存在问题（一）产业过度分散1、企业多、小、弱。
据统计，我国现有主要农作物种子生产、销售的企业近8000家，但我国杂交水稻种子的年用种量不足2.5亿公斤，杂交玉米种子的年用种量不足8亿公斤，按批发价格计算总销售额约为120亿元，平均每个企业两杂种子的销售量约为13万公斤，销售额约为150万元。
如此销售量和销售额的企业无论如何也无法生存。
我国具有资质的种子生产企业多，在科研生产经营低水平重复、市场混乱，影响了有创新能力的大中型企业在科研投入上积极性。
种子市场上存在大量企业靠侵犯他人知识产权、或者以未审定品种替代审定品种进行生产经营。
他们以购买或自己研发审定的品种号作为合法外衣，包装其他种子进行销售，或者直接制作假包装进行生产经营。
这些都已经严重制约具有自主研发能力的大中型企业的科研投入积极性和企业的发展壮大。
2、承担风险太大。
主要表现在：一是生产风险。
种子生产直接受到气候等自然因素的影响，产量和质量都难以像工业生产那样能有效控制。
二是经营风险。
种子生产经营主体多而不大，竞争激烈，难于管理；同质化品种多，行业利润偏低，产业链上沿风险极大。
三是质量风险。
种子出现质量事故一般按减产损失理赔，其损失一般是售出种子价格的几十倍。
四是政治风险。
在农业生产中，不仅是因种子质量问题、甚至连气候、水、肥、栽培技术等因素造成的减产，往往也被农民或当地干部当成种子质量问题要求索赔。
一个新品种的研发要经过数年的时间，投入大量的科研经费，新品种的试验示范、审定推广到出效益也要经过数年时间，这一点决定了种子产业投资时间长、回报慢。
种子的生产和销售是在同一年进行，产品当年的表现决定下一年的销量增长或压缩，但生产计划却无法调整，必须按期完成，农民的制种款必须付清。
第二年品种如果非常畅销也供应不足，一旦滞销，就会造成大量积压，给企业带来风险。
3、研发能力不足。
我国绝大部分的种子企业没有品种研发能力，许多中小企业所经营品种完全依靠购买新品种，以至于形成了“育种不如买种、搞科研的不如搞经营的”怪现象。
中种集团提出，目前发达国家70％以上的新品种来源于种子企业，科研院所主要从事基础性、公益性研发；而我国80%以上农作物新品种来自于科研院所，作为承担良种供应、良法推广市场主体的种子企业，普遍不具备自主研发能力，导致对品种和市场的竞争过度，不利于良种良法的规模化推广，育种科技进步对产业的提升带动力发挥不足。
目前企业的科研经费投入基本上是企业的纯利润，得到国家或省级政府在科研经费用上的支持很少。
一方面是企业在科研项目的争取上与科研单位比，往往处于弱势；另一方面更多的项目本身只有科研单位才能申报。
企业的利润要用于扩大再生产，对数年以后才有可能见效、也有可能是不产生效果的科研，投入不会太多。
这也是目前种子企业绝大多数采用购买品种开发的重要原因。
4、引进人才困难。
种子产业是一个特殊产业，专业化程度比较高；但从事此业比较乏味，地位也比较低，收入也不算高。
很多企业反映，种业引进合适的高精人才比较困难，目前的人才市场中，挑选到合适的专业技术人才较少，选择范围有限。
江苏中江种业股份有限公司认为，该公司现有人才队伍在学历、经验和年龄结构方面比较合理，但在知识结构、团队建设、价值观培养等方面明显欠缺，需要更新专业知识，提升现代企业管理水平，培养和引进创新型、复合型人才和高层次科研人才，建设一流团队。
5、品种审定工作滞后。
部分企业反映，我国的品种审定工作非常重要，但现实中有审定工作滞后的现象。
江苏明天种业科技有限公司认为，近年来农作物育种工作取得了显著成绩，例如杂交籼稻两系优质化、粳稻攻克了条纹叶枯病的难关等等，但品种同质化倾向比较严重，大品种、突出品种不多。
目前直播和机插稻发展势头迅猛，但是直播和机插稻专用品种选育、审定工作滞后，亟须加强攻关和协调。
现行种子体制将科研育种与企业经营完全分开，公司在品种选育中处于从属地位。
公司科研立项难，获得国家支持难，品种审定难，特别是在经济利益的驱动下，国家支持的科研院所基本上实行的是近亲家族式育种及审定模式，造成了相互封闭、效率低下、审定靠攻关的不良现象。
（二）发展环境欠佳种子企业发展研究报告显示，部分种子企业认为，国家对种业的支持力度不够，有关法规不配套，“盗窃式育种、押宝式生产、掠夺式经营”现象比较普遍，中国种业发展环境不佳。
1、制种基地生产秩序混乱。
很多种子企业都反映，制种基地生产秩序混乱是当前种子产业发展中最为严重的问题。
山东鑫秋种业科技有限公司认为，许多企业落实基地时采取的方式五花八门，以拉拢贿赂乡村干部、故意抬高价格、对农民乱许愿、随意放宽生产标准、不划或少划隔离区等各种不正当竞争手段。
隔离区划分困难，部分农户漫天要价，补偿费逐年攀升。
无资质的企业或个人采取种种不正当手段从事无证生产；有的企业在种子收购季节，特别是在市场行情较为看好的情况下，以抬高种子收购价格为手段，以高价利诱群众，从而套购、抢购他人合同约定的生产基地的种子。
种子生产基地问题突出表现在：土地相对分散；基地农民质量意识差、科技素质低；制种基地比较效益下降；种子质量呈下滑趋势；种子生产企业对制种基地投入减少；国家扶持力度不够。
近年由于农村劳力外流严重、农业投入不足，造成种子生产基地制种面积难以足额落实，良种供应不能满足现代农业生产的需求。
2、品种管理不规范。
现阶段市场上一流品种的“假冒伪劣”以及“假冒而不伪劣”的现象比较严重。
奥瑞金种业指出，最明显的有“郑单958”以及公司的“蠡玉16”等一线品种。
这种现象一方面损害了企业利益，但更深层次的是损害了企业科研投入的热情。
在近几年打假维权中，天存种业遇到以我品种冒充他品种案件较多，在品种鉴定上束手无策，迄今为止，小麦种子的基因图谱尚未建立，司法起诉后，法官无据可依，企业非常被动。
有的地区借品种良补、新品种示范、一村一品等活动搞品种重复推介和市场保持，每个品种收费1000～2000元不等，给企业增加额外负担。
植物检疫存在着重复收费或只收费不检疫的现象。
全国性经营许可证与省、市级的经营许可证是有区别的，但在实际经营中是没有什么区别。
一个企业持省级颁发的经营许可证要想到另一个省开拓市场，只要其开发的品种在该省通过审定，在目标市场找一家具有资格的代理商就行了。
3、种子市场管理弊端多。
目前，种子管理存在职能重叠和管理上的错位、越位和缺位，弊端很多。
伊犁金天元种业科技责任有限公司指出，一是多头管理、推诿扯皮。
由于农业行政主管部门内部把种子管理职能分割给多家管理，不仅管理形不成合力，还造成职责模糊不清，好管的、有利的抢着管，不好管的互相踢皮球，往往导致管理脱节或者不到位甚至缺位。
二是重复执法，种子生产、经营、销售档案，种子管理站要求购买一套填报，而工商管理部门也要求购买一套填报，这样就增加了种子企业的负担，影响办事效率，也不利于种子执法。
现在的种子市场混乱，非法种子生产太猖獗，这是生产上没有控制好，再就是经营范围未控制好。
一是地方保护、假冒伪劣多，未审先推；二是处罚讲人情，农业行政管理人员有利益关系，造成执法不公或不力，部分管理人员不作为；三是管理重形式，多头管理，如农业、工商、质检等部门；四是经营范围界定没有按照《种子法》执行，造成全国和省级经营许可证没有区别了。
4、国家有关政策待完善。
国家的种子扶持政策还存在力度不大，不配套需要完善的问题。
山西强盛种业有限公司认为，育种研究缺乏国家资金支持，影响了核心竞争力的提高。
品种的选育与创新需要大量的、长期的资金投入。
目前，国家对科研单位的育种研究给予重点扶持，支持力度较大，而对种子企业的育种研究创新缺乏资金扶持。
企业的育种研究投入，靠企业自筹解决，投入不足，影响企业研发平台的建立和创新能力的提高，特别是目前国外种子进入国内市场，带来了较大的冲击。
根据有关种业上市公司（注册在北京以外地区）2008、2009年报披露，这些公司种业部分享受免征企业所得税的政策。
目前，北京市种子公司的企业所得税为25%，通过高新技术企业认定的为15%。
2008年1月1日起施行《中华人民共和国企业所得税法实施条例》规定企业从事农、林、牧、渔业项目的所得，可以免征、减征企业所得税。
差异产生的主要原因，是不同区域税务部门对种子生产经营项目是否在免征企业所得税项目范围有不同的理解。
民营企业大部分都存在资金困惑，而种子企业贷款尤为难。
由于历史原因，种子企业在银行系统诚信度差，很多银行都不对种子企业贷款，企业只好到民间借贷，无形中增加了更多成本。
很多企业资金链一旦断了，也就从此垮掉了。
国外企业往往资金雄厚、抗风险能力强。
作为白手起家的种子企业，国家种子专项资金几乎拿不到，国家对种子企业的扶持往往说说而已，公司做了十几年种子，专项资金一次也没有享受到。
（三）管理力度不强目前，我国种业还存在管理体制不完善、管理队伍力量不强、部分企业自律较差、诚信体系尚未建立等问题，导致种业竞争力不够、假冒伪劣屡禁不止，农民用种缺乏安全感。
1、管理体制尚不完善。
现有的国有种业企业大都是从原事业单位分离出来的或者目前仍属于事业性质的单位。
这些单位产权不清、责权不明，影响了企业经营效率。
河南农科种业反映，目前公司的股份全部为国有法人股，股东内部有很多同行业企业，存在明显的同业竞争，这些竞争使河南农业科研的优质资源不能得到很好的整合。
公司成立10年，积累尚显不足，管理机制尚不完善，管理团队面对公司的迅速发展，在管理手段的运用上功力稍显不足，如稳住人才、留住人才的良好机制尚未形成，优秀的经营管理人才的引进和培养不能满足企业发展的需要等问题对公司的发展造成困扰。
我国种业仍处于发展的初级阶段，具备“育、繁、推”一体化经营能力的公司较少，还没有一家种子企业或科研院所具备与国外公司抗衡的能力，在全球化浪潮的经济形势下，不可避免地受到国外种业公司进入的严峻威胁和强大冲击。
未来如果不能在技术创新、品种研发、市场网络布局和加强技术服务等方面有所突破，将面临被国外先进种业公司挤压出局的风险。
2、管理能力亟待提高。
在企业发展初期，由于规模较小，对管理者素质要求不高，随着企业发展壮大、竞争加剧，管理者的管理素质和管理能力对企业发展至关重要，管理者素质有待大幅度提高。
天涯种业认为，该公司的管理水平相对较低，有待提高。
一是财务费用控制不够。
年初企业费用预算方案粗放，年中没有检查监督，年末缺少总结分析企业费用开支可控性不强。
二是企业自有资金不足，向银行贷款增多，增加了生产成本，降低利润率。
三是企业分配和激励机制尚欠合理。
员工待遇提升空间有限，从长远看不利员工队伍的稳定。
员工整体素质亟待提高，一般人员富余，效率不高，关键重要岗位骨干力量不足。
科研、生产、营销及管理等方面缺乏细致的目标管理和激励方案，普遍存在制度不全、职责不明、奖惩不分的情况。
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