相关名词解释
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一
ISSR标记(简单重复序列区间多态性)
ISSR (InterSimple SequenceRepeat)是在微卫星标记的基础上发展起来的一种相近的分子标
记技术,也称ASSR (Anchored -Simple Sequence Re-peat),是一种类似RAPD,但利用包含
重复序列并在5.端或3.端锚定单寡聚核苷酸引物对基因组进行PCR扩增的标记系统
[53].它是由Zietkiewicz等[54]于1994年创建的一种简单序列重复区间扩增多态性分子
标记. ISSR标记根据植物广泛存在SSR特点来设计引物,无需预先克隆和测序.用于
ISSR-PCR扩增的引物通常为16-18个碱基序列,由1-4个碱基组成的串联重复和几个非
重复的锚定碱基组成,从而保证了引物与基因组DNA中SSR的5.或3.末端结合,导致位
于反向排列,间隔不太大的重复序列间的基因级节段进行PCR扩增. SSR在真核生物中
的分布是非常普遍的,并且进化变异速度非常快,因而锚定引物的ISSR-PCR可以检测基
因组许多位点的差异.ISSR标记结合了RAPD和SSR的优点,具有模板需要量少,多态性
丰富,无需试剂盒,结果记录方便,实验成本低,操作简单,实验稳定性较高等优点.缺点是
PCR扩增时最适反应条件需要逐个确定;它为显性遗传标记,不能区分显性纯合基因型和
杂合基因型.然而,近期研究表明, ISSR标记技术在缺乏分子遗传学研究背景的濒危植物
遗传多样性水平评价中显示出极大的优势[55].除了上述广泛应用的DNA分子标记外,
当前还有基于PCR技术的SSCP标记(单链构象多态性)、SNP标记(单核苷酸多态)、STS
标记(序列靶位点)以及基于DNA探针的SSLP标记(小卫星简单序列重复长度多态性)
等.综上所述,任何一种检测遗传多样性的方法都存在各自的优点和局限,还找不到一种
可以完全取代其他方法的技术.因此,包括经典的形态学、细胞学、以及同工酶和DNA
技术在内,各种方法都能从各自的角度提供有价值的信息,都有助于认识遗传多样性及其
生物学意义[13].
1、超纯水 UP
超纯水:Ultrapure水 (超纯水),既将水中的导电介质几乎完全去除,又将水中不离解的
胶体物质、气体及有机物均去除至很低程度的水。电阻率大于18MΩ*cm,或接近18.3MΩ*cm
极限值。
2、RO水:也称纯水。
即通过反渗透膜过滤后的水,反渗透膜的孔径一般为10A到100A之间,所以它能够去除
95%以上的离子态杂质。
3、蒸馏水 D H2O
蒸馏水:利用液体混合物中各组分挥发度的差别,使H2O汽化并随之使蒸气部分冷凝分离
而得的水。
4、dd双蒸水 DD H2O
H2O:Distillation-Distillation H2O(双蒸水),经过2次蒸馏而得的水。
5、去离子水 DI
离子水,把水里的阴阳离子都除掉的水。主要通过RO膜和混床树脂来把水中的离子除掉。
但,现在也有不少人把RO水也叫去离子水,这是不准确的。
超纯水是时下纯度最高的水,其次是双级反渗透水(双级RO水)、双蒸水(ddH2O)、纯水
(RO水)、蒸馏水。
二
1、10×PCR buffer
:是指的10×扩增缓冲液
2、dNTP:
是指deoxy-ribonucleoside triphosphate(脱氧核糖核苷三磷酸)的缩写。dNTP溶于pH
为7.0的NaOH贮存液中,最初的贮存液可稀释到10mol/L,分装后存放在-20℃冰箱中。
dNTP使用浓度在20~200 μmol/L之间。4种dNTP•必须等浓度配合以减少错配误差。在
PCR反应中,使用低dNTP浓度,•可减少非靶位置启动和延伸时的核苷酸错误掺入。一般可
根据靶序列的长度和组成来决定最低dNTP浓度。例如在100μl•的反应体系中,4种dNTP
的浓度为20μmol/L,可基本满足合成2.6μg DNA或•10pmol/L•的400bp序列。
3、Taq酶
就是在做PCR(聚合酶链式反应)过程中要加入的一种催化剂。Taq酶是从耐热菌中得到
的,所以能耐高温,72度也不会变性,而一般的酶则超过37度就变性了。
4、16s rDNA
16S中的"S"是一个沉降系数,亦即反映生物大分子在离心场中向下沉降速度的一个指标,
值越高,说明分子越大。
rDNA 和rRNA中的小写字母"r"是ribosome(核糖体)的缩写。
rDNA指的是基因组中编码核糖体RNA(rRNA)分子的对应的DNA序列,也就是编码16S
rRNA的基因。
rRNA指的是rDNA的转录产物,它是构成核糖体的重要成分,核糖体由许多小的rRNA分
子组装而成,16S rRNA是其中一个组件.
5密码子
codon,亦称三联体密码。RNA分子中每相邻的三个核苷酸编成一组,在蛋白质合成时,
代表某一种氨基酸。科学家已经发现,信使RNA在细胞中能决定蛋白质分子中的氨基酸种
类和排列次序。也就是说,信使RNA分子中的四种核苷酸(碱基)的序列能决定蛋白质分
子中的20种氨基酸的序列。
反密码子 是指转运RNA上的一端的三个碱基排列顺序。其联系是:DNA(基因)的遗传信息
通过转录传递到信使RNA上,转运RNA一端携带氨基酸,另一端反密码子与信使RNA上
的密码子(碱基)配对。
6 PCR:
Polymerase chain reaction,即聚合酶链反应,是80年代中期发展起来的体外核酸扩增技术