质谱法基于PCR扩增中的碱基延伸反应，在紧挨SNP位点处设计一段探针。反应体系中不含dNTP，仅有ddNTP，使扩增引物仅在SNP位点处延伸一个碱基即终止。而4种ddNTP分子量不同。根据SNP位点的不同，引物延伸时将结合不同的ddNTP，从而具有不同大小的分子量，这种分子量差异即可被质谱仪检测出，从而实现SNP分型的目的。此外，在需要进行多重反应同时检测多个SNP位点的实验中，可将不同位点的引物长短进行梯度设计，即可同时进行数十个位点的基因分型。MassARRAY时间飞行质谱生物芯片系统由美国Sequenom公司开发，是目前唯一采用质谱法直接检测SNF，的设备。该仪器可以对数十到数百个SNP位点进行数百至上万份样本的基因分型。如SNP位点大于20个，采用MassARRAY是最经济、快速的方法，可以对95％以上的已被证实的SNP进行实验设计，准确度超过99. 7％。
SNPstream基因分型技术利用两条扩增引物和一个单碱基延伸引物，在特制的384孔板上杂交标记的延伸产物，每个微孔可检测12或48个SNP位点。此技术分型准确率高，具有中等通量，需要的样本DNA少，引物及探针可直接提交Beckman公司设计。但当标本数量较少，及每个样本检测位点少或为非12的倍数时，将会增加实验的成本。SNPsream系统不能同时枪测不同的杂台类型。SNPsream采用双色荧光检测技术，一次只能检测一种A／T或A／C的杂合子。
SNPlex是基于基因分析仪的高通量SNP分型方法，利用OLA-PCR技术提高通量，不同长度的ZipDChute杂交探针电泳分析结果，可在96／384孔板操作，每个样本可行48重检测。其具有中等的位点通量和高样本通量，从而降低了实验成本。并且此技术是基于现有的ABI 3730XL、3730和3130XL基因分析仪，从而使该平台整合了序列分析和基因分析的功能。在较大候选区域组关联分析时可选用SNPlex。
SNaPShot也称微测序技术，采用单碱基延伸反应原理，主要基于在DNA聚合酶作用下，加入单个与多态性碱基互补的带有不同颜色荧光标记的ddNTP，通过检测荧光信号进而检测与ddNTP互补的核苷酸序列。其操作过程与一代测序类似，检测阶段是在遗传分析测序仪(例如ABI 3730 XL)上进行，其准确性基于DNA聚合酶的特异性，可以同时检测10～30个位点。但检测多重位点时，必须要求每个位点带以不同长度的引物(晟好相差4～6个碱基)，才能在电泳阶段区分出不同位点的核苷酸序列。SNaPShot技术平台的优点在于引物和探针的合成的周期短，位点分型的成功率和准确率大于95％，不受样本量的限制，不受SNP多态性限制，适宜于中通量的SNP筛选和高通量的SNP验证。
