第四部分分子生物学在系统学中的运用
分子系统学(molecular systematics)是检测、描述并解释生物在分子水平的多样性及其演化规律的学科，是一门综合性很强的交叉学科。其理论基础来源于系统学、分类学、遗传学、比较生物化学、分子生物学和进化论，其方法来源于免疫学、仪器分析、生物化学和分子生物学。它是随着PCR技术、限制性内切酶等现代生物学技术的诞生及其在系统学中的应用和发展而形成的，经过几十年的发展，分子系统学逐渐形成了自身的原理和分析方法。
实验1 实验数据的获取
进入NCBI主页(https://www.doczj.com/doc/5314751285.html,/)后，在Search框中选择nucleotide，在For后输入Grylloidea complete mitochondrion，即蟋蟀总科全线粒体后，点击Go即可搜索出符合条件的序列。在搜索结果中浏览已经测序的蟋蟀总科全线粒体基因组，发现该总科已经被测序的有5种。点开每一种的序列号，即可得到全线粒体基因序列及相关信息。
本研究所选择的5种蟋蟀总科及外群全线粒体基因序列数据的分类地位及来源见表2-1。所用线粒体基因组主要来自于截止2012年3月为止GeneBank中收录的所用蟋蟀总科昆虫。以NCBI中收录的东方蝼蛄(Gryllotalpa orietalis)和斑蝼蛄（Gryllotalpa pluvialis）作为外群。
实验2实验数据处理和分析
所下载的5种昆虫的全线粒体基因序列所编码的基因完全相同，均为ATP6,ATP8,COX1,COX2,COX3,CYTb,ND1,ND2,ND3,ND4L,ND4,ND5,ND6基因。将表2-1中所列的线粒体基因组编码的13个蛋白编码基因以及其联合数据分别作为一个独立的Fasta格式文件。用ClustalX1.83进行多重序列比对，参数设置均设置默认。将比对好的13种蛋白编码基因及联合数据集分别建成14个数据集。
(1) 序列组成分析
经ClustalX 1.83软件比对后的序列为aln格式，在MEGA中打开并转化为meg格式，在使用MEGA 4.1软件进行比对结果的分析。计算各个种之间的遗传距离(及其标准差)，各数据组碱基的组成(nucleotide composition)、保守位点(conserved sites)、变异位点(variable sites)、简约信息位点(parsimony information sites)、自裔位点(singleton sites)、两两碱基频率(nucleotide pair frequency)、转换与颠换的比值R(Ts/Tv)等。并进行碱基组成偏向性分析
和碱基替换饱和性分析等。
所有进化模型均假设各支系的碱基组成处于平衡状态，所以在数据分析之前，需要对数据组的碱基组成偏向性(base composition bias)进行检验。
(2) 数据组系统发育信号检测
如果转换颠换比的值小于2.0此基因序列的突变已达到饱和状态，可能会发生多重替换，受进化噪音影响的可能性较大，给系统发育分析带来困难，因此要对各数据集进行碱基替换饱和分析。
实验3 系统发育分析软件
分子生物之形质资料与一般传统形态形质资料之性质不同，故在计算生物间的相似度的方法或系数种类亦不同，特别需考虑sequence alignment的问题，而并非单纯或直接去比对各形质之异同。
1. ClustalX
2.0：用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较（multiple sequence alignment）的软件。多序列比较在分子生物学中是一个基本方法，用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明序列间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，确定PCR引物，以及在分子进化分析方面均有很大帮助。
2. PHYLIP（Ver.
3.68）：Phylogeny Inference Package，内含三十余种独立程序可分析各种类型之资料及选用不同的分析方法。它可以分析DNA与蛋白序列，限制位点等，并可绘制进化树。程序含有许多选项可以精确控制与分析。
3. TreeView 1.6.6：TreeView是用来生成与打印进化树的软件它可以读取NEXUS与PHYLIP生成的进化树格式文件，生成进化树，并输出到打印机。
4. PAUP 4.0b（Win）：PAUP是由Swofford所编写的利用简约分析进行系统发育分析（phylogenetic analysis using parsimony）的软件包，目前亦有多个版本。该软件包中提供了简约分析用的多种模型，其中包括了Wangner、Fitch、Doll、Camin-Sokal等，对系统发育分析结果亦可进行一些统计分析及自举检验。PAUP具有IBM-PC和Macintosh两种文本供选择。
5. MEGA 4.1：分子进化遗传分析MEGA（molecular evolutionary genetics analysis）是由Kumar等（1993）所编写的分子进化遗传分析的软件包。在版本4.1中，它能对DNA、mRNA、氨基酸序列及遗传距离进行系统发育分析。在建树方法上，提供了目前最常用的UPGMA、邻近法及最大简约法，对所获得数亦可进行自举检验及标准误估计可靠性检验。
6. MrBayes (Version 3.1.2)：MrBayes软件可进行贝叶斯系统发育推论分析，其网址为
http://morphbank.ebc.uu.se/mrbayes，目前可以免费下载。该软件以NEXUS格式输入数据，但如果数据为隔行，则必须加入interleave=yes。数据可以是核酸或氨基酸序列，也可以是限制性位点或以0、1表示的形态数据。可以通过批处理或逐步执行的程序。MrBayes软件可以通过不同的方法汇总模型参数的后置分布，包括系统树布局和分支长度，该软件还可以推导祖征和位点速率。
实验4 系统发育树构建
1 距离矩阵法(distance-matrix methods)
距离法矩阵是指以距离系数矩阵为基础的各种系统发育分析方法。这类方法首先要求原始数据以成对分类单元之间的距离形式表示，对于性状数据编码后要转换成距离数据。当距离关系满足超度量特性时，可以直接应用聚类分析方法构建超度量树，否则就要用叠加树法。这类方法的优点是算法较性状数据分析方法简单直观，对进化过程没有其它更多的假设，故系统分析的结果具有稳定性。基于距离构建系统树的方法很多，其中被证明能有效用于实际数据分析的方法有算数平均的不加权的组队法(UPGMA)、最小进化法(ME)和邻接法(NJ)。
2 简约性方法(parsimony methods)
简约性方法源于形态性状研究，该方法的理论基础是ockham的哲学原理，即解释一个过程的最好的理论是所需假设数目最少的那一个。如果对系统发育推断所需要知道的进化愈少，结果就愈可信。与其他方法比较，简约法依靠较少或简单的进化假设，可以直接利用原始数据，不需要将原始数据转换成距离数据，可以避免信息丢失，而且大多数简约法的计算机算法及程序比其它方法更成熟。该方法既可以用于核昔酸数据，也可以用于氨基酸数据。简约性方法中最常用的为MP法(maximum parsimony，最简约法)。
简约法是一种不依赖任何进化模型的方法，能快速地分析出大量序列之间的系统发生关系，所构建的树中的短分支更接近真实，但简约树的树长值完全决定于所有重建祖先序列中的最小突变数，而突变是否按照事先约定的核昔酸最少替代的途径进行是不得而知的，单一的突变图谱可能会得出似是而非的结论。再者，所有分支的突变数不可能相同，由于没有考虑核昔酸的突变过程，使得长分支末端的序列由于趋同进化而显示较高的相似性。趋同现象违背了简约法则，导致的结果是对“长支吸引”的敏感。因此，当序列单位位点上核昔酸替代数相对较大时，则极可能得出错误拓扑结构的树。
3 最大似然法(maximum likelihood method，ML法)
最大似然法是应用统计推断构建系统发育关系的典型方法。其原理是，只要建立一个
关于进化过程的模型和一组观测数据就可以进行统计推测，一棵树(T)的似然性(L)是产生该树的观测数据(D)与进化模型(M)的概率。在给定D和H的条件下，不同分枝形式和分枝长度的树有不同的似然性数值，极似然法的标准是选择具有最大似然值的树。其分析的核心在于替代模型，目前根据碱基频率的相等或不等、转换和颠换速率的相等或不等、位点间替换速率异质性的有无以及不变位点比例的高低等特征提出的替代模型很多，仅在Modeltest软件中实际使的就达到56种，模型的正确选择也就成为极似然法的关键所在。似然法似乎是几种常用方法中最为接近序列实际进化的方法，它考虑了所有可能的突变路径，能完全利用数据的系统发生信息。然而，极似然法构建的系统树在很大程度上依赖于对核昔酸替代模型的选择。似然法运算强度极大，对于分类单元较多时十分费时，这也是似然法应用的最大障碍。而且似然法并没有评估拓扑结构的优劣，而是假定分支长度估计最精确的拓扑结构为最优树。实际上，系统发生所关心的是树的拓扑结构，分支长度反而成为干扰参数,忽略分支长度似乎更合理些。
4 贝叶斯推论法(Bayesianinference)
贝叶斯推论法是建立在后验概率(posterior probablity)基础上的，有关类群历史的推断是根据树的后验概率进行的，具有最高后验概率值的树的分支格局就可以作为有关类群系统发育关系的最佳估计。一系列数值方法可以用于近似的获得后验概率，其中最有用的是Markov链Monte Carlo。算法，其基本思想是建立Markov链，以替代模型参数作为状态空间，其静态分布就是参数的后验概率分布，通过计算机模拟和抽样技术获得分支格局的后验概率。贝叶斯推论的优点在于能够以很高的计算速度处理大型数据集，同时提供了衡量树可信性的有效参数一后验概率。
贝叶斯法和极似然法相似，都是选定一个进化模型，然后通过程序搜索模型和序列数据一致的最优系统树。但二者基本的不同在于，似然法是以观察数据的最大概率来拟合系统树。贝叶斯法正好相反，是通过系统树对数据及进化模型的最大拟合概率而得到系统树。极似然法给出的是数据的概率，而贝叶斯法给出了模型的概率。极似然法搜索单一的最相似系统树，贝叶斯法得到的是具有大致相等似然值的系统树集合。所有系统树的后验概率加在一起等于1，任何分支上的后验概率就是所有系统树该分支的后验概率之和。将所有系统树按照后验概率大小排列，然后将具有最大后验概率的系统树加在一起，直至后验概率大于0.95通常，在此95%置信概率，贝叶斯法会给出唯一的系统树。
2009 自然地理考试习题 一、不定向选择3*5=15 1、矿物硬度：矿物受到刻划、研磨等作用时所表现出来的机械强度，称硬度。 矿物硬度大小主要取决于内部结构质点间连接力的强弱，连接力越强，抵抗外力作用的强度就越大，硬度也就越高，反之硬度越低。德国莫氏选择了10种常见矿物，将硬度从小到大排列，分为10级，这就是莫氏硬度计。通常，可将矿物硬度分为软、中、硬和极硬。 2、植物首先出现于哪个地质年代？太古代晚期，海洋里出现了一些原始单细胞 细菌和藻类生物；元古代开始后，藻类植物大发展，海洋中出现了最原始动物。 3、中生代：许多地方气候变干燥，喜湿润的孢子植物出于不适应这种干燥、冷 热多变的环境而逐渐衰退，而更能适应各种环境的裸子植物迅速发展，因此中生代又称裸子植物时代。裸子植物以种子繁殖，但种子裸露没有果实包裹，苏铁、银杏和松柏类是其代表。 4、大气层：大气层不均匀，尤其在垂直方向上，其分子组成、化学和物理性质、 温度和运动状况、荷电等分布不均匀，所以根据大气在垂直方向上的温度、成分、密度、电离等物理性质和运动状况，可以把大气分为5层，对流层、平流层、中间层、暖层、外层。 5、水汽凝结：具备两个条件，一是空气要达到饱和或过饱和状态，二是要有凝 结核。 6、辐射类型：太阳辐射为短波辐射，地面辐射和大气辐射为长波辐射。 7、气压系统：低气压、高气压、低压槽、高压脊、鞍型气压区统称为气压系统。 8、雪线：终年积雪区的下部界限，称为雪线。雪线的高度与气温成正比，与降 水量成反比，受地形影响，一是坡度影响，二是坡向影响。 9、流水地貌的沟谷：是沟谷流水侵蚀所成的槽形洼地，小的仅长10余米，大的 可达数十公里。按期发育程度可分为细沟、切沟、冲沟、坳沟。 10、植物土壤：酸性土植物（ph<6.5），生长在酸性较大的土壤上的植物，如我 国南方红壤、黄壤上的芒箕、马尾松、垂穗石松。碱性土植物（ph>7.5），如生在我国荒漠的珍珠猪毛菜，戈壁藜、尖叶盐爪爪。中性土植物（ph6.5~7.5），如红叶草、猫尾草等以及阔叶林的许多植物。
分子系统学 Molecular Systematics 课程代码：901060105 学时数：36 学分数：2 执笔人：刘彦群讨论参加人：秦利，石生林，夏润玺等 审核人：杨瑞生 一、教学目的 分子系统学是近40年发展起来的应用生物化学及分子生物学技术解决进化生物学问题的一门综合性很强的交叉学科，是检测、描述并解释生物在分子水平的多样性及其演化规律的学科，在生命科学研究领域具有重要作用。 通过本课程的学习，掌握分子系统学的原理和方法，基本掌握如何利用分子系统学方法解决种群结构、分类学、系统发育和分子进化的问题，为生物科学研究奠定科学的研究方法。 本课程是蚕学专业选修课和公共选修课。 二、教学内容、教学目标及学时分配 第一章概论（3学时） 本章介绍分子系统学的概念、发展状况、基本原理、研究方法、研究内容、分子系统学的优缺点、动物主要类群的分子系统学研究概况、分子系统学研究中存在的主要问题和展望。 第二章分子系统学基础（6学时） 本章主要介绍分子系统学的遗传和进化基础，重点掌握生物的分子组成、起源和系统学价值。 1. DNA及其基因组的组成、结构和进化 2. RNA的组成、结构和进化 3.蛋白质的组成、结构和进化 4.小分子化合物及其生化进化 5.分子进化 6.表型进化的分子基础 第三章分子系统学的研究程序（5学时） 通过本章学习，掌握分子系统学研究的一般程序和方法，重点掌握分子系统学研究的原则。 1.确定研究类群和目标 2.预试 3.取样策略 4.样品的收集、处理和保存 5.结果记录、数据分析 6.系统学解释
第四章核酸的分子系统学方法（8学时） 本章主要介绍核酸分子系统学方法与应用范围，包括DNA—DNA杂交法、RAPD、AFLP、RFLP、SSR、核酸序列分析方法，重点掌握各种方法的优缺点和适合范围。 1. RAPD标记技术的原理与应用 2. AFLP标记技术的原理与应用 3. SSR标记的原理与应用 4.序列分析方法与应用：核基因、线粒体基因、叶绿体基因；功能基因、基因间隔区。 第五章蛋白质的分子系统学方法（4学时） 本章主要介绍蛋白质分子系统学方法与应用范围，包括血清学方法、电泳方法、蛋白质序列分析、蛋白质立体结构分析。 1.血清学方法 2.电泳方法：等位酶、血液蛋白。 3.蛋白质序列分析 4.蛋白质立体结构分析 第六章小分子系统学方法（2学时） 本章主要介绍小分子系统学方法，包括化学指纹法、氨基酸分析、碳氢化合物分析、信号化合物分析，重点掌握小分子系统学的优缺点。 1.化学指纹法 2.氨基酸分析 3.碳氢化合物分析 4.信号化合物分析 第七章分子系统学数据的分析方法（4学时） 本章介绍分子数据的系统发育分析方法，包括距离矩阵方法、性状数据分析方法、最优树的选择、系统发育分析的可靠性、数据集之间的联合与分离，掌握目前常用的几种数据分析方法的优缺点。 1. 距离矩阵方法 2.性状数据分析方法 3.最优树的选择 4.系统发育分析的可靠性：Bootstrap分析。 5. 数据集之间的联合与分离：基因树、物种树。 第八章常用系统学分析软件简介（4学时） 本章介绍几种系统学分析常用的软件，包括CLUSTALX、NTSYS-pc、MEGA、PopGen32、AMOV A、TREECONW。 三、课程教学的基本要求 本课程的教学环节包括：课堂讲授、经典论文阅读、软件演示，数据模拟分析。通过本课程各教学环节的教学，重点增长学生的知识面，开阔视野，掌握分子系统学的原理和方法，基本掌握如何利用分子系统学方法解决种群结构、分类学、系统发育和分子进化的问题，为生物科学研究奠定科学的研究方法。
1 怎样理解土壤在地理环境中的地位和作用，以及土壤和人的关系？地位及作用：土壤是地球表层系统的组成部分，处于人类智慧圈、大气圈、水圈、生物圈和岩石圈的界面和相互作用交叉带，是联系有机界和无机界的中心环境节，也是结合地理环境各组成要素的纽带。P6～P7 土壤与人的关系： 为绿色植物光合作用提供协调水分、养分、温度、空气等营养条件，向人类和陆生动物提供食物、纤维物质，故土壤是人类发展的重要自然资源； 通过土壤形成发育过程分解和净化人类生存环境中的污染物和废弃物，因而土壤即是陆地生态系统食物链的首端，又是维持生存环境质量的净化器。 2 解说土壤剖面中的新生体和侵入体，并说明研究它们的意义。 新生体：在土壤形成过程中新产生的或聚积的物质称为新生体。新生体是判断土壤性质，土壤组成和发生过程等非常重要的特征。 侵入体：位于土体中，但不是土壤形成过程中聚积和产生的物体。一般常见耕作土壤，是判断人为经营活动对土壤层次影响所达到的深度，以及土层的来源等的重要依据。
3 土壤形态是怎样形成的，研究土壤形态的意义是什么？、 土壤形态指土壤和土壤剖面外部形态特征上，包括土壤剖面构造、土壤颜色、质地结构、土壤结持性、孔隙度、干湿度、新生体和侵入体。 4 人类应该以什么样的态度来看待和利用土壤？ 5 土壤的基本组成是什么？如何看待它们之间的关系？ 土壤由固相、液相和气相物质组成。 土壤的三类基本物质构成了一个矛盾的统一体，它们互相联系、互相制约，为作物提供必需的生活条件，是封肥力的物质基础。 6 结合我国土壤粒径分级系统，简述进行土壤粒径分级的意义和作用？ 中国土壤料径分级系统为 <0.001mm为黏粒 0.001mm~0.005mm为粗黏粒 0.005~0.01为细粉粒 0.01~0.05为粗粉粒 0.05~0.25为细砂粒 0.25~1.0为粗砂粒 1.0~3.0为细砾 3.0~10.0为粗砾 >10.0为石块。
山东农业大学 细菌性传染病分子发生学绿脓杆菌研究现状 学院动物科技学院 专业兽医硕士 学生姓名冯柳柳 学号2013120181 指导老师胡敬东老师
绿脓杆菌研究现状 摘要：绿脓杆菌存在于环境以及正常畜禽体内，是一种条件致病菌。近年来，随着动物疾病研究的深入，其中有关绿脓杆菌感染的报道也越来越多。本文从病原学、流行病学、发病机理、临床学等方面对绿脓杆菌的研究进展进行了综述，期望为控制绿脓杆菌的感染奠定基础。 关键词：绿脓杆菌；条件致病菌；血清型 Abstract: Pseudomonas aeruginosa is a conditional pathogenic bacteria existing in environment and normal livestock and poultry body. In recent years ,with the deepening of animal disease research, more and more infections have been reported .In order to lay the foundation for the control of infection, research advances on were reviewed from some aspects of etiology, epidemiology, pathogenesis and clinical in this paper. Key words: Pseudomonas aeruginosa;conditional pathogenic bacteria; serotypes 绿脓杆菌是1882年首先由Gersard 氏从伤口脓液分离得到。该菌在自然界广泛存在于水、土壤、空气以及动物肠道和皮肤中，为一种条件性致病菌，在特定的情况下能引起动物及人感染发病，如规模化养狐场母狐的流产、羊群的化脓性肺炎，雏鸡的败血症和绿脓杆菌感染鸽子、鹧鸪和人等。养殖业规模的不断扩大使绿脓杆菌引起的疫病也呈现上升的趋势。绿脓杆菌对禽属条件性致病性菌，常从正常禽的肠道、呼吸道和卵中分离出来，能引起各种年龄的禽发病，致死率在1% 90%以上，应激是幼禽暴发绿脓杆菌病的主要原因。该菌给规模化养殖场和人类的健康造成了很大威胁.在人医上,绿脓杆菌能引起术后和伤口的感染还能引起人的关节炎和角膜炎等疾病免疫力下降是重要的发病诱因,绿脓杆菌的毒素残留还能引起食物中毒为了探讨有效控制和治疗绿脓杆菌病的方法,对绿脓杆菌的生物学特性及其致病性的研究也越来越多。 1病原学 1.1 形态和培养特性绿脓杆菌属假单胞菌属,中等大小的革兰氏阴性杆菌,单在、成双或成短链。所有菌株均能运动。电子显微镜下可以见到菌体一端有一根很长的鞭毛和很多绒毛。 该菌最适宜的生长温度为30~37℃，41℃可生长，4℃不生长。该菌在普通培养基上生长良好，菌落为圆形，光滑带蓝绿色荧光。可以产生2种类型的菌落，一种为大而光滑、边缘平坦、中间凸起（煎蛋样）的菌落，另一种为小而粗糙、隆起的菌落。临床材料多见大菌落，而环境分离的常为小菌落，大菌落易变为小菌落，但极少发生回变。呼吸道和尿道排泄物中还可见到黏液型菌落。大多数菌株能产生水溶性的绿脓素（蓝色）和荧光素（带绿色荧光）。蓝绿色素向菌落周围扩散，使培养基带有颜色，某些菌株也分泌一些暗红色素。而有些菌株不产生色素，或只在特定的培养基上才产生色素。该菌在麦康凯生长良好，但菌落不呈红色。在血平板上，菌落稍变大，菌落周围有明显的溶血环。 绿脓杆菌纯培养物的保存，传统的方法是保存于普通斜面上。该方法需要1个月移种1次，保存到半年则会出现存活率低。复苏后色素不明显，长期保存容易变异等缺点。有报道了用超低温甘油保存的方法，试验结果表明，菌种保存2年多其活力高达100%，且细菌的生物特性未发生变异，这为实验室保存菌种提供了一种新方法。
二、名词解释(本大题共5小题，每小题4分，共20分) 16．校勘 17．取样 18．非参与性观察 19．准实验 20．结构与功能方法 三、名词解释(每小题4分，共16分) 1.理论构思 2.历史研究法 3.访谈调查 4.协方差分析 三、名词解释(每小题4分，共16分) 1.历史研究法 2.教育科学理论研究 3.定性分析 4.定量分析 二、名词解释题（本大题共5小题，每小题4分，共20分）16．定量研究 17．外在效度 18．非结构性访谈调查 19．教育命题 20．信息方法 三、名词解释(每小题4分，共16分) 1.总体 2.教育调查研究 3.教育实验研究 4.区间估计 二、名词解释题（本大题共5小题，每小题4分，共20分）16．描述研究 17．访谈调查 18．模拟实验 19．价值命题 20．逻辑起点
二、名词解释题（本大题共5小题，每小题4分，共20分） 16.系统随机取样 17.外部评论 18.完全归纳法 19.相关系数 20.真实验 三、名词解释(每小题4分，共16分) 1．教育科学研究 2．选题 3．教育调查研究 4．定量分析 三、名词解释题（本大题共5小题，每小题3分，共15分） 31.样本 32.非结构式观察 33.教育科学的理论研究 34.信度 35.抽样分布 二、名词解释题（本大题共5小题，每小题4分，共20分） 16.完全归纳法 17.差异量数 18.无关变量 19.检索性文摘 20.教育科学的历史研究法 三、名词解释题(本大题共5小题，每小题3分，共15分) 31．教育科学研究 32．定量研究 33．测量调查 34．教育实验设计 35．归纳
分子生物学的应用及发展 摘要：本文在文献检索的基础上，对分子生物学的发展简史，基本原理，研究领域等作了简单介绍，阐述了分子生物学在人们日常生活中的应用并结合药学专业着重讨论了其在药学及中药开发发面的应用，并进一步对分子生物学未来的研究技术、方向和前景做了展望。 一前言 生物以能够复制自己而区别于非生物。生命现象最基本的特征是进行“自我更新”。进行“自我更新”体现了一种最高级和最复杂的运动状态。这种运动就是生物机体从环境中摄取物质和能量，以更新本身的物质组成，而山现生长、繁殖，在这样的过程中保证了将自身的特征传给历代；同时也不断地向环境输送一些物质和释放能量。在生物机体的组成物质中，防水分外，有各种无机盐类和各种有机化合物。其中生物大分子——核酸和蛋白质在进行自我更新运动中，以其功能的重要性占第一位。为探索生命现象的本质问题，产生了分子生物学这一学科[1]。 分子生物学(molecular biology)是从分子水平研究生命本质为目的的一门新兴边缘学科，它是研究核酸、蛋白质等生物大分子的形态、结构特征及其重要性、规律性和相互关系的科学，是当前生命科学中发展最快并正在与其它学科广泛交叉与渗透的重要前沿领域[2]。 分子生物学的最终目标是远大的，从产生基本细胞行为类型的各种分子的角度，来理解这五类行为类型：生长、分裂、分化、运动和相互作用。即分子生物学力图完整地描述细胞大分子的结构、功能和相互联系，从而理解细胞为什么要采取这种方式[3]。 分子生物学作为一门新兴的边缘学科。它的迅速发展及其在整个生命科学领域的广泛渗透和应用，促使人们对生物学等生命科学的认识从细胞水平进入分子水平。在农业、畜牧、林业、微生物学等领域发展十分迅速，如转基因动植物等。在医学领域，为医学诊断、治疗及新的疫苗、新药物研制等开辟了新的途径，使医学科学中原有的学科发生分化组合，医学分子生物学等新的学科分支不断产生，使医学科学发生了深刻的变革，不认识到这一点就很难跟上科学发展的步伐。 分子生物学的发展为人类认识生命现象带来了前所未有的机会，也为人类利用和改造生物创造了极为广阔的前景。 二分子生物学发展简史 分子生物学的发展大致可分为三个阶段[4-7]：
《土壤地理学》模拟试卷（一） 一．选择题（每小题2分，共20分。请将答案填在下面的表格内） 1．能源和环境问题已经威胁人类生存的时候“低碳经济”已经成为最热门的话题，在发展低碳农业中提倡发展的“白色农业”是指农业生产中的（） A.微生物利用 B.太阳能利用 C.化学合成物利用 D.水能利用 2. 建立世界上第一个土壤系统分类为首的美国土壤科学家是（） A.史密斯 B.詹尼 C.马伯特 D.道库恰耶夫 3. 18世纪以后，西欧地理学派的三个代表学派中，农业化学学派最主要的代表人物是（） A.李比希 B.法鲁 C.李希霍芬 D.库比纳 4. 土壤中最主要的原生矿物是（） A.氧化物类 B.硅酸盐和铝硅酸盐类 C.硫化物类 D. 磷灰石类 5. 土壤粘土矿物中膨胀性能最强的是（） A.伊利石 B.高岭石 C.蒙脱石 D.绿泥石 6. 土壤毛管空隙和非毛管空隙的孔径界限是（） A.0.1mm B.0.01mm C.0.1um D.0.01um 7. 泰安地区土壤水分类型属于（） A.淋溶型与周期淋溶型 B.非淋溶型 C.渗出型 D.停滞型 E.冻结型 8. 土壤返潮现象是土壤吸收作用的哪种类型（） A.机械吸收 B.物理吸收 C.化学吸收 D.生物 9. 控制土壤形成方向及其地理分布，尤其是地带性分布规律因素是（） A.气候 B.生物 C.母质 D.地形 10. 聚合土体相当于中国土壤系统分类基层分类单元中的（） A.土族 B.土纲 C.土类 D.土系 二、填空题（每空0.5 分，共 10分） 1．土壤的本质特征是和。 2. 水解作用的三个阶段是、和。 3.世界上有关土壤分类和肥力评价的最早专著是。 4.土水势主要包括、压力势、和重力势。
植物分子亲缘地理学研究 以樱亚属植物为例 1．植物分子亲缘地理学的概况 植物亲缘地理学（Phylogeography）是A vise等提出的有关历史性植物地理学观念，是研究物种及种内居群形成现有分布格局的历史原因和演化过程的一门学科，着重于对过往历史重建、探讨物种演化关系与地质事件之间的相关性并推测物种传播路径等问题（A vise，1987）。作为植物地理学的一个分支，亲缘地理学已不局限于解释现有种群的分布状况，而是进一步探究其分布的起因，阐述其进化历程，分析区域类群在时间上和空间上的发展变化，从而重建生物区系的历史。 1．1植物分子亲缘地理学的产生 传统植物地理学主要研究生物随时间变化形成的空间分布式样，并解释这种分布式样形成的原因，可分为历史植物地理学和生态植物地理学两部分内容。历史植物地理学处理大范围尺度、跨越百万年的进化过程，生态植物地理学处理短时间内、小空间范围的生态过程，两者之间的时间界限是更新世冰期及其产生的效应。植物地理学强调高分类阶元的地理分布模式，相对地，亲缘地理学的研究则偏重于近缘物种或种内居群间的研究（王静，2001）。 在不同时代的地层中遗留下来的植物化石和孢粉，是我们对第四纪不同时期植被迁移模式进行研究的有力证据（邓德山，2002）。然而，能够说明问题的孢粉和化石资料较少，不能对物种及整个植物区系的植物地理历史做出正确、完整的解释，因此需要用其它类型的证据和方法去更准确、客观地研究生物冰期避难所及其在冰期后的迁居路线。随着植物亲缘地理学研究方法上的拓展和分子生物学实验技术的渗透，出现了一门新的交叉学科一植物分子亲缘地理学。植物分子亲缘地理学主要采用分子生物学技术，在分子水平上探讨种内的系统地理格局的形成机制，它融入了分子遗传学、种群遗传学、系统发育学、统计学、行为学、古地理学和历史生物地理学等学科的精髓，将种内水平上的微进化和种及种上水平的大进化有机结合起来（Brown，1974）。植物分子亲缘地理学研究的核心是探讨居群分化的历史，研究导致居群现有分布格局形成的历史原因，系统发育关系以及现有分布特征，同时结合种群的地理分布状况发现、验证与其相关的地质历史事件、追溯和解释种群的进化历程（A vise，1987）
科目：教育科学研究方法 1.1．教育科学研究 1.2．教育科学研究方法 1.3．实验研究 1.4．基础研究 1.5．描述研究 1.6．相关研究与比较研究 1.7．理论研究 2.1．文献 2.2．选题 2.3．理论构思 2.4．总体 2.5．样本 2.6．取样 2.7．分层随机取样 2.8．系统随机取样 3.1．历史研究法 3.2．教育科学的历史研究法 3.3．外部评论 3.4．内部评论 3.5．历史的分析方法 3.6．现实感 4.1．教育观察研究 4.2．参与性观察与非参与性观察4.3．结构式观察与非结构式观察4.4．直接观察与间接观察 4.5．教育现场观察 4.6：全结构式教育观察 4.7．观察记录代码系统 4.8．取样记录法 5.1．教育调查研究 5.2．个案调查 5.3．抽样调查 5.4．相关调查 5.5．发展调查 5.6．测量调查 5.7．调查表法 5.8．问卷调查 5.9．访谈调查 5.10．预测调查 5.11．普遍调查 5.12．现状调查 6.1．教育实验研究 6.2．准实验 6.3．真实验 6.4．无关变量6.5．内在效度 6.6．外在效度 6.7．组间设计 6.8．组内设计 6.9．因素设计 6.10．教育实验科学水平评价 7.1．教育科学的理论研究 7.2．逻辑思维方法 7.3．比较 7.4．分类 7.5．分析 7.6．综合 7.7．归纳 7.8．演绎 7.9．历史一逻辑方法 7.10．系统方法 7.11．信息方法 7.12．发生学方法 8.1．定性分析 8.2．资料分类 8.3．现象分类 8.4．本质分类 8.5．完全归纳法 8.6．简单枚举法 8.7．科学归纳法 8.8．共变法 8.9．剩余法 8.10．求同求异并用法 8.11．信度 8.12．效度 9.1．定量分析 9.2．数据资料的描述 9.3．统计表 9.4．简单表 9.5．次数分布表 9.6．统计图 9.7．数据特征值 9.8．差异量数 9.9．相关系数 9.lO．总体参数估计 9.11．假设检验 9.12．单因素方差分析 9.13．回归分析 9.14．独立性检验 9.15．适合性检验 10.1．教育科学研究成果 10.2．教育科学研究成果的表述形式 10.3．教育科学研究成果的评价 10.4．学术价值 10.5．社会价值 10.6．定性评价 10.7．定量评价 10.8．通讯评价 10.9．会议评价 10.10．教育科学研究的目标评价 10.11．教育科学研究的过程评价 名词解释题答案 1.1．教育科学研究：是运用一定的科 学方法，遵循一定的科学研究程序， 通过对教育现象的解释、预测和控 制，探索教育规律的一种认识活动。 1.2．教育科学研究方法：按照某种途 径，有目的，有计划、系统地进行 教育研究和构建教育理论的方法。 1.3．实验研究：研究者根据一定的研 究假设，在教育活动中创设能验证 假设的环境和条件，主动地控制研 究对象，排除无关因素的干扰，从 而探索事物的因果联系。 1.4．基础研究：通过研究，寻找新的 事实，阐明新的理论或重新评价原 有理论，它回答的是“为什么”的 问题。其主要目的在于探索和创新 知识，扩展和完善理论。 1.5．描述研究：通过问卷、调查、访 谈、观察以及测验等手段搜集资料 以验证假设或回答有关现实的问 题。 1.1．教育科学研究有哪些特点? 1.2．现代教育科学研究发展有哪些主 要特点? 1.3．简要叙述教育研究在教育科学发 展中的主要作用。 1.4．按研究的普遍适用程度分，教育 科学研究可分为哪几个层次? 1.5．关于教育研究方法的分类问题， 必须注意哪几点? 1.6．为什么说教育科学研究是培养未 来教育改革家的重要战略措施? 2.1．简答确定研究课题的基本要求。 2.2．选题应遵循哪些原则? 2.3．简述在教育科学研究中文献检索 的主要作用。 2.4．简答文献检索的基本方法和遵循 的基本要求。 2.5．理论构思在教育研究中有何作 用?
分子生物学前沿技术 The Standardization Office was revised on the afternoon of December 13, 2020
激光捕获显微切割Laser capture microdissection (LCM) technology是在不破坏组织结构，保存要捕获的细胞和其周围组织形态完整的前提下，直接从冰冻或石蜡包埋组织切片中获取目标细胞，通常用于从中精确地分离一个单一的细胞。 背景：机体组织包含有上百种不同的细胞，这些细胞各自与周围的细胞、基质、血管、腺体、炎症细胞或相互粘附。在正常或发育中的组织器官内，细胞内信号、相邻细胞的信号以及体液刺激作用于特定的细胞，使这些细胞表达不同的基因并且发生复杂的分子变化。在状态下，如果同一类型的细胞发生了相同的分子改变，则这种分子改变对于疾病的发生可能起着关键性的作用。然而，发生相同分子改变的细胞可能只占组织总体积的很小一部分；同时，研究的目标细胞往往被其它组织成分所环绕。为了对疾病发生过程中的组织损害进行分子水平分析，分离出纯净的目标细胞就显得非常必要。1996年，美国国立卫生院（NIH）国家肿瘤研究所的[2]开发出激光捕获显微切割技术（Laser capture microdissection ， LCM ），次年，美国Arcturus Engineering公司成功研制激光捕获显微切割系统，并实现商品化销售。应用该技术可以在显微镜直视下快速、准确获取所需的单一细胞亚群，甚至单个细胞，从而成功解决了组织中细胞异质性问题。这项技术现已成为美国“肿瘤基因组解剖计划”的一项支撑技术[1]。 原理：LCM的基本原理是通过一低能脉冲激活热塑膜———乙烯乙酸乙烯酯（ethylene vinylacetate，EVA）膜（其最大吸收峰接近
心理批评的主要方法 方法，是在某种目的支配下，对研究对象实施的某种行为，它是实现人的日的的手段c 方法——方面受到作为客体的研究对象属性的规定、同时又要受到作为主体的研究者的观念的指导和制约c 文学心理批评的方法，一方面要受到文学心理活动特性的规范，一方面又要受到批评者文学观念、心理观念的制约，在具体的操作上它更多地借鉴心理学研究中某些常用的方法，经过近一个世纪的实践，已经在下列几个方面取得厂一些较为成熟的经验。 1 个案分析的方法：“个案研究法”与“法则研究法”分别属于心理学中两条刘立的研究路线c法则研究法日的在于建立起有关心理活动的一般法则和原理，以求普遍地适用一切心理活动现象。ST代理它的具体做法是利用大丛的受试者，将他们看作是最接近于“人类平均数”的代表物，通过对实验结果的数学处理．求取一个普适性的“标准值”来n这样的研究往往忽略了人的个性的存在，显然不适合对于作家、作品的研究‘，而个案研究方法则强调对某一具体的、特定的人或事物的剖析了解，以个体存在着的人为核心。在它看来，每—个人都是一个独立存灰的个体，有他自己的一套法则，不应当将他削足适履地强纳入人为的“共同法则”中c在文学的领域，每一个优秀的作家、路人都是一个独特的个体存在，每一个成功的文学形象都是—‘个绝大仅有、不可重复的典型，因此个案分析的方法便成厂文学心理批评的基本方法。个案研究通过对个别作家的访问、交谈、问卷、调查，以及对于他的档案、传记的审理，乃至对其某些具体的心理功能指数的测试，来得出他“这一个”人的心理结构或心理活动的特征。作家的作品更应当是肘个案进行心理分析的重要内容，因为作品作为一种精神产品，总是包含着主体意识中或潜意识中丰富的心理因素，如气质、个性、动机、欲望、懂惯，以及知觉、直觉、冲功、情绪等。通过对于这些精神产品的细致入微的分析，往可以清理出创作主体心灵活动的历史轨迹，进而洞察到其文学心理活动的深层奥秘； 2．心理发休学方法：任何一种具体存在着的现象和事物都有着它的起始和发展过程，复杂的文学心理现象也是这样。有一种相当有影响的说法：了解到一件事物最初是如何发生的、也就差不多厂解了它的基本属性。皮亚杰的心理学被称作“发生认识沦”，即因为他的理论征许多方圆部是求助于发生学方法的。弗洛伊德的“人格理论”p也带有明显的发生学的件质。他认为人格中各种心理素质的模式，在该人“成人”之前，即6岁左右就已经基本成型了，也就是说一个人在6岁左右就已经fT好了自己的“人的初稿”c一个文学家的艺术个性，往往需要追溯到他的童年时代甚至是婴幼儿时代的生活经历。对于省些文学作品的创造来说，某些题材早在作家被世人所知之前就已经开始积累了。因此诗人、作家的早期经验往往会成为心理批评得以展开的契机。 心理发生学的方法也常常被运用到刘文学作品中具体人物形象的分析研究中，比如，弗洛伊德及尺弟十L·琼斯(EmeM J‘mes)对哈姆雷特性格特征的分析，即求助于心理发生学。在他们看来，丹麦王子哈姆雷特在杀死他的仇敌克劳狄斯时表现出的迟疑不决，正是冈为在他的心灵深处、在他幼年时隐秘的潜意识中，也曾萌动过与克劳狄斯所犯罪行类似的”猫父娶母”的欲念，即所谓“俄狄浦斯情结”，杀死克劳狄斯就等于在心班1：杀死了他自己：W在另一些批评流派小，如在“原型批评”的实践小，这种发生学的追踪甚至超越了个人心理进入文化人类学的领域，发少的源头被迫溯到人类的童年，被拓展到作家所在种族、地域的集体无意识的层面。 3．话语报告的方法：届心理学中的“内省法”，即要求被研究的对象自己讲出自己心理活动的状态、过程和结果，可以rJ头讲，也可以书面答c批评家往往从自己的需要出发，精心设计一些问题，有日的、有计划地向作家或读者征答，然后根据获得的答案再加以统计“、整理、分析、解释、综合、论述，从而得出某些结论——这样的方法又叫做“问卷法”。在文学批评中实施话语报告法并不困难，这是因为作家、诗人们总是乐意或多或少发表一点
一、本研究的目的和意义 本研究采用从核酸数据库GenBank中下载斑腿蝗科部分种的线粒体ND2基因序列及部分其他种属的ND2基因序列进行分析，并利用各种软件建立系统发育树，对斑腿蝗部分类群之间的系统发育关系进行研究。尝试以较多的分子序列资料得出较为全面而可信的系统发育关系。希望通过对斑腿蝗部分种线粒体基因组的分析，为研究斑腿蝗科的系统发育关系提供新的信息。 二、斑腿蝗科昆虫ND2基因序列分析 对所获得的8条序列进行正反链序列互补检测、校对，用MEGA6.0进行比对和分析，发现没有碱基的插入和缺失。 三、ND2基因序列多态位点及信号位点 表1密码子不同位点碱基频率 Domain: Data T(U) C A G Total T-1 C-1 A-1 G-1 Pos #1 T-2 C-2 A-2 G-2 Pos #2 T-3 C-3 A-3 G-3 Pos #3 Xenocatantops -brachycerus 33.5 17.2 38.6 10.7 1023 30 14.1 41.3 14.7 341 45 22.9 20.2 11.4 341 25 14.7 54.3 5.9 341 Prumna -arctica 35.8 15.1 39.1 10.1 1029 33 11.7 42.3 13.1 343 46 22.4 19.2 12 343 28 11.1 55.7 5.2 343 Traulia -szetschuanensis 33.6 17.4 37.5 11.4 1023 29 15.2 41.1 14.4 341 48 20.5 19.6 12.3 341 24 16.4 51.9 7.6 341 Ognevia -longipennis 36.2 15.9 37.6 10.3 1023 32 14.4 40.5 13.5 341 48 22 18.8 11.1 341 29 11.4 53.7 6.2 341 Kingdonella -bicollina 36.8 14.9 38.8 9.5 1021 35 12 40.2 12.9 341 46 23.5 17.9 12.1 340 29 9.1 58.2 3.5 340 Shirakiacris -shirakii 33.5 18.1 37.6 10.8 1023 31 13.5 42.5 12.6 341 47 21.7 19.1 12.6 341 23 19.1 51.3 7 341 Filchnerella -beicki 33 17.7 37.2 12 1023 29 14.4 40.2 16.1 341 45 23.5 19.6 11.7 341 25 15.2 51.9 8.2 341 Humphaplotropis -culaishanensis 32.8 17.9 37 12.3 1023 28 15.5 40.5 16.1 341 45 24 19.9 11.1 341 26 14.1 50.4 9.7 341 Avg. 34.4 16.8 37.9 10.9 1024 31 13.8 41.1 14.2 341.3 46 22.6 19.3 11.8 341.1 26 13.9 53.4 6.7 341.1 四、ND2基因的碱基替换 在8种蝗虫的ND2基因中，碱基替换表现出明显的差异。见表2。从全数据集看：两种转换（T-C、A-G）的频率和大于四种颠换（T-A、T-G、C-A、C-G）
鹅掌楸属群体遗传结构及分子系统地理学研究作为被子植物中最原始的类群，木兰科植物对研究有花植物的起源、分布和系统发育有重要价值。木兰科（Magnoliaceae）鹅掌楸属（Liriodendron）为第三纪孑遗树种，现仅存两个种，即鹅掌楸（L. chinense Sarg.）和北美鹅掌楸（L. tulipifera Linn.）。 鹅掌楸和北美鹅掌楸是典型的东亚-北美间断分布“种对”。是植物群体遗传学和分子系统发育地理学的理想材料。 本研究以北美鹅掌楸、鹅掌楸31个自然群体及5个子代群体为研究对象，利用SSR分子标记检测鹅掌楸属树种天然群体的遗传结构及子代遗传多样性，分析种内不同群体的遗传分化及亲缘关系，比较鹅掌楸种间遗传多样性及遗传分化，以及鹅掌楸及其子代的遗传多样性和群体间分化。检测群体、家系及个体三层次的遗传变异分配程度。 同时，通过对特定基因序列（cpDNA的psbA-trnH和trnT-trnL基因片段及nrDNA ITS序列）的克隆测序，推测鹅掌楸属植物第四纪冰期的避难所，以探讨鹅掌楸属群体地理分布形成的原因。主要研究结果如下：鹅掌楸天然群体遗传结构。 利用14对SSR引物对12个鹅掌楸天然群体的318个个体的遗传多样性进行扩增检测，发现鹅掌楸天然群体有较高的遗传多样性（He=0.7385）。鹅掌楸群体之间存在中等的遗传分化（Fst=0.1956）以及低水平的基因流 （Nm=1.0283）。 此外，在其中6个群体中检测到显著的瓶颈效应。Mantel检验结果表明， 鹅掌楸天然群体遗传距离和地理距离存在极显著相关性（r=0.5011, P=0.002）。
第十五期分子生物学常用技术与研究进展学习班 分子生物学实验技术是当今生命科学领域应用最广泛和最重要的手段之一，为推广分子生物学实验技术，满足临床医技人员、教学科研人员、在读研究生及其它有需要人员的要求，北京市理化分析测试中心已举办了十四期“分子生物学常用技术与研究进展学习班”，并得到了全体学员的一致好评。应广大学员的强烈要求，理化中心将于2016年11月19日至11月22日在北京开办本年度唯一一期分子生物学常用技术学习班，欢迎各位学员前来参加。本期学习班包括理论讲座与实验操作两部分内容，力求使每位学员在4天时间内都能学有所值、学有所用。 一、培训单位： 主办单位：北京市理化分析测试中心 协办单位：华斯泰生物医学科技有限公司 二、培训日程：
三、培训安排 时间：2016年11月19日-22日 地点：北京市海淀区永丰产业基地丰贤中路7号孵化楼B座四层 报到：北京康复瑞假日酒店西山店2016年11月18日14:00-18:00
四、住宿安排 1、交通、住宿、午餐及晚餐费用自理。如需会务组预定午餐，请各位学员在回执表内注明（午餐均为快餐，发票均为手撕发票）。 2、酒店预订：会务组协助提供协议酒店，但培训人员需自行预定，预定时请说明“百欧美生公司预定”即可享受协议价。 协议酒店：北京康福瑞假日酒店西山店（北京市海淀区北青路与永丰路交叉口往南800米路东），房间优惠价：单人间298元/天/间，双人标准间380元/天/间，均含早餐，电话：。 五、注册方式 1、报名时间 报名从即日起至2016年11月14日截止。为了保证教学质量，本次培训班限额40人，招满为止。 2、注册费 共计3200元/人，同一单位两人以上参会优惠至3000元/人。 3、缴费方式（电子汇款） 账户名称：北京市理化分析测试中心 账户号： 开户行：工商行紫竹院支行 汇款用途处务必请标明：学员姓名+分子培训班 4、联系人 姓名：马老师联系电话： E-mail：网站： 报名者请填写以下回执，并于2016年11月14日前E-mail至联系人邮箱。如有其它需要，请在备注中说明。
分子系统学的发展及其现状 唐伯平 周开亚 宋大祥 (南京师范大学生物多样性与分子进化实验室210097) 摘要 分子系统学在生物学研究中的地位日益显得重要。本文概述了分子系统学的形成以及常用的研究方法。介绍了该学科的应用和研究中存在的一些争议。 关键词 分子系统学 系统发生 系统学 1 分子系统学的形成 几个世纪以来,博物学家和生物学家一直都在对生物多样性进化描述和解释。这种工程及其结果便是生物系统学(system atics)。生物系统学是研究生物多样性以及它们中间的任何一个类群和其他类群的各种关系的科学。系统学的研究是建立在分类学基础之上的,而对生物进行分类是人类认识生物世界的第一步。3000年前我国的甲骨文已有了许多动植物的名称,公元前4世纪的亚里士多德对动植物的记述,16世纪李时珍的《本草纲目》等等都是人类对生物分类的初步总结。18世纪林奈(L in2 naeu s,1758)双名法的建立为对生物多样性描述和分类奠定了基础,由于林奈这一系统的严谨性、科学性而很快得到公认,并被进化学家拉马克、达尔文、海克尔(H aeckel)所采用。1860年海克尔提出了系统发生(p hylogeny)这一概念。研究系统发生的主要任务是探讨物种之间的历史渊源以及物种之间的亲缘关系。但早期建立起来的生物系统发生史很少有客观标准。这样直到本世纪上半叶人们关注的焦点仍然是物种、物种形成和地理变异而不是生物发生。1942年赫胥里(J.H ux ley)出版的《进化论的现代综合》中仍未出现系统发生这个词。后来德国植物学家齐默尔曼(W.Zi m m erm ann)建立了顶枝学说(telom e theo ry)和德国昆虫学家亨尼希(W.H enn ig)创建了分支系统学说(cladistic system atics)。他们都是基于现存生物和生物化石的共同特征来概括提炼出一些客观标准来重新构建生物进化史的。60年代开始,新的系统发生数据逐渐积累,计算机硬件和软件的建立,使系统发生学取得了长足的进步,同时蛋白质和核酸分子结构检测方法得到迅猛发展,并且这些方法很快被进化学家所接受的采用,这样就产生了一门新的学科——分子系统学。分子系统学是用分子生物学的技术和方法来研究生物多样性,以及它们之间相互关系的科学。它主要包括两大领域,即种群遗传学(pop u lati on genetics)和系统发生学(p hylogenetics),前者主要研究种内分化,后者主要研究物种多样性及种间系统发生。 2 分子系统学常用的研究方法及其应用 2.1 分子系统学常用的研究方法 分子系统学的研究首先是通过现代分子生物学技术,获得物种特定遗传标记的大量数据,然后把这些数据进行相关的数学分析而对研究结果进行解释和说明。目前常用的核酸分析方法有DNA 杂交、串联重复序列数目变异、单链构象多态性、变性梯度凝胶电泳、限制性片段长度多态性、随机扩增多态性DNA、测序和克隆。蛋白质分析技术中常用的方法有:免疫学技术,同工酶电泳、蛋白质电泳、氨基酸分析等。染色体分析中常用的方法有:核型分析、带型分析、荧光原位杂交、染色体原位隐藏杂交、引物原位标记、多(探针)引物原位标记等,在上述方法中主要以核酸分析为主。特别是近几年测序技术的推广和普及,自动测序技术的发展,序列分析技术越来越多的地被采用。 数据分析中常用的一些方法有:1)简约法,这种方法旨在确定最短的系统树,对该树核苷酸或氨基酸的替代总数应取最小值。该方法中影响较大的有最大简约法,加权简约法和进化 — 1 —生 物 学 通 报 1999年第34卷第5期
土壤地理学绪论/第一章 1.土壤剖面：自地表直至母质的土壤纵切面 2.单个土体：它是土壤剖面的立体化,是土壤类型基层单元的最小体积单位。 3.聚合土体：有两个或两个以上的单个土体所组成的群体。 4.土壤：是覆盖在地球表面能够生长植物的疏松层。 5.土壤肥力 是指土壤为植物生长供应和协调水肥气热的能力。（是土壤的基本属性）6.土壤生产力 土壤在一定的管理系统下能生长某种植物或植物系列的能力。 原生矿物 是指土壤中各种岩石只受到不同程度的物理风化而未经化学风化的碎屑物，其原来的化学组成和结晶结构均未改变的矿物。 次生矿物 定义：原生矿物在风化和成土过程中新形成的矿物称为次生矿物，它包括简单盐类、次生氧化物和铝硅酸盐类 次生矿物的分类： 1）简单盐类：碳酸盐、重碳酸盐、硫酸盐、氯化物等。 2）次生氧化物（类型及其特性) 氧化硅类：土壤新生体（蛋白石-玉髓）。 氧化锰类：土壤新生体，使土壤具有金属光泽。 氧化铁类（包括氢氧化铁）：种类较多，使土壤染色:红色、砖红色、棕色、黄色氧化铝类（包括氢氧化铝）：调节土壤的酸碱平衡，起到“两性胶体”的作用。2）次生铝硅酸盐类矿物 包括伊利石、蒙脱石、高岭石等。它们是构成土壤粘粒的主要成分。 结构：晶体是由硅氧四面体片和铝氧八面体片是由四个氧原子围绕一个硅原子，形成具有四面构造而得名。一系列的硅氧四面体通过共同氧原子联结成平面，形成一个片状的四面体层，或称硅氧片。两种基本晶片连接而成的薄片层状结晶体。 根据晶层结构分类为： 1∶1型非胀塑性矿物典型代表是高岭石和埃洛石。 2∶1型膨胀性矿物典型代表是蒙脱石和蛭石。 2∶2型膨胀性矿物典型代表是伊利石、蛭石。 土壤有机质 定义：是泛指土壤中以各种形态和状态存在于土壤中的各种含碳有机化合物。 分类： 普通土壤有机质:糖类、蛋白质、脂肪类等。 土壤腐殖质: 胡敏酸、富里酸等，60-70
汪晓云：人文科学发生学：意义、方法与问题 2006-05-05 19:26:45来自: GTY 近年来，发生学作为观念与方法在人文科学领域运用日渐频繁，使用范围日渐广泛。然而，一些人在使用这一概念时存在着误解，最常见的是将发生理解为起源，将发生学理解为起源学。之所以出现这样的误解，是由于混淆了观念的发生与事件的发生。观念的发生与事件的发生是两个不同的概念，前者强调主观认识，后者强调客观现象，因此，发生学研究人类知识结构的生成，而起源学研究事件在历史中的出现；发生是逻辑推理概念，而起源是历史时间概念。 由于起源研究的是事件在历史中出现的源头，因此，起源研究在方法论上具有实证主义倾向，在认识论上具有经验主义倾向。但是，任何事情的起源从来就没有绝对的开端，以事件的发生作为起源，必然导致起源的绝对化，并且无法解释知识结构的生成机制。而发生学研究观念的发生恰恰能弥补起源学研究事件发生的不足。观念的发生强调知识结构生成的过程，也就是事物从一个阶段过渡到另一个阶段，这一阶段性的过渡不以事件和时间进行实证，而以观念进行推理，从而有效解决了起源研究将起源绝对化以及无法解释知识结构生成机制的问题。与起源研究的实证主义与经验主义相反，发生学研究通过探究认识的结构生成把握主客体的相互作用及其内在的本质与规律，从而解决了起源研究忽略主体性、只注重事
件形式而不注重功能的不足。与起源研究相比，发生学研究具有客观性与历史性。 因此，作为人文科学研究的新方法与新视角，发生学强调的是对主客体共同作用的发生认识论原理的运用，这样，发生学就与我们日常所说的事件的发生以及相关的起源概念明显地区分开来。正是由于观念发生与事件起源的不同，严格意义上的发生学就具有认识论与方法论的意义，作为认识论，它有别于强调认识结果的经验主义；作为方法论，它有别于研究事件起源的实证主义。 发生学作为一种研究方法与范式，是从自然科学“嫁接”到人文科学的。如果说自然科学发生学研究应归功于达尔文的生物进化论，那么，人文科学发生学研究则应该归功于皮亚杰的发生认识论。发生认识论的主要问题是解释新的事物是怎样在知识发展过程中构成的，其前提是，知识是不断构造的结果，在每一次理解中，总有一定程度的发明被包含在内；知识从一个阶段向另一个阶段过渡，总是以一些新结构的形成为标志，而发生认识论的中心问题就是关于新结构的构造机制问题。因此，发生学探究与认识相关的结构生成，不仅研究认识如何发生，也研究认识为何发生。 从某种程度上说，发生学从自然科学“嫁接”到人文科学标志着人文科学学术范式的转变。这一转变体现为从静态的现象描述到动态的历史—发生学分析，从注重外在形式要素的研究到注重整体内容与功能的研究，从对主客体相互作用的结果的研究到主客体相互