GBS猪育种手册

目 录 一、 系统简介................................................................................................................................. 1 二、个体号规范 .................................................................................................................................... 1 三、测定性状 ........................................................................................................................................ 1 四、选择指数的计算公式 ................................................................................................................... 2

五、遗传进展分析................................................................................................................................. 2 六、BLUP模型定义 .............................................................................................................................. 2 七、某些性状的定义及计算方法 ......................................................................................................... 4 一、 系统简介 现代家畜育种的主要特征是  全面采用现代动物遗传育种的理论和方法来指导实际育种工作；  广泛应用计算机进行信息管理与分析。 这二者是互相依存的，现代动物遗传育种的理论和方法的实施离不开计算机的支持，而计算机的应用如不与前者相结合就不能充分发挥其作用。将这二者相结合的最佳媒介就是计算机软件，也就是说，将现代动物遗传育种的理论、方法和技术软件化，再通过计算机（结合计算机的信息管理功能）将其体现出来。

种猪育种数据管理与分析系统集种猪个体基本资料和生产性能测定数据的采集、管理与遗传统计分析为一体，应用现代遗传育种理论和方法，将猪育种过程规范化、程序化、定量化。本软件即是实施育种措施的必备工具，又是开展现代育种工作的指南。适用于大中型种猪场或地域性联合育种组织。

本系统可完成种猪个体遗传评定、种猪选配方案制定、群体遗传进展分析、群体遗传参数估计等基本育种工作，还可根据需要打印多种用于育种分析的报表和种猪卡。

二、个体号规范  耳号是场内猪只的编号，由6位阿拉伯数字组成，由各场自行设定，例如可以将前四位设为窝号，后两位设为窝内个体序号。对小于6位数的数字，系统会自动在其前面加0，以补齐6位数。

 在同一场（子公司）、同一年度和同一品种内，耳号不可重复。

 一个个体的个体号（ID）由15个字符组成，其结构如下： XX-XXXXX-XX-XXXXXX

耳号 出生年份 出生场代码 品种代码 其中场代码和品种代码需由系统管理员事先设定，应符合国家统一规定。

 一个个体的个体号应是全国唯一的。

三、测定性状  系统中目前有7种模型可供选择，均为个体动物模型，分别是： - 日龄-背膘厚两性状模型：用于对目标体重日龄和背膘厚同时进行育种值估计； - 总产仔数模型：用于对总产仔进行育种值估计； - 目标体重日龄模型：用于对目标体重日龄进行育种值估计； - 背膘厚模型：用于对背膘厚进行育种值估计； - 饲料转化率模型：用于对饲料转化率进行育种值估计； - 日增重模型：用于对日增重进行育种值估计； - 瘦肉率模型：用于对瘦肉率进行育种值估计。

四、选择指数的计算公式

niiiAwI1ˆ

100

其中iw为第i个性状的标准化的经济加权值，iAˆ为第i个性状的估计育种值，n为指数中所包含的性状数。  目前系统中只定义了两种指数，即父系指数和母系指数，父系指数是用于在杂交体系中对父系品种群体中个体的遗传评定，它包含达100kg体重日龄和背膘厚两个性状，母系指数则用于对母系品种群体中个体的遗传评定，除父系指数中的两个性状外，它还包含了窝产总仔数。

五、遗传进展分析 根据BLUP育种值计算结果和（或）选择指数计算结果，本系统可以对群体的年度遗传进展和表型进展进行分析，也可对不同群体间或品系间的遗传及表型差异进行分析。

六、BLUP模型定义 在进行BLUP育种值计算时，首先要设计一个统计模型，不同的性状需要有不同的模型，本系统已经为一些主要性状设计了模型供用户直接选用，如果有必要，用户也可自行对已定义的模型进行修改或定义新的模型。

1）模型设定 用户可定义模型中应包含的变量和模型的表达式。 模型表达式的基本形式为：

性状 = 变量1 变量2  各变量的排列顺序可以是任意的。如果要考虑各因子间的互作，可在两变量之间加“*”，如 性状 = 变量1 变量2 变量1*变量2 如要在模型中考虑总平均，可在等式右边所有变量前加“INT”，如 性状 = INT 变量1 变量2 变量1*变量2 如果要同时对多个性状进行育种值估计，要分别为每个性状写一个模型表达式。 注意在模型表达式中各变量均须用以英文表示的变量名。

2）遗传参数 在此用户可对模型中随机效应和随机残差的性状间方差-协方差矩阵进行定义。对每个随机效应，其方差-协方差矩阵的定义方式为：

VG_FOR 变量名 方差-协方差矩阵

4）假设检验 假设检验是指对模型中的固定效应进行某种形式的检验，要检验的假设的一般形式为 K’b = m 其中b是模型中固定效应的向量，K’b是b的某个特定的线性组合，m是一个常量。例如如果在模型中有性别效应，我们要检验不同的性别对我们所考察的性状是否有不同的影响，我们的假设就可写为

021sexsex 其中sex1和sex2分别是第一个性别和第二个性别的效应。或者我们要检验两个性别间的差异是否达到了50个单位，可将假设写为

5021sexsex 在本表单下方的方框中，用户可定义所需要的假设检验。定义的基本形式是：

HYPOTHESIS CONTRAST = 常量 地址 系数

其中的“HYPOTHESIS”和“CONTRAST”为系统关键字，“常量”即为上述假设中的m（如上例中的0或50），“地址”为在假设中包含的各效应在混合模型方程组的解向量中的位置，“系数”为在假设中各效应要乘以的系数。假设在上例中sex1和sex2在解向量中的位置分别为10和11，则可将假设定义为

HYPOTHESIS CONTRAST = 0 （或50） 10 1 11 -1

用户可定义多个假设，每个假设都以 CONTRAST = 常量 开始。每个假设最多可包含50个效应。 说明：  确定经济加权值是一项复杂的工作，它需要遗传育种和经济学方面的专业知识，还需要进行大量的市场调查，我国目前还缺乏这方面的工作，本系统中为“父系指数”和“母系指数”设定的经济加权值是借用加拿大猪改良中心目前所采用的加权值。

七、某些性状的定义及计算方法 达100kg体重日龄：受测猪体重在80～105kg范围时称重，记录日龄，按如下校正公式转换成达100kg体重日龄（借用加拿大的校正公式）： 校正日龄 ＝ 测定日龄－[（实测体重－100）/ CF] 其中：

)(714615.1)/()(826040.1)/(公猪测定日龄实测体重公猪测定日龄实测体重

CF

 当待测猪体重超出80～105kg范围时，不能使用此校正公式。 100kg体重活体背膘厚：在测定100kg体重日龄时，同时测定100kg体重活体背膘厚。采用B超扫描测定倒数第3～4肋间处的背膘厚，以毫米为单位。不具备B超的单位，目前暂可采用A超测定胸腰结合部和腰荐结合部距背中线两侧5厘米处的膘厚（共4点），取其平均值。然后最后按如下校正公式转换成达100kg体重的活体背膘厚： 校正背膘厚 = 实测背膘厚×CF 其中：

)()]}100([{)()]}100([{母猪实测体重公猪实测体重BAABAAADJ

CF

其中的ADJ、A和B由下表给出： 品种 公猪 母猪 ADJ A B A B 约克夏 1.0981 12.402 0.106530 13.706 0.119624 长白猪 1.1068 12.826 0.114370 13.983 0.126014 汉普夏 1.1086 13.113 0.117620 14.288 0.124425 杜洛克 1.1501 13.468 0.111528 15.654 0.156646

 当待测猪体重超出80～105kg范围时，不能使用此校正公式。 达50kg体重日龄：受测猪体重在40～60kg范围时称重，记录测定时的日龄，并用校正公式转换成达50kg体重日龄。目前国内外尚无此校正公式的参考资料，因此本系统尚不能记录并分析这一