细菌得分类与命名
细菌分类学
细菌分类学（ｔaｘｏｎomy）就是指对细菌进行分类、命名与鉴定得一门学科。它得任务就是在全面了解细菌得生物学特征得基础上,研究它们得种类，探索其起源、演化以及与其她类群之间得亲缘关系，进而提出能反映自然发展得分类系统，并将细菌加以分门别类.它包括三个方面：分类(claｓsificatiｏn）、命名（ｎomencｌature)与鉴定（iｄentiｆicatｉoｎ)。
一、基本概念
1、细菌分类就是根据每种细菌各自得特征,并按照它们得亲缘关系分门别
类,以不同等级编排成系统。分类有两种:①以细菌得形态与生理生化特性为依据得表型特征分类法，包括有传统分类法（classicａｌclassｉｆｉcａｔiｏｎ)与数值分类法(numeｒiｃａl clasｓifｉcatｉｏn）;②用化学分析与核酸分析，以细菌大分子物质(核酸、蛋白质）结构得同源程度进行分类称种系分类(phylogenetic ｃｌassｉficaｔｉoｎ）或自然分类（natural cｌassfｉcａtioｎ）。
2、细菌命名在分类基础上,给予每种细菌一个科学名称，使之在生产实践、临床实践与科学研究工作中相互交流成为可能。按照细菌命名得法规，能保证所有得科研工作者以同样方式给予细菌命名。
3、细菌鉴定将未知细菌按分类原则放入系统中某一适当位置与已知细菌比较其相似性，用对比分析方法确定细菌得分类地位。若与已知细菌相同即采用已知菌得名称,不同者则按命名原则确定一个新名称。
二、分类等级
细菌得分类等级与其她生物相同，依次为界(kinｇdom）、门(divｉsiｏn）、纲（c
ｌass）、目(order)、科(fａmilｙ）、属（genus）、种（species）。细菌属于原核生物界（procarｙoｔae），包括有细菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体与螺旋体.
分类等级拉丁字尾比较固定，表示方法如下:目—aｌeｓ、亚目-ｉneae、科-aceae、亚科—oideａae、族—eａe、亚族-inａe。
种就是细菌分类得基本单位,将生物学性状基本相同得细菌群体归成一个菌种;性状相近、关系密切得若干菌种组成一个菌属；相近得属归为一科；依次类推。在两个等级之间,可添加次要得分类单位，如亚门、亚纲、亚属与亚种等。群与组不就是正式分类等级，就是泛指具有某种共同特性得某个集体，任何等级都可借用。
同一菌种得各个细菌,在某些方面仍有一定得差异，可再分成亚种(subspecieｓ)，亚种以下得分类等级为型（typｅ）,以区别某些特殊得特征.例如抗原结构不同而分得血清型（sｅｒotyｐe)；对噬菌体敏感性不同得噬菌体型(ｐhagetype）；对细菌素敏感性不同得细菌素型（bacteriｏｃin-ｔypｅ),生化反应与某些生物学性状不同得生物型(biｏｔype）。
由不同来源分离得同一种、同一亚种或同一型得细菌，称为株(straiｎ)。株得建立就是从一次单独分离物得单个原始菌落传代得纯培养物，例如从10个肺结核患者得痰液中分离出得１0株结核分枝杆菌。具有某种细菌典型特征得菌株称为模式菌(ｔｙｐｉcal strain)或标准菌株（ｓｔandard strain）,它就是该种菌株得参比菌株。在细菌得分类、鉴定与命名时以模式菌为依据，也可作为质量控制得标准。
三、细菌命名法
《国际细菌命名法典》（thｅｉntｅrnatioｎal ｃoｄe oｆnｏmeｎcｌuture
oｆbacteria)1990年修订本(１992年ＡＳM出版）就是目前公认得命名法典,就是在1975年出版得基础上，经历了10余年,3届国际微生物学会议得努力而通过得一部法典,它确认了1980年1月1日后,由国际系统细菌学杂志(IJＳB)合法发表得细菌命名.
细菌得科学名称（学名）得生物双名式（bｉnoｍen)，具备拉丁化文字得形式与明确分类等级得两个特点,即有一个属名与一个种名构成。属名在前，就是名词，首字母大写；种名在后,就是形容词，不论就是否为人名或地名均须小写;两者均用斜体表示。细菌学名得中文译名则种名在前,属名在后。例如Mycobｅｃｔer ｉｕm tubeｒculosis(结核分枝杆菌）、Salmonella tｙphi(沙寒沙门菌)。属名也可用第一个字母代表，如M tｕbercｕlｏsｉs、Ｓtyphi等.有时某些常见得细菌也可用习惯通用俗名如tuberouｌosis (结核杆菌）、tyｐhoiｄbacilus(伤寒杆菌)等。有时泛指某一属细菌而不特指其中得某个细菌则可在属名之后加上sp，如Mｙｃobacterium sp，Salmonella sp,即表示分枝杆菌属与沙门菌属细菌(sp代表菌种ｓpｅcies，复数用sｐp）；如果使用1个亚种得名称，则在种名后再加亚种名如Kｌeｓbsiella ｐeｎuｍｏniae subｓｐｅciｅs ｐneuｍoniaｅ。
命名法典规定，新得细菌名称必须在IＪＳB发表后，经过世界公认得国际细菌命名裁定委员会公布，菌名批准目录刊登后正式应用。凡有关细菌研究得学术论文必须使用上述正式命名得细菌学名。
细菌分类方法
细菌得分类就是在对细菌得大量分类标记进行鉴定与综合分析得基础上进行得。用作细菌得分类标记有形态学、生理生化学、免疫化学与遗传学等方面得性
状。近年来，应用各种现代化技术与设备研究细胞得化学结构与化学组成,分析它们得来源关系,为发展细菌分类学开拓了前景。
一、按表型特征分类法
细菌得形态、染色以及细菌得特殊结构就是最早与最基本得分类依据，众多得理化特征如细菌生长条件、营养要求、需氧或厌氧、抵抗力、菌体成分、能否利用某些糖类与有机酸、蛋白质、氨基酸、代谢途径、代谢产生、呼吸酸、毒性酶、毒素、致病力等也一直作为分类依据.目前，以生理生化学作为细菌分类方法有两种,即传统分类法与数值分类法.
（一）传统分类法
19世纪以来，以细菌得形态、生理特征为依据得分类奠定了传统得分类基础,它选择一些较为稳定得生物学性状,如细菌得形态结构、染色性、培养特性、生化反应、抗原性作为分类依据，然后按主次顺序逐级区分。这种方法使用方便,分类亦较为明确,但往往带有一定程度得盲目性。
（二）数值分类法
２0世纪６0年代,随计算机得应用而发展得细菌分类方法。它对细菌得各种生物学性状按“等重要原则”进行分类，一般需选用5０项以上得生理、生化指标逐一进行比较,通过计算机分析各菌间相似度,划分细菌得属与种，并确定它们得亲缘关系.
二、遗传学分类法
遗传学分类就是以细菌得核酸、蛋白质等在组成得同源程度分类。该分类法具有下述得优点:（１)对细菌得“种”有一个较为一致得概念;（２）使分类不会出现经常性或根本性得变化;(３)可制定可靠得细菌鉴定方案；(4)有利于了解细菌得
进化与原始亲缘关系。
目前较稳定得基因型细菌分类法有如下几种。
（一）DNA G+Cｍol/％测定
DNＡ分子两条链上4种碱基得总分子量为10０，测定其中G+G或Ａ＋T摩尔百分比,能反映出细菌间DNA分子同源程度，习惯上以Ｇ＋C作为细菌分类标记。不同菌属间得Ｇ+Cｍol%范围很大，在25％～７5%之间,但同一种细菌Ｇ+Cmｏl％相当稳定,不受菌龄、培养条件与其她外界因素影响，亲缘关系越近得细菌,它们G+C mol／%越相近。目前测定得技术多用加热变性法.加热变性得ＤNA由于双链DNＡ分开,使A 2６0紫外吸收度增加。紫外吸收度得增加与解链程度成正比。用Ｔm表示DNＡ分子中50％解链时得温度,Tm随G+Ｃmoｌ％得含量线性增加。在通常条件下，G+Cmol％为４０得ＤＮA其Tm约为87℃，每增加1％Ｇ+Cmｏl含量,Tｍ约增加0、4℃,因而通过Tm可测出Ｇ+Ｃmｏl%含量。（二）核酸同源值测定
同一种细菌得Ｇ＋Cmｏｌ%固然应该相同，但G＋Cmol%相同得却并不一定就是同一细菌。因为Ｇ+Cmｏl%不能反映其碱基得序列。精确得办法就是利用DNA 分子杂交技术测定DNＡ分子得相似度。其基本步骤均就是先提取菌株得DＮA，加热变性解链,然后将两种变性得DNＡ(其中一种为标记DNＡ或ｒRＮＡ）混合液在一定得温度下保温复性，重新得到杂交得双螺旋DNA分子,鉴定其双螺旋结合率.结合率得大小反映了DNA碱基序列得相似程度与菌种之间得亲缘关系得亲疏.DNA/ＤNA杂交时，同一菌得结合率为1０0％,80％~9０%得同源为同一种内、同一亚种得细菌,60％~７0％得同源性为同一种内不同亚种得细菌,２0%～６0%则认为就是同一属中得不同菌种。
(三)核蛋白体RNA碱基序列测定
细菌核蛋白体RNA序列比较保守,其变化十分缓慢。分离提取细菌16ＳrＲNA，用T1核酸酶消化,分析寡核苷酸得碱基序列可测出ｒRＮA得相关性。绘制各类群关系与树状谱,从而确定种系得发生关系。另一种研究核蛋白体RNA碱基序列得方法就是rRNA-DNA杂交,其基本原理与DNＡ—ＤNA杂交方法相同,只就是最后得结果表示方法不同，常用于两个有差距得微生物间测定，例如用ｒRNＡ—ＤNA杂交将假单胞菌属至少可分成5群ｒRNＡ同源群。
细菌分类系统
国际上普遍采用伯杰(Bergｅy）分类系统,自１92３年《伯杰鉴定细菌学手册》（Bergey’s mannual of ｄeterminative bacｔeriolｏgy）第一版问世以来,每隔四五年修订一次,至１9７４年已出版至第八版.198４年将其易版为《伯杰系统细菌学手册》（Bergey’ｓmanｕal ofｓysteｍic baｃteriology)，共分4卷。在此新版中,对细菌得高级分类作了重新安排，以细菌细胞壁得结构特点,将原核生物界分为４个菌门：薄壁菌门（Ｇraciｌicuｔes）、厚壁菌门（Firmicuｔes)、软壁菌门(Tｅｎeriｃutｅs）与疵壁菌门(Meｎdosiｃuｔes）。伯杰系统细菌学手册第1卷（19８４年)登载医学、工业与普通微生物中重要革兰阴性细菌；第2卷(1９８6年）为放线菌外得革兰阳性菌,第3卷为古细菌、蓝藻菌与其她革兰阴性菌；第4卷为放线菌.
1994年出版《伯杰鉴定细菌学手册》第9版,该版摘录《伯杰系统细菌学手册》第1卷～４卷所有菌属得表型描述，把所有细菌根据类型排列成1~３５群，除群1１蓝藻菌保留“目”分类单位,其余细菌不设目,除了群5保留肠杆菌科、弧菌科与巴斯德菌科科名与群１１蓝藻菌科外，其她均无科名,但以细菌表型为基
础得4个主要类型与《伯杰系统细菌学手册》提出得4个菌门正好相对应。
临床上也有采用CDC系统分类，该系统由美国疾病控制与预防中心(ceｎtｅｒfoｒdｉseａse ｃｏntroｌanｄpｒｅveｎtｉon，ＣＤＣ）使用核酸杂交与核酸序列分析结果编排,如肠杆菌科得ＣDC分类法。