分子生物学基本技术
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1分子生物学研究技术核酸电泳
分子杂交
PCR技术
DNA测序
基因工程基本操作过程
磷酸基团带负电荷
酶解片段向阳极移动
电场驱动力和凝胶阻力
——不同迁移率
分子量标准参照物一、核酸电泳
Figure3.13
Partial unwinding of
the DNA double helix
by EtBrintercalation
between adjacent base
parirs.
300nm 紫外光能够激发
EtBr放出荧光。EB如何与DNA结合?
凝胶的分辨能力同凝胶的类型和浓度有关。琼脂糖
凝胶分辨DNA片段的范围为0.2-50kb;而要分辨较小
相对分子量的DNA片段,则要用聚丙烯酰胺凝胶,
其分辨范围为1-1000bp。凝胶浓度的高低影响凝胶
介质孔隙的大小,浓度越高,孔隙越小,其分辨能
力的就越强。反之,浓度降低,孔隙就增大,其分
辨能力也就随之减弱。
2二、DNA的序列分析
GATC排
序酶法
DNA聚核酶能够利用单链的DNA作模板,
合成出准确的DNA互补链。原
理
DNA聚核酶利用双脱氧核苷酸作底物,
使之掺入到核苷酸链3`-末端,从而终
止DNA链的生长。
3测序步骤:
①用M13噬菌体做载体获得单链DNA模板,克隆并扩增
待测DNA片段,使其变性。
②选择一条与DNA单链互补的短链引物,将引物用放
射性同位素标记。
③引物先同单链模板复性。
④在四个反应管中分别加入待测DNA单链模板、互补
引物分子、四种的dNTP、DNA聚合酶(Klenow酶)以
及不同的ddNTP。
⑤进行聚合反应,DNA新生链延长,当掺入ddNTP
时,聚合反应终止。
⑥在聚丙烯酰胺凝胶或琼脂糖凝胶中电泳。
⑦根据X底片对凝胶曝光所显的条带位置,读出DNA
序列。
5ˊP
P 5ˊ3ˊHOOH 3ˊ
5ˊPOH 3ˊ
P325ˊ5ˊPOH 3ˊ
HODNA聚合酶,
dATP,
dTTP,
dGTP,dCTP
ddGTPddATPddTTPddCTP制备单链DNA
加放射性引物ddGTPddATPddTTPddCTP
5 ˊ32P -GTCATGTGCTAG
5 ˊ32P GTCATGTGCTA
5 ˊ32P GTCATGTGCT
5 ˊ32P GTCATGTGC
5 ˊ32P GTCATGTG
5 ˊ32P GTCATGT
5 ˊ32P GTCATG
5 ˊ32P GTCAT
5 ˊ32P GTCA
5 ˊ32P GTC
5 ˊ32P GT
5 ˊ32P G聚合产物分别在
4个泳道电泳
从下到上依次读出DNA
片段的核苷酸序列
T
A
G
C
A
C
A
T
G
A
C5`3`A
T
C
G
T
G
T
A
C
T
G反向
互补5`
3`化学法
利用化学试剂处理具有末端放射性标记
的DNA片断,造成碱基的特异性切割。由
此产生的一组具有不同长度的DNA链的反
应混合物,经凝胶电泳按大小分离和放
射自显影,便可以根据X光底片上所显现
的相应带谱,直接读出待测DNA片断的核
苷酸序列。原
理
4Maxam-Gilbert测序法的特异断裂
32P32PATCGATCG
32PATCGAT
ATCGAT
Specific Reaction to G化學法
無放射線片段
不能顯像
断裂处断裂处
ATCGATCGATG反应:DMS使鸟嘌呤的7位氮原子甲基化,其
后断开第8位碳原子和第9位氮原子间的化学键,
哌啶置换了被修饰鸟嘌呤与核糖的结合。
G+A反应:甲酸使嘌呤环上的氮原子质子化,
削弱了腺嘌呤脱氧核糖核苷酸和鸟嘌呤脱氧核糖
核苷酸中的糖苷键,然后哌啶置换了嘌呤。
T+C反应:肼断开了嘧啶环,产生的碱基片段
能被哌啶所置换。
C反应:在NaCl存在时,只有C才能与肼发生反
应,随后被修饰的胞嘧啶被哌啶置换。
测序步骤:
①先用限制性内切酶把DNA切成100—200bp 的
测序材料;
②用碱性磷酸化酶处理该片段,消除5′末端
上的磷酸;
③在5′-OH端标记32P,用多核苷酸磷酸激酶催
化;
④标记片段变性为单链;
⑤化学试剂在特定碱基位置降解单链DNA,产
生一组长度不等的DNA片段;
⑥经电泳和放射性自显影后,从4个反应系统
统一阅读,待测DNA的全部核苷酸序列就可直
接读出。5ˊP
P 5ˊ3ˊHOOH 3ˊ
5ˊHO
OH 5ˊ3ˊHOOH 3ˊ
5ˊ32P
P325ˊ3ˊHOOH 3ˊ
5ˊ32POH 3ˊ
硫酸二甲酯甲酸肼肼+NaClGG+AT+CC碱性磷酸
单酯酶除去5ˊ磷酸基
多核苷酸
磷酸激酶γ-32P-ATP
分离单链DNA
分别在4个
试管中进行
特异断裂
GG+AT+CC
5 ˊ32P -GTCATGTGCTAG
5 ˊ32P GTCATGTGCTA
5 ˊ32P GTCATGTGCT
5 ˊ32P GTCATGTGC
5 ˊ32P GTCATGTG
5 ˊ32P GTCATGT
5 ˊ32P GTCATG
5 ˊ32P GTCAT
5 ˊ32P GTCA
5 ˊ32P GTC
5 ˊ32P GT
5 ˊ32P G断裂产物
分别在4个
泳道电泳
从下到上依次读出DNA
片段的核苷酸序列5`3`A
T
C
G
T
G
T
A
C
T
G全自动DNA测序
DNA自动测序仪的应用实现了凝胶电泳、初
始数据获取、碱基阅读等步骤自动化。
自动测序仪的设计原理是采用荧光标记DNA
片段,并用激光激活的荧光探测系统,检
测序列反应的分离产物,读出电泳条带所
示的碱基顺序。
分离产物有两种基本方法:单荧光标记四
泳道分离和四荧光标记的单泳道分离。
5四荧光标记的单泳道分离的测序原理
四标记单泳道法:
ABI公司(美国应用生物系统公司)发展的四
标记单泳道法是用4种不同的荧光标记物标记4
个反应的引物,4个反应在一个泳道中电泳分
离。每个反应产物用不同颜色的荧光标记进行
区分,再用计算机将经过荧光探头的不同颜
色顺序转变成测序信息。
这种同一泳道的分离避免了泳道间差异对测序
的影响。荧光标记物
ddGTPddATPddTTP
ddCTP
聚合反应及产物
OH 3ˊ
P 5ˊ5ˊP
HO
DNA聚合酶,
dATP,
dTTP,
dGTP,dCTPddGTPddATPddTTP
ddCTP
5ˊPddATP
ddGTP5ˊP
ddTTP5ˊP
ddCTP5ˊP单泳道电泳及信号收集
正极
负极
计算机排序
5ˊ
63730
全自动
测序仪Shotgun测序
DNA整体
切成
小段
小段和载体结合
进行扩增、测序
片段重叠排序三、分子杂交
分子杂交(molecular hybredization)
共同特点是:
都是应用复性动力学原理;
都必须有探针的存在
探针是用同位素或非同位素如荧光染
料、生物素等标记的短片段特异DNA
或RNA顺序。
放射性同位素标记法
缺口平移法
随机引物法●
●
非同位素标记法
生物素标记法
酶标记法
半抗原标记法●
●
●分子杂交
1、点杂交:dot blot
2、Southern吸印杂交:Southern blot
3、Northern吸印杂交:Northern blot
4、Western 杂交:Western blot
5、菌落原位杂交
7总DNA
提取酶切电泳
变性成
单链吸印到
膜上固定
杂交压片X光片
显影Southern杂交
确定基因是否转入受体细胞
并整合到受体细胞基因组中。Southern
印迹法DNA分子限制片段限制性酶切割
琼脂糖电泳
转移至硝酸纤维素膜上
与放射性标记
DNA探针杂交
放射自显影带有DNA片
段的凝胶
凝胶
滤膜用缓冲液
转移DNA
吸附有DNA
片段的膜
Northern杂交
确定DNA已经转入受体基因组
中,并已经进行了转录,形成
了mRNA。
基本原理与Southern杂交相
同,但对象是RNA。
RNA极易降解,操作需小心。●
●
●
Western 杂交
用于检测外源基因在转化细胞
中的表达情况,是否翻译成了所编
码的蛋白质。
蛋白
提取电泳
分离转移到
膜上
与抗体
反应显色反应