在食品加工过程中“微污染源”很多，如何防止食品被污染乃是一重要课题。霉菌作为为微污染源中的一种，如果不加以控制势必会影响到食品质保期的长短，那又如何控制霉菌污染
与霉菌的生长繁殖关系密切的有水份、温度、基质、通风等条件。
1、湿度、水分、水活性
食品工厂通常为高湿度的环境, 而高湿度环境下霉菌易生长。此外, 食品中的水含量及水活性高时, 霉菌也容易生长。大部分霉菌于湿度90 %以上, 水含量18 %以上容易生长。2、温度
温度与湿度一样是重要因子。细菌通常于30～37 ℃生长, 而霉菌最适生长温度为25～30 ℃。
3、氧
霉菌为绝对好气性微生物, 于通气良好环境下生长较好, 故厌氧下其生长可被抑制。
4、食品原料中的营养成分
食品原料为霉菌的重要营养源, 故许多工厂的霉菌污染常来自食品原料。细菌主要在以蛋白质为主要成分的动物性食品中繁殖。而霉菌则在以碳水化合物为主要成分的植物性食品原料中繁殖。
三、霉菌污染食品的条件
1、通过包材的污染，如包装或罐装食品的包装袋、包装瓶、瓶盖等，若杀菌不彻底，则其残留的霉菌素则会直接污染食品。
2、空气中霉菌的二次污染，如空气中滋生的霉菌、人员走动时地面扬尘中含有的细菌、空调或新风管道中吹出的细菌等。
3、操作人员自身的二次污染，如手部消毒不彻底、不洁净衣物接触食品等。
4、设备、容器的交叉感染，如设备、容器清洗消毒不彻底，不按规定流程定期清洗等、消毒液选用不当或使用剂量不够等。
四、霉菌的控制措施
1、首先要保持生产车间的内部工具的清洁和卫生，注意对一些卫生死角进行严格的卫生清理和保持（每半月实施一次深度清洁）：如操作案面的背面，天花板、墙壁、制冷风机的卫生清理，清理卫生后所有的墙壁、天棚、设备、器具、案面表面要用酒精擦两遍以上，尤其注意清理制冷风机的散热片和冷气的出风口以及内部电机叶片，这是一个很容易忽视的角落。
2、对生产车间霉菌有控制，首先必须控制车间的温度和湿度，温度在24度以下，湿度在55％以下，因为过高的温湿度会促进霉菌的生长。
3、在生产时，采用NICOLER动态空气消毒设备对空气消毒,此设备可以在有人的情况下对生产车间进行消毒，代表性企业为上海康久环保科技有限公司，市场占有率高达80%。晚上工人下班后采用臭氧或紫外线对空气消毒，防止空气中滋生细菌累加到白天造成对产品不利，因为一个细菌在24小时内会繁殖成百上千甚至上百万细菌。
4、每天班前、班后对车间内部墙壁、风机、下水道、案面、手部、围裙套袖、预冷库和库门、速冻库门、包装室、工器具消毒间使用75%的酒精喷洒消毒，班中每2小时对风机、墙壁、下水道实施75%的酒精喷洒，杀灭霉菌。
5、人员的工作服、更衣室等，必须保持卫生清洁，定期清洗和进行紫外线或臭氧杀菌30分钟以上，防止人为造成霉菌的交叉污染（不可在有人情况下杀菌）。
6、保证车间风机的正常运转，保证车间内部空气能够达到要求指标，空调的换气程度好坏直接影响到霉菌的产生。如果车间能保证及时将含有大量水份的空气排出车间，则极大程度缩小了可能存在霉菌的可能性。若有条件的厂家，建议在新回风管道内安装动态杀菌装置，防止管道内壁、过滤器及空调表冷器滋生细菌，给食品安全形成卫生隐患。
