微生物学1010微生物的分类和鉴定

草鱼肠道中弗氏柠檬酸杆菌的分离鉴定与PCR-SSCP分析
郑璐1，吕爱军1*，胡秀彩2，曹成亮1，蒋继宏2 (1.徐州师范大学生命科学学院，江苏 徐州 221116； 2.江苏省药用植物生物技术重点实验室，江苏 徐州 221116)
摘要：从草鱼（Ctenopharyngodon idellus）肠道中分离到3株细菌，暂时编
亚种(subspecies, subsp) 亚种是进一步细分种时所用的单元，一般指除 某一明显而稳Biblioteka Baidu的特征外，其余鉴定特征与模 式种相同的种，是变种的同义词。
例2：酿酒酵母椭圆变种 Saccharomyces cerevisiae var．ellipsoideus
（五）菌株(strain) 又称品系（在非细胞型的病毒中则称毒株或株），表示 任何由一个独立分离的单细胞（或单个病毒粒）繁殖而 成的纯遗传型群体及其一切后代。 模式菌株（Type strain)：是一个种的具体活标本，必须是 该菌种的活培养物，是由一个被指定为命名的模式菌株 传代而来。
(三)有关学名的其他知识
1 .属名 是一个表示该微生物主要特征的名词或用作名词的 形容词，单数第一个字母应大写。 芽孢杆菌属：Bacillus 可缩写成B. 或 Bac. 2、种名 种名加词又称种加词，它代表一个物种的次要特征。 字首一律小写，可由形容词或名词组成， B. subtilis 。
（四）种(species) 种是一个基本分类单元，是一大群表型特征高度 相似、亲缘关系极其接近、与同属内的其他物种 有着明显差异的一大群菌株的总称。 典型菌株(type strain)、模式种(type species)
型（form）： 一般特性很难加以区分，某种特殊 的特性可以区分。
如：结核菌的人型、牛型、禽型。
斑马鱼肠道中一株红酵母（Rhodotorula）的鉴定与系统发育 分析
戚冰洁 胡秀彩 顾丹 梁爽 吕爱军* （徐州师范大学生命科学学院，江苏 徐州 221116） 摘要：采用马铃薯葡萄糖培养基（PDA），从野生斑马鱼肠道中分离到 一株酵母菌，编号为ZF-2，进行形态学观察、生理生化特征、PCR扩增 26S rDNA D1/D2区以及基因测序分析，并构建系统发育进化树。结果表 明ZF-2分离株为粉红色菌落、菌体呈椭圆形，出芽繁殖；可以同化利用葡 萄糖、乳糖、蔗糖等糖类，基本符合红酵母属（Rhodotorula）特征，初 步确定为红酵母。PCR扩增获得26S rDNA D1/D2区序列长度为642bp (HQ323251)，采用BLAST和ClustalX程序进行序列比对分析，结果表明 与斯鲁菲亚红酵母（R. Slooffiae）序列相似性在99%-100%之间，构建 的系统发育进化树显示菌株ZF-2与R. Slooffiae (EU583485)关系最近，最 终鉴定ZF-2菌株为斯鲁菲亚红酵母。这是首次从斑马鱼肠道中分离到斯鲁 菲亚红酵母。 关键词：斑马鱼，红酵母，分离鉴定，序列分析
( 二) 三名法 当某种微生物是一个亚种或变种时，学名就按三名法拼写。 学名=属名+种名加词+符号subsp或var+亚种或变种的加词
属的模式
该属中一个具有代表性的种, 即模式种
属名
种的加词 Specific epithet
种名
定种人
年代
Bacillus
Bacillus subtilis (Cohn, 1872)
新种(species nova, sp. nov)：是指权威性的分类、鉴 定手册中从未记载过的一种新分离并鉴定过的微生物。
• 变种(Variety) ：一个微生物的种的某种特性已 起了明显的变化，这种特性的改变是与过去人 们在自然界中分离获得的菌种所描述的特性相 比较而确定的，而且这种变异的特性又是比较 稳定的，这种变异的菌株称为变种。
第十章 微生物的分类和鉴定
微生物分类学
微生物系统学
第一节 通用分类单元
一、7级分类单元
界门 纲 目科 属 种
瑞典植物学家林奈（Linneaus） 于1753年创立
二、学名
（一）双名法 指一个物种的学名由前面一个属名和后面一个种名加词两部 分组成 学名=属名+种名加词+（首次定名人）+现名定名人+现名定 名年份 例：大肠埃希氏菌（大肠杆菌） Escherichia coli (Migula) Castellani et Chalmers 1919
Type strain: ATCC 6051
=DSM 10
保藏机构 及其保藏号
=CCTCC AB 92068
当微生物名称是一个亚种（subspecies，简称 “subsp．”，排正体字）或变种（variety，简称 “var．”，排正体字）时，学名就应按“三名法” 构成，即：
例1：苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种 Bacillus thuringiensis subsp．galleria 例2：酿酒酵母椭圆变种 Saccharomyces cerevisiae var．ellipsoideus
号为Ci-1、Ci-7和LCi-40，结果表明3株菌株均为弗氏柠檬酸杆菌 （Citrobacter freundii）；系统发育分析结果表明，3株弗氏柠檬酸 杆菌16S rDNA序列与DSM 30039模式株同源性分别为99.59%、 99.47%和99.53%，且位于系统发育树的同一分支。
关键词：草鱼；弗氏柠檬酸杆菌；致病性；16S rDNA
第二节 微生物在生物界的地位
一、生物的界级分类学说
动物界 植物界 林奈
动物界 植物界 原生生 物界
Haeckel
植物界 动物界 原始生 物界 菌界
Copeland
植物界 动物界 原核生物界 原生生物界 真菌界
Whittaker
五界上 加上病 毒界
细菌域 古生菌域 真核生物域 美国
Woese
R.H.Whittaker (1969) proposed a five kingdom classification. The kingdoms defined by him were named Monera, Protista, Fungi, Plantae & Animalia.