学课堂PPT_PPT幻灯片
生物信息学的基本方法：
❖ 建立生物数据库：核苷酸顺序数据库(GENBANK)、Protein Data Bank(PDB)、氨基酸顺序数据库(SWISS-PRO)、酵母基因组数据库 (YEASTS)、美国种质保藏中心(ATCC)、美国专利局数据库(USPO)。
❖ 数据库检索：Blast ❖ 序列分析：序列对位排列、同源比较、进化分析。 ❖ 统计模型：如隐马尔可夫模型(hidden Markov model, HMM)--基因识别、
❖ 对基因组研究相关生物信息的获取、加工、存储、分配、分 析和解释：
❖ 一是对海量数据的收集、整理与服务，即管理好这些数据； ❖ 二是从中发现新的规律，也就是使用好这些数据。 ❖ 具体地说，生物信息学是把基因组ＤＮＡ（脱氧核糖核酸）
序列信息分析作为源头，找到基因组序列中代表蛋白质和Ｒ ＮＡ（核糖核酸）基因的编码区。同时，阐明基因组中大量 存在的非编码区的信息实质，破译隐藏在ＤＮＡ序列中的遗 传语言规律。在此基础上，归纳、整理与基因组遗传信息释 放及其调控相关的转录谱和蛋白质谱的数据，从而认识代谢、 发育、分化、进化等的规律。
发展过程 生物信息学的
大致经历了3个阶段：
❖ 前基因组时代--生物数据库的建立、检索工具的开 发、DNA和蛋白质序列分析、全局和局部的序列对 位排列；
❖ 基因组时代--基因寻找和识别、网络数据库系统的 建立、交互界面的开发；
❖ 后基因组时代--大规模基因组分析、蛋白质组分析。
重要性 生物信息学的
什么是生物信息学？
产生(分子生物学研究中获得的大量数据) 收集(数据库) 维护(产生高质量数据) 传播(互联网，搜索引擎)
分析(主要研究内容) 应用(多个领域) 主要由数据库、计算机网络和应用软件三大部分构成
生物信息学(东南大学版)精选ppt
09.04.2020
41
遗传连锁图：通
过计算连锁的遗
传标志之间的重
组频率，确定它
配子
们的相对距离，
一般用厘摩（cM，
即每次减数分裂
的重组
频率为1%）
表示。
末 期 II
晚 期 II
中 期 II
间期 前期 I
同源染色体 形成配对
中期 I
前 期 II
晚期 I 发生交换
09.04.2020
42
物理图谱
5、《生物信息学手册》 郝柏林 中科院物理所 上海科学技术出版社
6、《简明生物信息学》 钟扬 复旦大学 高等教育出版社
09.04.2020
2
http://
编号
第一章 第二章 第三章 第四章 第五章 第六章 第七章 第八章
第九章
第十章
09.04.2020
网上资源
名称
书稿(word)
生物信息学引论 分子生物学基础
破译遗传语言、识别基因 预测蛋白质结构和功能 认识生物界信息存贮和传递的本质 研究药物作用机制和开发新药
09.04.2020
31
第二节 生物信息学的发展历史
生物科学和 技术的 发展
人类基因组 计划的 推动
生物信息学 基本思想的产生
二十世纪 50年代
09.04.2020
生物信息学 的迅速发展
09.04.2020
生物体生长发育的本质就是遗 传信息的传递和表达
17
DNA通过自我复制，在生物体的繁衍过 程中传递遗传信息
基因通过转录和翻译，使遗传信息在生物 个体中得以表达，并使后代表现出与亲代 相似的生物性状。
基因控制着蛋白质的合成
生物信息学概论ppt课件
2018/11/25
生物信息学
8
生命科学学院 吕巍
生物信息学（ Bioinformatics ）这 个名词有许多不同的定义。
从字面上来看，生物信息学是将信
息科学和技术应用于生物学。 一般提到的 " 生物信息学 " 是就指这 个狭义的概念，准确地说应该是分 子 生 物 信 息 学 （ Molecular Bioinformatics）。
2018/11/25
生物信息学
31
生命科学学院 吕巍
2018/11/25
生物信息学
32
生命科学学院 吕巍
2018/11/25
生物信息学
33
生命科学学院 吕巍
海 鞘 (ciona intestinalis) 是人类的一种无脊椎近 亲，它们的心脏、神经 系统就像是人类的简化 版。
2018/11/25
2018/11/25
生物信息学
13
生命科学学院 吕巍
生物信息学的产生
20世纪后期，生物科学技术迅猛发展，无论从数量上 还是从质量上都极大地丰富了生物科学的数据资源。 寻求一种强有力的工具去组织这些数据，以利于储存、 加工和进一步利用。 另一方面，以数据分析、处理为本质的计算机科学技 术和网络技术迅猛发展，并日益渗透到生物科学的各 个领域。 于是，一门崭新的、拥有巨大发展潜力的新学科—— 生物信息学——悄然兴起。
2018/11/25
生物信息学
11
生命科学学院 吕巍
生物信息学主要研究两种信息载体
核酸分子（DNA、RNA） 蛋白质分子
生物分子至少携带着三种信息
遗传信息 与功能相关的结构信息 进化信息
2018/11/25
生物信息学研究概述汇报PPT
同时为试验设计提供理论支
持和指导，缩短科研周期。
生物信息学发展简史
前基因组阶段
基因组阶段
后基因组阶段
简史---前基因组阶段
该阶段主要 集中于构建 生物信息学 数据库，开 发检索工具、 建立序列比 对算法、基 因序列和蛋 白质序列的 分析
01
孟德尔遗传定律的发现
前基因 02 DNA双螺旋结构的发现 组阶段
研究内容---系统发育分析
系统发育分析是通过已知序列分析推 断或评估物种间进化关系的过程，具 体是通过系统发育树的构建来实现。 常见的系统发育树构建方法有相邻连 接法（NJ）、非加权配对组算数法 （UPGMA）、最小进化法（MJ）、 最大简约法（MP）和最大似然法 （ML） 系统发育树构建软件有MEGA、 DNAstar、PAUP、PHYLIP、MOLPHY、 PAML。
研究内容---蛋白质分析
结构等级---测定方法 一级结构--质谱分析； EDMA； N 降解法 二级结构--傅里叶红外光谱法 圆二性色谱法； 三级结构--三维电镜技术； 核磁共振技术； X 射线衍射法
分析内容 蛋白质序列的理化性 质分析、 亲疏水性分析、 跨膜区结构预测、 卷曲螺旋和翻译后修 饰位点预测， 以及蛋白质二级结构 预测和信号位点分析、 蛋白质结构域分析、 蛋白质三维结构模拟、 蛋白质超家族分析
常用软件 在线软件有--Swiss-model、 PROCHECK、 Molprobity 本地软件有--Modeller、 TMHMM 、 VMD
研究内容---非编码区分析
非编码区通常具有降低编码区碱基突 变率的作用，还具有调控编码区基因 转录的作用。非编码区往往具有启动 子、终止子、调控基因和 DNA 聚合酶 结合位点。 非编码区分析是利用生物信息学的方 法对非编码区的 DNA 片段进行定性、 定量，以及对结构进行剖析，找出调 控编码区基因转录机理的过程
生物信息学的计算机基础-sec
英吉利海峡水生生物(shēngwù)生态 系统模型
精品资料
RNA世界起源过程的分子演化系统(xìtǒng)模 型
精品资料
量化模型(móxíng)和计算机模拟
量化模型描述系统中的各种量化关系。其相 关研究的方式是，根据输入特性（参数）的 变化，演算模型，记录输出特性，反映系统 的行为。
——复杂量化模型的演算，计算量大，可 以通过编程而建立相应的计算机模型，在计 算机上实现，也就是(jiùshì)我们所说的计 算机模拟。
模型是为了描述或研究一个特定系统，通过 抽象和简化而建立的反映这个系统中各种关 系的一种表示。
如汽车模型、DNA双螺旋模型、气象模 型等。
涉及系统量化特性的模型——量化模型 量化模型通常用到数学工具，如方程
（组）、微积分等，可称为(chēnɡ wéi)数学 模型；当然，也有量化逻辑模型。
精品资料
广域网：利用电信部门提供的通信设备和传输 介质互联分布在世界各地的计算机和局域网络。 Internet——现今世界上最大的广域网。
精品资料
Internet 的产生(chǎnshēng)*
1969年，美国国防部下属高级研究计划署（ARPA）建立 ARPANET，为了军方分布广泛的计算机之间能够相互传 输信息。采用TCP/IP通讯协议(xiéyì)，获得成功——最初 互连4台计算机，1976年发展到100多台……
IP地址实现了单一计算机在整个(zhěnggè)internet中的定 位。
如：202.114.64.32
域名(yù mínɡ)： 如：
——用来代替IP地址，便于记忆。其每个节点与IP 的每个部分没有关系。
精品资料
W W W的成功(chénggōng)
WWW实质(shízhì)上是Internet提供的基于超文本信息 组织结构的一种信息服务。 语言：HTML（HyperText Markup Language），XML…
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:8080/index.html
18.08.2020
9
3、HTTP：是WWW浏览器和服务器之间传 送消息的协议，它基于客户机/服务器模型的 信息分布方式，按原本设计意思“请求/响应 模型”，即信息文件存放在服务器上，用户
通过程序向服务器发出请求并访问服务器上 的数据。
18.08.2020
7
WWW使用的几项关键技术和基本元素包括:
1. HTML ( hypertext markup language ,超文本标记 语言)
设计HTML语言的目的是为了能把存放在一台电 脑中的文本或图形与另一台电脑中的文本或图形方 便地联系在一起，形成有机的整体，人们不用考虑 具体信息是在当前电脑上还是在网络的其他电脑上。 这样你只要使用鼠标在某一文档中点取一个图标， Internet就会马上转到与此图标相关的内容上去，而 这些信息可能存放在网络的另一台电脑中。
由欧洲粒子研究中心发起。
其初衷是为了让科学家们以更方便的方式彼此
交流思想和研究成果，目前已成为一种最受欢
迎的游览工具。 WWW主要由一些应用软件以及一系列协议和
约定组成，使用超文本和多媒体技术，在计算 机网络上进行超文本信息的发布和浏览。
18.08.2020
6
提供： 文本、图像、声音和视频等信息 也提供基本的Internet服务
18.08.2020
15
在寻求有效管理网上海量信息的探索中，人 们还提出了数字图书馆的解决方案。数字图 书馆可理解为有组织的信息收藏及相关服务， 信息以数字化形式保存，并通过网络进行访 问。数字图书馆包含各式各样的可用数据， 供不同用户使用，规模可大可小，并可使用 各类计算设备和相关软件。但所有数字图书 馆都有着共同的特点：
18.08.2020
10
4. MINE类型：计算机上的数据文件只是二进 制数位的集合，必须经过解释才有用。例如， 为了正确显示文件“index.html "，浏览器必 须知道它是HTML格式。
18.08.2020
11
5、网页网页是用户通过客户端浏览器 观察到的超文本信息内容。
简单的静态网页 图文并茂网页 动态网页
13
从WWW到XML (extensible markup
language)
以XML为基础的新一代WWW环境可以更好 地实现Web中的信息共享与交换，XML可看 作一种半结构化的数据模型，可以很容易地 将XML的文档描述与关系数据库中的属性对 应起来，实施精确的查询与模型抽取。
18.08.2020
18.08.2020
12
2.3 Internet 上的高级信息管理
Web上的数据最大特点就是结构化特征较 弱.往往是半结构化的，有时还可能是无结 构的。
为有效利用WWW上的数据，需要处理半 结构化数据源，解决半结构化数据的查询 与集成问题。寻找一个半结构化的数据模 型是解决问题的关键所在。
18.08.2020
分配B类IP地址的国际组织有三个：ENIC负责 欧洲地区的分配工作，InterNIC负责北美地区，设 在日本东京大学的APNIC负责亚太地区。我国的 Internet地址由APNIC分配(B类地址)，由邮电部数 据通信局或相应网管机构向APNIC申请地址。
3)分配C类地址。
由地区网络中心向国家级网管中心(如 CHINANET的NIC)申请分配。
4
2.2.8 Internet 提供的服务
➢主机远程登录 ➢FTP：远程文件传送 ➢E-mail ➢FTP (文件转输协议) ✓安装和使用Serv-U (Ftp服务器软件) ✓安装和使用AbsoluteFtp （Ftp客户端软件） ➢USENET：电子公告板
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www(world wide web)
信息在计算机内得以组织并通过网络加以利 用，数字图书馆带有选择信息、组织信息、 存储信息和发布信息的程序。
18.08.2020
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•cn为最高域，代表中国 •为第二级域，代表中国教育与科研网 •为第三级域，代表南京林业大学
18.08.2020
3
2.2.7 与Internet的连接方式
拨号上网连接
用户终端
电话线
Modem
Modem
局域网直接连接
远程服务器
局域网
18.08.2020
路由器
专用通信线路 远程服务器
HTML可以说明文字、图形、动画、声音、表格、 链接等。
18.08.2020
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Hale Waihona Puke 2、URL（uniform resource locator，统一资 源定位器)是WWW上简单的寻址机制，使得 W能够连接世界各地计算机上的信息。URL 的格式从左到右由下面各部分组成：模式、 服务器地址、端口、路径等组成。
18.08.2020
1
整体概况
+ 概况1
您的内容打在这里，或者通过复制您的文本后。
概况2
+ 您的内容打在这里，或者通过复制您的文本后。
概况3
+ 您的内容打在这里，或者通过复制您的文本后。
➢ 域名系统（domain name system, DNS）
▪域名末尾部分为一级域，代表国家或机构等节 点； ▪域名的倒数第二部分为二级域，代表部门或隶 属于一级域的下级机构； ▪如：, 其中
IP地址由国际组织按级别统一分配，机构用户在申 请入网时可以获取相应的IP地址。
1)Network Information Center(NIC)。
最高一级IP地址由国际网络信息中心(NIC)负
责分配。其职责是分配A类IP地址、授权分配B类
IP地址的组织并有权刷新IP地址。
2)InterNIC、APNIC和ENIC。
14
XML是由W3C设计的一种元标注语言，可提供资料 的结构化描述能力。具体来说，XML类似于HTML， 被设计用来描述数据，但XML提供了一种独立的运 行程序的方法来共享数据。
XML与HTML更大的区别可能体现在它明确地区分 了文档的内容和表现这两个概念。XML文档专注于 内容，而这些内容的表现则有相应的扩展样式表 XSL来规定。因此，同样的内容可以有不同的表现， 甚至还能够对内容进行不同的取舍。
18.08.2020
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3、HTTP：是WWW浏览器和服务器之间传 送消息的协议，它基于客户机/服务器模型的 信息分布方式，按原本设计意思“请求/响应 模型”，即信息文件存放在服务器上，用户
通过程序向服务器发出请求并访问服务器上 的数据。
18.08.2020
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WWW使用的几项关键技术和基本元素包括:
1. HTML ( hypertext markup language ,超文本标记 语言)
设计HTML语言的目的是为了能把存放在一台电 脑中的文本或图形与另一台电脑中的文本或图形方 便地联系在一起，形成有机的整体，人们不用考虑 具体信息是在当前电脑上还是在网络的其他电脑上。 这样你只要使用鼠标在某一文档中点取一个图标， Internet就会马上转到与此图标相关的内容上去，而 这些信息可能存放在网络的另一台电脑中。
由欧洲粒子研究中心发起。
其初衷是为了让科学家们以更方便的方式彼此
交流思想和研究成果，目前已成为一种最受欢
迎的游览工具。 WWW主要由一些应用软件以及一系列协议和
约定组成，使用超文本和多媒体技术，在计算 机网络上进行超文本信息的发布和浏览。
18.08.2020
6
提供： 文本、图像、声音和视频等信息 也提供基本的Internet服务
18.08.2020
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在寻求有效管理网上海量信息的探索中，人 们还提出了数字图书馆的解决方案。数字图 书馆可理解为有组织的信息收藏及相关服务， 信息以数字化形式保存，并通过网络进行访 问。数字图书馆包含各式各样的可用数据， 供不同用户使用，规模可大可小，并可使用 各类计算设备和相关软件。但所有数字图书 馆都有着共同的特点：
18.08.2020
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4. MINE类型：计算机上的数据文件只是二进 制数位的集合，必须经过解释才有用。例如， 为了正确显示文件“index.html "，浏览器必 须知道它是HTML格式。
18.08.2020
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5、网页网页是用户通过客户端浏览器 观察到的超文本信息内容。
简单的静态网页 图文并茂网页 动态网页
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从WWW到XML (extensible markup
language)
以XML为基础的新一代WWW环境可以更好 地实现Web中的信息共享与交换，XML可看 作一种半结构化的数据模型，可以很容易地 将XML的文档描述与关系数据库中的属性对 应起来，实施精确的查询与模型抽取。
18.08.2020
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2.3 Internet 上的高级信息管理
Web上的数据最大特点就是结构化特征较 弱.往往是半结构化的，有时还可能是无结 构的。
为有效利用WWW上的数据，需要处理半 结构化数据源，解决半结构化数据的查询 与集成问题。寻找一个半结构化的数据模 型是解决问题的关键所在。
18.08.2020
分配B类IP地址的国际组织有三个：ENIC负责 欧洲地区的分配工作，InterNIC负责北美地区，设 在日本东京大学的APNIC负责亚太地区。我国的 Internet地址由APNIC分配(B类地址)，由邮电部数 据通信局或相应网管机构向APNIC申请地址。
3)分配C类地址。
由地区网络中心向国家级网管中心(如 CHINANET的NIC)申请分配。
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2.2.8 Internet 提供的服务
➢主机远程登录 ➢FTP：远程文件传送 ➢E-mail ➢FTP (文件转输协议) ✓安装和使用Serv-U (Ftp服务器软件) ✓安装和使用AbsoluteFtp （Ftp客户端软件） ➢USENET：电子公告板
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www(world wide web)
信息在计算机内得以组织并通过网络加以利 用，数字图书馆带有选择信息、组织信息、 存储信息和发布信息的程序。
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•cn为最高域，代表中国 •为第二级域，代表中国教育与科研网 •为第三级域，代表南京林业大学
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2.2.7 与Internet的连接方式
拨号上网连接
用户终端
电话线
Modem
Modem
局域网直接连接
远程服务器
局域网
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路由器
专用通信线路 远程服务器
HTML可以说明文字、图形、动画、声音、表格、 链接等。
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Hale Waihona Puke 2、URL（uniform resource locator，统一资 源定位器)是WWW上简单的寻址机制，使得 W能够连接世界各地计算机上的信息。URL 的格式从左到右由下面各部分组成：模式、 服务器地址、端口、路径等组成。
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整体概况
+ 概况1
您的内容打在这里，或者通过复制您的文本后。
概况2
+ 您的内容打在这里，或者通过复制您的文本后。
概况3
+ 您的内容打在这里，或者通过复制您的文本后。
➢ 域名系统（domain name system, DNS）
▪域名末尾部分为一级域，代表国家或机构等节 点； ▪域名的倒数第二部分为二级域，代表部门或隶 属于一级域的下级机构； ▪如：, 其中
IP地址由国际组织按级别统一分配，机构用户在申 请入网时可以获取相应的IP地址。
1)Network Information Center(NIC)。
最高一级IP地址由国际网络信息中心(NIC)负
责分配。其职责是分配A类IP地址、授权分配B类
IP地址的组织并有权刷新IP地址。
2)InterNIC、APNIC和ENIC。
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XML是由W3C设计的一种元标注语言，可提供资料 的结构化描述能力。具体来说，XML类似于HTML， 被设计用来描述数据，但XML提供了一种独立的运 行程序的方法来共享数据。
XML与HTML更大的区别可能体现在它明确地区分 了文档的内容和表现这两个概念。XML文档专注于 内容，而这些内容的表现则有相应的扩展样式表 XSL来规定。因此，同样的内容可以有不同的表现， 甚至还能够对内容进行不同的取舍。