猪链球菌II型检验方法pdf
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目 录摘要 (1)ABSTRACT (3)缩略词表 (5)1 文献综述 (6)1.1猪链球菌2型研究进展 (6)1.1.2猪链球菌2型概述 (7)1.1.3 猪链球菌2型致病机制研究进展 (7)1.1.3.1 SS2的定植及其在血液中的散播 (8)1.2差异表达基因的研究方法 (10)1.2.1 mRNA差异显示技术(mRNA DD) (10)1.2.2抑制性消减杂交技术(SSH) (11)1.2.3基因表达系列分析技术(serial analysis of gene express, SAGE) (12)1.2.4生物芯片技术(Biochip) (13)2研究目的与意义 (15)3试验材料及方法 (16)3.1试验材料 (16)3.1.1菌种 (16)3.1.2实验动物 (17)3.1.3细胞系 (17)3.1.4 主要试剂及药品 (17)3.1.5 主要仪器 (18)3.1.6培养基及缓冲液配制 (19)3.2试验流程及方法 (19)3.2.1猪链球菌2型的培养 (19)3.2.2猪链球菌2型计数 (19)3.2.3仔猪人工感染实验 (20)3.2.4 组织样采集和细菌血清型鉴定 (20)3.2.5 RNA提取和芯片杂交 (21)3.2.5.1RNA提取 (21)3.2.5.2 RNA纯化 (21)3.2.5.3 cDNA第一链合成 (22)3.2.5.4cDNA第二链合成 (22)3.2.5.5双链cDNA纯化 (23)3.2.5.6生物素标记cRNA (23)3.2.5.7 cRNA纯化 (24)3.2.5.8 cRNA片段化 (24)3.2.5.9芯片杂交 (25)3.2.5.10芯片清洗染色、扫描 (25)3.2.6差异表达基因的聚类分析 (26)3.2.7荧光定量基因PCR对芯片数据检验 (26)3.2.7.1荧光定量PCR基本原理 (27)i3.2.7.2RNA提取 (27)3.2.7.3 cDNA合成 (27)3.2.7.4引物的设计合成 (28)3.2.7.5cDNA PCR扩增鉴定和RNA样品中DNA检测 (28)3.2.7.6荧光定量反应 (28)3.2.8 差异表达基因功能分析 (29)3.2.9差异表达基因在细胞水平中的荧光定量分析 (29)3.2.9.1细菌培养 (29)3.2.9.3细菌与细胞的相互作用 (30)3.2.9.4 RNA提取 (30)3.2.9.5 cDNA合成 (30)3.2.9.6引物的设计与合成 (31)3.2.9.7 DNA去除 (31)3.2.9.8差异表达基因在细胞水平的荧光定量分析......................31_Toc2632708143.2.10差异表达基因真核表达载体的构建 (31)3.2.10.1引物设计与合成 (31)3.2.10.2目的基因扩增 (32)3.2.10.3 PCR产物回收及纯化 (32)3.2.10.4目的基因TA克隆 (33)3.2.10.5感受态制备 (33)3.2.10.6连接产物及质粒的转化 (33)3.2.10.7质粒的小量制备 (33)3.2.10.8重组质粒的鉴定 (33)3.2.10.9真核质粒pcDNA3.1—ODC和pcDNA3.1—P38的构建 (33)4试验结果与分析 (36)4.1仔猪发病症状 (36)4.2组织样品采集和分离菌的鉴定 (36)4.3 RNA质量检测及芯片杂交 (36)4.4芯片杂交结果 (38)4.5差异表达基因的聚类分析 (39)4.6芯片结果的荧光定量PCR验证 (40)4.7差异表达基因的功能分析 (41)4.7.1差异表达基因GO和pathway 分析 (41)4.7.2差异表达基因分析 (43)4.8差异表达基因在细胞水平的荧光定量分析 (45)4.9 ODC和P38真核表达载体的构建 (45)5讨论 (47)6全文小结 (49)参考文献 (50)致谢 (60)ii摘要猪链球菌(Streptococcus suis)属于革兰氏阳性菌,共分为33个血清型中,在所有血清型中,猪链球菌2型(Streptococcus suis type2,SS2 )毒力最强,流行也最广。
猪链球菌2型及其毒力因子检测多重PCR的建立与应用
猪链球菌2型及其毒力因子检测多重PCR的建立与应用
根据相关文献设计并合成引物,建立了能同时检测猪链球菌2型(cps)及其重要毒力因子溶菌酶释放蛋白(mrp)和细胞外因子(epf)的多重PCR方法.目的片段的大小分别为885 bp(mrp)、675 bp(cps)和443 bp(epf).对参考菌株、人工攻毒病料和临床收集病料的检测结果显示,该多重PCR特异性强、敏感性高,可直接从临床病料中检测出猪链球菌2型,并能鉴定其毒力因子表型.
作者:马清霞何孔旺陆承平 MA Qing-xia HE Kong-wang LU Cheng-ping 作者单位:马清霞,MA Qing-xia(南京农业大学,动物医学院,江苏,南京,210095;江苏省农业科学院兽医所农业部畜禽疫病诊断重点开放实验室,江苏,南京,210014)
何孔旺,HE Kong-wang(江苏省农业科学院兽医所农业部畜禽疫病诊断重点开放实验室,江苏,南京,210014)
陆承平,LU Cheng-ping(南京农业大学,动物医学院,江苏,南京,210095)
刊名:中国兽医学报ISTIC PKU 英文刊名:CHINESE JOURNAL OF VETERINARY SCIENCE 年,卷(期): 2006 26(1) 分类号: Q78 S852.61 关键词:猪链球菌2型毒力因子多重PCR。
荧光实时定量PCR方法检测猪链球菌2型孙洋;刘军;郭学军;李树民;祝令伟;冯书章【期刊名称】《中国兽医学报》【年(卷),期】2008(28)1【摘要】以猪链球菌2型的荚膜多糖抗原编码基因cps2J为靶基因设计引物,利用SYBR GreenⅠ能特异地与双链DNA结合发出荧光的特性,以ABI7000为平台,建立荧光实时定量PCR检测猪链球菌2型的方法。
该方法检测猪链球菌2型参考株和猪链球菌2型国内分离株都呈阳性,具有良好的特异性。
整个检测过程于2h内完成,检测限度为24CFU,标准曲线的相关系数为0.997。
对5份采集于猪链球菌2型病猪的病料进行检测,结果表明肝脏和脾脏最适于检测。
【总页数】4页(P55-57)【关键词】猪链球菌2型;荧光实时定量PCR;检测【作者】孙洋;刘军;郭学军;李树民;祝令伟;冯书章【作者单位】吉林大学畜牧兽医学院;军事医学科学院军事兽医研究所【正文语种】中文【中图分类】S852.61【相关文献】1.荧光定量PCR检测猪肝中猪链球菌2型的基因组DNA提取方法的比较 [J], 凌淑萍;赵健;陈国;叶宇飞;许秀琴;吕燕;吴银良2.荧光定量PCR检测猪链球菌2型主要毒力因子方法的建立 [J], 凌淑萍;赵健;陈国;叶宇飞;许秀琴;吕燕;吴银良3.实时荧光PCR检测Ⅱ型猪链球菌方法的建立 [J], 罗宝正;薄清如;陈竞帆;徐海聂;杨素;杨建允;沙才华;廖秀云4.猪链球菌2型实时荧光定量 PCR 检测方法的建立与应用 [J], 李建达;刘俊珍;杜以军;李俊;杨灵芝;王金宝;吴家强;于江;张玉玉;任素芳;陈蕾;郭立辉;孙文博;陈智;王淞5.双重实时荧光PCR快速检测猪链球菌2型方法的建立及应用 [J], 王伟伟;王君玮;李林;赵永刚;赵云玲;邓俊良;王志亮因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
猪链球菌病诊断技术1 范围本文件规定了样品采集、保存与运输,猪链球菌病临床诊断,猪链球菌和马链球菌兽疫亚种分离培养和生化鉴定,猪链球菌通用PCR试验和通用荧光PCR试验,马链球菌兽疫亚种PCR试验和荧光PCR 试验,猪链球菌2 型、7 型、9 型PCR试验,猪链球菌2 型、7 型、9 型荧光PCR试验,猪链球菌2 型、7 型、9 型玻片凝集试验的技术要求。
本文件适用于猪链球菌病的诊断、检疫、检测、监测和流行病学调查等。
2 规范性引用文件下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款,其中,注日期的引用文件,仅该日期对应的版本适用于本文件;不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用本文件。
GB 19489 实验室生物安全通用要求GB/T 6682 分析实验室用水规格和试验方法GB/T 4789.28 食品卫生微生物学检验染色法、培养基和试剂NY/T 1981 猪链球菌病监测技术规范3 术语和定义3.1 猪链球菌Streptococcus suis, S. suis猪链球菌是链球菌属(Streptococcus)的一个种,是猪链球菌病的主要病原之一,根据其荚膜多糖抗原的差异,可分为29种传统血清型(1-19、21、23-25、27-31、1/2)、Chz血清型和多种新荚膜基因簇菌株(NCLs)及部分未定型菌株。
3.2 马链球菌兽疫亚种Sterptococcus equi s ubsp. zooepidemicus, S. equi s ubsp. zooepidemicus马链球菌兽疫亚种是链球菌属(Streptococcus)的一个种,在链球菌兰氏分群(Lancefiled grouping)中属于C群,是猪链球菌病的病原之一。
3.3 猪链球菌病Streptococcosis猪链球菌病是由链球菌属部分种的链球菌引致的以败血症、脑膜炎、肺炎和关节炎等为主要临床症状的猪传染性疾病,其主要病原是猪链球菌的某些血清型(主要为2、7和9 型)和马链球菌兽疫亚种,此外,兰氏分群中D、E、L群的一些链球菌也可引起猪链球菌病。
II型猪链球菌检测方法介绍
自1968年国际上首次报道猪2型链球菌引起人类严重感染病例后,至1989年,国外共报告了108例猪2型链球菌所致人类感染的病例,1994年、1997年及1999年国外又相继有该菌引致人类严重感染及死亡病例的报道。
我国1990年在广东省首次发现猪群中有类似II型链球菌病,但未见人间感染发病。
1998年~1999年,在江苏省和浙江省部分县(市),先后两次爆发了猪急性败血症。
共有上万头猪发病,同时还传染给从业人员几十人,发生脑膜炎、关节炎及中毒性出血性休克征病例,病人出现多脏器功能损害,并先后从病人和病猪中分离出猪链球菌菌株,经鉴定为猪II型链球菌,人源株与猪源株为同源性。
2005年6月下旬,四川省资阳、内江等地区有近80例患者急性发病,出现中毒性休克、DIC、脑膜炎,有12例重症患者死亡,经鉴定为猪II型链球菌感染。
目前,该菌已成为我国当前引起人兽共患病的一种重要的新病原菌。
猪链球菌归类于链球菌属,菌体呈卵圆形,短链状排列,革兰染色阳性,兼性厌氧,在羊血平板上呈α溶血,部分在马血平板上呈β溶血,菌落细小。
引起人和猪发病的猪链球菌以Lancefield血清群R群血清型2型为主,溶菌酶释放蛋白(MRP)和细胞外蛋白因子(EF)是两种重要的毒力因子。
猪链球菌病是一种人畜共患的急性、热性传染病。
人与病猪密切接触或食用未煮熟的病猪肉制品时猪链球菌可通过人体伤口、消化道等途径传染给人,出现脑膜炎、关节炎、持久性听力缺失,严重者可导致中毒休克综合征并引起死亡。
早期临床诊断疑为:炭疽病、流行性出血热、钩体病、链球菌引起的猪肺疫及O157:H7出血性大肠杆菌等细菌性病原体引起的疾病。
因此病原体的分离和鉴定对疾病的确诊、预防和控制十分重要,本文简单介绍猪链球菌II型的检验程序。
一、病原分离
1、可采集病人的血,腹水,脑脊液或者是尸检标本;病、死猪的肝脏、脾脏、腹水、心血,4℃保存。
2、制作肝脏、脾脏的触片,或用腹水、血液、脑脊液涂片,火焰固定后进行革兰染色,油镜下观察是否有成对或短链状革兰阳性球菌。
3、将标本接种于选择增菌培养液(含15 μg /ml多粘菌素B,30 μg /ml萘啶酮酸的脑心培养基),或直接划线接种于含两种抗生素的羊血琼脂平板,置于5%CO2培养箱或蜡烛缸中37℃培养。
二、生化反应
1、普通实验室可以重点做V-P试验,七叶苷水解试验,6.5%的氯化钠生长试验,45℃﹑10℃生长试验,胆汁耐受试验(麦康凯培养基)。
如结果依次为阴性、阳性、阴性、阴性、阴性、阴性,可初步判定为猪链球菌。
同时送相关实验室做进一步鉴定。
具有参考价值的鉴定项目有:
1)生长特性
10℃45℃ 6.5%NaCl PH9.6 麦康凯培养基
不生长不生长不生长不生长不生长
2)生化试验
V-P 马尿酸盐甘露醇甘露糖山梨醇阿拉伯糖核糖———————
七叶苷乳糖精氨酸葡糖海藻糖棉子糖淀粉+++++++
2、可用市售的产品化的鉴定系统进行鉴定。
例如,API生化鉴定系统的API-strep手工鉴定条可鉴定到种,复星佰珞BioFosun微生物鉴定系统可直接鉴定到血清型。
三、药敏试验
根据NCCLS琼脂稀释法、或药敏纸片法的操作要求进行。
四、血清学检测
1、用兰氏分型乳胶凝集链球菌试剂盒进行分群。
2、用猪链球菌35个分型血清进行分型:
取一滴猪链球菌诊断血清悬滴于载玻片上,与一滴菌悬液充分混合,或用接种环(牙签也可)刮取单个菌落直接与血清混合,观察是否出现凝集反应,同时用生理盐水做对照。
五、分子生物学鉴定(PCR检测和序列分析)
提取增菌液中的细菌基因组DNA,或挑取血平板上的可疑菌落,进行PCR检测。
取5μl 扩增产物在1-2℅的琼脂糖凝胶中进行电泳,观察结果。
附:猪链球菌II型检测操作流程图
说明:检验过程中涉及样品和活菌的操作需严格注意生物安全。
病人或动物检样
(血液、脑脊液,腹水、实质脏器等)
血清学检测
革兰氏染色
(见G +成对球菌、短链或长链球菌)。