分子生物学
第一章绪论
分子生物学研究内容有哪些方面？
1、结构分子生物学；
2、基因表达的调节与控制；
3、DNA重组技术及其应用；
4、结构基因组学、功能基因组学、生物信息学、系统生物学
第二章DNA and Chromosome
1、DNA的变性：在某些理化因素作用下，DNA 双链解开成两条单链的过程。
2、DNA复性：变性DNA在适当条件下，分开的两条单链分子按照碱基互补原则重新恢复天然的双螺旋构象的现象。
3、Tm（熔链温度）：DNA加热变性时，紫外吸收达到最大值的一半时的温度，即DNA分子内50%的双链结构被解开成单链分子时的温度）
4、退火：热变性的DNA经缓慢冷却后即可复性，称为退火
5、假基因：基因组中存在的一段与正常基因非常相似但不能表达的DNA 序列。以Ψ来表示。
6、C 值矛盾或C值悖论:C 值的大小与生物的复杂度和进化的地位并不一致，称为C 值矛盾或 C 值悖论（C-Value Paradox）。
7、转座：可移动因子介导的遗传物质的重排现象。
8、转座子：染色体、质粒或噬菌体上可以转移位置的遗传成分
9、DNA二级结构的特点：1）DNA分子是由两条相互平行的脱氧核苷酸长链盘绕而成；2）DNA分子中的脱氧核苷酸和磷酸交替连接，排在外侧，构成基本骨架，碱基排列在外侧；3）DNA分子表面有大沟和小沟；4）两条链间存在碱基互补，通过氢键连系，且A=T、G ≡ C （碱基互补原则）；5）螺旋的螺距为3.4nm，直径为2nm，相邻两个碱基对之间的垂直距离为0.34nm，每圈螺旋包含10个碱基对；6）碱基平面与螺旋纵轴接近垂直，糖环平面接近平行
10、真核生物基因组结构：编码蛋白质或RNA的编码序列和非编码序列，包括编码区两侧的调控序列和编码序列间的间隔序列。
特点：1）真核基因组结构庞大哺乳类生物大于2X109bp；2）单顺反子（单顺反子：一个基因单独转录，一个基因一条mRNA，翻译成一条多肽链；）3）基因不连续性断裂基因（interrupted gene）、内含子（intron）、外显子（exon）；4）非编码区较多，多于编码序列（9:1） 5）含有大量重复序列
11、Histon（组蛋白）特点：极端保守性、无组织特异性、氨基酸分布的不对称性、可修饰作用、富含Lys的H5
12、核小体组成：由组蛋白和200bp DNA组成
13、转座的机制：转座时发生的插入作用有一个普遍的特征，那就是受体分子中有一段很短的被称为靶序列的DNA会被复制，使插入的转座子位于两个重复的靶序列之间。复制型转座：整个转座子被复制，所移动和转位的仅为原转座子的拷贝。
非复制型转座：原始转座子作为一个可移动的实体直接被移位。
第三章 DNA Replication and repair
1、半保留复制：DNA生物合成时，母链DNA解开为两股单链，各自作为模板（template）按碱
基配对规律，合成与模板互补的子链。子代细胞的 DNA ，一股单链从亲代完整地接受过来，另 一股单链则完全从新合成。两个子细胞的 DNA 都和亲代 DNA 碱基序列一致。这种复制方式称为 半保留复制。
2、 复制子：生物体内能独立进行复制的单位
3、 前导链：以复制叉移动的方向为标准，一条模板链的走向是3'→5'， 子代链复制时以 5'→3'方向连续合成，这一条链称为前导链
4、 滞后链：另一条模板链的走向是5'→3'， 子代链通过不连续的5ˊ-3ˊ聚合而成，称 为滞后链(lagging strand)。
5、 冈崎片段：滞后链的合成是一段一段的。DNA 复制时，由滞后链所形成的子代DNA 短链称 为冈崎片段
6、 端粒:是真核生物线性染色体末端的特殊结构，含物种特异性(species-specific)的 DNA 重复序列。
7、 逆转录：以 RNA 为模板, 按照 RNA 中的核苷酸顺序合成 DNA 的过程，称为反转录(reverse transcription, RT)。该过程由逆转录酶催化进行，亦称反转录
8、 DNA 复制的主要特征：半保留复制、 双向复制、 半不连续复制、 保真性
9、 DNA 复制的几种方式：
10、 DNA polymerases (DNA 聚合酶) in E. Coli
及其主要功能
DNA Pol Ⅳ：din B 编码
DNA Pol Ⅴ：umc C, umc D 编码
两者涉及DNA 的错误倾向修复（error-prone repair）。当DNA 受到较严重损伤时，即可诱导产生这两个酶，使修复缺乏准确性（accuracy），因而出现高突变率。高突变率虽会杀死许多细胞，但至少可以克服复制障碍，使少数突变的细胞得以存活。
11、单链DNA结合蛋白（SSB）：在复制中维持模板处于单链状态并保护单链的完整。其
作用是保证被解链酶解开的单链在复制完成之前能保持单链结构。
12、常见的真核细胞DNA聚合酶及其功能
13、原核生物DNA复制的过程（课本P50-P52）
1）复制的起始：识别起始点，合成引发体：在E.coli，DnaA 蛋白识别并结合ori，DnaC 协助DnaB 蛋白（解链酶, helicase）结合于ori ，DNA双链局部被打开，引物酶及其他蛋白加入，形成引发体。
形成单链：促旋酶（II型拓扑异构酶）解开DNA超螺旋，解链酶解开双链，单链结合蛋白SSB结合于处于单链状态模板链上。
合成引物：前导链的引物由RNA 聚合酶合成，滞后链的引物由引发酶合成。引物提供3'-OH，复制进入延伸阶段
2）复制的延伸：按照与模板链碱基配对的原则，在DNA 聚合酶III 的作用下，逐个加入脱氧核糖核酸，
使链延长。
DNA 聚合酶的即时校读和碱基选择功能，确保复制的保真性。
