数据挖掘在PACS系统中的应用
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研究与开发 陈戏墨 , 谢铉洋 (广州医学院第二附属医院,广州510260) 摘要:PACS系统在医院得到越来越广泛的应用,大量的图像和文本资料存贮在PACS数据库中。这些海量数据 仅仅是一些“数据”的集合,而不是“信息”或者“知识”的集舍。本文将数据挖掘技术与PACS系统结合,通 过处理PACS系统中的各种病案资料,从“数据”中获取有用知识的集合,为医生的辅助诊断提供了智能的 决策支持。 关键词:数据挖掘;PACS;决策支持
引 言 各种电子化医疗设备的投入使用,带来了每日 大量的数据增加,这些数据包括各种文本数据和图 像数据。一些新的医学成像技术为临床提供了丰富 的影像学资料,极大地方便了医生的诊断,但与此同 时,所产生的大量的影像资料对医院的管理提出了 更高的要求。对于传统的胶片备份,人工管理的方法 不仅要耗费大量的资金、场地和人力,而且存在着丢 失资料、查找困难、存储时间短等问题。这种方法已 经远远不能满足医院迅速增长的业务要求。伴随着 高速计算设备、网络通信及图像处理技术的飞速发 展而产生的“医学影像归档与传输系统”PACS(Pic- ture A ̄rchiving and Communication System),为以上问 题的彻底解决提供了一种先进的技术手段。 广州医学院第二附属医院是一间现代化的大 型综合性医院,目前该院的PACS系统数据量以每 月30G的速度递增,传统人工分析的方法在这些 大量数据面前已经显得不足。因此,如何从这些数 据集中获取有益的“知识”,成为PACS系统研究的 个重要方向。 目前PACS中的病案资料分为两个主要的部 分:图像和文本。其中图像数据包含病人的各种检 查图像,如CT、DX、MR等;文本数据以病人的诊断 信息为主。本文将数据挖掘的技术与PACS系统结 合,利用数据挖掘技术来处理PACS中的数据,从 中抽取出对医生诊断有益的“知识”,并且提供智能 的辅助诊断。
本课题由广州市科技厅资助
本文的组织方式如下:第1节我们介绍一个通 用的数据挖掘模型Fayyad,并且对该模型进行分 析后,在第2节中给出我们原型系统的体系结构,并 从实现的角度分析数据挖掘与PACS结合的技术难 点,最后给出全文的总结并指出将来的研究方向。
l 数据挖掘模型 简单地说,数据挖掘是从大量数据中抽取出知 识的过程【lj。目前广泛使用的数据挖掘模型是 Fayyad[21总结出的过程模型,该模型如图1所示。
数据 目标数据 处理后数据转换数据 模式 知识 图1 Fayyad过程模型 该模型主要分为如下的5个步骤: (1)数据选择 这是数据挖掘过程的第一步,该步骤完成从现 有的数据中选择出对本次数据挖掘有关的数据。 显然与本次数据挖掘无关的数据无需被选择进入 该过程。 (2)预处理 数据的预处理包括数据清洗、集成等。在实际 的应用中,数据的分布情况往往不能达到理想的状 况。比如噪音数据、数据缺失、不一致数据等。这些
MODERN COMPUTER 2眦12
现 代 计 算 机
总 第
七 七 期
维普资讯 http://www.cqvip.com 研究与开发 数据如果直接输入给数据挖掘的过程,显然会给挖 掘算法带来很多不确定性的因素。我们可以通过 统计分析、回归分析、数据拟合等方法清除或者填 充这些不一致的数据,从而为下一步的处理提供良 定(Well—Defined)的数据。 (3)数据转换 经过预处理后“干净”的数据,还要经过数据转 换成数据挖掘算法需要的数据格式。一般来说,数 据挖掘算法往往不需要原始的数据,而是具有初步 语义特征的数据。 (4)挖掘 通过设计合适的数据挖掘算法,应用于经过清 理和转换后的数据,从中抽取数据的模式特征 (Data Pattern)。这个模式就是“知识”。 (5)解释和评估 数据挖掘出的知识往往是计算机的内部表示, 因此需要以适当的可视化技术来向用户展示这些 知识,并且对挖掘出的知识做出量的评估。 注意到Fayyad模型是一个迭代的过程。如果 该过程的某个阶段K的输出与实现的预计有出入 或者未达到预期的效果,则需要用户重复以前的工 作,即重复阶段K—l的工作或者重复阶段l到阶 段K—l的所有工作。实际应用中,往往需要根据实 际数据情况和挖掘目标调整该模型的实施过程。 2 PACS系统上的数据挖掘 PACS系统中占主体地位的是医学图像数据, 因此找出这些医学图像数据和对应的诊断信息之 间的关系,成为我们的主要挖掘目标。图2是笔者 采用的挖掘体系结构。 图2 PACS数据挖掘结构 (1)图像数据的特征抽取 图像内容获取是计算机视觉和人工智能的一 个研究领域,目前的方法主要是根据图像数据的特 征来进行模式的识别,从而获得统计上的语义特 征。图像数据的主要特征包括:颜色、纹理、空间特 征等。颜色是使图像中对象识别变得简单的强有 力的特征。纹理可用于不同表面和其他信息,包括 形状和运动等的区分,并反映一些抽象概念,如:均 o MODERN COMPUTER 2003.12 匀性,密度,方向、频率等。空间特征主要指图像上 两个或多个语义实体之间的空间位置关系,比如上 下左右等。 在我们的实现中,通过一些图像的预处理技术 后将图像映射到一个矩阵A上。矩阵A的定义如下
A罂j,
m=图像高度,n=图像宽度,aii表示图像对应点灰度值 因此,对图像特征的提取转换为对该图像对应 矩阵的数值分析。由于A(m}n)矩阵可能过大,比 如一幅512x512的图像,则该矩阵有m=512行和 n=512列,其数据的计算量是非常大的。实际中,我 们将该矩阵进行分块,如下所示:
A= all a12- --
般采取均匀分块方式,如4:Ic 4,16:Ic 16等。 我们采用64x64的均匀分块方式,即s=t=64。如果 A的大小为1024:Ic 1024,则每个分块 的大小为 16x16。通过对每个分块进行特征的提取并将这些 特征值保存在数据库对应该图像的记录。每条记 录称为该矩阵A的一个事务: T_iImagelD。Matn'xlnfo。 。 ,…。 l 其中Matrixlnfo保存A的分块信息,特征Fl… Fn是从图像中抽取得特征数字。对图像特征的描 述有很多方式,主要有:
平均值: =∑ ,7。 a EAst 用来描述一组像素灰度的均值;
标准方差:F曲: 用来描述该块图像与其平均值的离散程度; 偏斜度: = ∑\gF妯i-X )。,
维普资讯 http://www.cqvip.com 用来描述该块图像灰度值以平均值为中心的 不对称程度; 峰度: = ∑x ̄x/4— 3(n一1) (几一2)(几一3)’ 该特征值描述了该块图像与其正态分布的尖 锐度或者平坦度。 关于图像矩阵A及其分块阵A 的数学描述, 都从某一个角度反映了图像的像素点分布特征;而 像素点的分布又直接反映出图像的某种纹理分布、 亮度分布特征。因此,选择适当的特征值组合成图 像的事务T,存放到数据库中供关联规则挖掘算法 进行处理。 (2)病案资料分类 病案资料主要包括患者的诊断信息。以肺炎 患者为例,诊断的检查所见结论通常有肺野纹理增 多、纹理粗乱、门影增浓、膈面光滑等;诊断结论通 常有左(右)下肺炎、左(右)上肺炎、双下(上)肺炎 等。通过从病案资料库中提取出如上所示的关键 词,并将这些关键词作为结论向量D与其对应的 图像事务T一并存人数据库中。这里D的定义为: D=( 。扇,…, ,DI, ,…, ) 其中EI表示医生对图像的检查所见,而 表 示诊断结论。注意这里的D是一个向量而不是一 个集合。也就是说D中元素的权值和先后顺序是 相关的。 (3)关联规则挖掘 关联规则(Association Rule)挖掘是数据挖掘 领域中开展得比较活跃的一个区域。关联规则以 事务为研究对象,它的问题描述如下: 设I={il,i2,……,im1是m个不同项的集合,D 为一事务集,其中每一事务T∈I是一组项集,且有 唯一标识1'ID。X为某些项的集合,如果X∈T, 则称事务T包含X。关联规则表示为X—Y,其中 X I,Y I,且XnY=O,X称为规则的前提,Y为结 果。项集中项的数量称为项集的长度,每一项集都 有一称为“支持度”(Support)的统计度量。对于X, X∈I,若事务集D中包含X的事务个数为S,则 Support(X)--S。 对于事务集D,规则X—Y的置信度(Co ̄fi— dence)定义为: confidence(X--,Y) ̄upport(XLJY)/support(X)=P(Y[X) 研究与开发 规则X—Y的支持度定义为: support(X--- ̄Y)=D中包含(XuY)的事务的百分比 =P(XUY) 挖掘AR就是找出这样一些规则,它们的支持 度和置信度分别大于用户指定的最小support和 confidence限度,这个限度成为阀值。因此,关联规 则的挖掘可分解为以下两步: ①产生所有支持度大于指定最小支持度的项 集,称之为频繁集(Frequent Item Set)L,其他则称 为非平凡集; ②用频繁集来生成所希望的规则。 最著名的关联规则数据挖掘算法是Agrawal, R.提出的Apfiofi算法。它利用所谓的Apfiofi性质 压缩搜索空间,提高频繁项集产生的效率。大多 数比较成熟的算法基于Apfiofi算法。 典型的关联规则算法是Apfiofi算法,该算法 描述如下: 连接运算的定义为:用 自连接得到候选集Ck。 修剪:一个k一项集,如果他的一个k一1项集 (他的子集)不是频繁的,那他本身也不可能是频 繁的。 Apfiofi算法的伪代码:
:大小为k的候选集 厶:大小为k的频繁集 L {frequent items}; for(七=l;厶!:o;“+)do begin l=candidates generatedfrom for each transaction t in databa¥e do increment the count of all candidates in l 上 l=candidatesin C withrain support End return Ut厶
上面代码中生成候选集的算法有很多,可以参 考文献[1]。 如果直接将T和D中涉及到高维数据集交由 Apfiofi算法,将会带来运行时空代价的增高,所以 要进行多维数据的约简(High Dimensional Data Re— duction)。可以运用粗糙集嘲的方法对属性进行规 约,进一步将对象按属性约简归类,可以为每一类 对象提供一个支持度区间,从而减少多维数据的高 复杂性。 为提高Apfiofi算法的有效性,已经提出了许 多Apfiofi算法的变形,融合如散列项集计数,事务