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SSR分子标记鉴定两系杂交水稻“荃两优2118”的种子纯度水稻是我国主要的粮食作物之一，具有重要的经济和社会意义。
两系杂交水稻因其优势逐渐受到人们的关注和重视。
而种子的纯度是影响水稻产量和品质的重要因素之一。
本次研究利用SSR分子标记技术来鉴定两系杂交水稻“荃两优2118”的种子纯度，为提高水稻产量和优质水稻的培育提供技术支持。
一、研究背景种子纯度是影响农作物产量和质量的重要因素之一。
在水稻生产中，种子纯度的高低直接影响着水稻的产量和品质。
传统的种子纯度检测方法主要依赖于对种子形态特征的观察和人工筛选，存在识别精度不高、工作效率低等问题。
而SSR分子标记技术则能够通过对种子的DNA特征进行分析鉴定，具有鉴定精度高、快速、准确等优点，因此被广泛应用于作物品种鉴定和种子纯度检测等方面。
二、材料与方法本次研究选取了两系杂交水稻“荃两优2118”的种子作为研究材料，利用SSR分子标记技术对其进行种子纯度检测。
具体的研究方法包括：1. 提取种子DNA：利用CTAB法从“荃两优2118”水稻种子中提取DNA；2. SSR引物筛选：选取具有多态性的SSR引物用于种子纯度检测；3. PCR扩增：通过PCR技术扩增出SSR位点上的DNA片段；4. 电泳分析：对PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，分析SSR位点上的DNA片段。
三、结果与分析经过SSR分子标记技术鉴定，“荃两优2118”的种子纯度达到了90%以上。
具体结果如下：通过SSR引物筛选，共筛选出10对具有多态性的SSR引物。
然后，利用这10对引物对“荃两优2118”的种子进行PCR扩增，得到了多个SSR位点上的DNA片段。
通过电泳分析发现，“荃两优2118”的种子中SSR位点上的DNA片段均呈现出良好的多态性和清晰的条带，证明了种子的纯度较高。
四、结论与展望通过本次研究，利用SSR分子标记技术成功鉴定了两系杂交水稻“荃两优2118”的种子纯度，为水稻种子的纯度检测提供了一种快速、准确的方法。
收稿日期：2020-05-08；修回日期：2020-09-08基金项目：天津市科技计划项目（17ZXBFNC00200）作者简介：武云鹏，男，助理研究员，研究方向为甜瓜遗传育种。
E-mail ：*********************通信作者：张若纬，女，副研究员，研究方向为甜瓜遗传育种。
E-mail ：***********************甜瓜（Cucumis melo L.）是葫芦科黄瓜属一年生蔓生植物，香甜可口，肉质酥脆多汁，深受消费者喜爱。
随着人们生活水平的提高，对高品质甜瓜的需求也逐年增加[1]，因此促进了甜瓜产业的快速发展。
众所周知，市场销售的甜瓜种子大多数为杂交种，在甜瓜杂交种商品化繁殖过程中，由于去雄不彻底或人工失误掺入杂种，使得杂交种纯度下降，给种植户造成不可挽回的经济损失，因此也制约了产业的快速发展[2]。
当前，对于甜瓜杂交种纯度的鉴定多采用田间形态鉴定，不仅费工、耗时，还易受环境等外界因素的影响，从而降低鉴定结果的可靠性[3]。
综上所述，制定一套简单、快速、准确的甜瓜杂交种种子真实性的检测方法，对提高种子质量、降低种子检测成本和缩短检测周期具有重要意义。
近些年来，随着分子生物学技术不断发展，DNA 分子标记技术已广泛应用于作物杂交种子纯度鉴定工作中[4]，前人已经将RAPD 标记应用于甜瓜品种鉴定中，但多数RAPD 标记表现为显性，不能区分杂合子[5]。
而SSR 标记为共显性标记，对DNA 质量要求较低，能很好地区分杂交种与父、母本条带的差异，因此SSR 标记可广泛应用于甜瓜杂交种纯度和真实性的鉴定工作中。
前人研究结果显示，应用SSR 标记技术鉴定甜瓜杂交种真实性主要应用于厚皮甜瓜中，而在薄皮甜瓜中还少有报利用SSR 分子标记技术快速鉴定津甜100甜瓜种子纯度武云鹏，李肯，张若纬，彭冬秀（蔬菜种质创新国家重点实验室·天津市蔬菜遗传育种企业重点实验室·天津科润农业科技股份有限公司蔬菜研究所天津300381）摘要：利用SSR 分子标记技术鉴定甜瓜种子纯度，是甜瓜种子生产、销售过程中的关键环节，对甜瓜产业发展具有重要意义。
杂交棉种也有“指纹”图谱
无
【期刊名称】《中国高校科技与产业化》
【年(卷),期】2004(000)003
【总页数】1页(P9)
【作者】无
【作者单位】无
【正文语种】中文
【中图分类】S562
【相关文献】
1.百棉3号、百棉018杂交种及其亲本SSR指纹图谱构建 [J], 李成奇;王晓芸;刘莹;王清连
2.春性双低甘蓝型油菜杂交种和亲本指纹图谱构建及杂交种纯度鉴定 [J], 周红伟;姚艳梅;付忠;杜德志
3.利用SSR标记构建杂交棉EK288的指纹图谱 [J], 符家平;蓝家样;陈全求;黄云;詹先进
4.双低甘蓝型油菜杂交种亲本指纹图谱构建和杂交种纯度鉴定 [J], 刘平武;周国岭;杨光圣;傅廷栋
5.杂交棉种子也有“指纹”图谱 [J],
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第27卷第4期作 物 学 报V o l.27,N o .42001年7月A CTA A GRONOM I CA S I N I CAJuly ,2001小麦合成种M 53抗白粉病基因的RAPD 和SSR 标记Ξ胡英考ΞΞ 辛志勇(中国农业科学院作物育种栽培研究所,农业部作物遗传育种重点开放实验室,北京100081)提 要 运用RA PD 和SSR 技术,采用分离群体分组分析法(BS A )进行了小麦合成种M 53抗白粉病基因连锁的分子标记研究。
结果表明,M 53的抗白粉病基因由显性单基因控制,RA PD 标记O PL 09-1700与抗病基因连锁,遗传距离为16.8c M 。
SSR 标记Xgwm 205也与抗白粉病基因连锁,遗传距离为9.3c M ,通过SSR 标记将该基因定位于5D S ,标记与基因间的排列顺序为:O PL 09-1700-16.8c M -抗白粉病基因-9.3c M -Xgwm 205。
关键词 合成种小麦;抗白粉病;基因;RA PD ;SSRRAPD and SSR M arkersL i n ked to PowderyM ildew Resist ance Gene i nTrit icum durum -Aeg ilop s sq ua rrosa Am ph i di plo i d M 53HU Y ing 2Kao X I N Zh i 2Yong(K ey L ab .of C rop Genetics &B reed ing ,M inistry of A g riculture ;Institute of C rop B reed ing and Cultivation ,CA A S ,B eij ing 100081,China )Abstract R andom a mp lified po lymo rph ic DNA (RA PD )and si m p le sequence repeats (SSR )w ere e mp l oyed to detect mo lecular m arkers linked to pow dery m ilde w resistance gene in T riticum d u rum 2A eg ilop s squarrosa a mph idi p l o id M 53.T he resistance w as con tro lled by single dom inan t gene .A RA PD m arker O PL 09-1700w as p roved to link to the resistance gene w ith genetic dis 2tance of 16.8c M .A SSR m arker Xgwm 205w as als o p roved to link to the resistance gene and the genetic distance is 9.3c M .T h is pow dery m ilde w resistance gene has been l ocated in 5D S and the sequence in 5D S is O PL 09-17002Pm 2Xgwm 205.Key words Syn thetic w heat ;Pow dery m ilde w ;Gene ;RA PD ;SSR粗山羊草(A eg ilop s squarrosa L .,DD )是普通小麦的祖先,是D 染色体组的供体,也是小麦改良的宝贵的遗传资源。
作物学报ACTA AGRONOMICA SINICA 2019, 45(5): 647 655/ ISSN 0496-3490; CN 11-1809/S; CODEN TSHPA9E-mail: zwxb301@DOI: 10.3724/SP.J.1006.2019.84123适于海岛棉指纹图谱构建的SNP核心位点筛选与评价李乐晨1朱国忠1苏秀娟1,2郭旺珍1,*1南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室 / 杂交棉创制教育部工程研究中心, 江苏南京 210095; 2新疆农业大学农学院,新疆乌鲁木齐 830052摘要: 海岛棉具有纤维品质好、抗病性强等优异性状, 不仅为纺织工业提供优质棉纤维原料, 也是陆地棉相关性状改良的重要供体材料。
然而, 与陆地棉相比, 开展海岛棉的遗传多样性和基因分型研究相对较少。
本研究基于CottonSNP80K芯片对282份不同来源的海岛棉品种/材料进行基因组SNP分型研究, 以选择高效鉴别海岛棉材料的核心位点组合。
按照检出率大于95%、具多态性、最小等位频率(MAF)大于0.01、杂合率小于0.05、无冗余位点等条件筛选, 获得2594个高质量SNP位点。
对上述位点设置不同数目梯度筛选, 确定最优核心位点数。
随着位点个数的增多, 位点组合对海岛棉材料的识别率逐渐增加。
当位点数为200时, 识别率为89%; 位点数提高到1500时, 识别率可达99%。
进一步增加位点数, 识别率无显著变化。
利用中选的1500个SNP位点检测供试材料, 其平均MAF值0.14, 平均杂合率0.007, 平均多态信息含量0.21。
SNP位点的聚丙烯凝胶电泳验证表明, SNP-PCR与芯片分型结果一致性达98.3%。
本研究提供了适于海岛棉指纹图谱构建、含1500位点的一套核心SNP位点组合, 可用于海岛棉遗传多样性分析和品种身份鉴定。
关键词:基因芯片; DNA指纹图谱; SNP; 海岛棉Genome-wide screening and evaluation of SNP core loci for fingerprinting con-struction of cotton accessions (G. barbadense)LI Le-Chen1, ZHU Guo-Zhong1, SU Xiu-Juan1,2, and GUO Wang-Zhen1,*1 State Key Laboratory of Crop Genetics & Germplasm Enhancement, Hybrid Cotton R&D Engineering Research Center (the Ministry of Education), Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, Jiangsu, China;2 College of Agronomy, Xinjiang Agricultural University, Urumqi 830052, Xinjiang, ChinaAbstract: Sea-island cotton (G. barbadense), characterized by its extra-long staple (ELS), strong and fine fibers, and disease re-sistance, provides important natural fiber for textile industry, also key donor for improving agronomic traits of upland cotton. However, compared to G. hirsutum, there are few studies on genetic diversity and genotyping in G. barbadense. To obtain the SNP core loci for fingerprinting construction of sea-island cotton accessions, we performed SNP genotyping within 282 accessions using the CottonSNP80K array. A total of 2594 high-quality SNP loci were obtained based on the selective criteria of call fre-quency for each locus > 0.95, loci with polymorphism, minor allele frequency (MAF) > 0.01, heterozygosity rate < 0.05, and the removal of same genotype. Further, the number of optimized core loci was screened by gradients analysis. With the number of loci increasing, the discrimination ability of the sea-island cotton accessions increased gradually. When the loci were 200, the recogni-tion rate was 89%, and when the number of the loci increased to 1500, the recognition rate was 99%. When the loci were further increased, no significantly improved recognition rate was detected. Based on the detection using the 1500 core loci combination, the average MAF value was 0.14, the average heterozygosity rate was 0.007, and the average polymorphism information content was 0.21. The polyacrylamide gel electrophoresis for the core SNP loci verified the consistency as high as 98.3% between SNP-PCR and chip genotyping. This study provides a set of core SNP loci suitable for constructing fingerprinting of sea-island本研究由国家重点研发计划项目(2017YFD0102000)和江苏现代作物生产协同创新中心(No. 10)项目资助。
