非综合征型唇腭裂易感基因的研究进展_徐晨

基金项目:国家自然科学基金项目(30600676)和教育部新世纪优秀人才支持计划(NCET 20720034)Supported by Nati onal Natural ScienceFoundati on of China (30600676)and Pr ogra m f or Ne w Century Excellent Talents of M inistry of Educati on (NCET 20720034)△Corres ponding author ’s e 2mail,zhuwenli@hsc .pku .edu .cn,liyong@bj m u .edu .cn・论著・M TH FR 基因C677T 多态性与非综合征型唇腭裂的相关性研究郭晋臻1,宋晓明1,汪　云1,朱文丽1△,李书琴2,李　勇1△(11北京大学公共卫生学院营养与食品卫生学系,北京　100191;21中国医科大学盛京医院)[摘　要]目的:探讨M THFR 基因C677T 多态性与非综合征型唇腭裂(nonsyndr om ic cleft li p with or without cleft pa 2late,NSCL /P )相关性。

方法:收集97个核心家庭和104个对照家庭,用聚合酶链式反应2限制性片段长度多态性方法,进行M THFR 基因C677T 位点多态性检测;用人群关联研究、传递不平衡检验(trans m issi on 2disequlibriu m test,T DT )、单倍型相对风险率(hap l otype 2based hap l otype relative risk,HHRR )、家系为基础的关联检验(fa m ily 2based as 2s ociati on test,F BAT )等进行统计分析。

结果:人群关联研究分析表明,子代、父亲、母亲的病例组和对照组之间基因型和等位基因的分布差异无统计学意义(P >0105);子代、父亲、母亲组,CT 基因型携带者相对于CC 基因型携带者的OR 分别为1102(95%C I 0147～2121)、0162(95%C I 0129～1132)、0166(95%C I 0131～1140);TT 基因型携带者相对于CC 基因型携带者的OR 分别为1110(95%C I 0144～2174)、0195(95%C I 0139～2132)、0.68(95%C I 0128～1166);T 相对于C 基因的OR 分别为1107(95%C I 0172～1158)、0198(95%C I 0166～1146)、0183(95%C I 0156～1124)。

［文章编号］㊀１６７４⁃８６０３（２０１９）０１⁃００３７⁃０６㊃综㊀述㊃非综合征型唇腭裂非编码区变异功能研究策略殷斌，石冰，贾仲林∗（口腔疾病研究国家重点实验室，国家口腔疾病临床医学研究中心，四川大学华西口腔医院唇腭裂外科，四川成都６１００４１）［摘要］㊀非综合征型唇腭裂是一种常见的先天畸形，其发病机制复杂，常包含遗传和环境两方面的因素㊂随着全基因组关联研究的广泛开展，针对非综合征型唇腭裂的遗传学研究取得了较为丰硕的成果，发现了大量候选突变位点㊂但这些突变大多位于易感基因的非编码区域，且仅拥有统计学上的意义，需要后续的功能研究来验证这些突变的真实致病性㊂目前唇腭裂编码区变异的研究方法已较为成熟，但由于致病机制的差异，该法对研究非编码区变异将不完全适用㊂因此，本文将从大数据利用㊁软件功能预测及体内外功能实验三方面对非编码区变异后续功能研究进行介绍，为将来更多唇腭裂非编码区突变研究提供参考㊂［关键词］㊀非综合征型唇腭裂；非编码区变异；功能研究［中图分类号］㊀Ｒ７８２．２㊀㊀［文献标识码］㊀Ａ㊀㊀［ｄｏｉ］㊀１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１６７４⁃８６０３．２０１９．０１．００９基金项目：国家重点研发计划重点专项课题（２０１７ＹＦＣ０８４０１００，２０１７ＹＦＣ０８４０１０７）；国家自然科学基金面上项目（８１２７１１１８）；国家自然基金青年科学基金项目（８１６００８４９）∗通信作者：贾仲林，Ｅｍａｉｌ：ｚｈｏｎｇｌｉｎｊｉａ＠ｓｉｎａ．ｃｏｍ㊀㊀非综合征型唇腭裂（ｎｏｎ⁃ｓｙｎｄｒｏｍｉｃｃｌｅｆｔｌｉｐｗｉｔｈｏｒｗｉｔｈｏｕｔｐａｌａｔｅ，ＮＳＣＬ／Ｐ）是一种先天性的颅面畸形，其发病率较高，排在我国出生缺陷的第二位㊂目前基于我国１５０９４９７８个围产期婴儿的统计数据显示：ＮＳＣＬ／Ｐ发病率在１．６７ɢ左右，其中非综合征型单纯唇裂（ｎｏｎ⁃ｓｙｎｄｒｏｍｉｃｃｌｅｆｔｌｉｐｏｎｌｙ，ＮＳＣＬＯ）发生率为０．５６ɢ，非综合征型唇裂伴发腭裂（ｎｏｎ⁃ｓｙｎｄｒｏｍｉｃｃｌｅｆｔｌｉｐａｎｄｐａｌａｔｅ，ＮＳＣＬＰ）发生率为０．８２ɢ，非综合征型单纯性腭裂（ｎｏｎ⁃ｓｙｎｄｒｏｍｉｃｃｌｅｆｔｐａｌａｔｅｏｎｌｙ，ＮＳＣＰＯ）发生率为０．２７ɢ㊂ＮＳＣＬ／Ｐ发病机制复杂，通常被认为是环境因素㊁遗传因素及二者共同作用的结果［１］㊂随着高通量测序技术的发展与广泛应用，对唇腭裂遗传机制的探索与日俱增㊂目前全球已开展了超过１０个多种族人群的唇腭裂全基因组关联研究（ｇｅｎｏｍｅ⁃ｗｉｄｅａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｓｔｕｄｙ，ＧＷＡＳ）及后续针对ＧＷＡＳ发现的大样本验证研究［２⁃１６］，发现了大量位于基因编码区和非编码区的单核苷酸多态性位点（ｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ，ＳＮＰ），但ＧＷＡＳ发现的唇腭裂易感位点仅具有统计学上的意义，至于是否是有效的功能变异尚需要后续研究进一步证实㊂众所周知，编码区功能ＳＮＰ存在较为固定的致病机制㊂即单个碱基变化引起氨基酸序列改变，进而影响蛋白质结构，最终导致相应蛋白质功能受限或丧失，产生疾病表型㊂故针对编码区变异的功能研究也出现了一整套成熟的流程，包括编码蛋白质同源建模及功能预测，体外细胞培养和基因表达载体构建，体内动物建模等㊂目前上述研究方法已成功应用于唇腭裂［１７］㊁先天缺牙［１８⁃１９］等口腔遗传疾病易感基因编码区功能变异研究，具体研究步骤在文献中已做了详细阐述㊂基因编码区固然是遗传学研究的热点和重点，但综合现阶段唇腭裂ＧＷＡＳ研究结果可发现，已筛选出的ＳＮＰ位点绝大多数位于基因非编码区，如增强子㊁启动子㊁ｍｉＲＮＡ㊁ｌｎｃＲＮＡ㊁３ᶄ⁃ＵＴＲ和５ᶄ⁃ＵＴＲ等㊂非编码区变异功能研究在全身其它疾病相继展开，但在诸如唇腭裂等口腔疾病中研究相对较少㊂虽然非编码区突变没有改变蛋白质功能，但研究证实其几乎参与了基因从转录到翻译的整个调节过程，且这种基因表达水平的变化对于同一疾病的表型差异具有重要作用［２０⁃２１］㊂如发生在启动子区域的突变会影响转录的起始和延伸；而内含子和ＵＴＲ区域的变异可能会造成ｍＲＮＡ性质的破坏从而导致稳定性或剪接模式的改变［２２］㊂由于未造成蛋白序列的改变，上述编码区变异的功能研究方法显然不再适用㊂那么我们应该如何去研究位于非编码区的变异呢？首先与疾病相关变异的精确定位是研究的第一步，目前数量性状基因座（ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅｔｒａｉｔｌｏｃｕｓ，ＱＴＬ），结合连锁分析和ＧＷＡＳ数据已能够完成初步定位，具体方法在Ｌｉ等［２３］研究中已作了详细介绍㊂本文将从大数据利用㊁软件功能预测及体内外功能实验三方面，对已进行精确定位的非编码区变异后续功能研究进行介绍，为将来更多唇腭裂非编码区突变研究提供参考㊂１㊀公共数据库的利用ＤＮＡ元件百科全书计划（ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａｏｆＤＮＡｅｌｅ⁃ｍｅｎｔｓ，ＥＮＣＯＤＥ）（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｅｎｏｍｅ．ｇｏｖ／１０００５１０７／）和表观路线图计划（ｒｏａｄｍａｐｅｐｉｇｅｎｏｍｉｃｓｐｒｏｇｒａｍ，ＲＥＰ）（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｒｏａｄｍａｐｅｐｉｇｅｎｏｍｉｃｓ．ｏｒｇ／）是后ＧＷＡＳ时代分析已发现突变的两个重要科研数据库㊂ＥＮＣＯＤＥ计划主要是研究人类基因组非编码区ＤＮＡ调控元件的分布㊁功能㊁与组蛋白修饰和转录因子结合的关系㊁对染色质空间结构的影响等㊂利用新一代测序技术分别进行了ＲＮＡ转录组［ＲＮＡ⁃ｓｅｑ㊁ＣＡＧＥ（ｃａｐａｎａｌｙｓｉｓｏｆｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ）和ＲＮＡ⁃ＰＥＴ（ＲＮＡｐａｉｒｅｄ⁃ｅｎｄｔａｇ）］的研究㊁转录因子结合位点（ＴＦＣｈＩＰ⁃ｓｅｑ和ＤＮａｓｅ⁃ｓｅｑ）的测定以及染色质空间结构（３Ｃ㊁４Ｃ㊁５Ｃ和Ｈｉ⁃ｃ）的解析［２４⁃２６］㊂而ＲＥＰ则主要研究ＤＮＡ序列以外的调控机制，主要包括ＤＮＡ甲基化与乙酰化㊁组蛋白修饰㊁基因组印记㊁基因沉默和ＲＮＡ编辑等㊂它们共同提供了多种细胞和组织的ＣｈＩＰ⁃Ｓｅｑ㊁ＲＮＡ⁃Ｓｅｑ㊁ＤＮａｓｅ⁃Ｓｅｑ㊁ＤＮＡ甲基化和组蛋白修饰等全基因组和表观遗传学数据［２７⁃２８］㊂通过利用各组学数据间的技术差异和互补性，科研人员可有选择的对数据库中的资源进行系统整合，这将极大的推动和加速科研进展㊂除了这两大公共数据库外，还有很多数据库能够满足不同研究层次的需要㊂如ＲｅｇｕｌｏｍｅＤＢ（ｈｔ⁃ｔｐ：／／ｗｗｗ．ｒｅｇｕｌｏｍｅｄｂ．ｏｒｇ／）收集了包含ＥＮＣＯＤＥ㊁ＲＥＰ和其它数据库在内的各个层面的调控数据，从转录调控和基因表达水平因果两方面注释了变异位点是否会影响基因转录㊂其中转录调控的检测数据包括转录因子的ＣｈＩＰ⁃ｓｅｑ㊁组蛋白修饰的ＣｈＩＰ⁃ｓｅｑ㊁开放染色质㊁差异甲基化区域和用ｍｏｔｉｆ预测转录因子的结合位点（ＴＲＡＮＳＦＡＣ㊁Ｊａｓｐａｒ㊁ＵｎｉＰＲＯＢＥ）；而ｅＱＴＬ㊁ｓＱＴＬ等数据则反映出待研究ＳＮＰ位点可能产生的作用，即基因的变异导致附近基因转录水平的变化［２９］㊂与ＲｅｇｕｌｏｍｅＤＢ功能相似，ＨａｐｌｏＲｅｇ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｂｒｏａｄｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．ｏｒｇ／ｍａｍｍａｌｓ／ｈａｐｌｏｒｅｇ／ｈａｐ⁃ｌｏｒｅｇ．ｐｈｐ）是另一个研究非编码区ＳＮＰ生物学意义的数据库，相比ＲｅｇｕｌｏｍｅＤＢ，ＨａｐｌｏＲｅｇ数据来源更加丰富，通过ＨａｐｌｏＲｅｇ不仅可以为非编码区变异是否发挥功能提供更多证据，同时也能够发现其它位于候选ＳＮＰ附近且与之有较强连锁效应的ＳＮＰ位点，因为有可能这些强连锁位点才是疾病的真正病因㊂公共数据库虽然收录了数量庞大的ＤＮＡ功能元件相关信息，为部分非编码区ＳＮＰ功能注释提供方便㊂但ＥＮＣＯＤＥ等数据库并不等同于遗传密码，可能还有许多ＤＮＡ功能元件尚未知晓㊂因此，其它位于此非编码区域的ＳＮＰ功能信息则需要通过各类计算机软件功能预测㊁体内体外实验加以证明㊂２㊀非编码区ＳＮＰ功能预测发生在编码区的非同义突变及其对蛋白质功能的影响，可以用基于对保守蛋白序列受影响残基的量化约束的计算方法来预测，而对于非编码变异此类预测方法将不再适用，故利用基因组学㊁表观基因组学及多种数据联合预测的计算方法应运而生㊂目前主流的预测软件包括ＧＷＡＶＡ［３０］㊁ＣＡＤＤ［３１］㊁Ｆｕｎ⁃Ｓｅｑ［３２］㊁ＦＡＴＨＭＭ⁃ＭＫＬ［３３］和ＰｈｙｌｏＰ［３４］等等㊂它们在针对非编码变异功能预测的方法和评价指标上各有差异㊂全基因组突变注释（ｇｅｎｏｍｅ⁃ｗｉｄｅａｎｎｏｔａｔｉｏｎｏｆｖａｒｉａｎｔｓ，ＧＷＡＶＡ）将人类基因突变数据库（ｈｕｍａｎｇｅｎｅｍｕｔａｔｉｏｎｄａｔａｂａｓｅ，ＨＧＭＤ）（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｈｇｍｄ．ｃｆ．ａｃ．ｕｋ／ａｃ／ｉｎｄｅｘ．ｐｈｐ）中的调节变异与千人基因组计划中常规ＳＮＰ进行对比，从而对功能突变做出相应注释［３０］㊂ＣｏｍｂｉｎｅｄＡｎｎｏｔａｔｉｏｎ⁃ＤｅｐｅｎｄｅｎｔＤｅｐｌｅｔｉｏｎ（ＣＡＤＤ），则引入了一种称之为 Ｃｓｃｏｒｅ 的功能评价系统，其包括保守度㊁调节信息㊁转录信息和蛋白水平在内多种注释信息㊂通过将人类基因组中固定的衍生等位基因的注释（较小的危害性）和那些具有更多有害变异的模拟数据集进行对比，从而发现更多的有害变异［３１］㊂除了以染色质状态（包括染色体结构㊁调节元件功能和转录因子结合力等）为常规预测指标外，ＰｈｙｌｏＰ还引入了进化保守得分这一指标，作为非编码变异区域是否具有生物学功能的基准㊂针对调节功能变异进行预测的比较基因组学方法认为，拥有调节变异位点的ＤＮＡ序列在多个物种中是高度保守的，这些高度保守的部分通常被认为是调节功能单元，在自然选择和物种进化过程中几乎不会发生替换㊂因此，研究者可以根据变异发生区域的进化得分来预测突变的致病性，尤其是那些位于基因间区域而又没有充分功能注释的变异［３４］㊂Ｄｒｕｂａｙ等［３５］分别在ＣｌｉｎＶａｒ（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｃｌｉｎｖａｒ／），ＣＯＳＭＩＣ（ｈｔｔｐｓ：／／ｃａｎｃｅｒ．ｓａｎｇｅｒ．ａｃ．ｕｋ／ｃｏｓｍｉｃ）和１０００ｇｅｎｏｍｅｓｐｒｏｊｅｃｔｄａｔａｂａｓｅｓ（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｎａｔｕｒｅ．ｃｏｍ／ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎｓ／ｄｃｆｑｍｌｇｓｒｗ）３个数据库中比较了这几个常用变异评分软件的效度，结果发现在ＣｌｉｎＶａｒ数据库中ＣＡＤＤ对于检测位于蛋白质编码区域的变异具有优效，而在ＣＯＳＭＩＣ数据库中ＦＡＴＨＭＭ⁃ＭＫＬ和ＧＷＡＶＡ更能够检测位于基因非编码区的变异㊂但所有预测工具的精度都很低，其改进有待于未来更多非编码基因组特征的发现㊂３　非编码区变异功能分析公共数据库的变异注释和软件功能预测虽然能很好的找出最具可能的致病突变，并对这些突变做出相应的功能预测㊂但由于公共数据库对新突变注释信息的不完善，软件预测能力的不足以及基因表达在不同细胞㊁组织和个体间的差异，候选致病突变的确定无疑会出现假阳性的可能㊂因此，对于新发调节变异的实验功能证实显得尤为必要㊂３．１㊀体外实验３．１．１㊀实验细胞选择㊀非编码区变异最主要的功能之一就是调控基因表达，而同一基因在不同种类的细胞中表达存在显著差异㊂开展体外实验首步也是最重要的一步，就是细胞的选择㊂非编码区变异由于不影响蛋白质的结构，常规的蛋白质印迹法及实时荧光定量ＰＣＲ技术往往不能得到较为满意的结果㊂而ＥＮＣＯＤＥ项目和其余研究小组发现染色质构象（ＤＮａｓｅ高敏位点㊁甲基化修饰㊁组蛋白修饰）及转录因子（一类具有调节功能的蛋白质，通过结合ＤＮＡ序列的特定位点来增强或者抑制基因表达）结合力与基因表达密切相关㊂ＥＮＣＯＤＥ项目在１２５种细胞中鉴定出大约２９０万个人类ＤＮＡ酶Ⅰ超敏位点［３６］，并在４５种细胞中绘制了１２种组蛋白修饰表达谱［３７］，发现了囊括１１４个转录因子的３３０７个具有统计学相关性的转录因子对［２４］㊂因此，根据不同的实验目的，对于体外实验细胞系的选择有两个原则：１．待研究目的基因在选取的细胞系中具有相对较高的表达；２．在第一个原则的基础上，比对ＥＮＣＯＤＥ项目数据，该细胞应具有较多的甲基化修饰㊁组蛋白修饰及ＤＮａｓｅ高敏位点，便于后续的实验检测和功能注释㊂目前ＥＮＣＯＤＥ研究最多证据㊁最为充分的３个人类胚胎干细胞，即ＧＭ１２８７８，Ｋ５６２和Ｈ１［２３］，其中ＧＭ１２８７８细胞系的ＤＮａｓｅ高敏位点与唇腭裂易感基因ＭＡＦＢ密切相关，可能成为研究唇腭裂非编码区变异功能的候选细胞［３６］㊂３．１．２㊀转录因子结合力检测㊀基因表达的转录过程需要转录因子与ＲＮＡ聚合酶Ⅱ形成转录起始复合体才能正常开始，而部分位于启动子和增强子内的变异可能会降低转录因子结合力引起基因表达水平的改变㊂因此，对于已发现非编码区变异的功能研究应首先检测转录因子结合能力的变化㊂电泳迁移率转移试验（ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｔｉｃｍｏｂｉｌｉｔｙｓｈｉｆｔａｓｓａｙ，ＥＭＳＡ）和载体转染后的荧光素酶表达分析常被用来验证启动子㊁增强子或其他调节元件的功能［３８⁃４１］㊂此外，染色质免疫共沉淀结合实时聚合酶链反应（ｃｈｒｏｍａｔｉｎｉｍｍｕｎｏｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎｃｏｕｐｌｅｄｗｉｔｈｒｅａｌ⁃ｔｉｍｅｐｏｌｙｍｅｒａｓｅｃｈａｉｎｒｅａｃｔｉｏｎ，ＣｈＩＰ⁃ｑＰＣＲ），ＣｈＩＰ⁃ｃｈｉｐ以及ＣｈＩＰ⁃ｓｅｑ等实验是定量测定一个到多个基因位点特定转录因子ＤＮＡ与蛋白结合作用的有效策略［４２⁃４４］㊂３．１．３㊀染色质状态及其交互作用㊀生物体中有多种功能元件，包括顺式作用元件（ｃｉｓ⁃ａｃｔｉｎｇｅｌｅｍｅｎｔ）和反式作用元件（ｔｒａｎｓ⁃ａｃｔｉｎｇｅｌｅｍｅｎｔ）㊂发生在非编码区的功能变异往往影响基因组各功能组件结构及其交互作用㊂目前，越来越多的研究发现基因的表达调控存在三维网络，染色质的空间结构及其相互作用在基因表达调节方面起着重要的作用㊂而染色质构象捕获技术（ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｃａｐｔｕｒｅ，３Ｃ）作为一项新兴技术，为研究基因表达时染色质的空间构象和相互作用关系提供了方便［４５⁃４６］㊂但３Ｃ技术由于其通量较低，单次分析只能研究两个独立位点之间的作用关系（ 一对一互作 ），且进行３Ｃ实验时实验者必须知道所研究ＤＮＡ片段与其作用片段的部分信息，通过ＰＣＲ实验来验证片段间的相互作用关系，对于大规模变异位点分析不再适用㊂而随后衍生出的环状染色质构象捕获（ｃｉｒｃｕｌａｒｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｃａｐｔｕｒｅ，４Ｃ）［４７］㊁３Ｃ碳拷贝（３Ｃ⁃ｃａｒｂｏｎｃｏｐｙ，５Ｃ）［４８］和ＣＨＩＰ⁃ｌｏｏｐａｓｓａｙ［４９］等技术分别从 一对多互作 ㊁ 多对多互作 和 特定蛋白介导的与目的ＤＮＡ互作 等角度研究染色质间长距离相互作用㊂最近新出现的ＣｈＩＡ⁃ＰＥＴ（ｃｈｒｏｍａｔｉｎｉｍｍｕｎｏｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎｕｓｉｎｇｐａｉｒｅｄ⁃ｅｎｄＴａｇｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）和Ｈｉｃ技术已被应用于绘制人类细胞内调控元件的全基因组相互作用图［５０］㊂最近一项研究使用３Ｃ和４Ｃ技术发现，ＦＴＯ基因中与肥胖相关变异体通过与ＩＲＸ３基因启动子区域产生长距离相互作用来影响ＩＲＸ３的表达［５１］，这恰好证明了染色质构象捕获技术在鉴别调节变异和靶基因方面的实用性和有效性㊂３．２㊀体内实验３．２．１㊀基因编辑技术和干细胞模型㊀随着基因编辑技术的逐渐成熟与广泛应用，许多非编码区突变的体内功能得到验证，这将加快对基因转录过程中与性状相关的基因变异的理解㊂目前常用的基因编辑系统包括以锌指核糖核酸酶（ｚｉｎｃ⁃ｆｉｎｇｅｒｎｕｃｌｅａｓｅ，ＺＦＮ）［５２］和转录激活因子样效应物核酸酶（ｔｒａｎ⁃ｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｃｔｉｖａｔｏｒ⁃ｌｉｋｅｅｆｆｅｃｔｏｒｎｕｃｌｅａｓｅｓ，ＴＡＬＥＮ）［５３］为代表的序列特异性核酸酶技术，它们能高效率地进行定点基因组编辑，在基因治疗和遗传改良方面潜力巨大㊂相对ＺＦＮ而言，ＴＡＬＥＮ能够靶向更长的基因序列，而且也更容易构建㊂但是直到现在，研究者们都没有一种低成本的而且公开能够获得的方法来快速地产生大量的ＴＡＬＥＮ㊂不论是ＴＡＬＥＮ技术还是ＺＦＮ技术，其定向打靶都依赖于ＤＮＡ序列特异性结合蛋白模块的合成，这一步骤非常繁琐费时㊂而ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９技术作为一种最新涌现的基因组编辑工具，能够完成ＲＮＡ导向的ＤＮＡ识别及编辑［５４］㊂ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９技术使用一段序列特异性向导ＲＮＡ分子引导核酸内切酶到靶点处，从而完成基因组的编辑㊂ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系统的开发为构建更高效的基因定点修饰技术提供了全新的平台㊂２０１７年，Ａｎｄｒｅｙ等［５５］提出了一种通过转染特定ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９载体来设计携带期望突变的胚胎干细胞（ｅｍ⁃ｂｒｙｏｎｉｃｓｔｅｍｃｅｌｌｓ，ＥＳＣ）的方案㊂该方法对先天突变进行体内建模，并对ＤＮＡ序列进行功能性探究提供可能㊂但当非编码变异在小鼠模型中保守程度不高时，直接利用干细胞技术获取感兴趣的遗传变异也是可行的，如利用人类来源的多能干细胞（ｉｎｄｕｃｅｄｐｌｕｒｉｐｏｔｅｎｔｓｔｅｍｃｅｌｌｓ，ｉＰＳＣｓ）来进行进一步的体外功能实验［５６］㊂肌萎缩性脊髓侧索硬化症（ａｍｙｏｔｒｏｐｈｉｃｌａｔｅｒａｌｓｃｌｅｒｏｓｉｓ，ＡＬＳ）作为一种运动神经元疾病，位于Ｃ９ＯＲＦ７２基因非编码区域的６核苷酸重复序列（ＧＧＧＧＣＣ）异常扩增是其最常见病因㊂Ｓａｒｅｅｎ等［５７］和Ｄｏｎｎｅｌｌｙ等［５８］报道了一种ＡＬＳ⁃ｉＰＳＣｓ细胞模型，从携带Ｃ９ＯＲＦ７２（ＧＧＧＧＣＣ）重复扩增突变的ＡＬＳ患者中提取ｉＰＳＣｓ，体外培养分化为变异运动神经元，为后续的ＡＬＳ病因学研究提供了丰富的理论依据㊂４㊀总㊀结目前，唇腭裂ＧＷＡＳ研究发现的非编码区变异虽然不引起蛋白结构和功能的改变，但对基因表达的调控确实起到了不可或缺的作用㊂解释这种突变和疾病进展的一个关键词可能就是 结合 ㊂就是说即使蛋白序列没有发生变化，只要该位点的变化导致了与之结合的分子功能异常即可，这里的结合分子可以是ＤＮＡ㊁ＲＮＡ和蛋白质㊂这种致病机制在其它系统疾病已经得到证实㊂如突变发生在转录因子结合位点（ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｂｉｎｄｉｎｇｓｉｔｅ，ＴＦＢＳ）附近，转录因子ＴＦ和ＴＦＢＳ结合就会受影响，有研究发现ＴＥＲＴ基因启动子区域的ｒｓ２８５３６６９位点发生突变，导致转录因子Ｅ２Ｆ１结合变弱，抑制其对基因ＴＥＲＴ的转录调控，导致ＴＥＲＴ表达上调，促进肝癌发生发展［５９］㊂此研究很好的证明了非编码区调节变异引起了ＤＮＡ与蛋白质结合障碍㊂而非编码区变异同样会引起ＲＮＡ与ＲＮＡ结合发生异常，如位于ｌｎｃ⁃ＬＡＭＣ２⁃１ʒ１内的ｒｓ２１４７５７８变异会影响ｍｉＲ⁃１２８⁃３ｐ对ｌｎｃ⁃ＬＡＭＣ２⁃１ʒ１的结合与调控能力，影响ｌｎｃ⁃ＬＡＭＣ２⁃１ʒ１的表达，可能通过对癌基因ＬＡＭＣ２的表达进行调控，参与结直肠癌发生［６０］㊂另外非编码区突变还可能导致ｍｉｃｒｏＲＮＡ与ｍＲＮＡ，剪切因子与ｍＲＮＡ，ｌｎｃＲＮＡ与ｍＲＮＡ及ｌｎｃＲＮＡ与ＤＮＡ结合异常等㊂针对这两种疾病非编码区变异分子机制的研究就利用了部分上述研究方法，且取得了很好的效果㊂因此，将来对于唇腭裂易感基因非编码区变异的功能研究将更多集中在各调控元件间相互作用及遗传分子结合机制的探讨上，通过ＥＮＣＯＤＥ等变异注释数据库㊁功能软件预测和体内体外实验等多种途径综合解释非编码区变异功能将是一种行之有效的方法㊂［参㊀考㊀文㊀献］［１］㊀ＦａｎＤ，ＷｕＳ，ＬｉｕＬ，ｅｔａｌ．Ｐｒｅｖａｌｅｎｃｅｏｆｎｏｎ⁃ｓｙｎｄｒｏｍｉｃｏｒｏｆａｃｉａｌｃｌｅｆｔｓ：ｂａｓｅｄｏｎ１５，０９４，９７８Ｃｈｉｎｅｓｅｐｅｒｉｎａｔａｌｉｎｆａｎｔｓ［Ｊ／ＯＬ］．Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ，２０１８，９（１７）：１３９８１⁃１３９９０［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１８６３２／ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ．２４２３８．［２］㊀ＢｉｒｎｂａｕｍＳ，ＬｕｄｗｉｇＫＵ，ＲｅｕｔｔｅｒＨ，ｅｔａｌ．Ｋｅｙｓｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙｌｏｃｕｓｆｏｒｎｏｎｓｙｎｄｒｏｍｉｃｃｌｅｆｔｌｉｐｗｉｔｈｏｒｗｉｔｈｏｕｔｃｌｅｆｔｐａｌａｔｅｏｎｃｈｒｏ⁃ｍｏｓｏｍｅ８ｑ２４［Ｊ］．ＮａｔＧｅｎｅｔ，２００９，４１（４）：４７３⁃４７７．［３］㊀ＢｅａｔｙＴＨ，ＴａｕｂＭＡ，ＳｃｏｔｔＡＦ，ｅｔａｌ．Ｃｏｎｆｉｒｍｉｎｇｇｅｎｅｓｉｎｆｌｕｅｎｃ⁃ｉｎｇｒｉｓｋｔｏｃｌｅｆｔｌｉｐｗｉｔｈｗｉｔｈｏｕｔｃｌｅｆｔｐａｌａｔｅｉｎａｃａｓｅ⁃ｐａｒｅｎｔｔｒｉｏｓｔｕｄｙ［Ｊ］．ＨｕｍＧｅｎｅｔ，２０１３，１３２（７）：７７１⁃７８１．［４］㊀ＹｕＹ，ＺｕｏＸ，ＨｅＭ，ｅｔａｌ．Ｇｅｎｏｍｅ⁃ｗｉｄｅａｎａｌｙｓｅｓｏｆｎｏｎ⁃ｓｙｎ⁃ｄｒｏｍｉｃｃｌｅｆｔｌｉｐｗｉｔｈｐａｌａｔｅｉｄｅｎｔｉｆｙ１４ｎｏｖｅｌｌｏｃｉａｎｄｇｅｎｅｔｉｃｈｅｔｅｒ⁃ｏｇｅｎｅｉｔｙ［Ｊ／ＯＬ］．ＮａｔＣｏｍｍｕｎ，２０１７，８：１４３６４［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔ⁃ｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｎｃｏｍｍｓ１４３６４．［５］㊀ＬｅｓｌｉｅＥＪ，ＬｉｕＨ，ＣａｒｌｓｏｎＪＣ，ｅｔａｌ．ＡＧｅｎｏｍｅ⁃ｗｉｄｅＡｓｓｏｃｉａｔｉｏｎＳｔｕｄｙｏｆＮｏｎｓｙｎｄｒｏｍｉｃＣｌｅｆｔＰａｌａｔｅＩｄｅｎｔｉｆｉｅｓａｎＥｔｉｏｌｏｇｉｃＭｉｓｓｅｎｓｅＶａｒｉａｎｔｉｎＧＲＨＬ３［Ｊ／ＯＬ］．ＡｍＪＨｕｍＧｅｎｅｔ，２０１６，９８（４）：７４４⁃７５４［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０１６／ｊ．ａｊｈｇ．２０１６．０２．０１４．［６］㊀ＬｅｓｌｉｅＥＪ，ＣａｒｌｓｏｎＪＣ，ＳｈａｆｆｅｒＪＲ，ｅｔａｌ．Ａｍｕｌｔｉ⁃ｅｔｈｎｉｃｇｅｎｏｍｅ⁃ｗｉｄｅａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｓｔｕｄｙｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓｎｏｖｅｌｌｏｃｉｆｏｒｎｏｎ⁃ｓｙｎｄｒｏｍｉｃｃｌｅｆｔｌｉｐｗｉｔｈｏｒｗｉｔｈｏｕｔｃｌｅｆｔｐａｌａｔｅｏｎ２ｐ２４．２，１７ｑ２３ａｎｄ１９ｑ１３［Ｊ］．ＨｕｍＭｏｌＧｅｎｅｔ，２０１６，２５（１３）：２８６２⁃２８７２．［７］㊀ＢｅａｔｙＴＨ，ＭｕｒｒａｙＪＣ，ＭａｒａｚｉｔａＭＬ，ｅｔａｌ．Ａｇｅｎｏｍｅ⁃ｗｉｄｅａｓｓｏｃｉ⁃ａｔｉｏｎｓｔｕｄｙｏｆｃｌｅｆｔｌｉｐｗｉｔｈａｎｄｗｉｔｈｏｕｔｃｌｅｆｔｐａｌａｔｅｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓｒｉｓｋｖａｒｉａｎｔｓｎｅａｒＭＡＦＢａｎｄＡＢＣＡ４［Ｊ］．ＮａｔＧｅｎｅｔ，２０１０，４２（６）：５２５⁃５２９．［８］㊀ＦｏｎｓｅｃａＲＦ，ｄｅＣａｒｖａｌｈｏＦＭ，ＰｏｌｅｔｔａＦＡ，ｅｔａｌ．Ｆａｍｉｌｙ⁃ｂａｓｅｄｇｅ⁃ｎｏｍｅ⁃ｗｉｄｅａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｓｔｕｄｙｉｎＰａｔａｇｏｎｉａｃｏｎｆｉｒｍｓｔｈｅａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｏｆｔｈｅＤＭＤｌｏｃｕｓａｎｄｃｌｅｆｔｌｉｐａｎｄｐａｌａｔｅ［Ｊ／ＯＬ］．ＥｕｒＪＯｒａｌＳｃｉ，２０１５，１２３（５）：３８１⁃３８４［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１１１／ｅｏｓ．１２２１２．［９］㊀ＷｏｌｆＺＴ，ＢｒａｎｄＨＡ，ＳｈａｆｆｅｒＪＲ，ｅｔａｌ．Ｇｅｎｏｍｅ⁃ｗｉｄｅａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｓｔｕｄｉｅｓｉｎｄｏｇｓａｎｄｈｕｍａｎｓｉｄｅｎｔｉｆｙＡＤＡＭＴＳ２０ａｓａｒｉｓｋｖａｒｉａｎｔｆｏｒｃｌｅｆｔｌｉｐａｎｄｐａｌａｔｅ［Ｊ／ＯＬ］．ＰＬｏＳＧｅｎｅｔ，２０１５，１１（３）：ｅ１００５０５９［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｇｅｎ．１００５０５９．［１０］ＬｅｓｌｉｅＥＪ，ＣａｒｌｓｏｎＪＣ，ＳｈａｆｆｅｒＪＲ，ｅｔａｌ．Ｇｅｎｏｍｅ⁃ｗｉｄｅｍｅｔａ⁃ａｎａ⁃ｌｙｓｅｓｏｆｎｏｎｓｙｎｄｒｏｍｉｃｏｒｏｆａｃｉａｌｃｌｅｆｔｓｉｄｅｎｔｉｆｙｎｏｖｅｌａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｓｂｅ⁃ｔｗｅｅｎＦＯＸＥ１ａｎｄａｌｌｏｒｏｆａｃｉａｌｃｌｅｆｔｓ，ａｎｄＴＰ６３ａｎｄｃｌｅｆｔｌｉｐｗｉｔｈｏｒｗｉｔｈｏｕｔｃｌｅｆｔｐａｌａｔｅ［Ｊ／ＯＬ］．ＨｕｍＧｅｎｅｔ，２０１７，１３６（３）：２７５⁃２８６［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１００７／ｓ００４３９⁃０１６⁃１７５４⁃７．［１１］ＧｒａｎｔＳＦ，ＷａｎｇＫ，ＺｈａｎｇＨ，ｅｔａｌ．Ａｇｅｎｏｍｅ⁃ｗｉｄｅａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｓｔｕｄｙｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓａｌｏｃｕｓｆｏｒｎｏｎｓｙｎｄｒｏｍｉｃｃｌｅｆｔｌｉｐｗｉｔｈｏｒｗｉｔｈｏｕｔｃｌｅｆｔｐａｌａｔｅｏｎ８ｑ２４［Ｊ］．ＪＰｅｄｉａｔｒ，２００９，１５５（６）：９０９⁃９１３．［１２］ＣａｍａｒｇｏＭ，ＲｉｖｅｒａＤ，ＭｏｒｅｎｏＬ，ｅｔａｌ．ＧＷＡＳｒｅｖｅａｌｓｎｅｗｒｅｃｅｓ⁃ｓｉｖｅｌｏｃｉａｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈｎｏｎ⁃ｓｙｎｄｒｏｍｉｃｆａｃｉａｌｃｌｅｆｔｉｎｇ［Ｊ］．ＥｕｒＪＭｅｄＧｅｎｅｔ，２０１２，５５（１０）：５１０⁃５１４．［１３］ＬｕｄｗｉｇＫＵ，ＭａｎｇｏｌｄＥ，ＨｅｒｍｓＳ，ｅｔａｌ．Ｇｅｎｏｍｅ⁃ｗｉｄｅｍｅｔａ⁃ａｎａ⁃ｌｙｓｅｓｏｆｎｏｎｓｙｎｄｒｏｍｉｃｃｌｅｆｔｌｉｐｗｉｔｈｏｒｗｉｔｈｏｕｔｃｌｅｆｔｐａｌａｔｅｉｄｅｎｔｉｆｙｓｉｘｎｅｗｒｉｓｋｌｏｃｉ［Ｊ］．ＮａｔＧｅｎｅｔ，２０１２，４４（９）：９６８⁃９７１．［１４］ＭａｎｇｏｌｄＥ，ＬｕｄｗｉｇＫＵ，ＢｉｒｎｂａｕｍＳ，ｅｔａｌ．Ｇｅｎｏｍｅ⁃ｗｉｄｅａｓｓｏｃｉ⁃ａｔｉｏｎｓｔｕｄｙｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓｔｗｏｓｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙｌｏｃｉｆｏｒｎｏｎｓｙｎｄｒｏｍｉｃｃｌｅｆｔｌｉｐｗｉｔｈｏｒｗｉｔｈｏｕｔｃｌｅｆｔｐａｌａｔｅ［Ｊ］．ＮａｔＧｅｎｅｔ，２０１０，４２（１）：２４⁃２６．［１５］ＳｕｎＹ，ＨｕａｎｇＹ，ＹｉｎＡ，ｅｔａｌ．Ｇｅｎｏｍｅ⁃ｗｉｄｅａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｓｔｕｄｙｉ⁃ｄｅｎｔｉｆｉｅｓａｎｅｗｓｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙｌｏｃｕｓｆｏｒｃｌｅｆｔｌｉｐｗｉｔｈｏｒｗｉｔｈｏｕｔａｃｌｅｆｔｐａｌａｔｅ［Ｊ／ＯＬ］．ＮａｔＣｏｍｍｕｎ，２０１５，６：６４１４［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｎｃｏｍｍｓ７４１４．［１６］ＹｏｕｎｋｉｎＳＧ，ＳｃｈａｒｐｆＲＢ，ＳｃｈｗｅｎｄｅｒＨ，ｅｔａｌ．Ａｇｅｎｏｍｅ⁃ｗｉｄｅｓｔｕｄｙｏｆｄｅｎｏｖｏｄｅｌｅｔｉｏｎｓｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓａｃａｎｄｉｄａｔｅｌｏｃｕｓｆｏｒｎｏｎ⁃ｓｙｎ⁃ｄｒｏｍｉｃｉｓｏｌａｔｅｄｃｌｅｆｔｌｉｐ／ｐａｌａｔｅｒｉｓｋ［Ｊ／ＯＬ］．ＢＭＣＧｅｎｅｔ，２０１４，１５：２４［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１８６／１４７１⁃２１５６⁃１５⁃２４．［１７］ＥｓｈｅｔｅＭＡ，ＬｉｕＨ，ＬｉＭ，ｅｔａｌ．Ｌｏｓｓ⁃ｏｆ⁃ＦｕｎｃｔｉｏｎＧＲＨＬ３Ｖａｒｉａ⁃ｎｔｓＤｅｔｅｃｔｅｄｉｎＡｆｒｉｃａｎＰａｔｉｅｎｔｓｗｉｔｈＩｓｏｌａｔｅｄＣｌｅｆｔＰａｌａｔｅ［Ｊ／ＯＬ］．ＪＤｅｎｔＲｅｓ，２０１８，９７（１）：４１⁃４８［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１７７／００２２０３４５１７７２９８１９．［１８］ＭｕｅｓＧ，ＴａｒｄｉｖｅｌＡ，ＷｉｌｌｅｎＬ，ｅｔａｌ．ＦｕｎｃｔｉｏｎａｌａｎａｌｙｓｉｓｏｆＥｃ⁃ｔｏｄｙｓｐｌａｓｉｎ⁃Ａｍｕｔａｔｉｏｎｓｃａｕｓｉｎｇｓｅｌｅｃｔｉｖｅｔｏｏｔｈａｇｅｎｅｓｉｓ［Ｊ］．ＥｕｒＪＨｕｍＧｅｎｅｔ，２０１０，１８（１）：１９⁃２５．［１９］ＳｈｅｎＷ，ＷａｎｇＹ，ＬｉｕＹ，ｅｔａｌ．ＦｕｎｃｔｉｏｎａｌＳｔｕｄｙｏｆＥｃｔｏｄｙｓｐｌａ⁃ｓｉｎ⁃ＡＭｕｔａｔｉｏｎｓＣａｕｓｉｎｇＮｏｎ⁃ＳｙｎｄｒｏｍｉｃＴｏｏｔｈＡｇｅｎｅｓｉｓ［Ｊ／ＯＬ］．ＰＬｏＳＯｎｅ，２０１６，１１（５）：ｅ０１５４８８４［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｏｎｅ．０１５４８８４．［２０］ＳａｕｎａＺＥ，Ｋｉｍｃｈｉ⁃ＳａｒｆａｔｙＣ．Ｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｉｎｇｔｈｅｃｏｎｔｒｉｂｕｔｉｏｎｏｆｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓｍｕｔａｔｉｏｎｓｔｏｈｕｍａｎｄｉｓｅａｓｅ［Ｊ］．ＮａｔＲｅｖＧｅｎｅｔ，２０１１，１２（１０）：６８３⁃６９１．［２１］ＭａｋｒｙｔｈａｎａｓｉｓＰ，ＡｎｔｏｎａｒａｋｉｓＳＥ．Ｐａｔｈｏｇｅｎｉｃｖａｒｉａｎｔｓｉｎｎｏｎ⁃ｐｒｏ⁃ｔｅｉｎ⁃ｃｏｄｉｎｇｓｅｑｕｅｎｃｅｓ［Ｊ］．ＣｌｉｎＧｅｎｅｔ，２０１３，８４（５）：４２２⁃４２８．［２２］ＺｈｕＹ，ＴａｚｅａｒｓｌａｎＣ，ＳｕｈＹ．Ｃｈａｌｌｅｎｇｅｓａｎｄｐｒｏｇｒｅｓｓｉｎｉｎｔｅｒｐｒｅ⁃ｔａｔｉｏｎｏｆｎｏｎ⁃ｃｏｄｉｎｇｇｅｎｅｔｉｃｖａｒｉａｎｔｓａｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈｈｕｍａｎｄｉｓｅａｓｅ［Ｊ／ＯＬ］．ＥｘｐＢｉｏｌＭｅｄ（Ｍａｙｗｏｏｄ），２０１７，２４２（１３）：１３２５⁃１３３４［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１７７／１５３５３７０２１７７１３７５０．［２３］ＬｉＭＪ，ＹａｎＢ，ＳｈａｍＰＣ，ｅｔａｌ．Ｅｘｐｌｏｒｉｎｇｔｈｅｆｕｎｃｔｉｏｎｏｆｇｅｎｅｔｉｃｖａｒｉａｎｔｓｉｎｔｈｅｎｏｎ⁃ｃｏｄｉｎｇｇｅｎｏｍｉｃｒｅｇｉｏｎｓ：ａｐｐｒｏａｃｈｅｓｆｏｒｉｄｅｎｔｉｆ⁃ｙｉｎｇｈｕｍａｎｒｅｇｕｌａｔｏｒｙｖａｒｉａｎｔｓａｆｆｅｃｔｉｎｇｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ［Ｊ］．ＢｒｉｅｆＢｉｏｉｎｆｏｒｍ，２０１５，１６（３）：３９３⁃４１２．［２４］ＥＮＣＯＤＥＰｒｏｊｅｃｔＣｏｎｓｏｒｔｉｕｍ．ＡｎｉｎｔｅｇｒａｔｅｄｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａｏｆＤＮＡｅｌｅｍｅｎｔｓｉｎｔｈｅｈｕｍａｎｇｅｎｏｍｅ［Ｊ］．Ｎａｔｕｒｅ，２０１２，４８９（７４１４）：５７⁃７４．［２５］ＴｈｕｒｍａｎＲＥ，ＲｙｎｅｓＥ，ＨｕｍｂｅｒｔＲ，ｅｔａｌ．Ｔｈｅａｃｃｅｓｓｉｂｌｅｃｈｒｏｍａ⁃ｔｉｎｌａｎｄｓｃａｐｅｏｆｔｈｅｈｕｍａｎｇｅｎｏｍｅ［Ｊ／ＯＬ］．Ｎａｔｕｒｅ，２０１２，４８９（７４１４）：７５⁃８２［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｎａ⁃ｔｕｒｅ１１２３２．［２６］ＱｕＨ，ＦａｎｇＸ．ＡｂｒｉｅｆｒｅｖｉｅｗｏｎｔｈｅＨｕｍａｎＥｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａｏｆＤＮＡＥｌｅｍｅｎｔｓ（ＥＮＣＯＤＥ）ｐｒｏｊｅｃｔ［Ｊ／ＯＬ］．ＧｅｎｏｍｉｃｓＰｒｏｔｅｏｍｉｃｓＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２０１３，１１（３）：１３５⁃１４１［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０１６／ｊ．ｇｐｂ．２０１３．０５．００１．［２７］ＢｅｒｎｓｔｅｉｎＢＥ，ＳｔａｍａｔｏｙａｎｎｏｐｏｕｌｏｓＪＡ，ＣｏｓｔｅｌｌｏＪＦ，ｅｔａｌ．ＴｈｅＮＩＨＲｏａｄｍａｐＥｐｉｇｅｎｏｍｉｃｓＭａｐｐｉｎｇＣｏｎｓｏｒｔｉｕｍ［Ｊ］．ＮａｔＢｉｏｔｅｃｈ⁃ｎｏｌ，２０１０，２８（１０）：１０４５⁃１０４８．［２８］ＫｕｎｄａｊｅＡ，ＭｅｕｌｅｍａｎＷ，ＥｒｎｓｔＪ，ｅｔａｌ．Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆ１１１ｒｅｆｅｒｅｎｃｅｈｕｍａｎｅｐｉｇｅｎｏｍｅｓ［Ｊ／ＯＬ］．Ｎａｔｕｒｅ，２０１５，５１８（７５３９）：３１７⁃３３０［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｎａ⁃ｔｕｒｅ１４２４８．［２９］ＢｏｙｌｅＡＰ，ＨｏｎｇＥＬ，ＨａｒｉｈａｒａｎＭ，ｅｔａｌ．ＡｎｎｏｔａｔｉｏｎｏｆｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｖａｒｉａｔｉｏｎｉｎｐｅｒｓｏｎａｌｇｅｎｏｍｅｓｕｓｉｎｇＲｅｇｕｌｏｍｅＤＢ［Ｊ］．ＧｅｎｏｍｅＲｅｓ，２０１２，２２（９）：１７９０⁃１７９７．［３０］ＲｉｔｃｈｉｅＧＲ，ＤｕｎｈａｍＩ，ＺｅｇｇｉｎｉＥ，ｅｔａｌ．Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌａｎｎｏｔａｔｉｏｎｏｆｎｏｎｃｏｄｉｎｇｓｅｑｕｅｎｃｅｖａｒｉａｎｔｓ［Ｊ／ＯＬ］．ＮａｔＭｅｔｈｏｄｓ，２０１４，１１（３）：２９４⁃２９６［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｎｍｅｔｈ．２８３２．［３１］ＫｉｒｃｈｅｒＭ，ＷｉｔｔｅｎＤＭ，ＪａｉｎＰ，ｅｔａｌ．Ａｇｅｎｅｒａｌｆｒａｍｅｗｏｒｋｆｏｒｅｓ⁃ｔｉｍａｔｉｎｇｔｈｅｒｅｌａｔｉｖｅｐａｔｈｏｇｅｎｉｃｉｔｙｏｆｈｕｍａｎｇｅｎｅｔｉｃｖａｒｉａｎｔｓ［Ｊ／ＯＬ］．ＮａｔＧｅｎｅｔ，２０１４，４６（３）：３１０⁃３１５［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｎｇ．２８９２．［３２］ＫｈｕｒａｎａＥ，ＦｕＹ，ＣｏｌｏｎｎａＶ，ｅｔａｌ．Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅａｎｎｏｔａｔｉｏｎｏｆｖａｒｉ⁃ａｎｔｓｆｒｏｍ１０９２ｈｕｍａｎｓ：ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｔｏｃａｎｃｅｒｇｅｎｏｍｉｃｓ［Ｊ／ＯＬ］．Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０１３，３４２（６１５４）：１２３５５８７［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１２６／ｓｃｉｅｎｃｅ．１２３５５８７．［３３］ＳｈｉｈａｂＨＡ，ＲｏｇｅｒｓＭＦ，ＧｏｕｇｈＪ，ｅｔａｌ．Ａｎｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅａｐｐｒｏａｃｈｔｏｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇｔｈｅｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｅｆｆｅｃｔｓｏｆｎｏｎ⁃ｃｏｄｉｎｇａｎｄｃｏｄｉｎｇｓｅ⁃ｑｕｅｎｃｅｖａｒｉａｔｉｏｎ［Ｊ］．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２０１５，３１（１０）：１５３６⁃１５４３．［３４］ＰｏｌｌａｒｄＫＳ，ＨｕｂｉｓｚＭＪ，ＲｏｓｅｎｂｌｏｏｍＫＲ，ｅｔａｌ．Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎｏｆｎｏｎ⁃ｎｅｕｔｒａｌｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎｒａｔｅｓｏｎｍａｍｍａｌｉａｎｐｈｙｌｏｇｅｎｉｅｓ［Ｊ］．ＧｅｎｏｍｅＲｅｓ，２０１０，２０（１）：１１０⁃１２１．［３５］ＤｒｕｂａｙＤ，ＧａｕｔｈｅｒｅｔＤ，ＭｉｃｈｉｅｌｓＳ．Ａｂｅｎｃｈｍａｒｋｓｔｕｄｙｏｆｓｃｏｒｉｎｇｍｅｔｈｏｄｓｆｏｒｎｏｎ⁃ｃｏｄｉｎｇｍｕｔａｔｉｏｎｓ［Ｊ／ＯＬ］．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２０１８，３４（１０）：１６３５⁃１６４１［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０９３／ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ／ｂｔｙ００８．［３６］ＮａｔａｒａｊａｎＡ，ＹａｒｄｉｍｃｉＧＧ，ＳｈｅｆｆｉｅｌｄＮＣ，ｅｔａｌ．Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇｃｅｌｌ⁃ｔｙｐｅ⁃ｓｐｅｃｉｆｉｃｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｆｒｏｍｒｅｇｉｏｎｓｏｆｏｐｅｎｃｈｒｏｍａｔｉｎ［Ｊ／ＯＬ］．ＧｅｎｏｍｅＲｅｓ，２０１２，２２（９）：１７１１⁃１７２２［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１０１／ｇｒ．１３５１２９．１１１．［３７］ＤｏｎｇＸ，ＧｒｅｖｅｎＭＣ，ＫｕｎｄａｊｅＡ，ｅｔａｌ．Ｍｏｄｅｌｉｎｇｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｕｓｉｎｇｃｈｒｏｍａｔｉｎｆｅａｔｕｒｅｓｉｎｖａｒｉｏｕｓｃｅｌｌｕｌａｒｃｏｎｔｅｘｔｓ［Ｊ／ＯＬ］．Ｇｅ⁃ｎｏｍｅＢｉｏｌ，２０１２，１３（９）：Ｒ５３［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１８６／ｇｂ⁃２０１２⁃１３⁃９⁃ｒ５３．［３８］ＰｈｏｒｎｐｈｕｔｋｕｌＣ，ＡｎｉｋｓｔｅｒＹ，ＨｕｉｚｉｎｇＭ，ｅｔａｌ．Ｔｈｅｐｒｏｍｏｔｅｒｏｆａｌｙｓｏｓｏｍａｌｍｅｍｂｒａｎｅｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒｇｅｎｅ，ＣＴＮＳ，ｂｉｎｄｓＳｐ⁃１，ｓｈａｒｅｓｓｅｑｕｅｎｃｅｓｗｉｔｈｔｈｅｐｒｏｍｏｔｅｒｏｆａｎａｄｊａｃｅｎｔｇｅｎｅ，ＣＡＲＫＬ，ａｎｄｃａｕｓｅｓｃｙｓｔｉｎｏｓｉｓｉｆｍｕｔａｔｅｄｉｎａｃｒｉｔｉｃａｌｒｅｇｉｏｎ［Ｊ］．ＡｍＪＨｕｍＧｅｎｅｔ，２００１，６９（４）：７１２⁃７２１．［３９］ＮｉｉｍｉＴ，ＭｕｎａｋａｔａＭ，Ｋｅｃｋ⁃ＷａｇｇｏｎｅｒＣＬ，ｅｔａｌ．ＡｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｉｎｔｈｅｈｕｍａｎＵＧＲＰ１ｇｅｎｅｐｒｏｍｏｔｅｒｔｈａｔｒｅｇｕｌａｔｅｓｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｉｓａｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈａｎｉｎｃｒｅａｓｅｄｒｉｓｋｏｆａｓｔｈｍａ［Ｊ］．ＡｍＪＨｕｍＧｅｎｅｔ，２００２，７０（３）：７１８⁃７２５．［４０］ＨｕＸＺ，ＬｉｐｓｋｙＲＨ，ＺｈｕＧ，ｅｔａｌ．Ｓｅｒｏｔｏｎｉｎｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒｐｒｏｍｏｔｅｒｇａｉｎ⁃ｏｆ⁃ｆｕｎｃｔｉｏｎｇｅｎｏｔｙｐｅｓａｒｅｌｉｎｋｅｄｔｏｏｂｓｅｓｓｉｖｅ⁃ｃｏｍｐｕｌｓｉｖｅｄｉｓ⁃ｏｒｄｅｒ［Ｊ］．ＡｍＪＨｕｍＧｅｎｅｔ，２００６，７８（５）：８１５⁃８２６．［４１］ＴｈｅｕｎｓＪ，ＢｒｏｕｗｅｒｓＮ，ＥｎｇｅｌｂｏｒｇｈｓＳ，ｅｔａｌ．Ｐｒｏｍｏｔｅｒｍｕｔａｔｉｏｎｓｔｈａｔｉｎｃｒｅａｓｅａｍｙｌｏｉｄｐｒｅｃｕｒｓｏｒ⁃ｐｒｏｔｅｉｎｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎａｒｅａｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈＡｌｚｈｅｉｍｅｒｄｉｓｅａｓｅ［Ｊ］．ＡｍＪＨｕｍＧｅｎｅｔ，２００６，７８（６）：９３６⁃９４６．［４２］ＴｕｕｐａｎｅｎＳ，ＴｕｒｕｎｅｎＭ，ＬｅｈｔｏｎｅｎＲ，ｅｔａｌ．Ｔｈｅｃｏｍｍｏｎｃｏｌｏｒｅｃ⁃ｔａｌｃａｎｃｅｒｐｒｅｄｉｓｐｏｓｉｔｉｏｎＳＮＰｒｓ６９８３２６７ａｔｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ８ｑ２４ｃｏｎ⁃ｆｅｒｓｐｏｔｅｎｔｉａｌｔｏｅｎｈａｎｃｅｄＷｎｔｓｉｇｎａｌｉｎｇ［Ｊ／ＯＬ］．ＮａｔＧｅｎｅｔ，２００９，４１（８）：８８５⁃８９０［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｎｇ．４０６．［４３］Ｃｏｗｐｅｒ⁃ＳａｌｌａｒｉＲ，ＺｈａｎｇＸ，ＷｒｉｇｈｔＪＢ，ｅｔａｌ．Ｂｒｅａｓｔｃａｎｃｅｒｒｉｓｋ⁃ａｓｓｏｃｉａｔｅｄＳＮＰｓｍｏｄｕｌａｔｅｔｈｅａｆｆｉｎｉｔｙｏｆｃｈｒｏｍａｔｉｎｆｏｒＦＯＸＡ１ａｎｄａｌｔｅｒｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ［Ｊ／ＯＬ］．ＮａｔＧｅｎｅｔ，２０１２，４４（１１）：１１９１⁃１１９８［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｎｇ．２４１６．［４４］ＶｅｒｎｅｓＳＣ，ＳｐｉｔｅｒｉＥ，ＮｉｃｏｄＪ，ｅｔａｌ．Ｈｉｇｈ⁃ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔａｎａｌｙｓｉｓｏｆｐｒｏｍｏｔｅｒｏｃｃｕｐａｎｃｙｒｅｖｅａｌｓｄｉｒｅｃｔｎｅｕｒａｌｔａｒｇｅｔｓｏｆＦＯＸＰ２，ａｇｅｎｅｍｕｔａｔｅｄｉｎｓｐｅｅｃｈａｎｄｌａｎｇｕａｇｅｄｉｓｏｒｄｅｒｓ［Ｊ／ＯＬ］．ＡｍＪＨｕｍＧｅｎｅｔ，２００７，８１（６）：１２３２⁃１２５０［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０８６／５２２２３８．［４５］ＳｉｍｏｎｉｓＭ，ＫｏｏｒｅｎＪ，ｄｅＬａａｔＷ．Ａｎｅｖａｌｕａｔｉｏｎｏｆ３Ｃ⁃ｂａｓｅｄｍｅｔｈｏｄｓｔｏｃａｐｔｕｒｅＤＮＡｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ［Ｊ／ＯＬ］．ＮａｔＭｅｔｈｏｄｓ，２００７，４（１１）：８９５⁃９０１［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｎｍｅｔｈ１１１４．［４６］ＤｅｋｋｅｒＪ．Ｔｈｅｔｈｒｅｅ＆２０１８⁃０９⁃１１０３９；Ｃ＆２０１８⁃０９⁃１１０３９；ｓｏｆｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｃａｐｔｕｒｅ：ｃｏｎｔｒｏｌｓ，ｃｏｎｔｒｏｌｓ，ｃｏｎｔｒｏｌｓ［Ｊ／ＯＬ］．ＮａｔＭｅｔｈｏｄｓ，２００６，３（１）：１７⁃２１［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｎｍｅｔｈ８２３．［４７］ＺｈａｏＺ，ＴａｖｏｏｓｉｄａｎａＧ，ＳｊｏｌｉｎｄｅｒＭ，ｅｔａｌ．Ｃｉｒｃｕｌａｒｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｃａｐｔｕｒｅ（４Ｃ）ｕｎｃｏｖｅｒｓｅｘｔｅｎｓｉｖｅｎｅｔｗｏｒｋｓｏｆｅｐｉｇｅ⁃ｎｅｔｉｃａｌｌｙｒｅｇｕｌａｔｅｄｉｎｔｒａ⁃ａｎｄｉｎｔｅｒｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ［Ｊ］．ＮａｔＧｅｎｅｔ，２００６，３８（１１）：１３４１⁃１３４７．［４８］ｖａｎＢｅｒｋｕｍＮＬ，ＤｅｋｋｅｒＪ．Ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇｓｐａｔｉａｌｃｈｒｏｍａｔｉｎｏｒｇａｎｉ⁃ｚａｔｉｏｎｏｆｌａｒｇｅｇｅｎｏｍｉｃｒｅｇｉｏｎｓｕｓｉｎｇ５Ｃｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ［Ｊ］．ＭｅｔｈｏｄｓＭｏｌＢｉｏｌ，２００９，５６７：１８９⁃２１３．［４９］ＧａｖｒｉｌｏｖＡ，ＥｉｖａｚｏｖａＥ，ＰｒｉｏｚｈｋｏｖａＩ，ｅｔａｌ．Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｃｏｎｆｏｒ⁃ｍａｔｉｏｎｃａｐｔｕｒｅ（ｆｒｏｍ３Ｃｔｏ５Ｃ）ａｎｄｉｔｓＣｈＩＰ⁃ｂａｓｅｄｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ［Ｊ］．ＭｅｔｈｏｄｓＭｏｌＢｉｏｌ，２００９，５６７：１７１⁃１８８．［５０］ＲａｏＳＳ，ＨｕｎｔｌｅｙＭＨ，ＤｕｒａｎｄＮＣ，ｅｔａｌ．Ａ３Ｄｍａｐｏｆｔｈｅｈｕｍａｎｇｅｎｏｍｅａｔｋｉｌｏｂａｓｅｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎｒｅｖｅａｌｓｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓｏｆｃｈｒｏｍａｔｉｎｌｏｏｐｉｎｇ［Ｊ／ＯＬ］．Ｃｅｌｌ，２０１４，１５９（７）：１６６５⁃１６８０［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０１４．１１．０２１．［５１］ＳｍｅｍｏＳ，ＴｅｎａＪＪ，ＫｉｍＫＨ，ｅｔａｌ．Ｏｂｅｓｉｔｙ⁃ａｓｓｏｃｉａｔｅｄｖａｒｉａｎｔｓｗｉｔｈｉｎＦＴＯｆｏｒｍｌｏｎｇ⁃ｒａｎｇｅｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｃｏｎｎｅｃｔｉｏｎｓｗｉｔｈＩＲＸ３［Ｊ］．Ｎａｔｕｒｅ，２０１４，５０７（７４９２）：３７１⁃３７５．［５２］ＵｒｎｏｖＦＤ，ＲｅｂａｒＥＪ，ＨｏｌｍｅｓＭＣ，ｅｔａｌ．Ｇｅｎｏｍｅｅｄｉｔｉｎｇｗｉｔｈｅｎ⁃ｇｉｎｅｅｒｅｄｚｉｎｃｆｉｎｇｅｒｎｕｃｌｅａｓｅｓ［Ｊ／ＯＬ］．ＮａｔＲｅｖＧｅｎｅｔ，２０１０，１１（９）：６３６⁃６４６［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｎｒｇ２８４２．㊀㊀［５３］ＭｉｌｌｅｒＪＣ，ＴａｎＳ，ＱｉａｏＧ，ｅｔａｌ．ＡＴＡＬＥｎｕｃｌｅａｓｅａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅｆｏｒｅｆｆｉｃｉｅｎｔｇｅｎｏｍｅｅｄｉｔｉｎｇ［Ｊ］．ＮａｔＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２０１１，２９（２）：１４３⁃１４８．［５４］ＣｏｎｇＬ，ＲａｎＦＡ，ＣｏｘＤ，ｅｔａｌ．Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｇｅｎｏｍｅｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇｕ⁃ｓｉｎｇＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓｓｙｓｔｅｍｓ［Ｊ／ＯＬ］．Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０１３，３３９（６１２１）：８１９⁃８２３［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１２６／ｓｃｉｅｎｃｅ．１２３１１４３．㊀㊀［５５］ＡｎｄｒｅｙＧ，ＳｐｉｅｌｍａｎｎＭ．ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９ＧｅｎｏｍｅＥｄｉｔｉｎｇｉｎＥｍ⁃ｂｒｙｏｎｉｃＳｔｅｍＣｅｌｌｓ［Ｊ／ＯＬ］．ＭｅｔｈｏｄｓＭｏｌＢｉｏｌ，２０１７，１４６８：２２１⁃２３４［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１００７／９７８⁃１⁃４９３９⁃４０３５⁃６＿１５．［５６］ＺｈａｎｇＦ，ＬｕｐｓｋｉＪＲ．Ｎｏｎ⁃ｃｏｄｉｎｇｇｅｎｅｔｉｃｖａｒｉａｎｔｓｉｎｈｕｍａｎｄｉｓｅａｓｅ［Ｊ／ＯＬ］．ＨｕｍＭｏｌＧｅｎｅｔ，２０１５，２４（Ｒ１）：Ｒ１０２⁃Ｒ１１０［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０９３／ｈｍｇ／ｄｄｖ２５９．［５７］ＳａｒｅｅｎＤ，Ｏ ＲｏｕｒｋｅＪＧ，ＭｅｅｒａＰ，ｅｔａｌ．ＴａｒｇｅｔｉｎｇＲＮＡｆｏｃｉｉｎｉＰＳＣ⁃ｄｅｒｉｖｅｄｍｏｔｏｒｎｅｕｒｏｎｓｆｒｏｍＡＬＳｐａｔｉｅｎｔｓｗｉｔｈａＣ９ＯＲＦ７２ｒｅｐｅａｔｅｘｐａｎｓｉｏｎ［Ｊ／ＯＬ］．ＳｃｉＴｒａｎｓｌＭｅｄ，２０１３，５（２０８）：２０８ｒａ１４９［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１２６／ｓｃｉｔｒａｎｓｌ⁃ｍｅｄ．３００７５２９．㊀㊀［５８］ＤｏｎｎｅｌｌｙＣＪ，ＺｈａｎｇＰＷ，ＰｈａｍＪＴ，ｅｔａｌ．ＲＮＡｔｏｘｉｃｉｔｙｆｒｏｍｔｈｅＡＬＳ／ＦＴＤＣ９ＯＲＦ７２ｅｘｐａｎｓｉｏｎｉｓｍｉｔｉｇａｔｅｄｂｙａｎｔｉｓｅｎｓｅｉｎｔｅｒｖｅｎ⁃ｔｉｏｎ［Ｊ］．Ｎｅｕｒｏｎ，２０１３，８０（２）：４１５⁃４２８．［５９］ＫｏＥ，ＳｅｏＨＷ，ＪｕｎｇＥＳ，ｅｔａｌ．ＴｈｅＴＥＲＴｐｒｏｍｏｔｅｒＳＮＰｒｓ２８５３６６９ｄｅｃｒｅａｓｅｓＥ２Ｆ１ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｂｉｎｄｉｎｇａｎｄｉｎｃｒｅａｓｅｓｍｏｒｔａｌｉｔｙａｎｄｒｅｃｕｒｒｅｎｃｅｒｉｓｋｓｉｎｌｉｖｅｒｃａｎｃｅｒ［Ｊ／ＯＬ］．Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ，２０１６，７（１）：６８４⁃６９９［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１８６３２／ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ．６３３１．［６０］ＧｏｎｇＪ，ＴｉａｎＪ，ＬｏｕＪ，ｅｔａｌ．Ａｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｉｎｌｎｃ⁃ＬＡＭＣ２⁃１：１ｃｏｎｆｅｒｓｒｉｓｋｏｆｃｏｌｏｒｅｃｔａｌｃａｎｃｅｒｂｙａｆｆｅｃｔｉｎｇｍｉＲＮＡｂｉｎｄｉｎｇ［Ｊ／ＯＬ］．Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ，２０１６，３７（５）：４４３⁃４５１［２０１８⁃０９⁃１１］．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０９３／ｃａｒｃｉｎ／ｂｇｗ０２４．（收稿日期：２０１８－０９－１１）（本文编辑：曹灵）。

Ｍａ Ｊｉｎｇｚｈａｉ，ｅｔ ａｌ
Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆＭａｘｉｌｌｏｆａｃｉａｌ Ｓｕｒｇｅｒｙ，Ｔｈｅ Ａｆｆ ｌｉａｔｅｄ Ｓｔｏｍａｔｏｌｏｇｙ Ｃｏ ｇｅ ｏ ｆＬｕｚｈｏｕ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｃｏ ｇｅ
Ａｂｓｔｒａｃｔ Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ：Ｔｏ ｓｔｕｄｙ ｔｈｅ ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ ｂｅｔｗｅｅｎ ｔｒａｎｓｆｏｒｍｉｎｇ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ—Ｏｔ （ＴＧＦ一 １ ｇｅｎｅ ａｎｄ ｎｏｎｓｙｎｄｒｏｍｉｃ ｃｌｅｆｔ ｌｉｐ ｗｉｔｈ ｏｒ ｗｉｔｈｏｕｔ ｃｌｅｆｔ ｐａｌａｔｅ ｒＮＳＣＬＰ）ｉｎ ｔ ｈｅ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｈａｎ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ．Ｍｅｔｈｏｄｓ：ＴＧＦ一仅ｇｅｎｅ ｗａｓ ｅｘａｍｉｎｅｄ ｂｙ ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ ｃｈａｉｎ ｒｅａｃｔｉｏｎ（ＰＣＲ）ａｎｄ ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ ｆｒａｇｍｅｎｔ ｌｅｎｇｔｈ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ（ＲＦＬＰ）ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ＮＳＣＬＰ ａｎｄ ｈｅａｌｔ ｈｙ Ｃｈｉｎｅｓｅ ｓｕｂｊｅｃｔｓ．Ｒｅｓｕｌｔｓ：Ｔｈｅ Ｃ １ ａｌｌｅｌｅ ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ ｏｆ ＴＧＦ－ｃｄＴａｑ １ ｗａｓ
作 者 简介 ：马 敬 斋 （１９７５一），男 ，主 治 医师 ，硕 士生
无关 。
关 键 词 唇 裂 ；腭 裂：遗 传 学；转 化 生 长 因子 一仅基 因 ；聚 合 酶 链 反 应 一限 制 性 片段 长度 多态性
中 图分 ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ 号 Ｒ７８２．２
文 献 标 识 码 Ａ
文 章编 号 １０００－２６６９（２００７）３－０１８５—ｏ４
ＡＳＳＯＣＩＡＴＩＯＮ ＯＦ ＮＯＮ’ＳＹＮＤＲｏＭ ＩＣ ＣＬＥＦＴ ＬＩＰ ＡＮＤ ＰＡＬＡＴＥ Ｗ ＩＴＨ ＴＧ Ｆ一 Ｇ ＥＮＥ ＰｏＬＹＭ ｏ ＲＰＨＩＳＭ Ｓ

２．基准平面（见图２）：前颅底平面（ＳＮ）：由蝶鞍点与鼻根点的连线组成眶耳平面（ＦＨ）：由耳点与眶点的连线组成Ｂｏｌｔｏｎ平面：由Ｂｏｌｔｏｎ点与鼻根点的连线组成图２基准平面３．测爨平面（见图３）：腭平霹（ＰＰ）：由前黪棘点与后鼻麟点的连线级成嚣平霹（Ｎ－Ｐｏｇ）：幽舞裰点与颧髓点的连线缀成Ｙ轴（Ｓ－Ｇｎ）：蝶鞍点与颏顶点的连线组成图３测量平面四川大学华西口腔医学院硕士学位论文多５个（见下图），５０％的该系小鼠表现出心血管畸形和甲状旁腺发育不全。

从Ｉｄｄ到ｈｒｖｃｆ和三个细菌人工染色体（ＢＡＣ）所含的基因序列的总长度与Ｌｇｄｅｉ／＋，＇Ｊ、，鼠的缺失范围相当，都为１．５Ｍｂ，三个ＢＡＣ中有一个长２００ｋｂ，包括ＧＰｌＢＢ、ＰＮＵＴＬｌ、ＴＢＸｌ、ＷＩ）Ｒ１４四个基因的区段为造成该系小鼠发生心血管畸形的关键区域，将上述四个人类基因转染小鼠，在杂合小鼠胚胎中也发现有心血管畸形“”，说明四个基因中的某个与ｖｃＦＳ／ＤＧＳ所造成的畸形有关。

小鼠１６号染色体（ＭＭＩｌｌ６）部分基因和与之对应的人的２２号染色体部分基因。

Ａ染色体２２ｑｌｌ（ＨＳＡ２２）部分序列和ＷｇＪｌ６部分序列，箭头表示两物种基因组台之间的差异。

Ｂ．已经被培育出来的小鼠品系和包含了转入基园的三个ＢＡＣ。

２．３候选基因的研究大量研究证实ＶＣＦＳ／ＤＧＳ的特征性表现主要与神经嵴细胞缺失或功能障碍有关“５１蚓。

切除神经嵴细胞的小鼠会产生与ＶＣＦＳ／ＤＧＳ相似的表型，因此，与神经嵴细胞功能有关的基因就成为ＶＣＦＳ／ＤＧｓ的候选基因。

随着小鼠模型的建立和染色体２２ｑ１１上ＶＣＦＳ／ＤＧＳ缺失区段内基因的逐渐检出，学者们近年来将注意力集中到了导致ＶＣＦＳ心血管畸形的区段，并通过基因之间的互补作用证实了该区段。

而且完整包含了ＧＰｌＢＢ、ＰＮＵＴＬｔ、ＴＢＸｌ、ＷＤＲｌ４四个基因的纯合小鼠，也具有和ＶＣＦＳ／ＤＧＳ类似的心血管畸形““，以上都表明四个基因中。

中国东北人群中转化生长因子—α基因rs3771494单核苷酸多态性与非综合征唇腭裂的关系目的：探讨转化生长因子-α（TGF-α）基因rs3771494多态性与中国东北部人群非综合征唇腭裂的相关性。

方法：收集2008-2012年东北地区非综合征唇腭裂患者236例作为病例组，正常对照者400例作为对照组，利用基因芯片检测两组基因型并进行分析比较。

结果：病例组基因型TC、CC及TC+CC的频率均高于对照组，比较差异均有统计学意义（P＜0.05）。

结论：中国东北人群中TGF-α基因rs3771494位点基因型TC和CC与非综合征唇腭裂的发病密切相关。

非综合征唇腭裂（nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate，NSCL/P）是指不伴有其他先天畸形的唇腭裂，是人类最常见的先天性畸形之一，是一种遗传、环境因素及两者相互作用所致的多基因多因素遗传疾病[1-5]。

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）是新一代遗传标记，由于其密度高、遗传稳定性好、具有代表性、分析易自动化等特性成为第3代基因遗传标记，被认为是影响人类疾病易感性和药物反应的决定性因素[6]。

在临床工作中，可以利用单核苷酸多态性这种最新的遗传标记寻找疾病的致病基因，诊断及预测疾病发生风险。

其中，首次被提出的易感基因是转化生长因子-α（transforming growth factor-α，TGF-α）基因（定位于2p13），有研究证实TGF-α基因Tag I的特定C2等位基因与非综合征唇腭裂有关系，而随后有部分学者则没有得到类似的结论。

目前，已经发现了TGF-α基因的356个SNP和20个插入/缺失与非综合征唇腭裂的发病相关[7]。

由于地区环境和种族差异的影响，该基因在不同文献的结果也有所区别。

本研究以东北地区236例非综合征唇腭裂患者及400例正常人为研究对象，用基因芯片的方法检测TGF-α基因rs3771494多态性，用以分析东北地区人群非综合征唇腭裂与TGF-α基因多态性的相关性，现具体报道如下。

唇腭裂相关心理学研究进展综述-医学心理学论文-基础医学论文-医学论文——文章均为WORD文档，下载后可直接编辑使用亦可打印——唇裂、腭裂是最常见的先天性口腔颌面部发育畸形，全世界发生率为1~2。

唇腭裂序列治疗即在患者从出生到长大成人的每一个生长发育阶段，有计划地分期治疗其相应的形态、功能和心理缺陷。

这种围绕疾病采取综合治疗的模式需要多学科医生的参与配合，具体涉及的学科包括口腔颌面外科、口腔正畸科、耳鼻咽喉科、语言病理学、心理学以及社会工作者等。

1、唇腭裂相关心理学研究的历史发展在唇腭裂序列治疗的理念尚未正式提出之前，对唇腭裂患者的心理及行为的观察和早期研究就已开始。

1969年，英国儿童心理学家Clifford通过采访唇腭裂患儿的抚养者了解患儿的行为状况；后又与一些学者合作，对82名已接受一期唇腭裂整复手术的成年患者进行了问卷调查。

此后，唇腭裂患者的心理学研究在欧洲开始兴起。

初期的研究主要着眼于唇腭裂患者的一般心理状况。

研究者们主要采用智力测评和心理障碍筛查的方法对患者进行观察和评估，结果表明：唇腭裂患儿的智力水平总体上属于正常范围，然而平均智力水平分值明显低于正常儿童，且语言发育迟缓或发育障碍的发生频率较高；另一方面，唇腭裂患者的心理状况好于人们的预期，并不存在普遍的和重大的心理障碍。

20世纪80年代，随着各种评估特定心理状况的量表和问卷应用于唇腭裂患者的心理及行为调查，学者们开始发现，虽然唇腭裂患者总体的心理状况良好，但其具有某些异于常人的心理特征，并表现出较高概率的行为问题。

这一时期，由于医学影像学在CT等检测仪器上的重大进步，神经心理学也有了更深入的发展。

学者们开始从大脑形态、组织结构与发育等方面探索唇腭裂患儿的心理障碍病因机制，特别是语言障碍的发生。

进入到20世纪90年代，国内学者开始重视心理研究和干预治疗在唇腭裂序列治疗中的地位，各种量表的引进与本土化也为国内相关研究提供了有利条件。

国内的唇腭裂相关心理研究以量表评估和问卷调查为主，旨在发现患者的具体心理问题诉求，从而为下一步的心理干预提供依据。

非综合征型唇裂伴或不伴腭裂的遗传方式汪云;朱文丽;郭晋臻;宋晓明;李书琴;李勇【期刊名称】《中国生育健康杂志》【年(卷),期】2009(020)001【摘要】目的为探讨非综合征型唇裂伴或小伴腭裂的遗传方式,对其高发家系进行遗传学研究. 方法采用分离分析法和多基因阈值理论分析法对37个非综合征型唇裂伴或不伴腭裂的高发家系进行分析. 结果先证者的亲属患病率分别是一级亲属为29.89%(26/87),二级亲属为2.70%(4/148);其亲属发病率高低与血缘关系近远相关,与先让者血缘关系越近的亲属患病率越高;非综合征型唇裂伴或不伴腭裂的遗传方式不同于常染色体单基因显性、隐性遗传及性连锁遗传,而符合多基因遗传,其一级、二级亲属加权平均遗传度为(148.40±8.20)%. 结论非综合征型唇裂伴或不伴腭裂的遗传方式为多基因遗传.【总页数】4页(P23-26)【作者】汪云;朱文丽;郭晋臻;宋晓明;李书琴;李勇【作者单位】100191,北京,北京大学医学部公共卫生学院营养与食品卫生学系;100191,北京,北京大学医学部公共卫生学院营养与食品卫生学系;100191,北京,北京大学医学部公共卫生学院营养与食品卫生学系;100191,北京,北京大学医学部公共卫生学院营养与食品卫生学系;中国医科大学盛京医院;100191,北京,北京大学医学部公共卫生学院营养与食品卫生学系【正文语种】中文【中图分类】R78【相关文献】1.非综合征性唇裂伴或不伴腭裂基因位点的研究 [J], 孙海鹏2.ADAMTS17基因多态性与宁夏人群非综合征型\r唇裂伴或不伴腭裂的相关性研究 [J], 郭飞行;马坚;于丽丽;于健敏;周子玲;黄永清3.非综合征性唇裂伴或不伴腭裂与TGFα基因多态性的关系 [J], 唐莹;邓莹;朱军4.家族性非综合征性唇裂伴或不伴腭裂的基因研究 [J], 静广平;焦晓辉5.非综合征性唇裂伴或不伴腭裂与BCL3关系的研究 [J], 静广平;焦晓辉;贾丛辉因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

ｇ ｎ ｓｏ ｌ ｆ ｌ ／ ａ ａｅ ｂ ｃ ｍｅ ｔ ｅ ｒ ｓ ａ ｃ ｏ ｐ ｔ Ｍａ ｙ ｒ ｓ ａ ｃ ｅ ａ ｅ ｎ ｄ ｎ ｎ ｏ ｒ ｒ ｅ ｕ ｔ Ｉ ｈ ｓ ｅ ｅ ｆｃ ｅｔ ｉ ｐ ｌ ｔ ｅ ａ ｈ ｅ ｅ ｒ ｈ ｈ ｔｓ ｏ ． ｐ ｎ ｅ ｅ ｒ ｈ ｓｈ ｄ ｂ ｅ ｏ ｅ ａ ｄ ｇ ｔｐ ｉ ｙ ｒ ｓ ｌ ｍａ ． ｎ ｔ ｉ ａ ｔ ｌ ｅ ｉ ｗ ｔ ｅ ｒ ｃ ｎ ｌ ｔ ｌｇ ｅ ｅ ｒ ｈ ｏ ｌ ｆ ｌ ／ ａａ ｅ ｉ ｃ ｕ ｉ ｇ ｔ ｅ ｄ ｔｃ ｉｎ ｏ ｕ ｃ ｐ ｉ ｌ ｅ ｅ、ｐ ｄ ｍｉ ｌｇ ｒｉ ｅ ｗｅ ｒｖ ｅ ｈ ｅ ｅ ｔ ｅ ｉ ｏ ｙ ｒ ｓ ａ ｃ ｆ ｅｔ ｉ ｐ ｌ ｔ， ｎ ｌ ｄ ｎ ｈ ｅｅ ｔ ｆｓ ｓ ｅ ｔ ｅ ｇ ｎ ｅ ｉ ｅ ｏｏ ｙ ｃ ｙ ｏ ｃ ｐ ｏ ｂ ａ ｄ ａ ｉ ｌｍｏ ｅ． ｎ ｎ ｍａ ｄ １
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专家论坛 ・
唇 腭 裂病 因 学研 究 的新 进 展
黄 洪 章
（ 山 大 学 光 华 口腔 医学 院 ． 东 广 州 ５ ０ ５ ） 中 广 １０ ５
【 先天性唇腭裂是一种常见 的多基因遗传病 ， 摘要】 是遗传因素和环境 因素综 合作用 的
结 果 ， 着 人类 基 因组 计 划 的完 成 ， 随 先天 性 唇 腭 裂 易感 基 因 的研 究 已 成热 点 ． 外许 多学 国 者 已进 行 了大 量 的 研 究 ， 取得 了初 步 的 成 果 。本 文 回顾 近 年来 在 唇 腭 裂病 因学 研 究 方 并
Ａｄ ａ ｃ ｓ Ｅｔ ｌ ｇ ｆ Ｃｌｆ ｉ ｎ ／ ｒ Ｐ ｌ ｔ ｖ ｎ ｅ ｉ ｏ ｙ ｏ ｅｔＬ ｐ ａ ｄ ｏ ａａ ｅ ｏ

基于核心家系的CES1基因多态性与非综合征型唇腭裂易感性的关联分析蒙宁;牟云;于大海;陈凤强;陆树健;章鉴玮【摘要】目的:利用以核心家系为基础的关联分析,探讨唇腭裂候选基因羧酸酯酶1 (CES1)基因多态性与非综合征型唇腭裂(NSCL/P)易感性的关系.方法:收集12例完整的患儿-健康父母3人核心家系(包含12例患儿组,24例父母组)作为研究对象,运用家系分析(FBAT)软件分析CES1基因多态性与NSCL/P易感性之间的关联性.结果:在FBAT检验的累加模式、显性模式以及隐性模式下均未显示CES1单核苷酸多态性位点(SNP)等位基因的分布与NSCL/P存在遗传学关联,FBAT累加模式下(A:Z=-0.229,P=0.819;G:Z=0.229,P=0.819)显性模式下(G:Z=-0.333,P=0.739)隐性模式下(A:Z=0.333,P=0.739).结论:虽然全基因关联性分析发现参与肝脏解毒功能主要基因CES1与唇腭裂的发生有关,但是通过FBAT分析CES1等位基因与唇腭裂无遗传学关联.该基因突变可能是随机产生的,具有这些基因突变的个体,可能对环境因素中化学毒物的敏感性增加,导致唇腭裂的产生.【期刊名称】《广西医科大学学报》【年(卷),期】2014(031)005【总页数】3页(P759-761)【关键词】非综合征型唇腭裂;羧酸酯酶1;单核苷酸多态性;家系分析【作者】蒙宁;牟云;于大海;陈凤强;陆树健;章鉴玮【作者单位】广西医科大学附属口腔医学院口腔颌面外科南宁530021;广西医科大学附属口腔医学院口腔颌面外科南宁530021;广西医科大学附属口腔医学院口腔颌面外科南宁530021;广西医科大学第三附属医院口腔科;广西医科大学附属口腔医学院口腔颌面外科南宁530021;广西医科大学附属口腔医学院口腔颌面外科南宁530021【正文语种】中文【中图分类】R782.2目前的研究认为非综合征型唇腭裂（NSCL／P）病因是多因素的，可能由某些遗传易感因子和环境危险因子暴露所引起。

唇腭裂心理干预研究进展唇腭裂（Cleft Lip and Palate）是颅颌面部常见的一种先天性畸形，不同种族人群中的发病率有所差异，我国的总体发病约为1.6‰，其中男性多于女性，比例约为1.5：1[1-3]。

20世纪30年代，英国唇腭裂治疗诊所的创始人Cooper提出唇腭裂序列治疗（Sequential Treatment），治疗包括重建唇腭部形态，恢复语言、咀嚼、吞咽、听力和通气生理功能，关注患儿的心理，其治疗目的在于最大程度地恢复患儿的容貌，完善患儿生理功能和鼓励他们以良好的心态融入社会[4-5]。

王歆等[6-11]学者经多年研究发现唇腭裂患儿从出生开始，就因为其独特的面部畸形给家属造成了巨大的心理压力，大部分患儿的家属感到焦虑和自责。

而其态度决定了患儿以后在生理、心理、行为等方面是否能够正常发展。

随着患儿逐渐长大，患儿自身产生自卑和抑郁，即便接受了手术治疗，外貌和语言功能也很难恢复到正常状态，这不仅影响患儿及家属的生活质量，同时也会引发社会问题，因此对患儿以及家属进行心理干预具有重要的意义，应该得到重视。

本文就唇腭裂心理干预的研究进展综述如下。

1 唇腭裂患儿家属的心理健康状况1.1 唇腭裂手术修复之前：祖思等[12-16]研究显示，仅有少数家属对新生唇腭裂患儿给予更多的保护和关注，使得患儿获得更多的安全感，约3/4患儿家属对唇腭裂患儿的出生感到震惊、失望、自卑和睡眠障碍，业内称之为“打击综合征（Shock Syndrome）”，但因受到多种因素，如：经济、文化程度、职业和性别的影响，表现的程度也不同。

随后的喂养困难、对发病原因和治疗方法的不了解、家属的指责、旁人的目光和世俗的偏见等多种因素增添了唇腭裂患儿家长的心理压力，使得家长出现为焦虑、敌对、自卑、抑郁和人际关系敏感等心理状况，无法面对来自亲友和外人的异样眼光，当向周围的人解释患儿畸形时，加重家长的精神痛苦，对患儿前途的忧虑及各种手术费用和花费的经济负担等也可使家长的精神状态进一步恶化，甚至不愿意主动接近患儿或产生遗弃患儿的念头。