10 微生物的分类和鉴定

是非题
1．所谓“模式菌株”通常是指一个细菌的种内 最具代表性的菌株。 3，两种细菌的G+c含量相近，说明它们亲缘关 系近，反之，G+c含量差别大说明它们亲缘关 系远。 5．数值分类由于采用了先进的计算机技术，减 少了大量的特征测定的实验操作，所以它是比 较科学的现代微生物系统分类方法。
6．物理、化学、材料、电子信息等科学和技术领域通 常使用的分析、测量物质成分、结构、性能和各种信 息的自动化的精密仪器和设备，几乎都能用于微生物 的快速鉴定和自动化分析。 8．亚种名为三元式组合，即由科名、属名加词和亚种 名加词构成。 10．对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组 的间接比较，加上测定生理生化特征比直接分析基因 组要容易得多，因此生理生化特征对于微生物的系统 分类仍然是有意义的。

细胞形态和习性 细胞组分 蛋白质 核酸 数学统计学
经典分类方法
化学分类学
现代分类方法
数值分类学
一、微生物分类鉴定中的经典方法

鉴定的工作步骤：
1.获得该菌的纯培养物；2.测定必要的鉴定指标；3.查 找权威鉴定手册

经典的鉴定指标：………p345
不同微生物鉴定指标的重点不同
真菌：形态特征 细菌：生理生化特征 病毒：显微形态、生化、免疫、致病性
三名法：适用于亚种或变种 举例 例1：苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种

Bacillus thuringiensis （subsp．）galleria
例2：椭圆酿酒酵母（或酿酒酵母椭圆变种）
Saccharomyces cerevisiae （ var．）ellipsoideus
例3：脆弱拟杆菌卵形亚种 Bacteroides fragilis （subsp．）ovatus
一、种以上的系统分类单元
（一）
七级分类单元
种以上的系统分类单元（taxon或category）可分七级，即：
1. 界Kingdom（拉：Regnum）
2. 3. 4. 5. 6. 7.
门Phylum（拉：Phylum）或Division（拉：Divisio） 纲Class（拉：Classis） 目Order（拉：Ordo） 科Family（拉：Familia） 属Genus（拉：Genus） 种Species（拉：Species）
学名的几个注意
属名词源的来源、组成

表示主要特征的名词或用作名词的形容词的拉丁词、 希腊词或其它拉丁化的外来词： Lactobacillus 两个拉丁词组成 Flavobacterum 拉丁词和希腊词组成 Shigella 拉丁化的日本姓氏词组成

属名的简写及前提条件

属名可缩写 为一个、两个或三个字母，如
第10章 微生物的分类与鉴定
第10章 微生物的分类和鉴定 10.1: 通用分类单元 10.2: 微生物在生物界的地位 10.3: 微生物分类系统简介 10.4: 微生物分类鉴定的特征和技术 【重点】微生物分类鉴定的特征和技术. 【难点】微生物在生物界的地位

微生物的种数与更新…… 微生物分类学
菌物指广义的fungi，包括

粘菌门 假菌门 真菌门（狭义的fungi）

历史上已经有十个以上菌物分类系统
Ainsworth菌物分类系统

1983年的第七版 1995年的第八版 2001年的第九版

1983年 Ainsworth 第七版
10.4 微生物分类鉴定的特征和技术
分类鉴定方法分不同水平：
经典分类方法中的微型、简便、快 速、自动化鉴定

API细菌数值鉴定系统（API system） Enterotube系统 Biolog系统
二、微生物分类鉴定中的现代方法



核酸分析法 DNA碱基比例测定：常用的熔解温度Tm值测定，计算G-C含量 核酸分子杂交：原理、步骤 rRNA序列分析：rRNA序列的优势、方法 基因组序列测定 细胞化学成分 细胞壁化学成分：肽聚糖可划分为5类 全细胞水解液的糖型：4类 细胞膜磷酸类脂 枝菌酸 醌类 脂肪酸、醇类的气相色谱分析 数值分类法
三、亚种以下的几个分类名词


亚种：种以下进一步细分，具有某一显著而稳定的 个性特征 变种：同亚种，已不用 型：已废除 菌株：→
菌株strain

1. 2. 3. 4. 5. 6. 7.
是一个常用的、非常重要的概念，其要点为：
一个种的微生物可以有无数个菌株； 强调纯的培养物 菌株=克隆 一个种的不同菌株其某些次要性状可以完全不同 自发/人工诱变的培养物应该重新命名为新菌株 保藏、研究、发表文献中的菌种应该标出菌株名称 菌株名称可随意确定，例子见p331
Bacillus spp. 代表一批芽孢杆菌
R.H.Whittaker的五界系统
经典的鉴定指标
10.2 微生物在生物界的地位
一、生物的界级分类学说 二、三域学说及其发展
一、生物的界级分类学说
生物界级学说发展：人类对生物的认识是一个由浅入深、 由简至繁、由低级到高级、由个体到分子的认识过程。
二、三域学说及其发展
三域学说three domains theory提出的基础。 三域学说是如何解释生物界的进化历程？
双名法
举例： 例1：大肠埃希氏菌（简称大肠杆菌） Escherichia coli（Migula）Castellani et Chalmers 1919 例2：枯草芽孢杆菌（简称枯草杆菌） Bacillus subtilis（Ehrenberg）Cohn 1872 例3：结核分枝杆菌 Mycobacterium tuberculosis（Zopf）Lehmann et Newmann 1896 例4：丙酮丁醇梭菌

经典分类学: 基于表型 微生物系统学 ：基于亲缘关系、进化规律 分类学的3个基本任务：

分类学的3个基本任务：

分类的任务？ 个别→一般，归纳→系统化 鉴定的任务？ 一般→特殊，系统→鉴别 命名的任务？ 查新→命名


10.1: 通用分类单元
一、种以上的系统分类单元 二、学名 三、亚种以下的几个分类名词

种：species（单数=复数）


新种 ：权威 手册 未记载的，可表示为：

二、学名

地区性俗名 学名：菌种的科学名称

牢记一些重要微生物学名的重要性 学名的字体：英文、斜体 学名的形式：双名法、三名法 属名词源的来源、组成 属名的简写及前提条件 种名加词、sp. 、spp.的含义和用途

Clostridium acetobutylicum McCoy，Fred，Peterson et Hastings 1926
例5：铜绿假单胞菌 Pseudomonas aeruginosa（Schroeter）Migula 1920 例6：金黄色葡萄球菌 Staphylococcus aureus Rosenbach 1884
共同远祖—细菌和古生菌—古生菌发展出真核—吞噬 α变形细菌及蓝细菌---形成内共生—细胞器—真核 细胞
10.3 微生物分类系统简介
一、Bergey氏原核生物分类系统 二、Ainsworth等人的菌物分类系统
一、Bergey氏原核生物分类系统

1-9版系列： 四卷版： 五卷版：
二、Ainsworth等人的菌物分类系统

Bacillus 可缩写为B. 或者 Bac. Pseudomonas 可缩写为P.或者Ps.
种名加词、sp. 、spp.的含义和用 途

源自文库
种名加词代表了物种的次要特征 新分离到的菌株，比较容易鉴定到属，尚未鉴 定到种时，其种加词可写为: Bacillus sp. 代表一株芽孢杆菌 正体


斜体
GC Ratios用于分类鉴定

应用规律：

亲缘关系近的种→ GC比也接近； GC比差别大的种→ 亲缘关系也较远； GC比是建立新单元的可靠指标。
反过来， 不成立
GC比作为分类指标可用于各分类 水平划分

应用范围

种内GC比差异2.5-4% 属内GC比差异5-10% 超过10%时，一般为不同属
DNA– DNA Hybridization
细胞壁化学成分
细胞化学成分作为鉴定指标
全细胞水解液主要糖型细胞化学成分作为鉴定指标
数值分类的基本步骤为：
数值分类鉴定
1、测定比较菌株间的大量性状差异，计算两菌株间 的相关系数 2、列出相似度矩阵及树状谱
END
选择题（4个答案选1）
1．(伯杰氏系统细菌学手册》第二版把葡萄球菌属和微球菌属分别放 在不同的门中，最可能的原因是( )。 (1)生理生化特征不同 (2)DNA-DNA杂交同源性不同 (3)革兰氏染色反应不同 (4)G+c含量和rRNA序列不同 4．根据你所掌握的知识，你认为形态学特征在以下几类微生物中的 哪一类分类鉴定中显得更加重要?( ) (1)病毒 (2)细菌 (3)酵母菌 (4)霉菌 5．在下列4种细菌中，哪一种最有可能属于《杰氏系统细菌学手册》 第一版第5组“兼性厌氧的革兰氏阴性杆菌”?( ) (1)梅毒密螺旋体 (2)枯草芽孢杆菌 (3)大肠埃希氏菌 (4)金黄色葡萄球菌

END
一些重要微生物学名

大肠杆菌: Escherichia coli 枯草杆菌 Bacillus subtilis 金黄色葡萄球菌 Staphylococcus aureus 酿酒酵母: Saccharomyces cerevisiae 灰色链霉菌 Streptomyces griseus 粗糙链孢霉：Neurospora crassa 产黄青霉:Penicillium chrysogenum
7．现在自动化程度最高、功能最多的微生物专用检测仪 是( )。 (1)气相色谱仪 (2)高压液相色谱仪 (3)自动微生物检测仪 (4)激光拉曼光谱仪 10．细菌的种名也用双名法命名，即种的学名由属名和种 名加词两部分组合而成。第一个词的首字母要大写，该 词是( )。 (1)种名 (2)属名 (3)人名 (4)科名
在这七级中，在必要时每一级都可有若干辅助单元，故共可有十余级
（二）最低级别的分类单元---种

种划分的历史变迁和存在的问题

微生物尤其是原核微生物，形态简单、有性繁殖少等原因， 使历史上及目前的种的划分包含较多的人为因素。 概念 p327 种的具体形式：典型菌株type strain species nova sp. nov nov sp.