细菌的分类与命名 细菌分类学 细菌分类学（taxonomy）是指对细菌进行分类、命名与鉴定的一门学科。它的任务是在全面了解细菌的生物学特征的基础上，研究它们的种类，探索其起源、演化以及与其他类群之间的亲缘关系，进而提出能反映自然发展的分类系统，并将细菌加以分门别类。它包括三个方面：分类（classification）、命名（nomenclature）和鉴定（identification）。 一、基本概念 1.细菌分类是根据每种细菌各自的特征，并按照它们的亲缘关系分门别 类，以不同等级编排成系统。分类有两种：①以细菌的形态和生理生化特性为依据的表型特征分类法，包括有传统分类法（classical classification）和数值分类法(numerical classification)；②用化学分析和核酸分析，以细菌大分子物质（核酸、蛋白质）结构的同源程度进行分类称种系分类（phylogenetic classification）或自然分类（natural classfication）。 2.细菌命名在分类基础上，给予每种细菌一个科学名称，使之在生产实践、临床实践和科学研究工作中相互交流成为可能。按照细菌命名的法规，能保证所有的科研工作者以同样方式给予细菌命名。 3.细菌鉴定将未知细菌按分类原则放入系统中某一适当位置和已知细菌比较其相似性，用对比分析方法确定细菌的分类地位。若与已知细菌相同即采用已知菌的名称，不同者则按命名原则确定一个新名称。 二、分类等级
细菌的分类等级和其他生物相同，依次为界（kingdom）、门（division）、纲（class）、目（order）、科（family）、属（genus）、种（species）。细菌属于原核生物界（procaryotae），包括有细菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体和螺旋体。 分类等级拉丁字尾比较固定，表示方法如下：目-ales、亚目-ineae、科-aceae、亚科-oideaae、族-eae、亚族-inae。 种是细菌分类的基本单位，将生物学性状基本相同的细菌群体归成一个菌种；性状相近、关系密切的若干菌种组成一个菌属；相近的属归为一科；依次类推。在两个等级之间，可添加次要的分类单位，如亚门、亚纲、亚属和亚种等。群和组不是正式分类等级，是泛指具有某种共同特性的某个集体，任何等级都可借用。 同一菌种的各个细菌，在某些方面仍有一定的差异，可再分成亚种（subspecies），亚种以下的分类等级为型（type），以区别某些特殊的特征。例如抗原结构不同而分的血清型（serotype）；对噬菌体敏感性不同的噬菌体型（phagetype）；对细菌素敏感性不同的细菌素型（bacteriocin-type），生化反应和某些生物学性状不同的生物型（biotype）。 由不同来源分离的同一种、同一亚种或同一型的细菌，称为株（strain）。株的建立是从一次单独分离物的单个原始菌落传代的纯培养物，例如从10个肺结核患者的痰液中分离出的10株结核分枝杆菌。具有某种细菌典型特征的菌株称为模式菌（typical strain）或标准菌株（standard strain），它是该种菌株的参比菌株。在细菌的分类、鉴定和命名时以模式菌为依据，也可作为质量控制的标准。
细菌分类学课件 第一章绪论 细菌分类学是研究细菌分类理论和方法的科学，它包括（分类、命名、和鉴定)3个独立和相关的分类学领域。细菌分类的目的？课本第一页 第一节细菌分类学的发展和趋势 细菌分类学的发展： 一、形态学时期：分类依据：细菌的形态特征 1872年，德国植物学家Cohn提出第一个细菌分类系统。将细菌分为球菌、短杆菌、长杆菌和螺旋菌 二、生理学时期(第二纪元) 分类依据：生理特征为主起始于：Orla-Jesen(1909年)的分类系统 主要贡献：1916-1918年，美国微生物学家Buchanan对细菌的命名和分类进行了研究，把细菌分成科、族和属。 1957年，英国细菌学家Sneath把电子计算机技术应用于细菌分类，建立数值分类法。 三、分子生物学时期(第三纪元) 分类依据：化学结构和核酸起始于：20世纪60年代应用：1、分子生物学技术在细菌分类中的应用： 一、DNA分子中G＋C百分含量测定：亲缘关系越近的细菌，G+Cmol%越相近 二、DNA-DNA杂交 三、16S rRNA相关度分析 2、分子生物学技术在细菌鉴定中的应用： 一、核酸探针：原理：用带有酶、化学荧光物、放射性核素或生物素标记的已知序列特定DNA片段(探针)，在一定条件下，按碱基互补原则探针与待测标本中的核酸杂交，通过对杂交信号的检测，从而鉴定标本中有无相应的病原微生物基因及其分子大小 二、核酸扩增技术 3、分子生物学技术在细菌药敏试验中的应用：检测耐药基因 第二节细菌的分类单元和命名规则 一、分类单元及其等级：分类单元：是指具体的分类群。和其他生物分类一样，细菌的分类单元也分为七个基本的分类等级或分类阶元，由上而下依次是界、门、纲、目、科、属、种。 1、种的概念：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其它类群的菌株有很明显的区别。 2、亚种：当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传性而又不足以区分成新种时，可以将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元—亚种。亚种是细菌分类中具有正式分类地位的最低等级。 3、亚种以下的等级：生物型、培养型、致病型、血清型、噬菌型、化学型、形态型等。 在细菌分类中，还常常使用非正式的类群术语。如培养物、菌株、居群和型 培养物（culture),是指一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物菌株（strain)，从自然界分离得到的任何一种微生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株 居群（population)是指一定空间中同种个体的组合 型（form或type)：常指亚种以下的细分，当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为心的亚种时，可以细分为不同的型。 生物型biovar biotype 特殊的生理生化性状的菌株群 血清型serovar serotype 不同的抗原特征的菌株群 致病型pathovar pathotype 对宿主致病性的差异的菌株群 噬菌型phagovar phagotype lysotype 对噬菌体有特异性反应的菌株群 形态型morphovar morphotype 特殊的形态学特征的菌株群 4、属：是介于种（或亚种）与科之间分类等级，也是生物分类中的基本分类单元。通常把具有某些共同特征或密切相关的种归为一个高一级的分类单元，称之为属。 5、科：把具有某些共同特征或相关的属归为更高一级的分类单元称为科。 二、细菌分类单元的命名规则 (一)国际细菌命名法规 1、分类单元的命名法 (1)属名用一个单数主格名词或当作名词用的形容词来表示，可以是阳性、阴性或中性，首字母要大写。 如：Bacillus(芽胞杆菌属)(阳性) Lostridium(梭菌属)(中性) Salmonella(沙门氏菌)(阴性) (2)种名双名法命名 由属名和种名两部分组合而成。第一个词为属名，首字母要大写；第二个词为种名词，常用形容词，也可以用人名、地名、病名或其他名词(名词用主格或所属格形式)，种名加词首字母不大写。例： Pseudomonas aeruginosa(铜绿色假单胞菌) Mycobacterium tuberculosis(结核分枝杆菌) Bacillus thuringiensis(苏云金芽胞杆菌) (3)亚种名由属名、种名加词和亚种名加词构成 如：Alcaligenes denitrificans subsp.xylosoxydans (反硝化产碱杆菌氧化木糖亚种) (4)属以上分类单元的名称，是用拉丁或其他词源拉丁化的复数名词(或当作名词用的形容词)命名，首字母要大写2、新名称的合格发表3、合法性4、发表的优先权5、有效发表 (二)细菌名称的批准名录 第三节细菌的分类系统 一、克拉西里尼科夫分类系统 二、普雷沃分类系统 三、伯杰氏分类系统(当前国际上普遍采用) (一)第七版系统(1957年) (二)第八版系统(1974年) (三)伯杰氏系统细菌学手册(1984-1989年) (四)<<伯杰细菌鉴定手册>>第九版(1994年) 1、具有细胞壁的革兰氏阴性细菌
细菌得分类与命名 细菌分类学 细菌分类学（ｔaｘｏｎomy）就是指对细菌进行分类、命名与鉴定得一门学科。它得任务就是在全面了解细菌得生物学特征得基础上,研究它们得种类，探索其起源、演化以及与其她类群之间得亲缘关系，进而提出能反映自然发展得分类系统，并将细菌加以分门别类.它包括三个方面：分类(claｓsificatiｏn）、命名（ｎomencｌature)与鉴定（iｄentiｆicatｉoｎ)。 一、基本概念 1、细菌分类就是根据每种细菌各自得特征,并按照它们得亲缘关系分门别 类,以不同等级编排成系统。分类有两种:①以细菌得形态与生理生化特性为依据得表型特征分类法，包括有传统分类法（classicａｌclassｉｆｉcａｔiｏｎ)与数值分类法(numeｒiｃａl clasｓifｉcatｉｏn）;②用化学分析与核酸分析，以细菌大分子物质(核酸、蛋白质）结构得同源程度进行分类称种系分类(phylogenetic ｃｌassｉficaｔｉoｎ）或自然分类（natural cｌassfｉcａtioｎ）。 2、细菌命名在分类基础上,给予每种细菌一个科学名称，使之在生产实践、临床实践与科学研究工作中相互交流成为可能。按照细菌命名得法规，能保证所有得科研工作者以同样方式给予细菌命名。 3、细菌鉴定将未知细菌按分类原则放入系统中某一适当位置与已知细菌比较其相似性，用对比分析方法确定细菌得分类地位。若与已知细菌相同即采用已知菌得名称,不同者则按命名原则确定一个新名称。 二、分类等级 细菌得分类等级与其她生物相同，依次为界(kinｇdom）、门(divｉsiｏn）、纲（c
ｌass）、目(order)、科(fａmilｙ）、属（genus）、种（species）。细菌属于原核生物界（procarｙoｔae），包括有细菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体与螺旋体. 分类等级拉丁字尾比较固定，表示方法如下:目—aｌeｓ、亚目-ｉneae、科-aceae、亚科—oideａae、族—eａe、亚族-inａe。 种就是细菌分类得基本单位,将生物学性状基本相同得细菌群体归成一个菌种;性状相近、关系密切得若干菌种组成一个菌属；相近得属归为一科；依次类推。在两个等级之间,可添加次要得分类单位，如亚门、亚纲、亚属与亚种等。群与组不就是正式分类等级，就是泛指具有某种共同特性得某个集体，任何等级都可借用。 同一菌种得各个细菌,在某些方面仍有一定得差异，可再分成亚种(subspecieｓ)，亚种以下得分类等级为型（typｅ）,以区别某些特殊得特征.例如抗原结构不同而分得血清型（sｅｒotyｐe)；对噬菌体敏感性不同得噬菌体型(ｐhagetype）；对细菌素敏感性不同得细菌素型（bacteriｏｃin-ｔypｅ),生化反应与某些生物学性状不同得生物型(biｏｔype）。 由不同来源分离得同一种、同一亚种或同一型得细菌，称为株(straiｎ)。株得建立就是从一次单独分离物得单个原始菌落传代得纯培养物，例如从10个肺结核患者得痰液中分离出得１0株结核分枝杆菌。具有某种细菌典型特征得菌株称为模式菌(ｔｙｐｉcal strain)或标准菌株（ｓｔandard strain）,它就是该种菌株得参比菌株。在细菌得分类、鉴定与命名时以模式菌为依据，也可作为质量控制得标准。 三、细菌命名法
细菌分类表（按“界门纲目科属种”分类） 生物分类总表 生物病毒分类表 古菌分类表 细菌分类表 原生生物分类表 藻类分类表 (NCBI) 真菌分类表 植物分类表 植物分类表 (NCBI) APG I、II、III 克朗奎斯特分类 动物分类表 软体动物分类表 环节动物分类表 昆虫分类表 鱼类分类表 两栖动物分类表 爬行动物分类表 鸟类传统分类系统 鸟类DNA分类系统 鹦形目分类表 哺乳动物分类表 翼手目分类表 ? 1 酸杆菌门(Acidobacteria) o 1.1 酸杆菌纲(Acidobacteria) o 1.2 全噬菌纲(Holophagae) ? 2 放线菌门(Actinobacteria)（高G+C革兰氏阳性菌） o 2.1 放线菌纲(Actinobacteria) ? 3 产水菌门(Aquificae) o 3.1 产水菌纲(Aquificae) ? 4 拟杆菌门(Bacteroidetes) o 4.1 拟杆菌纲(Bacteroidetes) o 4.2 黄杆菌纲(Flavobacteria) o 4.3 鞘脂杆菌纲(Sphingobacteria) o 4.4 纲未定 ? 5 衣原体门(Chlamydiae)
o 5.1 衣原体纲(Chlamydiae) ? 6 绿菌门(Chlorobi) o 6.1 绿菌纲(Chlorobia) ?7 绿弯菌门(Chloroflexi) o7.1 厌氧绳菌纲(Anaerolineae) o7.2 暖绳菌纲(Caldilineae) o7.3 绿弯菌纲(Chloroflexi) ?8 产金菌门(Chrysiogenetes) o8.1 产金菌纲(Chrysiogenetes) ?9 蓝藻门(Cyanobacteria) o9.1 蓝藻纲(Cyanobacteria) ?10 脱铁杆菌门(Deferribacteres) o10.1 脱铁杆菌纲(Deferribacteres) ?11 异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus) o11.1 异常球菌纲(Deinococci) ?12 网团菌门(Dictyoglomi) o12.1 网团菌纲(Dictyoglomi) ?13 纤维杆菌门(Fibrobacteres) o13.1 纤维杆菌纲(Fibrobacteres) ?14 厚壁菌门(Firmicutes)（低G+C革兰氏阳性菌）o14.1 芽孢杆菌纲(Bacilli) o14.2 梭菌纲(Clostridia) o14.3 热石杆菌纲(Thermolithobacteria) ?15 梭杆菌门(Fusobacteria) o15.1 梭杆菌纲(Fusobacteria) ?16 芽单胞菌门(Gemmatimonadetes) o16.1 芽单胞菌纲(Gemmatimonadetes) ?17 黏胶球形菌门(Lentisphaerae) o17.1 黏胶球形菌纲(Lentisphaerae) ?18 硝化螺旋菌门(Nitrospirae) o18.1 硝化螺旋菌纲(Nitrospira) ?19 浮霉菌门(Planctomycetes) o19.1 浮霉菌纲(Planctomycetacia) ?20 海绵杆菌门(Poribacteria)* ?21 变形菌门(Proteobacteria) o21.1 α-变形菌纲(Alphaproteobacteria) o21.2 β-变形菌纲(Betaproteobacteria) o21.3 δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria) o21.4 ε-变形菌纲(Epsilonproteobacteria) o21.5 γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)?22 螺旋体门(Spirochaetes) o22.1 螺旋体纲(Spirochaetes) ?23 柔膜菌门(Tenericutes) o23.1 柔膜菌纲(Mollicutes)
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革兰氏阳性菌 革兰氏阳性菌 革兰氏染色法的意义就在于鉴别细菌，把众多的细菌分为两大类，革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌。大多数化脓性球菌都属于革兰氏氏阳性菌，它们能产生外毒素使人致病，而大多数肠道菌多属于革兰氏阴性菌，它们产生内毒素，靠内毒素使人致病。 常见的革兰氏阳性菌有：葡萄球菌、、肺炎双球菌、炭疽杆菌、白喉杆菌、破伤风杆菌等；常见的革兰氏阴性菌有痢疾杆菌、伤寒杆菌、、变形杆菌、绿脓杆菌、百日咳杆菌、及脑膜炎双球菌等。 在治疗上，大多数革兰氏阳性菌都对敏感（结核杆菌对青霉素不敏感）；而革兰氏阴性菌则对青霉素不敏感（但奈瑟氏菌中的双球菌和淋病双球菌对青霉素敏感），而对链霉素、等敏感。所以首先区分病原菌是革兰氏阳性菌还是阴性菌，在选择方面意义重大。 革兰氏阴性菌,大多数肠道菌多属于革兰氏阴性菌，它们产生内毒素，靠内毒素使人致病.常见的革兰氏阴性菌有痢疾杆菌、伤寒杆菌、大肠杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌、百日咳杆菌、霍乱弧菌及脑膜炎双球菌等。革兰氏阴性菌则对青霉素不敏感,可以选择氟喹诺酮类药物如诺氟沙星，左氧氟沙星等，也可以选择大环内酯类比如克拉霉素、罗红霉素等。 革兰氏阳性菌，大多数化脓性球菌都属于革兰氏阳性菌，它们能产生外毒素使人致病，常见的革兰氏阳性菌有：葡萄球菌、链球菌、肺炎双球菌、炭疽杆菌、白喉杆菌、破伤风杆菌等。可以选择青霉素族，头孢曲松钠等。 革兰氏阴性菌，以[]为代表。大肠为兼气性菌种，一般生存于肠道中及厌氧的还境中。革兰氏阴性菌细胞壁的特征为有一层outer membrane 与阳性菌种不同。目前对大肠杆菌的研究很
肠杆菌 1.肠杆菌属 产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、聚团肠杆菌、阿斯布肠杆菌、河生肠杆菌生物1群、河生肠杆菌生物2群、中间肠杆菌、格高非肠杆菌、阪崎肠杆菌、泰洛肠杆菌 2.埃希菌属 大肠埃希菌、福格森氏埃希菌、不活跃大肠埃希菌、伤口大肠埃希菌、赫尔曼氏埃希菌 3.沙雷菌属 粘质沙雷菌、深红沙雷菌、无花果沙雷菌、泉居沙雷菌、芳香沙雷菌1群、芳香沙雷菌2群、晋城沙雷菌、液化沙雷菌 4.克雷伯菌属 肺炎克雷伯菌、臭鼻克雷伯菌、鼻硬节克雷伯菌、产酸克雷伯菌、解鸟氨酸克雷伯菌 5.变形杆菌属 奇异变形杆菌属、普通变形杆菌、潘尼变形杆菌 6.普罗威登斯菌属 产碱普罗威登菌、斯图普罗威登菌、雷极普罗威登菌、拉氏普罗威登菌 7.沙门菌属 猪霍乱沙门菌、甲型副伤寒沙门菌、伤寒沙门菌、雏白利沙门菌 8.枸橼酸杆菌 弗旁地枸橼酸杆菌、异型枸橼酸杆菌、丙二酸盐阴性枸橼酸杆菌
美洲爱文菌 10.布特维西菌属 水生布特维西菌 11.爱德华菌属 迟缓爱德华菌、保科爱德华菌 12.巴提奥杆菌属 乡间巴提奥杆菌 13.哈夫尼亚菌属 蜂房哈夫菌属 14.西地西菌属 戴氏西地西菌、拉氏西地西菌、奈氏西地西菌 15.摩根菌属 摩根摩根菌 16志贺菌属 志贺菌A，B，C 群、宋内志贺菌 17.克吕沃菌属 抗坏血酸克吕沃菌、栖冷克吕沃菌
不脱羧莱克勒菌 19 .默勒菌属 威斯康星默勒菌 20 拉恩菌属 水生拉恩菌 21.塔特姆菌属、 痰塔特姆菌 22．耶尔森菌属 假结核耶尔森菌、小结肠炎耶尔森菌、中间耶尔森菌、克氏耶尔森菌、费氏耶尔森菌 23．不动杆菌属 洛菲不动杆菌、溶血不动杆菌、鲍曼不动杆菌、醋酸钙不动杆菌 24. 寡养单胞菌属 嗜麦芽窄单胞菌 非发酵菌 1.假单胞菌属 铜绿假单胞菌、荧光假单胞菌、恶臭假单胞菌、施氏假单胞菌、门多萨假单胞菌、产碱假单胞菌、假产碱假单胞菌
革兰氏阳性菌 革兰氏阳性菌 革兰氏染色法的意义就在于鉴别细菌，把众多的细菌分为两大类，革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌。大多数化脓性球菌都属于革兰氏氏阳性菌，它们能产生外毒素使人致病，而大多数肠道菌多属于革兰氏阴性菌，它们产生内毒素，靠内毒素使人致病。 常见的革兰氏阳性菌有：葡萄球菌、链球菌、肺炎双球菌、炭疽杆菌、白喉杆菌、破伤风杆菌等；常见的革兰氏阴性菌有痢疾杆菌、伤寒杆菌、大肠杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌、百日咳杆菌、霍乱弧菌及脑膜炎双球菌等。 在治疗上，大多数革兰氏阳性菌都对青霉素敏感（结核杆菌对青霉素不敏感）；而革兰氏阴性菌则对青霉素不敏感（但奈瑟氏菌中的流行性脑膜炎双球菌和淋病双球菌对青霉素敏感），而对链霉素、氯霉素等敏感。所以首先区分病原菌是革兰氏阳性菌还是阴性菌，在选择抗生素方面意义重大。 革兰氏阴性菌,大多数肠道菌多属于革兰氏阴性菌，它们产生内毒素，靠内毒素使人致病.常见的革兰氏阴性菌有痢疾杆菌、伤寒杆菌、大肠杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌、百日咳杆菌、霍乱弧菌及脑膜炎双球菌等。革兰氏阴性菌则对青霉素不敏感,可以选择氟喹诺酮类药物如诺氟沙星，左氧氟沙星等，也可以选择大环内酯类比如克拉霉素、罗红霉素等。 革兰氏阳性菌，大多数化脓性球菌都属于革兰氏阳性菌，它们能产生外毒素使人致病，常见的革兰氏阳性菌有：葡萄球菌、链球菌、肺炎双球菌、炭疽杆菌、白喉杆菌、破伤风杆菌等。可以选择青霉素族，头孢曲松钠等。 革兰氏阴性菌，以[大肠杆菌]为代表。大肠杆菌为兼气性菌种，一般生存于肠道中及厌氧的还境中。革兰氏阴性菌细胞壁的特征为有一层outer membrane 与阳性菌种不同。目前对大肠杆菌的研究很多，除了它是一般食物中是否有被污染的指标外，很多分子生物学方面的研究皆需要使用到大肠杆菌当作实验宿主。 除了大肠杆菌外，变形杆菌、痢疾杆菌、肺炎杆菌、布氏杆菌、产气夹膜杆菌、流感(嗜血)杆菌、副流感(嗜血)杆菌、卡他(摩拉)菌、不动杆菌属、耶尔森菌属、嗜肺军团菌、百日咳杆菌、副百日咳杆菌、志贺菌属、巴斯德菌属、霍乱弧菌、副溶血性杆菌、类志贺吡邻单胞菌等也是革兰氏阴性菌 革兰氏阳性菌与阴性菌
（一）细菌分类学 细菌分类学是指对细菌进行分类、命名与鉴定的一门学科。它是在全面了解细菌生物学特征的基础上，研究它们的种类，探索其起源、演化以及与其他类群之间的亲缘关系，进而提出能反映自然发展的分类系统，并将细菌加以分门别类。 1．基本概念 （1）细菌的分类①以细菌的形态和生理生化特性为依据的表型特征分类法，包括有传统分类法和数值分类法；②用化学分析和核酸分析，以细菌大分子物质（核酸、蛋白质）结构的同源程度进行分类称种系分类或自然分类。 （2）细菌的命名在分类基础上，给予每种细菌一个科学名称。按照细菌命名的法规，能保证所有的科研工作者以同样方式给予细菌命名。 （3）细菌的鉴定将未知细菌按分类原则放入系统中某一适当位置和已知细菌比较其相似性，用对比分析方法确定细菌的分类地位。 2．分类等级细菌的分类等级与其他生物相同，依次为界（kingdom）、门（division）、纲（class）、目（order）、科（family）、属（genus）、种（species）。 （1）种和型种是细菌分类的基本单位。将生物学性状基本相同的细菌群体归成一个菌种；同一菌种的各个细菌，在某些方面仍有一定的差异，可再分成亚种，亚种以下的分类等级为型，以区别某些特殊的特征，如血清型、噬菌体型、细菌素型、生物型等。 （2）属和科性状相近、关系密切的若干菌种组成一个菌属；相近的属归为一科。 （3）标准菌株由不同来源分离的同一种、同一亚种或同一型的细菌，称为株；具有某种细菌典型特征的菌株称为模式菌或标准菌株，它是该种菌株的参比菌株，在细菌的分类、鉴定和命名时以模式菌为依据，也可作为质量控制的标准。 3．细菌命名法《国际细菌命名法典》1990年修订本（1992年ASM出版）是目前公认的命名法典，细菌科学名称（学名：拉丁文）的生物双名式（双名法），具备拉丁化文字的形式和明确分类等级的两个特点，即有一个属名和一个种名构成。属名在前，是名词，首字母大写；种名在后，是形容词，不论是否为人名或地名均须小写；两者均用斜体表示。细菌学名的中文译名则种名在前，属名在后。 （二）细菌分类方法 1．按表型特征分类法（人为分类法） （1）传统分类法以细菌的形态、生理特征为依据的分类奠定了传统分类的基础，它选择一些较为稳定的生物学性状，作为分类依据，然后按主次顺序逐级区分。这种方法使用方便，分类亦较为明确，但往往带有一定程度的盲目性。 （2）数值分类法随计算机的应用而发展的细菌分类方法。它对细菌的各种生物学性状按“等重要原则”进行分类，一般需选用50项以上的生理、生化指标逐一进行比较，通过计算机分析各菌间相似度，划分细菌的属和种，并确定它们的亲缘关系。 2．遗传学分类法（系统分类法）是细菌的核酸、蛋白质等在组成的同源程度分类。具有下述优点：（1）对细菌的“种”有一个较为一致的概念；（2）使分类不会出现经常性或根本性的变化；（3）可制定可靠的细菌鉴定方案；（4）有利于了解细菌的进化和原始亲缘关系。（1）DNA碱基比例的测定（G+C mol/%） DNA分子两条链上4种碱基的总分子量为100，测定其中G+G或A+T摩尔百分比，能反映出细菌间DNA分子同源程度，习惯上以G+C作为细菌分类标记。同一种细菌G+Cmol%相当稳定，不受菌龄、培养条件和其他外界因素影响，亲缘关系越近的细菌，它们的G+C mol/%越相近。 （2）核酸同源值测定（核酸分子杂交法）
肠杆菌 1. 肠杆菌属产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、聚团肠杆菌、阿斯布肠杆菌、河生肠杆菌生物 1 群、河生肠杆菌生物 2 群、中间肠杆菌、格高非肠杆菌、阪崎肠杆菌、泰洛肠杆菌 2. 埃希菌属大肠埃希菌、福格森氏埃希菌、不活跃大肠埃希菌、伤口大肠埃希菌、赫尔曼氏埃希菌 3. 沙雷菌属粘质沙雷菌、深红沙雷菌、无花果沙雷菌、泉居沙雷菌、芳香沙雷菌 1 群、芳香沙雷菌 2 群、晋城沙雷菌、液化沙雷菌 4. 克雷伯菌属肺炎克雷伯菌、臭鼻克雷伯菌、鼻硬节克雷伯菌、产酸克雷伯菌、解鸟氨酸克雷伯菌 5. 变形杆菌属奇异变形杆菌属、普通变形杆菌、潘尼变形杆菌 6. 普罗威登斯菌属产碱普罗威登菌、斯图普罗威登菌、雷极普罗威登菌、拉氏普罗威登菌 7. 沙门菌属猪霍乱沙门菌、甲型副伤寒沙门菌、伤寒沙门菌、雏白利沙门菌 8. 枸橼酸杆菌弗旁地枸橼酸杆菌、异型枸橼酸杆菌、丙二酸盐阴性枸橼酸杆菌 9. 爱文菌属 美洲爱文菌 10. 布特维西菌属水生布特维西菌 11. 爱德华菌属迟缓爱德华菌、保科爱德华菌 12. 巴提奥杆菌属乡间巴提奥杆菌 13. 哈夫尼亚菌属蜂房哈夫菌属 14. 西地西菌属戴氏西地西菌、拉氏西地西菌、奈氏西地西菌 15. 摩根菌属摩根摩根菌 16 志贺菌属 志贺菌A，B，C 群、宋内志贺菌 17.克吕沃菌属 抗坏血酸克吕沃菌、栖冷克吕沃菌 18．莱克勒菌属 不脱羧莱克勒菌 19 .默勒菌属 威斯康星默勒菌 20 拉恩菌属 水生拉恩菌 21. 塔特姆菌属、
痰塔特姆菌 22．耶尔森菌属假结核耶尔森菌、小结肠炎耶尔森菌、中间耶尔森菌、克氏耶尔森菌、费氏耶尔森菌 23．不动杆菌属 洛菲不动杆菌、溶血不动杆菌、鲍曼不动杆菌、醋酸钙不动杆菌 24. 寡养单胞菌属嗜麦芽窄单胞菌 发酵菌 1. 假单胞菌属铜绿假单胞菌、荧光假单胞菌、恶臭假单胞菌、施氏假单胞菌、门多萨假单胞菌、产碱假单胞菌、假产碱假单胞菌 2. 伯克霍尔德氏菌属鼻疽伯克霍尔德氏菌、假鼻疽伯克霍尔德氏菌、洋葱伯克霍尔德氏菌、唐菖蒲伯克霍尔德氏菌 3. 丛毛单胞菌属 食酸丛毛单胞菌、睾丸酮丛毛单胞菌 4. 短波单胞菌属缺陷短波单胞菌、波囊短波单胞菌 5. 窄食单胞菌属 嗜麦芽窄单胞菌 6. 产碱杆菌属 木糖氧化产碱杆菌反硝化亚种、木糖氧化产碱杆菌木糖氧化亚种、粪产碱杆菌 7. 不动杆菌属 洛菲不动杆菌、醋酸钙不动杆菌、溶血不动杆菌、鲍曼不动杆菌 8. 黄杆菌属 脑膜败血性黄杆菌、芳香黄杆菌、u b群黄杆菌、产吲哆黄杆菌 9. 威克斯菌属 有毒威克斯菌、动物溃疡威克斯菌 10. 金色单胞菌属浅黄假单胞菌 11. 黄色单胞菌属栖稻假单胞菌 12. 弧菌属 霍乱弧菌、副溶血弧菌、溶藻弧菌、河流弧菌、创伤弧菌 13 气单胞菌属嗜水气单胞菌、温和气单胞菌、杀鲑气单胞菌、舒伯特气单胞菌、豚鼠气单胞菌 14 邻单胞菌属类志贺邻单胞菌 15 巴斯德菌属
广义的细菌即为原核生物。是指一大类细胞核无核膜包裹，只存在称作拟核区(nuclear region)(或拟核)的裸露DNA的原始单细胞生物，包括真细菌(eubacteria)和古生菌(archaea)两大类群。人们通常所说的即为狭义的细菌，狭义的细菌为原核微生物的一类，是一类形状细短，结构简单，多以二分裂方式进行繁殖的原核生物，是在自然界分布最广、个体数量最多的有机体，是大自然物质循环的主要参与者。 把众多的细菌分为两大类，革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌。大多数化脓性球菌都属于革兰氏氏阳性菌，它们能产生外毒素使人致病，而大多数肠道菌多属于革兰氏阴性菌，它们产生内毒素，靠内毒素使人致病。 常见的革兰氏阳性菌有：葡萄球菌、链球菌、李式杆菌属、丹毒丝菌属、肾杆菌属、芽孢杆菌属、梭菌属、分歧杆菌属、放线菌属、奴卡菌属、棒状杆菌属、红球菌属、丹毒杆菌、气肿疽杆菌、结核杆菌、肺炎双球菌、炭疽杆菌、白喉杆菌、破伤风杆菌等； 常见的革兰氏阴性菌有:伤寒杆菌、大肠杆菌、变形杆菌、痢疾杆菌、肺炎杆菌、布式杆菌、流感副流感杆菌、卡他杆菌、不动杆菌属、耶尔森菌属、嗜肺军团菌、绿脓杆菌、（副）百日咳杆菌、志贺菌属、巴斯德菌属、霍乱弧菌、副溶血性杆菌及脑膜炎双球菌等。 G+ 球菌：金黄色葡萄球菌（葡萄球菌属）、乙型溶血性链球（链球菌属）、肺炎链球菌（链球菌属） G—球菌：淋球菌、脑膜炎双球菌（奈瑟菌属） G+ 杆菌：白喉杆菌（棒状杆菌属）、结核杆菌（分歧杆菌属）抗酸菌 麻风杆菌（分歧杆菌属）抗酸菌 G—杆菌：大肠杆菌（埃希菌属）、伤寒杆菌、副伤寒杆菌、志贺痢疾杆菌、福式痢疾杆菌、宋内痢疾杆菌（志贺菌属）、百日咳杆菌（包特菌属）、 肠炎杆菌（沙门菌属）、绿脓杆菌（假单胞菌属）、 在治疗上，大多数革兰氏阳性菌都对青霉素敏感；而革兰氏阴性菌则对青霉素不敏感，而对链霉素、氯霉素等敏感。所以首先区分病原菌是革兰氏阳性菌还是阴性菌，在选择抗生素方面意义重大。 附：(放线菌（Actinomycete）是另一大类革兰氏阳性菌，根据DNA中鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)的含量，放线菌被称为高G+C革兰氏阳性菌，而厚壁菌被称为低G+C革兰氏阳性菌。如果细胞的第二层膜是衍生特征，这两类革兰氏阳性菌可能是细菌基部的分支，否则它们可能组成关系相对较近的单系群。它们被认为可能是古细菌和真核生物的祖先，因为它们都缺乏第二层膜，并且具有一些生化上的相似性，比如含有固醇类。此外，尽管恐球菌-栖热菌(Deinococcus-Thermus)类细菌结构上类似革兰氏阴性菌，但也可被染成革兰氏阳性)
真菌分类与命名 真菌的分类单位，依次分为界(Regnum，Kingdom)，门(Division，Phylum)，纲(classis，Class)，目(Ordo，Order)，科(Familia，Family)，属(Genus)，种(Species)。种是基本单位，种以下还有亚种(subspecies)。 真菌分类的主要依据为：有性生殖的各种器官、无性菌丝、孢子和菌落形态特征等。真菌分类系统较多，目前尚未统一，近年来趋向采用安斯沃斯(Ainsworth)等人的《真菌学词典》所介绍的分类系统。该系统认为真菌属于单独成立的真菌界(Fungi)，界以下分为粘菌门(Myxomycota)和真菌门(Eumycota)，通常所称的真菌即指真菌门菌。真菌门下分为5个亚门：鞭毛菌亚门(Mastigomycotina)、接合菌亚门(Zygomycotina)、子囊菌亚门(Ascomycotina)、担子菌亚门(Basidiomycotina)和半知菌亚门(Deuteromycotina)。其中与医学有关的有4个亚门：①接合菌亚门：营养体是菌丝体，绝大多数没有隔膜，有性繁殖形成接合孢子(zygospore)，无性繁殖产生孢子囊孢子(sporangiosDore)。如毛霉菌(Mucor)和根霉菌(Rhizopus)等； ②子囊菌亚门：营养体是有隔膜的菌丝体，极少数是单细胞，有性生殖形成子囊和子囊孢子(ascospore)，无性繁殖产生分生孢子(conidium)。如芽生菌属(Blastomyces)、组织胞浆菌属(Histoplasma)、小孢子菌属(Microsporum)、毛癣菌属(Trichophyton)和酵母菌属(Saccharomyces)等；③担子菌亚门：营养体是有隔膜的菌丝体，有性生殖形成担孢子。如致病性真菌新生隐球菌(Cryptococcus neoformans)；④半知菌亚门：也称不完全菌亚门，营养体是有隔膜的菌丝体或单细胞，对此类真菌生活史了解不完全，只有无性繁殖阶段，未发现其有性阶段，称为半知菌。在医学上有重要意义的绝大部分致病真菌属于此亚门。
第二节细菌分类分类学 内容涉及三个相互依存又有区别的组成部分: 分类(classification)是根据一定的原则(表型特征相似性或系统发育相关性)对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定； 命名(nomenclature)是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称；鉴定(identification或determination)则是指借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。 一、分类单元及其等级 分类单元(taxon,复数taxa)是指具体的分类群，如原核生物界(Procaryotae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)等都分别代表一个分类单元。 细菌的分类单元分为七个基本的分类等级(rank或category)或分类阶元，由上而下依次是：界、门、纲、目、科、属、种 在分类中，若这些分类单元的等级不足以反映某些分类单元之间的差异时也可以增加"亚等级"即：亚界、亚门……亚种，在细菌分类中，还可以在科(或亚科)和属之间增加族和亚族等级。 值得强调的是，分类单元的等级(阶元)只是分类单元水平的概括，它并不代表具体的分类单元。在细菌分类中，还使用一些非正式的类群术语。
(1)培养物(culture)，是指一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。 如果某一培养物是由单一微生物细胞繁殖产生的，就称之为该细菌的纯培养物(pure culture)。 （2）菌株(strain)，从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养物或用实验方法(如通过诱变)所获得的某一菌株的变异型，（但为另一新菌种） 菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体。 菌株名称常用数字编号、字母、人名、地名等表示。如枯草杆ASI.398(Bacillus subtilis ASI.398)和枯草杆菌BF7658(Bacillus subtil is BF7 658)，分别代表枯草杆菌的两个菌株(ASI.398和BF7658分别为菌株的编号) （3）居群，每一个物种在自然界中的存在，都有一定的空间结构，在其分散的、不连续的居住场所或分布区域内，形成不同的群体单元 （4）型(form或type)，常指亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。 例如抗原特征的差异分为不同的血清型；对噬菌体裂解反应的不同分为不同的噬菌型等等。 （5）种(species)，是生物分类中基本的分类单元和分类等级。作为分类单元的等级，种的地位低于属而高于亚种这是十分明确的。微生物的种可以看作是：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其他类
细菌的分类（G+和G－） 广义的细菌即为原核生物。是指一大类细胞核无核膜包裹，只存在称作拟核区(nuclear region)(或拟核)的裸露DNA的原始单细胞生物，包括真细菌(eubacteria)和古生菌(archaea)两大类群。人们通常所说的即为狭义的细菌，狭义的细菌为原核微生物的一类，是一类形状细短，结构简单，多以二分裂方式进行繁殖的原核生物，是在自然界分布最广、个体数量最多的有机体，是大自然物质循环的主要参与者。 把众多的细菌分为两大类，革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌。大多数化脓性球菌都属于革兰氏氏阳性菌，它们能产生外毒素使人致病，而大多数肠道菌多属于革兰氏阴性菌，它们产生内毒素，靠内毒素使人致病。 常见的革兰氏阳性菌有：葡萄球菌、链球菌、李式杆菌属、丹毒丝菌属、肾杆菌属、芽孢杆菌属、梭菌属、分歧杆菌属、放线菌属、奴卡菌属、棒状杆菌属、红球菌属、丹毒杆菌、气肿疽杆菌、结核杆菌、肺炎双球菌、炭疽杆菌、白喉杆菌、破伤风杆菌等； 常见的革兰氏阴性菌有:伤寒杆菌、大肠杆菌、变形杆菌、痢疾杆菌、肺炎杆菌、布式杆菌、流感副流感杆菌、卡他杆菌、不动杆菌属、耶尔森菌属、嗜肺军团菌、绿脓杆菌、（副）百日咳杆菌、志贺菌属、巴斯德菌属、霍乱弧菌、副溶血性杆菌及脑膜炎双球菌等。 G+ 球菌：金黄色葡萄球菌（葡萄球菌属）、乙型溶血性链球（链球菌属）、肺炎链球菌（链球菌属） G—球菌：淋球菌、脑膜炎双球菌（奈瑟菌属） G+ 杆菌：白喉杆菌（棒状杆菌属）、结核杆菌（分歧杆菌属）抗酸菌 麻风杆菌（分歧杆菌属）抗酸菌 G—杆菌：大肠杆菌（埃希菌属）、伤寒杆菌、副伤寒杆菌、志贺痢疾杆菌、福式痢疾杆菌、宋内痢疾杆菌（志贺菌属）、百日咳杆菌（包特菌属）、 肠炎杆菌（沙门菌属）、绿脓杆菌（假单胞菌属）、 在治疗上，大多数革兰氏阳性菌都对青霉素敏感；而革兰氏阴性菌则对青霉素不敏感，而对链霉素、氯霉素等敏感。所以首先区分病原菌是革兰氏阳性菌还是阴性菌，在选择抗生素方面意义重大。 附：(放线菌（Actinomycete）是另一大类革兰氏阳性菌，根据DNA中鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)的含量，放线菌被称为高G+C革兰氏阳性菌，而厚壁菌被称为低G+C革兰氏阳性菌。如果细胞的第二层膜是衍生特征，这两类革兰氏阳性菌可能是细菌基部的分支，否则它们可能组成关系相对较近的单系群。它们被认为可能是古细菌和真核生物的祖先，因为它们都缺乏第二层膜，并且具有一些生化上的相似性，比如含有固醇类。此外，尽管恐球菌-栖热菌(Deinococcus-Thermus)类细菌结构上类似革兰氏阴性菌，但也可被染成革兰氏阳性)
人体正常菌群及常见细菌的分类
革兰氏阴性杆菌（G－杆菌）肠杆菌科弧菌科非发酵菌群罕见发酵型其它 一、肠杆菌科： 1、埃希菌属（埃希氏－志贺氏菌属）： 大肠埃希菌弗格森氏埃希菌赫尔曼埃希菌伤口埃希菌蟑螂埃希菌 2、志贺菌属： 痢疾志贺菌福氏志贺菌鲍氏志贺菌宋内氏志贺菌 3、爱德华氏菌属： 迟钝爱德华氏菌保科爱德华氏菌鲶鱼爱德华氏菌 4、沙门氏菌属： 伤寒沙门氏菌猪霍乱沙门氏菌肠炎沙门氏菌 5、枸橼酸杆菌属： 弗劳地枸橼酸杆菌异型枸橼酸杆菌无丙二酸盐枸橼酸杆菌丙二酸盐阴性枸橼酸杆菌生物Ⅰ群6、肠杆菌属： 阴沟肠杆菌产气肠杆菌中间肠杆菌坂崎肠杆菌聚团肠杆菌日勾肠杆菌 河生肠杆菌溶解肠杆菌超压肠杆菌泰洛肠杆菌阿氏肠杆菌何氏肠杆菌致癌肠杆菌7、克雷伯菌属： 肺炎克雷伯菌臭鼻克雷伯菌鼻硬结克雷伯菌产酸克雷伯菌解乌氨酸克雷伯菌植生克雷伯菌土生克雷伯菌 8、变形杆菌属： 普通变形杆菌奇异变形杆菌产粘变形杆菌潘氏变形杆菌 9、普罗威登斯菌属： 产碱普罗威登斯菌斯氏普罗威登斯菌雷氏普罗威登斯菌海氏普罗威登斯菌 拉氏普罗威登斯菌 10、摩根菌属： 摩氏摩根菌摩氏摩根菌生物Ⅰ群 11、沙雷菌属： 粘质沙雷菌液化沙雷菌深红沙雷菌普城沙雷菌芳香沙雷菌无花果沙雷菌居泉沙雷菌嗜昆虫沙雷菌 12、耶尔森菌属： 小肠结肠炎耶氏菌弗氏耶氏菌中间型耶氏菌克氏耶氏菌假结膜耶氏菌 鼠疫耶氏菌拉氏耶氏菌毛氏耶氏菌白氏耶氏菌罗氏耶氏菌奥氏耶氏菌 13、其它： 哈夫尼亚菌属西地西菌属爱文氏菌属勒克氏菌属勒米诺氏菌属兰恩氏菌属塔特姆氏菌属致病杆菌属克卢瓦氏菌属克泽氏菌属
二、弧菌科： 1、弧菌属： 霍乱弧菌麦氏弧菌拟态弧菌霍氏弧菌海鱼弧菌河弧菌弗氏弧菌创伤弧菌溶藻性弧菌副溶血性弧菌 2、气单胞菌属： 嗜水气单胞菌温和气单胞菌豚鼠气单胞菌脆弱气单胞菌杀鲑气单胞菌 3、邻单胞菌： 类志贺单胞菌 4、发光杆菌属：对人无致病性 三、非发酵菌群：指不发酵糖类、专性需氧、不产生芽胞的革兰氏阴性杆菌 1、假单胞菌属： Ⅰ群：铜绿假单胞菌荧光假单胞菌恶臭假单胞菌产碱假单胞菌假产碱假单胞菌斯氏假单胞菌曼多辛假假单胞菌 Ⅱ群：洋葱假单胞菌鼻疽假单胞菌假鼻疽假单胞菌皮氏假单胞菌 Ⅲ群：食酸假单胞菌睾丸酮假单胞菌 Ⅳ群：微小假单胞菌泡囊假单胞菌 Ⅴ群：嗜麦芽假单胞菌 未定：嗜中温假单胞菌少动假单胞菌腐败假单胞菌Ve群假单胞菌 2、不动杆菌属： 醋酸钙不动杆菌鲍曼不动杆菌溶血不动杆菌琼氏不动杆菌洛菲氏不动杆菌 约翰逊氏不动杆菌 3、产碱杆菌属： 粪产碱杆菌脱硝产碱杆菌芳香产碱杆菌 4、无色杆菌属： 木糖氧化无色杆菌无色杆菌Vd群 5、黄杆菌及相关菌： 脑膜炎败血性黄杆菌黄杆菌Ⅱb群短小黄杆菌芳香黄杆菌多食黄杆菌类黄杆菌6、莫拉菌属及相关菌： 腔隙莫拉菌非液化莫拉菌奥斯陆莫拉菌苯丙酮酸莫拉菌亚特兰大莫拉菌 尿道莫拉菌 7、金氏杆菌属： 金氏金氏杆菌脱硝金氏杆菌产吲哚金氏杆菌 8、未命名的非发酵菌： IVe－群IVc－2群EF－4b群EO－2群 9、侵蚀艾肯氏菌： 10、土壤杆菌属：
革兰氏阳性菌革兰氏阳性菌 革兰氏阳性菌大多数化脓性球菌，它们能产生外毒素使人致病， 革兰氏阴性菌而大多数肠道菌多，它们能产生内毒素使人致病。 常见的革兰氏阳性菌：葡萄球菌、链球菌、肺炎双球菌、炭疽杆菌、白喉杆菌、破伤风杆菌常见的革兰氏阴性菌：痢疾杆菌、伤寒杆菌、大肠杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌、百日咳杆菌、霍乱弧菌及脑膜炎双球菌等。 在治疗上，革兰氏阳性菌都对青霉素敏感（大多数）； 革兰氏阴性菌则对青霉素不敏感，但对链霉素、氯霉素等敏感。 所以首先区分病原菌是革兰氏阳性菌还是阴性菌，在选择抗生素方面意义重大。 革兰氏阴性菌,大多数肠道菌多属于革兰氏阴性菌，它们产生内毒素，靠内毒素使人致病.常见的革兰氏阴性菌有痢疾杆菌、伤寒杆菌、大肠杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌、百日咳杆菌、霍乱弧菌及脑膜炎双球菌等。革兰氏阴性菌则对青霉素不敏感,可以选择氟喹诺酮类药物如诺氟沙星，左氧氟沙星等，也可以选择大环内酯类比如克拉霉素、罗红霉素等。 革兰氏阳性菌，大多数化脓性球菌都属于革兰氏阳性菌，它们能产生外毒素使人致病，常见的革兰氏阳性菌有：葡萄球菌、链球菌、肺炎双球菌、炭疽杆菌、白喉杆菌、破伤风杆菌等。可以选择青霉素，头孢曲松钠等。 革兰氏阴性菌，以[大肠杆菌]为代表。大肠杆菌为兼气性菌种，一般生存于肠道中及厌氧的环境中。革兰氏阴性菌细胞壁的与阳性菌种不同。目前对大肠杆菌的研究很多，除了它是一般食物中是否有被污染的指标外，很多分子生物学方面的研究皆需要使用到大肠杆菌当作实验宿主。 除了大肠杆菌外，变形杆菌、痢疾杆菌、肺炎杆菌、布氏杆菌、产气夹膜杆菌、流感(嗜血)杆菌、副流感(嗜血)杆菌、卡他(摩拉)菌、不动杆菌属、耶尔森菌属、嗜肺军团菌、百日咳杆菌、副百日咳杆菌、志贺菌属、巴斯德菌属、霍乱弧菌、副溶血性杆菌、类志贺吡邻单胞菌等也是革兰氏阴性菌